Marine microorganisms make a meal of oil

Resumen | Cientos de millones de litros de petróleo ingresan al medio ambiente desde ambos

fuentes naturales y antropogénicas cada año. La entrada de aceite marino natural se filtra

solo sería suficiente para cubrir todos los océanos del mundo en una capa de aceite 20 moléculas

grueso. Que el globo no se inunde de petróleo es prueba de la eficacia y versatilidad

de las redes de microorganismos que degradan hidrocarburos, algunos de los cuales tienen

recientemente comenzó a revelar los secretos de cuándo y cómo explotan los hidrocarburos como
una

fuente de carbono y energía

Las bacterias degradadoras de hidrocarburos fueron aisladas por primera vez casi

Hace un siglo1

, y una revisión reciente enumera 79 géneros bacterianos

que puede usar hidrocarburos como única fuente de carbono

y energía, así como 9 géneros de cianobacterias, 103 hongos

géneros y 14 géneros de algas que se sabe que degradan

o transformar hidrocarburos2

. Varios hidrocarburos degradados

las bacterias se han usado como organismos modelo

para dilucidar la bioquímica, la base genética y la regulación

de vías de degradación de hidrocarburos3

y ha sido

conocido por algún tiempo que la degradación de hidrocarburos en

el medio ambiente generalmente está limitado por la biodisponibilidad

de nutrientes como nitrógeno y fósforo4

. En

entornos ricos en compuestos orgánicos asociados con

contaminación a largo plazo de hidrocarburos, la biodisponibilidad

de los hidrocarburos en sí también es un importante

factor limitante en la biodegradación, e incluso en situaciones

en que la biodegradación de la contaminación del aceite superficial

ocurre, el petróleo enterrado puede persistir en las playas como resultado de

limitaciones en el transporte masivo de hidrocarburos, nutrientes

u oxígeno

A pesar de que hay una cantidad considerable de literatura

en la degradación de hidrocarburos microbianos, hasta

Recientemente, tuvimos un conocimiento limitado sobre qué organismos

son los degradadores de hidrocarburos más importantes en

el medio ambiente y cuál es el destino biológico de los hidrocarburos

está en condiciones anóxicas. Además, tenemos

carecía de una base teórica para apuntalar y predecir el

comportamiento e interacciones de la degradación de hidrocarburos

bacterias in situ. Ha habido muchos recientes, emocionantes

avances en nuestra comprensión de la degradación

de hidrocarburos en ausencia de oxígeno. Éstas tienen

Recientemente se revisó5-7, por lo que este artículo se centra en nuestra

una mayor comprensión de las bacterias que son responsables

para la eliminación de hidrocarburos en ambientes oxicos, con

un énfasis en los sistemas marinos.

Composición del petróleo crudo

El petróleo crudo es quizás la mezcla más compleja de orgánico

compuestos que ocurren en la Tierra. Avances recientes en

espectrometría de masas de muy alta resolución han permitido

la identificación de más de 17,000 químicos distintos

componentes, y el término petroleómica ha sido

acuñado para expresar esta complejidad recientemente descubierta 8

Además, el petróleo crudo no es un material homogéneo,

y diferentes crudos tienen una gama de productos químicos y

propiedades físicas que afectan su susceptibilidad a

biodegradación y su destino ambiental. Dentro

esta complejidad, sin embargo, el petróleo crudo se puede clasificar en

cuatro grupos principales de productos químicos operacionalmente definidos: el

hidrocarburos saturados y los hidrocarburos aromáticos,

y los componentes más polares que no son hidrocarburos

resinas y los asfaltenos.

Los aceites ligeros son típicamente altos en saturados y aromáticos

hidrocarburos, con una proporción menor de resinas y

asfaltenos. Aceites pesados, que resultan de la biodegradación

de petróleo crudo en condiciones anóxicas in situ

en yacimientos de petróleo, tienen un contenido mucho menor de

hidrocarburos saturados y aromáticos y una mayor

proporción de los productos químicos más polares, las resinas y

asfaltenos9 (figura 1). Biodegradación del petróleo crudo en la superficie

entornos da como resultado cambios similares en crudeoil

composición, y la pérdida de saturados y aromáticos

hidrocarburos, junto con un aumento de la relativa

abundancia de las fracciones polares (que son más resistentes

a la biodegradación), es una firma característica de

biodegradación de petróleo crudo. Porque los hidrocarburos saturados

constituyen la mayor fracción de petróleo crudo por

masa, la biodegradación de los hidrocarburos saturados es

cuantitativamente el proceso más importante en la eliminación

de petróleo crudo del medio ambiente. Sin embargo, el

hidrocarburos aromáticos y fracciones polares, que son

Jugadores globales en la degradación de hidrocarburos

De los diversos tipos de bacterias degradantes de hidrocarburos

que se conocen, ¿hay alguno que parezca tener particular

importancia para la eliminación de hidrocarburos de la

¿ambiente? Para responder a esta pregunta, es importante

obtener evidencia de estudios basados en cultura, que definen

las capacidades catabólicas de los organismos candidatos, y

para acoplar esta evidencia con datos del medio ambiente

estudios, que indican los aspectos cualitativos y cuantitativos

importancia de organismos particulares in situ.

La evidencia más clara de bacterias particulares asumiendo

la mayor importancia en la degradación de hidrocarburos viene

de ambientes marinos. En los últimos 10 años, varios

bacterias marinas interesantes que son especialistas adaptados

a la degradación de hidrocarburos se han aislado (Figura 2).

Estas bacterias usan hidrocarburos casi exclusivamente como

una fuente de carbono, e incluyen Alcanivorax spp.10,

Cycloclasticus spp.11, Oleiphilus spp.12, Oleispira spp.13,

Thalassolituus spp.14 y algunos miembros del género

Planomicrobium (previamente conocido como Planococcus) 15.

Alcanivorax spp., Oleiphilus spp., Oleispira spp. y

Thalassolituus spp. use una variedad de ramificados y /

o hidrocarburos saturados de cadena lineal, como lo hace

Planomicrobium alkanoclasticum MAE2 (anteriormente

conocido como Planococcus alkanoclasticus MAE2). Por el contrario,

Cycloclasticus spp. han evolucionado para usar una gama de

hidrocarburos aromáticos policíclicos.

Varios estudios independientes de cultivo de petróleo impactado

ambientes marinos han demostrado que algunos de estos

las bacterias se seleccionan rápida y fuertemente cuando el hidrocarburo

la degradación es estimulada por la adición de

nutrientes. Alcanivorax spp., Por ejemplo, se demostró que

aumentar de ser indetectable en agua de mar tratada con aceite

para constituir el 70-90% de las células procariotas en el aceite tratado

agua de mar dentro de 1-2 semanas de modificación de nutrientes16

(FIG. 3). Del mismo modo, en experimentos de biorremediación de derrames de petróleo

llevado a cabo en microcosmos de laboratorio y en el campo,

Secuencias del gen 16S del ARN ribosomal (ARNr) de

Alcanivorax spp. fueron indetectables en los experimentos de control

en que las muestras no fueron tratadas con aceite, pero

dentro de 2 semanas de tratamiento con aceite, constituyeron más

más del 30% de las secuencias en bibliotecas de 16S-rRNAgene

clones construidos a partir de sedimentos tratados con aceite

y más del 70% de las secuencias recuperadas de

sedimento tratado con aceite y nutrientes inorgánicos17,18.

Estos resultados se reflejaron en la detección de alkB

genes, que codifican el componente catalítico de alcano

hidroxilasa, solo en muestras en las que Alcanivorax spp.

Los genes 16S-rRNA fueron abundantes (W.F.M.R. y I.M.H.

observaciones no publicadas). Generalmente se piensa que

estos org anismos están normalmente presentes en cantidades muy pequeñas,

y proporcionando condiciones que les permitan tomar

ventaja de los hidrocarburos como carbono y energía

fuente, crecen y se multiplican rápidamente.

Se han detectado bacterias tipo Alcanivorax en

ambientes impactados por el petróleo en todo el mundo. Ellos tienen

sido aislado o detectado en una comunidad bacteriana independiente de la cultura

encuestas de los Estados Unidos19,20, Alemania10,

el Reino Unido17,18, España21, Italia22, Singapur

(Número de acceso de GenBank AF062642), China23, el

West Philippines (número de acceso de GenBank AB166953),

Japón24,25, la Cordillera del Atlántico Medio, cerca de la Antártida26, y

de los sedimentos de aguas profundas del Océano Pacífico oriental23.

Se ha sugerido que el éxito de Alcanivorax spp.

podría relacionarse con su capacidad para usar alcanos de cadena ramificada

más efectivamente que otros degradadores de hidrocarburos

bacterias, dando a estas especies una ventaja selectiva27.

Los alcanos de cadena ramificada como el pristano no solo entran

el mar de los derrames de petróleo, pero también son producidos naturalmente por

algo de plancton marino, posiblemente explicando el extendido

ocurrencia de Alcanivorax spp.

En la mayoría de los casos en que Alcanivorax spp. Ha estado

encontrado dominante en ambientes impactados por petróleo,

las muestras se han analizado a los pocos días del engrase o

evento de biorremediación. Si las primeras muestras para analizar

se toman semanas o más después del evento de engrase inicial,

Alcanivorax spp. no parece ser detectado. En el caso

de una prueba de campo de biorremediación de derrames de hidrocarburos llevada a cabo en

Delaware (Estados Unidos) 28, así como después del Nakhodka

accidente de petrolero, en la costa de Sakondani (Japón) 29,

y durante la remediación experimental de derrames de petróleo en

Spitsbergen, las muestras se recogieron más de 8 semanas

después del inicio de los experimentos30,31 y por lo tanto podría

se han recolectado después de la floración de Alcanivorax spp.,

que parecen ser primeros colonizadores después de la modificación de nutrientes

de un derrame de petróleo. Esto es consistente con la observación

que, después de un rápido aumento inicial en el tamaño de la población,

Alcanivorax spp. declinar a números mucho más bajos dentro de

unas pocas semanas16-18,32, y esto se correlaciona con la eliminación de

la mayor parte de los hidrocarburos saturados. Interesantemente, en

experimentos utilizando muestras de agua de mar que fueron recolectadas

dentro de las 2 semanas de la Nakhodka varada y

hundimiento, Alcanivorax spp., aunque detectado, no fueron

predominante24. Esto podría reflejar el hecho de que el petróleo pesado

fue derramado del Nakhodka, porque los aceites pesados contienen

una menor proporción de hidrocarburos saturados que

se encuentra en crudos ligeros.

Hay una situación análoga para Cycloclasticus spp.,

que parecen tener un papel global en la eliminación de aromáticos

hidrocarburos del petróleo derramado en ambientes marinos.

Cycloclasticus spp. se encontraron especialmente enriquecidos

en grava contaminada con aceite que fue tratada con compuestos inorgánicos

nutrientes: se demostró que los números aumentan en ~ 5 órdenes

de magnitud relativa al sedimento no contaminado y

por 2 órdenes de magnitud en comparación con la grava que era

contaminado con aceite pero no modificado con nutrientes33.

En un estudio de muestras de agua de mar y pasta de aceite recogidas

después del derrame de petróleo de Nakhodka, bandas correspondientes

a Cycloclasticus spp. 16S-rRNA-gene fragmentos fueron

solo detectado en electroforesis de gel de gradiente desnaturalizante

perfiles de pasta de aceite hacia el final de un período de 11 semanas

período de muestreo, en cuyo momento la mayoría de los alcanos habían sido

degradado25. Estudios a corto plazo de la degradación del petróleo en la playa

microcosmos son consistentes con esta observación, y

solo un número relativamente pequeño de 16SrRNA tipo Cycloclasticus

secuencias fueron recuperadas de petróleo contaminated

microcosmos imensos donde la degradación apreciable de

los hidrocarburos aromáticos policíclicos no habían ocurrido

durante el corto tiempo del experimento17. Basado en la cultura

los estudios también han demostrado que Cycloclasticus spp. son

abundante degradación de hidrocarburo policíclico-aromático

bacterias en el Golfo de México y Puget Sound (United

Estados), especialmente en sitios contaminados34,35..

Dinámica y nutrientes comunitarios

La dinámica de la comunidad microbiana se sigue principalmente utilizando

métodos independientes del cultivo, 16S-rRNA-gen

o métodos basados en genes funcionales. Supervisión

la dinámica de las comunidades microbianas puede conducir

al descubrimiento de patrones comunes que están asociados

con biodegradación, que a su vez ayudará a

desarrollar nuevas herramientas para evaluar la biorremediación en curso

Procesa rápidamente. Los problemas importantes incluyen los siguientes:

si los diferentes tratamientos tienen un efecto sistemático en

biodegradación y las comunidades microbianas asociadas,

y la medida en que la respuesta de la comunidad

varía entre tratamientos de remediación biológica; si el

resultados de experimentos de laboratorio a pequeña escala pueden ser

extrapolado al campo; y cómo la dinámica de la comunidad

comparar en diferentes entornos ambientales. Estas

los problemas se han examinado en el contexto de nutriente mejorado

biorremediación de derrames de aceite de playa, permitiendo

algunas conclusiones tentativas que se dibujarán.

¿Los diferentes tratamientos tienen un efecto sistemático sobre la biodegradación?

y las comunidades microbianas asociadas?

Debido al alto contenido de carbono de los hidrocarburos

y las bajas concentraciones de otros nutrientes que son

esencial para el crecimiento microbiano, la tasa y la extensión

de la degradación del petróleo recién derramado son, en general, limitados

por la disponibilidad de nitrógeno y phos phorous4

Una forma rentable de aumentar la biodegradación de

hidrocarburos del petróleo, por lo tanto, es la fertilización con

nitrógeno inorgánico y fósforo. La sistemática

efectos de la modificación de nutrientes en microbiana biodegradativa

poblaciones y el progreso de la biorremediación tienen

estudiado en microcosmos de laboratorio17,36. Hidrocarburo

biodegradación en microcosmos de control aceitosos que

no tratado con nutrientes era insignificante, pero la enmienda

con fertilizante líquido, que abarca una amplia gama de

concentraciones de nitrógeno y fósforo, significativamente

mejoró la degradación del petróleo en pocos días. Sin embargo,

el grado final de degradación del petróleo fue similar para todos

microcosmos, lo que indica que las concentraciones más bajas de

los nutrientes utilizados en este experimento fueron suficientes para producir

un punto final de biorremediación similar, aunque

la tasa de biodegradación inicial se incrementó a mayor

concentraciones de nutrientes.

Curiosamente, las comunidades bacterianas y archaeas

en las playas parecen tener una diversidad relativamente baja17,18,28,36.

Un método que se ha utilizado para estimar la diversidad

de comunidades microbianas es el uso del estimador Chao1

(Ref. 37). Sobre la base de Chao1, comunidades bacterianas,

antes de la adición de petróleo a los sedimentos de la playa, se estimaron

comprender 117,1 ± 26,8 taxonómico operacional

unidades (OTU); y comunidades archaeas, 9.4 ± 3.4

OTUs36. Esto es hacia el extremo inferior de la comunidad procariótica

diversidad que se ha estimado utilizando

Chao1 en otros entornos; es comparable a las estimaciones

para agua dulce y marina, pero mucho más bajo que

los varios cientos de OTU típicamente estimados para

suelos37,38. Además de su diversidad relativamente baja,

las comunidades procariotas en las playas también parecen

para ser relativamente estable en el tiempo en la ausencia de cualquier

perturbación17,18,36.

La contaminación del petróleo y los tratamientos de biorremediación sí lo hacen

sin embargo, tienen un efecto significativo en la composición de la comunidad.

En microcosmos de playa, Archaea ya no puede ser

detectado después de la exposición al aceite y cambios marcados

en la composición de la comunidad bacteriana ocurre dentro

días17,36. Claramente, cambios rápidos y extensos en bacterias -

y la estructura archeal-comunidad está engendrada por la adición de petróleo y nutrientes a las

playas, pero es evidente

que la respuesta general de la comunidad no es completamente

previsible. Las comunidades bacterianas en microcosmos

que fueron tratados con diferentes cantidades de nutrientes

fueron distintos, y los perfiles de comunidad bacteriana en replicar

las muestras tomadas de un solo microcosmos fueron altamente

reproducible, lo que indica que la adición de nutrientes diferentes

los regímenes parecen seleccionar diferentes comunidades microbianas

en sedimentos contaminados con petróleo. Sin embargo, cuando el

comunidades bacterianas presentes en microcosmos replicados

tratado con la misma cantidad de nutrientes, en lugar de

replicar muestras de un solo microcosmos, se analizaron,

quedó claro que la respuesta general de la comunidad a

incluso un solo tratamiento de biorremediación es variable17. Esta

indica que la heterogeneidad en el grado de engrase o pequeña

las diferencias locales en la concentración de nutrientes podrían tener un

efecto marcado en la composición del bacteriano en desarrollo

comunidad. Curiosamente, a pesar de la considerable

variación observada en las comunidades bacterianas que se desarrollan

en respuesta al engrase y biorremediación, la eficacia de

la eliminación de hidrocarburos es similar, lo que indica que el derrame de petróleo

la biorremediación debe ser una tecnología robusta y que

hay muchas combinaciones de diferentes bacterias que pueden

ya sea directa o indirectamente promover la eliminación efectiva de

hidrocarburos y otros componentes no hidrocarbonados

de petróleo crudo.

Aunque la respuesta general de la comunidad bacteriana

es variable, se ha hecho evidente a partir de varios estudios

que, dentro de este contexto de variación, hay núcleos

temas. Por ejemplo, tratamientos de engrase y biorremediación

reducir notablemente la diversidad de las bacterias

comunidades a corto plazo, y la disminución de bacterias

la diversidad puede ser explicada por una fuerte selección

para determinadas bacterias especializadas en la degradación de hidrocarburos,

como Alcanivorax spp.17, 18, 25 (figura 3).

¿Pueden los resultados de experimentos de laboratorio a pequeña escala?

extrapolarse al campo, y cómo la comunidad

comparar la dinámica en diferentes entornos ambientales?

Los estudios de laboratorio han demostrado que la comunidad bacterial en general

respuesta a la contaminación por hidrocarburos

es variable, pero ciertos taxones que degradan hidrocarburos

se vuelven prevalentes en ambientes impactados por el petróleo.

Los estudios de laboratorio también han demostrado que Archaea

no tener un papel importante en la degradación de hidrocarburos

en playas contaminadas y, de hecho, debido a su

sensibilidad a la contaminación por petróleo, podrían ser marcadores útiles de

recuperación del ecosistema

Antes de llegar a conclusiones más amplias, sin embargo, es

importante saber si los resultados obtenidos en laboratorio

los microcosmos se pueden extrapolar al campo18,36. Campo

Los estudios han demostrado que muchas de las características observadas en

microcosmos de laboratorio también se observan en condiciones de campo.

En sedimentos de playa recolectados en el campo, bacteriano

las comunidades tienen diversidad limitada y son homogéneas

en composición en espacio y tiempo. La respuesta global

de la comunidad bacteriana en el campo a la lubricación y biorremediación

tratamientos es variable, similar a la respuesta

en microcosmos de laboratorio, aunque en estudios de campo usando

tratamiento con aceite solo o en situaciones en las que se agregan nutrientes

no fueron retenidos en aguas intersticiales, el bacteriano

las comunidades no parecían responder y eran similares

a aquellos en sedimentos de playa no contaminados18. En común

con experimentos de laboratorio, hidrocarburos específicos

organismos (por ejemplo, Alcanivorax spp.)

seleccionado en el campo bajo condiciones en las cuales el nutriente

Además resultó en un aumento en las concentraciones de nutrientes

en aguas intersticiales18.

A pesar de estas importantes características comunes del laboratorio

y experimentos de campo, diferencias importantes

sido observado. En el campo, la tasa y el alcance de

se ha encontrado que la degradación del petróleo es menor, probablemente

como resultado de la temperatura media más baja en estos

experimentos, que van desde más de 20 ° C a menos

de 5 ° C. En microcosmos de laboratorio, fenantreno y

los dibenzotiofenos se degradaron17, pero dicha degradación

no se observó en el experimento de campo anterior18.

Además, un marcado aumento en los miembros de la

α-proteobacteria se ha observado durante la última

etapas de los tratamientos de biorremediación de derrames de petróleo en una playa

en Delaware28. Este aumento también se ha observado en

experimentos de microcosmos de laboratorio17 pero, curiosamente, no

en otras pruebas de campo, en el Reino Unido18 y Japón29.

En el estudio japonés, un fuerte dominio de las bacterias

relacionado con Pseudomonas putida se observó después

12 semanas29, y en la prueba de campo del Reino Unido, Pseudomonas spp.

más estrechamente relacionado con Pseudomonas stutzeri, que era

no encontrados en los estudios de laboratorio correspondientes17, fueron

detectado solo transitoriamente temprano en el experimento18 Tal vez uno de los mayores
contrastes observados

entre el campo y los experimentos de laboratorio ha sido el

efecto del petróleo en las comunidades archaeas. En laboratorio

microcosmos, se observó que el aceite tiene una inequívoca

efecto negativo en Archaea36. Si este fuera el caso en el

campo, entonces Archaea podría ser excelentes marcadores de ecosistema

recuperación. Sin embargo, los datos de los experimentos de campo

son mucho más variables, y es evidente que

la inundación regular de las mareas devolvió un número suficiente de

Archaea a los sedimentos de la playa para que sean detectados

fácilmente en muestras contaminadas con aceite36.

Entonces, aunque se observa una gran similitud en

la dinámica de las comunidades microbianas en respuesta a

aceite derramado y biorremediación (por ejemplo, selección para

Alcanivorax y Cycloclasticus spp.), La respuesta específica

puede variar de una playa a otra y de una comunidad bacteriana

la composición no converge después de la contaminación del petróleo

y enmienda de nutrientes. Una observación similar tiene

sido hecho para suelo contaminado con diesel39. De hecho, incluso

en la misma ubicación de la playa, tratamientos similares pueden resultar

en la heterogeneidad en la dinámica de las comunidades bacterianas

como un todo18,28. Porque la comunidad bacteriana

la composición es constante a través de una playa antes de cualquier

perturbación inducida por la contaminación del petróleo18, parece

que la falta de convergencia en las comunidades bacterianas

no refleja la composición inicial de la bacteria

comunidades presentes.

Nuestra comprensión de la dinámica de la comunidad bacteriana

durante la biorremediación todavía está en su infancia, y muchos estudios

han utilizado diferentes procedimientos experimentales y de muestreo

(por ejemplo, diferentes tiempos de muestreo), por lo tanto

complicando las comparaciones entre los estudios. Supervisión

de 16S-rRNA genes ha sido ampliamente aplicado en los estudios

de comunidades bacterianas degradantes de hidrocarburos.

Complementando la dinámica comunitaria basada en la filogenética

herramientas con análisis de dinámica de la comunidad

utilizando genes catabólicos específicos como marcadores, información más clara

se puede obtener sobre el comportamiento de los organismos

que son específicamente responsables de degradar hidrocarburos,

libre de variaciones en los miembros de la comunidad

que no participan directamente en el hidro carbono

degradación. Con respecto a la biorremediación de derrames de petróleo, la

dinámica de las bacterias degradadoras de alcanos se han seguido

mediante la cuantificación de tres grupos de alcano hidroxilasa

genes40. Esto mostró que un grupo de bacterias que se degradan

alcanos cortos (es decir, C11-C12) y portan alcanohidroxilasa del grupo I

genes se enriqueció en los primeros 3 días de

el experimento, y se sugirió que estos bac teria

podría corresponder a Alcanivorax spp., aunque no

el análisis de secuencia se llevó a cabo para confirmar esta idea.

Las bacterias que contienen alcano hidroxilasas del grupo II no

detectado hasta el día 10 del experimento, correspondiente

a la degradación de alcanos de mayor peso molecular.

Curiosamente, las alcanohidroxilasas del grupo III fueron inicialmente

indetectable, pero después de 3 días, estuvieron presentes, aunque

a una abundancia menor que la del grupo I alcano hidroxilasas.

Sin embargo, las alcanohidroxilasas del grupo III fueron más abundantes

que las alcanohidroxilasas del grupo II, lo que indica que

organismos que portan genes de alcano-hidroxilasa del grupo III

tener un papel importante en la degradación de mayor peso molecular

alcanos durante todo el período de alcano

degradación. Este hallazgo indica que, en lugar de

la eliminación secuencial de alcanos de acuerdo con

peso (es decir, se siguieron alcanos de bajo peso molecular

por alcanos de mayor peso molecular), que es el general

orden aceptado de degradación del alcano - hay

degradación simultánea de todos los alcanos independientemente de

peso molecular, y es simplemente las menores tasas de degradación

de los alcanos de alto peso molecular que causa

la ilusión de degradación secuencial.

La aplicación de microarrays de ADN que combinan

marcadores filogenéticos con marcadores funcionales es probable

para ayudar aún más a desentrañar las tendencias generales en el éxito

biorremediación a nivel comunitario. Con Respeto

a un microarray filogenético, uno puede imaginar un anidado

enfoque que van desde la detección del phylum hacia abajo

a la especie, como se ha usado en un microarreglo de ADN

desarrollado para analizar comunidades de sulfato -reducción

procariotas41. Una matriz de genes funcionales que incluye

ADN de una amplia gama de genes implicados en anaeróbicos

y la degradación aeróbica de contaminantes ha sido recientemente

desarrollado42, y esta matriz podría proporcionar oportunidades para

asociar la aparición de vías catabólicas particulares

en comunidades microbianas con condiciones ambientales

y con la eliminación de diferentes clases de compuesto

durante el curso de biorremediación. Ecología de la biodegradación de hidrocarburos in situ

Los estudios de biorremediación tienden a enfocarse en los microorganismos

que degradan los contaminantes. Sin embargo, estos

microorganismos forman parte de una red ecológica, que

implica muchas interacciones directas e indirectas con otros

miembros de la comunidad y el medio ambiente (y por lo tanto

está influenciado por variables ambientales tales como nutrientes

disponibilidad o parámetros fisicoquímicos). Tales interacciones

incluir competencia para limitar nutrientes, depredación

por protozoos, lisis por fagos e interacciones cooperativas

que aumentan la degradación (Figura 4). Integración de biológicos

teoría, modelado matemático y experimental

las pruebas deberían permitir una mejor comprensión del funcionamiento

de estas redes ecológicas y debería ayudar a identificar

las especies o procesos que realmente controlan el contaminante

degradación, así como ayudar a determinar cómo adaptar

biorremediación.

Biologia de sistemas. Enfoques de biología de sistemas, que

se aplican principalmente en el nivel celular en la actualidad, puede ser

extendido a los ecosistemas y utilizado para detectar o predecir

las especies o procesos controladores. Por ejemplo, en el

1970, el desarrollo del análisis de control metabólico y

su aplicación a vías enzimáticas en bioquímica

mostró que el concepto de una sola enzima limitante de la velocidad

es muy a menudo incorrecto. El control del flujo de metabolitos

y la concentración a menudo se distribuye entre varios

enzimas y podría ni siquiera ser llevado a cabo por una enzima

que anteriormente se suponía que catalizaba 'la limitación de velocidad

paso'43,44. Por analogía a las vías enzimáticas, el control en

la biodegradación se puede distribuir entre varias funcionalidades

grupos de microorganismos y podrían no ser transportados

por los microorganismos que degradan los contaminantes.

La importancia de entender qué microorganismos

controlar sustancialmente los flujos o concentraciones ambientales

de intermedios metabólicos se encuentra en la posibilidad

de dirigirse específicamente a esos grupos fisiológicos y aumentar su actividad para efectuar una
biorremediación más rápida.

Después de la identificación de los organismos clave, en profundidad

los estudios se pueden utilizar para centrarse en su ecofisiología,

y su importancia in situ puede ser probada por

estimulación y monitoreo molecular.

Teoría de la relación de recursos. La biodisponibilidad de growthand

nutrientes que limitan la biomasa, especialmente nitrógeno

y fósforo, es un factor clave en el rápido y exitoso

remediación biológica de hidrocarburos de petróleo4

, y el

la adición de estos nutrientes es una práctica común en la biorremediación.

Sin embargo, se debe tener cuidado para evitar

la adición de exceso de nutrientes, porque esto puede tener

efectos perjudiciales, como la eutrofización. Entonces, entender

la base de la competencia por los nutrientes entre el objetivo

bacterias degradadoras de hidrocarburos y otros org anismos

que puede usar nutrientes inorgánicos, como algas eucarióticas

y cianobacterias, podría ser importante.

La competencia por, y la partición de, los recursos tiene

formalizado en la teoría de la relación de recursos 45. Esta teoría

predice que la estructura y la función de biológico

las comunidades están influenciadas no solo por el absoluto

cantidades de nutrientes limitantes, sino también por la relativa

disponibilidad de estos nutrientes con respecto al metabolismo

necesidades de diferentes organismos. Un control importante

en la degradación de hidrocarburos en el medio ambiente es el

disponibilidad de nutrientes limitantes, por lo que la teoría de la relación de recursos

podría ayudar a predecir la composición y propiedades de

comunidades microbianas degradadoras de hidrocarburos. Inicial

los estudios indican que las concentraciones de nutrientes podrían

afectar la degradación relativa de los aromáticos policíclicos

hidrocarburos e hidrocarburos saturados, y estos

los cambios en la degradación podrían estar relacionados con las diferencias

en la composición de la comunidad bacteriana46. Examen de

dinámica de la comunidad bacteriana en respuesta a diferentes

cantidad de nutrientes en los sedimentos contaminados con aceite indica que

la situación es más compleja de lo que puede predecirse

teoría de la relación de recursos en su forma básica17. Sin embargo,

hay algunos signos tentadores de la disponibilidad de nutrientes

podría tener un papel importante en el dictado de la naturaleza de

comunidades que degradan hidrocarburos.

Aunque no hay una señal clara para relacionar bacterialcommunity

composición a las concentraciones de nutrientes17, hay

es una indicación de que diferentes genotipos de Alcanivorax

puede prevalecer bajo condiciones de alto y bajo

entrada de nutrientes. Dos genotipos distintos de Alcanivorax fueron

identificados en biorremediación de derrames de petróleo en el laboratorio y en el campo

experimentos, y los patrones de la abundancia relativa

de secuencias de 16S-rRNA en bibliotecas de clones de sedimentos

que fueron tratados con diferentes cantidades de nutrientes indican

que los diferentes genotipos están adaptados a mayor o

menores concentraciones de nutrientes (Figura 5). Alcanivorax sp.

tipo 1 parece favorecer una mayor concentración de nutrientes y

fue detectado con alta abundancia relativa en 16S-rRNAclone

bibliotecas en sedimentos de playa que fueron tratadas con

4% de nitrógeno y 0,4% de fósforo, así como a principios del

experimento en sedimentos microcosmos que fueron tratados

con aceite solo Alcanivorax sp. tipo 2 favorecido menor nutriente

concentraciones y se detectó en microcosmos que

fueron tratados con 1% de nitrógeno y 0.1% de fósforo, como

así como en muestras posteriores que fueron tratadas solo con aceite

y en muestras de campo que fueron tratadas con liberación lenta

fertilizante (figura 5). Diferentes Alcanivorax spp. Tiene diferente

propiedades fisiológicas10,21,23,47, y la selección de

diferentes genotipos de Alcanivorax durante la biorremediación

podría afectar la cinética y los patrones de biodegradación

eso ocurre.

La influencia de la depredación. Estimulación de intrínseca

reciclado de nutrientes, al aumentar el volumen de negocios de la biomasa,

podría ser una alternativa a la adición de nutrientes

para estimular la biorremediación. El volumen de negocios de la biomasa

puede aumentarse mediante lisis o depredación mediada por fagos.

La contaminación por hidrocarburos puede inducir profago (posiblemente por

funcionando como un estresor general), lo que resulta en la lisis de un

gran proporción de la comunidad bacteriana 48,49, y esto

podría explicar los cambios en la composición de la comunidad que

son independientes de la extensa degradación del petróleo17. Debajo

condiciones tanto aeróbicas50 como anaerobias51, el número

de protozoos que se alimentan de bacterias tiende a aumentar en

respuesta a un evento de contaminación, debido al aumento

en la cantidad de bacterias que ocurre como resultado del mayor concentración de sustratos
disponibles. Depredadores

afectar indirectamente la biodegradación de contaminantes, debido

a su capacidad de pastoreo selectivo, y controlar el

biomasa de, bacterias.

La influencia de los protozoos en la biodegradación es a menudo

negativo, porque disminuye el número de degradativo

bacterias en comparación con la situación en ausencia

de depredadores52. Sin embargo, se ha demostrado que la depredación

estimular la degradación bacteriana de tolueno y benceno

considerablemente por cada base53,54. Además, la depredación

crea un ciclo nutricional, porque los depredadores pueden

remineralizar los nutrientes, que a su vez aumentan las bacterias

crecimiento. Modelos recientes mostraron que bajo nitrógeno

o la limitación de fósforo, la tasa global de biodegradación

puede aumentarse en comparación con una situación en

la ausencia de depredadores, mientras que este no era el caso

bajo aceptador de electrones o limitación de carbono (W.F.M.R.,

observaciones no publicadas). Estimulación de la mineralización de carbono

por la depredación también se ha observado en el

environment55; sin embargo, esto aún no se ha demostrado en

relación con la degradación de hidrocarburos.

La importancia de las interacciones Un claro ejemplo de

el requerimiento de interacción entre microorganismos

es la transferencia de hidrógeno entre especies sintrófica en el

degradación de la materia orgánica. Hidrógeno interespecies

transferencia parece ser un requisito absoluto en virtud de

condiciones metanogénicas56,57. Hasta ahora, no ha habido

descripción de consorcios naturales que dependen del hidrógeno

transferencia entre un microorganismo fermentativo y

un microorganismo aceptor de electrones terminales durante

degradación anaeróbica de hidrocarburos bajo nitrato, ironor

condiciones reductoras de sulfato58, aunque sintróficas

relaciones entre bacterias fermentativas y metanógenos

se han mostrado59. Degradación sintrófica

acoplado a diferentes aceptores de electrones puede ocurrir, y

co-culturas sintróficas construidas en el laboratorio de

la degradación del tolueno, las bacterias reductoras de hierro o sulfato

con Wolinella succinogenes (una cepa que reduce nitratos)

incapaz de degradar el tolueno) tolueno degradado con

nitrato como el aceptador terminal de electrones60.

Otra interacción mutualista durante la biodegradación,

que se ha descrito más recientemente, se relaciona con

la producción de surfactantes que promueven la biodisponibilidad de contaminantes

y degradación. Iwabuchi y col.

61 observado

que en el agua de mar contaminada con petróleo complementada con nitrógeno,

fósforo y hierro, una importante biodegradación de

una fracción aromática del petróleo crudo ocurrió solo cuando

polisacáridos extracelulares de Rhodococcus rhodochrous

estuvieron presentes. Los polisacáridos extracelulares

dio como resultado la emulsificación del aceite, seguido de cambios

en la composición de la comunidad bacteriana, con

Cycloclasticus spp. convirtiéndose en dominante Cambios en

las comunidades microbianas pueden depender de la cantidad de

tensoactivo presente y en hidrocarburos contaminados

suelo que fue modificado con diferentes concentraciones de

el tensioactivo no iónico Witconol SN70, Rhodococcus

y las poblaciones de Nocardia fueron reemplazadas por Pseudomonas

y poblaciones de Alcaligenes a mayores concentraciones62.

En parte, esto se debió al consumo del surfactante

por las poblaciones de Pseudomonas y Alcaligenes.

En un consorcio bacteriano de mineralización benzo [pireno]

recuperado del suelo, una cepa Rhodanobacter que fue

incapaz de crecer en benzo [a] pireno en cultivo puro creció en

metabolitos producidos por otros miembros del consorcio y

contribuido fuertemente a la mineralización de benzo [a] pireno por

aumentando su biodisponibilidad63.

Estos ejemplos muestran que el éxito de la biodegradación

no solo está determinado por los microorganismos degradativos,

posiblemente explicando por qué la bioaumentación a menudo

no aumenta las tasas de biodegradación, e indican

que una forma alternativa de aumentar la biorremediación podría

ser para inocular el medio ambiente con, o promover el

crecimiento de organismos que llevan a cabo importantes

funciones. Una razón adicional por la cual la adición de

los microorganismos que degradan los contaminantes frecuentemente fallan

que la cepa inoculada tiene poca supervivencia o poca actividad

en el medio ambiente como resultado de tensiones que no son

encontrado en condiciones de laboratorio. Una alternativa

enfoque a la introducción de organismos específicos

implica la introducción de catabólico transmitido por plásmidos

genes de una cepa donante en la bacteriana indígena

población. Este enfoque se ha utilizado para estimular

Degradación del ácido 2,4-diclorofenoxiacético (2,4-D)

en suelo. Aunque el host desapareció rápidamente, nativo

transconjugantes que habían adquirido los genes que codifican

Las enzimas 2,4-D-catabolizantes proliferaron, y el

el contaminante se degradó rápidamente64.

Degradación de hidrocarburos en la era genómica

La genética molecular tradicional ya ha ofrecido

muchas ideas valiosas sobre la base genética de

degradación de hidrocarburos, y en una breve revisión, es

no es posible hacer justicia a este vasto cuerpo de elegante

trabajo. Los genomas de varios hidrocarburos degradantes

las bacterias ahora han sido secuenciadas, y estas incluyen

organismos aeróbicos y anaeróbicos que pueden degradarse

hidrocarburos aromáticos simples (por ejemplo, P. putida

KT2440 (Ref. 65), Geobacter metallireducens GS-15 y

Azoarcus sp. EbN1 (Ref. 66)) y la degradación aeróbica saturada de hidrocarburos

bacteria Alcanivorax borkumensis

SK2 (REF 67). Curiosamente, es evidente desde el

cribado de secuencias genómicas completas y parciales

que muchos organismos que generalmente no son considerados

ser bacterias degradadoras de hidrocarburos contienen genes

que son homólogos a los genes alcano-hidroxilasa.

Van Beilen et al.

68 informan que Burkholderia mallei,

Burkholderia pseudomallei, Burkholderia fungorum,

Pseudomonas aeruginosa, Legionella pneumophila,

Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium bovis,

Mycobacterium smegmatis, Mycobacterium avium,

M. avium subsp. paratuberculosis y Silicibacter

pomeroyi contiene homólogos de alcano-hidroxilasa

genes, y se ha demostrado para varias de estas especies

que las proteínas codificadas son alcanos funcionales

hidroxilasas.

A pesar de esta gran cantidad de información genómica, varios

misterios permanecen con respecto a la enzima degradadora de alcanos

sistemas. Todos los sistemas de alcanohidroxilasa que tienen

sido examinado oxidar solo un pequeño rango de relativamente

alcanos de bajo peso molecular y mutantes knockout de

sistemas conocidos de alcanohidroxilasa en la degradación de alcanos

las bacterias no siempre pierden la capacidad de oxidar

alcanos. Esto indica que hay alternativas,

sistemas de alcano-hidroxilación aún no descubiertos69.

Además, una nueva dioxigenasa ha sido implicada

en la oxidación de alcanos de alto peso molecular70.

La prevalencia de tales sistemas en el medio ambiente

aún no se ha establecido.
El creciente recurso de datos genómicos sobre la degradación de hidrocarburos

bacterias, tanto convencionales como dirigidas

estudios moleculares y la secuenciación del genoma68, ahora proporciona

un marco dentro del cual los estudios metagenómicos de

las comunidades procariotas degradadoras de hidrocarburos pueden

llevarse a cabo. Análisis metagenómico de la degradación de hidrocarburos

comunidades es atractivo para dos principales

razones. Primero, hay una gran cantidad de datos genómicos relevantes

y la información bioquímica disponible para facilitar robusto

interpretación funcional de datos de la hidrocarbromación

metagenoma. En segundo lugar, el muestreo efectivo de

el metagenoma de las comunidades microbianas que muestran

la alta diversidad requiere un gran esfuerzo de secuenciación. los

esfuerzo de secuenciación requerido para muestrear el metagenoma

efectivamente se reduce cuando la diversidad de la comunidad

es más bajo71. El dominio de bacterias particulares

taxa, que puede constituir hasta el 90% de los procarióticos

comunidad en un ambiente impactado por hidrocarburos16,

se presta bien a la metagenómica comparativa completa

estudios. La complejidad de la clasificación de hidrocarburos

metagenoma también puede ser restringido mediante el uso de

métodos tales como la prueba de isótopos estables para selectivamente

enriquecer el ADN de los componentes de la comunidad

que están involucrados en la degradación de hidrocarburos

y sus metabolitos72. Este enfoque es particularmente

atractivo porque supera uno de los potenciales

problemas de análisis basados en sondeos de isótopos estables.

La adición de un sustrato etiquetado isotópicamente puede en sí mismo

perturbar el medio ambiente, lo que impone restricciones

cómo se interpretan los resultados porque, siguiendo el

perturbación, se puede argumentar que los resultados ya no

se relacionan con las condiciones in situ. En el contexto de hidrocarburos

degradación, generalmente los organismos responden

a altos aportes de hidrocarburos a un ambiente que

son de mayor interés. Entonces, cualquier perturbación causada por la suma

de sustrato etiquetado es probable que sea pequeño en comparación

con la resultante de la contaminación de hidrocarburos.

Indicaciones de que los diferentes genotipos de Alcanivorax son

seleccionado en presencia de diferentes cantidades de nutrientes

(Figura 5) también allanan el camino para la metagenómica impulsada por hipótesis

estudios. Análisis metagenómico en este contexto

podría permitirnos responder preguntas específicas relacionadas con

las causas de la selección de una bacteria particular bajo un

dado conjunto de condiciones ambientales. Además, con

muestreo exhaustivo de metagenoma, es posible

aplicar enfoques como la proteómica con un grado de

confianza73. Nuevas proteínas interesantes detectadas por

electroforesis en gel bidimensional de proteínas recuperadas

de una muestra ambiental compleja puede ser con confianza

asociado con una secuencia de ADN solo si la secuencia tiene

sido recuperado del metagenoma. En ausencia de

dicha información, la proteómica ambiental es probable que sea

particularmente desafiante Metagenome-habilitado ambiental

proteómica abre la puerta a significativos temporales

análisis de patrones de expresión génica, un lujo que podría

no siempre estará disponible para entornos para los cuales el

metagenome ha sido escasamente muestreado.

Aplicación inteligente de tecnologías genómicas, en

conjunción con productos bioquímicos más convencionales y

análisis de comunidad microbiana, ahora proporciona muchos

oportunidades emocionantes para aumentar nuestra comprensión

de la biología que sustenta la degradación de hidrocarburos

en un contexto ambiental relevante.