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INGENIERÍA EN INFORMÁTICA
ÍNDICE:
1.- INTRODUCCIÓN
2.- HISTORIA
3.- ENZIMAS
3.1.- ESTRUCTURA DE LAS ENZIMAS
7.- CLASIFICACIÓN
11.- BIBLIOGRAFÍA
ENZIMAS -2-
INGENIERÍA EN INFORMÁTICA BIO – INFORMÁTICA
1.- INTRODUCCIÓN
Las moléculas constituyentes de los seres vivos forman parte de sus estructuras o
interaccionan entre sí originando los procesos vitales. La complejidad de estas
interrelaciones moleculares es enorme, y precisa de unos sistemas de control y
regulación que permitan el correcto funcionamiento del organismo.
El control de estas reacciones químicas, también denominadas metabólicas, que
tienen lugar entre los componentes moleculares de un ser vivo requiere la presencia de
unos catalizadores, sin los cuáles no serían posibles. Estos catalizadores son las
enzimas.
En la actualidad este concepto se ha desarrollado y concretado cada vez más y
constituye un componente esencial de diversas disciplinas: la bioquímica, la fisiología,
la microbiología, la inmunología y la taxonomía, formando además parte del campo
aplicado en gran variedad de industrias.
2.- HISTORIA
Desde finales del Siglo XVIII y principios del Siglo XIX, se conocía la digestión
de la carne por las secreciones del estómago y la conversión del almidón en azúcar por
los extractos de plantas y la saliva. Sin embargo, no había sido identificado el
mecanismo.
En el Siglo XIX, cuando se estaba estudiando la fermentación del azúcar en el
alcohol con levaduras, Louis Pasteur llegó a la conclusión que esta fermentación era
catalizada por una fuerza vital contenida en las células de la levadura, llamadas
fermentos, que se pensó sólo funcionaban con organismos vivos. Escribió que "la
fermentación del alcohol es un acto relacionado con la vida y la organización de las
células de las levaduras, y no con la muerte y la putrefacción de las células".
En 1878, el fisiólogo Wilhelm Kühne (1837–1900) acuñó el término enzima, que
viene del griego ενζυμον "en levadura", para describir este proceso. La palabra enzima
fue usada después para referirse a sustancias inertes como el pepsin. Por otro lado la
palabra "fermento" solía referirse a la actividad química producida por organismos
vivientes.
En 1897, Eduard Buchner comenzó a estudiar la habilidad de los extractos de
levadura para fermentar azúcar debido a la ausencia de células vivientes de levadura. En
una serie de experimentos en la Universidad Humboldt de Berlín, encontró que el
azúcar era fermentada inclusive cuando no había elementos vivos en las células de las
levaduras en la mezcla. Llamó a la enzima que causa la fermentación de la sacarosa,
“zimasa”. En 1907 recibió el Premio Nobel de Química "por sus investigaciones
bioquímicas y el haber descubierto la fermentación libre de células". Siguiendo el
ejemplo de Buchner, las enzimas son usualmente nombradas de acuerdo a la reacción
que producen. Típicamente el sufijo "-asa" es agregado al nombre del sustrato (e.j., la
lactasa es la enzima que hiende lactosa) o el tipo de reacción (e.j., el DNA polimerasa)
forma polímeros de ARN.
Eduard Buchner
ENZIMAS -3-
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Habiendo mostrado que las enzimas pueden funcionar afuera de una célula viva,
el próximo paso era determinar su naturaleza bioquímica.
En muchos de los trabajos iniciales se notó que la actividad enzimática estaba
asociada con proteínas, pero algunos científicos (como el Premio Nobel Richard
Willstätter) argumentaban que las proteínas eran simplemente el transporte para las
verdaderas enzimas y que las proteínas per se no eran capaces de realizar catálisis.
Sin embargo, en 1926, James B. Sumner demostró que la enzima urease era una
proteína pura y la cristalizó; Summer hizo lo mismo con la enzima caralase en 1937. La
conclusión de que las proteínas puras podían ser enzimas fue definitivamente probada
por John Howard Northrop y Wendell Meredith Stanley, quienes trabajaron en las
enzimas digestivas pepsin (1930), trypsin y chymotrypsin. Estos tres científicos
recibieron el Premio Nobel de Química en 1946.
El descubrimiento de que las enzimas podían ser cristalizadas eventualmente
permitía que sus estructuras fuesen resueltas por una cristalografía de rayos x. Esto fue
hecho primero por las lisozimas, una enzima encontrada en las lágrimas, la saliva y los
huevos blancos que digieren la capa de algunas bacterias; la estructura fue resuelta por
un grupo liderado por David Chilton Phillips y publicado en 1965. Esta estructura de
alta resolución de lisozimas marcó el comienzo del campo de la biología estructural y el
esfuerzo por entender como las enzimas trabajan a un nivel anatómico de detalles.
3.- ENZIMAS
Las enzimas son sustancias de naturaleza proteica que catalizan reacciones
químicas, siempre que sea termodinámicamente posible. Del grado de actividad de estas
sustancias catalizadoras dependen el tipo y la velocidad de las reacciones metabólicas
que se lleven a cabo entre los compuestos biológicos y, en consecuencia, los procesos
vitales derivados de ellos.
Resulta evidente, por tanto, que el conocimiento de las enzimas es fundamental
para comprender los mecanismos básicos de estas reacciones, imprescindibles para el
mantenimiento de la actividad vital de todos los seres vivos.
Todas las enzimas son proteínas, sin embargo, pueden estar formadas
únicamente por cadenas polipeptídicas o contener, además, otro grupo no proteico. En
este último caso, la parte proteica recibe el nombre de apoenzima, mientras que la parte
no proteica se denomina grupo prostético cuando su unión a la coenzima es permanente,
y cofactor cuando, como es habitual, no lo es.
La apoenzima se encarga de proporcionar la estructura espacial específica que
permite la unión a los sustratos. El cofactor o el grupo prostético son los componentes
enzimáticos que llevan a cabo la reacción propiamente dicha, es decir la catálisis en
sentido estricto.
El cofactor puede ser, sencillamente, un catión metálico o bien una molécula
orgánica, y en este caso se llama coenzima. Las coenzimas constituyen un grupo
molecular muy diverso que comprende numerosos derivados vitamínicos.
En los casos en que la enzima consta sólo de parte proteica, ésta se encarga tanto
de fijar específicamente el sustrato como de llevar a cabo la reacción sobre él. Para ello
existen ciertas regiones de la cadena polipeptídica cuyos aminoácidos se unen a los
sustratos, y otras zonas que interaccionan con éstos para la realización de la reacción.
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Modelo de la llave-cerradura
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ke
E S
ES
Para calcular dicha constante, es preciso conocer la concentración de enzima
libre y la concentración de enzima que forma el complejo ES, valores que no se pueden
establecer directamente. Sin embargo, cuando la velocidad de la reacción es la mitad de
la máxima, el número de moléculas de enzima libres es igual al de moléculas de enzima
ocupadas, es decir:
E ES
La expresión de la constante de equilibrio en esta situación se simplifica y
queda:
ke S
La constante así obtenida se denomina Michaelis-Menten o KM y se define como
la concentración de sustrato para la cuál la reacción alcanza la velocidad semimáxima
(mitad de la velocidad máxima).
La KM es característica de cada enzima y cuanto menor sea su valor, mayor
afinidad tendrá la enzima por el sustrato, ya que se alcanza antes la velocidad
semimáxima. Del grado de afinidad relacionado con la K M, depende la velocidad de la
enzima.
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Velocidades semimáximas y KM
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Reacciones en cascada
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- Alosterismo:
El alosterismo constituye un sistema de regulación enzimática sumamente
preciso. Las enzimas alostéricas catalizan algunas reacciones importantes, como, por
ejemplo, el primer paso de una ruta metabólica compuesta por varias reacciones
consecutivas. También suelen encontrarse en los puntos de ramificación de las rutas
metabólicas desde los que se pueden seguir varios caminos alternativos.
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7.- CLASIFICACIÓN
Se conocen alrededor de 2000 enzimas. Hay varias formas mediante las cuales
se asigna un nombre a una enzima: nombres particulares, sistemáticos o el código de la
Comisión Internacional de Enzimas (IEC), organismo que cataloga las enzimas
conocidas.
- Nombres particulares: Antiguamente, las enzimas recibían nombres
particulares, asignados por su descubridor. Al ir aumentando el número de
enzimas conocidos, se hizo necesaria una nomenclatura sistemática que
informara sobre la acción específica de cada enzima y los sustratos sobre los
que actuaba.
- Nombres sistemáticos: El nombre sistemático de una enzima consta
actualmente de tres partes: el sustrato preferente, el tipo de reacción realizada
y la terminación “-asa”.
- Nomenclatura de la Comisión Enzimática: El nombre de cada enzima puede
ser identificado por un código numérico, encabezado por las letras EC
(enzyme commission), seguidas de cuatro números separados por puntos. El
primer número indica a cuál de las seis clases pertenece la enzima, el
segundo se refiere a distintas subclases dentro de cada grupo y el tercero y el
cuarto se refieren a los grupos químicos específicos que intervienen en la
reacción. Aunque más precisa, esta nomenclatura no resulta cómoda y se
utiliza con menos frecuencia que la anterior.
Según el tipo de reacción que catalizan, las enzimas se clasifican en seis clases:
1) Oxidorreductasas: Las reacciones de oxidación-reducción son muy
comunes en las rutas metabólicas y están catalizadas por una amplia clase de
enzimas llamadas oxidorreductasas. Allá donde transcurra una reacción de
oxidación-reducción, al menos un sustrato gana electrones y se reduce, y otro
los pierde, oxidándose.
Ejemplos: Deshidrogenasas, hidrosilasas y oxidasas.
2) Transferasas: Las transferasas catalizan reacciones de transferencia de
grupo, es decir, la transferencia de un grupo funcional de una molécula a
otra. Una característica común a estas reacciones es que el grupo que se
transfiere existe como grupo de fácil transferencia en la molécula donadora.
Suelen actuar en procesos de interconversión de monosacáridos,
aminoácidos, etc.
Ejemplos: Transaminasas, transcarboxilasas, transmetilasas y quinasas.
3) Hidrolasas: Verifican reacciones de hidrólisis con la consiguiente obtención
de monómeros a partir de polímeros. Suelen ser de tipo digestivo, por lo que
normalmente actúan en primer lugar.
Ejemplos: Carbohidrasas, esterasas, glucosidasas, peptidasas, lipasas y
nucleasas.
4) Liasas: La clase de las liasas está formado por un grupo diverso de enzimas
que escinden enlaces de forma diferente a la hidrólisis o la oxidación.
Realizan la degradación o síntesis de los enlaces denominados fuertes sin ir
acoplados a sustancias de alto valor energético (como el ATP).
Ejemplos: Descarboxilasas, sintasas, hidratasas y aminasas.
5) Isómerasas: Muchas reacciones bioquímicas simplemente reorganizan los
átomos presentes en una molécula, es decir, crean isómeros de la molécula
de partida. Las enzimas que reorganizan la estructura de los enlaces de un
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GRUPO DESCRIPCIÓN
SUBCLASE
EC 1.1 Acción sobre donantes CH-OH
EC 1.2 Acción sobre donantes de grupos aldehido u oxo.
EC 1.3 Acción sobre donantes del grupo CH-CH
EC 1.4 Acción sobre donantes del grupo CH-NH2
EC 1.5 Acción sobre donantes del grupo CH-NH
EC 1.6 Acción sobre NADH o NADPH
EC 1.7 Acción sobre donantes de otros grupos nitrogenados
EC 1.8 Acción sobre donantes de grupos azufrados
EC 1: Oxidorreductasas
EC 2.3 Aciltransferasas
EC 2.4 Glicosiltransferasas
Transferentes de grupos alquilo o arilo diferentes al
EC 2.5
metilo.
EC 2.6 Transferentes de grupos de nitrógeno
EC 2.7 Transferentes de grupos con fósforo
EC 2.8 Transferentes de grupos con azufre
EC 2.9 Transferentes de grupos con selenio
EC 3.1 Acción sobre enlaces éster
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EC 3.2 Glicosilasas
EC 3.3 Acción sobre enlaces éter
EC 3.4 Acción sobre enlaces peptídicos
EC 3.5 Acción sobre enlaces carbono-nitrógeno no peptídicos
EC 3: Hidrolasas
EC 3.6 Acción sobre anhídridos de ácido
EC 3.7 Acción sobre enlaces carbono-carbono
EC 3.8 Acción sobre enlaces haluro
EC 3.9 Acción sobre enlaces fósforo-nitrógeno
EC 3.10 Acción sobre enlaces azufre-nitrógeno
EC 3.11 Acción sobre enlaces carbono-fósforo
EC 3.12 Acción sobre enlaces azufre-azufre
EC 3.13 Acción sobre enlaces carbono-azufre
EC 4.1 Liasas carbono-carbono
EC 4.2 Liasas carbono-oxígeno
EC 4: Liasas
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ARN, sintetizado por la primasa, actúa como cebador para iniciar la síntesis del ADN.
A medida que la doble hélice del ADN original se va separando (de manera
semejante a una cremallera que se abre), se forma la llamada burbuja de replicación,
donde se produce la acción de la ADN polimerasa III. Existe una horquilla de
replicación en cada extremo, pues el proceso es bidireccional, es decir, avanza en ambas
direcciones.
Dado que la ADN polimerasa III recorre el ADN molde en sentido 3’ 5’, la
síntesis de una de las hebras es continua, ya que, a medida que se abre la doble hélice, la
enzima va avanzando y añadiendo nuevos nucleótidos a la cadena en formación,
denominada hebra conductora. Sin embargo, como la otra cadena es complementaria, la
ADN polimerasa debería recorrerla en sentido 5’ 3’, añadiendo nucleótidos a la
hebra en formación en sentido 3’ 5’, lo cual no es posible. La síntesis, en este caso,
es discontinua y se produce en segmentos separados. Esta cadena se denomina hebra
retardada, pues su síntesis es más lenta que la de la hebra conductora. Los segmentos de
ADN sintetizados de este modo se conocen como fragmentos de Okazaki y constan de
1000 a 2000 nucleótidos. Cada fragmento de Okazaki requiere un ARN cebador para
iniciar la síntesis de una secuencia de nucleótidos.
Posteriormente, tras la eliminación de los ARN cebadores, los fragmentos de
Okazaki se unen gracias a la acción de las enzimas ligasas.
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- Corrección de errores:
La replicación no ha concluido hasta que se comprueba que la copia de la secuencia
nucleotídica es correcta. Es necesario, pues, detectar y corregir los errores producidos.
El ADN es la única molécula capaz de efectuar una reparación de sí misma.
La ADN polimerasa III no une los nucleótidos que no sean complementarios de los
correspondientes nucleótidos de la hebra molde, aunque, en ocasiones, se produce un
error que hay que eliminar. En estos casos el nucleótido mal emparejado es quitado por
la acción de enzimas nucleasas. Por esta razón, el número de errores producidos durante
el proceso de replicación es muy bajo (uno por cada 107 – 108 bases incorporadas). Sin
embargo, esta proporción tan baja no es despreciable, ya que el número de nucleótidos
de una cadena de ADN es muy alto, sobre todo en organismos pluricelulares (con más
información genética y un gran número de células). Por ello, existe un proceso
posreplicativo de corrección de errores en el que participan varias enzimas:
Endonucleasas que detectan errores y cortan la cadena anómala
Exonucleasas que eliminan el fragmento incorrecto
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- Transcripción:
El proceso de transcripción, como su nombre indica, consiste en copiar una parte del
mensaje genético desde su forma original (ADN) a otra (ARN) que se pueda utilizar
directamente para la síntesis de proteínas específicas. Dado que la maquinaria
sintetizadora sólo puede funcionar con informaciones codificadas en moléculas de
ARN, se comprende que la trasncripción sea imprescindible como paso previo para la
síntesis proteica. Por otra parte, también resulta fundamental en la regulación de la
expresión genética, pues al inhibirse se dejarán de producir las proteínas
correspondientes. Por el contrario, la activación de la transcripción implicará la síntesis
proteica.
En el proceso de transcripción se forma una cadena de ARN cuyas secuencias de
bases nitrogenadas es la misma que la de una de las hebras de la doble hélice de ADN.
La síntesis de ARN se produce gracias a la acción de una enzima, la ARN
polimerasa ADN dependiente, que presenta las siguientes características:
- Une nucleótidos mediante enlaces fosfodiéster (nucleotídicos), siempre en
sentido 5` 3`.
- Utiliza nucleótidos trifosfato.
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- Necesita una molécula de ADN como molde o patrón para poder establecer la
secuencia específica de bases del ARN que se va a sintetizar. Esta especificidad se
consigue por la complementariedad que existe entre las bases de la hebra de ADN
molde y las de los ribonucleótidos que van a construir el ARN. Así, cada
ribonucleótido se sitúa frente al nucleótido correspondiente del ADN y la enzima
ARN polimerasa los va uniendo. Es necesario observar que la cadena de ARN
sintetizada, al ser complementaria de la hebra de ADN que se utiliza como molde,
es igual a la otra hebra. Es decir, si se quiere formar una copia de una hebra se
utiliza la otra como molde
- Se fija a regiones específicas del ADN (regiones o genes promotores) para
comenzar su acción a partir de ese punto. En el procariota E. coli, esta secuencia
consenso es TATAAT, que se conoce como la caja TATA o de Pribnow y en los
eucariotas muy frecuentemente tienen cajas CAAT.
El proceso en líneas generales, es el mismo en todas las células, aunque existen
algunas diferencias entre las procariotas y las eucariotas.
- Traducción:
Una vez transcrita el ADN la molécula de ARNm formada contiene la
información necesaria para la síntesis de la proteína correspondiente. El proceso de
biosíntesis de proteínas recibe el nombre de traducción, ya que se cambia el lenguaje
para pasar de una secuencia específica de nucleótidos a una secuencia específica de
aminoácidos.
Antes de que se inicie propiamente la síntesis de las proteínas es preciso que los
aminoácidos que van a ser unidos se activen. En esta fase previa, que tiene lugar en el
citoplasma, cada aminoácido se une a una molécula de ARNt específica gracias a la
acción de las enzimas aminoacil-ARNt sintetasas.
La unión entre los aminoácidos para la formación del enlace peptídico se
produce gracias a la enzima peptidil transferasa.
- Transcripción Inversa:
Se llama ADNc o complementario a una secuencia de ADN sintetizada
artificialmente utilizando como molde el ARN mensajero, mediante la enzima
transcriptasa inversa.
La ventaja de este tipo de moléculas es que el ADN c no contiene intrones y, dado
que se obtiene directamente del ARNm, todas las secuencias son codificantes, pues
tampoco hay ADN correspondiente a regiones reguladoras ni regiones con repeticiones.
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Sitio de
Enzima Origen Bacteriano Resultado del Corte
Reconocimiento
5'GAATTC 5'---G AATTC---3'
EcoRI Escherichia coli 3'CTTAAG 3'---CTTAA G---5'
5'GGATCC 5'---G GATCC---3'
BamHI Bacillus amyloliquefaciens 3'CCTAGG 3'---CCTAG G---5'
CH3 CH3
| |
5'GATC 5'---GA TC---3'
DpnI* Diplococcus pneumoniae 3'CTAG 3'---CT AG---5'
| |
CH3 CH3
5'AAGCTT 5'---A AGCTT---3'
Hindi Haemophilus influenzae 3'TTCGAA 3'---TTCGA A---5'
5'TCGA 5'---T CGA---3'
TaqI Thermus aquaticus 3'AGCT 3'---AGC T---5'
5'GCGGCCGC 5'---GC GGCCGC---3'
NotI Nocardia otitidis 3'CGCCGGCG 3'---CGCCGG CG---5'
5'GANTC 5'---G ANTC---3'
Hindi Haemophilus influenzae 3'CTNAG 3'---CTNA G---5'
5'GATC 5'--- GATC---3'
Sau3A Staphylococcus aureus 3'CTAG 3'---CTAG ---3'
5'CAGCTG 5'---CAG CTG---3'
PovII* Proteus vulgaris 3'GTCGAC 3'---GTC GAC---5'
5'CCCGGG 5'---CCC GGG---3'
SmaI* Serratia marcescens 3'GGGCCC 3'---GGG CCC---5'
5'GGCC 5'---GG CC---3'
HaeIII* Haemophilus egytius 3'CCGG 3'---CC GG---5'
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11.- BIBLIOGRAFÍA
- CAMPBELL, Peter N.; SMITH, Anthony D.; PETERS, Timothy J.;
Bioquímica Ilustrada, 5º Edición. Elsevier España, 2006.
- http://es.wikipedia.org
- http://soko.com
- http://www.ucm.es/info/genetica/grupod/Transcripcion/
- http://www.alfinal.com/monografias/enzimasmonografiab.shtml
- http://www.icampus.ucl.ac.be/courses/SBIM2520/document/genemol/
biomolespa/Enzimas/enzimas-de-restricc.html
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