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AISLAMIENTO, CARACTERIZACIÓN Y
ANÁLISIS DEL POTENCIAL BIORREMEDIADOR
DE UNA BACTERIA DE AIRE, ENCONTRADA
EN CONGATA
Docente:
Dr. JULIO CESAR BERNABE ORTIZ
Integrantes:
✓ ANGELA MILAGROS FIGUEROA TAPIA
✓ CARLA DEL ROSARIO PALO FERNANDEZ
✓ CINTIA HUILLCAÑAHUI TACO
✓ DEYSI IVANI YANA QUISPE
2016
AISLAMIENTO, CARACTERIZACIÓN Y ANÁLISIS DEL POTENCIAL
BIORREMEDIADOR DE UNA BACTERIA DE AIRE, ENCONTRADA EN CONGATA
Autores: Figueroa Tapia Angela Milagros, Huillcañahui Taco Cintia, Palo Fernández Carla
del Rosario, Yana Quispe Deysi Ivani
RESUMEN
El estudio presentado tiene como objetivos poder aislar, caracterizar e identificar una cepa
bacteriana, es así que se encuentra un género de bacteria Arthrobacter sp. La cual fue
extraída de Congata, Uchumayo, Arequipa; una vez aislada y purificada mediante 5
repiques sucesivos, la cepa bacteriana fue identificada por análisis de la secuencia del
gen Rrna16S, estas cepas son algunos de los géneros más frecuentemente aisladas,
indígenas, aeróbicos bacterianas que se encuentran en los suelos.
ABSTRACT
The study presented aims to isolate, characterize and identify a bacterial strain, so that a
genus of bacteria is Arthrobacter sp. Which it was extracted from Congata, Uchumayo,
Arequipa; once isolated and purified by 5 successive rings, the bacterial strain was
identified by sequence analysis of the gene Rrna16S, these strains are among the genera
most frequently isolated, indigenous aerobic bacteria found in soil.
Members of the genus are metabolically and ecologically different and have the ability to
survive in environmentally harsh conditions for extended periods of time. It has expanded
its metabolic capabilities, relying on duplicated genes catabolic and metabolic
intermediates channel generated by plasmid genes transmitted to the chromosomally
encoded tracks. The data presented here suggest that the environmental prevalence of
Arthrobacter may be due to its ability to survive under stress induced by hunger, ionizing
radiation, oxygen radicals, and toxic chemicals.
Keywords: Bacterial strain, Arthrobacter sp.
INTRODUCCIÓN
OBTENCIÓN DE LA MUESTRA
Las muestras de aire fueron tomadas en distintas zonas para que la muestra sea
homogénea y representativa de la urbanización de Congata perteneciente al distrito de
Uchumayo ubicado a 16° 24’ 55’’S, 71°39’49’’w.
Cabe resaltar que se tomaron las muestras en horas de la tarde en dirección contraria a la
que van las corrientes de aire y viento.
Las cepas de Arthrobacter especies fueron sacrificadas por primera vez de los suelos en
el siglo XIV y se encuentran entre los géneros más frecuentemente aisladas, indígenas,
aeróbicos bacterianas que se encuentran en los suelos. Estas bacterias aparecen
típicamente como bacilos Gram negativos en las culturas más jóvenes y, como cocos
grampositivos en las culturas más antiguas. La base molecular para su método distinto de
crecimiento no se conoce. Debido a su apariencia pleomórficos y heterogéneos,
Arthrobacter sp. cepas se agruparon originalmente con el Corynebacteria Sin embargo,
los análisis sistemáticos más modernas indican que los miembros del género Arthrobacter
son taxonómicamente agrupado con el Micrococcaceae, que se compone de alta G + C.
Hábitad de Arthrobacter
Arthrobacter sp. son ubicuos y se han encontrado en los suelos comunes y en ambientes
extremos, tales como el subsuelo profundo, hielo ártico, sitios contaminados
químicamente, y ambientes radiactivos. Arthrobacter sp. cepas fueron reportados a estar
entre los géneros más frecuente de bacterias aisladas de una filtración por debajo
tanques de almacenamiento de radionucleidos en la instalación del Departamento de
Energía en Hanford, Washington, Estados Unidos.
RESULTADOS / DISCUSION
Características de Arthrobacter
Arthrobacter sp. cepas tienen un ciclo de vida primitiva y se encuentran entre los más
frecuentemente aislados, las bacterias del suelo indígenas, que se encuentran en el
subsuelo comunes y profundo, el hielo ártico, y los ambientes contaminados con
productos químicos industriales y materiales radiactivos. Para entender mejor cómo estas
bacterias sobreviven en condiciones ambientales duras, nos basamos en realizar un
enfoque de la genómica estructural para identificar el potencial biorremediador de
Arthrobacter aurescens TC1 cepa, una bacteria aislada originalmente por su capacidad
para degradar el herbicida atrazina.
FILOGENIA
Las técnicas del DNA recombinante nos ayudan a subsanar estos problemas y a clasificar
a los organismos de un modo más correcto, de acuerdo a su filogenia. Estos estudios
podemos hacerlos estudiando la secuencia total de nucleótidos del genoma del
microorganismo, pero actualmente se utilizan los estudios del rRNA 16S o 18S, porque
son secuencias que se han mantenido bastante uniformes a lo largo de la evolución, y por
eso se ven claramente las diferencias entre los distintos microorganismos y se pueden
realizan árboles filogenéticos y esquemas evolutivos.
Un cronómetro molecular que permita detectar las relaciones evolutivas más amplias ha
de cumplir las siguientes condiciones:
Se usan dos estrategias a la hora de aislar genes de rRNA del total de los ácidos
nucleicos. Una aproximación es clonar fragmentos al azar de DNA del medio ambiente y
analizar aquellos que contienen genes de rRNA. Como la cantidad de DNA clonado que
contiene genes de rRNA es pequeña, el segundo paso, casi obligado, es la utilización de
la PCR para amplificar este rRNA.
En principio la PCR realizada con estos primers amplifica los genes de RNA de todos los
tipos de organismos presentes en un ambiente. Los tipos individuales de genes en la
mezcla son separados en principio por clonación y posteriormente son secuenciados.
Arthrobacter sp. son metabólicamente diversa y se han aislado por su capacidad para
biodegradarse una variedad de contaminantes ambientales, tales como el glifosato, metil
terc-butil éter, 2,4-diclorofenoxiacetato (2,4-D), nictotine, 4-nitrofenol, dimethylsilanediol,
endoxohexahydrophthalate ( endotal), fluoreno, ftalato, nitroglicerina, y un número muy
grande de s . herbicidas triazina Arthrobacter también se han demostrado ser altamente
resistente a algunos metales pesados tóxicos y anión cromato.
Cupins, una superfamilia de dominios estructurales β-barril, se cree que está involucrado
en las respuestas al estrés, la morfogénesis celular y desarrollo, la estructura de la pared
celular, y la tolerancia a la desecación. Enzimas de la superfamilia Cupin incluyen varios
dioxigenasas y germins asociadas a las plantas que se unen a un único ión manganeso,
similar al manganeso superóxido dismutasa (MnSOD).
• Capacidad de biodegradación.
MATERIALES Y METODOS
SIEMBRA DE MICROORGANISMOS
Para estudiar esta bacteria ha sido necesario destruir todos aquellos microorganismos
que pudieran encontrarse en el medio y en los instrumentos de trabajo. Esto lo
conseguimos con la esterilización en el autoclave, proceso que consiste en conseguir que
todos los microorganismos presentes mueran, haciéndose uso del calor húmedo
Utilizándose tipos principales de esterilización.
FIGURA 5: 1ER REPIQUE CON TRITON. FIGURA 6: 5TO REPIQUE CON TRITON.
TINCIÓN DE GRAM
Colorantes utilizados:
✓ Cristal violeta
✓ Lugol
✓ Safranina
También se utilizó:
✓ Alcohol-acetona
Cristal violeta
Lugol
Safranina
La morfología bacteriana:
✓ Cocos
Específicamente:
✓ Staphylococcus
FIGURA 6: VISTA DEL MICROSCOPIO
CONSERVACIÓN DE MUESTRA
Procedimiento:
✓ Utilizando el asa de col se retira toda una fila de colonias de la placa Petri con la
finalidad de arrastrar la mayor cantidad de muestra.
✓ Se coloca la muestra en un tubo eppendorf, se agita hasta disolver completamente
la muestra.
✓ Con ayuda de una micropipeta, se retiran 5ul de la muestra disuelta y se coloca
esta misma cantidad en 5 tubos eppendorf que contiene caldo nutritivo con glicerol
con la finalidad de conservar la muestra.
✓ Finalmente, estos tubos son guardados en un refrigerador para que puedan ser
utilizados en un futuro.
Se realizó la preparación del medio de cultivo agar a base de cloruro de sodio al 0.1%,
luego se depositó una colonia y se incubó a 37°C Pasado 24 y 28 horas se procedió a
evaluar la prueba de patogenenicidad y resistencia a los antibióticos de las colonias,
donde presentaron los siguientes resultados.
FIGURA 8: ANTIBIOTICOS
Trimetoprim 5ug.
FOSFODROG T. Fosfomicina 16 Sensible
sódica 50ug.
Lincomicina 2ug.
SANADROG Doxiciclina 30ug. 16 Sensible
El diámetro del halo que posee la bacteria correspondiente tendrá la misma dimensión
para todos los antibióticos analizados, debido a que ya se encuentra estipulado, por lo
que nuestra bacteria ha sido muestreada en el aire.
FIGURA 9: PRUEBA DE ANTIBIOTICOS
CONCLUSIONES
1. De acuerdo al estudio realizado Arthrobacter sp., bacteria del suelo autóctona que
tiene la capacidad para sobrevivir por largos períodos de tiempo en una variedad
de condiciones ambientales. Su capacidad para sobrevivir está íntimamente ligada
a su versatilidad genómico, especialmente con respecto al metabolismo de
nitrógeno y la capacidad de crecer en sustratos poliméricos que a menudo no son
utilizados por muchos microbios del suelo. Esto da más probable es que esta
bacteria una ventaja competitiva en ambientes de suelos oligotróficos. Además,
impresionante conjunto de esta bacteria de genes y mecanismos que permitan la
supervivencia en las condiciones del suelo estresantes, junto con su capacidad de
producir un "quiste" tolerantes a la temperatura -como descansando celular, hace
Arthrobacter un microorganismo del suelo verdaderamente ubicua que está bien
posicionada para sobrevivir y prosperar en una gran variedad de condiciones
ambientales.
2. La importancia del informe radica toda la metodología aplicada para llegar a los
resultados, ya que el objetivo primordial fue investigar las posibles propiedades
biológicas que tiene la bacteria descubierta con la finalidad de que esta pueda ser
utilizada en un futuro con fines académicos.
3. El estudio realizado, nos permitió resaltar características propias de
Arthrobacter sp. Las cuales son cepas que tienen un ciclo de vida primitiva y se
encuentran entre los más frecuentemente aislados, las bacterias del suelo
indígenas, que se encuentran en el subsuelo comunes y profundo, el hielo ártico, y
los ambientes contaminados con productos químicos industriales y materiales
radiactivos. Para entender mejor cómo estas bacterias sobreviven en condiciones
ambientales duras. Se encontró que el genoma de esta bacteria comprende un
único cromosoma circular y dos plásmidos que codifican para un gran número de
proteínas implicadas en las respuestas al estrés debido a la inanición, la
desecación, los radicales de oxígeno, y los productos químicos tóxicos.
REGISTRO EN GENBANK
Genómica comparativa.
Todos los genes y proteínas predichas a partir de la Arthrobacter sp., así como de todos
los otros genomas completos publicados, se compararon utilizando BLAST. Para la
identificación de los últimos duplicaciones de genes. Se hicieron búsquedas en la base de
datos no redundante contra una de genomas microbianos completos.
Presentación GenBank.
EXPRESIONES DE GRATITUD
BIBLIOGRAFIA
GcaagTCGAACGATGAAGCACTGCTTGcagTGTGGATTAGTGGCGAACGG
GTGAGTAACACGTGGGTGATCTGCCCCGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAA
ACTGGGTCTAATACCGGATACGACCCCCTGGTAGGTCAGGGGGTGGAAAG
ATTTTATCGGTGTGGGATGAGCCTGCGGCCTATC AGCTTGTTGGTGGGGT
Secuenciación AATGGCCTACCAAGGCGTCGaCGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGATCGGC
CACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGC AGC AGTGGG
FHPY GAATATTGCAC AATGGGCGC AAGCCTGATGC AGCGACGCCGCGTGGGGGA
TGACGGCCTTCGGGTTGTAAACTCCTTTCGCC AGGGACGAAGCGTTATAG
TGACGGTACCTGGAGAAGAAGCACCGGCTAACTACGTGCC AGC AGCCGCG
GTAATACGTAGGGTGCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGC GTAAAGAGCT
CGTAGGTGGTTTGTCGCGTCGTCTGTGAAATCCCGGGGCTTAACCTCGGG
CGTGCAGGCGATACGGGC ATAACTTGAGTGCTGTAGGGGAGACTGGAATT
CCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGC AGATATC AGGAGGAAC ACCAATGGCGA
AGGCAGGTCTCTGGGCAGTAACTGACGCTGAGGAGC GAAAGC ATGGGTAG
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GGTGTAGGGGACTTCC ACGTCTTCTGTGCCGCagcTAACgcaTTAAGCGC
CCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAaGGCTAAAACTC AAA