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Estructura y Función de los ácidos nucleicos

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Estructura de los Ácidos Nucleicos

2
Diferencias estructurales del ADN y el ARN

Por qué Timina en el ADN y Uracilo en el


ARN? H20

La Citosina se deamina espontánea-


mente formando Uracilo.

Las enzimas reparadoras reconocen


estas "mutaciones" y reemplazan Us NH3
por Cs.

Si no hubiera Timina (5-metil-U): Cómo


distinguir las U normales de las
resultantes de deaminación?

Por qué 2-dideoxi en el ADN ?

Dos grupos OH en el ARN lo hacen más


susceptible a hidrólisis.

El ADN sin OH en 2´ es más estable a


hidrólisis.

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Estructura secundaria del ADN: Características Principales

Dos cadenas polinucleotídicas


enrolladas en una doble hélice
dextrógira.

Las hebras son antiparalelas.

Los esqueletos azúcar-fosfato en


el exterior de la doble hélice.

Pares de base planares a través


de puentes de hidrógeno, en el
centro de la estructura:
A T (2 H)
GC (3H)

Pares de base separados 3.4 A.


Una vuelta de hebra (3.4 nm)
tiene aprox. 10 pares de base.

La posición de los esqueletos


azúcar-fosfato definen surco
mayor y menor.

4
Odio ser una
molécula de
ADN!!
Hay tanta
información que
debo recordar!!

Flujo de información
en la célula

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Reglas de Síntesis de Moléculas Informativas

Ácidos nucleicos y proteínas

Formados por un número


limitado de subunidades.

Las unidades son


agregadas secuencial-
mente formando cadenas
lineales.

Cada cadena tiene un


punto de inicio, avanza en
una única dirección y tiene
un punto de finalización.

Los productos de la síntesis


primaria son modificados
previamente a cumplir su
función.

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Señales en el ADN

Señales Dónde comienza y termina


un gen?
Dónde comienza y termina
una proteína?
Como leer estas señales?
Legibilidad

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Reconocimiento de ADN por proteínas

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Legibilidad de secuencias de ADN
Accesibilidad a la secuencia
(surcos mayor y menor)
Variación con movimientos de
pares de base
Formas alternativas del ADN

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La Estructura de los Ácidos Nucleicos no es rígida
Enlaces móviles
Enlace N-glicosídico
Enlace Fosfo-di-éster

Movilidad de las bases


dependiendo de la secuencia varía
el ángulo entre los pares de base

Ladeado Abertura

Giro Propulsor

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Formas alternativas del ADN
forma A forma Z
alternancia de purinas y
condiciones de baja humedad
pirimidinas
híbridos ADN-ARN
(CGCGCG)
ARN-ARN
levógira
11pb/vta
12 pb/vta
bases inclinadas
surco mayor muy profundo y
surco mayor profundo
cerrado
surco menor angosto, más
surco menor muy expuesto
expuesto

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Propiedades Físico-químicas de los Ácidos Nucleicos
1. Desnaturalización de los ácidos
nucleicos
Desnaturalización Parcial del ADN necesaria
para procesos de copiado. Aumento de Temperatura
Regiones ricas en AT se disocian primero
Experimental
Por temperatura
Se analiza mediante espectroscopía

Aumento de Temperatura
Disociación cooperativa de las hebras

Separación de hebras y
formación de ovillos

Tm : un reflejo de la composición promedio de un ADN


Depende del contenido de GC
Tm Temperatura de disociación
T a la que la mitad del ADN está disociado
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Desnaturalización de los Ácidos Nucleicos: Tm

Tm : un reflejo de la composición promedio


de un ADN
Se analiza mediante espectroscopía
Depende del contenido de GC
Tm Temperatura de disociación
T a la que la mitad del ADN está disociado

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2. Renaturalización del ADN

Reacción Bimolecular
Encuentro de hebra complementaria
Zipping de complementarias
Depende del tiempo y de la concentración de reactantes

Aplicaciones
Complejidad del genoma
Búsqueda de secuencias específicas

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Reasociación de ADN: complejidad del genoma

Permite analizar complejidad


de un genoma:
Secuencias repetidas
reasocian rápidamente
Secuencias únicas
reasocian lentamente

0
rápido(repetidos)
% DNA reasociado

intermedio
(repetido) Fracciones obtenidas:
Cot1/2 - reasociación rápida
50
- reasociación intermedia
Cot1/2 lento (copia única)
- reasociación lenta
Cot1/2
100

log Cot

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Cinética de reasociación del ADN genómico humano

Cot1/2 = 1 / k2 k2 = constante de segundo orden


Co = concentración de ADN
t1/2 = tiempo medio de reacción

0 Fracciones obtenidas:
rápido(repetidos)
- reasociación rápida

intermedio - reasociación intermedia


% DNA reasociado

(repetido) - reasociación lenta


Cot1/2
50

Cot1/2 lento (copia única)

Cot1/2
100
I I I I I I I I I
log Cot

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3. Hibridación de ácidos nucleicos

Búsqueda de secuencias específicas


en mezclas complejas de ácidos
nucleicos

En solución
En soportes sólidos
Southern Blot ADN
Northern Blot ARN
Dot blot
Micro-arrays
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Hibridación de Ácidos Nucleicos

En soportes sólidos
Southern Blot ADN
Northern Blot ARN
Dot blot
Micro-arrays

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Estructura Terciaria de los Ácidos Nucleicos:
palíndromes, horquillas y cruciformes

20
Acidos nucleicos monocatenarios:
Estructura secundaria y terciaria

Los ARN suelen adoptar distintas conformaciones, muchas de


ellas estables y mantenidas por regiones autocomplementarias.

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Estructuras complejas de ARN

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Topología y función

• Superenrollamiento necesario para la compactación del ADN y su función.


• In vivo la mayoría del ADN está superenrollado negativamente.
• Esto favorece la disociación local de las hebras, importantes durante la
duplicación y transcripción.
• Enzimas topoisomerasas regulan los niveles de superenrollamiento celular.
• Es posible que se formen estructuras alternativas debido a desenrollamientos
locales generados por superollamiento.

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Torsión y superenrollamiento

Al superenrollar el ADN se genera tensión, que se expresa en un


desenrollamiento local del ADN (variando la torsión).
Al separar las hebras, se genera tensión que se resuelve enrollando sobre si
misma la molécula de ADN (variando el superenrollamiento).

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