#como hacer un sub arbol de una mega filogenia

#squamata
squamata<-read.tree("Squamata phylogeny.txt")
plot(squamata)
species<-
c("Sphenodon_punctatus","Gonatodes_superciliaris","Sphaerodactylus_molei","Tropidop
horus_hainanus","Cryptelytrops_kanburiensis")
species
my.phylo<-read.tree("Squamata phylogeny.txt")
plot(my.phylo)
pruned.tree<-drop.tip(my.phylo,my.phylo$tip.label[-
match(species,my.phylo$tip.label)])

drop.tree<-
drop.tip(my.phylo,c("Sphenodon_punctatus","Gonatodes_superciliaris","Sphaerodactylu
s_molei","Tropidophorus_hainanus","Cryptelytrops_kanburiensis"))

plot(drop.tree)
plot(pruned.tree)

#Angiosperm phylogeny
planta<-read.tree("MegaphylogenyPlants.txt")
planta
plot(planta)
speciesplantas<-
c("Blasia_pusilla","Frullania_teneriffae","Ophioglossum_lusitanicum","Cyathea_alata
","Asplenium_dimorphum")
planta.phylo<-read.tree("MegaphylogenyPlants.txt")
pruned2.tree<-drop.tip(planta.phylo,planta.phylo$tip.label[-
match(speciesplantas,planta.phylo$tip.label)])
plot(pruned2.tree)

# PCA
veg<-read.table("veg.txt",header=TRUE,row.names=1)
veg
pca.1<-pca(veg,cor=TRUE,dim=10)
plot(pca.1)

#para obtener las dimensiones del set de datos

dim(veg)
#obtener los nombres de las columnas (especies en nuestro caso)
names(veg)
#para obtener los nombres de las filas
row.names(veg)

#cual es la ocurencia de cada planta?

spc.pres<-apply(veg>0,2,sum)
#para ver un grafico de la densidad acumulativva
plot(sort(spc.pres))

plot(sort(spc.pres),main="acumulative distribution of species

occurremes",xlab="acumulative count of species",ylab="number of plots")
#histograma
hist(spc.pres)
hist(log(spc.pres))

#leyendo tabla de comunidadews, datos ambientales, etc

abund.matrix<-read.table("abund.matrix.txt",sep="\t",header=T,row.names=1)
abund.matrix
rowSums(abund.matrix)
colSums(abund.matrix)