Correlated

mRNA expression
(synexpression)
 Correlated mRNA expression
Los niveles de RNA mensajero (mRNA) se miden sistemá:camente bajo
diferentes condiciones celulares.

Los genes pueden agruparse en diferentes clusters en base a la

similitud de sus niveles de expresión en las diferentes condiciones o
entorno gené:co ensayados. Hipótesis: los grupos de genes que se
coexpresan posiblemente median funciones biológicas relacionadas.

Del mismo modo se pueden generar clusters de interacciones de los

mapas de interacción proteína-proteína que indican la existencia de
complejos proteicos y/o rutas de traducción de señales, metabólicas,
etc.
Correlated mRNA expression

A biosíntesis de colesterol
B ciclo celular

Eisen M.B. et. al., (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 14863-68
 Correlated mRNA expression
Los niveles de RNA mensajero (mRNA) se miden sistemá:camente bajo
diferentes condiciones celulares.

Los genes pueden agruparse en diferentes clusters en base a la

similitud de sus niveles de expresión en las diferentes condiciones o
entorno gené:co ensayados. Hipótesis: los grupos de genes que se
coexpresan posiblemente median funciones biológicas relacionadas.

Del mismo modo se pueden generar clusters de interacciones de los

mapas de interacción proteína-proteína que indican la existencia de
complejos proteicos y/o rutas de traducción de señales, metabólicas,
etc.
Correlación transcriptoma-interactoma

Ge H. et. al., (2001) Nature Genetics 29, 482-486

Correlación transcriptoma-interactoma

Para n clusters tendremos n2

cuadros en la matriz:

- Cuadros “intracluster”:
combinaciones de genes con
el mismo perfil de expresión

- Cuadros “intercluster”:
combinaciones de genes con
perfiles de expresión
diferentes.

Ge H. et. al., (2001) Nature Genetics 29, 482-486

Correlación transcriptoma-interactoma

PID (protein interac:on density) = IP (interac:on pairs) / PP (protein pairs)

Ge H. et. al., (2001) Nature Genetics 29, 482-486

Correlación transcriptoma-interactoma
Para n clusters tendremos n2 cuadros en la ma:z:

cuadros “intracluster” (diagonal), combinaciones de genes con el

mismo perfil de expresión

cuadros “intercluster” (fuera de la diagonal), combinaciones de genes

con perfiles de expresión diferentes.

¿Existe correlación entre el perfil de transcripción y el mapa de

interacción de proteínas?

PID intracluster >> PID intercluster

Ge H. et. al., (2001) Nature Genetics 29, 482-486

Correlación transcriptoma-interactoma

Transcriptoma: expresión de genes del ciclo celular de levaduras. 3000

ORF que muestran cambios de expresión significa:vos durante dos
ciclos celulares consecu:vos, agrupados en 30 clusters.

Interactoma: 3222 interacciones proteína-proteína, que provienen de

(i) 1666 pares de interacciones descritas en YPD y MIPS, (ii) 1709
interacciones obtenidas mediante doble híbrido.

Ge H. et. al., (2001) Nature Genetics 29, 482-486

Correlación transcriptoma-interactoma

Correlación entre el perfil de transcripción y el mapa de interacción de

proteínas.

Ge H. et. al., (2001) Nature Genetics 29, 482-486

Correlación transcriptoma-interactoma

Ge H. et. al., (2001) Nature Genetics 29, 482-486

Correlación transcriptoma-interactoma

Correlación entre el perfil de transcripción y el mapa de interacción de

proteínas.

Ge H. et. al., (2001) Nature Genetics 29, 482-486

Correlación transcriptoma-interactoma

Ge H. et. al., (2001) Nature Genetics 29, 482-486