Nació en Ávila hacia 1490. Casado con Brianda de Acuña, con la cual tuvo siete hijos. Caballero de la Orden de Santiago, fue corregidor de Málaga y Cuenca y veedor general de las Guardas de Castilla. Designado virrey en 1543, viaja a Perú para cumplir las Leyes Nuevas, que pretendían poner fin a los abusos cometidos con la población indígena por parte de los encomenderos. Llegó a Nombre de Dios, hoy Puerto Bastimentos, en la región del istmo, en 1544, y de allí pasó a la ciudad de Panamá, de donde salió ese mismo año para embarcarse hacia Perú. Tras recorrer Túmbez, Piura, Trujillo y Barranca, el mes de mayo de 1544 llega a Lima. Tras el apresamiento del licenciado Vaca de Castro y el asesinato del factor Illán Suárez, sus oponentes, encabezados por Gonzalo Pizarro, destituyeron a Núñez Vela de su cargo en septiembre de 1544. Hecho prisionero, fue embarcado rumbo a Panamá para desde allí ser enviado a España. Antes de llegar a su destino escapa y se dirige al puerto de Tumbes, en el norte de Perú, para combatir a Pizarro y restablecer su autoridad. Al frente de un pequeño ejército se enfrentó a los encomenderos pizarristas en la batalla del llano de Iñaquito, lugar próximo a la ciudad de Quito, donde el 18 de enero de 1546 Blasco Núñez Vela fue decapitado.