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Tras nombrar inca a un hermano de Atahualpa, Manco Cápac II, Pizarro marchó
al Cuzco, capital del Imperio Inca, ocupándola en noviembre 1533. Su hermano
Hernando fue nombrado regidor de esta ciudad. Pizarro fundó Lima con el
nombre de Ciudad de los Reyes (18 de enero de 1535), la cual quedó como
capital de todos los territorios fundados.
Por orden suya, su hermano Juan se trasladó a España para comunicar al rey la
conquista del Perú, llevarle el fabuloso tesoro obtenido y exponer las peticiones
de su hermano y de Almagro.
A partir de ese momento se sucedieron rivalidades entre los conquistadores
produciéndose guerras civiles entre ellos hasta 1554. Almagro fue vencido por
Pizarro en la batalla de Salinas, que tuviera lugar en 1538. Recién en 1547 la
turbulencia de la dominación española cesó con el envío por parte de España de
Pedro de la Gasca (clérigo), quien logró apaciguar los ánimos, consolidándose
definitivamente el Virreynato del Perú, que comprendía los territorios
conquistados en América del Sur, menos la gobernación de Caracas, que
pertenecía al Virreynato de Nueva España (México). El 12 de mayo de 1551 tiene
lugar la fundación de la primera universidad del país (Universidad Nacional
Mayor de San Marcos), convirtiéndose en el centro de la cultura española en
América.