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UNIVERSIDAD NACIONAL DE LOJA

FACULTAD AGROPECUARIA Y DE RECURSOS NATURALES RENOVABLES


CARRERA DE INGENIERÍA FORESTAL

GENÉTICA FORESTAL – CUARTO CICLO, PARALELO “B”


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INFORME Nº 1

JIMENEZ José; VELE Yelena

PUCHA COFREP Katherine (Docente)


Fecha de entrega1: 29/06/2018

VISUALIZACIÓN DE SECUENCIAS DE GENES

DIRECTRICES:
(Espacio sólo para el docente)

1. Seguir en forma ordenada las directrices que a continuación se muestran


2. Realizar una o varias capturas que a su criterio sean importantes
3. Interpretar cada captura en base a lo aprendido en clase
4. Repetir el ejercicio con una especie forestal (Nombre científico)
5. Realizar entre dos estudiantes (por afinidad)
6. Guardar cada archivo con un apellido de cada estudiante (Ejemplo PUCHA-TORRES)
7. Subir a Edmodo
8. Todos los estudiantes deben subir el informe aunque se duplique

1
Fecha de Asignación: 29/06/2018
(Fecha de asignación: fecha cuando el docente envía la tarea. Fecha de entrega: fecha cuando el estudiante entrega la tarea en clase
o vía Edmodo)
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A
1. Busque ‘hiv2ben’ en el NCBI
2. Click en Genomes -> Nucleotide
3. Buscar como: ‘Human immunodeficiency virus type 2, complete proviral genome’. Se obtiene la
entrada del HIV en formato GenBank (10312 bp).
4. Seleccionar la secuencia de 10,312 bp linear DNA
5. Fíjese en los primeros apartados de la anotación: LOCUS, DEFINITION, ACCESSION… y sus
distintos campos. Anote el número de registro (Accession) asignado a esta secuencia: U38293
6. Analice en detalle la tabla de FEATURES: gene, CDS, translation…
7. Busque ORIGIN y preste atención a la manera en que se lista la secuencia de nucleótidos
8. Guarde en disco una copia de la entrada: Arriba a la derecha (Send –> Complete record –> File –>
Format GenBank –> Create File)
B
1. Vuelva al principio de la entrada y click en ‘FASTA’.
2. Nótese el formato compacto para la secuencia y la única línea de anotación comenzando por el
símbolo ‘>’
C
1. Click en ‘Graphics’ y explore la secuencia con ayuda del navegador gráfico
2. Haga zoom hasta el nivel de secuencia mediante el boton ‘ATG’, muévase con las flechas de derecha
a izquierda y examine los codones (tripletas) de inicio y de stop de cada gen
3. Puede mejorar la vista haciendo click en Full view junto al número de registro (arriba izquierda)
4. Utilice el botón ‘Link to this view’ (arriba a la derecha) si desea obtener un enlace a esa página (Tiny
URL)
D
1. Usando el número de registro U38293, busque ahora esta secuencia en la base de datos de
nucleótidos del EMBL
2. Busque por el apartado ‘Nucleotide sequences’ y examine la entrada con el navegador integrado.
3. Click en U38293
4. Click en el botón TEXT (arriba a la izquierda) o en la pestaña Sequence y examine la entrada en
formato EMBL. Note las diferencias con el formato GenBank. Regrese.
5. En el panel gráfico ‘Overview’ cambie las coordenadas para examinar distintas partes de la secuencia
(Base range, arriba a la derecha). Hasta 10 en este caso en base a Forward Strand 10,312

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DESARROLLO: Virus de la inmunodeficiencia humana 2

El virus de Virus de la inmunodeficiencia humana 2, es un tipo de virus de que contiene una caja de
entrada de gene="gag". Y un producto de "gag poliproteínas", además contiene un grupo proteico
de"AAB47780.1" (NCBI, 1997)

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En esta imagen se presenta la manera en la que se presenta la secuencia de nucleótidos en el Virus
de la inmunodeficiencia humana 2, la misma que se presenta una caja de entrada de 60 y están
ubicadas de la siguiente manera: (NCBI, 1997)
tggaagggat gttttacagt agggatagac atagaatcct agacttgtac ctagaaaagg
aggaaggggt aataccagat tggcagaatt atactcatgg gccaggagtg aggtacccaa

En la imagen se muestra la forma solida de la secuencia que completa los genomas proviral del
Human immunodeficiency virus type 2, y estos mayores a los de la secuencia normal. (NCBI, 1997)

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En la imagen se muestra el primer gen con una posición de :2.559. Además contiene un gen:gag,
poliproteína. Con una entrada de 1.103 y un stop de 2.668 (NCBI, 1997)

En la imagen se muestra el segundo gen con una posición de:6,372. Además contiene un gen:pol,
poliproteína. Con una entrada de 2,863 y un stop de 5.493. (NCBI, 1997)

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En la imagen se muestra el tercer gen con una posición de:9.014 Además contiene un gen:vif
proteína. Con una entrada de 5,423 y un stop de 6,070. (NCBI, 1997)

En la imagen se muestra el cuarto gen con una posición de:9.657 Además contiene un gen:vpx
proteína. Con una entrada de 5,898 y un stop de 6.236 (NCBI, 1997)

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En la imagen se muestra el quinto gen en el una posición de:16,140 Además contiene un gen:nef
proteína. Con una entrada de 9. 07y un stop de:9.847. (NCBI, 1997)

En este formato se puede observar que los genes están distribuidos en las mismas posiciones que en
el formato GenBank. Y cada gen contiene las mismas proteinas. Solamente las entradas varian entre
cada gen. (EMBL, 1997)
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DESARROLLO: Pinus radiata .

En esta imagen podemos observar todos los datos relacionado con la especia Pinus radiata que será analizar
a continuación mediante la plataforma de la base de datos del NCBI, donde nos mostrará la ubicación del gen
como se encuentra organizado entre otras cosas. (NCBI, 1997)

Aquí analizamos el locus de la especie Pinus radiata que obtiene 244 pares de bases con gen de proteína de
transferencia de lípidos no específica (NCBI, 1997).
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La especie Pinus radiata tiene un tipo mol ADN genómico y cromosoma LG11 materna y posee su
ID de proteína AAK40293.1 también en esta imagen se presenta la manera en la que se presenta la secuencia
de nucleótidos en el Pinus radiata, la misma que se presenta una caja de entrada de 60 y están ubicadas de la
siguiente manera: (NCBI, 1997)
gtttgcctga agaatcaagc aaactcattt agtgtcaata tggggaacgc tgccagtctg
cttgctctgn gcaaggtcat taaactcaac atgccngtca ctcctaatgt tgattgttct

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En la imagen se muestra la forma sólida de la secuencia que completa los genomas del Pinus radiata, y estos
mayores a los de la secuencia normal. (NCBI, 1997)

En la imagen se muestra el primer gen con una Ubicación 1..122 proteína de transferencia de lípidos no
específica. (NCBI, 1997)

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En la especie forestal Pinus radiata tiene una región promotora de 10bp . y una cadena de avance de 244bp
En este formato se puede observar que los genes están distribuidos en las mismas posiciones que en el
formato GenBank. Y cada gen contiene las mismas proteinas. Solamente las entradas varian entre cada gen.
(EMBL, 1997)

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BIBLIOGRAFÍA:

EMBL. (22 de 02 de 1997). www.ebi.ac.uk. Obtenido de www.ebi.ac.uk:


https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/U38293

NCBI. (18 de 02 de 1997). www.ncbi.nlm.nih.gov. Obtenido de www.ncbi.nlm.nih.gov:


https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/U38293.1?report=graph#

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