Los estudios han mostrado que las presas a lo largo de las costas del Atlántico y Pacífico de Norteamérica han reducido poblaciones de salmón por que previene el acceso a lugares donde los peces desovan corriente arriba, aun cuando la mayor parte de las presas en el hábitat del salmón tengan escaleras de peces instaladas. El salmón también es dañado en su migración al mar cuando ellos deben pasar por las turbinas. La turbina y los diseños de central eléctrica que facilitan la vida acuática son un área activa de investigación. La generación de hidroelectricidad hace impacto con el ambiente río abajo del río. El agua que sale una turbina por lo general contiene muy poco sedimento suspendido, que puede conducir al fregado de los lechos y pérdida de orillas. Ya que las turbinas a menudo son abiertas sin regularidad, fluctuaciones rápidas o aún diarias en el flujo del río son observadas. Por ejemplo, en el Gran Cañón, la variación de flujo diaria cíclica causada por la Presa Glen Cañón fue encontrada la responsable en contribuir a la erosión de las barras de arena. El contenido de oxígeno disuelto del agua puede cambiar a partir de las condiciones de pre construcción. El agua que sale de las turbinas es típicamente mucho más fría que el agua de ante presa, que puede cambiar poblaciones acuáticas , incluyendo especies en vías de extinción. Los depósitos de centrales hidroeléctricas en regiones tropicales pueden producir cantidades sustanciales de metano y dióxido de carbono. Esto es debido al material de planta en áreas inundadas que se descomponen en un ambiente anaeróbico, y el metano, un gas de invernadero muy potente, se forma. Según el informe de la Comisión Mundial de Presas, donde el depósito es grande comparado a la capacidad generada (menos de 100 vatios por metro cuadrado de superficie) y si ningún claro en los bosques en el área fue preparado antes del acorralamiento del depósito, las emisiones de gas invernadero del depósito pueden ser más altas que aquellas de una planta de generación convencional termal de combustión. Otra desventaja de las presas hidroeléctricas es la necesidad de trasladar a las personas de donde los depósitos son planificados. En muchos casos, ninguna cantidad de compensación puede sustituir accesorios hereditarios y culturales a los sitios que tienen el valor espiritual a la población desplazada. Además, sitios históricos y culturales importantes pueden ser inundados y perdidos. La creación de una presa en una ubicación geológicamente inadecuada puede causar desastres como el que de la Presa Vajont en Italia, donde casi 2000 personas murieron, en 1963. Algunos proyectos hidroeléctricos también utilizan canales, típicamente para desviar un río en un gradiente más bajo para aumentar la cabeza del esquema. En algunos casos, el río entero puede ser desviado, dejando un lecho seco. Algunas de otras desventajas son: 1. Los costos de capital por kilovatio son muy altos. 2. El emplazamiento, es lo que significa un aumento de la inversión y en los precios de mantenimiento y pérdida de energía. 3. La construcción lleva largo tiempo. 4. La disponibilidad de energía puede fluctuar de estación en estación y de año en año.