Introduccin a Perl

Introduccin

PERL que significa "Practical Extraction and

Report Language
Es un lenguaje de programacin creado por
Larry Wall en 1987, surge de otras
herramientas Unix.
 Introduccin (Cont.)

Principalmente sirve para labores de

procesamiento de texto.
Tambin sirve para la programacin de software
de sistemas
Y ltimamente ha encontrado su aplicacin en la
escritura de CGI o scripts ejecutados desde
pginas de la WWW.
 PERL es un lenguaje interpretado, aunque
internamente funciona como un compilador. Por eso
se habla de scripts, y no de programas.

Existen actividades en las cuales PERL, no es la

solucin ms adecuada, por ejemplo: sistemas de
tiempo real, aplicaciones de memoria compartida de
procesos o aplicaciones extremadamente largas.
 Conociendo su sintaxis
El tpico ejemplo de hola mundo!!!
1: #!/usr/bin/perl
2: print ("Cual es tu nombre?");
3: $nombre=<STDIN>;
4: chop($nombre); # esto es un comentario
5: print "Hola, $nombre!\n";
OBS.: en PERL no se necesita declarar la
variable se crea y se usa, podramos haber
escrito un nmero igual lo mostrara.
 La primera linea ...

La primera lnea de un programa en Perl

contiene el shebang (par de caracteres
que identifica el texto que sigue), que le
indica al sistema operativo dnde
encontrar el intrprete de Perl.

#!/usr/bin/perl
 La instruccin print
Esta instruccion envia informacin a la
pantalla o a un archivo. :
#!/usr/local/bin/perl
print "Hola Mundo!\n";
print "Esto se escribe en\ndos lineas.\n";
print "Pero esto",
"Se escribe en una sola linea.\n";
print 'Porque aqui
no se ejecuta como
cambio de linea?.';
 Secuencias de escape

Las siguientes secuencias de escape

pueden ser interpretadas en la instruccin
print o en la lectura de archivos:
\n cambio de linea y retorno de carro
\t tabulador horizontal
\v tabulador vertical
\a bell o beep (campanita)
 Strings

a) Concatenacin(.):
Ej:"Hola"."mundo" # "Holamundo
"juan"." "."pedro" # "juan pedro

b) Operador de repeticin de strings(x) :

Ej:"juan"x3 # "juanjuanjuan"
 Tipos de variables
Escalares( scalars). Cualquier cosa: $escalar
Arreglos o vectores o listas (arrays): @arreglo
Tablas asociativas o diccionarios (hashes).
%hash.
(TiposVariables.pl)

Declaracin obligatoria con la directiva my

use strict;
(TiposVariablesStrict.pl)
 Tipos de variables
1- Escalares:
Las variables de escalares empiezan por $
$a = 5; $b ="xxx";
Las instrucciones terminan en punto y coma.
Un escalar puede tener nmeros, strings u
otras cosas ms complicadas como
referencias y descriptores.
Ej:$a=123; $nombre=hola2;
 2- Arreglos
Las variables tipo arreglos empiezan por @
@a = (95, 7, 'fff' );
print $a[2]; # imprime el tercer elemento: fff
print @a; # imprime: 95 7 fff separados por espacios.
Los valores de los elementos pueden ser de distinto
tipo.
El largo de un arreglo ( ej : @a ) queda guardado en
$#a.
Si uno accesa un elemento del arreglo ms all del
fin del arreglo el valor undef es retornado.

Asignar un valor a un elemento ms all del fin del

arreglo, lo que hace es agrandar el arreglo
poniendo undef a los valores intermedios.
 Ejemplo de arreglos
Ej:@a=(1, "yo",3);
@c=@a; # copia el arreglo @a en @c
$d=$a[$#a]; # $d=3
$b=$a[0]; # asigna 1 a $b
$a[1]=5; # ahora @a es (1,5,3)
$a[2]++;
# suma uno al tercer valor de @a siendo ahora (1,5,4)
$b=$a[7];
# $b es 0 o "" ,dependiendo del contexto
$a[6]="chao";
 3- Hashes o arreglos
asociativos
Las variables de tipo hash empiezan por %
Para crear un elemento de un hash se requiere
una lista de 2 valores
El primer elemento es la clave y el segundo es el
valor
%a = ( 'x', 5, 'y', 3);
# llena 2 elementos del hash
print $a{'x'}; # imprime: 5
print $a{'y'}; # imprime: 3
 Una forma ms clara de ver los pare sera:
%a = {'x'=> 5, 'y'=>3};

Si es un string simple se puede omitir las

comillas simples.

Operaciones especiales sobre hash ver:

Ms sobre Hash
 Estructuras de control:
condicion
if(condicion){
~~
~~
} elsif{
~~
}else{
~~
~~
~~
}
Operadores de comparacion
Perl tiene 4 importantes operadores,
para construir condiciones:
Num interpretacin String
< ``less than'' lt
> ``greater than'' gt
== ``equal to'' eq
!= ``not equal to'' ne
<= ``less than or equal to,'' le
>= ``greater than or equal to. ge
 Estructuras de control:
ciclo while

while(condicion){

}
 Estructura de control:
ciclo for
for(<inicio>;<condicion de paro>;<incremento>)
{bloque }
Ejemplo:
for($i=0;$i<20;$i++) # ejecuta el bloque de cdigo 20 veces
{
print $i .- Hola;
}
for.pl
 Estructura de control:
foreach

foreach $elemento (@arreglo)

# ciclo sobre cada uno de los elementos
de un @arreglo
{ # procesa cada $elemento
}
 Diversin con cadenas...
substr
substr($a,$pos,$num) :
Regresa una subcadena de la cadena $a,
desde la posicin $pos, considerando $num
caracteres. Si $num no es especificado, se
considera el fin de la cadena como fin de la
subcadena. Ejemplo:
$cadena = "Bienvenidos a Perl!\n";
print substr($a, 0, 11);#"Bienvenidos"
print substr($a, 13); # " a Perl!\n
SearchString.pl
 Trabajando con archivos

open(FILEHANDLE,"Flatfile.txt"); Abre el
archivo Flatfile.txt para leerlo y lo asocia al
manejador FILEHANDLE.
open (OVERWRITE, ">overwrite.txt"); Abre
el archivo overwrite.txt para escribir en l
y lo asocia al manejador OVERWRITE.
open (APPEND, ">>append.txt"); Abre el
archivo append.txt para agregarle cosas y
lo asocia al manejador APPEND.
 Vive o muere...

Que hacer en caso de que archivo no se

puede abrir?

open (FILEH, flatfile.txt) || die

no se pudo abrir el archivo
flatfile.txt\n;
Operadores Especiales sobre
ficheros...
-r -w -x : comprueba si hay permiso
-e : comprueba si el archivo exite
-z : comprueba si el archivo tiene tamao nulo
-s : devuelve el tamao del archivo
-f -d : comprueban si el archivo es un fichero
directorio
if(-r 'flatfile.txt')
{
open(FILEHANDLE, flatfile.txt)|| die ...
}
 Leyendo a traves del archivo...
open(MIFICH,"fichero.txt")|| die "No puedo encontrar fichero.txt\n";
while(<MIFICH>) {
print $_; # $_ contiene la lnea actual
}
close(MIFICH);
open(LOGFILE,flatfile.txt)|| die "no puedo abrir flatfile.txt\n";
$title = <LOGFILE>;
print "Report Title: $title";
for $line (<LOGFILE>) {
print $line;
}
close(LOGFILE);
 Escribiendo a traves de
archivos...

open(OUTF,>fichero.txt")|| die "No puedo encontrar fichero.txt\n";

print OUTF Nuevo contenido del archivo\n;
close (OUTF);
 Expresiones regulares

La consulta mas sencilla: =~

$user_location = "I see thirteen black cats under a ladder.";
if ($user_location =~ /thirteen/)
{ print "Eek, bad luck!\n"; }
 Metacaracteres...
Un patrn est delimitado por dos barras
inclinadas, /patrn/
Los smbolos ms habituales en expresiones
regulares son:
/./ # cualquier carcter excepto \n,(wildcard)
/\s/ # es un espacio en blanco (space)
/\t/ # es un tabulador
/\w/ # es un carcter alfanumrico (word),
/\W/ # no es un carcter alfanumrico (word)
/\d/ # es un dgito
/\D/ # no es un dgito
/\A/ # es el principio de una cadena
/\Z/ # es el final de una cadena
/^/ # es el principio de una lnea de archivo
/$/ # es el final de una lnea de archivo
 cuantificadores
Los cuantificadores son:
+ una ms veces
? cero una vez
* cero ms veces
{n,m} mnimo y mximo de veces
Los parentesis se usan:
- /(\d\s\w)/ # para agrupar varios smbolos en un solo
patrn
- /(A|B|C)/ # para definir un patrn formado por varias
alternativas: coincide con 'A', con 'B' o con 'C
- Tambien para guardar la memoria de lo encontrado
 Ejemplos:
/ab+c/ encuentra abc, abbc,abbbc''
y asi sucesivamente.
/ab*c/ lo mismo que el anterior, pero
con ac.
/^http:.+html$/. Localiza un URL
/\d\d\d-\d\d\d\d/ . Un numero telefonico
/ATG\w+/ La secuencia de un gen?
 Mas ejemplos...

$string =ATGTTGCCGCGATCCCGAAA";
$string =~ /(^ATG).+(C{3}).+(A{2,5})/;
@subcadenas = ($1, $2, $3);
 # Ejemplo escrito por Bruno Contreras en Julio de 2005

$RNA = "CAUACUAAGAUCGCGAUAUUAUUAGCGAUAUACGACU";
$stop1 = 'UAA'; $stop2 = 'UGA';
$stop3 = 'UAG';
($total1,$total2,$total3,$total) = (0,0,0,0);
while( $RNA =~ /$stop1/g ) {
$total1++;
}
while( $RNA =~ /$stop2/g ) {
$total2++;
}
while( $RNA =~ /$stop3/g ) {
$total3++;
}
while( $RNA =~ /($stop1|$stop2|$stop3)/g) { $total++;
}
print "$total1|$total2|$total3|$total\n";
 Subprogramas
declaracion
sub analyze_string {
codigo
}
Llamado:
&analyze_string;
O
analyze_string;
 Paso de parametros

($val1,$val2) = (8,7);
@arrg3 = (3,4,5);
mi_subrutina($val1,$val2,@arrg3);

sub mi_subrutina {
my($sarg1,$sarg2,@sarg3) = @_;
print "subrutina con parmetros\n";
}
 Ejemplo
$seq1 = ATGGGCCGTGCTGA...UAA";
$seq2 = ATGCGCTGTGATGA....UAG";
$ident= calculaIdentidad($seq1,$seq2);

sub calculaIdentidad {
my ($secA,$secB) = @_;
my $id = 0;
my $len =length($secA);
for($pos=0;$pos< $len;$pos++) {
if(substr($secA,$pos,1) eq substr($secB,$pos,1))
{ $id++; }
}
return $id/$len;
} Identidad.pl