Valds Osvaldo 4-773-2068

Bioinformtica
La es la tecnologa que une la informtica con la biologa con el objetivo de esta nueva
tendencia es la investigacin de mtodos que desarrollen una manera til de manejar los
flujos de informacin de la gentica, analizando los datos de la estructura molecular
estudiada por la bioqumica.

Entre los principales factores que han favorecido el desarrollo de esta disciplina, se
encuentra el impresionante volumen de datos sobre secuencias generadas por los distintos
proyectos genoma; los nuevos enfoques experimentales, basados en biochips que permiten
obtener datos genticos a gran velocidad, bien de genomas individuales, o de enfoques
celulares; as como el desarrollo de Internet y la World Wide Web, que permite el acceso
mundial a las bases de datos de informacin biolgica.

Tiene como reto principal ofrecer una respuesta a la avalancha de datos procedentes de la
Genmica. Mientras, que hace unos aos, los resultados de los experimentos podan
interpretarse sobre el cuaderno de laboratorio, hoy se necesitan bases de datos y tcnicas de
visualizacin slo para almacenarlos y comenzar a estudiarlos. Ella evolucion desde un
conjunto de tcnicas hacia una verdadera ciencia, al aportar el componente de anlisis, para
entender la genmica e integrar sus datos que permitieran crear modelos predictivos para
los sistemas biolgicos.

Gracias a los avances en la bioinformtica ahora es ms sencillo llevar a cabo anlisis de

genomas; desarrollar modelos computacionales para la visualizacin molecular; prediccin
de estructuras; simulacin de metabolismo de virus por dinmica molecular; simulaciones
estadsticas en sistemas biolgicos que permitan la caracterizacin de problemas y
obstculos en problemas reales; descubrimiento de nuevos medicamentos; aplicacin de
algoritmos de bsqueda de patrones exactos para la deteccin de similitudes y aplicacin de
mtodos computacionales y estadsticos en la caracterizacin poblacional, de relaciones
filogenticos y de evolucin molecular. Con todo ello es posible modelar, previo anlisis y
comparacin de genomas de especies silvestres, especies recombinantes que resulten ms
ventajosas, as como molculas de inters alimenticio y farmacolgico. Adems, permite

1
 Valds Osvaldo 4-773-2068

desarrollar estudios en metodologas estadsticas, matemticas y computacionales para

analizar genomas y expresin gnica, as como prdida de biodiversidad desarrollando
modelos en los que se introduzcan variables para evaluar los posibles efectos del cambio
climtico global. Entre sus aplicaciones se encuentran el desarrollo e implementacin de la
tecnologa de GeneChips, expresin gnica, mapeo, rastreo de polimorfismos,
descubrimiento de genes y desarrollo de algoritmos diagnsticos. Otras aplicaciones se
concretan en simulaciones para neurociencia computacional, cristalografa macromolecular
computacional, nutracutica y nutragenmica, entre otras disciplinas.

Para el almacenamiento de las grandes cantidades de informacin se opta por la utilizacin

de Scripts por medio de lenguajes de programacin en Perl y Python; donde Perl demostr
ser ms poderoso que Python ya que tenan ms facilidad de leer archivos FASTA y con un
menor espacio de menora. Python hace hincapi en el respaldo para metodologas comunes
en programacin como diseo de estructuras de datos y programacin orientada a objetos.

C# parece requerir menos memoria que Java para mantener cadenas de caracteres en
memoria, como demostramos cuando lemos secuencias de ADN de un archivo.

Sorprendentemente, Java tuvo un mejor rendimiento que Perl durante la comparativa de

expresin regular.

En Java es posible embeber cdigo C para mejorar la eficiencia del programa usando
extensiones de Java Native Interface.

La independencia de plataforma puede ser un factor para elegir un lenguaje y tambin

puede facilitar su aprendizaje. Java utiliza una mquina virtual para funcionar en diferentes
sistemas operativos y como Perl y Python se almacenan en un archivo de texto y no en un
archivo binario, estos scripts pueden ser ejecutados en cualquier computadora que tenga el
intrprete adecuado.

La gestin de memoria, tal como la asignacin de memoria hace ms fciles las tareas para
los programadores de Java, C#, Perl y Python, aunque el uso de memoria siempre debe
estar bajo control. El uso de punteros en C y C++ puede ser abrumador para un alumno, y
puede tomar algn tiempo para dominar su uso.

2
 Valds Osvaldo 4-773-2068

Python est diseado para ser un lenguaje muy legible, con frecuencia usando palabras
clave en ingls, mientras que los otros cinco lenguajes usan signos de puntuacin.

La comparacin entre Linux y Windows debe ser cuidadosamente interpretada, ya que las
implementaciones del compilador son diferentes, as como el sistema operativo que las
ejecuta. Al final, los factores crticos son la velocidad y la utilizacin de memoria, ya que el
usuario est buscando rendimiento en los programas, no generalmente en el SO o en los
compiladores.

FASTA se puede utilizar para hacer una comparacin rpida de protenas o de nucletidos.
Alcanza un alto nivel de sensibilidad para la bsqueda de similitud mediante la realizacin
de bsquedas optimizadas para alineamientos locales utilizando una matriz de sustitucin.

La minera de datos se orienta hacia el estudio de tcnicas para extraer informacin valiosa
de una gran cantidad de datos biolgicos. Para ello, son necesarias herramientas de
software eficientes que permitan recuperar datos, comparar secuencias biolgicas, descubrir
patrones y visualizar el descubrimiento del conocimiento.

La magnitud de la informacin que genera las investigaciones realizadas sobre el genoma

humano es tal que, probablemente, supera la generada por otras investigaciones en otras
disciplinas cientficas.

BLAST es una herramienta que calcula la similitud de secuencia entre una secuencia de
consulta y secuencias alojadas en una base de datos especialmente formateada. Usa una
tabla de consulta para hacer coincidir palabras y un mtodo de alineamiento local para
extenderlas. En la salida uno puede encontrar la secuencia de consulta alineada a una
secuencia similar y estadsticas acerca de la relevancia del alineamiento.

El programa de prueba hace uso de flujos de entrada y de expresiones regulares. Un

programa que usa tokenizacin fue escrito en C como control para comparar con las
expresiones regulares.