Tutorial benchmark- mtodo semi-emprico

Presentado por: Eduard Martnez Barraza

Qumica Computacional

Para el siguiente tutorial, utilizaremos el software Spartan14.

Primero que todo ejecutamos el programa WF14gui64 para ingresar a hacer nuestra
molcula. Una vez ya ingresado en el programa le damos clic en new sketch podemos
dibujar en 2D la estructura molecular de nuestro compuesto (en mi caso tome el de
tramadol).
(Figura 1)
Ya con la estructura molecular hecha, procedemos a hacer nuestros clculos, para esto
primero debemos visualizar dndole clic en el icono vista que son unas gafas que aparece
en la bandeja de opciones, con esto llevamos la molcula en 3D y posteriormente la
realizacin de los clculos de energa teniendo en cuenta las funciones base y el mtodo
semi- emprico.
(Figura 2)

Los pasos siguientes son calcular la energa en estado basal de la molcula (tramadol)
teniendo en cuenta las diferentes funciones bases (AM1, RM1, PM3, PM6, MNDO) con el
mtodo semi- emprico.
De una forma resumida y didctica, los pasos estarn explicados mediante el siguiente
esquema para el clculo de la energa teniendo en cuenta las funciones base:
Dibujar la Visualizarla Setup
molcula en 3D

A partir de aqu se llena el cuadro como en la figura 3.

calculation
ground energy

Funcin
Semi- base a current
emprico trabajar

Una vez guardado y enviado se procede a

Tomar el valor de la energa

Display and submit

properties
(Figura 3)

Funcin de base Energa KJ/MOL Energa KCAL/MOL

AM1 -239,84 -57,32
RM1 -276,98 -66,19
PM3 -270,03 -64,53
PM6 -299,14 -71,49
MNDO -128.08 -30,61

Una vez hecho todo, se procede a expresar las energas obtenidas de KJ/MOL a
KCAL/MOL teniendo en cuenta su frmula:

KJ= KCAL x 4.184 KJ; despejando la ecuacin nos queda KCAL = KJ/4.184KJ y
aplicamos.