Conceptos importantes

Conceptos importantes

 Alineamiento

Cuando se alinean secuencias tomamos decisiones de
homologas para nucletidos individuales.

El problema reside en decidir como insertar los
espacios (gaps) en el alineamiento, de tal manera que
se recupere la homologa del carcter a lo largo de las
columnas de nucletidos.

El insertar un gap incorrectamente resultar en la
asociacin errnea de los estados con los caracteres .

 Alineamiento

Cuando se alinean secuencias tomamos decisiones de
homologas para nucletidos individuales.

No importa cuntas sustituciones hayan ocurrido, las
homologas de carcter podran ser asignadas correctamente.



GATCGATCCCTTTAAA
GATGGAACCCTTCAAA

Sin embargo, si las secuencias difieren por muchas
sustituciones, puede ser difcil reconocerlas como homlogos.



GATCGATCCCTTTAAA
ACTGAGCCTTCTGTAG
 Alineamiento

Inserciones/delecciones (indels) en mltiplos de 3 (codn).



GATCGATCCCTTTAAATT
GAT---TCCCTTTAAATT
GATCGA------TAAATC
Puede ser problemtico en reas donde los indels se sobreponen.

GATCGATCCCTTTAAATT
GAT------CTTTAAATT
GAT---TCCCTTTAAATT
GAT---TCC---TAAATT
GATCGA------TAAATC
 Alineamiento

Como debemos realizar el alineamiento?

Algoritmos de alineamiento local: regiones de coincidencia.

Algoritmos de alineamiento global: alinea la secuencia completa.

Se busca el algoritmos que maximice o minimice un puntaje sobre la
secuencia completa (por ejemplo, coincidencias asignan un puntaje
positivo, incongruencias tienen un puntaje negativo, etc.). El
alineamiento ptimo tiene el ms alto puntaje.

TOMAR EN CUENTA QUE CUALQUIER SECUENCIA DADA PUEDE SER
ALINEADA CON OTRA, SI UNO INCORPORA SUFICIENTES GAPS.

 Alineamiento

TOMAR EN CUENTA QUE CUALQUIER SECUENCIA DADA PUEDE SER
ALINEADA CON OTRA, DE TAL MANERA QUE NO HAYAN MISALINEAMIENTOS,
SI UNO INCORPORA SUFICIENTES GAPS.

GATCGATCCCTTTAAA
ACTGAGCCTTCTGTAG
GA-TCGA-TCCCTT-T--AAA-
-ACT-GAG-CC-TTCTGTA--G

Por lo tanto, los gaps son penalizados (tanto por la apertura de un gap
como por la extensin del gap).