Filogenia Bioinf

TECNICAS INTELIGENTES EN BIOINFORMATICA
Evolucion Molecular y Filogenia
Ignacio Perez Hurtado de Mendoza

Grupo de investigacion en Computacion Natural
Dpto. Ciencias de la Computacion e Inteligencia Artificial
Universidad de Sevilla
Master Universitario en Logica, Computacion e Inteligencia Artificial

Curso 2013-14
IAB2014
Introduccin
La comparacin entre secuencias de genomas de distintos

organismos de la misma especie y de especies diferentes nos
muestra que los genomas no son estticos sino dinmicos.
Cambios o mutaciones aparecen en el genoma de un nico

individuo. Estas pueden ser neutrales, defectuosas o ventajosas.
Si una mutacin aparece en la lnea germinal de un organismo

puede ser transmitida a sus descendientes. De esta forma una
mutacin puede extenderse en una poblacin y fijarse dando lugar
a polimorfismos, existencia de diferentes variantes de una misma
secuencia de DNA llamados alelos.
Los polimorfismos ms frecuentes son los SNPs (single nucleotide

polymorphisms) seguidos de los STR (short tandem repeats) y por
ltimo indels. Finalmente, pueden darse transposiciones,
inversiones y duplicaciones.
www.cs.us.es/~fran/iab2014
IAB2014
Filogenia Molecular
La filogenia consiste en la inferencia de las relaciones evolutivas entre las especies

existentes. Tradicionalmente se basaba en el estudio de carcteres morfolgicos y
fisiolgicos hasta principios de 1980s con la obtencin de las secuencias de los primeras
protenas y genes.
Actualmente se basa en la comparacin entre secuencias biolgicas dando lugar a la
filogenia molecular.
Los principales objetivos de la filogenia molecular son:
Determinar una relacin jerrquica entre las especies existentes segn su relacin
evolutiva.
Estimar el tiempo de divergencia entre las especies, i.e. tiempo de existencia de su
ancestro en comn ms cercano.
IAB2014
Anlisis Filogentico
El estudio filogentico se divide en cinco pasos:
Paso 1: Seleccin de las secuencias biolgicas a analizar.
Paso 2: Alineamiento mltiple de las secuencias biolgicas.
Paso 3: Seleccin del modelo estadstico de evolucin

molecular de las correspondientes secuencias.
Paso 4: Construccin de rboles filogenticos.
Paso 5: Evaluacin de los rboles construdos.
IAB2014
Anlisis Filogentico

IAB2014 Paso 1: Seleccin de las secuencias
biolgicas a analizar
Los estudios filogenticos se basan en la comparacin de

secuencias biolgicas (DNA o AA) homlogas. El estudio de las
diferencias entre ellas nos permiten estimar la relacin evolutiva
entre las correspondientes especies y su tiempo de divergencia
(existencia de un ancestro en comn).
Para obtener secuencias homlogas podemos recurrir:
Bases de datos tales como Refseq, Uniprot o HomoloGene

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene
Resultados de alineamientos utilizando BLAST.

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
IAB2014
Anlisis Filogentico

IAB2014 Paso 2: Alineamiento Mltiple de
Secuencias
El alineamiento mltiple de las secuencias biolgicas analizadas es el paso crucial en
el estudio filogentico ya que consiste en la comparacin entre las distintas secuencias.
Es necesario comprobar los siguientes puntos:

Eliminar secuencias no homlogas, aquellas que no muestran alineamiento. Se
deber realizar un alineamiento de pares de secuencias y ver su significancia.
Si el alineamiento no es bueno y estamos seguros de la homologa entre las
secuencias modificar los parmetros de penalizacin por la insercin y extensin de
huecos.
Normalmente no se conoce la secuencia completa de las correpondientes
secuencias y aparecen muchos huecos. Es necesario eliminar las columnas que
corresponde a hueco (manualmente o indicrselo al correspondiente programa).
Dualidad entre alineamiento mltiple y rbol filogentico.
IAB2014
Anlisis Filogentico

IAB2014 Paso 3: Modelos estadsticos de Evolucin
Molecular o Modelos de Substitucin de DNA y AA.
Una vez realizado el alineamiento mltiple podemos pasar a la estimacin de la

distancia gentica entre las distintas secuencias.
La distancia gentica entre dos secuencias homlogas se define como el nmero

de sustituciones acumuladas entre ellas desde que divergieron de un ancestro
comn.
La estimacin de la distancia gentica no es trivial ya que no todas las sustituciones

son observables especialmente en secuencias con muchas sustituciones.
IAB2014
Paso 3: Modelos de Sustitucin de Aminocidos
El anlisis filogentico se basa en la correcta eleccin del model de sustitucin

correspondiente:
P-distance o distancia de Hamming o grado de divergencia: Consiste en

contar la frecuencia relativa de cambios entre dos secuencias de un
alineamiento mltiple. Si tenemos un alineamiento de longitud N con n
diferencias la p-distance se define como:
p=n/N
IAB2014
Paso 3: Modelos de Substitucin de Aminocidos
El anlisis filogentico se basa en la correcta eleccin del model ode substitucin

correspondiente:
P-distance o distancia de Hamming o grado de divergencia: Consiste en

contar la frecuencia relativa de cambios entre dos secuencias de un
alineamiento mltiple. Si tenemos un alineamiento de longitud N con n
diferencias la p-distance se define como:
d=n/N
IAB2014
Secuencias homlogas muy divergentes acumulan un gran nmero de

sustituciones lo cual hace que no todas sean observables. Por lo tanto, es
necesario corregir aquellas substituciones observables.
La correccin de Poisson es una de las ms ampliamente utilizadas:
d = - ln(1 p) donde p es frecuencia relativa observable
IAB2014
IAB2014
IAB2014
Paso 3: Modelos de Sustitucin de Nucletidos
El clculo de la distancia gentica entre secuencias de nucletidos

es ms difcil debido entre otras razones a la redundancia del
cdigo gentico.
Existen diferentes modelos de sustitucin de nucletidos que

persiguen conseguir una mejor estimacin de la distancia
gentica, es decir, una mejor estimacin de nmero real de
sustituciones entre dos secuencias homlogas dadas las
sustituciones obervables.
Estos modelos en general asumen que el proceso de evolucin de

las secuencias de nucletidos pueden representarse usando
cadenas de Markov. Es decir, asumen que el estado actual de
una secuencia tan slo depende del estado precedente.
IAB2014 Paso 3: Modelos de Sustitucin de Nucletidos
El Modelo de Jukes-Cantor
El modelo de Jukes-Cantor es el modelo ms simple que propone

una correccin del nmero de sustituciones observables.
Asume que la probabilidad de mutar un nucletido por otro es

independiente de la posicin de dicho nucletido y del nucletido
en s:
La probabilidad de cambiar A por C, G o T es idntica, a/3.
De igual forma para C, G y T.
/3
A G
/3
/3 /3
/3
T /3 C


en s:


en s:
El Modelo de Kimura-2 parmetros
Kimura propuso un refinamiento del modelo de Jukes-Cantor que

tiene en cuenta la mayor probabilidad de observar transiciones
que observar transversiones.
Por lo tanto depende de dos parmetros:

La probabilidad de observar una transicin, a.
La probabilidad de observar una transversin, b.

A G

T C




Donde P y Q es la frecuencia relativa de transciones y

transversiones respectivamente.
Existen otros mucho modelos de sustitucion como por ejemplo
GTR (General time reversable) que considera una probabilidad
para cada tipo de transicin y transversin.
La distribucin Gamma
Todos los modelos de sustitucin vistos hasta ahora asumen que

las sustituciones son independientes de la posicin.
Las probabilidades de sustitucin son uniformes a lo largo de toda
la secuencia. Esto no se cumple siempre.
Con frecuencia se usa una correccin basada en la distribucin
gamma para representar la zona de la secuencia donde se da una
mayor probabilidad de sustitucin.
Seleccin de Modelos de Substitucin
Dado un alineamiento mltiple

de secuencias existe una gran
variedad de posibles modelos a
elegir para representar la
evolucin de las distintas
secuencias.
La seleccin de modelos es
una rama de la estadstica
dedicada a clasificar la bondad
de los distintos modelos
posibles buscando un
compromiso entre la
complejidad del modelo
(nmero de parmetros) y el
ajuste a los datos disponibles.
MEGA permite realizar este

anlisis basado en los Criterios
de Informacin Bayesianos y de
Akaike (BIC y AIC).
IAB2014
Anlisis Filogentico

Paso 5: Evaluacin de los rboles construidos.
IAB2014 Paso 4: Construccin de rboles Filogenticos
Definiciones y propiedades bsicas
Los principales objetos de estudio de la filogenia molecular: establecimiento de las

relaciones jerrquicas entre especies segn su relacin evolutiva y la estimacin
del tiempo de divergencia entre especies se representan utilizando rboles
filogenticos.

filogenticos.
Nodos

filogenticos.
La longitud de las ramas representa

la distancia gentica.
Cladograma, todas las ramas son
de la misma longitud.
Filograma, las ramas de distinta
longitud representan la distancia
filogentica.
Ramas o
Aristas

filogenticos.
Nodos externos
Hojas
Taxones
OTUs (Operational
Taxonomic
Unit)

filogenticos.
Nodos internos
Ancestros comunes

filogenticos.
Clado: conjunto de todos

los taxones y ancestros
comunes que descienden
de un nodo en concreto

filogenticos.


filogenticos.


filogenticos.


filogenticos.


filogenticos.

Existen dos tipos de rboles segn la existencia de un nodo destacado llamado raz:
Los rboles enraizados poseen un nodo llamado raz que corresponde con el ancestro
comn a todos los taxones. En un rbol enraizado podemos establecer una relacin
temporal.
Los rboles no enraizados carecen de raz y por lo tanto de relacin temporal.
Existen principalmente dos mtodos para determinar la raz de un rbol no enraizado:
Se aade un outgroup, un taxn que conocemos es el ms alejado del resto, y
determinamos la raz en el punto medio de la arista que lo une a clado formado por el
resto de taxones.
Se determina la rama de mayor longitud y se establece la raiz en su punto medio.
9 pasado
1
5
7 8
6
7 8
2 2 3 4
6
3 4 presente
1 5
Existen dos tipos de rboles segn la existencia de un nodo destacada llamado raz:
Los rboles enraizados poseen un nodo llamado raz que corresponde con el ancestro
en comn entre todos los taxones. En un rbol enraizado podemos establecer una
relacin temporal.
Los rboles no enraizados carecen de raz y por lo tanto de relacin temporal.
Existen principalmente dos mtodos para determinar la raz de un rbol no enraizado:
Se aade un outgroup, un taxn que conocemos es el ms alejado del resto, y
determinamos la raz en el punto medio de la arista que lo une a clado formado por el
resto de taxones.
Se determina la rama de mayor longitud y se establece la raiz en su punto medio.
raz
pasado
1 10
5
7 9
8
7 8
2 2 3 4
6
3 4 1 5 6 presente
Outgroup
Mtodos de Construccin de rboles
Existen una gran variedad de mtodos para la

construccin de rboles filogenticos. Principalmente
se dividen en cuatro grupos:
Mtodos basados en distancia
Mtodos de mxima parsimonia
Mtodos de mxima verosimilitud
Mtodos de inferencia bayesiana

Los mtodos basados en distancia tienen como primer paso el clculo de las
distancias genticas entre todos los pares de secuencias segn el
correspondiente modelo de sustitucin seleccionado.
Estos modelos resumen toda la informacin de un alineamiento mltiple en la

correspondiente matriz de distancias ignorando el resto de la informacin (otros
mtodos tambin tienen en cuenta esta informacin).
Los principales mtodos de construccin de rboles filogenticos basados en

distancia son:
UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean)
Neighbour Joining
El algoritmo de Neighbour Joining se usa ampliamente debido a su velocidad y a

que bajo ciertas condiciones devuelve rboles con buenas propiedades.
UPGMA
Etapa 1. Calcular la matriz de distancias segn el modelo de sustitucin

seleccionado. 1 2 3 4 5
1
2 0.1
3 0.8 0.8
4 0.8 1 0.3
5 0.9 0.9 0.3 0.2

1 2
3
4
UPGMA
Etapa 2. Determinar las dos secuencias con la menor distancia gentica entre ellas
y unirlas para formar un primer clster. Aadir un primer nodo interno para
representar el ancestro en comn entre dichas secuencias. Se asume que las dos
ramas que unen este ancestro en comn con los dos taxones son de la misma
longitud (la mitad de la distancia entre dichas secuencias). Recalcular la matriz de
distancias.
1 2
3
4
UPGMA
distancias.
1 2
3
4
5
6
1 2
UPGMA
distancias.
(1,2) 3 4 5
(1,2)
3 0.8
1 2
4 0.9 0.3
5 0.9 0.3 0.2
3
4
5
6
1 2
UPGMA
Etapa 3. Determinar las siguientes dos secuencias con la menor distancia gentica
entre ellas. Estas pueden ser dos secuencias originales o contener al ancestro en
comn aadido. Unir las correspondientes secuencias en un clster. Aadir un
nodo interno para representar el ancestro en comn. Recalcular la matriz de
distancias.
1 2
3
4
5
6
1 2
UPGMA
distancias.
1 2
7
3
4
5
6
1 2 4 5
UPGMA
distancias.
(1,2) 3 (4,5)
(1,2)
3 0.8
(4,5) 0.9 0.3

1 2
7
3
4
5
6
1 2 4 5
UPGMA
Reiterar este proceso hasta que todas las secuencias estn incluidas en
un nico clster que representar la raz del rbol.
1 2
3
4
UPGMA
1 2
8
7
3
4
5
6
1 2 4 5 3
UPGMA
(1,2) (4,5,3)
(1,2)
(4,5,3) 0.85
1 2
8
7
3
4
5
6
1 2 4 5 3
UPGMA
9
1 2
8
7
3
4
5
6
1 2 4 5 3
Neighbour Joining
Neighbour Joining es el mtodo de construccin de rboles filogenicos

basado en distancias ms popular. Es rpido lo cual permite formar
rboles con decenas de taxones. Adems bajo ciertas condiciones
produce rboles con buenas propiedades.
Al contrario de UPGMA Neighbour joining produce ramas de distinta

longitud.
Neighbour Joining produce rboles no enraizados. Por lo tanto, para

aadir una raz debemos aadir un outgroup o determinar la rama de
mayor longitud.
Neighbour Joining
El primer paso de este algoritmo posiciona a todos los taxones en una

estructura en forma de estrella.
Seguidamente determina los dos taxones vecinos ms cercanos y aade
un nuevo nodo representando su ancestro en comn ms cercano.
Neighbour Joining
Este algoritmo de basa en encontrar taxones vecinos y unirlos

progresivamente aadiendo su ancestro en comn.
Decimos que dos nodos son vecinos en un rbol filogentico si
estn conectados entre s por un nico nodo interno.
Test de vecindad o la condicin 4-puntos:
Dados i y j dos vecinos genricos

podemos afirmar que los nodos 1 y 2 son
vecinos si la anterior condicin es
verdadera.
La suma de la distancia entre vecinos es
menor a la suma de las distancias entre
no vecinos.
Neighbour Joining
Para determinar la longitud de las ramas aadidas al nuevo nodo

se utiliza la llamada frmula de los tres puntos:

Mxima Parsimonia
En lugar de resumir toda la informacin de un alineamiento

multiple en las distancias genticas entre secuencias en este
tipo de mtodos se tienen encuenta las columnas de
nucletidos o aminocidos alineadas.
La principal hiptesis de este metodo de construccin de

rboles consiste en asumir que es preferible considerar el
menor nmero de cambios o mutaciones posibles para
explicar la evolucin de las secuencias analizadas a
considerar escenarios ms complejos.
De esta forma se busca el arbol filogentico tal que la suma

de las longitudes de sus ramas sea la menor posible.
Mxima Parsimonia
Cul es la explicacin ms simple o rbol filogentico ms

simple que puede explicar la evolucin de las secuencias
AAG, AAA, GGA, AGA?
AAA AAA AAA 1

AAA AAA1 AAA AAA 2 AAA
1 2 1 1 1 1 AGA
AAG GGA AAA AGA AAG AGA AAA GGA AAG AAA GGA AGA
Coste = 4 Coste = 4 Coste = 3
Mxima Parsimonia
La contruccin de rboles filogenticos utilizando mxima parsimonia se

divide en tres pasos:
Paso 1: Identificacin de posiciones informativas en un

alineamiento mltiple, es decir, se excluyen aquellas posiciones que
no cambian en ninguna secuencia y aquellas que no se repiten ms
de una vez.
Paso 2: Construccin de todos los rboles filogenticos posibles si

trabajamos con menos de 12 taxones o utilizacin de un algoritmo
aproximado que construya slo los rboles ms relevantes.
Paso 3: Coste de cada rbol segn la longitudes de sus ramas y

seleccin del arbl con la menor puntuacin. .

Mxima Verosimilitud
El mtodo de construccin de rboles por mxima

verosimilitud es uno de los ms costosos
computacionalmente pero uno de los ms fiables.
Este mtodo asocia a cada rbol posible una probabilidad

calculada segn un modelo de substitucin (Jukes-Cantor,
Kimura 2-parmetros, etc)
El rbol con mayor probabilidad o verosimilitud es

seleccionado.
IAB2014 Qu mtodo de construccin de
rboles elegir?
Seleccionar secuencias Obtener un alineamiento
biolgicas mltiple
Determinar la similitud
entre las secuencias
Fuerte similitud Poca similitud Muy Poca similitud

Mxima Parsimonia Neighbour-Joining Mxima verosimilitud
Derminar modelo Derminar modelo
de substitucin de substitucin
Evaluacin del
rbol construdo
IAB2014
Anlisis Filogentico

Paso 5: Evaluacin de los rboles construidos.
IAB2014 Paso 5: Evaluacin de rboles Filogenticos
Bootstrapping
Una vez construdo un rbol filogentico debemos evaluar

su robustez.
Con cunta frecuencia se obtiene un orden de ramificacin
dado considerando secuencias similares a las utilizadas?
El mtodo de evaluacin de rboles ms extendido consiste
en Bootstrapping.
IAB2014 Paso 5: Evaluacin de rboles Filogenticos
Bootstrapping
En este mtodo las secuencias similares a las utilizadas se construyen

como permutaciones con repeticin de las columnas del
correspondiente alineamiento mltiple.
Con este nuevo alineamiento se construye un nuevo rbol.
Este proceso se repite un nmero de veces prefijado.
A cada ramificacin se le asigna el porcentaje de veces que aparece en

los rboles construidos.
Se asume que una ramificacin es significativa si aparece ms del

50%-70% de las veces. El resto de las ramificaciones pueden
condensarse dando lugar a politoma. Usualmente se construye adems el
rbol consenso que recoge el orden de ramificacin ms frecuente.
IAB2014
IAB2014
IAB2014
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Evolucion Molecular y Filogenia

Ignacio Perez Hurtado de Mendoza

Master Universitario en Logica, Computacion e Inteligencia Artificial

La comparacin entre secuencias de genomas de distintos

Cambios o mutaciones aparecen en el genoma de un nico

Si una mutacin aparece en la lnea germinal de un organismo

Los polimorfismos ms frecuentes son los SNPs (single nucleotide

La filogenia consiste en la inferencia de las relaciones evolutivas entre las especies

El estudio filogentico se divide en cinco pasos:

Paso 1: Seleccin de las secuencias biolgicas a analizar.

Paso 2: Alineamiento mltiple de las secuencias biolgicas.

Paso 3: Seleccin del modelo estadstico de evolucin

Paso 4: Construccin de rboles filogenticos.

Paso 5: Evaluacin de los rboles construdos.

El estudio filogentico se divide en cinco pasos:

Paso 1: Seleccin de las secuencias biolgicas a analizar.

Paso 2: Alineamiento mltiple de las secuencias biolgicas.

Paso 3: Seleccin del modelo estadstico de evolucin

Paso 4: Construccin de rboles filogenticos.

Paso 5: Evaluacin de los rboles construdos.

Los estudios filogenticos se basan en la comparacin de

Para obtener secuencias homlogas podemos recurrir:

Bases de datos tales como Refseq, Uniprot o HomoloGene

Resultados de alineamientos utilizando BLAST.

El estudio filogentico se divide en cinco pasos:

Paso 1: Seleccin de las secuencias biolgicas a analizar.

Paso 2: Alineamiento mltiple de las secuencias biolgicas.

Paso 3: Seleccin del modelo estadstico de evolucin

Paso 4: Construccin de rboles filogenticos.

Paso 5: Evaluacin de los rboles construdos.

Es necesario comprobar los siguientes puntos:

El estudio filogentico se divide en cinco pasos:

Paso 1: Seleccin de las secuencias biolgicas a analizar.

Paso 2: Alineamiento mltiple de las secuencias biolgicas.

Paso 3: Seleccin del modelo estadstico de evolucin

Paso 4: Construccin de rboles filogenticos.

Paso 5: Evaluacin de los rboles construdos.

Una vez realizado el alineamiento mltiple podemos pasar a la estimacin de la

La distancia gentica entre dos secuencias homlogas se define como el nmero

La estimacin de la distancia gentica no es trivial ya que no todas las sustituciones

El anlisis filogentico se basa en la correcta eleccin del model de sustitucin

P-distance o distancia de Hamming o grado de divergencia: Consiste en

El anlisis filogentico se basa en la correcta eleccin del model ode substitucin

P-distance o distancia de Hamming o grado de divergencia: Consiste en

Secuencias homlogas muy divergentes acumulan un gran nmero de

d = - ln(1 p) donde p es frecuencia relativa observable

El clculo de la distancia gentica entre secuencias de nucletidos

Existen diferentes modelos de sustitucin de nucletidos que

Estos modelos en general asumen que el proceso de evolucin de

El modelo de Jukes-Cantor es el modelo ms simple que propone

Asume que la probabilidad de mutar un nucletido por otro es

El modelo de Jukes-Cantor es el modelo ms simple que propone

Asume que la probabilidad de mutar un nucletido por otro es

El modelo de Jukes-Cantor es el modelo ms simple que propone

Asume que la probabilidad de mutar un nucletido por otro es

Kimura propuso un refinamiento del modelo de Jukes-Cantor que

Por lo tanto depende de dos parmetros:

Kimura propuso un refinamiento del modelo de Jukes-Cantor que

Por lo tanto depende de dos parmetros:

Kimura propuso un refinamiento del modelo de Jukes-Cantor que

Por lo tanto depende de dos parmetros:

Donde P y Q es la frecuencia relativa de transciones y