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Biofisica
Biofisica
Jos M. Mndez A.
Departamento de Fsica, CINVESTAV-IPN.
Meyer observ que la sangre de los marinos era menos oscura en el trpico que en
regiones fras. De esto concluy que en el trpico se requera menos energa para realizar
el mismo trabajo, pues se transfera menos calor al medio ambiente que en las zonas fras.
Esto lo condujo a reconocer la equivalencia entre calor y trabajo mecnico. Cuando en
1843 Helmholtz formul de manera general el principio de conservacin de la energa1,
las ideas intuitivas de Meyer fueron finalmente aceptadas por la comunidad de fsicos.
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La interpretacin que Einstein le dio a las observaciones del botnico Robert Brown
sobre el movimiento catico de partculas de polen suspendidas en agua influy a la fsica
casi tanto como la frmula de radiacin de Planck. Jug un papel fundamental en el
desarrollo de la fsica estadstica moderna y condujo a que el concepto de la estructura
atmica de la materia fuera finalmente aceptado2.
La historia nos muestra que la fsica ha jugado un papel central en el desarrollo de nuevos
mtodos para el estudio de la estructura y funcin de la materia biolgica, y que lo
seguir jugando. Pero, podr la fsica tambin responder preguntas fundamentales de la
biologa?. Segn el conocimiento actual, es imposible reconstruir el plano arquitectnico
completo de formas complejas partiendo slo de la informacin contenida en los genes.
Para entender una protena en el marco de la biologa basta con conocer la gentica, que
indudablemente es compatible con las leyes de la fsica. Pero tambin hay procesos
biolgicos que son controlados completamente por las leyes fsicas, como la evolucin de
estructuras biolgicas. Por ejemplo, el desarrollo embrional del esqueleto de los
vertebrados. Alan Turing, el padre espiritual de las computadoras modernas, mostr que
la morfognesis del tejido muscular es controlada por sustancias trazadoras que surgen de
forma espontnea a travs de procesos fsicos, como reacciones bioqumicas, autocatlisis
y difusin4.
Los ejemplos anteriores y los que se presentan a continuacin muestran que los fsicos
pueden jugar un papel importante en la bsqueda de los principios fundamentales del
funcionamiento de la materia biolgica, con la condicin de que acepten la complejidad
de los biomateriales y se enfrenten a las preguntas centrales de la biologa.
El mapa en la cabeza
Cmo representa el cerebro a su medio ambiente?.
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Ya sea en la retina, o en la cochlea, o en las regiones cerebrales de actividad nocturna, en
todas partes se activan conjuntamente grandes cantidades de neuronas y de su dinmica
colectiva surge una seal, a veces retroalimentada, que afecta otras regiones. A pesar de
su complejidad, las neuronas pueden ser descritas y analizadas eficientemente, solas o en
colectivo, con ayuda de ecuaciones integro-diferenciales no lineales acopladas y de
algunas simplificaciones analticas.
Figura 1. Las ocho patas del alacrn del desierto se encuentran aproximadamente sobre un
crculo de unos 5 centmetros de dimetro. Las clulas sensoriales en su parte inferior
reaccionan ante ondas en la arena, producidas por una presa en movimiento. La pregunta
que se plantea a la biofsica es: cmo determina el alacrn la direccin hacia su presa?.
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Interfaz entre clulas nerviosas y circuitos semiconductores
Hacia los circuitos cerebrales y las neurocomputadoras?.
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En la actualidad, ya ha sido posible acoplar elctricamente una neurona aislada con una
estructura semiconductora. Utilizando clulas de sanguijuela sobre silicio se ha logrado
un acoplamiento bidireccional6. Algunos de los proyectos de investigacin que este hecho
origina son: (i)determinar la estructura y la naturaleza elctrica del contacto clula-
circuito7, (ii)extender el acoplamiento a neuronas de animales vertebrados y a otro tipo de
clulas8 y (iii)construir sistemas hbridos de redes neuronales y circuitos
microelectrnicos9. Las referencias bibliogrficas al final del artculo permiten
reconstruir los esfuerzos hechos en estas direcciones durante los ltimos aos6-9.
Fsica de la fotosntesis
De cmo las bacterias utilizan la fsica cuntica para optimizar la fotosntesis.
Los organismos que realizan fotosntesis pueden convertir luz solar en energa qumica.
Molculas de colorantes, como la clorofila, son excitadas por absorcin de luz solar.
Dicha excitacin es conducida en varios pasos a un reactor y entonces convertida, por
transmisin de cargas, en potencial electrosttico, para finalmente terminar en la sntesis
de adenosintrifosfato (ATP): el combustible de las clulas. Llamemos aparato recolector
de luz al reactor y a las protenas que contienen las molculas de colorante. Este es el
equivalente biolgico de una fotocelda. Es muy eficiente y verstil. En l, la energa
lumnica absorbida es convertida en energa elctrica en cien picosegundos, con una
eficiencia del 95%. Por un lado posee mecanismos de proteccin que evitan que el
organismo se dae en caso de que la luz sea muy intensa y, por otro lado, surte la
suficiente energa an en el caso de que la iluminacin sea muy pobre por largos perodos
de tiempo. Cules son los mecanismos y las estrategias que posibilitan que algunos
organismos alcancen esta funcionalidad?.
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La idea es seguir a un fotn en su camino a travs del aparato e identificar, paso a paso,
qu conceptos cunticos estn involucrados en el control de la correspondiente funcin
biolgica. Tanto la teora como el experimento han contribuido a la comprensin actual
del fenmeno. Los mtodos experimentales que han sido de utilidad son, entre otros,
espectroscopa Hole-Burning, espectroscopa temporal en escala de femtosegundos,
espectroscopa no lineal de absorcin, espectroscopa de emisin de alta resolucin y
espectrocopa de molculas aisladas. Los mtodos tericos utilizados van desde la
bioinformtica y el anlisis estructural hasta la dinmica molecular, pasando por qumica
cuntica, teora de sistemas electrnicos intensamente correlacionados y mecnica
cuntica estocstica.
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Espectroscopa de fuerza en biomolculas aisladas
Comprender mejor a las macromolculas biolgicas: medicin de fuerzas en molculas
aisladas y su simulacin por computadora.
Figura 4. Con ayuda del microscopio de fuerza atmica es posible estirar molculas aisladas
y medir las fuerzas resultantes (a la izquierda se muestra un esquema del montaje
experimental y a la derecha una visualizacin de la simulacin por computadora).
Hace ya mucho tiempo que puede medirse la energa de unin o de plegado de las
interacciones implicadas. Por ejemplo, con ayuda de tcnicas calorimtricas puede
obtenrseles como promedio en colectivo. Sin embargo, estos experimentos nada dicen
sobre los potenciales que determinan en detalle la estructura espacial de las biomolculas.
Para esto, sera necesario hacer experimentos mecnicos sobre una sola de ellas. Pero,
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cmo puede fijarse una molcula aislada por sus extremos y estirrsele controladamente
para medir las fuerzas resultantes?. Con la invencin del microscopio de tunelamiento
por Gerd Binnig y Heinrich Rohrer en 1982 y posteriormente del microscopio de fuerza
atmica por Binnig, Gerber y Quate, se cre simultneamente una herramienta que
permite precisamente hacer esto. La punta de la aguja de un microscopio de fuerza
atmica tiene un radio de curvatura de aproximadamente 10nm. Por su parte, los
biopolmeros poseen un tamao tpico de varios nanmetros. Con esto se asegura que
aunque sea sobre una superficie repleta de biopolmeros, la punta slo afectar a uno, o a
unos cuntos, sobre los cuales podrn hacerse experimentos mecnicos de forma
controlada12.
Figura 5. A diferencia de los polmeros sintticos, en una protena la posicin de cada uno
de los tomos est definida con una precisin de fracciones de angstrom. El cuadro (a)
muestra una visualizacin computacional de cada uno de los 568 tomos de la protena
bovine pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) compuesta de 58 aminocidos y que en caso
necesario puede bloquear a la enzima digestiva trypsin. Los cuadros (b) y (c) muestran la
misma protena, pero en una representacin que permite identificar ms fcilmente la
estructura qumica. El diagrama mostrado en (d) renuncia a los detalles discretos de la
estructura y muestra a la protena como una membrana unidimensional.
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movimiento de cada uno de los tomos por integracin numrica de las ecuaciones de
Newton.
Las clulas vivas son sistemas altamente organizados con propiedades mecnicas
sorprendentes15. Pueden, por ejemplo, soportar tensiones extremas y cambiar su forma en
segundos. Estas habilidades son posibles gracias al citoesqueleto: una red fibrosa
intracelular hecha de biopolmeros de distintas longitudes y rigidez, y de un zoolgico
de protenas reguladoras asociadas. Aparte de sus tareas mecnicas, los filamentos del
citoesqueleto tambin funcionan como rieles para motores moleculares que se ocupan de
los procesos de transporte intracelulares necesarios para la vida, forman micromsculos
para el movimiento de las clulas y respaldan procesos esenciales para la divisin celular.
La identificacin y comprensin de los principios fsicos que describen estos fenmenos
son de importancia fundamental para la biologa celular.
Desde el punto de vista de la fsica, los biopolmeros y las protenas motricas del
citoesqueleto representan sistemas modelo casi ideales para la investigacin de preguntas
fundamentales de la fsica de polmeros y de sistemas lejos del equilibrio. En
comparacin con los polmeros sintticos, los filamentos del citoesqueleto poseen escalas
de tiempo y longitud mucho mayores. Esto abre nuevas posibilidades para el estudio
experimental de las soluciones polimricas. Ya no es necesario restringirse al estudio de
propiedades mecnicas macroscpicas de la solucin, si no que ahora es posible observar
la estructura y dinmica interna. Por ejemplo, existe la posibilidad de marcar fibras
aisladas con molculas fluorescentes, o con partculas coloidales, y observar su
movimiento en la solucin polimrica con mtodos pticos directos, con gran resolucin
espacial y temporal16. De esta forma, las propiedades macroscpicas pueden explicarse
en trminos de procesos moleculares. Con ayuda de mtodos mecnico-pticos se puede
incluso observar el movimiento de una protena aislada17. Por ejemplo, cuando una
protena motrica se mueve a lo largo de un filamento del citoesqueleto. As, poco a poco
mejoran las mediciones cuantitativas de las variables involucradas en los procesos
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microscpicos que permiten entender fenmenos tan alejados del equilibrio y tan
complejos como el movimiento y la divisin celular, o como la transcripcin de la
informacin gentica. A la luz de estos ejemplos y de otros ms que se citan al final del
artculo18, es razonable esperar que la colaboracin interdisciplinaria entre bilogos y
fsicos conduzca a descubrimientos importantes hacia la comprensin de los procesos que
tienen lugar en organismos vivos.
Notas
Adems de presentar un anlisis actualizado del desarrollo moderno de la fsica de
materiales biolgicos con ayuda de algunos ejemplos especficos, este artculo tiene como
segundo propsito contribuir con la opinin del autor a la discusin recientemente
desarrollada en las pginas de Avance y Perspectiva (A y P) sobre la relacin entre la
fsica y la biologa: Marcelino Cereijido, La ciencia: una rama de la biologa?, A y P
18, 379 (1999); Miguel A. Prez A., en su resea del libro The sun, the genome and the
internet de Freeman J. Dyson, A y P 19, 60 (2000); Gabriel Lpez C., Sobre la falta de
costumbre de terciar, A y P 19, 163 (2000).
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Los ejemplos descritos en este artculo muestran que los fsicos pueden jugar un papel
importante en el desarrollo de nuevos mtodos de estudio de los materiales biolgicos, as
como en la bsqueda de los principios fundamentales de su autoorganizacin y de su
funcin. Esto con la condicin de que acepten la complejidad de los biomateriales y se
enfrenten a las preguntas centrales de la biologa. En este proceso, la habilidad de los
fsicos de reducir interdependencias complejas a leyes universales es realmente requerida.
No hay duda de que las leyes conocidas de la fsica y de la biologa son compatibles, pero
el que la vida se rija por leyes fsicas o no es una pregunta abierta que, en caso de llegar a
serlo, tarde o temprano ser resuelta por indagacin cientfica, independientemente de los
posibles radicalismos biolgicos o reduccionistas de los protagonistas de esta aventura.
Buena parte del material de este artculo fue tomada del nmero de febrero de la Revista
de la Sociedad Alemana de Fsica, Physikalische Bltter 57 (2001) Nr. 2, en el cual se
discute ampliamente sobre el tema biofsica.
7. P. Fromherz, C. O. Mller y R. Weis, Phys. Rev. Lett. 71, 4079 (1993); R. Weis, B.
Mller y P. Fromherz, Phys. Rev. Lett. 76, 327 (1996); R. Weis y P. Fromherz, Phys.
Rev. E 55, 877 (1997); M. Jenkner y P. Fromherz, Phys. Rev. Lett. 79, 4705 (1997); D.
Braun y P. Fromherz, Phys. Rev. Lett. 81, 5241 (1998)
11
9. A. Prinz y P. Fromherz, Biol. Cybernetics 82, L1 (2000).
10. X. Hu, T. Ritz, A. Damjanovi y K. Schulten, J. Phys. Chem. B 101, 3854 (1997); D.
Dexter, J. Cem. Phys. 21, 836 (1953); A. Damjanovi, T. Ritz y K. Schulten, Phys. Rev.
E 59, 3293 (1999); Biophys. J. 79, 1695 (2000); I. Barvik, C. Warns, T. Neidlinger y P.
Reineker, Chem. Phys. 240, 173 (1999); D. Xu y K. Schulten, Chem. Phys. 182, 91
(1994); B. McMahon, J. Mller, C. Wraight y G. U. Nienhaus, Biophys. J. 74, 2567
(1998).
14. M. Rief et al., Science 275, 1295 (1997); Science 276, 1109 (1997); S. Israilev et al.,
Biophys. J. 72, 1568 (1997); B. L. Smith et al., Nature 399, 761 (1999); H. Lu et al.,
Biophys. J. 75, 662 (1998); B. Heymann y H. Grubmller, Phys. Rev. Lett. 84, 6126
(2000); P. Marszalek et al., Nature 402, 100 (1999).
15. B. Alberts et al., Molecular Biology of the Cell, Garland Publishing, 3a edicin, New
York (1994).
18. F. C. MacKintosh y C. F. Schmidt, Current Opinion in Coll. & Interf. Sci. 4, 300
(1999); J. Wilhelm y E. Frey, Phys. Rev. Lett. 77, 2581 (1996); B. Hinner et al., Phys.
Rev. Lett. 81, 2614 (1998); I. Rayment et al., Science 261, 50 (1993); K. Svoboda, C. F.
Schmidt, B. J. Schnapp y S. M. Block, Nature 365, 721 (1993); K. Visscher, M. J.
Schnitzer y S. M. Block, Nature 400, 184 (1999); F. Jlicher, A. Adjari y J. Prost, Rev.
Mod. Phys. 69, 1269 (1997); J. Howard, Nature 389, 561 (1997); A. Vilfan, E. Frey y F.
Schwabl, Eur. Phys. J. B 3, 535 (1998); Europhys. Lett. 45, 283 (1999).
12