Los restos de fertilizantes y pesticidas, as como la materia fecal de los
animales, son la principal causa de contaminacin del agua en las zonas rurales. Los productos y residuos agroqumicos es uno de los problemas ms importante en casi todos los pases desarrollados. La contaminacin por fertilizantes se produce cuando stos se utilizan en mayor cantidad de la que pueden absorber los cultivos, o cuando se eliminan por accin del agua o del viento de la superficie del suelo antes de que puedan ser absorbidos. Los excesos de nitrgeno y fosfatos pueden infiltrarse en las aguas subterrneas o ser arrastrados a cursos de agua. Insecticidas, herbicidas y fungicidas tambin se aplican intensamente en muchos pases, tanto desarrollados como en desarrollo, lo que provoca la contaminacin del agua dulce con compuestos carcingenos y otros venenos que afectan al ser humano y a muchas formas de vida silvestre. El uso de plaguicidas se ha incrementado considerablemente a lo largo de los ltimos 35 aos. A medida que aumente la preocupacin por la contaminacin y la prdida de biodiversidad, el uso futuro de plaguicidas puede crecer ms lentamente que en el pasado. En los pases desarrollados, su uso se restringe cada vez ms mediante leyes e impuestos. Adems, su uso ser frenado por la creciente demanda de cultivos orgnicos, producidos sin la adicin de productos qumicos. Es probable que en el futuro aumente el uso de plaguicidas "inteligentes", variedades de cultivos resistentes y mtodos ecolgicos de control de plagas.