Informacin utilizada para encontrar genes

Adems de la simple identificacin de ORFs se utilizan otras tcnicas:

Bsqueda de seales: la maquinaria celular reconoce secuencias ms o menos

conservadas en el DNA genmico. Podemos identificar zonas promotoras o puntos de
inicio de la traduccin, sitios de terminacin de la transcripcin, zonas de splicing,
sitios de poliadenilacin, etc.
Estadsticos codificantes: las regiones codificantes tienen propiedades
estadsticamente diferentes a las no codificantes
Uso de homologa: la similitud con secuencias conocidas es un indicativo de que esa
regin pueda contener un gen homlogo.

Bsqueda de seales
Las seales ms importantes ms utilizadas para la bsqueda de
genes son: seales de splicing (sitios aceptores y donadores, las
secuencias entre las que se produce el splicing no son
aleatorias); codones de iniciacin y terminacin (traduccin); en
los promotores, la presencia de elementos muy conservados
como los sitios de unin de RNA pol, de TFs, sitios de
poliadeniliacin etc.
Las seales conocidas se alinean y se generan patrones con las
regiones conservadas.