GENTICA HUMANA

TEMA 8 : GENMICA HUMANA TERAPIA GNICA

FARMACOGENTICA/GENMICA

SECUENCIACIN DEL GENOMA HUMANO

- Descubrimiento e implicaciones:
- Secuenciacin del genoma humano completada finalmente en

2003.

- Aceleracin en el descubrimiento de genes.

- Nmero de genes: entre 20 mil y 25 mil. Se ha visto que el nmero de genes es
algo irrelevante. Lo importante, en trminos de informacin relevante para la
salud, es la interaccin entre genes (y el ambiente), la epigentica y la expresin
gnica, etc.
- Genoma humano: nmero de genes es de alrededor de 1/5 del nmero de protenas.
La diferencia: un exn puede ser parte de ms de un gen (un gen, ms de una
protena). El exoma, que era el foco de atencin de proyecto de secuenciacin del
genoma humano, es ahora slo una pequea parte de la informacin total.
- Es decir, que un mismo transcrito primario del ADN, por el procesamiento
alternativo de intrones y exones (splicing) puede generar distintas protenas.
- Tres primeros genomas secuenciados:
- Bastantes variantes compartidas y tambin muchas individuales
- Proyecto de los 1000 genomas:
- Catlogo de la diversidad gentica humana a nivel mundial (unos 2.500
participantes de todos los continentes).
- Variacin en el genoma humano (solamente las variaciones que tienen una frecuencia
superior al 1%):
- Ms de 15 millones de SNPs.
- Alrededor de 1 milln de indels.
- Unas 20 mil variantes estructurales.
- En general: alrededor del 1% de variabilidad mxima del genoma en humanos.
- Genmica comparada. A medida que se secuencian los genomas de muchos otros
organismos.
- Genoma del chimpanc tambin secuenciado: 5% de diferencias con el humano
- Encode:
- Secuenciar 1% del genoma para descubrir la funcin y el papel de cada gen, y ver
diferencias de expresin en 92 estirpes celulares diferentes.
- Gran porcentaje del genoma se transcribe, pero no se traduce, y ese porcentaje est
involucrado en el control de la expresin del genoma.
- Exoma:
- Secuencias de DNA que se transcriben en RNA y que acaban traducindose en
protenas (1,5% del genoma).
- Exoma: conjunto de los 180 mil exones del genoma humano.
- Hoy en da ya se puede secuenciar exoma a precios muy bajos (700-1.000 euros).
-La era de los omas: Proteoma, transcriptoma, secretoma (protenas secretadas por la
clula), lipidoma (genes y protenas que participan en la sntesis o catabolismo de los lpidos),
microbioma (genoma de los microorganismos en nuestro cuerpo), kinoma, etc.

MEDICINA PERSONALIZADA
- Secuenciacin personal del genoma:
- Utilidad: para qu sirve hoy en da secuenciarse el genoma?
- Por ejemplo, Stephen Quake, un hombre de 40 aos sano, sabe que tiene varias
variantes genticas comunes y raras para padecer enfermedades
cardiovasculares.
- Portador de hemocromatosis, epidermolisis bullosa y dficit de biotinidasa
(todas ellas enfermedades recesivas).
- Propenso a desarrollar trombos y tambin diabetes. Sensible a estatinas para
bajar el colesterol, insensible a clopidogrel para trombos (tendra que tomar
warfarina).
- Le cost 50 mil dlares y cuatro semanas secuenciar su genoma (los dos primeros
genomas costaron 10 aos y 3 mil millones de dlares).
- Cmo interpretar la informacin que da el genoma entero? Esta informacin es muy
difcil de interpretar de momento (excepto la de enfermedades mendelianas).
- A la mayora de nuestras enfermedades contribuyen tambin los factores
ambientales.
- A medida que se descubren
otras ya conocidas.

nuevas variantes puede cambiar el significado de

- Utilidad clnica de las variantes de predisposicin: Ejemplo de la variante del gen APOE
E4 y Alzheimer.
- Heterocigotos para la variante E4 tienen tres veces ms posibilidades que la poblacin
general de tener Alzheimer, sobre todo porque parece que la edad de comienzo se
adelanta unos 15 aos con respecto a los dems.
- Homocigotos para E4: riesgo 20 veces mayor que la poblacin general. Puede
aparecer hasta 25 aos antes que en la poblacin general.
- El test gentico de APOE entonces no te dice mucho sobre un individuo (mucha
gente tiene la variante E4 y no tiene Alzheimer).
- Alrededor de un 2% de la poblacin general es homocigota para el alelo E4.
- Todava hay menos de un 25% de posibilidades de que siendo homocigoto
para el alelo E4 tengas Alzheimer. Poco valor predictivo y falta de utilidad clnica
en individuos asintomticos.
- Adems, saber la propensin no ayuda a prevenir la enfermedad (no hay opciones
teraputicas).
- Los clnicos slo usan este test para valorar casos en los que ya existen sntomas o
signos de demencia senil
- til para decidir si la enfermedad es realmente Alzheimer.
- Si se descubriera una manera de prevenir o tratar el Alzheimer antes de que
apareciera: el test gentico sera muchsimo ms til.
- Productos de consumo:
- Ya existen empresas que venden directamente a los consumidores este tipo de servicios:
- Secuenciacin de tu genoma.
- Tu predisposicin a padecer 50-60 enfermedades complejas.
- Anlisis de ancestralidad (contribucin de diferentes poblaciones o pueblos a tu
genoma, etc)
- Etc.
- Problemas de rigor cientfico y de interpretacin de los resultados (de momento venden
humo).

TERAPIA GNICA
- Medicina molecular:
- La medicina molecular se encarga de diagnosticar, interpretar y tratar enfermedades
desde el punto de vista de las molculas alteradas, deficientes o
acumuladas.
- Para enfermedades genticas mendelianas, la medicina molecular puede sustituir o
reemplazar la protena o enzima daada con una administracin directa (por ejemplo,
administrar el factor de coagulacin VIII en la hemofilia, o administracin de enzimas
en dficits enzimticos), con un trasplante de clulas u rganos, o por terapia gnica.
- Mtodo de la terapia gnica:
- Introduccin deliberada de material gentico en clulas somticas con propsitos
diagnsticos, teraputicos o profilcticos.
- Introduccin en las clulas de un individuo con un gen o genes daados,
mediante un vector, de una versin corregida o sana de dicho gen o genes.
- Los primeros ensayos de terapia gnica empezaron en 1990, y no se ha conseguido
prcticamente nada hasta hace unos 4-5 aos. Se ha mostrado muy difcil de aplicar.
- Slo se ha conseguido curar dos formas de inmunodeficiencia combinada
severa. Aunque otros tratamientos parece que van a surgir en relativamente
poco tiempo (leucemias agudas)
- Riesgos: ha habido 4 muertes de pacientes en ensayos clnicos de terapia gnica en los
ltimos 14 aos.
- Acuerdo o consenso cientfico y social universal: no terapia gnica germinal (los
cambios introducidos pasaran a la descendencia). Moral y ticamente inaceptable.
- Vectores virales:
- Se utilizan diferentes tipos de virus con el gen
normal insertado en sus genomas como vectores
para infectar las clulas.
- Retrovirus. No son txicos para la clula y el
DNA que lleva es muy estable (hasta 80 kb de
inserto).
- Limitacin: su DNA slo se integra en la
clula cuando sta se divide
- Adenovirus: Se pueden obtener fcilmente en
mucha abundancia e infectan prcticamente todo
tipo de clulas.
- Pero pueden causar fuerte respuesta
inmune (una muerte reportada)
- Virus adenoasociados: No causan ningn tipo de
efecto adverso y son bien tolerados. Infectan todo
tipo de clulas.
- Pero aceptan fragmentos de DNA o
insertos pequeos, solamente de 5 kb
mximo.

- Mtodos no virales: lisosomas.

- No existe reaccin inmune. Y adems, el
fragmento o inserto que se puede
introducir es una secuencia muy grande de
DNA, incluso con varios cientos de kbs.
- Pero tampoco se produce buena transferencia
gnica (el porcentaje de DNA que se transfiere
del lisosoma al ncleo es bajo, por degradacin
de dicho DNA por parte del mismo lisosoma); y
la expresin del DNA forneo es bastante
transitoria (el tratamiento ha de repetirse).

- Tipos: la transferencia de la copia normal del gen a las clulas daadas puede realizarse:
- in vivo : administrarle el vector con el gen corregido dentro
- ex vivo: fuera del cuerpo, utilizando cultivos celulares del

del cuerpo.
paciente.

- Inconvenientes:
- Bajos niveles de expresin (niveles subteraputicos porque slo un pequeo
porcentaje de genes se insertan en el ncleo celular), o efectos transitorios o
temporales. Regulacin del gen insertado (puede que no se exprese, gen insertado al
azar).
- Tambin debido a metilacin de DNA forneo por parte de la clula.
- Dificultades para alcanzar la clula diana. Por ejemplo neuronas.
- Difcil la regulacin precisa de los niveles de protena alcanzados.
- En algunas enfermedades esto es muy importante (por ejemplo, en talasemias y
las cadenas de alfa y beta-globinas).
- Mutagnesis por insercin. La integracin en el genoma celular es impredecible y esa
insercin puede inactivar un gen esencial.
- Parece ser un evento muy raro, pero se ha visto que ha ocurrido en varios
pacientes.
- Respuesta inmune adversa en contra del virus/vector.

FARMACOGENTICA Y FARMACOGENMICA
- Fundamentaciones:
- Algunos individuos son especialmente sensibles a los efectos de un frmaco en
particular, mientras otros son muy resistentes.
- En algunos casos esta variacin no es el resultado de factores genticos: por ejemplo,
efecto de la morfina en nios, ancianos y pacientes con enfermedades hepticas.
- Sin embargo, en muchos otros casos las diferencias en respuesta a distintos frmacos
s estn determinadas genticamente.
- Farmacogentica: describe la influencia de los genes en la eficacia y los efectos
secundarios de los frmacos. Es decir, estudia las diferencias entre individuos en la respuesta
farmacolgica, debidas a la variacin allica en genes que afectan al metabolismo,
eficacia, toxicidad de los frmacos.
- Farmacogenmica: es la aproximacin o enfoque genmico de la farmacogentica.
Describe la interaccin entre los frmacos y el genoma (mltiples genes). En lugar de
analizar genes individuales y sus variantes, se determina un perfil genmico con gran nmero
de genes polimrficos, y se analizan sus alelos y variantes para averiguar si un
perfil
genmico especfico responde bien o mal a uno o varios frmacos.
- Sin embargo, los dos trminos normalmente se usan indistintamente, y no parece
existir una definicin especfica y consensuada de cada uno de ellos.
- Reacciones adversas:
- Se estima que en Norteamrica y Europa, alrededor de un 15% de los pacientes en
Hospitales se han visto afectados por reacciones adversas a medicamentos, y stas
son responsables del 5% de las admisiones hospitalarias.
- Una comparacin entre los frmacos ms frecuentemente implicados en reacciones
adversas y las enzimas metabolizantes con polimorfismos conocidos revel que la
mayora de los frmacos con frecuentes efectos adversos eran tambin los mismos que
eran metabolizados por enzimas con variantes polimrficas conocidas.
- Los conocimientos en farmacogentica son importantes para intentar predecir las
respuestas de diferentes pacientes a un frmaco y as, limitar la aparicin de reacciones
adversas.
- La reaccin de cada persona a sustancias qumicas naturales o sintticas est
determinada, en parte, por sus polimorfismos genticos en genes implicados en las
vas de transformacin o metabolizacin de esas sustancias.
- Estudios genticos que determinen esos polimorfismos asociados a la variacin del
metabolismo de frmacos nos permitirn predecir mejor la respuesta de una persona a
un frmaco determinado, y reducir la incidencia de efectos secundarios y reacciones
adversas.

GENES IMPORTANTES EN FARMACOGENTICA

- Citocromo P450 (CYP):
- El citocromo P450 humano es una gran superfamilia de 56 enzimas funcionales
diferentes, cada una codificada por un gen CYP diferente, implicadas en el metabolismo
de multitud de frmacos. Estn presentes en prcticamente todos los seres vivos (en
total, se conocen unos 11 mil genes CYP presentes en diferentes organismos).
- Estas enzimas participan en el metabolismo de
un gran nmero de sustancias exgenas (no
producidas en el interior del cuerpo: compuestos
xenobiticos).
- Seis genes en particular (CYP1A1, CYP1A2,
CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 y CYP3A4) son muy
importantes en farmacogentica porque codifican
seis enzimas responsables del 90% de los
frmacos usados comnmente.
- Adems, son extremadamente polimrficos,
con distintos alelos que tienen
consecuencias funcionales
sobre la capacidad de respuesta a los frmacos en diferentes individuos.
- Los genes CYP pueden tener alelos que producen aumento, disminucin o
ausencia total de actividad enzimtica, y por tanto afectan a la velocidad con la
que muchos frmacos son metabolizados.
- Por ejemplo, CYP2D6 presenta 26 alelos diferentes, con mutaciones puntuales
disminuyendo la actividad enzimtica; mutaciones de splicing o de cambio de pauta de
lectura (frameshift) anulando la actividad; y alelos con variacin de nmero de copias
(en los que el gen est presente en varias copias dos, tres, cuatro o ms en un
mismo cromosoma) que aumentan los niveles de la enzima.
- Diferentes combinaciones de las cuatro clases de alelos (wild-type, aumento,
disminucin,ausencia) son las que producen los diferentes niveles cuantitativos de
actividad metabolizadora de la enzima.
- Aunque a efectos prcticos, slo tres o cuatro fenotipos son generalmente
reconocidos:
- metabolizador normal o extensivo
- metabolizador intermedio
- metabolizador lento
- metabolizador ultrarrpido.

- Lo que se persigue al fin y al cabo: medicina personalizada, con dosis ptimas de

frmacos a cada paciente segn su genotipo o fenotipo.
- Importante tambin en la aplicacin de la farmacogentica en la medicina
personalizada: presencia de metabolizadores lentos y ultrarrpidos vara en diferentes
poblaciones.

- UGT1A1:
- Irinotecan es un alcaloide con potentes propiedades antitumorales, ya que inhibe la
DNA topoisomerasa, necesaria para la replicacin del DNA. El gen UGT1A1 codifica
una glucuronato transferasa que glucuronida el irinotecan y lo hace ms fcilmente
excretable a travs de la bilis.

- Existe un polimorfismo de repeticin en tndem A(TA)nTAA en la TATAA box del

promotor del gen UGT1A1. Lo normal es que haya seis TA (alelo *1).
- Si hay siete, una variante bastante comn (alelo *28), el promotor funciona
muy defectuosamente, y se reduce la transcripcin del gen y los niveles de
actividad de la enzima.
- Tambin hay alelos ms raros con cinco repeticiones que transcriben con
mayor facilidad el gen, y por tanto tienen niveles superiores de enzima
- y con ocho repeticiones, que reducen la expresin del gen todava ms que el de
siete.
- Los heterocigotos de siete repeticiones, y sobre todo los homocigotos (*28/*28), con
tratamiento quimioterpico con irinotecan, tienden a presentar niveles mucho ms
altos de toxicidad debida a dicho frmaco.
-
- Los frmacos 6-mercaptopurina y 6-tioguanina se usan en casos de leucemias
TPMT: infantiles y en otros casos para inducir inmunodepresin. El gen TPMT codifica una
enzima que se encarga de detoxificar estos frmacos.
- Tres mutaciones puntuales frecuentes en el gen TPMT hacen que la enzima no
funcione correctamente y estos dos frmacos tarden ms en metabolizarse y se
queden a concentraciones ms altas.
- Paradjicamente, esto hace que los pacientes homocigotos o heterocigotos para
estas mutaciones (10% en poblacin caucsica) estos frmacos a veces sean ms
efectivos y curen mejor la leucemia, ya que se quedan en sangre ms tiempo a dosis
ms altas; o tambin hacen que se produzca mayor toxicidad.
-
- Un defecto de la glucosa-6-fosfato deshidrogenasa (G6PD), con ms de 400 alelos
G6PD diferentes descritos y que afecta a alrededor de 200 millones de personas en el mundo,
:
causa una sensibilidad mucho mayor a primaquina, un frmaco contra la malaria.
- Las personas que tienen este tipo de variantes pueden padecer una anemia hemoltica
severa si son tratados con este antimalrico (normalmente hombres, ya que el G6PD es
un gen que se encuentra en el cromosoma X).
- Warfarina y genes CYP2C9 y VKORC1:
- Variaciones comunes en el gen CYP2C9 (un gen del citocromo P450) y del gen
VKORC1 son importantes para la metabolizacin de la warfarina, un anticoagulante
ampliamente utilizado.
- La warfarina se usa para prevenir trombosis, pero por la variacin en las dosis
requeridas, complicaciones con hemorragias son frecuentes en este tipo de terapias.
- Personas con al menos una copia de un alelo del gen CYP2C9 y otro del gen VKORC1
son ms propensas a estas hemorragias, y en general requieren muchsima menos
warfarina para alcanzar y mantener anticoagulacin teraputica.
- Tests genticos que determinen los alelos que un paciente porta en estos dos genes
nos ayudarn a calibrar la dosis exacta y necesaria de warfarina, y reducir las
posibilidades de hemorragias en este tipo de pacientes.

FARMACOGENTICA Y PERFIL GENTICO DEL

CNCER

- Frmacos:
- Varios frmacos para el tratamiento de diferentes cnceres son ms o menos
eficaces dependiendo del perfil gentico y de la biologa molecular del tumor.
- Por ejemplo, herceptin (trastuzumab) es un frmaco que ataca la sobreexpresin de la
protena HER2/neu, una protena que se expresa en alrededor de un tercio de los
cnceres de mama.
Por tanto, las pacientes son tratadas con herceptin solamente, s se ha visto, mediante
estudio gentico, que su tumor sobreexpresa dicha protena. Lo mismo ocurre con gleevec
(imatinib), que es un inhibidor de tirosin-kinasa que se une a la protena de fusin
resultante de la translocacin 9;22 (crom. Philadelphia), la protena BCR-ABL.
- El perfil gentico de un tumor puede ayudar a mejorar la clasificacin de
diferentes tipos tumorales y tambin ayudar a guiar y elegir la mejor terapia
antitumoral.
- Gen KRAS
- Mutaciones en el gen KRAS en cncer de colon (o en otro tipo de cnceres)
vaticinarn la no respuesta a frmacos inhibidores de EGFR.
- Por ejemplo erlotinib o cetuximab, que son inhibidores de los receptores EGFR, no
servirn para nada en pacientes que tengan una mutacin en KRAS (downstream de
EGFR), porque la seal de proliferacin se produce por debajo del receptor EGFR, y
por tanto un frmaco que bloquee EGFR no ser til.
- Por tanto, en casos de cncer de colon hay que determinar en tejido tumoral si KRAS
est mutado, ya que cetuximab es un antitumoral que funciona muy bien en cnceres
de colon sin mutaciones en KRAS.

- Muy importante. En estos casos de cncer estamos tratando con mutaciones

somticas, es decir, que
estas mutaciones no las tiene el paciente, sino slo el
tumor. Se trata del perfil gentico del tumor (no del individuo), y no influye en nada la
capacidad individual de metabolizacin de estos frmacos (esas variantes, importantes
en farmacogentica, s que estn en lnea germinal