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Informe de laboratorio Biologa Molecular N3

Aislamiento y electroforesis del ADN de Fusarium sp.


Integrantes
1. Programa de Ingeniera Biotecnolgica, Biologa Molecular, Universidad Francisco de Paula Santander.

Ccuta, Norte de Santander, Colombia


Fecha

Resumen:
Como paso preliminar para el desarrollo de tcnicas moleculares que permitan el conocimiento del
genoma de hongos fitopatgenos, en la presente prctica de laboratorio se desarrollo el protocolo de
extraccin y visualizacin del ADN de fusarium sp., enfatizando en las reacciones que ocurren a lo
largo de los procesos de extraccin. Para lisar el micelio se utilizo ruptura mecnica combinada con el
buffer de extraccin (Tris, EDTA, SDS y Na2SO3), la purificacin del ADN se realizo aadiendo
fenol:cloroform, isopropanol y etanol; el anlisis de la calidad y cantidad de ADN se hizo mediante
electroforesis en gel de agarosa a 0,7%, TBE 0,5X y BrEt. En este estudio se obtuvo ADN de alto peso
molecular en la mayora de las muestras. La comparacin de los mtodos de extraccin demostr las
diferencias entre las bacterias, hongos y plantas, estas diferencias se ven reflejadas en sus respectivos
protocolos de extraccin y purificacin de ADN.

Palabras claves: ADN, Fusarium sp., extraccin, electroforesis.


Abstract:
As a preliminary step for the development of molecular techniques that allows to have knowledge about
the genome of pathogenic fungis, in this laboratory practice a protocol for DNA extraction and
visualization of Fusarium sp. was developed, emphasizing in the reactions that occur along the
extraction processes. To lyse the mycelium mechanical disruption was used with an extraction buffer
(Tris, EDTA, SDS and Na2SO3), purification of DNA was performed by adding phenol: chloroform,
isopropanol and ethanol; the analysis for quality and quantity of the DNA was made by electrophoresis
on agarose gel at 0.7%, 0.5 X TBE and EtBr. In this study the DNA that was obtained in most of the
samples had high molecular weight. The comparison of the extraction methods demonstrated the
differences among bacteria, fungi and plants, these differences can be seen in their respective
protocols of DNA extraction and purification.

Key words: DNA, Fusarium sp., extraction, electrophoresis.

Informe de laboratorio Biologa Molecular N3


2

INTRODUCCIN

electroforesis en gel de agarosa, debido a

Huella de ADN o DNA fingerprinting es uno


de

los

sistemas

ms

grandes

de

identificacin que existen, para reconocer


un organismo individual. Todo ser vivo es
genticamente diferente, quiere decir que
cada individuo contiene una secuencia
especfica. A diferencia de las huellas
digitales, la secuencia de ADN no se puede
cambiar fcilmente una vez que el material
se

deja

en

la

escena

del

crimen,

aumentando as su uso efectivo en anlisis


forenses, y la probabilidad de encontrar
una coincidencia exacta. Este mtodo de
identificacin

es

til

aplicaciones,

tales

en

muchas

la

medicina

como

forense, pruebas de paternidad, y la


arqueologa molecular, entre otros. En
cualquier caso, es evidente que las huellas
dactilares del ADN han revolucionado la
forma

en

que

el

mundo

identifica

coincidencias biolgicas.
Para

hacer

uso

de

esta

tcnica

es

necesario realizar una digestin enzimtica,


utilizando endonucleasas de restriccin que
cortan en fragmentos el genoma en pares
de bases especficas. Los fragmentos
generados por los cortes en el ADN se
clasifican

segn

su

tamao

mediante

su carga negativa el ADN se desplaza


hacia un electrodo cargado positivamente,
los fragmentos pequeos se pueden mover
con mas facilidad que los mas grandes. Las
bandas generadas en la electroforesis se
comparan para determinar similitudes entre
los individuos.
El objetivo de esta practica fue determinar
si algunas de las muestras del Forensic
DNA fingerprinting Kit pertenecen al mismo
individuo

si

son

todas

diferentes,

mediante el uso de enzimas de restriccin y


electroforesis.
MATERIALES Y METODOS
La prctica se llev a cabo en el laboratorio
de Biologa Molecular de la Universidad
Francisco de Paula Santander sede Los
Patios, para determinar similitudes entre las
muestras del Kit.
Digestin enzimtica del ADN
Se rotularon los microtubos de la siguiente
forma:
Verde: EC = escena del crimen
Azul: S1 = sospechoso 1
Naranja: S2 = sospechoso 2
Violeta: S3 = sospechoso 3
Rojo: S4 = sospechoso 4
Amarillo: S5 = sospechoso 5

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Se agregaron 5 L de muestra de ADN del

Para la preparacin de la muestra, se

Kit a los microtubos correspondientes.

agregaron 2l de buffer de carga y 10 l de

Posteriormente se cargaron 5 L de mezcla

DNA. Las muestras fueron cargadas en su

enzimtica

dos

respectivo foso al igual que el marcador de

enzimas de restriccin la EcoRI y PstI en la

peso molecular (Lambda DNA/Hind III

figura 1 se observan las dianas de

Markers). La corrida electrofortica se llev

restriccin:

a 120v durante 30 minutos. Al terminar la

(ENZ)

que

contiene

corrida, se llev el gel a un transiluminador


de rayos UV para visualizar los resultados.
RESULTADOS Y DISCUSIONES
Fig. 1 Dianas de restriccin EcoRI y PstI

Se golpeo con el dedo los tubos y se hizo


un quick en la microcentrifugadora para
que la mezcla quedara en el fondo del tubo.

Electroforesis y visualizacin:
FORMATO CONTROL DE ELECTROFORESIS

Electroforesis No. 2

Fecha: Julio/06/2012

corcho y se llevo a incubar 45 minutos a

% de Agarosa: 1%

Buffer: 0.5x TBE

37C en bao.

Voltaje: 120v

BrEt: 2 l

Se colocaron los tubos en la gradilla de

Tiempo corrida: 30 min

Electroforesis y visualizacin
Para la preparacin del gel, se agreg en
un erlenmeyer 40ml de TBE 0.5X y agarosa
al 1% (0,4 g), llevndolo a plancha de
calentamiento hasta la disolucin completa
de la agarosa; cuando la temperatura
disminuyo a aproximadamente a 65 0C se
agreg 2 l de BrEt, la mezcla se verti en
la cubeta y posteriormente se coloc el
peine para la formacin de los fosos. Una
vez el gel gelifico se lleva a la cmara
cubrindolo totalmente con TBE 0.5X Fig. 2

Muestra: ADN digerido del Kit forense en


el laboratorio de Biologa Molecular, sede
Los Patios.
Carril
1
2
3
4
5
6
7

Muestra
Marcador
Escena del crimen
Sospechoso 1
Sospechoso 2
Sospechoso 3
Sospechoso 4
Sospechoso 5

FOTOGRAFA (Fig. 4, pag. 5)

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4

C
A
B

D
F
E
Fig. 3 Electroforesis: A) Calentamiento de agarosa0,7% + TBE 0,5X, B) adicin de 2l de BrEt, C)
vertimiento del gel en la cubeta, D) extraccin de topes y peine, E) corrida electrofortica a 117V
durante 40 min.

Fig. 2

9416

M EC S1 S2 S3 S4 S5

referencia

2027
el

pb

teniendo

marcador

como

molecular

Lambda DNA/Hind III Markers.


Al comparar las muestras en el gel se
observa que el ADN procedente de la
escena del crimen (EC) y el del
sospechoso 3 son idnticos.
De todos los carriles del gel se pudo
concluir que las bandas no estaban
separadas completamente dificultando
el anlisis.

Comentarios:
En todos los carriles del gel se
observaron bandas bien definidas.
El tamao de banda promedio fue
observado

aproximadamente

entre

La maceracin con pistilos o pulverizacin


motorizada de micelio produce lisados
celulares y muchas veces funciona ms
rpido que usando enzimas que degradan

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la pared celular o altas temperaturas

sustanciales de ADN ( >4000pb) a partir

(Lugert et al., 2006) en ese contexto el

del micelio de Fusarium sp. este resultado

lisado del micelio que se realizado fue

se asemeja al obtenido por Amer et al.,

consistente y permiti acceder al interior

(2011) para el aislamiento de ADN a partir

celular.

de hongos filamentosos donde obtuvo una


concentracin de 0.5 a 1.6 mg/g micelio.

Las nucleasas fngicas, polisacridos, y


pigmentos

dificultan

el

proceso

de

Segn

Valdez

Kahl

(2000)

la

aislamiento de ADN fngico puro por lo que

determinacin de la calidad del ADN se

se obtiene ADN de alto peso molecular por

suele hacer con base en el grado de

contaminacin

degradacin, ya que un ADN de alto peso

con

estos

compuestos

(Blanchard y Nowotny, 1994). Los pigmento

molecular

aparece

como

una

banda

se asocian con las manchas marrones en

definida en la parte superior del gel a poca

el pellet que puede atribuirse a impurezas y

distancia de los posos mientras que el

residuos del protocolo de extraccin, que

material parcialmente degradado forma un

se ven reflejados en el gel cuando se

barrido de fragmentos pequeos a lo largo

obtienen bandas con baja intensidad y alto

del carril. De acuerdo con esta informacin

peso molecular.

y al analizar el gel se observa que las


bandas con el ADN de mejor calidad fueron

La eliminacin de los polisacridos y otros

las de los carriles 1 y 2 correspondientes a

hidratos de carbono contaminantes se basa

las muestras de los grupos 1AI y 1AII. A

en la diferencia de solubilidad del ADN en

excepcin de las muestras del carril 6, 9 y

comparacin con la de los polisacridos de

10

alto peso molecular en medios acuosos

muestras presentaron una banda en la

(Rozman y Komel, 1994). En el protocolo

parte superior del gel cerca a los pozos.

todos

los

carriles

que

contenan

de extraccin se usaron sales (Na2SO3) que


permitieron la solubilizar los polisacridos

En las muestras del carril 6,9 y 10 no se

presentes en el micelio.

distingui ninguna banda definida, ya que


no se consigui una cantidad suficiente de

En el proceso de extraccin de ADN se

ADN que pudiera ser visible en el gel esto

logro

concuerda con lo reportado por Carranza

la

liberacin

de

cantidades

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(2006) en la extraccin de ADN de

para eliminar los iones metlicos y as

Lactarius.

evitar la accin de DNasas (Rogers y


Bendich, 1998), detergentes, como sodio

Comparacin

de

protocolos

de

dodecilo sulfato (SDS), hexadecil trimetil

extraccin de ADN fngico, vegetal y

bromuro de amonio (CTAB) y Polivinil

genmico bacteriano:

pirrolidona

En la tabla 1 se detallan las diferencias

disolver

entre los protocolos de extraccin en

separar polisacridos y protenas de la

hongos, vegetales y bacterias; los tres

membrana celular, rompiendo las uniones

aislamientos tienen en comn 3 etapas

que mantienen la integridad de la misma

fundamentales para obtencin de ADN de

(Kim et al.,1997; Lodhi et al., 1994 y

alta pureza.

Mygind et al., 2003). Segn Rocha (2002),

(PVP)
lpidos,

son

utilizados

remover

para

polifenoles,

el -mercaptoetanol reduce los grupos


Lisis de la pared celular

y membrana

plasmtica:

sulfuro en protenas de la pared celular


inactivndolas de esta manera.

Para la extraccin de ADN a partir de


plantas, hongos y bacterias, se requiere

El Na2SO3 y el NaCl presentes en los

que el contenido celular sea liberado en

protocolos de hongos y plantas, son sales

una solucin. Dado que las bacterias son

que funcionan solubilizando el ADN en la

clulas

solucin; una caracterstica importante de

individuales

no

contienen

estructuras rgidas el ADN es relativamente

estas

fcil de extraer. En contraste, las muestras

contaminantes como polisacridos y otros

procedentes de hongos y plantas a menudo

metabolitos secundarios (Velasco, 2005).

deben

ser

fragmentos

molidas
antes

de

en

sales

es

la

eliminacin

de

pequeos

continuar

(Karp,

2010).

Digestin y/o precipitacin de protenas


(purificacin):
Los tres tipos de ADN utilizan incubacin a

El buffer de extraccin para los tres tipos de

diferentes temperaturas con el objetivo de

ADN esta compuesto de: Tris cuya funcin

desnaturalizar las protenas. Para separar

es mantener el pH alcalino, el EDTA

los compuestos orgnicos de los cidos

(etileno diamina tetra acetato), se utilizan,

nucleicos se utilizan solventes orgnicos

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como el fenol:cloroformo (1:1) logrando la

permita comparar las bandas obtenidas en

combinacin

el gel. En la corrida electrofortica se

de la accin de ambos

compuestos,

el

fenol

acta

observo que el marcador utilizado no

desnaturalizando las protenas mientras

permita realizar un anlisis mas detallado

que el cloroformo por su parte puede

de la cantidad de ADN obtenido, se

remover lpidos, solubilizar al fenol y

recomienda el uso de un marcador de

eliminarlo de la solucin (Madriz y Peraza,

mayor peso molecular.

2005).
Extraccin

precipitacin

de

ADN

El uso del SDS como detergente en el

(concentracin):

buffer

de

extraccin

En esta etapa se adiciona isopropanol y

productos de ADN de alto peso molecular,

etanol con el fin eliminar impurezas, como

esto tomando en cuenta que para este

restos de compuestos fenlicos y precipitar

protocolo

el ADN (Mygind et al., 2003). Rocha (2002)

preparados enzimticos. El determinar que

adiciona en la extraccin de ADN vegetal

para las extracciones de ADN de Fusarium

acetato de sodio para ayudar en la

sp. no es necesario hacer uso de estos dos

precipitacin del ADN.

reactivos, se traduce en ahorro de tiempo y

no

se

permite

utiliz

obtener

ARNasas

ni

dinero.
CONCLUSIN
La presente practica logr su objetivo

Mediante este protocolo se pudo obtener

principal el cual era realizar la extraccin de

ADN de buena calidad comprobndose as

ADN y visualizacin en gel de agarosa de

su efectividad, puesto que no presenta

un cultivo de Fusarium sp., ya que se logr

degradacin

demostrar la presencia de ADN en la

encontradas, esto debido a su capacidad

mayora de las muestras, estos resultados

para inhibir la accin de las DNAsas.

parcial

de

las

bandas

pueden ser empleados para desarrollo de


tcnicas moleculares en investigaciones.

Para la eleccin del protocolo adecuado de


extraccin se deben tener en cuenta las

Para

poder

conocer

el

tamao

estructuras presentes en el objeto de

concentracin del ADN se requiere el uso

estudio, puesto que la composicin de

de un marcador de peso molecular que

dichas estructuras puede variar de un

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organismo a otro, siendo esto un factor

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CUESTIONARIO
Tipos de electroforesis que existen y sus aplicaciones:
1) Inmunoelectrofresis
Es una combinacin de una electroforesis en geles de agarosa seguida de una
inmunodifusin. En la primera parte, se realiza una aplicacin puntual de la muestra, por lo
que al final las distintas protenas estarn distribuidas a lo largo del gel segn el eje de
migracin. Acabada la electroforesis, y sin efectuar la tincin, se practica en el gel un canal
(trinchera) paralelo a la direccin de migracin con un bistur de doble hoja en el que se
deposita un antisuero que contenga anticuerpos especficos frente a una o varias de las
protenas separadas en la electroforesis. Los geles se mantienen a temperatura de (20-22C)
durante 24-48 horas. Los anticuerpos y las protenas se difunden, y si se encuentran en la
proporcin adecuada, producen complejos antgeno-anticuerpo insolubles que precipitan y
aparecen en el gel como bandas elipsoidales.

Figura 1 procedimiento general de la inmunoelectroforesis

La gran especificidad y sensibilidad de las reacciones de precipitacin, permite diferenciar


substancias con movilidades electroforticas idnticas y detectar componentes que se
encuentren en concentraciones mnimas (g), identificar substancias en mezclas muy
complejas y en concentraciones muy bajas. Sin embargo, requiere que dichas substancias
sean inmunognicas y depende de los anticuerpos utilizados, por lo que es difcil de
estandarizar.

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2) Electrofresis en gel de poliacrilamida (PAGE)


La poliacrilamida es un soporte empleado frecuentemente en electroforesis en gel, es
qumicamente inerte, de propiedades uniformes, capaz de ser preparado de forma rpida y
reproducible. Forma, adems, geles transparentes con estabilidad mecnica, insolubles en
agua, relativamente no inicos y que permiten buena visualizacin de las bandas durante
tiempo prolongado. Adems tiene la ventaja de que variando la concentracin de polmeros,
se puede modificar de manera controlada el tamao del poro. Los geles de poliacrilamida se
forman por la polimerizacin vinlica del monmero acrilamida y del monmero entrecruzador
N, N'-metilen-bis-acrilamida, el tamao del poro disminuye con el incremento del % de
acrilamida. Al aplicar muestras biolgicas en un gel con gradiente de acrilamida, todas las
macromolculas comienzan su migracin a bajo porcentaje y en la medida en que avanzan se
encuentran con poros ms pequeos que retardan su movimiento, separndose as en
lugares especficos.

Figura 2 Esquema de preparacin del gel para una electroforesis en placa

Formatos de la PAGE
Existen 3 formas diferentes de realizar electroforesis en geles de poliacrilamida: lmina
vertical, varilla cilndrica y lmina horizontal.
PAGE no desnaturalizante.
Se desarrolla en condiciones en las que no se altera la conformacin nativa de las protenas
separadas, por lo que finalizada la electroforesis, pueden realizarse estudios de funcionalidad
de dichas protenas separadas (actividad enzimtica, capacidad de unin de anticuerpos,

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unin a receptores, etc.). El tampn presente en los reservorios es diferente al que impregna
el gel, el cual tampoco es homogneo, ya que, en realidad, hay dos geles diferentes en uno
solo: una zona de resolucin (donde tiene lugar la separacin de las protenas) que se
polimeriza sin colocar el peine y otra pequea zona de concentracin de 1-3 cm, que se
polimeriza sobre la anterior, que contiene los pocillos de aplicacin de la muestra y cuya
finalidad es concentrar la muestra en la zona de contacto con la zona de resolucin

Figura 3 PAGE en condiciones no desnaturalizantes en sistemas de tampn discontinuo.

PAGE desnaturalizante:
En presencia de algunos compuestos qumicos, las protenas pierden su estructura nativa;
tales compuestos, llamados agentes desnaturalizantes, producen el desplegamiento de la
protena que queda, as, sin la organizacin tridimensional caracterstica de su funcionalidad
biolgica. En la electroforesis desnaturalizante (SDS-PAGE), como su propio nombre indica,
se utilizan agentes desnaturalizantes de protenas, como pueden ser: detergentes (p.e. SDS),
catropos (p.e. urea) y agentes reductores (2- mercaptoetanol, DTT). Para la visualizacin
de las protenas se utilizan diferentes mtodos de tincin, siendo el ms habitual el azul de
coomassie, la separacin es funcin del tamao (masa molecular), lo que permite determinar
el peso molecular de las protenas. Para ello se compara la movilidad electrofortica de la
protena de peso molecular desconocido con el de protenas de referencia de peso molecular
conocido.

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Figura 4 Comparacin entre los mtodos no desnaturalizante y desnaturalizante. Las proteinas


separadas mediante el rompimiento de los puentes disulfuro, migran por la diferencia de masas
moleculares.

3) Electrofresis en geles de gradientes


En un gel en gradiente la protena migra hasta alcanzar una zona donde el tamao de poro
impida cualquier avance. Una vez se alcanza el lmite del poro no se produce una migracin
apreciable aunque no se detiene completamente.

Figura 5 Comparacin entre el mtodo sin gradiente de concentracin y con gradiente de


concentracin.

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Una de las ventajas de este tipo de geles es que resuelve mejor las bandas pues las
concentra en regiones ms estrechas, adems de incrementar el rango de pesos moleculares
que se pueden resolver en un mismo gel comparado con los de una concentracin fija.
Electrofresis capilar
La electroforesis capilar se basa en los mismos principios de las tcnicas electroforeticas
convencionales, pero utiliza condiciones y tecnologa distinta que permiten obtener una serie
de ventajas al respecto. Esta separacin de pptidos es realizada sobre un capilar de silica
fundida a potenciales elevados 20 a 30 Kv en un campo de 400 a 500 v/cm refrigerados por
aire. El capilar de silica fundida que generalmente se cubre con una capa de polimina para
darle mayor rigidez y resistencia, tiene una ventaja, a travs de ella que permite el pasaje de
la luz UV de tal manera que la visualizacin es on-line. Con esta tcnica descrita es posible
separar cationes, aniones, protenas, macromolculas y sustancias no cargadas en forma
simultnea.

Figura 6 Componentes de la electroforesis capilar. a Instrumentacin general. b Capilares

Enfoque isoelctrico
Es un tipo particular de electroforesis en la que los compuestos anfteros se separan segn
su punto isoelctrico (pI; pH al cual la carga neta de la protena es nula) en un gradiente
continuo de pH.

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La carga neta de una protena est en funcin del pH: pH>pI Carga nula negativa
pH=pI Carga neta nula
pH<pI Carga nula positiva
En este mtodo el efecto de la difusin es mnimo y por ello posee una enorme resolucin,
pudiendo llegar a separar protenas que difieran en 0.001 unidades de pI. Se emplean
compuestos anfteros de bajo peso molecular llamados anfolitos portadores, que son
pequeas poliaminas (alrededor de 750 kDa) con abundantes grupos cidos y bsicos, con un
pI que abarca desde 2.5 hasta 11.0, con gran capacidad de tamponacin cerca de su pI y con
una gran solubilidad y conductividad.
Puede llevarse a cabo en condiciones que mantengan la estructura nativa de las protenas o
en condiciones desnaturalizantes, incorporando, adems de los anfolitos, urea (8M) o
detergentes ni inicos o anfteros (pero nunca detergentes inicos como el SDS).
Electrofresis bidimensional
Es una sucesin de dos electroforesis distintas (o en distintas condiciones) realizadas sobre
una misma muestra. En la primera de ellas (primera dimensin) se separan los componentes
de la muestra segn un criterio (carga, tamao o pI), y en la segunda (segunda dimensin)
segn un parmetro distinto del anterior.

De esta manera, se combinan dos modos de

separacin diferentes y se consigue el mximo de resolucin posible mediante tcnicas


electroforticas.

Figura 7 Electroforesis bidimensional.


Primera dimensin (SDS-PAGE). En el
pocillo I se aplica el marcador de pesos
moleculares y en los pocillos II y III la
muestra. El carril del pocillo III
(sombreado) se corta y el resto del gel
se tie. El carril III se coloca sobre un
nuevo gel que se ha polimerizado sin
pocillos, donde se desarrolla la segunda
dimensin (EEF) perpendicularmente a
la primera.

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La primera dimensin puede llevarse a cabo, por ejemplo, en

condiciones no

desnaturalizantes y la segunda en condiciones desnaturalizantes; las protenas ribosomales


se separan en un gel discontinuo en la primera dimensin, seguido por otro continuo en la
segunda, y ambos en presencia de urea. La electroforesis bidimensional puede considerarse
como un criterio de pureza positivo debido a su gran poder de resolucin, aceptndose que la
aparicin de una sola mancha indica una muestra homognea.

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