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Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Biomolculas
Propsito

En esta unidad que el estudiante reconoce la naturaleza y propiedades de las


molculas pequeas que sirven de alimento a los seres vivos o que
constituyen las unidades bsicas de las cuales se construyen macromolculas
estructurales, de reserva energtica o de almacenamiento y procesamiento de
la informacin biolgica, as como las relaciones estructura funcin.

Demostrar su competencia en estos temas cuando:


1. Diferencia las molculas hidrosolubles de las no hidrosolubles
2. Reconoce las funciones oxigenadas y nitrogenadas, simples y
compuestas presentes en las biomolculas.
3. Explica por qu algunos azcares son reductores y otros no.
4. Transforma estructuras lineales de loa monosacridos en estructuras
cclicas y viceversa.
5. Enuncia las diferencias estructurales entre almidn, celulosa y
glucgeno,
6. Es capaz de mencionar las caractersticas de las molculas que los
permiten clasificar como lpidos.
7. Relaciona la estructura delos fosfolpidos con su papel en las
membranas celulares.
8. Enuncia la importancia de los isoprenoides en el funcionamiento de las
clulas y organismos.

9. Relaciona las caractersticas estructurales de las biomolculas con sus


propiedades biolgicas.
10. Menciona las caractersticas de los niveles de organizacin de las
protenas

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11. Describe las caractersticas delos enlaces peptdicos y como los


ngulos de rotacin alrededor de ellos determinan el nivel secundario
de organizacin de las protenas.
12. Explica como estn constituidos los nucletidos y la importancia que
ellos tienen, tanto independientemente, como tambin al formar parte
de los cidos nucleicos.
13. Analiza el efecto del medio ambiente celular sobre el comportamiento
de las biomolculas.

Las molculas que se extraen de los organismos vivos estn constituidas unos
pocos tipos de elementos, de los cuales los ms frecuentes son C, H y O, pero
tambin pueden contener N, P y S.
Funciones qumicas
Las molculas orgnicas expresan sus propiedades mediante las llamadas
funciones orgnicas que son arreglos definidos de tomos de carbono,
oxgeno, hidrgeno, fsforo, azufre y nitrgeno. Las funciones orgnicas
pueden ser oxigenadas simples: alcohol, aldehdo, cetona, cido, azufradas
como tiol y nitrogenadas como las aminas; o pueden ser compuestas (ter,
ster, anhdrido, amida, tioster) que resultan de la combinacin de dos
funciones simples, generalmente por eliminacin de una molcula de agua.
Una sola molcula pude contener varias funciones, por ejemplo los azcares
contiene funciones alcohol y aldehdo o cetona, los aminocidos tiene
funciones amina y carboxilo y algunos en sus radicales pueden tener otras
funciones, algunos lpidos son esteres.

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T1 Complete el siguiente cuadro relacionado con las funciones orgnicas presentes


en las biomolculas. (En las funciones compuestas incluya el nombre de las
funciones simples que las originan)
Nombre
Alcohol

Estructura
R-OH

Funcin
Simple

Compuesta: formada por

SI

NO

NO

Alcohol + cido

Aldehdo
Cetona
cido
Amina
Ester
Anhdrido
Tioster
Ester fosfrico
Amida

Algunos de los compuestos que se extraen de las clulas son solubles en


agua, mientras que otros no lo son. La solubilidad de las molculas depende
de su naturaleza qumica, pero en especial de su polaridad. Cuando las
molculas qumicas contienen un tomo electronegativo unido a otro
electropositivo se generan dipolos, debido a que el tomo electronegativo
atrae los electrones del electro positivo como ocurre en la molcula de agua

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En general, las molculas, o parte de ellas, se consideran polares cuando


adems de tomos electro positivos (C e H), contienen elementos electro
negativos (O, N, S).

T2. En el siguiente esquema seale mediante una elipse las regiones de las
molculas que tienen afinidad por el agua y mediante un rectngulo, aquellas que no
la tienen.
H3C
CH2
H2C
CH2
H2C
CH2
H2C
CH2
H2C
CH2
H2C
CH2
H2C
O

CH2
CH2

O
CH2
O

OH

CH

H2
C

C
H2
C

H3C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

CH2
C
H2

H2C

C
H2

NH2

Carbohidratos

De los compuestos hidrosolubles, un grupo muy importante presenta la


frmula general Cn(H2O)n. Este criterio se tomo durante mucho tiempo como

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base para definir los carbohidratos A continuacin se muestran algunos


compuestos que tienen la composicin sealada anteriormente:

O
H2
C

H2
C

C
HO

C
H

C
H2

OH

OH
C
O

(1)

(2)

O
H
HO

H3C

CH

OH

(3)

(4)

HO

OH
CH

H3C

OH

CH

CH

CH
OH HO

HO

(6)

HO

CH

HO

HC
(7)

OH HO
CH

CH
HO

OH

OH

CH

CH2

(5)

H2C

OH

CH

CH

CH2

CH

CH

HO

OH
(8)

OH
CH2

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T3. Qu compuestos contienen contiene tantos hidroxilos como el nmero


de carbonos menos 1?
T4. Adems del criterio anterior qu compuestos presentan una funcin
aldehdo o cetona?
T5. Los compuestos que presentan estas dos caractersticas son
considerados como carbohidratos. Con base en estos criterios d una
definicin de carbohidrato.
Los carbohidratos contienen carbonos asimtricos o centros quirales.
T6. Quiral se deriva del griego Cul es el significado de este trmino?
Busque el significado y etimologa del trmino quiral en:
http://dicciomed.eusal.es/palabra/quiral
Un carbono asimtrico se caracteriza por tener los cuatro sustituyentes
diferentes entre si, como lo ilustra la figura siguiente:

T7. Seale los carbonos asimtricos que presentan los siguientes compuestos:

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La presencia de carbonos asimtricos genera isomera geomtrica o de


posicin, por ejemplo, cuando el radical hidroxilo del ltimo carbono asimtrico

OH

OH

OH

OH

OH

OH

OH

HO
H

se encuentra localizado a la derecha se dice que es un ismero D, si se


encuentra localizado a la izquierda se dice que es un ismero L.
La nomenclatura D y L no tiene nada que ver con la isomera ptica dextrgiro
y levgiro, la cual solamente se puede observar mediante la utilizacin de un
el polarmetro y que se designa con (+) y (-) respectivamente.

El ngulo de giro del rayo de luz polarizada es proporcional a la concentracin


del carbohidrato y al espesor de la celda en que se coloca. La constante de
proporcionalidad es caracterstica de cada azcar y se designa como poder
rotatorio especfico ([] D20).
El ngulo de rotacin producido por una solucin de azcar es:
En donde c es la concentracin de azcar (g/mL) y L la longitud del tubo del
polarmetro en decmetros.

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Tabla 9. Poder rotatorio de algunos azcares.


Azcar

([] D20).

Almidn

+ 196

D-fructosa

- 92,4

D-galactosa

+80,2

D-glucosa

+ 52,7

Lactosa

+ 55,4

Sacarosa

+ 66,5

Existe una enzima llamada sacarasa que hidroliza la sacarosa a glucosa +


fructosa. Con base en la tabla anterior cual es la razn para que a esta enzima
tambin se dedigne invertasa

La concentracin de sustancias pticamente activas se puede determinar


mediante un instrumento denominado polarmetro mediante la aplicacin de la
siguiente ecuacin

donde:

es el ngulo de rotacin obtenido en el polarmetro.

L es la longitud del tubo del polarmetro en decmetros.

c es la concentracin de la disolucin.

Qu concentracin tiene una disolucin de glucosa que produce un ngulo


de rotacin de +40 en un polarmetro de 10 cm?

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Monosacridos

Los carbohidratos que estn constituidos por una sola molcula reciben el
nombre de monosacridos y se clasifican de acuerdo con el nmero de
carbonos que presentan y del grupo no alcohlico que los caracteriza.

Clasifique los siguientes monosacridos

Molcula

Segn

Carbonos
1

Triosa

nmero

de Segn funcin

Cetosa

Clasificacin

Cetotriosa

2
3
4
5
6
7

Los monosacridos, adems de las propiedades qumicas de los alcoholes,


presentan las del grupo aldehdo o cetona segn el caso.

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Entre las propiedades ms importantes del grupo aldehdo se encuentran:


Capacidad reductora y formacin de hemiacetales. Entre las de los alcoholes:
formacin de teres y de steres.

Represente la reduccin del reactivo de TOLLENS (Ag (NH3)2OH) por una


aldosa (reaccin del espejo de plata).
O
R

H + 2 Ag(NH 3)2 + 3 OH

Represente la reaccin de metanal con el etanol para formar un hemiacetal.


O
H

H + CH3

CH2OH

Represente la formacin de un ster fosfrico en la posicin seis de la


O
C

OH

HO

OH

OH

OH

glucosa.

O
+

HO

P
OH

OH

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Las aldosas pueden formar hemiacetales internos entre el aldehdo del


carbono uno y el alcohol del carbono cinco de las aldohexosas o el cuatro de
las aldopentosas. A continuacin se muestra la formacin del hemiacetal
correspondiente a la glucosa:

H
HO

OH

OH
C

HO

OH

OH

OH

OH

OH
O

OH

Qu cambios se aprecian en los carbonos 1 y 5 al formarse el hemiacetal


interno?

Cuando se forma el hemiacetal interno la molcula del monosacrido adquiere


una conformacin heterocclica que puede asemejarse al pirano o al furano.
Los monosacridos que se asemejan al furano se denominan furanosas, y los
que lo hacen al pirano, piranosas.
O

Furano

Pirano

A qu familia pertenece el siguiente monosacrido?


CH2 OH
H
H

O
OH

OH

OH

OH

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La proyeccin de Fischer para los monosacridos cclicos es poco real, por lo


tanto es preferible representarlos mediante la proyeccin de Haworth.
Posterior

O
Arriba

Perpendicular al
plano del papel

Abajo

Anterior

Para transferir la informacin de la proyeccin de Fischer a la Haworth se

OH
C

OH

HO

OH

O
O

OH

procede como se muestra en el siguiente esquema:


La formacin de monosacridos cclicos genera un nuevo centro de asimetra
en donde se encontraba la funcin aldehdo o cetona. Este carbono de
denomina carbono anomrico y los ismeros que se generan se denominan
anmeros. Segn la posicin del OH del carbono anomrico en relacin con el
plano de la molcula, los ismeros se designan alfa o beta segn se muestra
en el siguiente esquema.

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CH2OH
H

CH2 OH
O
OH

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H
H

O
OH

OH

OH

OH

OH
OH

OH

Generalice la regla para la transferencia de la proyeccin de Fischer a la de


Haworth.

Cuando un monosacrido adquiere estructura cclica se forma un nuevo


centro de asimetra en el carbono que portaba la funcin aldehdo o cetona
(carbono anomrico). Si el nuevo grupo OH queda por debajo del plano del
anillo, se designa, si queda por arriba, se designa.

Las cetosas con participacin de su grupo cetnico forman hemicetales en vez


de hemiacetales.

Dibuje la forma cclica correspondiente al siguiente monosacrido


H
H

OH

HO

OH

OH

OH

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La oxidacin de las aldosas puede producir tres tipos de cido:

COOH

COOH

CH2 OH

CH2 OH

COOH

COOH

Aldosa

Aldnico

Urnico

Aldrico

Represente y de nombre a los tres posibles cidos derivados de la glucosa.


O
C

OH

HO

OH

OH

OH

El hidroxilo anomrico de los monosacridos cclicos puede reaccionar con


compuestos alcohlicos para formar glicsidos.
CH2 OH
H
H

CH2 OH
O
OH

OH

OH

+ HOR
H

OH

O
OH

OH

H
OH

Forme un glicsido que involucre el hidroxilo 1 de una glucosa y el 4 de otra:

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O
+

Disacridos
Los disacridos corresponden a glicsidos (teres) de dos monosacridos. El
ter puede involucrar uno o ambos hidroxilos anomricos. Si se conserva uno
de los hidroxilos anomricos libre, el disacrido es reductor.
Para dar nombre a los disacridos reductores se tienen en cuenta las
siguientes normas:

Se considera como monosacrido principal al que conserva su hidroxilo


anomrico libre.

Se antepone como sustituyente, terminado en il (entre parntesis) el


monosacrido que utiliza su hidroxilo anomrico para el enlace.

El enlace formado se indica mediante el nmero del carbono seguido de la


letra O, por ejemplo 4-O

Tabla 10. Disacridos ms frecuentes:

Disacrido

Estructura

Fuentes

Celobiosa

Glu Glu b 1-4

Celulosa

Isomaltosa

Glu Glu 1-6

Almidn degradado

Lactosa

Gal Glu b 1-4

Leche

Maltosa

Glu Glu 1-4

Almidn degradado

Sacarosa

Fru Glu b 2-1

Caa de azcar, remolacha

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De acuerdo con las anteriores normas la maltosa ser: 4-O-(-Dglucopiranosil)-D-glucopiranosa, o abreviadamente: G(1 4)G

La maltosa es un 1,4-b-glicsido [4-0 -(b-D-Glucopiranosil)-b-D-glucopiranosa]


Es un disacrido que se obtiene por hidrlisis enzimtica del almidn. Esta
constituido por dos glucopiranosas unidas por un enlace 1,4-b-glicosdico. Es
un azcar reductor por tener libre el hidroxilo anomrico del hemiacetal de la
glucosa de la derecha.

La siguiente estructura corresponde a la celobiosa

Cul es su nombre qumico?

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Los disacridos no reductores pueden nombrarse como derivados de


cualquiera de los monosacridos.
Represente los siguientes disacridos: Ga(1b 4)G y G(1 2b)F. (el
smbolo se utiliza en los disacridos no reductores)
La lactosa presenta la siguiente estructura:

La

lactosa

es

un

1,4-b-glucsido

[4-0

-(b-D-Galactopiranosil)-b-D-

glucopiranosa] As como la celobiosa y la maltosa, la lactosa es un disacrido


reductor. A diferencia de la maltosa y la celobiosa, la lactosa esta conformada
por dos monosacridos diferentes, unidos mediante un enlace bglicosdico
entre C1 de la galactosa y C4 de la glucosa. Ocurre naturalmente en la leche
de los mamferos y es ampliamente usada en panadera y en las leches
infantiles.
Oligosacridos
Los oligosacridos son molculas formadas por la polimerizacin de unos
cuantos monosacridos, muchos de ellos se unen a protenas o a lpidos para
constituir glucoprotenas y glucolpidos Ejemplos de estas son los antgenos
que determinan los grupos sanguneos.

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Fuc = fucosa, Gal = galactosa, GalNAc = N-acetil galactosa, Glc = Glucosa


Los prebiticos: son ingredientes no digeribles de los alimentos, que afectan
benficamente al hospedero, al estimular el crecimiento y actividad de un
nmero limitado de bacterias en el colon para mejorar la salud del hospedero.

Qu diferencia hay entre prebiticos y probiticos?

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Polisacridos
Existen molculas de carbohidratos formadas por la polimerizacin de un gran
nmero de monosacridos llamados polisacridos. Los polisacridos pueden
ser lineales o ramificado, los ms abundantes son el glucgeno, la celulosa y
el almidn, todos ellos formados por polimerizacin de glucosa. La celulosa
es un polmero lineal formado por enlaces de tipo b 1-4, mientras que el
almidn y el glucgeno son polmeros ramificados con enlaces 1-4 y 1-6.

Almidn

Glucgeno

Qu diferencias hay entre la molcula del almidn y la del glucgeno?

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Qu ventaja representa para los animales almacenar glucgeno en vez de


almidn?

La molcula de celulosa tambin es un polmero de glucosa

Cules son las principales diferencias estructurales entre celulosa y almidn?

Por qu los rumiantes pueden utilizar la celulosa como fuente de energa y


los humanos no?

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Lpidos
En contraste con los carbohidratos, no existe una definicin qumica adecuada
de lpido, puesto que en este grupo de sustancias se presenta variabilidad
estructural, y por ello se definen en trminos de solubilidad.

Solubilidad de algunas sustancias


Compuesto

Soluble
en
agua

Soluble en
solventes
orgnicos

Presente en
organismos
vivos

Lpido

Mantequilla

No

Azcar de mesa

No

No

Sal de cocina

No

No

No

Parafina

No

No

No

Aceite vegetal

No

Aceite lubricante

No

No

No

Cera de abeja

No

T1. A partir de la informacin contenida en el cuadro anterior, de una


definicin operativa de lpido en trminos de su solubilidad y origen.
cidos grasos

Muchos lpidos contienen en su estructura derivados de los cidos grasos. Los


cidos grasos pueden contener o no dobles enlaces (insaturados y saturados,
respectivamente). La estructura general de los cidos grasos saturados es:

R-(CH2)n-COOH
Principales cidos grasos saturados

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cidos grasos saturados


Nombre

# de
C

Frmico

Toma parte en el metabolismo de la unidad carbono

Actico

Producto final de muchas fermentaciones

Propinico

Producto final de la fermentacin en el rumen

Butrico

Valrico

Caproico

Caprlico

Cprico

10

Lurico

12

Presente en plantas aromticas (canela, laurel, coco)

Mirstico

14

Presente en frutos de palmas y nueces

Palmtico

16

Esterico

18

Presente en casi todos los triglicridos animales y


vegetales

Araqudico

20

Presente en grasa de man

Behnico

22

En semillas

Lignocrico

24

Cerebrsidos, aceite de man

Ocurrencia o funcin

Presente en algunas grasas en pequeas cantidades


(mantequilla). Producto final del metabolismo de
carbohidratos en el rumen.

Presente en muchas grasas de origen vegetal

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Principales cidos grasos no saturados


Principales cidos grasos no saturados
N de C : N;
y posicin
de dobles
enlaces

Seri

Nombre
e
comn
1

Nombre sistemtico

Ocurrencia

Monoenicos
En casi todas las
grasas
Posiblemente el
ms comn de los
cidos grasos

16: 1; 9

Palmitoleico

Cis-9-hexadecenoico

18: 1; 9

Oleico

Cis-9-octadecenoico

22: 1; 13

Ercico

Cis-13-dococenoico

Aceite de mostaza

24: 1; 15

Nervnico

Cis-15-tetracosenoico

En cerebrsidos

Linoleico

Cis.9,12-octadecadienico

Maz, man,
algodn soya

Linolnico

Cis-6,9,12Octadecatirnoico

Algunas plantas

Dienicos
18: 2; 9,12
Trienoicos
18: 3; 6,9,12 6
Tetraenoicos
20: 4;
5,8,11,14

Componente
importante de los
fosfolpidos de los
animales.

Araquidni Cis-5,8,11,14co
Eicosatetraenoico

Los cidos grasos pueden representarse abreviadamente como:


O

OH
C

Indica la posicin del doble enlace a partir del ltimo carbono.

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En donde cada vrtice representa un tomo de carbono con los hidrgenos


que posee.
Acilglicridos
Usualmente los cidos grasos se encuentran formando steres con el glicerol
(propanotriol) u otros alcoholes.
H2C
HO

OH

CH
H2C

OH

Glicerol
T2. Dibuje el palmitil, oleil, linolenil glicerol.

Los steres de glicerol se designan con el nombre general de glicridos, los


cuales pueden ser mono, di o triglicridos, segn se haya esterificado uno,
dos o los tres hidroxilos del glicerol.

Fosfolpidos
Cuando el hidroxilo libre de un di glicrido se esterifica con cido fosfrico se
forma un compuesto llamado cido fosfatdico.

T3. Dibuje la estructura de un cido fosfatdico

El radical libre del cido fosfrico en un cido fosfatdico puede esterificar un


amino alcohol o un aminocido hidroxilo, para formar los llamados fosfolpidos.
Los amino alcoholes y el aminocido que se encuentran en los fosfolpidos
son:

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CH3

H3 C
HO

H2C

CH2

H2
C

HO

C
H2

CH3

Colina

NH2

H2N

Etanolamina

OH

H 2C

OH

CH

Serina

T4. Represente un fosfolpido que contenga alguno de los amino alcoholes


mencionados.
Segn el amino alcohol que contengan, los fosfolpidos se designan lecitinas o
cefalinas.

T5. Qu amino alcohol se encuentra en las lecitinas y cul en las cefalinas?

Los fosfolpidos son molculas anfipticas (parte de la molcula es polar y otra


parte apolar).

T6. En el siguiente esquema de un fosfolpido seale las partes polares y


apolares,

O
O
R2

H2 C
O

R1

OH

CH
H2 C

R+

O
Por ser anfipticos, los fosfolpidos pueden colocarse en interfaces lpido agua, lo que les permite ser componentes importantes de las membranas
celulares.

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Adems de los lpidos que contienen glicerol hay algunos que no lo contienen,
o contienen adems un alcohol diferente del glicerol. Entre estos pueden
mencionarse las ceras, los esfingolpidos, los terpenoides y los esteroides.
Plasmalgenos

En los plasmalgenos el primer ster de un fosfolpido es remplazado por un


ter de un alcohol b insaturado que contiene de 13 a 15 carbonos CH3(CH2)n-CH=CH-CH2OH.
H2
C
H3C

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H
C
C
H

CH2OH

T7. Represente la estructura general de un plasmalgeno

Ceras

Las ceras son steres de cidos grasos y un alcohol diferente del glicerol. El
ms frecuente de los alcoholes presentes en las ceras es el alcohol cetlico
(16 C).

T8. Represente el palmitato de cetilo (una cera)

Esfingolpidos

Las esfingolpidos pueden considerarse como derivados de la esfingosina:

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OH
H2
C
HO

H2
C

H
C
CH

C
H

C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

CH3

NH2

Abreviadamente se puede representar como:

Las ceramidas son amidas formadas por esfingosina y un cido graso.

Las esfingomielinas son esfingosinas esterificadas por cido fosfrico, al cual


se encuentra unido un amino alcohol.

Los cerebrsidos son teres de esfingomielina y una azcar (glucosa o


galactosa)

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Esteroides

Los esteroides son molculas que en su estructura presentan cuatro anillos


que corresponden a la organizacin del ciclopentano perhidro fenantreno:
H2
C
H2 C
H2
C

CH

C
CH

H2 C

H2
C

CH

C
H2

CH

C
H2

C
H2

H2 C

CH2

CH2

Los esteroides presentan radicales y cadenas alifticas en posiciones


caractersticas, as por ejemplo el colestano:
H3 C
26

H2C

CH
CH 27 3
25
CH2

H3C 21
CH2
H2
C
12

H2C

H2
C
1

H2C 3

20

H2C 11
C
CH3
CH2
19 CH
14 CH 15
C
10 8 CH
H2

5
C
H2

CH3
18

6
C
H2

CH2

T6. Dibuje la estructura del colesterol (3-hidroxi-5,6-colesteno)

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Las hormonas esteroidales contienen estructuras cclicas semejantes a la del


colesterol pero con cadenas alifticas de menor tamao.

T7. Investigue y dibuje las estructuras de: Estrano, Androstano y Pregnano

Algunos ejemplos de hormonas esteroidales


Clase

Nombre comn

Nombre qumico

Andrgeno

Testosterona

17-hidroxi-4-androsten-3-ona

Corticoide

Cortisol

11,17,21,trihidroxipregn-4-en-3,20-diona

Progestgenos

Progesterona

4-pregnen-3,20-diona

T8. Dibuje las estructuras de las hormonas incluidas en el cuadro anterior.

Eicosanoides

En muchos organismos se encuentran presentes una serie de sustancias


biolgicamente activas derivadas de cidos grasos poli insaturados de 20
tomos de carbono que se designan EICOSANOIDES. Dentro de estos
compuestos se encuentran las prostaglandinas, los tromboxanos y los
leucotrienos.
La estructura bsica de las prostaglandinas es el cido 15 hidroxi prostanico:
9

COOH
1

12

15
20
OH

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El nombre de las prostaglandinas (PGXn depende de los sustituyentes e


insaturaciones en el anillo ciclopentano X = A, B, C, D, E, o F, y de la posicin
de dobles enlaces en las cadenas alifticas, n = 1, 2, o 3.

HO

HO

R1

R1

E
R2

O
PG1 = trans

R1

13

R2

HO

PG2 = cis , trans


5

13

R2

HO

PG3 = cis , trans , cis


5

13

17

T9. Dibuje las estructuras de las prostaglandinas PGD1, PGE3 y PGF2

T10.Cuales son las funciones e importancia biolgica de las


prostaglandinas, Tromboxanos y Leucotrienos.

Talleres de Bioqumica

31

Luz B. Pardo R.

Aminocidos y Protenas
Las protenas son la forma de expresin de la informacin gentica, como tal
desempean innumerables funciones en los organismos vivos. Las protenas
son polmeros de alfa aminocidos unidos entre s por enlaces peptdicos.

T1. Complete la siguiente tabla con ejemplos de protenas y sus funciones.


Protena

Funcin

Hemoglobina

Transporte de gases

Aminocidos
Los aminocidos que usualmente forman parte de las protenas son alfa-Laminocidos que difieren en la naturaleza del radical, el cual confiere las
propiedades especficas de cada aminocido. La estructura general de los
aminocidos es:

Talleres de Bioqumica

32

Luz B. Pardo R.

Clasificacin de los aminocidos segn la polaridad del radical

A continuacin se muestran los aminocidos usualmente encontrados en las


protenas

Talleres de Bioqumica

33

Luz B. Pardo R.

Talleres de Bioqumica

34

Luz B. Pardo R.

35

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Constantes de los Aminocidos


Valores de pKa
Aminocidos

COOH

+
NH3

Alanina (Ala, A)

2,3

9,7

Arginina (Arg, R)
Asparagina (Asn, N)
Asprtico (Asp, D)
Cistena (Cis, C)
Fenilalanina (Fal, Phe, F)
Glicina (Gli, G)
Glutmico (Glu, E)
Glutamina (Glu, Q)
Histidina (His, H)
Isoleucina (Ile, I)
Leucina (Leu, L)
Lisina (Lis, K)
Metionina (Met, M)
Prolina (Pro, P)
Serina (Ser, S)
Tirosina (Tir, Y)
Treonina (Tre, T)
Triptfano (Tri, Trp, W)
Valina (Val, V)

2,2
2,0
1,9
2,0
1,8
2,3
2,2
2,2
1,8
2,4
2,4
2,2
2,3
2,0
2,2
2,2
2,1
2,8
2,3

9,0
8,8
9,6
10,3
9,1
9,6
9,7
9,1
9,2
9,6
9,6
9,0
9,2
10,6
9,2
9,2
9,1
9,4
9,6

Radical

ndice
hidroptico *
1,8

12,5
3,7
8,2

4,3
6,0

10,5

10,5

-4,5
-3,5
-3,5
2,5
2,8
-0,4
-3,5
-3,5
-3,2
4,5
3,8
-3,9
1,9
-1,6
-0,8
-1.3
-0,7
-0,9
4.2

Los valores negativos de ndice de hidropata muestran la tendencia a localizarse en regiones


acuosas, mientras que los positivos la tendencia a localizarse en regiones hidrofbicas.

Las propiedades de los aminocidos son las del grupo amino, las del carboxilo
y las propias de cada radical. Segn las caractersticas del radical de los
aminocidos, estos se clasifican como de radical apolar, polar ionizable y polar
NO ionizable

36

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

T2. Complete el siguiente cuadro que relaciona los nombres y estructuras de los
aminocidos y su clasificacin)
Clasificacin
Abreviatura
Aminocido
Nombre qumico
(PNI, PI, NP)
A,
ala
Alanina

aminopropinico
R
arg
Arginina

aminoguanidino-valrico
D
asp
Asprtico

aminosuccinico
C
cis
Cistena

aminobtiopropinico
F
fal
Fenilalanina
aminobfenil propinico
G
gli
Glicina

- aminoctico
E
glu
Glutmico

aminoglutrico
H
his
Histidina

aminobimidazol propinico
I
ile
Isoleucina

aminobetilbmetil-propinico
L
leu
Leucina

amino-- metil valrico


K
lis
Lisina

diaminocaprico
M
met
Metionina

aminometil-tiobutrico
P
pro
Prolina

pirrolidin carboxlico
S
ser
Serina

amino-bhidroxi propinico
Y
tir
Tirosina

aminobparahidroxifenil propinico
T
W
V

tre
tri
val

Treonina
Triptfano
Valina

amino-bhidroxi butrico
aminobindol propinico
amino-isovalrico

Algunos radicales presentes en los aminocidos

Guanidino

Imidazol

Indol

Pirrolidin

Talleres de Bioqumica

37

Luz B. Pardo R.

Caractersticas de los aminocidos:

La hidrofobicidad relativa de los aminocidos se representa en el siguiente


esquema:

Talleres de Bioqumica

38

Luz B. Pardo R.

La naturaleza polar o apolar de los radicales de los aminocidos son una


fuerza importante en la organizacin de la arquitectura proteica. La figura
siguiente ilustra la secuencia dela hexoquinasa de levadura de cerveza.
1
5
10
15
20
25
30
AA S X D X S L V E V H X X V F I V P P X I L Q AV V S I A
31 T T R X D D X D S A A A S I P M V P G W V L K Q V X G S Q A
61 G S F L A I V M G G G D L E V I L I X L A G Y Q E S S I X A
91 S R S L A A S M X T T A I P S D L W G N X A X S N A A F S S
121 X E F S S X A G S V P L G F T F X E A G A K E X V I K G Q I
151 T X Q A X A F S L A X L X K L I S A M X N A X F P A G D X X
181 X X V A D I X D S H G I L X X V N Y T D A X I K M G I I F G
211 S G V N A A Y W C D S T X I A D A A D A G X X G G A G X M X
241 V C C X Q D S F R K A F P S L P Q I X Y X X T L N X X S P X
271 A X K T F E K N S X A K N X G Q S L R D V L M X Y K X X G Q
301 X H X X X A X D F X A A N V E N S S Y P A K I Q K L P H F D
331 L R X X X D L F X G D Q G I A X K T X M K X V V R R X L F L
361 I A A Y A F R L V V C X I X A I C Q K K G Y S S G H I A A X
391 G S X R D Y S G F S X N S A T X N X N I Y G W P Q S A X X S
421 K P I X I T P A I D G E G A A X X V I X S I A S S Q X X X A
451 X X S A X X A

T3. Una protena tiene la siguiente secuencia:


1 AAS X D X S L V E V H X X V F I V P P X I L Q A V V S I A
31 T T R X D D X D S A A A S I P M V P G W V L K Q V X G S Q A
61 G S F L A I V M G G G D L E V I L I X L A G Y Q E S S I X A
91 S R S L A A S M X T
Qu aminocidos tenderan a colocarse en la superficie y cules hacia el interior
de la molcula?
Exterior
Interior

39

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Los radicales polares ionizables de los aminocidos presentes, determinan el


comportamiento inico de las protenas y una serie de interacciones dbiles
necesarias para la funcin de una protena. Un aminocido de radical no polar,
segn el pH del medio, puede presentar uno de los tres estados inicos
siguientes:

H
H

N+
H

C
R

H+

O
C

KCOOH
O

pH<pK1

H
H

N+

H+

H R

pH = pI

K NH3+

C
O-

C
R

pH>pK2

El punto isoelctrico ( pI )de un compuesto se define como el valor de pH en el


cual la suma de las cargas que presenta la molcula es cero. Recuerde que:
pKa = -logKa
El pI se estima mediante el punto medio entre los dos pK que delimitan la zona
de pK en que la molcula tiene carga cero.

40

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Suponga que en un aminocido de radical apolarel pK del grupo carboxilo


es 3,0 y el del grupo amino es 9,0
pKa
COOH
NH3

10

11

3,0

9,0

+1

+1

+1

-1

-1

-1

La carga
tiende a:

+1

-1

T4. Asuma que se ha aislado, por hidrlisis de la hexoquinasa el segmento 211 a


220 (S G V N A A Y W C D) Utilice los valores de pKa incluidos en la tabla de
constantes para determinar el estado inico del fragmento a los valores de pH
incluidos en la siguiente tabla. Determine el pI del pptido.
Aminocido N

211

212

213

214

215

216

217

218

219

220

COOH

Carga

pK
pH

Estado inico de cada radical a los valores de pH indicados

2
4
6
8
10
12

Pequeos cambios en la secuencia de los aminocidos de una protena


pueden llegar a determinar grandes cambios en su funcin.

41

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Algunas hormonas neuro hipofisiarias de diferentes organismos presentan las


siguientes secuencias
A)

CIS-TIR-ILE-SER-ASN-CIS-PRO-GLN-GLI

B)

CIS-TIR-ILE-SER-ASN-CIS-PRO-ILE-GLI

C)

CIS-TIR-ILE-GLN-ASN-CIS-PRO-ILE-GLI

D)

CIS-TIR-ILE-GLN-ASN-CIS-PRO-ARG-GLI

E)

CIS-TIR-ILE-GLN-ASN-CIS-PRO-LEU-GLI

F)

CIS-TIR-FAL-SER-ASN-CIS-PRO-ARG-GLI

G)

CIS-TIR-FAL-GLN-ASN-CIS-PRO-LIS-GLI

T5. Qu hormonas, de las anteriores, espera Ud. que tengan el mismo


punto isoelctrico?

Pptidos
El enlace peptdico es la base de la estructuracin de las protenas.
O
H2 N

CH C

OH

CH3

O
H2N CH C OH
CH2
SH

H2O

H2N

CH C
CH3

H2N CH

C OH

H2N CH

O
H
N CH C
CH2
SH

C OH

CH2

CH2

CH2

CH CH3

CH2

CH3

NH

H2 O

C NH

H2 O

NH2

H
N CH

O
C

O
H
N CH C OH

CH2

CH2

CH2

CH CH3

CH2

CH3

NH
C NH
NH2

42

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Si se tienen en cuenta los ngulos de valencia la organizacin espacial del


pptido sera:

Debido a la resonancia electrnica producida por el carbonilo del enlace


peptdico, coexisten dos posibles formas:
R2
R1
CH
H2 N

HN

CH

R1
C

R2

OH

CH
H2N

HN

CH

C
O-

OH

43

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

por lo cual el enlace peptdico tuene carcter de parcialmente doble.

T7. Observe las dos figuras

Es posible que las dos esferas giren Es posible que las dos esferas giren
alrededor del eje? Por qu?
alrededor del eje? Por qu?
T8. Que similitud encuentra Ud. entre los dibujos delos esquemas y las dos
posibles formas de los enlaces peptdicos?
T9. Es posible el libre giro del carbono carbonilo y el nitrgeno amino
alrededor del en lace peptdico?
Los tomos que conforman el enlace peptdico son coplanarias l

T10. De acuerdo con el esquema, qu son los ngulos (fi) y (psi) en los
grupos peptdicos y qu importancia tienen.

La organizacin secundaria de las protenas guarda relacin con la secuencia


y composicin de las cadenas polipeptdicas.

44

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

La estabilizacin de la organizacin proteica depende de interacciones dbiles


y fuertes establecidas entre los radicales de los aminocidos y de estos con el
medio ambiente.

T11. Indique los aminocidos que pueden generar las siguientes interacciones
ente sus radicales.

Puentes de hidrgeno

Interacciones de Van
der Waals

Enlaces
electrostticos
Aminocidos

Aminocidos

Aminocidos

Niveles de organizacin

Para describir la estructura de una protena es necesario recurrir a varios


niveles de organizacin.
.
Nivel Primario:
En un pptido no es lo mismo composicin que secuencia, la secuencia
indica el orden de los aminocidos en la cadena peptdica y esta
genticamente determinada, la composicin es la informacin sobre el
contenido de aminocidos del pptido.

De acuerdo con la unin de qumica pura y aplicada IUPAC en su pgina


http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/index.html

o en la pgina de la IUBBM

Talleres de Bioqumica

45

Luz B. Pardo R.

http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/: Nivel primario: es la secuencia de


aminocidos de una cadena polipeptdica, sin tener en cuenta el arreglo
espacial (excepto la configuracin en el carbono alfa).Esta definicin o incluye
la posicin de los enlaces di sulfuro.

T12. Una pptido contiene los siguientes aminocidos: ALA; CIS; LIS; VAL.
Cules son las posibles secuencias que puede presentar dicho pptido?
La secuencia de aminocidos constituye el nivel primario de organizacin de
las protenas, tambin llamada estructura primaria. Los enlaces peptdicos
son los responsables mantenimiento del nivel primario de las protenas.
Nivel secundario
Describe las relaciones entre un aminocido y sus vecinos inmediatos en la
secuencia mediante los ngulos de rotacin alrededor del carbono . De
acuerdo con la IUPAC y la pgina de la IUBBM: Nivel secundario: es el arreglo
local espacial de los tomos de su cadena principal sin tener en cuenta la
conformacin de sus cadenas laterales o sus relaciones con otros segmentos.

Los dos principales tipos de organizacin secundaria son: Hlice alfa y Banda
beta. Esquemticamente se pueden representar como se muestra a
continuacin

Talleres de Bioqumica

46

Luz B. Pardo R.

El nivel secundario de organizacin se mantiene gracias a los puentes de


hidrgeno que se forman entre el H no comprometido en el enlace peptdico
de los aminos alfa y el oxgeno carbonilo de los carboxilos comprometidos en
los enlaces peptdicos.

Ramachandran predijo las combinaciones de los giros de rotacin que


favorecan as diferentes conformaciones de nivel secundario en los pptidos.

Las tres conformaciones ms probables, de acuerdo con el sentido y magnitud


de los ngulos y son: hlice alfa, banda beta o sper hlice.

47

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Ejemplos de organizacin secundaria de protenas

Alfa hlice :
Lana

Banda beta:
Seda

Sper hlice :
Colgeno

Los aminocidos que tienden a impedir la formacin de hlice alfa son:


Prolina, dos o ms residuos consecutivos de aminocidos con radical
ramificado (val, ile), por secuencias repetitivas de aminocidos con radical
ionizado de igual carga.
Las bandas beta son promovidas por secuencias repetitivas de gli, ser, ala.
La sper hlice colgeno requiere ngulos de torsin especficos y
aminocidos de radical pequeo.

T13. Qu aminocidos y por qu razn, permiten la conformacin de la


sper hlice de colgeno?
La estructura de la lisozima, una enzima, bactericida natural, se encuentra en
lgrimas, saliva y otras secreciones, as como en algunos virus. Su estructura
esquemtica (tomada de http://biol1medio.blogspot.com/2009/08/boca.html) es la siguiente:

Talleres de Bioqumica

48

Luz B. Pardo R.

La secuencia de la lisozima de del bacterifago T4 es la siguiente:

T14, En la secuencia anterior localice los aminocidos que posiblemente


forman parte de las regiones de hlice alfa y banda beta de la lisozima.
Los diferentes tipos de organizacin secundaria se ven favorecidos o
interrumpidos por algunos aminocidos
Caractersticas

Aminocidos

Favorecen formacin de hlice alfa

A, L, M, E, H, K, R

Interrumpen hlice alfa

G, P, D, S

Favorecen banda beta

Y, W, F, M, I, V, T, C

Favorecen sper hlice de colgeno G, A, P

Talleres de Bioqumica

49

Luz B. Pardo R.

Nivel terciario

El nivel terciario describe las relaciones espaciales entre aminocidos vecinos


pero distantes en la secuencia.
Segn la IUPAC: Nivel terciario: es el arreglo de todos los tomos en el
espacio sin tener en cuenta sus relaciones con otras sub unidades o
molculas vecinas.

Estructura terciaria, esquemtica, de una protena.

La organizacin terciaria de las protenas, es mantenida principalmente por


enlaces bisulfuro, puentes salinos, interacciones hidrofbicas y otras
interacciones dbiles
Nivel cuaternario

Describe el nmero de cadenas peptdicas y las relacione espaciales entre


ellas. La organizacin cuaternaria es mantenida por interacciones dbiles.
Segn las definiciones de la IUPAC: Nivel cuaternario es el arreglo de sus
subunidades en el espacio, el ensamblaje de ellas, los contactos entre
subunidades sin tener en cuenta la geometra interna de las sub unidades.

50

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Organizacin supra secundaria


Las protenas no son tan diferentes entre s como se pensaba hace algn
tiempo. Presentan secuencias que se han conservado a lo largo de la
evolucin, as como regiones que son casi idnticas en protenas diferentes
que tienen funciones similares. Los niveles secundarios y terciarios de la
organizacin

proteica

toman

conformaciones

caractersticas

denominan motivos y dominios.

Consulte la siguientes URL:


http://temasdebioquimica.wordpress.com/2008/10/12/estructurassupersecundarias-motivos-y-dominios/
http://www2.udec.cl/~jmartine/Capitulo5.htm

T15. A qu se denomina Motivos en la estructura de las protenas?

.
T16. Identifique los motivos proteicos representados.

que

se

Talleres de Bioqumica

51

Luz B. Pardo R.

T17. Qu es un dominio proteico?

T18. Qu diferencias existen entre motivos u dominios proteicos?

Purificacin de protenas
La primera etapa en la purificacin de protenas es la obtencin del llamado
extracto bruto, que no es ms que un homogeneizado libre de clulas

Para conocer las propiedades estructurales de las protenas es necesario


aislarlas, purificarlas y en muchos casos determinar la secuencia de los
aminocidos que las conforman-. El aislamiento de una protena que se
encuentra mezclada con otras es una tarea que requiere cuidado y dedicacin
y que se basa en las posibles diferencias en varios criterios entre los cuales se
pueden mencionar:

Talleres de Bioqumica

52

Solubilidad

Diferencia en su punto isoelctrico

Tamao molecular

Afinidad

Luz B. Pardo R.

Procesos basados en las diferencias en solubilidad.

Cuando a una solucin de protenas en medio acuoso se adiciona una sal de


alta solubilidad en ese medio se presenta una competencia de solubilidad, en
forma tal que a medida que se aumenta la concentracin de sal en el medio se
produce una precipitacin diferencial de las protenas de la mezcla. Este
fenmeno se conoce en la literatura bioqumica con el nombre de "SALTINGOUT". Algunas protenas aumentan su solubilidad a baja saturacin con la sal,
fenmeno que se conoce con el nombre de "SALTING-IN"
El esquema bsico de la precipitacin diferencial se muestra a continuacin

En la siguiente grfica se muestran unas curvas hipotticas de solubilidad de


tres protenas en funcin de la saturacin de la solucin con sulfato de
amonio.

53

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

EFECTO DE LA SATURACION CON SULFATO DE AMONIO


120

SOLUBILIDAD

100

Proteina A
Proteina B

80

Proteina C

60
40
20
0
0

10

20

30

40
50
60
% SATURACION

70

80

90

100

Curvas hipotticas de solubilidad de tres protenas en funcin de la saturacin


con sulfato de amonio.

En la figura anterior se puede apreciar que al saturar la solucin que contiene


la mezcla de protenas hasta un 10%, se produce un ligero aumento de la
solubilidad de las tres protenas. Tambin puede observarse que a 30% de
saturacin ya se ha producido la precipitacin total de la protena C, mientras
que parte de A y B an permanecen en solucin. La protena B precipita
totalmente al 60% de saturacin y la A al 80%.

El sulfato de amonio necesario para precipitar diferencialmente las protenas


se puede adicionar ya sea slido en solucin saturada, si lo primero es
necesario controlar los cambios de pH ya que sta sal es de reaccin cida, si
lo segundo se corre el riesgo de diluciones excesivas de la mezcla de
protenas.

El volumen de solucin saturada de sulfato de amonio necesario para


conseguir un determinado porcentaje de saturacin, puede calcularse
mediante la siguiente frmula

Talleres de Bioqumica

Y ml Vp

54

Luz B. Pardo R.

S2 S1
1 S2

en donde:

Y = volumen de sulfato de amonio necesario para conseguir el % de


saturacin deseado,
Vp = volumen de la mezcla de protenas que se utiliza en la precipitacin,
S2 = % de saturacin al que se desea llegar, expresado como fraccin (Ej.
20% se toma como 0,20)
S1 = % de saturacin inicial del cual se parte, expresado como fraccin (Ej. 5
% se toma como 0,05)

Los clculos necesarios se ilustran con el siguiente ejemplo. Se desea aislar


una protena que precipita entre el 30 y 35 % de saturacin con sulfato de

55

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

amonio. Se dispone de 200 ml de la solucin que contiene la mezcla de


protenas.

Y ml Vp

S2 S1
1 S2

1. Calculo de lo ml de sulfato de amino necesarios para llevar la mezcla de


protenas de 0% a 30% de saturacin.
Vp = 200 ml,

Y ml 200

S1 = 0.0,

S2 = 0.3

0.3 0,0
0,3
200
85,7 ml
1 0,3
0,7

2. Agregar poco a poco los Y ml de solucin saturada de sulfato de amonio,


dejar en reposo 20 minutos y centrifugar a 5.000 r.p.m.

3. Tomar el sobrenadante (este tiene un 30% de saturacin con sulfato de


amonio. Medir el volumen (asuma que es 285 ml)

4. Calcular la cantidad de sulfato de amonio necesario para llevar 285 ml de


solucin saturada del 30 al 35%.

Y ml 285

0.35 0,3
0,05
285
219
, ml
1 0,35
0,65

5. Dejar en reposo 20 minutos, centrifugar, colectar el precipitado (este


contiene las protenas que precipitan entre 30 y 35% de saturacin.

La cantidad de sulfato de amonio slido necesario para producir una


determinada saturacin se calcula mediante la siguiente frmula:

Talleres de Bioqumica

X gramos =

56

Luz B. Pardo R.

50,5(S2 S1 )
1 0,3S2

T19. Disee un protocolo para aislar la fraccin soluble entre el 40 y 60% de


saturacin con sulfato de amonio de una mezcla de protenas cuyo volumen
inicial es 250 mL. Tanto con solucin saturada, como con slido,

57

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Procesos de separacin basados en diferencias en el punto isoelctrico de las


protenas.

Las molculas proteicas debido a las propiedades de los aminocidos que las
componen pueden adquirir carga elctrica en funcin del pH del medio en que
se encuentran.
Electroforesis.

La electroforesis es una tcnica analtica que permite separar molculas con


cargas elctricas diferentes al someterlas a un campo electromagntico.

La separacin electrofortica requiere de un soporte poroso impregnado de


una solucin de electrolito con pH constante (buffer).

Al cerrarse el circuito de corriente continua se establece una polaridad definida


en forma tal que uno de los extremos corresponde al polo positivo y el otro al
negativo. Si en el centro el soporte se coloca una mezcla de molculas que al
pH del medio tienen las cargas indicadas en la siguiente figura:

- o
B C

La muestra a resolver en un sistema electrofortico se coloca sobre el soporte


poroso como indica el esquema anterior.

Talleres de Bioqumica

58

Luz B. Pardo R.

Despus de un tiempo de haber cerrado el circuito las molculas sufrirn los


desplazamientos indicados en el esquema siguiente:

Separacin electrofortica de una mezcla de tres sustancias con diferente


carga.

T20. Represente en el siguiente esquema el resultado de la electroforesis a


pH 8,2 de una mezcla de protenas cuyos pI son: A = 9,2; B = 5,4; C = 2,8; D
= 8,2.

Cromatografa de Intercambio inico

La cromatografa de intercambio inico es una tcnica preparativa basada en


la capacidad que poseen algunas sustancias ionizables, llamadas resinas, de
fijar molculas de carga contraria. Las resinas se ionizan en funcin del pH del
medio y segn adquieran carga positiva o negativa se designan como de
intercambio anicnico o catinico respectivamente.

La matriz de la resina puede ser de carcter hidroflicas o hidrofbicas, entre


las primeras las ms empleadas son las derivadas de celulosa y entre las

Talleres de Bioqumica

59

Luz B. Pardo R.

segundas las de poli estireno. Los grupos ionizables que usualmente se


encuentran en las resinas de intercambio inico se muestran en la siguiente
tabla.

Resinas de intercambio inico


Radical

Grupo ionizable

pK

CH2 SO3H

Sulfometil

2,5

CH2 COOH

Carboximetil

3,5

Fosfo

6,0

Dietilaminoetil

9,5

Trietilaminoetil

10,0

PO3H2

CH2 CH2 N(C2H5 ) 2

Tanto la resina como las molculas a separar se equilibran con un buffer al pH


seleccionado para la operacin. La seleccin del pH es de gran importancia,
puesto que de l depende que la resina est correctamente cargada y que las
molculas a separar adquieran las cargas adecuadas para que aquellas que
se quieren purificar queden adheridas a la resina.

En el siguiente esquema se muestra como vara la carga de la resina y de las


molculas proteicas en funcin del pH. Se asume que las resinas son tiles
para la separacin una unidad o unidad y media de pH por debajo de su pK en
el caso de las resinas de intercambio aninico y una unidad o unidad y media
por encima en el caso de las de intercambio catinico. Deben evitarse los
valores extremadamente altos o bajos de pH donde puede ocurrir
denaturacin de las protenas que se estn separando.

Talleres de Bioqumica

60

Luz B. Pardo R.

Determinacin de la zona de pH til en la cromatografa de intercambio inico.

La seleccin de la resina y el pH al cual se realizara la cromatografa, sera


muy fcil si se conociese el punto isoelctrico de las molculas a separar y
estos fueran lo suficientemente diferentes para conseguir una adecuada
separacin.

En el caso del ejemplo la resina solo es til a pH por debajo de 7,5, y como las
protenas usualmente se desnaturan fcilmente a pH por debajo de 4,5, la
zona verdaderamente til de la resina esta entre pH 5 y 7. A pH 7,0 las
protenas A y C tienen carga negativa, mientras que la B y D tendrn carga
positiva. En consecuencia las protenas B y D por tener la misma carga de la
resina no se fijaran a ella, mientras que las A y C quedarn retenidas por tener
carga contraria a la de la resina. La protenas que se fijan a la resina
posteriormente sern eludas por remplazo con otros iones de mayor afinidad
por la resina (usualmente se emplea KCl).

Talleres de Bioqumica

61

Luz B. Pardo R.

Las resinas de intercambio inico permiten la purificacin de las molculas


que se fijan a ellas, sin embargo tal purificacin no es total puesto que al salir
de la columna an continan mezcladas con molculas de la misma carga. La
siguiente grfica muestra el perfil de elucin de la columna descrita
anteriormente. En ella puede observarse que se ha conseguido una
purificacin parcial de las protenas A y C. la cuales an salen en un solo
grupo, pero en todo caso se ha conseguido liberarlas de B y D.

Perfil de elucin en una cromatografa de intercambio inico

Talleres de Bioqumica

62

Luz B. Pardo R.

La separacin de molculas con carga del mismo tipo se consigue mejorar si


el electrolito de intercambio se agrega como un gradiente de concentracin,
con este sistema son eludas en primer lugar aquellas que estn unidas ms
dbilmente (las que tienen carga de menor magnitud por tener su pK ms
prximo al pH de elucin)

Perfil de elucin en una cromatografa de intercambio inico con gradiente de


KCl

T21. Dibuje los perfiles de elucin de una cromatografa de intercambio inico


en DEAE celulosa equilibrada a pH 7,5, con y sin gradiente de KCl 0 0,5M
de una mezcla de protenas cuyos pI son: A = 9,2; B = 5,4; C = 2,8; D = 8,2.

Talleres de Bioqumica

63

Luz B. Pardo R.

Separacin por tamao molecular


Para separar molculas con pesos moleculares suficientemente diferentes se
emplea la llamada filtracin molecular, de la cual es un buen ejemplo el
empleo de columnas de Sephadex .

El Sephadex es un polisacrido que se caracteriza por diferentes grados de


entrecruzamiento entre las cadena, lo que permite obtener diferentes grados
de porosidad. Si las molculas penetran al interior de los granos de gel
hidratado, sern retardadas en relacin con aquellas que son excluidas y que
por tanto saldrn ms rpidamente de la columna. El Sephadex y los geles
similares son adecuados para separar las molculas que son retenidas en el
interior del gel.

A continuacin se presentan algunas de las propiedades de los tipos de


Sephadex ms corrientemente empleados.

TIPO
G10
G15
G25
G75
G100
G150
G200

Propiedades de algunos tipos de Sephadex


Lmite de
Agua
Volumen
exclusin
retenida mL hidratado mL
HASTA 700
1,0
2
HASTA 1.500
1,5
3
1000-5000
2,5
5
3.000-80.000
7,5
15
4.000-150.000
10,0
20
5.000-400.000
15,0
30
5. 000-800.000
20,0
40

Las protenas en solucin se rodean de molculas de agua para mantenerse


soluble, las sales altamente solubles compiten con las protenas por las
molculas de agua, por tanto al adicionar estas sales a las soluciones de
protenas, estas ltimas pierden solubilidad y precipitan.

64

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

T22.Disee un protocolo para separar, si es posible, las cuatro protenas


cuyas caractersticas con las siguientes:
% de saturacin en que
Protena
Peso molecular
pI
precipita
A
30 000
8,0
20 40%
B
80 000
5,4
30 - 50%
C
140 00
2,2
60 -8 0%
D
200 000
7,8
50 70%

Determinacin de la secuencia de aminocidos en pptidos y protenas

F, Sanger en 1958 fue galardonado con el premio Nobel de Qumica por la


determinacin de la secuencia de la insulina. La conferencia que l pronunci
en

la

ceremonia

de

entrega

del

galardn

se

encuentra

en

la

URLhttp://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1958/sangerlecture.pdf

La metodologa a la que el llamo de los pptidos sobrepuestos, consiste


fundamentalmente en producir rupturas especficas de los pptidos con

Talleres de Bioqumica

65

Luz B. Pardo R.

diferentes agentes proteolticos y deducir, a partir de la sobre posicin de


informacin, la secuencia del pptido.

Para comprender la metodologa se presenta el siguiente ejemplo:


Asuma que un pptido est compuesto por los siguientes aminocidos

Suponga que dispone de cuatro agentes proteolticos con la especificidad que


se muestra en el siguiente cuadro

Talleres de Bioqumica

66

Luz B. Pardo R.

Los resultados de los tratamientos proteolticos sobre el pptido se muestran


en los siguientes esquemas:

P 1.1

P 1.2

67

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

P 2.1

P 2.2

P 3.1

P 3.2

P 4.1

P 4.2

En los esquemas que se incluyen a continuacin, se emplean las siguientes


convenciones

Enlace peptdico correctamente localizado


Localizacin tentativa
Localizacin cierta

Para iniciar el anlisis, como una primera aproximacin, se ubican los


aminocidos en cualquier orden:

68

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Luego se inicia el estudio de los resultados producidos por los diferentes


tratamientos.

En este ejemplo se suponen conocidos los terminales, por tanto estos se


ubican en sus respectivas posiciones, 1 y 9 respectivamente.

El fragmento P1.1 lleva el marcador izquierdo y el P1...2 el derecho, adems


esto se obtuvieron por un procedimiento que especficamente rompe por

, por tanto el pptido P1.1 se localiza al extremo derecho y la


secuencia de este fragmento debe ser:

por tanto los aminocidos que estaban en las posiciones 4 y 5 deben paras a
las posiciones 2 y 3.

En consecuencia, la secuencia establecida hasta este momento es:

El tratamiento con P2 produce dos fragmentos en donde el punto de hidrlisis

es:

Como los componentes del fragmento P2.1 son:

69

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

los aminocidos que ocupan las posiciones 7 y 6 deben pasar a ocupar las
posiciones 4 y 5.

El tratamiento con P3 permite localizar en la posicin 6 el aminocido que


tentativamente se haba colocado en la 7, ya que ste aparece en el mismo
fragmento que los que ocupan las posiciones 1 a 5.

La secuencia definitiva puede establecerse mediante el tratamiento P4 al


confirmar que los aminocidos que ocupan las posiciones 7 y 8 estn
ubicados en el lugar correcto. Por tanto la secuencia definitiva es:

Especificidad de los tratamientos proteolticos utilizados en la secuenciacin


de aminocidos.

En la tabla de especificidad se utilizan las siguientes convenciones.

Talleres de Bioqumica

Ejemplo de secuenciacin

70

Luz B. Pardo R.

Talleres de Bioqumica

71

Luz B. Pardo R.

72

Talleres de Bioqumica

Secuencia definitiva

Luz B. Pardo R.

Talleres de Bioqumica

T23. Determine la secuencia del pptido

73

Luz B. Pardo R.

74

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Nucletidos y cidos nucleicos

Las primeras ideas sobre el DNA


Lea cuidadosamente el siguiente texto que corresponde a una primera
aproximacin a la estructura de los cidos nucleicos.
En 1868 Miescher asil del pus un compuesto de carcter cido, rico en
fsforo y que, adems, contena un azcar y una cantidad relativamente alta
de nitrgeno, al que llam nuclena.

El azcar que contena tena como

frmula condensada C5H10O4 y no C5H10O5, como sera lo usual. El azcar


aislado era reductor, pero la nuclena no lo era. Los compuestos nitrogenados
de la nuclena eran heterocclicos, que contenan la estructura bsica de la
purina o de la pirimidina. En la nuclena los heterocclicos nitrogenados, los
azcares y los compuestos de fsforo se encuentran en una proporcin 1 : 1 :
1.
En su forma cclica el azcar es una b furanosa derivada de un monosacrido
cuyos OH se encuentran todos a la derecha.
T1. Represente la estructura cclica del mencionado azcar.

T2. Dibuje las estructuras de los cuatro heterocclicos prsentes en la nuclena

4
3
2
1
N

5
6

Pirimidina

Adenina: 6-amino-purina
Guanina: 2-amino, 6-oxo-purina
Timina: 2,4-dioxo, 5 metil-pirimidina
Citosina: 2-oxo, 4 amino-pirimidina

6
1

N
7
8

4
3
N
Purina

9
N

75

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Los heterocclicos nitrogenados son bases, y los azcares son neutros, por lo
tanto la acidez debe ser causada por el compuesto fosforilado.
T3. Dibuje la estructura del compuesto que contiene fosforo

T4. Por qu la nuclena no era reductora, si los azcares contenidos en ella,


si lo son?
En la nuclena el azcar se encontraba unido tanto al heterocclico como al
compuesto fosforilado, como se muestra en el siguiente esquema:
N

N
P

T5. Mediante qu tipo de enlaces se unen los componentes de la nuclena?


Derivado de

Heterocclico azcar

Azcar fosfato

Purinas
Pirimidinas

Por encontrarse abundantemente en el timo y por su carcter cido se cambio


el nombre de nuclena por el de cido timo nucleico. Posteriormente cuando
se encontr que ste compuesto se encontraba prcticamente en todas las
clulas, recibi su nombre actual: DNA (cido desoxi ribonucleico).

Primero en las levaduras y luego en otras clulas se encontr otro cido


nucleico, cuyo azcar si presenta la formula C5H10O5. Este cido nucleico se
denomina RNA.

76

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Nuclesidos y nucletidos
Segn el grado de hidrlisis de los cidos nucleicos se pueden aislar dos tipos
de compuestos: unos fosforilado (nucletido) y otros no fosforilados
(nuclesidos).
Nuclesido
Base nitrogenada
N
N
N

O
HO

H2
C

OH
cido fosfrico

Pentofuranosa

Nucletido

Los nuclesidos incluyen un enlace glicosdico, N1 con las pirimidinas y N9-con


las purinas. Los nucletidos adems del anterior un ster C3P o C5P.

T6. Dibuje la estructura completa de un nucletido que contenga purina y otro que
contenga pirimidina
Lo que postularon Watson y Crick
A continuacin se incluye una traduccin del artculo original de Watson y
Crick sobre la estructura del DNA. Tomado de http://www.bioxeo.com/adn.htm
Lalo cuidadosamente y responda las preguntas que hay al final del mismo,

Talleres de Bioqumica

77

Luz B. Pardo R.

ESTRUCTURA MOLECULAR DE LOS CIDOS NUCLEICOS

Una estructura para el cido Desoxirribonucleico

Deseamos sugerir una estructura para la sal del cido


Desoxirribonucleico (A.D.N.). Esta estructura tiene aspectos
novedosos que son de un inters biolgico considerable.
Una estructura para el cido nucleico ya ha sido propuesta por
Pauling y Corey(1). Amablemente han puesto el manuscrito a
nuestra disposicin antes de su publicacin. Su modelo consiste
en tres cadenas entrelazadas, con los fosfatos cerca del eje de la
fibra, y las bases hacia fuera. En nuestra opinin, esta estructura
es poco satisfactoria por dos razones: (1) creemos que el material
del que se obtienen los diagramas de rayos-X es la sal, no el
cido libre. Sin los tomos de hidrgeno del cido no est claro
qu las fuerzas puedan mantener la estructura unida,
especialmente porque los fosfatos cargados negativamente cerca
del eje se repeleran el uno al otro. (2) Algunas de las distancias
de van der Waals parecen ser demasiado pequeas.
Otra estructura en cadena triple ha sido sugerida por Fraser (en
prensa). En su modelo los fosfatos, estn hacia fuera y las bases
hacia dentro, mantenindose unidas por enlaces de hidrgeno.
Esta estructura as descrita est ms bien mal definida por lo que
no la comentamos.
Deseamos ofrecer aqu una estructura radicalmente distinta para
la sal del cido desoxirribonucleico. Esta estructura tiene dos
cadenas helicoidales cada vuelta en torno al mismo eje (ver
diagrama). Hemos hecho las suposiciones qumicas usuales, ms
especficamente, que cada cadena consiste en grupos fosfatodister uniendo residuos de -D-desoxirribofuranosa con enlaces
3',5'. Las dos cadenas (pero no sus bases) se relacionan por una
dada perpendicular al eje de la fibra. Ambas cadenas siguen una
hlice dextrgira, pero debido a las dadas las secuencias de
tomos en las dos cadenas corren en direcciones opuestas. Cada
una de las cadenas, por separado se parece al modelo N 1 de
Furberg (2); esto es, las bases estn sobre la parte interna de la
espira y los fosfatos en la externa. La configuracin del azcar y
los tomos cercanos se aproxima a la "configuracin estndar" de

Talleres de Bioqumica

78

Luz B. Pardo R.

Furberg, el azcar se dispone perfectamente perpendicular a la


base adjunta. Hay un residuo sobre cada cadena cada 3,4 en la
direccin-z. Hemos asumido un ngulo de 36 grados entre
residuos adyacentes en la misma cadena, para que la estructura
se repita despus de 10 residuos sobre cada cadena, esto es,
despus de 34 . La distancia de un tomo de fsforo desde el eje
de la fibra es 10 . Como los fosfatos estn sobre la parte externa,
los cationes tienen fcil acceso a ellos. La estructura es abierta, y
su contenido de agua es ms bien alto. Para nosotros, a
contenidos bajos las bases se acercaran y la estructura sera ms
compacta.
El aspecto novedoso de la estructura es la manera en que las dos
cadenas se mantienen unidas por bases pricas y pirimidnicas.
Los planos de las bases son perpendiculares al eje de la fibra. Se
renen en pares, una base de una de las cadenas unida mediante
enlaces de hidrgeno a una base de la otra cadena, y as las dos
se unen lado a lado con idntica coordenada z. Una del par debe
ser purnica y la otra pirimidnica. Los enlaces de hidrgeno se
hacen como se indica a continuacin: purina en posicin 1 con
pirimidina en posicin 1; purina en posicin 6 con pirimidina en
posicin 6 [etc.]
Esta figura es puramente esquemtica.
Las dos cintas simbolizan las cadenas
azcar-fosfato, y las varillas
horizontales los pares de bases que
sostienen las cadenas unidas. La lnea
vertical marca el eje de la fibra.

Si se asume que las bases slo aparecen dentro de la estructura


en la forma tautomrica ms plausible (que es, con la
configuracin ceto ms que con la enol) se encuentran los pares
especficos de bases que pueden unirse. Estos pares son: la
adenina (purnica) con timina (pirimidnica), y guanina (purnica)
con citosina (pirimidnica).
En otras palabras, si una adenina es uno de los miembros de un
par, sobre una cadena, entonces el otro miembro debe ser timina;
algo similar ocurre para la guanina y la citosina. La sucesin de

Talleres de Bioqumica

79

Luz B. Pardo R.

bases sobre una cadena nica no parece estar restringida de


ninguna forma.
Sin embargo, si slo pueden formarse
determinados pares de bases, se sigue que conociendo la
sucesin de bases sobre una de las cadenas, entonces la
sucesin
sobre la
otra cadena queda
determinada
automticamente.
Se ha encontrado experimentalmente (3,4) que la relacin de
adenina a timina, y la relacin de guanina a citosina, estn
siempre muy cerca de la unidad para el cido desoxirribonucleico.
Probablemente es imposible construir esta estructura con un
azcar ribosa en lugar de desoxirribosa, el tomo extra de oxgeno
la hara demasiado cerrada y formara un enlace de van der
Waals.
Los datos de rayos-X anteriormente publicados (5,6) sobre el
cido desoxirribonucleico son insuficientes para una prueba
rigurosa de nuestra estructura.
Hasta el momento lo que
podemos decir es a grosso modo compatible con los datos
experimentales, pero debe observarse como improbado hasta que
se haya verificado con resultados ms exactos. Algunos de estos
se aportarn en las siguientes comunicaciones. Nosotros no
ramos conscientes de los detalles de los resultados presentados
cuando ideamos nuestra estructura, que descansa principal
aunque no enteramente sobre datos experimentales ya publicados
y argumentos estereoqumicos.
No se escapa a nuestra comunicacin que el emparejamiento
especfico que hemos postulado sugiere inmediatamente un
mecanismo copiador para el material gentico.
Todos los detalles de la estructura, incluyendo las condiciones
presumidas para su construccin, junto con un conjunto de
coordenadas para los tomos, se publicarn con posterioridad.
Estamos en deuda con el Dr. Jerry Donohue por las constantes
crticas y consejos, especialmente sobre distancias interatmicas.
Tambin hemos sido estimulados por el conocimiento general de
la naturaleza y los resultados experimentales inditos as como
ideas del Dr. M.H.F. Wilkins, la Dra. R.E. Franklin y sus
colaboradores del King's College, en Londres. Uno de nosotros
(J.D.W.) ha sido subvencionado por una beca de la Fundacin
Nacional para la Parlisis Infantil.

Talleres de Bioqumica

80

Luz B. Pardo R.

J.D. WATSON
F.H.C. CRICK
Medical Research Council Unit for the Study of the Molecular
Structure Biological Systems
Cavendish Laboratory, Cambridge
Bibliografa
(1) Pauling, L. y Corey, R.B., Nature, 171, 346(1953);
Proc.U.S.Nat.Sci., 39, 84(1953).
(2) Furberg, S. Acta Chem.Scand., 6, 634 (1952).
(3) Chargaff, e. Para la referencia ver Zamenhof, S., Brawerman,
G. y Chargaff, E., Biochem. Biophys. Acta, 9, 402 (1952).
(4) Wyatt, G.R., J. Gen.Physiol., 36, 201 (1952).
(5) Astbury, W.T., Symp.Soc.Exp.Biol. 1, Nucleic Acid, 66
(Cambridge University Press, 1947).
(6) Wilkins, M.H.F. y Randall, J.T., Biochim. Biophys. Acta, 10, 192
(1953)

T7. Cul fue el objetivo fundamental del trabajo de Watson y Crick?


T8. Cul era el modelo propuesto por Pauling y Corey?
T9. Qu otro modelo se haba propuesto para la estructura del DNA?
T10. Qu consecuencias se derivan del hecho que las bases estn en su forma
tautomrica ceto?
T11. Por qu razn los azcares y fosfato se encuentran hacia el exterior y los
pares de bases hacia el interior de la molcula de DNA?
T12. Las dos cadenas de la molcula de DNA muestran una organizacin que
se designa con el nombre de anti paralela. Cul es el sentido del trmino
anti paralelo?
La estructura del DNA es mantenida por dos tipos de fuerza: puentes de
hidrgeno entre bases complementarias e interacciones por el apiamiento de
las bases.
T13. Cul de las dos fuerzas estabilizantes es ms importante en el
mantenimiento de la doble hlice del DNA?
T14. Cul de las dos fuerzas estabilizantes es ms importante en el
mantenimiento de la doble hlice del DNA?

Talleres de Bioqumica

81

Luz B. Pardo R.

Watson y Crick afirmaron que su modelo permita fcilmente la auto


replicacin.
T15. Cmo se explica la auto replicacin mediante el modelo de Watson y
Crick?
Otros modelo de DNA
Adems del modelo de Watson y Crick (DNA B) que se caracteriza por ser
hlice derecha con una elevacin de 0,34 nm por par de bases y
aproximadamente 10,5 pares de bases por vuelta de la hlice, se han
postulado otros modelos tales como el DNA A, con 11 pares de bases por
vuelta y una elevacin de 0,23 nm. La forma A predomina en soluciones
relativamente hidrofbicas.
T16. Para una misma secuencia de bases, cul de las dos formas A o B es
mas larga y cul tendr mayor dimetro?
Otra forma de DNA es la Z, que presenta giro hacia la izquierda, una elevacin
de 0,38 nm y 12 pares por vuelta. Este tipo de estructura solamente ocurre
con ciertas secuencias especficas especialmente cuando se alternas C y G.

Talleres de Bioqumica

82

Luz B. Pardo R.

T17. De acuerdo con el siguiente esquema diga a que corresponden los


literales A a F:

Talleres de Bioqumica

83

Luz B. Pardo R.

A.

Tipo de enlace

B.

Tipo de enlace

C.

Tipo de enlace

D.

Tipo de Base

E.

Tipo de Base

El DNA presenta ciertas regiones con secuencias caractersticas como se


ilustra en las figuras siguientes, en donde las flechas indican los giros de 180
que hay que hacer para sobreponer las dos secuencias

Estas secuencias permiten que el DNA (o el RNA) adopte estructuras


inusuales

T18. Qu estructura puede adoptar cada una de las siguientes por


formacin de puentes de hidrgeno entre bases complementarias
subrayadas?
5. . . . . . . . . T G C G A T A C T C A T C G C A. . . . . . . . 3
3. . . . . . . . . A C G C T A C T C A T A G C G T. . . . . . . . . . 5
5. . . . . . . . . T G C G A T G A G T A T C G C A. . . . . . . 3

Talleres de Bioqumica

84

Luz B. Pardo R.

El RNA, usualmente, es de cadena simple y contiene uracilo (2,4-dioxopirimidina) en vez de timina, pero tambin puede contener bases raras (no
usuales). Existen tres clases principales de RNA: soluble o de transferencia,
mensajero y ribosomal. Sus funciones estn ntimamente relacionadas con la
sntesis de protenas.
T19. Dibuje la frmula estructural del uracilo.

T20. Mencione algunas de las bases raras que se encuentran en el RNA.

T21. Cules son las funciones de los tres tipos de RNA?

El DNA es el material gentico


En los siguientes dibujos se muestra el experimento de Avery, MacLenond y
McCarthy quienes demostraron la transformacin bacteriana y la naturaleza
del elemento transformador.

Talleres de Bioqumica

85

Luz B. Pardo R.

T22. Qu caracteriza a las bacterias virulentas?


T23. Por qu murieron los ratones en este experimento?

T24. Por qu se puede afirmar que el agente transformador no son las


protenas?
T25. Qu comprueba la ltima parte del experimento?

T26. Cules son las conclusiones que se pueden obtener de todo el


experimento?

Talleres de Bioqumica

86

Luz B. Pardo R.

Otro experimento muy importante en la determinacin de la naturaleza del


material gentico, fue el realizado por Hershey y Chase con bacterifagos. El
reporte de la investigacin se encuentra en la URL:
http://jgp.rupress.org/content/36/1/39.full.pdf+html

T27. Cmo se realizo el experimento de Hershey y Chase? Cules fueron


sus conclusiones?

87

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Catlisis Biolgica
Propsito
En esta unidad el estudiante adquirir destreza en la clasificacin de las
enzimas, en la interpretacin de la cintica enzimtica y el efecto de los
factores qumicos y fsicos que afectan la actividad de las enzimas.
Reconocer las limitaciones dela teora de Michaelis y los aportes de Cleland
a la nueva concepcin de la cintica enzimtica.

Demostrar su competencia en estos temas cuando:


1. Explica la diferencia entre reacciones catalizadas y no catalizadas.
2. Clasifica las enzimas de acuerdo con el tipo de reaccin que catalizan
3. Puede determinar los parmetros cinticos a partir de resultados
experimentales.
4. Reconoce el efecto que tiene sobre la actividad enzimtica la
concentracin del sustrato, concentracin de la enzima, presencia de
inhibidores, cambios en la temperatura y en la acidez del medio.
5. Utiliza adecuadamente la nomenclatura de Cleland.
6. Puede postular mecanismos cinticos para cualquier reaccin
enzimtica.

De acuerdo con: Diccionario de la lengua espaola 2005 Espasa-Calpe:


Catlisis es una transformacin qumica activada por cuerpos que al
finalizar

la

reaccin

permanecen

inalterados:

Las

enzimas

son

catalizadores biolgicos de naturaleza proteica. Hay segmentos de RNA


con capacidad cataltica denominados Ribozimas.
El trmino enzima se deriva del griego:. .

Talleres de Bioqumica

88

Luz B. Pardo R.

T1. Qu significado (etimolgico) tiene el trmino enzima


T2. Qu significa catlisis (del griego ) y quin introdujo el
trmino?

Algo de historia
Gnesis 9:18-29

Y los hijos de No que salieron del arca fueron Sem, Cam y Jafet; y Cam es el
padre de Canan. Estos tres son los hijos de No, y de ellos fue llena toda la
tierra.
Despus comenz No a labrar la tierra, y plant una via; y bebi del vino, y
se embriag, y estaba descubierto en medio de su tienda. Y Cam, padre de
Canan, vio la desnudez de su padre, y lo dijo a sus dos hermanos que
estaban afuera. Entonces Sem y Jafet tomaron la ropa, y la pusieron sobre
sus propios hombros, y andando hacia atrs, cubrieron la desnudez de su
padre, teniendo vueltos sus rostros, y as no vieron la desnudez de su padre.
Y despert No de su embriaguez, y supo lo que le haba hecho su hijo ms
joven, y dijo: Maldito sea Canan; Siervo de siervos ser a sus hermanos.
Dijo ms: Bendito por Jehov mi Dios sea Sem, y sea Canan su siervo.
Engrandezca Dios a Jafet, y habite en las tiendas de Sem,Y sea Canan su
siervo.
Y vivi No despus del diluvio trescientos cincuenta aos. Y fueron todos los
das de No novecientos cincuenta aos; y muri.

Hay algo en esta historia narrada por Moiss, algo que pueda considerarse
relacionado con las enzimas?

89

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Algunos hitos importantes en el conocimiento de las enzimas son los


siguientes:

Aunque la historia de las enzimas es muy reciente, algunos


de sus efectos han sido conocidos por la humanidad desde
hace mucho tiempo. En 1835 Berzelius, introduce el trmino
"catlisis" para describir la accin de algunas sustancias que
eran capaces de inducir cambios qumicos sin verse
afectadas o alteradas. Entre las sustancias consideradas
como catalizadores, Berzelius incluy los fermentos (primer
nombre que se les dio a las enzimas).

En 1836, Schwann aisl la pepsina a partir de jugo gstrico,


constituyndose esta en la primera enzima de origen animal
en ser conocida. Schwann y algunos otros afirmaban que la
levadura no era otra cosa que un microrganismo, mientras
que Berzelius lo negaba.

En 1854 Pasteur inicia estudios sobre la fermentacin y


postula

errneamente

que

para

este

proceso

son

indispensables microorganismos vivos.

Hasta 1860 las pocas enzimas conocidas eran de origen


extracelular y se les conoca con el nombre de fermentos
desorganizados;

pero

en

este

ao,

Berthelot,

por

maceracin de levadura y posterior precipitacin, pudo aislar

Talleres de Bioqumica

90

Luz B. Pardo R.

la "invertasa"(primera enzima intracelular en ser aislada).

En 1878, Khne quien haba aislado la tripsina introdujo el


trmino enzima (del griego: dentro de la levadura)
para los fermentos desorganizados.

Solamente hasta 1897, veinticinco aos despus de la


muerte de Liebing y dos despus de la muerte de Pasteur,
los hermanos Bchner, casualmente, demostraron que la
teora de Pasteur sobre la necesidad de los organismos
vivos para la fermentacin, no era correcta.

En 1933 Payen y Persos publicaron un trabajo en el cual


reportaron el aislamiento, por precipitacin alcohlica de la
sustancia responsable, en la malta, de la transformacin de
almidn en azcar. Aunque ellos no conocan exactamente
la naturaleza del proceso que permita la separacin del
azcar soluble, le dieron el nombre de DIASTASA (del griego

, separacin). Posteriormente la diastasa se


clasific como un "FERMENTO" por ser un compuesto
formado por un organismo vivo, con capacidad para
transformar una sustancia (almidn) en otra (azcar).

Paralelamente con el descubrimiento de las enzimas se


produjeron grandes cambios

en la

llamada qumica

orgnica. En 1828 Whler demostr que los compuestos


orgnicos se podan sintetizar en el laboratorio al obtener

91

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

urea partir de cianuro de amonio.

En 1838 el Holands Mulder le dio el nombre de protena


(del griego: principal, cambiante, variable) a los compuestos
de origen animal y vegetal que contenan grandes
cantidades de nitrgeno. En 1877 Traube propone una
teora de la accin de las enzimas que las asocia por
primera vez con su naturaleza proteica, pero hacia el final
del siglo (1890-1896) Jager y Arthus hacen cambiar el
pensamiento cientfico al negar la naturaleza proteica de las
enzimas. Barendrecht en 1904 sostena que las enzimas
eran compuestos radiactivos y que su accin era el producto
de las radiaciones emitidas.

La dificultad de aislar las enzimas, sin prdida de gran parte


de su actividad, retras enormemente el establecimiento
definitivo de la naturaleza qumica de las enzimas. En la
dcada de los veinte Wuilstater intent la purificacin de
algunas enzimas sin conseguirlo totalmente, llegando a una
conclusin

errada,

al

decir

que

las

enzimas

eran

polisacridos.

Mientras que, muchas investigaciones dedicaron sus


esfuerzos al aislamiento de las enzimas, otro grupo no
menos importante estaba dedicado al estudio de las
velocidades de reaccin. En 1902, Brown, al estudiar la
hidrlisis del azcar por la sacarasa encontr que la rapidez
de transformacin era dependiente de la concentracin de

92

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

sacarosa y de la concentracin de enzima. En 1903, Henri


analiz matemticamente la rapidez de reaccin enzimtica,
en lo cual se basaron Michaelis y Menten para plantear en
1913 su teora cintica, que implicaba la formacin de un
complejo entre la enzima y el sustrato en condiciones de
estado estable y rapidez inicial.

La primera purificacin enzimtica realmente exitosa fue la


de la ureasa, conseguida por Sumner en 1926, quien
tambin estableci que su enzima cristalizada daba las
reacciones tpicas de las protenas.
En 1930 Northrop consigui cristalizar la pepsina, segunda
enzima en obtenerse pura y cristalina.

En 1966, Phillips, y sus colaboradores presentaron el primer


modelo tridimensional de una enzima, en este caso la
lisosima.

En1967 Cleland reformula la teora cintica sin la limitante


de rapidez inicial.

Cul fu el aporte de Schwann al conocimiento de las enzimas?

Talleres de Bioqumica

93

Luz B. Pardo R.

A quin se debe la introduccin del trmino enzima?

Payen y Perzos reportaron haber aislado de la malta algo a lo que llamaron


diastasa. Qu era?

Quin aisl por primera vez una enzima en forma cristalina? Cul fue la
enzima cristalizada?

Qu demostraron los hermanos Bchner que contradeca las teoras de


Pasteur?

Clasificacin de las enzimas


De acuerdo con las recomendaciones de la comisin de nomenclatura
enzimtica de la Unin Internacional de Bioqumica (1964) se estableci un
sistema de Numeracin de las enzimas que permite una clasificacin eficiente.

Cada enzima se designa con un cdigo de 4 nmeros separados por puntos,


de acuerdo con los siguientes principios.

El primer nmero indica a cual de las 6 principales divisiones pertenece la


enzima en cuestin. Los seis grupos son:

Talleres de Bioqumica

94

Luz B. Pardo R.

1. Oxidorreductasas
2. Transferasas
3. Hidrolasas
4. Liasas
5. Isomerasas
6. Ligasas

Las liasas son enzimas que remueven grupos de sus sustratos (no por
hidrlisis), dejando dobles enlaces; o inversamente, agregan grupos a dobles
enlaces, las ligasas tambin conocidas como sintetasas, son enzimas que
catalizan la unin de dos molculas a expensas del rompimiento de un enlace
de alta energa.

El segundo nmero indica la subclase. En las oxidorreductasas indica el grupo


que sufre oxidacin (1. designa un grupo carboxilo, 2. un aldehdo o cetona,
etc.); en las transferasas indica la naturaleza del grupo transferido; en las
hidrolasas el tipo de enlace hidrolizado; en las liasas el tipo de enlace que
una el grupo removido; 'en las isomerasas la isomerizacin implicada y para
las ligasas el tipo de enlace formado.

El tercer nmero indica la sub-subclase. En las oxidorreductasas indica el


nmero de aceptor implicado (1. Indica una coenzima, 2. Un citocromo, 3. O 2
molecular, etc.). En las transferasas el tercer nmero subdivide los tipos de
grupos transferidos (indica si el grupo de un carbono es metilo, carboxilo, etc.);
en las fosfotransferasas indica el aceptor. Para la hidrlisis, especfica an
ms el tipo de enlace hidrolizado, para las liasas el grupo removido. En las
isomerasas la naturaleza de la transformacin y en las ligasas la naturaleza de
la sustancia formada. El cuarto nmero es el nmero de serie de la enzima en
su sub-subclase.

95

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Para los detalles de las normas de clasificacin de las enzimas se puede


consultar
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/rules.html

Existen dos tipos de nombre para las enzimas, uno sistemtico y otro trivial. El
sistemtico se da de acuerdo con las reglas de nomenclatura que muestra la
accin de la enzima lo mas preciso posible y el trivial, lo suficientemente corto
para su uso comn.

A continuacin se mencionan las caractersticas de las 6 clases der enzimas


segn la UIBBM.

Clase 1 Oxidorreductasas

A esta clase pertenecen todas las enzimas que catalizan reacciones de oxidoreduccin. El sustrato que se oxida es considerado como dador de
hidrgenos.

El

nombre

sistemtico

se

dada

como

dador:

aceptor

oxidorreductasa. El nombre trivial ser deshidrogenasa. En las enzimas que


tienen O2 como aceptor se utiliza el nombre oxidasa.
El segundo nmero en el cdigo, excepto si es 11, 13, 14, o 15, indica el grupo
dador que sufre oxidacin, por ejemplo 1 indica que dador es un alcohol, 2 un
aldehdo, cetona o cido, etc. El tercer nmero, en las EC 1.11, 1.13, 1.14 y
1.15 indica el tipo de aceptor: 1 indica NAD o NADP como aceptor, 2 un
citocromo, 3 oxgeno molecular, 4 un desulfuro, 5 una quinona, 6 un grupo
nitrogenado, 7 una sulfo o ferro protena, 8 una flavina

Clase 2 Transferasas.

Talleres de Bioqumica

96

Luz B. Pardo R.

El nombre sistemtico se forma de acuerdo con dador: aceptor grupo


transferasa. Los nombres comunes se forman mediante grupo dador
transferasa o grupo aceptor transferasa. El segundo nmero del cdigo indica
el grupo transferido. En EC 2.1 el grupo transferido es un grupo de 1 carbono,
en EC 2.2 un aldehdo o cetona, etc. El tercer nmero da ms informacin
sobre el grupo transferido, por ejemplo EC 2.1.1 es una metiltransferasa, EC
2.1.2 es hidroximetil o formiltransferasa. En la EC 2.7 el tercer nmero indica
la naturaleza del aceptor.

Clase 3 Hidrolasas

Estas enzimas catalizan el rompimiento hidroltico de enlaces C-O, C-N, o CC. El nombre sistemtico siempre incluye hidrolasa. El nombre comn
generalmente incluye el nombre del sustrato y el sufijo asa. El segundo
nmero en el cdigo indica la naturaleza del enlace hidrolizado, por ejemplo
3.1 son esterasas, 3.2 glicolsilasas. El tercer nmero generalmente indica la
naturaleza del sustrato. EC 3.1.1 son hidrolasas de esteres carboxlicos, EC
3.1.2 son tioester hidrolasas, etc.

Clase 4. Liasas

Las liasas son enzimas que rompen enlaces C-C, C-O. C-N u otros enlaces
por eliminacin de tomos o radicales, dejando dobles enlaces o lo contrario.
El nombre sistemtico se forma en la siguiente forma: sustrato grupo-liasa, el
guion es una parte importante del nombre, por ejemplo hidro-liasa. Los
nombres comunes usualmente incluyen los trminos: decarbolxilasa, aldolasa,
deshidratasa. El segundo nmero del cdigo indica el enlace roto. EC 4.1 son
carbn-carbn liasas, EC 4.2 son carbono-oxgeno liasas. El tercer nmero del
cdigo da ms informacin sobre el grupo eliminado. Por ejemplo CO 2 en EC
4.1.1, H2O en EC 4.2.1

Talleres de Bioqumica

97

Luz B. Pardo R.

Clase 5 Isomerasas
Estas enzimas catalizan cambios estructurales o geomtricos dentro de una
molcula. De acuerdo con el tipo de isomerismo se designan como:
racemasas, epimerasas, cis-trans isomerasas, tautomerasas, mutasas, o,
cicloisomerasas. Las subclases se forman de acuerdo con el tipo de
isomerismo y las sub subclases segn el tipo de sustrato.
Clase 6 Ligasas
Las ligasas son enzimas que unen dos molculas acompaada por la
hidrlisis de un enlace anhdrido de un nucletido trifosfato Se recomienda
evitar el uso del termino sintetasa y remplazarlo por X Y ligasa. El termino
sintasa se utiliza para reacciones complejas de sntesis que utilizan dadores d
energa diferentes a los nucletidos trifosfato

Para ver las normas completas sobre nomenclatura enzimtica consultar:


http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/

Algunas definiciones importantes


En Enzimologa son de uso general algunos trminos que es conveniente
definir antes de profundizar en el tema.

Enzima: Una protena con propiedades catalticas debido a su capacidad de


activacin especfica.

Sustrato: Sustancia sobre la que acta la enzima y que es activada por sta.

Talleres de Bioqumica

98

Luz B. Pardo R.

Sitio activo: Lugar especfico de la enzima en la cual el sustrato se une y en


donde tiene lugar el proceso activacin y catlisis.

Contante de Michaelis: (Ka): Medida de afinidad entre la enzima y su sustrato


que numricamente es igual a la cantidad de sustrato que produce una
rapidez inicial (Vo) igual a la mitad de la rapidez mxima (Vm).

Inhibidor: Sustancias que sin tomar parte en la reaccin disminuyen su


rapidez.

Energa de activacin

Realizar una reaccin qumica usualmente requiere el suministro de energa


externa, es algo similar a lo que ocurre lo que se ilustra en el siguiente
esquema, cuando se quiere hacer llegar la piedra del punto A al punto B.

Existe una barrera que impide el libre paso de A a B, para poder hacerlo el
operario debe aplicar una fuera que permita llevar la piedra hasta la mxima
altura, desde la cual la piedra. Con igual probabilidad puede ir a B o regresar a
A,
Qu solucin propone usted para disminuir la energa necesaria para hacer
llegar la piedra de A a B?

Talleres de Bioqumica

99

Luz B. Pardo R.

Eh las reacciones qumicas el parmetro que se opone a que ocurran


libremente se denomina Energa de activacin

La diferencia energtica entre el nivel de los reactivos y los productos se


denomina cambio en energa libre (G). Las enzimas disminuyen la energa
de activacin necesaria para que la reaccin pueda ocurrir. Las enzimas
solamente alteran algunos parmetros de las reacciones catalizadas por ellas.

Segn La grfica anterior que parmetros modifican las enzimas?

100

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Interpretacin de la constante de Michaelis

La rapidez y la velocidad tienen la misma definicin matemtica:


(1)
Qu diferencia hay entre velocidad y rapidez?

Qu termino debe aplicarse a las reacciones qumicas?

Bajo el supuesto que una enzima acta de acuerdo al siguiente modelo:


(2)
Para obtener una ecuacin para el comportamiento de las reacciones
enzimticas, Michaelis y Menten postularon la posibilidad de estudiarlas bajo
las condiciones de rapidez inicial y estado estable de la concentracin del
complejo enzima sustrato (EA).

Qu se entiende por Rapidez Inicial y por Estado Estable

Qu modificacin debe hacerse al mecanismo (2) para que rija la condicin


de rapidez inicial y por qu?

101

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Bajo condiciones de estado estable y rapidez inicial, Michaelis y Menten,


dedujeron la siguiente ecuacin papa la rapidez de las reacciones enzimticas

(3)

Si se define rapidez mxima de la reaccin (Vm) como:


Vm = k3. Et

(4)

Otra forma de expresar la ecuacin de Michaelis es:

(5)

Al representar Vo en funcin de [A], se obtiene una rama de hiprbola


desplazada al origen

A partir de la ecuacin (5) establezca el valor de Ka en la siguiente forma:

Ka.[A]=

102

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Ka =
Cuando Vo = Vm

Ka =
Establezca definiciones operativas de Ka y Vm

Ka es:

Vm es:

Formule

matemticamente

la

condicin

de

estado

estable

para

la

concentracin del complejo enzima sustrato (rapidez de formacin = rapidez


de desaparicin). Recuerde que rapidez es igual a las constantes de rapidez
implicadas multiplicadas por los trminos de concentracin correspondientes

Vf de [EA] =
Vd de [EA] =

103

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

En estado estable de [EA]: Vf de [EA] = Vd de [EA]

Curvas de Progreso
La rapidez de reaccin se obtiene a partir de la pendiente de las tangentes a
curvas de progreso (cambio en concentracin de sustrato o de producto en
funcin del tiempo).
La grfica muestra las curvas de progreso para los siguientes resultados
experimentales

Tabla 18 Resultados experimentales de una curva de progreso


tiempo

micro moles

micro moles

segundos

sustrato

producto

100

90,0

10,0

10

81,0

19,0

15

72,9

27,1

20

65,6

34,4

25

59,0

41,0

30

53,1

46,9

35

47,8

52,2

40

43,0

57,0

45

38,7

61,3

60

34,9

65,1

Talleres de Bioqumica

104

Luz B. Pardo R.

Determine la rapidez inicial a partir de la curva de progreso (pendiente dela


tangente en el origen)

La nomenclatura de Cleland
De acuerdo con el sistema de nomenclatura de Cleland, los sustratos se
designan con las primeras letras maysculas del alfabeto: A, B, C, etc.
teniendo en cuenta el orden alfabtico para indicar el orden de adicin de los
sustratos a la enzima. Los productos se designan por las letras P, Q, R. etc.,
en donde el orden alfabtico indica el de liberacin de los productos.
Por formas enzimticas se entiende la enzima libre o asociaciones de la
enzima (Complejos) con sustratos,

productos, sustratos y productos,

activadores e inhibidores. Las formas enzimticas corresponden a la enzima


libre o a diferentes designa como: E, E, E, etc., en forma tal que E designa la
forma ms simple o enzima libre.

Las formas enzimticas capaces de reacciones un moleculares con liberacin


de un sustrato o producto, o de isomerizarse a tales formas se designan como
complejos transitorios y se representan mediante las combinaciones
apropiadas de letras, tales como: EA, EAB, EQ, etc. Los complejos

Talleres de Bioqumica

105

Luz B. Pardo R.

transitorios que no pueden participar en reacciones bi moleculares y que


nicamente pueden sufrir degradacin un molecular para liberar sustratos o
productos, o de isomerizarse a tales formas, se designan complejos centrales
y se distinguen de los transitorios incluyndolos en parntesis, por ejemplo:
(EAB), (EPQ), etc.
El nmero de sustratos y productos determina en parte el nombre del sistema,
en tal forma que se emplearan los trminos UNI, BI, TER, etc., para designar
la participacin de uno, dos o tres sustratos o productos, en consecuencia la
designacin de un determinado mecanismo cintico podr ser: UNI-UNI, UNIBI, BI-UNI, BI-BI, etc.

En los mecanismos cinticos postulados por Cleland, la enzima se representa


como una lnea horizontal, los productos como flechas que llegan y los
productos como flechas que se alejan de esta lnea.

Cuando todos los sustratos se unen al sitio activo de la enzima antes de que
se libere alguno de los productos, se dice que el mecanismo es
SECUENCIAL; mientras que si es posible la adicin de sustratos y la
liberacin de productos en forma alternada, se dice que se trata de un
mecanismo PING-PONG, en este mecanismo la enzima oscila entre dos
formas enzimticas diferentes ( E ) y ( E ).

Talleres de Bioqumica

106

Luz B. Pardo R.

Los mecanismos secuenciales pueden ser ORDENADOS, cuando hay un


orden obligatorio en la adicin de sustratos, o ALEATORIOS cuando
cualquiera de los sustratos se puede unir primero a la enzima.

Mecanismo secuencial ordenado

Mecanismo secuencial aleatorio

Mecanismo ping-pong

Talleres de Bioqumica

107

Luz B. Pardo R.

De acuerdo con la nomenclatura de Cleland qu diferencia hay entre


complejos transitorios y centrales?

Con ejemplos reales ilustre los mecanismos cinticos tipo,


Uni-Uni

Bi-Bi.

Represente los tres mecanismos cinticos que podra presentar la alanina:


oxalacetato aminotransferasa (Alanina + oxalacetato piruvato + aspartato).
Secuencial ordenado

Secuencial aleatorio

Ping-pong

De acuerdo con lo planeado por Cleland para un mecanismo Uni Uni, la


rapidez en cualquier momento de la reaccin esta dada por:

Talleres de Bioqumica

108

Luz B. Pardo R.

Determinacin de los parmetros cinticos de reacciones enzimticas

Los parmetros cinticos se pueden evaluar por diferentes mtodos grficos.


Los ms conocidos son:

Ecuacin

Grfico

Sistema de Henri (Michaelis)

vo

Vm . A
Ka A

Sistema de LINEWEAVER - BURK

1
vo

K
1
1
1
a

v o Vm A
Vm

1
[A]
Sistema de HANES

A
vo

K
1
A a
Vm
Vm

[A]
vo

[A]

109

Talleres de Bioqumica

Sistema de HOFSTEE

vo Ka

Luz B. Pardo R.

vo

vo
Vm
A

vo
[A]
Sistema

de

vo

EISENTHAL Y
CORNISH-

Vm

BOWDEN

Vm K a

1
v
A

Ka

-[A]

Cada recta se construye a partir de un par de puntos (-A y Vo). En este sistema la
constante de Michaelis y la rapidez mxima se estiman mediante la mediana de los estimativos de
estos parmetros (proyeccin de los puntos de corte de las distintas rectas sobre los respectivos
ejes). El nmero de posibles intersecciones en un grfico de Eisenthal es:

N int er secciones

n
( n 1)
2

Matemticamente se puede estimar los parmetros al resolver el siguiente sistema


de ecuaciones simultaneas:

110

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

1
1

v 2 v1
Ka
1 1
1 1
.
.
A 2 v 1 A 1 V2
1
1

A 2 A1
Vm
1 1
1 1
.
.
A 2 v 1 A 1 V2

Complete el siguiente cuadro relacionado con las ecuaciones resultantes de la


linearizacin de la ecuacin de Michaelis.
Mtodo

Pendiente

Interseccin

Ka

Vm

Lineweaver
Hanes

Hofstee

Determine los valores de Ka y Vm mediante los diferentes sistemas de


linearizacin de la ecuacin de Michaelis a partir de los siguientes datos:

Vo

0,0

10

28,6

20

44,4

30

54,5

40

61,5

1/A

1/Vo

A/Vo

Vo/A

Talleres de Bioqumica

50

66,7

60

70,6

70

73,7

80

76,2

90

78,3

100

80,0

111

Luz B. Pardo R.

Inhibidores
Los inhibidores son sustancias qumicas que disminuyen la rapidez de las
reacciones enzimticas. Cleland clasifica los inhibidores de acuerdo con la
manera como el inhibidor se une a diferentes formas enzimticas, de acuerdo
con este principio hay tres tipos de inhibidores., Competitivo (se une a la
enzima libre), A competitivo (se une al complejo enzima sustrato), No
competitivo (se une tanto a la enzima libre como al complejo enzima sustrato)
Cleland establece dos reglas bsicas para la unin de ligandos a las enzimas:
Si el ligando se une a la misma forma enzimtica con la que lo hace la enzima,
se afecta la pendiente de las grficas de doble recproco; si se une a diferente
forma enzimtica, se afecta la interseccin vertical.

Inhibicin Competitiva

112

Talleres de Bioqumica

Inhibicin A competitiva

P
A
( EA
E

EA

EP )
EAI

Luz B. Pardo R.

113

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Inhibicin NO competitiva
P
A
( EA
EA
E

EP )

EAI

EI
I
I

Represente los grficos de doble recproco de los tres tipos de inhibidor

TIPO DE
INHIBIDOR
Competitivo

A competitivo

No competitivo

GRFICO

114

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Complete el siguiente cuadro relacionado con las grficas de doble inverso de


los inhibidores enzimticos.
Tipo de inhibidor

Pendiente

Interseccin

Competitivo

A competitivo

No competitivo

Segn Cleland existen dos constantes de inhibicin: Kis (afecta la pendiente


de grficas de doble recproco y Kii (afecta la interseccin de grficas de doble
recproco). Las constantes de estiman mediante grficos de la pendiente o
interseccin de las rectas a diferentes concentraciones de inhibidor, en funcin
de la concentracin de inhibidor.

Las constantes de inhibicin (Kis (constante de inhibicin que afecta la


pendiente) y Kii (constante de inhibicin que afecta la interseccin) se calculan
a partir de grficas de pendiente o interseccin en funcin de la concentracin
de inhibidor. El punto de corte de la prolongacin de la recta con el eje
horizontal corresponde a Kis o Kii.

Determine el tipo de inhibidor y la(s) constante(s) de inhibicin a partir de los


datos contenidos en la tabla siguiente.

Tabla 19. Datos para el clculo del tipo de inhibidor

115

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

[I] nm
0

10

20

30

Vo moles / minuto
[A] mM

V0

V10

V20 V30
0

100.0 66.7 50.0 40.0

133.3 88.9 66.7 53.3

150.0 100.0 75.0 60.0

160.0 106.7 80.0 64.0

166.7 111.1 83.3 66.7

171.4 114.3 85.7 68.6

175.0 116.7 87.5 70.0

177.8 118.5 88.9 71.1

180.0 120.0 90.0 72.0

10

181.8 121.2 90.9 72.7

Autorregulacin
No todas las enzimas siguen el comportamiento hiperblico descrito por
Michaelis y Menten Se ha encontrado que algunas enzimas tienen
comportamiento sigmoidea, similar a las curvas de saturacin de la
hemoglobina con el oxgeno. Estos fenmenos se denominan cooperativos en
la unin de ligandos. Una medida de la cooperatividad es el coeficiente de Hill.
Un coeficiente de 1 indica que no hay cooperatividad, si es mayor que 1 hay
cooperatividad positiva (es decir que la unin de un ligando facilita la uni de
mas ligandos)

Talleres de Bioqumica

116

Luz B. Pardo R.

Figura 53. Curva de disociacin de la hemoglobina

Los factores que inciden en la regulacin enzimtica se reflejan en los


trminos de la ecuacin de rapidez de las reacciones enzimticas.

Bajo el supuesto que la enzima se encuentre regida por la ecuacin de


Michaelis, los posibles factores que afectan la actividad son:
( 3 ) ( 4 ) (1)
k 3 Et. A

V

Ka A
( 2 ) (1)

117

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Tabla 20. Factores que afectan la actividad de las enzimas


(1) Saturacin de la enzima
Sin cooperatividad

Autorregulacin

Con cooperatividad
(2) Afinidad de la enzima
Inhibicin competitiva isostrica con el
producto, regulacin alostrica tipo K

Modificacin fsica de la enzima

Interaccin enzima iones inorgnicos


Interaccin enzima metabolito (efector)
Interaccin enzima protena

Modificacin qumica de la enzima

Activacin Inactivacin

(3) Actividad de la enzima


Modificacin qumica de la enzima

Activacin Inactivacin
Regulacin tipo V

Modificacin fsica de la enzima

Interaccin enzima iones inorgnicos


Interaccin enzima metabolito (
Interaccin enzima protena

(4) Concentracin de la enzima


Sntesis de la enzima

Induccin por sustrato


Represin por producto

Degradacin de la enzima

Protelisis controlada

Modificacin de la enzima

Protelisis limitada

Los componentes del orden de reaccin son diferentes en las reacciones


catalizadas por enzimas de cintica sigmoidea y de cintica hiperblica.

En contraste con la cintica hiperblica en que la reaccin en funcin de la


concentracin de sustrato se comporta inicialmente como de orden uno, luego
como de orden fraccionario y finalmente como de orden cero, existen enzimas

Talleres de Bioqumica

118

Luz B. Pardo R.

que presentan cintica sigmoidea cuyo comportamiento es orden cero, orden


fraccionario, orden uno, orden fraccionario y orden cero.

Si se tiene en cuenta el ndice de cooperatividad (n), que es una funcin del


nmero de sitios de fijacin o de subunidades, la ecuacin de rapidez puede
establecerse como:
k 3 Et
. A

K 0,5 n A n

La sensibilidad de las enzimas a la autorregulacin se expresa mediante el


valor R, definido como la cantidad de veces que hay que aumentar el sustrato
para pasar de un 10% de la rapidez mxima a un 90% de la rapidez mxima:

A 0,9 V
A 0,1V

La grfica y el cuadro siguientes, muestran los valores de R para enzimas con


diferente tipo de cooperatividad:

119

Talleres de Bioqumica

100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0

Luz B. Pardo R.

n=1
n=3
n=4

20

40

60

n=2

80

100 120 140 160 180 200 220 240 260 280

Tabla 21 Tipo de cintica enzimtica segn el ndice de cooperatividad y


sensibilidad de la enzima a la regulacin
Tipo de enzima

Hiperblica

81

Sigmoidea

Sigmoidea

4,3

Sigmoidea

De los datos anteriores es evidente que las enzimas de cintica hiperblica


son muy poco sensibles a la autorregulacin, puesto que mientras una enzima
sigmoidea con ndice de cooperatividad 4, solamente requiere triplicar la
concentracin de sustrato para pasar de una rapidez del 10% de la mxima a
una rapidez del 90% de la mxima, la de cintica hiperblica debe aumentar la
concentracin 81 veces.

En el ejemplo anterior la constante de Michaelis o la de semisaturacin (para


las sigmoides) es de 20 unidades de sustrato.

Talleres de Bioqumica

120

Luz B. Pardo R.

La zona ms sensible a la autorregulacin se encuentra en concentraciones


de sustrato comprendidas entre 0,5 y 1,25 Ka

En algunos sistemas enzimticos el producto ejerce una actividad inhibitoria


(competitiva) sobre la reaccin enzimtica (inhibicin isostrica).

Cuando el producto ejerce inhibicin competitiva sobre la enzima, en


presencia del sustrato es necesaria mucha mayor concentracin del sustrato
para conseguir la misma rapidez que en ausencia del producto, al disminuir la
afinidad entre la enzima y el sustrato.

Cuando la concentracin de sustrato (X) aumenta, la rapidez de reaccin


aumenta. Al aumentar la de producto (Y), la rapidez de reaccin disminuye, en
esta forma, el sistema se constituye en un circuito de regulacin sencillo.

Talleres de Bioqumica

121

Luz B. Pardo R.

Compuestos que no estn relacionadas estructuralmente con los sustratos


pueden modificar la actividad de las enzimas al fijarse en sitios diferentes al
sitio activo (sitio alostrico) y producir cambios conformacionales que afecten
la afinidad de la enzima y el sustrato (regulacin tipo K).

Los ligandos que modifican alostricamente la actividad de las enzimas


pueden hacerlo mediante un incremento de la afinidad (efectores positivos) o
mediante una disminucin (efectores negativos).

Cuando la concentracin de sustrato se mantiene constante la rapidez efectiva


de la reaccin se modifica grandemente en presencia de los efectores, ya
sean estos positivos ( + ) o negativos ( - ). Los positivos acercan el
comportamiento sigmoideo al hiperblico y los negativos incrementan la
sigmoideisidad.

122

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Debido a la presencia simultanea de ATP y ADP en casi todos los sistemas


celulares la regulacin de la actividad de muchas reacciones depende de la
relacin entre ATP / ADP.

Atkinson postul como elemento de gran importancia en el control del


metabolismo la carga energtica, la cual defini como:

Carga Energetica

ATP 0,5ADP
ATP ADP AMP

El valor de la carga energtica vara entre 1, cuando solamente hay ATP y


cero cuando solamente se encuentra AMP.

Cuanto menor sea la carga energtica, mayor ser la tendencia a realizar


catabolismo y menor anabolismo y cuanto ms se aproxime a uno la carga
energtica, mayor ser el anabolismo y menor el catabolismo In vivo, cuando
la carga energtica es 0,8 se tiende al equilibrio entre anabolismo y
catabolismo.

Las enzimas regulables pueden ser modificadas qumicamente por otras


enzimas, caso en el cual, ms que la afinidad se afecta la actividad (regulacin
alostrica tipo V).

El efecto de la concentracin del efector sobre la rapidez de la reaccin puede


observarse en el siguiente grfico.

Talleres de Bioqumica

123

Luz B. Pardo R.

Como puede observarse, en ausencia del efector la reaccin prcticamente no


ocurre, pero a medida que se incrementa su concentracin, tiende a obtenerse
la rapidez mxima.

Algunas enzimas claves del metabolismo pueden ser reguladas por


modificaciones catalizadas por otras enzimas.

Los modelos de regulacin deben estar diseados para producir adaptaciones


rpidas o lentas. Las diferentes tareas de regulacin se cumplen mediante
diferentes estrategias. Los procesos para adaptacin inmediata generalmente
son de carcter fsico, mientras que los de adaptacin rpida o lenta lo son
qumicos.

124

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

ADECUACIN
Modificacin

Modificacin Qumica

Fsica
Elemento de

Inmediata

Rpida

Lenta

mando
[A]

Autorregulacin
Proteo gnesis

[ Et ]

Protelisis
controlada
Activacin

K3

Regulacin

Inactivacin

alostrica tipo V

controlada por
enzimas

Ka

Regulacin
alostrica tipo K

En todo conjunto de reacciones coordinadas, existe por lo menos una enzima


limitante de la rapidez de la va, la cual usualmente es objeto de un proceso de
regulacin. Cuando un sustrato puede metabolizarse por dos vas diferentes, a
igualdad de actividad (Vm) la enzima con mayor afinidad (menor Ka)
metaboliza ms sustrato. A igualdad de afinidad, sintetiza ms sustrato aquella
con mayor actividad.
Los componentes del orden de reaccin son diferentes en las reacciones
catalizadas por enzimas de cintica sigmoidea y de cintica hiperblica. En
contraste con la cintica hiperblica en que la reaccin en funcin de la
concentracin de sustrato se comporta inicialmente ( I ) como de orden uno,
luego ( II )como de orden fraccionario y finalmente ( III ) como de orden cero,
existen enzimas que presentan cintica sigmoidea cuyo comportamiento es

Talleres de Bioqumica

125

Luz B. Pardo R.

orden cero, orden fraccionario, orden uno, orden fraccionario y orden cero,
este comportamiento es tpico de as enzimas alostricas.

Talleres de Bioqumica

126

Luz B. Pardo R.

Subsistema Procesador
Propsito

En esta unidad el estudiante inicia el estudio del subsistema procesador,


comprender que los procesos metablicos siguen patrones caractersticos y
estn constituidos por modelos de reaccin que se utilizan en diferentes
procesos. Discutir los mecanismos de transduccin de energa tanto
oxignicos como anoxignicos y los modelos de biosntesis de molculas no
informacionales
Demostrar su competencia en estos temas cuando:
1. Diferencia los procesos metablicos de otros que pueden ocurrir en los
organismos vivos.
2. Compara las caractersticas del anabolismo y catabolismo desde el punto
de vista energtico.
3. Describe los modelos de:
3.1. Activacin.
3.2. Oxidacin.
3.3. Transferencia de fosforilos.
3.4. Eliminacin de grupos amino.
3.5. Isomerizacin.
3.6. Ruptura de enlaces carbono carbono.
3.7. Formacin no oxidativa de dobles enlaces.
3.8. Utilizacin de unidades de un carbono.
3.9. Polimerizacin.
4. Combina apropiadamente los modelos de procesamiento para cumplir un
propsito metablico.

Talleres de Bioqumica

127

Luz B. Pardo R.

Generalidades
El metabolismo, (del griego. , cambio, e ismo), es el conjunto de
reacciones qumicas que ocurren en el interior de la clula para realizar las
transducciones de energa y las transformaciones de la materia necesarias
para el mantenimiento de la vida. En general se describen dos fases del
metabolismo: Anabolismo y catabolismoObserve las siguientes figuras, la primera se le puede describir con el termino
cata (del gr. ) y la segunda con ana (del gr. )

T1. De acuerdo con las figuras, Cmo interpreta usted los trminos
catabolismo y anabolismo?
T2. Los trminos anabolismo y catabolismo estn asociados con la
energa en los seres vivos, De qu naturaleza son estos cambios d
energa durante los dos procesos? Cul seria el cambio neto en
energa libre (G) en los dos procesos?
Las clulas realizan los procesos metablicos mediante un repertorio limitado
de reacciones qumicas, que organizadas adecuadamente constituyen las
llamada vas metablicas. El anlisis de los procesos metablicos ha permitido
establecer unos pocos modelos de procesamiento bioqumico que al

Talleres de Bioqumica

128

Luz B. Pardo R.

combinarse, con el fin de cumplir un objetivo especfico, permiten una gran


cantidad de procesos metablicos.

T3 De acuerdo con el esquema anterior Dnde estn involucrados el


anabolismo y el catabolismo?

Talleres de Bioqumica

129

Luz B. Pardo R.

Diseo de vas metablicas


El metabolismo no ocurre mediante reacciones aisladas, sino que son son
secuencias de reacciones, en las cuales el producto de una es el sustrato de
la siguiente. Diferentes autores han construido mapas de las vas metablicas,
unos relativamente simples como la;
http://home.wxs.nl/~pvsanten/mmp/main.htm , otras muy completas como la
que se encuentra en: http://web.expasy.org/pathways/ que incluye un buscador
por enzimas o compuestos. Un mapa de uso muy fcil lo encuentra en:
http://ull.chemistry.uakron.edu/Pathways/index.html presenta un men muy
simple con los nombres de los procesos, al hacer click sobre el nombre se
despliega el mapa correspondiente al proceso, y dentro del mapa al sealar
las flechas aparecen las reacciones detalladas.
Tipos de vas metablicas
Por la forma en que se inter relacionan las reacciones hay varios tipos de vas
principales:

Lineales, por ejemplo, la gliclisis, Tienen bien definido el sustrato


inicial y el producto final.

En espiral, por ejemplo la beta oxidacin de los cidos grasos. Varias


reacciones, catalizadas por las mismas enzimas, se repiten sobre
sustratos semejantes.

Cclicas, por ejemplo, el Ciclo de Krebs. Hay un compuesto que


abastece el proceso y un aceptor que lo recibe. Algunas reacciones
liberan productos y otras estn destinadas a regenerar el aceptor

En cascada, por ejemplo, las cascadas de regulacin de la


Glucogenognesis y glucogenlisis. El producto de una va tiene
capacidad para activar o inhibir una enzima de otro proceso diferente.

Talleres de Bioqumica

130

Luz B. Pardo R.

T1. De acuerdo con la informacin anterior, complete el siguiente cuadro


Representacin

Tipo de va

Talleres de Bioqumica

En

131

http://www.genome.jp/kegg/pathway.html

Luz B. Pardo R.

encontrara

una

coleccin

completa de los mapas metablicos y gran cantidad de informacin


relacionada con las enzimas respectivas.

En:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2238879/

encontrara

un

artculo sobre la utilizacin de la base de datos KEGG.


Cmo se disean las vas metablicas
Para disear una va metablica es necesario establecer claramente:

Objetivo general del proceso

Sustrato inicial con sus caractersticas en cuanto:


o Nmero de carbonos
o Estado de oxidacin
o Modelo de activacin o adaptacin a emplear

Producto final con sus caractersticas en cuanto:


o Nmero de carbonos
o Estado de oxidacin
o Presencia o ausencia del activador

Posibilidad de formacin de CO2

Tipos de oxidantes empleados (s estn involucrados procesos


oxidativos)

Mecanismos de recuperacin de oxidantes.

Tipo de va metablica ms conveniente

Procesos metablicos que deben ocurrir para cumplir el objetivo

Consulte con alguna de las referencias citada los siguientes procesos y


determine que tipo de va metablica siguen: Degradacin de glucgeno, Va
de las pentosas fosfato, Formacin de urea, Sntesis de cidos grasos.

Talleres de Bioqumica

132

Luz B. Pardo R.

Activacin

Para que los sustratos puedan ser utilizados por la clula como fuente de
energa, estos deben estar activos o adaptados.
Monosacridos
La reaccin de activacin pata la glucosa es la siguiente:

T1. Observe la reaccin y responda las siguientes preguntas:


En qu carbono de la glucosa ocurre el cambio?
Qu funcin aparece en la glucosa activada?
Qu tipo de alcohol era aquel donde ocurri el cambio?
A qu clase pertenece la enzima que cataliza la reaccin?
Cmo se forma el nombre corriente de la enzima?}
Cul seria el nombre sistemtico de la enzima y su nmero E.C.?
Si el monosacrido a activar fuera la ribosa.
Cul sera el producto activo?
Cmo se llamara la enzima activadora?
Cul seria el nombre corriente y el sistemtico de la enzima y cul su
nmero E.C.?

Talleres de Bioqumica

133

Luz B. Pardo R.

(Consulte: http://www.brenda-enzymes.info/)
El proceso de activacin se describe en trminos de sustrato a activar,
activador, enzima activadora y producto activo. Loa sustratos a activar son:
monosacridos, cidos grasos glicerol y aminocidos. Para cada uno de estos
sustratos existe un modelo de activacin especfico.

La activacin de los monosacridos procede de acuerdo con el siguiente


modelo:

Para la glucosa sera:

Talleres de Bioqumica

134

Luz B. Pardo R.

T2. Complete los siguientes esquemas de activacin


Heptulosa

Eritrosa

Glicerol (no es un monosacrido pero sigue el modelo de activacin de los


monosacridos)

Galactosa (el ster fosfrico excepcionalmente se forma en C1 y no en C6)

cidos grasos

La activacin del cido palmtico se muestra en el siguiente esquema:

Talleres de Bioqumica

135

Luz B. Pardo R.

T3. Observe la reaccin y responda las siguientes preguntas


En qu carbono del cido palmtico ocurre el cambio?
Qu funcin aparece en el cido palmtico activo?
Qu papel desempea el ATP en la reaccin?
A qu clase pertenece la enzima que cataliza la reaccin?
Cmo se forma el nombre corriente de la enzima?
Cul seria el nombre sistemtico de la enzima y su nmero E.C.? (Consulte:
http://www.brenda-enzymes.info/)

La enzima que activa los cidos grasos es inespecfica para el nmero de


carbonos del cido y funciona para cidos de 4 a 20 carbonos,
La activacin de los cidos grasos procede de acuerdo con el siguiente
modelo:

136

Talleres de Bioqumica

En el caso del cido palmtico el esquema sera el siguiente

La coenzima A es un derivado del cido pantotnico (vitamina B5)

H3C
HO

CH3
C

C
H2

HN
CH

HO

CH2
H2C

cido pantotnico

O
C
OH

Luz B. Pardo R.

137

Talleres de Bioqumica

H2
C

H
N

SH

C
H2

C
H2C

HO

CH2

CH3

CH

HN

C
N

CH

C
H2

H3C

OH
P

O
H2N

N
C

N
C
H

O
CH
CH
HO

CH

CH2

P
OH

CH
OH

Coenzima A
T4. Complete el siguiente esquema para el cido dodecanoico

Luz B. Pardo R.

138

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Aminocidos
Los aminocidos no tienen un proceso de activacin sino de adaptacin
consistente en la remocin del grupo amino y su remplazo por un grupo ceto.
Este proceso puede ocurrir en tres formas diferentes:

Transaminacin

Desaminacin oxidativa

Desaminacin no oxidativa

La adaptacin de los aminocidos al metabolismo se hace por remocin del


grupo amino y su remplazo con un grupo ceto

Represente las formas adaptadas al catabolismo de los aminocidos


NH2
H2
C

HO
C

CH
C
H2

OH
C

-cetoglutrico

Glutmico

O
H2
C

C
HO

CH

OH
C

NH2

Asprtico

Oxalactico

O
C
H3 C

OH

CH
NH2

Alanina

Pirvico

139

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Los aminocidos se pueden adaptar mediante diferentes modelos a saber:


Transaminacin, desaminacin oxidativa y desaminacin no oxidativa.

Transaminacin
Para el proceso de transaminacin es indispensable el fosfato de piridoxal,
derivado de la piridoxina (vitamina B6), el cual se transforma en fosfato de
piridoxamina
OH

OH
HO

HC

H2C

C
C

HO

CH

CH3

H2C

HC
C

C
C

H2N

OH

Fosfato de piridoxal

aminocido 1

CH2

CH3

C
OH

Fosfato de piridoxamina

Piridoxal-P

aminocido 2

Transaminasa
cetocido 1

Piridoxamina-P

cetocido 2

T5. A qu clase pertenece la enzima que cataliza la reaccin?


Cmo se forma el nombre corriente de la enzima?
Cul seria el nombre sistemtico de la enzima y su nmero E.C.? (Consulte:
http://www.brenda-enzymes.info/)

Talleres de Bioqumica

140

Luz B. Pardo R.

T6. Utilice el modelo anterior para la transferencia del grupo amino de la


alanina al - cetoglutrico. Incluya la enzima correspondiente

Desaminacin no oxidativa
La desaminacin no oxidativa solo ocurre en hidroxi aminocidos y
ocasionalmente con la cistena. La desaminacin se hace mediante un
proceso de deshidratacin y rehidratacin dependiente de una liasa. El
proceso tiene como intermediario un aminocido con radical no saturado el
cual se transforma en iminocido- El iminocido se rehidrata, se forma un
cetocido y se elimina el grupo amino en forma de amoniaco-

:
T7. De acuerdo con el modelo anterior represente al desaminacin no
oxidativa de la treonina
O

H2N

OH

CH

CH3

CH

HO

141

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

T8. A qu clase pertenece la enzima que cataliza la reaccin?


Cmo se forma el nombre corriente de la enzima?
Cul seria el nombre sistemtico de la enzima y su nmero E.C.? (Consulte:
http://www.brenda-enzymes.info/)

Desaminacin oxidativa
La desaminacin oxidativa ocurre nicamente con el cido glutmico este
proceso permite la eliminacin del grupo amino del glutmico en forma de
amoniaco. El agente oxidante es el NAD+ (nicotinamida adenina dinucletido)
derivado de la niacina (Vitamina B3). La enzima que cataliza esta reaccin es
la glutamato deshidrogenasa
N
H2N

CH

HO

N
C

OH

N
C
H

CH
CH
O

OH
CH

CH
CH

OH
HO
HO

CH

O
O

H
C

CH
O

CH

NAD+

La reaccin de desaminacin oxidativa del glutamato es:

C
C

N+

CH

HC
C
H

NH2

142

Talleres de Bioqumica

HO

HO
C

H2N

Luz B. Pardo R.

NAD+

NADH + H+

CH

CH2

CH2

H2C

H2C
C

HO

Glutmico

NH3

HO

-cetoglutrico

T9, A qu clase pertenece la enzima que cataliza la reaccin?


Cmo se forma el nombre corriente de la enzima?
Cul seria el nombre sistemtico de la enzima y su nmero E.C.?
Qu reacciones deben acoplarse para la eliminacin definitiva, en forma de
amoniaco, del grupo amino de la alanina?
(Consulte: http://www.brenda-enzymes.info/)

143

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Modelo de oxidacin biolgica


A pesar de que el termino oxidacin antiguamente se empleaba para indicar la
combinacin de un elemento con oxgeno, en la actualidad hace referencia a
la perdida de electrones de un compuesto. Un compuesto al oxidarse
transfiere electrones, el cual al recibirlos se reduce. Las formas oxidada y
reducida de un compuesto se denominan par redox.

A reducido

B oxidado

A oxidado

B reducido

Suponga que A en su forma reducida ( representa un electrn) va a ser


oxidado por el oxidante B oxidado, en la reaccin B se reducir al ganar el
electrn que estaba en A oxidado. Cuando estos electrones se transfieren al
aceptor final de electrones de la cadena respiratoria, se libera energa, parte
de la cual, puede ser utilizada para la formacin de ATP y el resto disipada en
forma de calor.

T1. De acuerdo con el esquema anterior, Cuntas molculas de B ox se


requieren para oxidar completamente 100 molculas de A red?
Si el modelo de oxidacin se limitara al descrito anteriormente para Ared, este
sera tremendamente ineficiente puesto que requerira tantas molculas del
oxidante como las que se quieren oxidar. La oxidacin en las clulas ocurre
mediante cadenas de reacciones que utilizan un oxidante final de bajo costo
energtico. (Cox en el siguiente esquema).

144

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

A reducido

B oxidado

Z reducido

A oxidado

B reducido

Z oxidado

T2. Cuntas molculas de B oxidado y de Z oxidado se requieren para


oxidar completamente 200 molculas de A reducido?
Los oxidantes biolgicos generalmente contienen en su estructura derivados
de vitaminas.

Potencial redox
El potencial redox mide la tendencia a ceder electrones. Un compuesto solo
puede oxidar a otro que tenga menor potencial redox (ms negativo o menos
positivo), y solo podr reducir a otro que tenga potencial redox menos positivo
o ms negativo.
La escala de potenciales redox tiene como referencia el par H / H+, al cual se
atribuye un potencial redox de 0,0 voltios En una cadena redox los pares se
organizan de potencial ms negativo a menos positivo al de potencial ms
positivo o menos negativo.

En la siguiente tabla se incluyen algunos de los potenciales redox de pares


biolgicamente importantes.

Talleres de Bioqumica

145

Luz B. Pardo R.

Tabla 1 Potenciales redox de algunos compuestos de importancia biolgica


Eo Voltios

Pares redox
H2O / O2

0,82

NO2- / NO3-

0,42

Cit a Fe2+ /Fe3+


2+

3+

Cit c Fe /Fe

Hemoglobina / metehemoglobina
2+

2+

0,29
0,22
0,17

Cit b2 Fe / Fe

0,12

Ubiquinona red / ox

0,10

Ascrbico / dehidroascrbico

0,08

Cit b Fe2+ /Fe3+

0.07

Azul de metileno red / ox

0,01

FAD H2 / FAD

- 0,12

Mlico / oxalactico

- 0,17

Lctico / Pirvico

- 0,19

Etanol / Acetaldehido

- 0,20

Glutatin red / ex

- 0,23

b hidroxibutrico / Acetoactico

- 0,27

Gliceraldehido-3-P + Pi / 1,3 di-P-glicrico

- 0,29

Lipico red / ox

- 0,29

NADH + H+/ NAD+

- 0,32

cetoglutrico / succnico

- 0,67

T2. Cul es mejor oxidante NAD o FAD?

T3. Sin tener en cuenta la especificidad de las enzimas, todos los sustratos
oxidables por NAD seran potencialmente oxidables por FAD? Todos los
potencialmente oxidables por FAD podran serlo por NAD?

146

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Potenciales redox de los componentes de la cadena respiratoria


E0

Reaccin
2 H+ + 2 e -

H2

- 0.421

NAD+ + 2 H+ + 2 e-

NADH + H+

- 0.320

Piruvato + 2 H+ + 2 e-

Lactato

- 0.185

Oxalacetato + 2 H+ +2 e--

Malato

- 0.166

FAD+ + 2 H+ + 2 e-

FADH2

-0.12

Fumarato + 2 H+ +2 e-

Succinato

- 0.031

Ubiquinona + 2 H+ + 2 e-

Ubiquinol

+ 0.100

2 citocromo b (Ox.) + 2 e -

2 cit b (red.)

+ 0.030

2 citocromo c (Ox.) + 2 e -

2 cit c (red.)

+ 0.254

2 citocromo a3 (ox.) + 2 e -

2 cit a3 (red.)

+ 0.385

O2 + 2 H+ + 2 e-

H2O

+ 0.816

Equivalencia E : G
Existe una equivalencia entre diferencias de potencial redox diferencias en el
cambio de energa libre la cual se establece mediante la ecuacin de Faraday.
Ecuacin de Faraday:

G = -nFE

En donde n es el nmero de electrones transferidos en la reaccin y F la


constante de Faraday,
F = 96.500 Jouls.Voltios-1.mol-1 o 23.062 caloras. Voltios-1.mol-1.
La energa liberada en los procesos de oxidacin se puede utilizar para
realizar reacciones endergnicas, tales como, la de formacin de ATP
asociada con el transporte de electrones en la cadena respiratoria. Si la
diferencia de potencial entre pares

consecutivos fuera directamente

Talleres de Bioqumica

147

Luz B. Pardo R.

responsable de la fosforilacin del ADP para formar ATP y la energa de


hidrlisis del ATP (en su fosfato terminal) a pH, 7,0 fuera de 8.500 cal /mol,

T4. Con los pares redox que se mencionan a continuacin, forme una cadena
de transporte de electrones que incluya a todos los pares mencionados.
A ox /red
0,82 V
B ox /red
0,00 V
C ox /red-0,32 V
D ox /red
-0,25 V
E ox /red
0,25 V
T5. Localice los pares redox en el diagrama siguiente. Determine los valores
de (G) asociado con la diferencia de potencial redox (E) entre los pares
consecutivos a de la cadena. Marque con () los sitios en los que
potencialmente se podra formar ATP

T6. Qu diferencia, mnima, de potencial debe existir entre dos pares


consecutivos de la cadena respiratoria para que all se pueda asociar la
fosforilacin del ADP a ATP?
T7. Qu cantidad de energa libre est disponible, cuando en la cadena
respiratoria se transfiere un par de electrones del NADH al FAD? (ver tabla de
potenciales redox)

148

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

T9. Suponga que una protena conjugada, un gas de fcil difusin y un


derivado de una vitamina tienen el mismo potencial redox, Cul de ellos
seria mas eficiente energticamente? Por qu?

El modelo general de oxidacin biolgica


En la oxidacin biolgica se recorren secuencialmente los estados de
oxidacin del carbono:

R1

R1

R1
C

C
R2

R2
Saturado

No saturado

R1

OH

C
R2

R2
Alcohol

Carbonilo

El modelo general de oxidacin biolgica es el siguiente:

Sustrato

Enzima

Oxidante

Producto

CH3
H3C

R1
CH3

Deshidrogenasa
H3C

C
CH3

CH3

FAD
H

C
R2

149

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

H2O

hidratacin

Hidratasa
H

R1

es una

R1

OH

no una
oxidacin

R2

propiamente

R2

dicha
R1
H

R1

Deshidrogenasa
H

NAD+

OH

R2

C
C

R2

Las enzimas forman su nombre a partir del sustrato que es oxidado, por
ejemplo si el sustrato es in acil-CoA, la enzima se nombrara como acil-CoA
deshidrogenasa.

T10. Aplique el modelo de oxidacin biolgica al cido succnico, en el


carbono sealado con la flecha.

150

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

O
H2
C

HO
C

C
C
H2

HO
OH

OH

HO

HO
OH
O

OH
O

151

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Transferencia de grupos fosforilo


El cido fosfrico puede dar lugar a dos radicales:

OH
H

HO

OH
HO

O-

Fosfato

OH

OH
HO

OH O
Fosforilo

La economa energtica celular gira alrededor de la molcula de ATP


(adenosina tri fosfato)
O
O
H
C
N

H2
C
O

H2 N

C
N

P
O

CH

HO
OH
HO

O
P

OH

CH

CH
CH

OH

HO

Los grupos fosforilo, base de la en energtica celular, pueden transferirse


directamente desde compuestos forsforilados de alta energa o mediante
reacciones acopladas, ya sean oxidativas o no oxidativa. Se consideran
compuestos de alta energa los incluidos en la tabla 2.

152

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Compuestos de alta energa


Tabla 2 Compuestos de alta energa de importancia biolgica

Compuesto

G aproximado

Ejemplo

Anhdridos de fsforo

1. ATP

-8 Kcal/mol

Anhdridos mixtos

2. 1,3-bisfosfoglicerato

-12 Kcal/mol

Fosfatos de enoilo

3. Fosfoenol piruvato

-15 Kcal/mol

Tiosteres de acilo

4. Succinil CoA

-7 Kcal/mol

Fosfatos de guanidina

5. Fosfocreatina

-10 Kcal/mol

(acilo - fsforo)

Un Joul = 0,239 cal (caloras) lo que es lo mismo que 1 cal = 4,187 J


T1. Calcule el valor de G aproximado de los 5 ejemplos en J/mol
Compuesto

G aproximado en J/mol

ATP

1,3-bisfosfoglicerato

Fosfoenol piruvato

Succinil CoA

Fosfocreatina

T2. Represente la estructura de los ejemplo 2 a 5 de la tabla 2.

153

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Compuestos de baja energa


Los steres fosfricos con energas de hidrlisis entre -3 y -4 Kcal/mol se
consideran de baja energa.

T3. El siguiente compuesto contiene fosforilos que pueden ser de alta, o baja
energa. IdentifquelosOH
O
O

OH

O
C
OH
CH

HO

O
C
H2

P
OH
O

Experimentalmente solo es posible determinar la energa de hidrolisis de un


compuesto. La energa de formacin de un compuesto es la misma que la de
hidrlisis pero con signo contrario.

T3. Suponga que en un calormetro se estim que la energa de hidrlisis de


la ribosa-5-P es de -3,5 Kcal/ mol, Cul es la energa de formacin de la
ribosa-5-P, expresada en cal/ mol y J/mol?

Prediccin de la reversibilidad de las reacciones


Las reacciones bioqumicas se pueden descomponer en reacciones parciales,
lo cual permite el anlisis de reacciones con dos o mas sustratos y / o
productos. El nico requisito para que el anlisis sea vlido es que la suma de
las reacciones parciales de como resultado la reaccin original. Esta tcnica
permite determinar si una reaccin puede ser o no reversible.

Recuerde que:

154

Talleres de Bioqumica

Si G es negativo la reaccin libera energa

Si G es positivo la reaccin requiere energa

Si G es cero la reaccin est en equilibrio

Luz B. Pardo R.

Por ejemplo: Determine si la reaccin catalizada por la hexoquinasa (Glucosa


+ ATP Glucosa-6-P + ADP)
Reaccin: Glucosa + ATP Glucosa-6-P + ADP
Se puede descomponer en:
ATP ADP + Pi

G = -8,0 Kcal/mol

Glucosa + Pi Glucosa-6-P

G = +3,0 Kcal/mol

_____________________________________________
Glucosa + ATP Glucosa-6-P + ADP G = -8,0 Kcal/mol + 3,0 Kcal/mol = 5,0 Kcal/mol
En sentido inverso la reaccin requerira el suministro de 5 Kcal/mol, por tanto
es irreversible.
T4. Una reaccin de gran importancia en la gliclisis es la catalizada por la
piruvatoquinasa (P-enolpiruvato + ADP piruvato + ATP). Descomponga la
reaccin en reacciones parciales y determine si es o no reversible.

Posibles transferencias de grupos fosforilo:


De anhdrido a cido para formar otro anhdrido
De anhdrido a alcohol para formar ster
De ster a alcohol para formar otro ster

155

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Isomerizacin
Los ismeros son molculas que tienen la misma frmula molecular pero
diferente frmula estructural.

En las biomolculas el isomerismo se genera alrededor de los carbonos


asimtricos. Un carbono se considera asimtrico cunado sus cuatro valencias
estn unidas a radicales diferentes.

Carbono asimtrico
El nmero de ismeros es:

Carbono no asimtrico

, donde n es el nmero de carbonos

asimtricos del compuesto.

T1. Cuntos ismeros pueden presentar los siguientes compuestos?

Isomera de cadena

156

Talleres de Bioqumica

Corresponde

las

sustancias

cuyas

Luz B. Pardo R.

frmulas

estructurales

difieren

nicamente en la disposicin de los tomos de carbono en el esqueleto


carbonado, por ejemplo:

H2
C

H3C
C
H2

H3 C

CH3
CH

CH3
CH3

n-butano

2-metil-propano (isobutano)

Isomera de posicin
En este tipo de isomera las frmulas estructurales difieren nicamente en la
posicin de su grupo funcional sobre el esqueleto carbonado, por ejemplo:

H
H3 C

HO
C

H3 C

CH2OH

C
C

CH3
H

Butanol

Isobutanol

Isomera de funcin
La presentan sustancias que con la misma frmula molecular tienen distinto
grupo funcional, por ejemplo:

H2
C
HO

O
CH3

Etanol

H3 C

CH3

Metano-oxi-metano

Estereoisometra
Ocurre cuando dos molculas con con la misma estructura presentan diferente
distribucin espacial de sus tomos.

157

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Isomera geomtrica
Se debe ala presencia de enlaces mltiples que imposibilitan la rotacin
alrededor de los mismos. Es caracterstica de sustancias que presentan un
doble enlace carbono-carbono.

O
H
C

C
HO

C
H

CH3

C
CH3

HO

CH
C
H

Ismero trans (cido crotnico) Ismero cis (cido isocrotnico)


Isomera ptica
Existen sustancias que en disolucin producen el giro de un haz de luz
polarizada plana, si el giro es hacia la derecha se denominan dextrgiras y si
es hacia la izquierda de denominan levgiras. La causa de la actividad ptica
radica en la asimetra molecular, debida a la presencia de carbonos
asimtricos.

T2.A qu hacen referencia los siguientes trminos en los carbohidratos?


Epmeros, Ismeros funcionales, Enantimeros, Anmeros, Razmeros
(ismeros racmicos)

T3. En qu tipo de molculas de importancia biolgica se pueden encontrar


ismeros
cis trans?

158

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

T4. Complete el siguiente cuadro


Sustrato

Enzima

Ribulosa 5-P

Epimerasa

Ribulosa-5-P

Isomerasa

Gliceraladehido-3-P

Isomerasa

Eritrulosa-4-P

Producto

Eritrosa-4-P
Manosa-6-P

Ribosa-5-P

Isomerasa

159

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Ruptura y formacin de enlaces C - C


Existen varias formas de romper o formar enlaces C C. Algunos de estos
mecanismos son:

Aldolizacin; ocurre entre un aldehdo y un alcohol para formar un diol


o viceversa.

Transaldolizacin; Transfiere un radical de 3 carbonos de una cetosa a


una aldosa. Ningn producto puede quedar con menos de 3 carbonos

Transcetolizacin: Transfiere un radical de 2 carbonos en forma similar


a la trans aldolizacin, Ningn producto puede quedar con menos de 3
carbonos

Fosforlisis: Rompe un enlace glicosdico por adicin de un fosfato


para formar ster fosfrico

:Fosfocetolizacin: Rompe un enlace a continuacin de un grupo ceto


por transferencia de un grupo fosforilo para formar un anhdrido de
fosforo

Tiolisis: Rompe el enlace que antecede a un grupo ceto por adicin de


un tio derivado (Coenzima A) para formar un tioster.

Aldolizacin

T1. Que producto(s) se forma(n) en la siguiente reaccin?


O
HO
O
P
O

C
C
H2

OH
CH

OH

O
H2
C

CH
HO

CH

OH
P
Aldolasa

O
OH

OH

160

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Transaldolizacin transcetolizacin

T2 Complete el siguiente cuadro (en caso de no ser posible la reaccin,


escriba en las casillas en blanco no se puede.

Dador

Aceptor

cetosa

aldosa

5C

5C

Enzima

Dador

Aceptor

transformado

transformado

aldosa

cetosa

3C

7C

Transcetolasa

7C

Transaldolasa

4C

6C

3C

5C

4C

Transcetolasa

5C

Transaldolasa

5C

Fosfocetolizacin
T3. Mediante un esquema represente la accin de la fosfocetolasa sobre la
xilulosa-5-P
OH
HO

O
P

CH
C
H2

HO

O
C
CH

OH
C
H2

OH

Xilulosa-5-P

Tiolisis
T4. Cul es el efecto de la tirolesa sobre el siguiente compuesto?
O
H2
C
H3C

H2
C
C
H2

Palmitil-CoA

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

C
C
H2

C
C
H2

S-CoA

Talleres de Bioqumica

161

Luz B. Pardo R.

Fosforlisis

T5 En la glucogenlisis se libera glucosa-1-P. Qu procedimiento de ruptura


de los enlaces 1-4, utiliza esta enzima?
T6 En un texto o en la internet (http://www.genome.jp/kegg/pathway.html
),Consulte las reacciones de la Gliclisis, Ciclo de Krebs, Va de la pentosas
fosfato, Ciclo de Calvin, Glucogenlisis, y Beta Oxidacin de los cidos grasos
y determine si hay reacciones que sigan algunos de los modelos descritos
para la ruptura o formacin de enlaces C- C.

Talleres de Bioqumica

162

Luz B. Pardo R.

Obtencin de energa en absorcin


Durante la fase de absorcin se forman reservas y se obtiene energa
principalmente por oxidacin de glucosa a CO2.
Gliclisis
La gliclisis es una va metablica que permite la obtencin de energa bajo
condiciones anoxignicas. En ella las hexosas forman un cido de tres
carbonos que finalmente termina transformado en CO2 va ciclo de Krebs,

Objetivo general del proceso


Obtener energa mediante un proceso independiente del oxgeno
Sustrato inicial con sus caractersticas: Glucosa
Nmero de carbonos: 6
Estado de oxidacin: mnimo alcohol, mximo aldehdo
Modelo de activacin a emplear: Activacin de monosacridos
Producto final con sus caractersticas: cido pirvico
.

Nmero de carbonos: 3

Estado de oxidacin mximo: Carboxilo


Presencia o ausencia del activador: Requiere ATP

Posibilidad de formacin de CO2: NO


Tipos de oxidantes empleados: NAD+
Mecanismos de recuperacin de oxidantes: Reduccin del producto final
Tipo de va metablica ms conveniente: Lineal
Procesos metablicos que deben ocurrir para cumplir el objetivo (en orden
alfabtico, no en orden de secuencia)

Activacin de la hexosa

Convergencia a una sola va para la utilizacin de triosas

Formacin de un enol fosfato de alta energa

Talleres de Bioqumica

163

Luz B. Pardo R.

Isomerizacin a un compuesto que permita una segunda fosforilacin

Oxidacin de las triosas con formacin de un anhdrido de fosforo

Recuperacin del ATP gastado

Ruptura de un enlace C C en la hexosa

Segunda fosforilacin de la hexosa

La activacin de la hexosa se realiza de acuerdo con el modelo general de


activacin:
Sustrato: Monosacrido (Hexosa)
Activador: ATP
Enzima: Fosfotransferasa (quinasa)
Producto activo: Ester fosfrico del monosacrido

Convergencia en una sola va metablica: se presentan varias posibilidades:

Talleres de Bioqumica

164

Luz B. Pardo R.

Formacin de un enol fosfato de alta energa: Se hace a partir de un ster


fosfrico de baja energa mediante la transferencia del fosfato a un alcohol no
primario y la formacin de un doble enlace por deshidratacin.

Isomerizacin a un compuesto que permita una segunda fosforilacin


Para poder realizar la segunda fosforilacin es necesario generar un alcohol
primario en C1, ello se puede lograr mediante una isomerizacin de la aldosa
a una cetosa.

Oxidacin de las triosas con formacin de un anhdrido de fosforo


La funcin aldehdo de una aldosa se puede oxidar con NAD+ a un cido. La
energa del proceso de oxidacin es suficiente para transferir un fosforilo al
cido y formar el anhdrido. L enzima que cataliza el proceso es una
deshidrogenasa (NAD oxidorreductasa)

165

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Recuperacin del ATP gastado


El ATP se puede recuperar a nivel de sustrato por transferencia del grupo
fosforilo desde un anhdrido de fosforo o un enolfosfato.

Ruptura de un enlace C C en la hexosa


Los

enlaces

C-C

se

rompen

mediante

aldolasas,

transaldolasas,

transcetolasas, etc. En este caso el enlace que se desea romper corresponde


a un diol, y como no hay transferencia de grupo o radicales, la enzima que
realiza el proceso es una aldolasa

Talleres de Bioqumica

166

Luz B. Pardo R.

Segunda fosforilacin de la hexosa

La segunda fosforilacin se hace en el nuevo alcohol primario de la cetosa,


mediante una fosfo-X-quinasa (X es el nombre de la cetosa).

Las anteriores reacciones de organizan en una secuencia lgica para


constituir la va glicoltica como se muestra a continuacin

1. Activacin de la hexosa.
2. Isomerizacin a un compuesto que permita una segunda fosforilacin.
3. Segunda fosforilacin de la hexosa.

Talleres de Bioqumica

167

Luz B. Pardo R.

4. Ruptura de un enlace C C en la hexosa.


5. Convergencia a una sola va para la utilizacin de triosas.
6. Oxidacin de las triosas con formacin de un anhdrido de fosforo.
7. Recuperacin del ATP gastado por transferencia de un fosfato de alta
energa desde un anhdrido de fosforo mixto.
8. Primer paso de la formacin de un enol fosfato de alta energa: cambio
de posicin del enlace ster fosfrico.
9. Segundo paso de la formacin de un enol fosfato de alta energa:
Deshidratacin.
10. Recuperacin del ATP gastado por transferencia de un fosfato de alta
energa desde un enol-fosfato.
La va glicoltica se muestra en el siguiente esquema

Talleres de Bioqumica

168

Luz B. Pardo R.

169

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

T1. Qu carbono de la glucosa presenta el estado ms alto de oxidacin y


cul es?
Cul es el carbono mas oxidado del producto final de la gliclisis?
Cul es enlace C C que se rompe en la gliclisis y cules sus
caractersticas?
Por qu no se altera el estado de oxidacin cunado la glucosa-6-P se
transforma en fuctosa-6-fosfato?
Por qu dos de las estrategias posibles de utilizacin de las triosas son
antieconmicas metablicamente hablando?
Por qu en la oxidacin del gliceraldehido-3-P se emplea NAD+ y no FAD?
Qu caractersticas tiene el cido P-enol-pirvico que lo hacen semejante
energticamente a un anhdrido de fsforo?

T2. Complete el siguiente cuadro sobre las enzimas que participan en la


gliclisis
Enzima
Aldolasa
Enolasa
Fosfofructoquinasa
Fosfogliceratomutasa
Fosfogliceratoquinasa
Fosfohexoisomerasa
Gliceraldehido-3-P deshidrogenasa
Hexoquinasa
Piruvato quinasa
Triosafosfatoisomerasa

Clase

Numero

Nombre

EC

sistemtico

170

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

T3. Algunos microrganismos realizan un proceso denominado fermentacin.


De donde se origino este trmino y cual es su real significado bioqumico?
Qu ventaja le representa a las clulas anoxignicas la realizacin de la
reaccin anterior?
En qu reacciones de la gliclisis hay consumo o formacin de ATP?
Cul es la produccin neta de ATP, por molcula de glucosa, en la gliclisis?

En la tabla 2 se muestran los valores de G para las reacciones de la gliclisis


Tabla 2. Valores de G para las reacciones de la gliclisis
Reaccin
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

G0 2
G
(kcal/mol) (kcal/mol)
Hexoquinasa o Glucoquinasa
- 4.0
- 8.0
Fosfoglucoisomerasa
+ 0.4
- 0.6
Fosfofructoquinasa-1
- 3.3
- 5.3
Fructosa-1,6-bis-fosfato aldolasa
+ 5.7
- 0.3
Triosa-fosfato isomerasa
+ 1.8
+ 0.6
Gliceraldehdo-3-fosfato deshidrogenasa + 1.5
- 0.4
Fosfogliceratoquinasa
- 4.5
+ 0.3
Fosfogliceratomutasa
+ 1.06
+ 0.2
Enolasa
+ 0.4
- 0.8
Piruvato quinasa
- 7.5
- 4.03
Enzima

T4. Las reacciones alejadas del equilibrio son los puntos ideales para ejercer
regulacin, Desde el punto de vista termodinmico, qu reacciones de la
gliclisis se consideran irreversibles?
Cul (es) reaccin (es) de la gliclisis sern las mas adecuadas para ser
objeto de regulacin? Por qu?

G es el cambio en la energa libre estndar, es igual al cambio en la energa libre


G, bajo condiciones estndar, es decir cuando los reactivos y productos estn a
-1
una concentracin de 1,0 mol L (1.0 M).

171

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Beta Oxidacin de los cidos Grasos

En la beta oxidacin, la molcula de cido graso se transforma en varias


molculas de acetil CoA, cuyo nmero depende de la longitud de la cadena.
La activacin de los cidos grasos se lleva a cabo en el citoplasma, pero su
oxidacin en la mitocondria. Esto representa el problema adicional de hacer
que los acil CoA derivados de los cidos grasos traspasen la membrana
mitocondrial. El transporte esta mediado por una molcula llamada carnitina
H3C

CH3
N+

H3C

OH

CH
C
H2

C
C
H2

OH

El mecanismo de activacin y transporte a la matriz mitocondrial se muestra


en el siguiente esquema

T5. Si no se tiene en cuenta el grupo carboxilo, cual es el estado mximo de


oxidacin de los cidos grasos.
Cuntos carbonos tiene el producto final de la beta oxidacin de loas

Talleres de Bioqumica

172

Luz B. Pardo R.

cidos grasos de cadena par?


Qu tipo de va metablica es el ms adecuado para un proceso como la
beta oxidacin?

T6. En la beta oxidacin ocurren una serie de reacciones que tienen como
consecuencia la formacin de los intermediarios que se muestran en el
siguiente cuadro, de acuerdo con el modelo incluido para la primera reaccin.
Lugar en
Evento bioqumico
Modelo
la
Enzima
secuencia
EC 6.2.1.3
NC3 AcilCoAsintetasa
NS4 cido graso de
Iniciacin del proceso
Activacin
1
cadena larga: CoA
ligasa (AMPformadora)
EC
Aparicin de un alcohol
NC
NS
Formacin de acetil CoA

EC
NC
NS

Formacin de doble enlace

EC
NC
NS

Formacin de grupo ceto

EC
NC
NS

T7. Complete el esquema para el primer ciclo de oxidacin del cido palmtico.
Incluya las enzimas y otros sustratos necesarios-

3
4

NC = Nombre comn
NS = Nombre sistemtico

173

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

O
H2
C
H3C

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

C
C
H2

OH

T8. Compare la beta oxidacin de cidos grasos saturados con 16 y 17


tomos de carbono. Indique en el nmero de molculas que se indican en los
recuadros de la derecha.

Talleres de Bioqumica

174

Luz B. Pardo R.

Ciclo de Krebs
Los objetivos del Ciclo de Krebs son:

Oxidar acetil~CoA a CO2

Generar equivalentes de reduccin (NADH y FADH2).

Suministrar intermediarios para la sntesis de otros compuestos


(Aminocidos, cidos grasos, Colesterol, Gluconeognesis, Porfirinas).

Vincular derivados de aminocidos al proceso terminal de oxidacin.

El Ciclo de Krebs es un proceso destinado a la transformacin de Acetil CoA


en anhdrido carbnico. Como en todo proceso cclico, el Ciclo de Krebs debe
incluir un aceptor y un abastecedor, por tanto debe comprender dos fases, una
destinada a la eliminacin del abastecedor y otra a la regeneracin del
aceptor, adems de una en la cual se libera energa suficiente para la
fosforilacin de un nucletido di fosfato a un tri fosfato de alta energa.

Las caractersticas metablicas del Ciclo de Krebs son:

Abastecedor: Acetil CoA (2C)

Aceptor : Oxalacetato (4C)

Talleres de Bioqumica

175

Otros sustratos: NAD, FAD,

Productos CO2, NADH, FADH2

Intermediarios de 4, 5 y 6 tomos de carbono.

Estado mximo de oxidacin del abastecedor: carboxilo

Estado mximo de oxidacin del producto anhdrido carbnico.

Luz B. Pardo R.

Lo que debe hacer el Cclo de Krebs

T9. A continuacin se muestran las reacciones del Ciclo de Krebs sin que
estn en orden secuencial. Atribuya a cada reaccin el puesto que ocupara en
una secuencia lgica y complete la informacin segn el ejemplo incluido.
Reaccin
N del puesto en la secuencia
lgica y enzima que la cataliza
Numero en la secuencia = [ 1 ]

Talleres de Bioqumica

176

Luz B. Pardo R.

EC = 2.3.3.1
Nombre corriente =
Citrato sintasa
Nombre sistemtico =
acetil-CoA: oxalacetato Cacetiltransferasa [tioesterhidrolizante, (pro-S)-carboximetil
formadora]

Nmero en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Nombre sistemtico=

Nmero en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Nombre sistemtico=

Nmero en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =

Talleres de Bioqumica

177

Luz B. Pardo R.

Nombre sistemtico=

Nmero en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Nombre sistemtico=

Nmero en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =

Talleres de Bioqumica

178

Luz B. Pardo R.

Nombre sistemtico=

Nmero en la secuencia = [ ]
EC=
Nombre corriente =
Nombre sistemtico=

Talleres de Bioqumica

179

Luz B. Pardo R.

En resumen las reacciones del Ciclo de Krebs son las siguientes:

Algunas plantas y hongos realizan una variacin del ciclo de Krebs


denominado ciclo del glioxilato, en l, el isocitrato no se descarboxila sino que
origina un intermediario de 4 carbonos del ciclo de Krebs, el glioxilato
reacciona con una molcula de acetil CoA, para generar el aceptor del ciclo de
Krebs

Talleres de Bioqumica

180

Luz B. Pardo R.

T10. Complete el siguiente esquema del ciclo del glioxilato

T11. Se sabe que los animales no pueden realizar gluconeognesis a partir de


cidos grasos. Puede afirmarse lo mismo sobre plantas y hongos? Por
qu?}

El Ciclo de Krebs adems de su funcin oxidativa terminal juega un papel muy


importante en la integracin metablica.

Talleres de Bioqumica

181

Luz B. Pardo R.

Fosforilacin oxidativa

La fosforilacin oxidativa ocurre asociada a una cadena de transporte de


electrones denominados, cadena respiratoria o cadena de citocromos.
Los componentes de la cadena respiratoria son:
Complejo I
Es conocido como NADH Ubiquinona reductasa.
Esta compuesto por 16 o ms cadenas polipeptdicas.
Tiene FMN como grupo prosttico.
Presenta de 5 a 8 centros ferrosulfurados (Fe S).
Es el complejo ms grande de la cadena respiratoria.

Complejo II
Recibe el nombre de Succinato: UQ reductasa.
Es la nica enzima del ciclo de Krebs unida a la membrana mitocondrial
interna.
Consta de 4 cadenas polipeptdicas, 1 citocromo, una molcula de FAD como
grupo prosttico, 2 a 3 centros Fe S.

Talleres de Bioqumica

182

Luz B. Pardo R.

Ubiquinona
Su funcin es recoger electrones de los complejos I y II. Es liposoluble, por lo
que puede desplazarse por el interior de las dobles membranas lipdicas, para
llegar al complejo III. Puede ser reversiblemente reducida o pasar por estados
de semi reduccin: UQ (Ubiquinona) - UQH (Semiquinona) UQH2 (Ubiquinol).
Se puede encontrar libre o asociada a protenas.
Tiene una cadena lateral isoprenoide: n= 6-8 en microrganismos. n=10 (Q10)
en mamferos

Citocromos
Son componentes de la cadena respiratoria: b y c.

Talleres de Bioqumica

183

Luz B. Pardo R.

C presenta movilidad a travs de la membrana llevando electrones del


1

complejo III al complejo IV


a y a3: Son protenas transportadoras de electrones. Contienen un grupo hemo
que puede estar oxidado o reducido. a3E es el nico que puede ceder
electrones al oxigeno.
Los citocromos actan en forma secuencial

El siguiente esquema muestra el flujo de electrones en la cadena respiratoria.

El siguiente esquema ilustra los potenciales redox delos componente de la


cadena respiratoria:

Talleres de Bioqumica

184

Luz B. Pardo R.

Formacin de ATP
El proceso de fosforilacin del ADP para formar ATP se realiza a expensas de
la llamada fuerza protomotriz que es generada por un gradiente de protones a
travs de la membrana interna de la mitocondria.
Los complejos de la cadena respiratoria bombean protones de la matriz
mitocondrial al espacio inter membrana. Los protones regresan a la matriz
gracias a la ATP sintasa, enzima que aprovecha la fuerza protomotriz para
formar el ATP.

185

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Los potenciales redox delos componentes de la cadena respiratoria se


muestran en la siguiente tablaTabla 3. Potenciales redox (pH 7,0) de los componentes de la cadena
respiratoria
Enzima respiratoria

Par redox

NADH deshidrogenasa

NAD / NADH

0,32

Succinato deshidrogenasa

FMN o FAD / FMNH2 o FADH2

0,20

Coenzima Q10 ox / Coenzima Q10 red

+0,06

Citocromo b ox / Citocromo b red

+0,12

Citocromo c ox / Citocromo c red

+0,22

Citocromo a red / Citocromo a red

+0,29

E (Voltios)

Complejo del citocromo bc1

Complejo IV

O2 / HO

+0,82

El ATP es un compuesto inestable que no puede almacenarse por mucho


tiempo dentro de la clula, para la utilizacin posterior de la energa del ATP,
esta se almacena en forma de fosfato de creatina. La creatina se sintetiza a
partir de arginina glicina y metionina. La Fosfocreatina puede transferir al ADP
el fosfato de alta energa para regenerar ATP en el denominado ciclo del
fosfgeno especialmente til en la contraccin muscular en condiciones
anoxignicas.

Talleres de Bioqumica

186

Luz B. Pardo R.

T12. Un corredor de distancias cortas requiere gran disponibilidad de ATP


cuya energa se ha almacenado en fosfato de creatina, su dieta debe ser rica
en arginina, metionina y glicina. Qu alimentos son ricos en estos
aminocidos?
Consulte: http://www.rdnattural.es/plantas-y-nutrientes-para-el-organismo/

Talleres de Bioqumica

187

Luz B. Pardo R.

Obtencin de Energa

Propsito

Los organismos vivos obtienen su energa en una de tres formas: fosforilacin


a nivel de sustrato, fosforilacin oxidativa y fosforilacin fotosinttica. A nivel
de sustrato el ATP se forma por fosforilacin de ADP, ya sea mediante
reacciones acopladas o por transferencia directa de un fosforilo de alta
energa al ADP, u otro nucletido di fosfato. En la fosforilacin oxidativa y
fotosinttica, la diferencia de potencial genera gradientes de protones en las
membranas que permiten la fosforilacin del ADP. En la fosforilacin oxidativa
los electrones transportados provienen de los alimentos mientras que en la
fotosinttica provienen de la clorofila.
En esta unidad el estudiante se har competente en el diseo e interpretacin
de las vas metablicas, que en los organismos vivos, transducen la energa
para formar ATP.

Demostrar su competencia en estos temas cuando:


Utiliza los procesos metablicos para ensamblar las diferentes vas
metablicas.
1. Enuncia los objeticos metablicos de las diferentes vas.
2. Establece la naturaleza y secuencia de reacciones necesarias para
cumplir los determinados objetivos metablicos.
3. Describe e interpreta las secuencias necesarias para obtener energa a
partir de monosacridos, cidos grasos y aminocidos.
4. Mediante los modelos de ruptura de enlaces carbono-carbono y
transferencia de radicales derivados de los monosacridos describe la
va de las pentosas y la fotosntesis.

188

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

El objetivo fundamental del catabolismo es la sntesis de ATP mediante la


utilizacin de la energa qumica almacenada en los compuestos que sirven
como alimentos.

T1. Complete el siguiente cuadro relacionado con los procesos de fosforilacin


Reaccin

Pi

GTP

ADP

GDP

ATP

Tipo de
transferencia

Entre ms reducido sea un compuesto, ms energa se obtiene por su


oxidacin total.

189

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

T2. Investigue cuantas caloras se liberan por oxidacin total de un gramo de


carbohidratos, grasas y protenas.

T3. De los dos compuestos representados, glucosa y cido caproico


(hexanoico) tiene seis tomos de carbono. Cul de los dos compuestos
libera ms en energa al oxidarse completamente? Por qu?
HO

OH HO
CH

CH

O
CH2

H2
C

C
CH

CH
HO

CH

HO
OH

C
H2

H2
C
C
H2

CH3

Talleres de Bioqumica

190

Luz B. Pardo R.

Metabolismo de los nucletidos


Los nucletidos no solo son importantes como componentes de los cidos
nucleicos, sino tambin individualmente, por ejemplo como: donadores de
energa, oxidantes biolgicos, activadores metablicos, etc.

T1. De ejemplos de nucletidos que funcionan como: donadores de energa,


oxidantes biolgicos, activadores metablicos
Origen de los tomos del anillo de las purinas se muestra en el siguiente
esquema

Sntesis de las purinas


El punto de partida para la sntesis de purinas comienza con la transformacin
del 5-fosfo--ribosil-1-pirofosfato (PRPP) en fosforibosilamina (PRA)

191

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

OH
HO

OH
Glutamina

H2C

CH

CH

HO

NH2
O

H2C

CH

PRA

O
OH O

PRPP

P
O

P
CH

Glutamato

OH

CH

HO

CH

CH

CH

HO

OH

OH

HO

En

las

reacciones

siguientes

se

utiliza: ATP,

derivados

del

cido

tetrahidroflico (THF), glutamina, glicina y asprtico.

La PRA reacciona con glicina para formar glicinamida ribtido (GAR) con
energa proveniente del ATP.
OH
HO

P
O

OH
O

NH2
CH
CH
HO

Gar

ATP

H2C

recibe

ADP + PI
2

CH
CH

Glicina

HO

P
O

CH2
O
O

H2C

un

carbono

NH
O
CH

GAR

OH

CH
HO

del

formilglicinamida ribtido (FGAR)

N-formil-tetrahidroflico

NH2

para

CH
CH
OH

formar

192

Talleres de Bioqumica

OH
HO

P
O

CH2

Luz B. Pardo R.

H
N

NH2

OH

NH
O

H2C

THF

N-formil-THF

CH

HO

CH

CH

HO

O
NH

H2C

3
OH

CH

CH
O

GAR

CH2

CH

FGAR

CH

CH

CH

HO

OH

FGAR recibe el nitrgeno amida de la glutamina en presencia de ATP para


formar foemilglicinamidina ribotido (FGAM)
H
N
OH
HO

P
O

H
N

CH2

CH

OH
ADP + Pi

ATP

HO

P
O

H2C

CH

CH

CH

O
NH

CH

FGAM
Glutamina

CH

H2C

CH

HO

HN

NH

CH2

CH

CH

Glutamato

CH

HO

OH

OH

En una reaccin dependiente de ATP FGAM se cicla para formar 5aminoimidazol ribtido
H
N
CH2

OH
HO

P
O

O
H2C

HN

OH
HO

CH

ADP + Pi

ATP

NH

HC

CH

FGAM

CH
HO

CH

O
H2N
H2C

O
CH

AIR

CH
CH
HO

CH

CH
CH
OH

OH

AIR fija un tomo de carbono proveniente del CO2 para formar


carboxiaminoimidazol ribtido (CAIR)

193

Talleres de Bioqumica

OH
HO

Luz B. Pardo R.

HC

CH

O
H2N

H2C

HO

CO2

CH

O
H2N

O
CH

H2C

CH
OH

CH

CAIR

HO

CH

CH

HOOC

OH

CH

CH

CH

HO

OH

CAIR recibe un grupo amino del asprtico para formar 5-aminoimidazol-4-Nsuccinilcarboxamido ribtido (SAICAR)
O

O
HO
OH
HO

HOOC

H2C

OH

CH
NH

CH

O
H2N

H2C

CH

CH

NH2
C

CH

CAIR

ADP + Pi

ATP

HO

Aspartico

CH

C
N
C
H

OH

CH

CH

CH

SAICAR

H2
C

CH

HO

OH

OH
OH

SAICAR libera fumarato y se transforma en 5-aminoimdazol-4-carboxamida


ribtido (AICAR)
O

O
HO

OH

C
H2C

CH

H2N

NH
O

C
C

N
C
H

O
CH
CH
HO

CH
CH

H2
C
O

O
OH

P
OH

OH

HO

P
HO

H2
C
O

N
O
CH
CH

CH
CH

AICAR
HO

H2N

N
SAICAR

Fumarato

NH2

OH

CH

194

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

AICAR recibe u7n nuevo grupo formilo trasportado por el cido tetrahidro folico
y se transforma en 5-formaminoimidaxol-4-carboxamide ribtido (FAICAR).
O
O

H2N

H2N
C

O
HO

P
HO

O
9

CH

CH

CH

HO

CH

AICAR

HO

OH

HO

H2
C
O

HN

CH

H2
C

CH

O
Fumarato

H2N

CH

O
CH

CH
CH

CH

FAICAR
OH

HO

Finalmente, por dehidratacin FAICAR se transforma en inosina monofosfato


(IMP).
O
H2N
CH

HO

H2
C
O

CH
10

CH
HO

H2
C

HO

CH
O

HO
FAICAR

H2O

C
N

HC
N

CH

HN
O

OH

N
O
CH
CH

CH
OH

OH

HO
IMP

CH
CH
OH

CH

C
N

Talleres de Bioqumica

195

Luz B. Pardo R.

T2. Las enzimas (se da el nombre en ingles para facilitar la consulta en


BRENDA) que catalizan la sntesis de purinas son:
adenylosuccinate lyase
aminoimidazole carboxamide ribotide transformylase
aminoimidazole ribotide carboxylase
aminoimidazole ribotide synthase
formylglycinamide synthase
glutamine phosphoribosylpyrophosphate amidotransferase
glycinamide ribotide synthase
glycinamide ribotide transformylase
IMP cyclohydrolase
succinylaminoimidazolecarboxamide ribotide synthase
Qu enzima cataliza cada un de os pasos?
A qu clase pertenece?
Cual es su nmero EC?
T3. Cmo se forman los otros nucletidos?

Origen de los tomos del anillo de las pirimidinas


El origen de los tomos de las pirimidinas se muestra en el siguiente
esquema:

196

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Sntesis del anillo de las pirimidinas


El anillo de las pirimidinas se sintetiza a parir de carbamoil fosfato, mediante la
siguiente secuencia de reacciones

Aspartico
Carbamoil-fosfato

Carbamoil-aspartato
1
Pi
3

cido ortico
PRRP
4

H2O

cido dihidroortico
NAD+

NADH + H+

Pi
5

Orotidina -5-monofosfato
H2O

Uridina monofosfato UMP


HCO3-

T4, Las enzimas enzimas (se da el nombre en ingles para facilitar la consulta
en BRENDA) que catalizan las reacciones son:
1. aspartate transcarbamoylase, ATCase
2. carbamoyl aspartate dehydratase
3. dihydroorotate dehydrogenase
4. orotate phosphoribosyltransferase
5. orotidine-5'-phosphate carboxylase:
A qu clase pertenece?
Cual es su nmero EC?
Consulte la estructura de los intermediarios de la sntesis de las pirimidinas
Los nucletidos de pirimidina se forman a parir del cido ortico.
T5. Cmo se sintetizan los otros nucletidos de pirimidina?

Catabolismo de los nucletidos

Talleres de Bioqumica

197

Luz B. Pardo R.

Degradacin de nucletidos de purina


La degradacin de los nucletidos purnicos lleva a la formacin de cido
rico. La xantina es el precursor inmediato del cido rico y en ella deben
transformarse los otros nucletidos.

T6. Qu importancia tiene el cido rico?

El siguiente esquema muestra en forma resumida el catabolismo de las


purinas.

Degradacin de nucletidos de pirimidina

El catabolismo de las pirimidinas lleva a la formacin de beta aminocidos:

Talleres de Bioqumica

198

Luz B. Pardo R.

199

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Formacin de reservas
Una de las caractersticas ms importantes de la fase de absorcin es la
formacin de reservas de glucosa en forma de glucgeno y de cidos grasos
en forma de triglicridos.
Glucogenognesis

El glucgeno se sintetiza mediante un modelo de polimerizacin si plantilla.


Utiliza como fuente de los monmeros al UDP-glucosa. En la sntesis
participan 3 protenas con capacidad cataltica: glucogenina, glucgeno
sintetasa y enzima ramificadora.

HO
HO

CH2

C
H

C
H

OH

H
OH

OH

-D-glucopiranosa
H2
C

HO
O
P
O
HO

CH

CH

CH

OH

P
HO

OH

UTP
Represente la molcula de UDP-glucosa

CH
C

CH

HO
O

HC

NH

200

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Qu tipos se enlaces tiene el glucgeno? Selelos en el esquema que


representa un segmento del glucgeno.

HO
HO

CH2 O
C

C
H

C
H

OH

H
OH

O
H

H2
C

C
HO

C
HO

OH
H

H
HO

H2 C

HO

HO

C
O

CH2 C

HO

OH
C
H

C
H

OH

OH H

La glucogenina es una protena (glucogenina glucosiltransferasa, EC


2.4.1.186) que cataliza la transferencia de unidades de glucosa de la UDPglucosa a ella misma
La transferencia ocurre en la siguiente forma:
UDP-glucosa + glucogenina glucosil-glucogenina + UDP
UDP-glucosa + (glucosil)n-glucogenina (glucosil)n+1-glucogenina + UDP
(n = 4 - 15).

Talleres de Bioqumica

201

Luz B. Pardo R.

La elongacin posterior, de la cadena de glucgeno, la realiza la glucgeno


sintasa. Tango la glucogenina como la glucgeno sintasa forman enlaces
glicosdicos 1-4. La ramificacin de la cadena de glucgeno (enlace 1-6),
se hace por transferencia de una cadena de 7 unidades de glucosa al carbono
6 de una glucosa de la cadena principal cada 6 a 10 unidades.

Sntesis de triglicridos
La mayor parte de la energa se alacena en forma de triglicridos. Los cidos
grasos que forman parte de los triglicridos se sintetizan en citoplasma a partir
de acetil CoA. Metablicamente, el acetil CoA se origina en mitocondria por
beta oxidacin de los cidos grasos o por descarboxilacin de piruvato.

El acetil CoA citoplsmico se origina mediante la llamada lanzadera del citrato,


en ella participan citrato, oxalacetato y piruvato, La membrana mitocondrial es
impermeable al acetil CoA y a oxalacetato, pero permeable al piruvato y al
citrato. En el proceso participan dos enzimas mitocondriales, la citrato sintasa
y la piruvato carboxi liasa, y tres enzimas citoplsmicas: enzima mlica, ATP
citrato liasa y deshidrogenasa mlica

Talleres de Bioqumica

202

Luz B. Pardo R.

La primera etapa en la sntesis de cidos grasos es la formacin de malonil


CoA. En esta reaccin se aplica el modelo de transferencia de unidad carbono
de alto estado de oxidacin con utilizacin de biotinaLa primera reaccin es la formacin del carbamoil-P a partir de bicarbonato y
ATP.

El carbamoil fosfato transfiere el carbono proveniente del bicarbonato al


complejo biotil-enzima.

Talleres de Bioqumica

203

Luz B. Pardo R.

La carboxi biotil enzima cede el carbono a una molcula de acetil-CoA para


formar el malonil-CoA.

Las reacciones catalizadas por la sintasa de cidos grasos son las siguientes.
Paso
Condensacin

Reduccin del
acetoacetil-ACP

Descripcin
El primer paso es la
transferencia del radical
acetilo al malonil-ACP5,
con formacin de
acetoacetil-ACP y
liberacin de CO2
En este paso, se reduce
el acetoacetil-ACP
mediante e NADPH a

ACP es Protena transportadora de grupos acilo

Enzima
b-cetoacil sintasa

b-cetoacil-ACP
reductasa

Talleres de Bioqumica

204

Luz B. Pardo R.

hidroxibutiril-ACP
En esta reaccin, el
Hidroxiacil-ACP
hidroxibutiril-ACP es
deshidratasa
deshidratado a butenoilACP
Reduccin del enoilEn el ltimo paso, el
Enoil-ACP reductasa
ACP
butenoil-ACP es
reducido mediante
NADPH a butiril-ACP
Se repite hasta la formacin de palmitil-AC
Deshidratacin

El proceso se representa en los siguientes esquemas:

Talleres de Bioqumica

205

Luz B. Pardo R.

206

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Sntesis de triglicridos
Los triglicridos se sintetizan a partir acil CoA y glicerol-P En el hgado el
glicerol-P se puede formar a partir de glicerol libre o por reduccin de la
dihidroxiacetona-P. En tejido adiposo no se puede formar a partir de glicerol
libre.

Qu enzima no se expresa el tejido adiposo?

Un glicerol esterificado por dos cidos grasos y un cido fosfrico se


denomina cido fosfatdico.

A partir de los compuestos mostrados construya una molcula de cido


fosfatdico
H2 C
HO

OH

OH

CH
H2 C

HO

OH

OH

O
O

OH
C

H2
C

H3C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

H2
C
C
H2

CH2
C
H2

207

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Para la sntesis de triglicridos se requiere glicerol fosfato y cidos grasos


activados con coenzima A.

Complete el esquema para la sntesis de un cido fosfatdico. Incluya las


enzimas

H 2C
HO

OH

H2 C

CH
H 2C

CH
OH

H2 C

O
C
R1

S-CoA

H2C

H2C

CH

CH

H2C

H2C

O
C
R2

S-CoA

El cido fosfatdico es desfosforilado por una fosfatasa y por un mecanismo


semejante se agrega la tercera molcula de cido graso mediante la enzima
diacilglirol acil transferasa.
Obtencin de energa en postabsorcin
En la fase de postabsorcin, la mayora de los tejidos dejan de utilizar glucosa
como fuente de energa y comienzan a utilizar los cidos grasos que han sido
almacenados

en

forma

de

triglicridos,

Los

tejidos

que

requieren

permanentemente glucosa, la obtienen por degradacin de las reservas

Talleres de Bioqumica

208

Luz B. Pardo R.

hepticas de glucgeno o por gluconeognesis heptica a partir de


aminocidos, glicerol y lactato.
Glucogenlisis
Tanto el musculo como el hgado degradan su glucgeno en postabsorcin, La
glucosa obtenida en msculo debe ser utilizada all mismo, mientras que la
obtenida por glucogenlisis heptica puede ser exportada como glucosa libre
a otros tejidos.

Qu enzima est presente en hgado y no en musculo para que ocurra esta


diferencia de distribucin de la glucosa obtenida por glucogenlisis?

Dado que el glucgeno presenta dos tipos de enlace, alfa 1-4 y alfa 1-6, se
necesitan dos enzimas diferentes para su degradacin. La degradacin del
glucgeno comienza por los extremos no reductores mediante la enzima
glucgeno fosforilasa. Cuando quedan 4 residuos en la ramificacin, acta la
enzima desramificadora,

El siguiente esquema representa una parte de la molcula de glucgeno

Talleres de Bioqumica

209

Luz B. Pardo R.

El siguiente esquema muestra la accin de las enzimas glucgeno fosforilasa


y desramificadora. En cada paso incluya la enzima respectiva.

Basndose en el esquema anterior, haga una breve descripcin de la accin


combinada de las enzimas.

Gluconeognesis
La gluconeognesis es la formacin de carbohidratos a partir de sustancias
que no los son, como el lactato, el glicerol y los aminocidos glucognicos.
Utiliza las mismas reacciones de la gliclisis excepto tres.
El siguiente esquema representa el proceso de gluconeognesis:

Talleres de Bioqumica

210

Las enzimas propias de la gluconeognesis son:


Reaccin inversa de la hexoquinasa

Reaccin inversa de la fosfofructoquinasa

Luz B. Pardo R.

Talleres de Bioqumica

211

Luz B. Pardo R.

Reacciones inversas a la piruvatoquinasa

Los principales compuestos gluconeognicos se muestran en el siguiente


esquema;

Talleres de Bioqumica

212

Luz B. Pardo R.

Para que los aminocidos puedan utilizarse en la gluconeognesis deben ser


desaminados. El amoniaco liberado es transformado en urea para su
eliminacin.

Talleres de Bioqumica

213

Luz B. Pardo R.

Momentos metablicos

La disponibilidad de alimento es un factor de gran importancia en la


determinacin que toma la clula para seguir una determinada va metablica.
En funcin del disponibilidad de nutrientes hay dos momentos metablicos,
fase de alimentacin o absorcin y fase de hambre o postabsorcin. Sobre
estos dos momentos se puede sobreponer una fase de trabajo o de reposo.
Suponga que las fases de absorcin tienen una duracin de 2 horas despus
de terminar de comer.

T4. Suponga que Ud. Se levanta a las 6 de la maana, desayuna a las 7, va


caminado a la Universidad, tiene clases de 8 a 12, Almuerza a las 12 y 30,
tiene clases de 2 a 6, regresa a su casa, reposa hasta las 7 de la noche, come
a las 7, ve televisin de 8 a 9 de la noche, estudia de 9 a 11, se acuesta a
dormir a las 11 y 30.
En el esquema anterior coloque el nmero que identifica las siguientes
actividades que Ud. Realiza.
1. Hace ejercicio durante 30 minutos inmediatamente despus de levantarse
2. Ducha tan pronto termina el ejercicio
3. Desayuno
4. Va caminado a la universidad
5. 10 minutos de descanso antes de la clase de las 8
6. Clase de 8 de la maana
7. Clase de 11 de la maana

Talleres de Bioqumica

214

Luz B. Pardo R.

8. Descanso despus de almuerzo


9 Clase de 3 de la tarde
10. Regresa caminado a la casa
11. Antes de comer
12. ve las noticias de las 8
13. Estudio
14. 12 de la noche
15. 3 de la maana
En la fase de absorcin hay formacin de reservas (glucgeno, triglicridos y
protenas musculares de recambio rpido), en la fase de postabsorcin se
utilizan las reservas como fuente de energa. La cantidad de glucgeno
almacenada es relativamente baja en comparacin con la de triglicridos. La
dieta promedio de los colombianos incluye ms carbohidratos que lpidos y
protenas.

T5. Durante la fase de absorcin, Cul es el principal sustrato energtico?

T6. Cul debe ser el principal sustrato energtico en la fase de


postabsorcin?

T7. El cambio de patrones metablicos en funcin de la disponibilidad de


alimentos esta regulado por factores hormonales. Investigue que hormona(s)
es (son) predominantes (s) durante las fases de absorcin y postabsorcin.
Las siguientes grficas tomadas de: http://www.montignac.com/es/estudiocientifico-sobre-el-metodo-montignac/, muestran los niveles de glucosa e
insulina, En Varios tipos de dieta.

Talleres de Bioqumica

215

Luz B. Pardo R.

T8. De acuerdo con las grficas anteriores, Hay relacin entre los niveles de
glucosa y los de insulina? Estas relaciones, si las hay, varan en funcin de la
dieta seguida?
Funcin metablica de algunos rganos en vertebrados

T9. En el siguiente cuadro, atribuya a los rganos sus funciones principales


(pueden repetirse en diferentes rganos): Absorcin de O2, Aislamiento
trmico, Almacenamiento de energa (grasas), Almacenamiento de energa
(protenas), Biosntesis endocrinas, Biosntesis exocrinas, Control del
organismo, Degradaciones biolgicas, Digestin y absorcin de sustratos,
Elaboracin de seales, Excrecin de productos finales Excrecin de CO2,
Soporte y armazn, Suministro de energa, Trabajo, Transformacin biolgica,
Transmisin de fuerzas, Transporte de HCO3 -, Transporte de O2.
RGANOS

FUNCIONES PRINCIPALES
1.

Intestino

2.

Talleres de Bioqumica

216

Luz B. Pardo R.

1.
2.
Hgado

3.
4.
5

Tejido adiposo

1.
2.

Msculo

1.

esqueltico

2.

M. Cardaco

1.

Eritrocitos

SNC

T. conectivo

Rin

Pulmn

1.
2.
1.
2.
1.
2.
1.
2.
1.
2.

Pncreas

Desde el punto de vista metablico, los diferentes rganos tienen funciones


especficas en cada uno de los momentos metablicos (Absorcin(A) y
Postabsorcin (P))

T10. Complete la siguiente tabla con los rganos que realizan las funciones
incluidas en ella.

Talleres de Bioqumica

217

Luz B. Pardo R.

rgano
Funcin
Absorcin
Absorcin de glucosa Na+ dependiente
Absorcin e hidrlisis de disacridos
Cobertura de necesidades energticas
por oxidacin de glucosa
Cobertura de necesidades energticas
por boxidacin6
Formacin de amonaco
Formacin de cuerpos cetnicos
Formacin de quilomicrones
Formacin de reservas (protenas)
Formacin de urea
Glucogenognesis7
Glucogenlisis8 con glucosa libre
Glucogenlisis sin glucosa libre
Gluconeognesis9
Liplisis
Liponeognesis10
Oxidacin de cuerpos cetnicos
Transformacin de glucosa en lactato

6
7

Oxidacin de cidos grasos

Sntesis de glucgeno
Degradacin de glucgeno
9
Formacin de glucosa a partir de sustancias que no son carbohidratos
10
Sntesis de triglicridos a parir de compuestos que no son lpidos
8

Post Absorcin

Talleres de Bioqumica

218

Luz B. Pardo R.

El glucgeno se sintetiza mediante un modelo de polimerizacin sin plantilla.


La forma activa de la glucosa para la polimerizacin a glucgeno es la UDP glucosa que se forma a partir de glucosa-1-P.

T11. El modelo para la sntesis de glucgeno supone la participacin de las


siguientes enzimas: fosfoglucomutasa, UDPG pirofosforilasa, glucgeno
sintasa, amilotransglicosidasa (enzima ramificadora), siempre y cuando exista
un primer de glucgeno. Mediante un esquema organice la secuencia de las
reacciones de sntesis.
La glucogenina (pm = 37.000) funciona como primer para la sntesis del
glucgeno. La primera etapa es la unin covalente de una glucosa
(transportada en forma de UDP - glucosa) a una tirosina (tir

194

) de la

glucogenina. A continuacin se extiende la cadena de glucgeno naciente por


adicin secuencial de siete unidades ms de glucosa, cada residuo derivado
de UDPG. La adicin de las nuevas unidades de glucosa es autocatalizada
(actividad como glucosil transferasa) por la glucogenina. De este momento en
adelante el proceso de catlisis se hace dependiente de la glucgeno
sintasa, que junto con la enzima ramificadora completa la polimerizacin.
Durante todo el proceso la glucogenina permanece unida a la molcula de
glucgeno.
T12. Represente mediante un esquema la anterior descripcin de la sntesis
de glucgeno.

La formacin de los triglicridos requiere de la disponibilidad de glicerol-P. Los


triglicridos como tales se almacenan en tejido adiposo mas no en hgado. El
hgado exporta los triglicridos sintetizados en forma de Pre b lipoprotenas. El
glicerol-P se puede obtener por reduccin de la dihidroxiacetona-P o por
fosforilacin del glicerol

Talleres de Bioqumica

219

Luz B. Pardo R.

T13. Cules son los posibles orgenes del glicerol-P, qu enzimas se


requieren, y en qu tejidos ocurren cada uno de estos procesos?
Esquema general del metabolismo
En la pgina siguiente se muestra un esquema general del metabolismo.

T14. Mediante qu modelos de procesamiento procede cada una de estas


reacciones?
(Por ejemplo: Reaccin 1 = Activacin)
T15. En el esquema seale las reacciones que:
Requieren ATP.
Generan poder reductor (NADH o NADPH).
Llevan a la formacin de ATP a nivel de sustrato.

Talleres de Bioqumica

220

Luz B. Pardo R.

Ayuno
T16. Durante la fase de hambre el SNC y los eritrocitos requieren 180
gramos de glucosa, de estos el hgado aporta 70 gramos de sus reservas de
glucgeno. De donde proviene el resto de glucosa? Quin hace el mayor
aporte?

Talleres de Bioqumica

221

Luz B. Pardo R.

T17. En el ayuno el SNC disminuye su demanda de glucosa a 44 gramos.


Cul es el principal sustrato energtico para el SNC en esta fase?
T18.Durante el ayuno se produce una cetoacidosis que debe ser controlada
por el NH3, Qu cambios han de producirse en el patrn de gluconeognesis
para evitar la cetoacidosis?
T19.Suponga que un individuo tiene una reserva de grasa de 10 a 15 Kg, y de
2 Kg de protenas, para cuanto tiempo sern suficientes estas reservas?
En Evangelio segn San Mateo, se encuentra la siguiente narracin
1. En aquella sazn, Jess fue conducido del Espritu de Dios al desierto, para
que fuese tentado all por el diablo.
2. Y despus de haber ayunado cuarenta das con cuarenta noches, tuvo
hambre.
3. Entonces, acercndose el tentador, le dijo: "Si eres el Hijo de Dios, di que
esas piedras se conviertan en panes".
4. Mas Jess le respondi: "Escrito est: No slo de pan vive el hombre, sino
de toda palabra o disposicin que sale de la boca de Dios".
5. Despus de esto le transport el diablo a la santa ciudad de Jerusaln, y le
puso sobre lo alto del templo.
6. Y le dijo: "Si eres el Hijo de Dios, chate de aqu abajo; pues est escrito:
Que te ha encomendado a sus ngeles, los cuales te tomarn en las palmas
de sus manos para que tu pie no tropiece contra alguna piedra".
7. Replicole Jess: "Tambin est escrito: No tentars al Seor tu Dios".
8. Todava le subi el diablo a un monte muy encumbrado, y mostrle todos
los reinos del mundo y la gloria de ellos.
9. Y le dijo: "Todas estas cosas te dar si, postrndote delante de m, me
adorares".
10. Respondile entonces Jess: "Aprtate de ah, Satans, porque est
escrito: Adorars al Seor Dios tuyo, y a l slo servirs".
11. Con esto le dej el diablo; y he aqu que se acercaron los ngeles y le
servan.

Talleres de Bioqumica

222

Luz B. Pardo R.

De acuerdo con el versculo 2, Qu perdida de peso debi tener Jess?

Las reservas de un hombre de aproximadamente 70 Kg son:


Triglicridos 10 15 Kg
Protenas 2 Kg
Glucgeno 450 g (En ayuno desaparecen muy rpidamente, el heptico para
mantener el funcionamiento del cerebro y el muscular por actividad motora)

T20. Complete el siguiente cuadro para responder a la pregunta de la prdida


de peso.

Demanda diaria

LPIDOS

PROTENAS

150 g

20g

0,15 mL/g

8 ml/g

Demanda en 40 das
Volumen hidrodinmico11
Peso agua perdida en 40 das

Perdida de peso por consumo de


reservas
Prdida de peso total

T21. Qu es el ndice glicmico de los alimentos y que importancia


tiene? Vea: http://www.nutrinfo.com/pagina/gyt/graficos/glyctabl.pdf

11

Volumen hidrodinmico es la cantidad de agua perdida, en mL, por gramo de


reserva consumido

Talleres de Bioqumica

223

Luz B. Pardo R.

Va de las pentosas fosfato


La va de pentosas es una va metablica de gran importancia, tanto en
absorcin como en postabsorcin, por su capacidad para generar NADPH
(poder reductor) y ribosa necesaria para la sntesis de nucletidos. La va de
pentosas es un proceso colateral a la gliclisis con las siguientes
caractersticas:

Sustrato inicial: Glucosa-6-P

Producto final: CO2 y varios monosacridos (7, 6, 5, 4, o 3 tomos de


carbono)

Estado de oxidacin inicial: Carbonilo

Estado final de oxidacin: CO2 y carbonilos

La forma en que posiblemente se originan estos intermediarios es:

T1. Qu modelo de procesamiento metablico est implicado en la


formacin del compuesto C5 en la va de pentosas?

Los otros compuestos pueden formarse de acuerdo al siguiente esquema:

y algunas otras posibilidades.

Talleres de Bioqumica

224

Luz B. Pardo R.

El esquema general de la va de pentosas, en cuanto al flujo de tomos de


carbono, puede ilustrarse en la siguiente forma:

T2. Cules son las caractersticas de las fases I y II?

T3. Qu modelos de procesamiento estn implicados en al fase II de la va


de pentosas?
T4. De acuerdo con los modelos de procesamiento bioqumico, la ruptura de
enlaces C-C con transferencia requiere un dador y un aceptor. Cules son
las caractersticas de dadores y aceptores?

La fase oxidativa de la va de las pentosas es dependiente del NADP.


El NADPH formado en la fase oxidativa de la va de pentosas es necesario
para la biosntesis de cidos grasos y el mantenimiento de la integridad de las
membranas y otras estructuras celulares.

La transferencia de carbonos en la va de pentosas puede organizarse en tal


forma que los productos finales se utilicen para la sntesis de nucletidos, la
generacin incrementada de NADPH, u otras actividades metablicas.

T5. Mediante esquemas ilustre cmo se organiza la va de pentosas para


incrementar la formacin de NADPH, y cmo para aumentar la disponibilidad
de ribosa?

Talleres de Bioqumica

225

Luz B. Pardo R.

Talleres de Bioqumica

Esquema de la va de las pentosas

226

Luz B. Pardo R.

227

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Fotosntesis

La fuente primaria de la materia viva que existe sobre la tierra es la


fotosntesis.
La fotosntesis es el proceso bioqumico mediante el cual las plantas y algunos
microrganismos reducen el CO2 para formar precursores de carbohidratos.

Sustrato inicial: CO2

Producto final: Hexosa-6-P

Estado de oxidacin inicial: Mximo

Estado final de oxidacin: Carbonilos e hidroxilos

En la fotosntesis es necesario fijar 6 tomos de carbono, por tanto se


necesitan 6 molculas de aceptor, las cuales al final deben recuperarse.

6 CO2 + 5 Pentosas-P

1 Hexosa-P + 5 Pentosas-P

En la fotosntesis como lo demostr Calvin, aparecen compuestos de 3, 4, 5, 6


y 7 tomos de carbono. Antes iniciarse la fijacin de CO2 solo se encuentra
una pentosa. Si la primera reaccin es la fijacin de CO2.

Entonces lo posibles orgenes de los otros intermediarios seran:

Talleres de Bioqumica

228

Luz B. Pardo R.

Para la fotosntesis adems del CO2 es necesario ATP y poder reductor en


forma de NADPH. Estos dos ltimos se generan en reacciones dependientes
de la energa lumnica.

Fase lumnica
Los siguientes grficos ilustran los espectros de absorcin de algunos
pigmentos vegetales y el de accin de la fotosntesis.

T6. Cules son los pigmentos ms importantes en la absorcin de


energa lumnica en la fotosntesis?

Talleres de Bioqumica

229

Luz B. Pardo R.

El siguiente esquema muestra en forma resumida la fase lumnica de la


fotosntesis

PSI = Fotosistema 1, PS II = Fotosistema II

T7. En qu lugar del esquema anterior es posible acoplar la formacin de


ATP?
Fase oscura o Ciclo de Calvin

El aceptor del CO2 en la fase oscura (Ciclo de Calvin) es la Ribulosa-1,5bisfosfato (RUbP). La Ribulosa-5-fosfato se origina en la va de pentosas.

T8. Cmo es posible formar la Ribulosa-1,5-bisfosfato?

Talleres de Bioqumica

230

Luz B. Pardo R.

La fijacin del CO2 en la fotosntesis depende de la accin de una enzima


conocida como rubisco. Se cree que la rubisco es la protena ms
abundante en la naturaleza.

T9. Qu significado tiene el trmino rubisco?


La rubisco funciona tanto en el Ciclo de Calvin como en la foto oxidacin.
T10. Represente el resultado neto de la accin carboxilante de la rubisco
sobre la RUbP
T11. El compuesto que se forma por la escisin del compuesto inestable de 6
carbonos sufre una fosforilacin. Cuales son estos compuestos?
T12.
Uno de los productos de la fase lumnica es utilizado para la reduccin del
compuesto de 3 carbonos bis fosforilado. Cul es esta reaccin?
El producto reducido de 3 carbonos del ciclo de Calvin es el punto de partida
para las reacciones de transferencia de carbono que llevan a la formacin neta
de una hexosa. En la primera de ellas acta una Aldolasa.

T13. Qu debe ocurrir antes de que pueda actuar la Aldolasa? Qu


reaccin cataliza esta Aldolasa?
En la reaccin siguiente la hexosa formada en la reaccin anterior transfiere
carbonos a otra de las molculas aceptoras de 3 carbonos para formar una
tetrosa y una pentosa.
T14. Cules son: dador, aceptor y productos de esta reaccin?

En la reaccin siguiente. Una aldolasa une la tetrosa con una molcula de 3


carbonos.,
T15. Cul es el resultado de esta reaccin?

231

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

El producto de esta reaccin pierde un grupo fosfato por accin de una


fosfatasa. El producto desfosforilado reacciona con una triosa para formar
pentosas fosfato.
T15. Cuales son los sustratos y productos de esta reaccin?

El ciclo termia por la accin de isomerasas y epimerasas que transforman las


pentosas formadas en el precursor inmediato del aceptor de CO2.
Foto oxidacin
La Rubisco, alternativamente a la carboxilacin tiene capacidad para actuar
como oxigenasa, proceso al cual se denomina foto oxidacin

El resultado de la foto oxidacin se muestra en el siguiente esquema:


HO
CH
HO
O

HO

CH

OH

OH
3-P-glicrico

CH2

HO
OH

CH

CH2

OH
C

CH2

Ribulosa-bis-P

OH
O

OH
P
HO

C
C
H2

OH

OH
P-glicolico

El cido fosfo-gliclico es desfosforilado a gliclico y este transferido del


cloroplasto al peroxisoma donde la oxidasa del gliclico es oxidado a cido
glioxlico. La serina y el glioxlico sufren transaminacin.

232

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

T16. Complete la reaccin de transaminacin


O

O
C

H2N

OH

C
C
H

CH
H2C

OH

OH
Transaminacin

Dos molculas de aminocido formado regeneran serina con evolucin de


CO2 y NH3. El cetocido resultante de la transaminacin es reducido a cido
glicrico, el cual puede ser fosforilado por ATP y entra al ciclo de Calvin.
T17. Represente las reacciones descritas anteriormente que llevan a la
formacin del 3-P-glicerato

Apuntes de clase de Bioqumica

233

Esquema de la fase oscura de la fotosntesis

Luz B. Pardo R.

Talleres de Bioqumica

234

Luz B. Pardo R.

Fotosntesis C4 y CAM

Si la fotosntesis C4 se realizara en un solo tipo de clula vegetal el proceso


sera como se muestra en el siguiente esquema

T18. En la fotosntesis C4, qu compuesto cumple una funcin similar a la


de la ribulosa bis fosfato? Qu compuesto es el dador de CO2 para el Ciclo
de Calvin?
Las plantas que realizan fotosntesis C4 son anatmicamente distintas de las
plantas C3, tienen hojas con dos tipos de clulas, las clulas del mesfilo, all
ocurre la fijacin del CO2 para formar cidos de 4 carbonos y clulas de la

Talleres de Bioqumica

235

Luz B. Pardo R.

vaina, en las que se descarboxilan los cidos C4 y se asimila el CO2 va ciclo


de Calvin.

En las plantas CAM, el CO2 es capturado de noche por carboxilacin del PEP
en el citosol. El malato formado se acumula en la vacuola. Durante el da, el
malato es transportado al cloroplasto donde se descarboxila. El CO2 liberado
es fijado por la rubisco. Los estomas de las plantas CAM abren de noche y
permanecen cerrados durante el da.

T19. El metabolismo CAM se realiza en cuatro fases diga cual es el


comportamiento de los estomas y los cambios en los Metabolitos de la
fotosntesis
Fase I Noche:
Fase II Amanecer:
Fase III Da:
Fase IV Anochecer
El siguiente esquema representa la fotosntesis CAM:

236

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

T20. Qu diferencia hay entre las fotosntesis C4 y CAM?

Tabla 4. Ejemplos de los tipos de fotosntesis

Plantas

C3

C4

CAM

Trigo, cebada,
papa, tomate

Maz, sorgo,
cana de
azcar

Pia, cactus

A Corte de la hoja de una planta que realiza fotosntesis C3. B Corte de la hoja
de una planta con anatoma Kranz (espiral en alemn) que realiza fotosntesis
C4. Tomado de:

237

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

http://books.google.com.co/books?id=30uScIaUo94C&pg=PA32&lpg=PA32&dq=anatomia+kranz+plantas&s
ource=bl&ots=uZmDOkRT5-&sig=C1ydYQ3_zlKzVpCYXMYT02caOI&hl=es#v=onepage&q=anatomia%20kranz%20plantas&f=false

La siguiente tabla resume algunas de las principales caractersticas de los tres


tipos de fotosntesis:
Tabla 5. Algunas caractersticas delos tipos de fotosntesis.
Tipo de fotosntesis
C3
Enzima
responsable de la
carboxilacin inicial
Anatoma
Tasa de
fotosntesis
Inhibicin de la
fotosntesis por O2
Hbitat

C4

Cam

Normal

Penolpiruvato
carboxilasa
Kranz

Rubisco y Penolpiruvato
carboxilasa
Suculenta

Media

Alta

Baja

Si

No

Si en el da, No en la
noche

Amplio

reas
tropicales y
hbitats
ridos

Hbitat rido

Rubisco

238

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Subsistema regulador
El xito del metabolismo reside en el hecho de ser este un proceso muy bien
regulado, que puede cambiar fcilmente de un estado catablico a uno
anablico, en funcin de las necesidades el organismo.

La regulacin en general consiste se efecta a nivel de la actividad de las


enzimas. El modelo de regulacin puede ser por modulacin de la actividad de
la enzima, o por sntesis y degradacin de la misma.
Enzima inactiva
Efector

Efector
Enzima activa

Regulacin por modulacin de actividad

No hay enzima
Proteolisis

Proteosntesis
Hay enzima

Regulacin gentica por sntesis de la enzima

La regulacin por modulacin, por existir ya la enzima es de efecto ms rpido


que la regulacin gentica sucede de acuerdo con el modelo del opern
propuesto por Jacob y Monod, caso en el cual hay que sintetizar la enzima.

Comunicacin celular
Todo sistema de comunicacin cuenta con tres elementos indispensables

Talleres de Bioqumica

239

Luz B. Pardo R.

T1. De ejemplos de sistema de comunicacin en que Ud. participe como


emisor, como can al y como receptor
La comunicacin celular se efecta mediante seales qumicas producidas por
una clula y recibidas por otra. Las seales pueden ser hormonas o
neurotransmisores. En funcin de la distancia entre la clula emisora y la
receptora existen al menos tres modelos: comunicacin yuxstacrina,
comunicacin paracrina y comunicacin endocrina.

T2. A qu tipo de comunicacin corresponde cada uno de los esquemas


anteriores?

Regulacin por modulacin de la actividad


Es bien sabido que no todas las enzimas siguen el modelo hiperblico descrito
por Michaelis y Menten. Algunas enzimas llamadas alostricas siguen una
cintica sigmoidal.

Talleres de Bioqumica

240

Luz B. Pardo R.

Los componentes del orden de reaccin son diferentes en las reacciones


catalizadas por enzimas de cintica sigmoidal y de cintica hiperblica.

Figura 2. Comparacin del orden de reaccin entre las enzimas que tienen
cintica hiperblica y sigmoidal.
En la tabla siguiente se muestra el comportamiento cintico de los dos tipos de
enzima en funcin de la concentracin del sustrato.

241

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Comportamiento cintico de las enzimas hiperblicas y sigmoidales.


Orden reaccin por zonas
Tipo de cintica
Hiperblica

I
[A]<Ka
Orden 1

II
[A] Ka
Orden fraccionario

III
[A]>Ka
Orden cero

Sigmoidal

Orden cero

Orden 1

Orden cero

En algunos sistemas enzimticos el producto ejerce una actividad inhibitoria


(competitiva) sobre la reaccin enzimtica (inhibicin isostrica).

Cuando el producto ejerce inhibicin competitiva sobre la enzima, en


presencia del sustrato es necesaria mucha mayor concentracin del sustrato
para conseguir la misma rapidez que en ausencia del producto, al disminuir la
afinidad entre la enzima y el sustrato.

Puesto que la concentracin de sustrato aumenta la rapidez de reaccin y la


de producto la disminuye el sistema se constituye en un circuito de regulacin
sencillo, como ocurrira en el caso de la hexoquinasa

Glucosa + ATP

Glucosa-6-P + ADP

242

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Compuestos que no estn relacionadas estructuralmente con los sustratos


pueden modificar la actividad de las enzimas al fijarse en sitios diferentes al
sitio activo (sitio alostrico) y producir cambios conformacionales que afecten
la afinidad de la enzima y el sustrato.

Los ligandos que modifican alostricamente la actividad de las enzimas


pueden hacerlo mediante un incremento de la afinidad (efectores positivos) o
mediante una disminucin (efectores negativos).

Cuando la concentracin de sustrato se mantiene constante la rapidez efectiva


de la reaccin se modifica grandemente en presencia de los efectores

Ejemplo de este sistema de regulacin es la deshidrogenasa del cido


isoctrico:
cetoglutarato + NADH + CO2

Isocitrato + NAD+
ADP ATP

243

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

Debido a la presencia simultanea de ATP y ADP en casi todos los sistemas


celulares la regulacin de la actividad de la isocitrato deshidrogenasa
depender de la relacin entre ATP / ADP.

Atkinson postul como elemento de gran importancia en el control del


metabolismo la carga energtica, la cual defini como:

Carga Energetica

ATP 0,5ADP
ATP ADP AMP

El valor de la carga energtica vara entre 1, cuando solamente hay ATP y


cero cuando solamente se encuentra AMP.

Cuanto menor sea la carga energtica, mayor ser la tendencia a realizar


metabolismo energtico (hexoquinasa, fosfofructoquinasa, piruvatoquinasa,
isocitratodeshidrogenasa) y menor el de trabajo (citrato liasa ATP
dependiente, fosforribosilpirofosfato sintetasa), y cuanto ms se aproxime a
uno la carga energtica, mayor ser el metabolismo de trabajo y menor el
energtico. In vivo, cuando la carga energtica es 0,8 se tiende al equilibrio
entre metabolismo energtico y metabolismo de trabajo.

Algunas enzimas claves del metabolismo pueden ser reguladas por


modificaciones catalizadas por otras enzimas.

El circuito bsico de regulacin en muchos caso esta mediado por


modificaciones qumicas de las enzimas, usualmente mediadas por protena
quinasas. Para que el control sea efectivo, las enzimas anablicas deben
tener comportamiento contrario a las catablicas Un ejemplo de modificacin
qumica introducida por otras enzimas es la fosforilacin de grupos OH de
serina o tirosina, catalizada por proteinaquinasas. En dado sistema de

Talleres de Bioqumica

244

Luz B. Pardo R.

regulacin, si la forma activa es la fosforilada, la inactiva ser la no fosforilada


o viceversa. El regreso a formas no fosforiladas depende de la accin de
fosfatasas generalmente sensibles a hormonas o a ciertos metabolitos.

Sentido catablico

Sentido anablico

Con el fin de amplificar las seales de control, frecuentemente, se utilizan


segundos mensajeros. Si la accin sobre el control del metabolismo fuese
directamente por las seales originales (primeros mensajeros), sera
necesario un gran nmero de molculas ya que la relacin entre seal y
enzima regulable sera de 1 : 1. Si el primer mensajero interacta con una
enzima modificadora, la enzima modificadora puede amplificar muchas veces
la seal, debido a su accin cataltica.

En todo conjunto de reacciones coordinadas, existe por lo menos una enzima


limitante de la rapidez de la va, la cual usualmente es objeto de un proceso
de regulacin. Cuando un sustrato puede metabolizarse por dos vas
diferentes, a igualdad de actividad (Vm) la enzima con mayor afinidad (menor
Ka) metaboliza ms sustrato. A igualdad de afinidad, sintetiza ms sustrato
aquella con mayor actividad.

La transduccin de seales en los circuitos de regulacin hormonal,


usualmente, esta mediada por las protenas G, reciben este nombre por
cambios estructurales inducidos por el GTP.

Talleres de Bioqumica

245

Luz B. Pardo R.

En estado basal las protenas G trimricas estn asociadas con GDP y el


efector se encuentra inactivo. El ligando se une al receptor especfico, el cual
sufre un cambio conformacional que induce el remplazo de GDP por GTP y la
separacin de la subunidad alfa, la cual se desplaza al efector inactivo
produciendo su activacin. Para regresar al estado basal, se hidroliza el GTP
a GDP y Pi. La subunidad alfa regresa a asociarse con las subunidades beta y
gama. Uno de los efectores mas utilizados es la adenil ciclasa. El modelo mas
frecuente de regulacin es el siguiente:

Talleres de Bioqumica

246

Luz B. Pardo R.

Regulacin de la Gliclisis
Debido a que la principal funcin de la gliclisis es la produccin de ATP, esta
va solo debe funcionar cuando Se requiere ATP. El sitio de regulacin ms
importante de la va es una enzima alostrica, la fosfofructoquinasa I.
Las enzimas alostricas pueden encontrarse en uno de dos estados
denominados R (relajado) y T (tenso). La forma R presenta ms afinidad por el
sustrato y por tanto muestra ms actividad. Hay compuestos que tienden a
estabilizar las formas R y construyen efectores alostricos positivos. Los que
se unen a las formas T, disminuyen la afinidad por el sustrato y por tanto la
actividad enzimtica, a estas molculas se les denomina efectores negativos.
La fosfofructoquinasa presenta dos sitios de unin para el ATP, uno es el sitio
de unin del sustrato y el otro el regulatorio. El ATP se puede unir al sitio

Talleres de Bioqumica

247

Luz B. Pardo R.

activo (sitio de unin) tanto en la forma T como a la R; mientras que solo se


puede unir al sitio inhibitorio cuando la enzima esta en la forma T, El otro
sustrato, la fructosa-6-fosfato, solo se puede unir a la forma R.

Las formas T y R se encuentran en equilibrio, concentraciones altas de ATP


desplazan el equilibrio hacia la forma T, lo cual disminuye la andinidad por la
fructosa-6-P.

La inhibicin se revierte por AMP, el cual se une preferentemente a la forma R.


Esto sucede en ejercicio vigoroso. La gran necesidad de ATP hace que este
se forme a partir de ADP mediante la adenilato quinasa que cataliza la
reaccin:

Talleres de Bioqumica

248

Luz B. Pardo R.

En el estado basal el ATP, ADP y AMP se encuentran en relacin 50:10:1. La


accin de la adenilato quinasa aumenta 400 veces la concentracin basal de
AMP.
Bajo condiciones aerbicas el piruvato derivado de la gliclisis entra a la
mitocondria, se transforma en acetil CoA y abastece el ciclo de Krebs. Cuando
el ciclo de Krebs esta saturado por la disponibilidad de gran cantidad de acetil
CoA, es necesario disminuir su concentracin.

El exceso de citrato es

exportado al citoplasma y se convierte en modulador de la glicolisis al unirse


preferencialmente a la forma T de la fosfofructoquinasa I, lo cual inactiva la
enzima.

Otro regulador de la glicolisis es la fructosa-2,6-bisfosfato que se une a la


forma R de la fosfofructoquinasa, por lo cual funciona como efector positivo al

249

Talleres de Bioqumica

Luz B. Pardo R.

aumentar la afinidad de la enzima por la fructosa-6-fosfato. Este compuesto


disminuye la accin inhibitoria del ATP
La fosfofructoquinasa II (PFQ2) es una enzima bifuncional, en la forma
fosforilada acta como fosfatasa de la fructosa-2,6-bisfosfato y en la forma no
fosforilada como quinasa de la fructosa-6-P. El cambio de estado no
fosforilado a fosforilado esta< catalizado por una protena quinasa que a su
vez es activada por AMP cclico que es el segundo mensajero de la adrenalina
y el glucagn.
Proteina quinasainactiva

ATP

AMPc

ADP

Proteina quinasaACTIVA
PFQ2OH
Acta como
quinasa

PFQ2P
Acta como
fosfatasa

Talleres de Bioqumica

250

Luz B. Pardo R.

Como puede verse en el esquema anterior la fructosa-2,6-bisfosfato, acta


como regulador tanto de la gluclisis al activar la fosfofructoquinasa como de
la gluconeognesis al inactivar la fosfatasa de la fructos-1,6-bisfosfato.
Regulacin de la glucogenlisis y glucogenognesis.
Para que el sistema de regulacin del metabolismo del glucgeno sea
eficiente es necesario que si las enzimas de la glucogenlisis se activan, las
de la glucogenognesis se inactiven y viceversa, todo bajo el mismo sistema
de control, es decir que con una misma seal se regulen los dos procesos,
La activacin e inactivacin de las enzimas del metabolismo del glucgeno
esta mediada por protenas quinasas cuyo papel se muestra en el siguiente
esquema.

Talleres de Bioqumica

251

Luz B. Pardo R.

En la glucogenlisis participan dos enzimas: la enzima desramificadora y la


fosforilasa. La desramificadora realiza dos procesos uno como glicosil
transferasa y otro como glicosidasa.

La fosforilasa rompe enlaces alfa 1-4 de las ramificaciones del glucgeno


hasta dejar 4 subunidades en la cadena

Talleres de Bioqumica

252

Luz B. Pardo R.

Cuando quedan 4 subunidades de glucosa en la ramificacin, la enzima


desramificadora transfiere 3 a otra rama de la cadena mediante su actividad
de glucosil transferasa y luego mediante su accin glicosidasa rompe el
enlace alfa 1,6 que una a la cadena principal la subunidad de glucosa
remanente de la ramificacin.

Talleres de Bioqumica

253

Luz B. Pardo R.

La glucgeno fosforilasa es un dmero de subunidades iguales que puede


presentase en estado Tenso (T, menos activo) o Relajado (R, ms activo) L
enzima fija el glucgeno cuando esta en estado R, esta conformacin se
favorece en presencia de ADP y se desfavorece en presencia de ATP o
glucosa-6-P. La enzima se modula por fosforilacin dependiente de la
fosforilasa quinasa

En la sntesis del glucgeno, adems de la glucogenina, participan 2 enzimas


tambin participan dos enzimas: la glucgeno sintasa y la enzima
ramificadora. La glucgeno sintasa la cual adiciona glucosas provenientes de
la UDP-glucosa al extremo no reductos de una cadena de glucgeno.

Talleres de Bioqumica

254

Luz B. Pardo R.

Las ramificaciones alfa 1-6 son catalizadas por la enzima amilo-(1,41,6)transglicosilasa, tambin denominada enzima ramificadora. Esta enzima
transfiere un fragmento terminal de 6 o 7 residuos de glucosa a una residuo
interno.

Regulacin gentica
La regulacin gentica funciona de acuerdo con los postulados de Jacob y
Monod conocidos como Teora del Opern. El Opern esta constituido por
tres tipos de genes: El Gene Regulador (GR) que se transcribe para codificar
una protena represora, el Gene Operador (GO) que contiene el sitio de

Talleres de Bioqumica

255

Luz B. Pardo R.

fijacin para la RN A polimerasa y uno o ms Genes Estructurales (GE) que se


transcriben a un mensajero policistrnico que codifica las enzimas reguladas.
Induccin
La protena represora normalmente se encuentra activa y se une a la regin
del operado con lo cual impide la fijacin de la RNA polimerasa y en
consecuencia no hay transcripcin y por lo tanto no se sintetizaran las
enzimas.

Cuando se hace presente el inductor, este se une a la protena represora que


ahora es incapaz de unirse al operador, en consecuencia la RNA polimerasa
se puede unir a esta regin y transcribir la informacin de los genes
estructurales para sintetizar las enzimas inducidas.

Talleres de Bioqumica

256

Luz B. Pardo R.

Represin
Tambin existe un modelo Opern para< explicar< la represin de la sntesis
de algunas enzimas.
T3. Con los mismos componentes empleados para la induccin enzimtica
describa como funcionara el modelo de represin enzimtica.
T4. Investigue y cite al menos dos ejemplo de induccin y represin
enzimticas