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ISSN 0025-7680
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ARTICULO ESPECIAL
MEDICINA GENOMICA
APLICACIONES DEL POLIMORFISMO DE UN NUCLEOTIDO Y MICROMATRICES DE ADN
MONICA P. SPALVIERI1, ROSA G. ROTENBERG2
1
Resumen
Esta actualizacin tiene por objeto difundir un nuevo enfoque de las variaciones del ADN entre
individuos y comentar las nuevas tecnologas para su deteccin. La secuenciacin total del genoma
humano es el comienzo para conocer la diversidad gentica. La unidad de medida reconocida de esta variabilidad es el polimorfismo de un solo nucletido (single nucleotide polymorphism o SNP). El estudio de los SNPs
est restringido a la investigacin pero las numerosas publicaciones sobre el tema hacen vislumbrar su entrada en la prctica clnica. Se presentan ejemplos del uso de SNPs como marcadores moleculares en la
genotipificacin tnica, la expresin gnica de enfermedades y como potenciales blancos farmacolgicos. Se
comenta la tcnica de las matrices (arrays) que facilita el estudio de mltiples secuencias de genes mediante
chips de diseo especfico. Los mtodos convencionales analizan hasta un mximo de 20 genes, mientras que
una sola micromatriz provee informacin sobre decenas de miles de genes simultneamente con una
genotipificacin rpida y exacta. Los avances de la biotecnologa permitirn conocer, adems de la secuencia
de cada gen, la frecuencia y ubicacin exacta de los SNPs y su influencia en los comportamientos celulares. Si
bien la validez de los resultados y la eficiencia de las micromatrices son an controvertidos, el conocimiento y
caracterizacin del perfil gentico de un paciente impulsar seguramente un cambio radical en la prevencin,
diagnstico, pronstico y tratamiento de las enfermedades humanas.
Palabras clave: SNP, polimorfismo, micromatriz, genotipificacin, farmacogenmica
Abstract
Aceptado: 8-VI-2004
polimorfismo es an menor, alrededor del 0.1%. Ello representa 3x106 pares de bases susceptibles de presentar
cambios de un solo nucletido o el de polimorfismos mltiples. El 90% de la diversidad fenotpica humana proviene de las variaciones heredadas en una sola base o single nucleotide polymorphism (SNP)2. Es la menor alteracin que puede experimentar la secuencia de ADN de un
individuo, y se origina por el intercambio recproco de los
nucletidos: adenina, citosina, timina o guanina. Es el ms
comn de los polimorfismos. Si no superan el 1% de inci-
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POLIMORFISMOS Y MICROMATRICES
SNPs de la transferrina
La transferrina (TF) es la protena circulante encargada
de transportar el hierro (Fe) en el organismo. Posee la
capacidad de trasladarlo desde los sitios de absorcin
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intestinal o de almacenamiento hacia las clulas especficas que lo requieren, o para integrar las reservas de Fe
bajo la forma de ferritina o hemosiderina.
Si bien se han descripto variantes gnicas de TF humana, es poco lo que se sabe acerca de sus diferencias
funcionales. Sin embargo, el anlisis de los genes
involucrados en el metabolismo del Fe sugiere que determinados SNPs podran contribuir a caracterizar tanto
la predisposicin a las deficiencias como a las sobrecargas de Fe en el humano19.
Kasvosve y col estudiaron selectivamente una etnia de
Zimbabwe que presenta un mayor riesgo para la sobrecarga de Fe debido al consumo ritual de cierta bebida alcohlica20. El uso de recipientes de hierro sin galvanizar
en la elaboracin casera de la bebida contribuye a que
esta poblacin tenga la prevalencia de sobrecarga de Fe
ms alta del mundo. A pesar de esta costumbre tradicional, estos individuos modulan el nivel de Fe circulante
mediante una adaptacin de los factores genticos
involucrados, especialmente en relacin con las variantes
de TF presentes. Algunas investigaciones mencionan 77
potenciales SNPs para la TF pero pocos han sido validados por secuenciacin del ADN correspondiente21.
Los fenotipos de TF ms estudiados e identificados
por electroforesis capilar, corresponden a la forma C, que
es la ms frecuente y las variantes B andica y D catdica.
La combinacin de estos alelos origina los diferentes
haplotipos de TF hallados en distintas poblaciones22. El
homocigota CC es la forma casi exclusiva en los
caucsicos, mientras que existe una alta frecuencia de
individuos heterocigotas CD en distintas regiones de Africa (Zimbabwe, Ruanda, Mozambique) y algunas regiones sudamericanas. La presencia del alelo D le confiere
a la TF una diferencia funcional para transportar Fe, con
valores de Fe srico, TIBC (transferrin iron binding
capacity), saturacin de TF e ndice Fe srico/TF, significa-tivamente ms bajos que los homocigotas CC. La
relacin Fe/TF determina la capacidad de unin del Fe a
las distintas variantes de TF. Esta fraccin, aislada por
dilisis, indica la cantidad de Fe que puede ser unido y
transportado por la protena y ha sido confirmada por
experiencias in vitro.
El oeste de Africa y la zona Bant tienen la mayor
frecuencia del alelo D y coinciden con las poblaciones
de riesgo para la sobrecarga de Fe. Sin embargo, llama
la atencin que la poblacin negra de EE.UU. presenta
una frecuencia baja, cercana al 10%, de fenotipo CD23.
La existencia de homocigotas DD sera poco viable y
desventajosa genticamente pues impedira casi en su
totalidad el transporte de Fe. La literatura informa el hallazgo de solamente un individuo con haplotipo DD, en
una familia aborigen australiana.
La ausencia de homocigotas DD de TF y la diferencia
de saturacin entre los distintos fenotipos, aportan mu-
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POLIMORFISMOS Y MICROMATRICES
Micromatrices de ADN
La progresiva evolucin del Proyecto Genoma Humano
constituye uno de los ejes centrales que impulsan el desarrollo de nuevas tecnologas moleculares. Su objetivo
primordial consiste en acelerar la deteccin de anomalas gnicas potencialmente utilizables como marcadores31. Si bien ya desde la dcada del 80, fueron usados
exitosamente con ese fin el anlisis de los polimorfismos
de restriccin, la hibridizacin, la espectroscopia de masa
y la secuenciacin, todos ellos constituyen mtodos largos y laboriosos.
La tcnica de las micromatrices, iniciada en 1995,
permite estudiar simultneamente mltiples secuencias
de un gen en forma confiable y eficiente.
1) Diseo o construccin de la matriz (array): consiste
en fijar, mediante tcnica robtica, nfimas cantidades
de secuencias conocidas de cidos nucleicos, del orden
de los nanolitros, sobre plataformas adecuadas que generalmente no superan el tamao de un portaobjeto o
tarjeta. Estas colecciones de ADN o DNA-arrays se preparan depositando oligonucletidos (oligoNT), ADN complementario (cADN) o ADN genmico (gADN) pre-seleccionados que luego se fijan qumicamente a la fase slida (spotting)32. Otros mtodos construyen las secuencias de oligoNT in situ mediante tcnicas electroqumicas
o de fotolitografa, obtenindose de ese modo los llamados DNA-chips, chips genticos o biochips33. Genricamente todos son denominados micromatrices o
microarrays (MA) y pueden ser acondicionados sobre
membranas, vidrios o superficies slidas no porosas.
Existen marcas registradas que utilizan bases de geles
acuosos 3D, asegurando que este medio permite la mxima interaccin entre las fases reactivas34. Cada uno de
los soportes descriptos admite distinto nmero de grillas
y en consecuencia de zonas de reaccin. La fase slida
fotolitogrfica presenta la mayor capacidad: de 50.000 a
250.000 blancos posibles.
De acuerdo al tamao de las secuencias empleadas,
los MA sern de alta o baja densidad. Los primeros estn preparados con cADN, pueden tener hasta varias
kilobases de longitud y generalmente son los productos
amplificados y generados por PCR a partir de bibliotecas de cADN o colecciones de clones33. Los de baja densidad emplean fragmentos pequeos de ADN u oligoNT
cortos (20-25 bases) o largos (50-80 bases) presintetizados o de sntesis in situ. Algunas empresas comercializan sistemas optimizados para distintas especies:
humana, rata y ratn. Otras ofrecen disear la matriz a
pedido, construyendo el oligoNT solicitado, cuando los
existentes en el comercio no cumplen con los requerimientos del investigador34.
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Fig. 1. Esquema de la utilizacin de las matrices con ARN proveniente de muestras y testigos, realizando una o dos transcripciones reversas segn el tipo de matriz empleada. Las seales fluorescentes
derivadas del impacto laser son escaneadas y analizadas mediante sistemas de bioinformtica y
estadstica36.
F1 (Cy3) y F2 (Cy5): distintas seales fluorescentes provenientes de cada una de las cadenas simples de cADN obtenidas por transcripcin reversa del ARN a analizar.
a) Ensayo con dos seales fluorescentes provenientes de una matriz.
b) Ensayo con una sola seal.
Aplicaciones
a. Tipificacin molecular de enfermedades
La identificacin de genes clnicamente relevantes ya permite redefinir muchas enfermedades en funcin de la relacin genotipo-fenotipo. Es factible que esta novel clasificacin molecular-gentica de la enfermedad establezca ca-
tegoras slo basadas en la modulacin de genes individuales, que actuaran adems como factores predictivos,
permitiendo un mejor abordaje teraputico en cada caso37.
Este aspecto posee una inminente aplicacin en el campo
de la oncologa: la existencia de una especie de "firma
transcripcional" que actuara como impresin digital, estableciendo la contribucin de ciertos genes propios al estado de salud o al riesgo de contraer cncer38-40.
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539
540
Bibliografa
1. Hellmann I, Zollner S, Enard W, Ebersberger I, Nickel
B, Paabo S. Selection on human genes as revealed by
comparisons to chimpanzee cDNA. Genome Res 2003;
13: 831-7.
2. Taillon Miller P, Piernot EE, Kwok PY. Efficient approach
to unique single-nucleotide polymorphism discovery.
Genome Res 1999; 9: 499-505.
3. Wang DG, Fan JB, Siao CJ, et al. Large-scale identification, mapping and genotyping of single nucleotide
polymorphisms in the human genome. Science 1998;
280: 1077-82.
4. Gould-Rothberg BE. Mapping a role for SNPs in drug
development. Nat Biotechnol 2001; 19: 209-11.
5. Irizarry K, Kustanovich V, Li C, Brown N, et al. Genomewide analysis of single nucleotide polymorphisms in human
expressed sequences. Nat Genet 2000; 26: 233-6.
POLIMORFISMOS Y MICROMATRICES
541
27.
28.
29.
30.
31.
32.
33.
34.
35.
36.
37.
38.
39.
40.
41.
42.
43.
44.
45.
46.
and reliable method for cytochrome P450 2D6 genotyping. Clin Chem 2002; 48: 1412-7.
Bertilsson L: Geographical/ interracial differences in
polymorphic drug oxidation. Clin Pharmacokinet 1995;
29: 192-209.
Kaye CM, Nicholls B. Clinical pharmacokinetics of
ropinirole. Clin Pharmacokinet 2000; 39: 243-54.
Sapone A, Affatato A, Canistro D, et al. Induction and
suppression of cytochrome P450 isoenzymes and generation of oxygen radicals by procymidone in liver, kidney
and lung of CD1 mice. Mutat Res 2003; 527: 67-80.
El-Rayes BF, Ali S, Heilbrun LK, et al. Cytochrome p450
and glutathione transferase expression in human breast
cancer. Clin Cancer Res 2003; 9: 1705-9.
Dennis C. Special section on human genetics. The rough
guide to the genome. Nature 2003; 425: 758-9.
Okamoto T, Suzuki T, Yamamoto N. Microarray fabrication with covalent attachment of DNA using bubble jet
technology. Nat Biotechnol 2000; 18: 438-41.
Lipshutz RJ, Fodor SP, Gingeras TR, Lokhart DJ. High
density synthetic oligonucleotide arrays. Nat Genet 1999;
21: 20-4.
Tan PK, Downey TJ, Spitznagel EL, et al. Evaluation of
gene expression measurements from commercial
microarray platforms. Nucl Ac Res 2003; 31: 5676-84.
UCSD School of Medicine. Array Science. http://
www.array.ucsd.edu/hapi/
Schultze A, Downward J. Navigating gene expression
using microarrays- a technology review. Nature Cell
Biology 2001; 3: 190-5.
Liefers GJ, Tollenaar RA. Cancer genetics and their
application to individualized medicine. Eur J Cancer
2002; 38: 872-9.
Su AL, Welsh JB, Sapinoso LM, et al. Molecular
classification of human carcinomas by use of gene
expression signatures. Cancer Res 2001; 61: 7388-93.
Macgregor PF, Squire JA. Application of microarrays to
the analysis of gene expression in cancer. Clin Chem
2002; 48: 1170-7.
Lynch HT, de la Chapelle A. Genomic medicine:
hereditary colorectal cancer. N Engl J Med 2003; 348:
919-32.
Bayani J, Brenton JD, Macgregor PF, et al. Parallel
analysis of sporadic primary ovarian carcinomas by
spectral karyotyping, comparative genomic hybridization
and expression microarrays. Cancer Res 2002; 62:
3466-76.
Shridhar V, Sen A, Chien J, et al. Identification of
underexpressed genes in early and late-stage primary
ovarian tumors by suppression subtraction hybridization.
Cancer Res 2002; 62: 262-70.
Chu LW, Troncoso P, Johnston DA, Liang JC. Genetic
markers useful for distinguishing between organ-confined
and locally advanced prostate cancer. Genes Chromosomes Cancer 2003; 36: 303-12.
Okutsu J, Tsunoda T, Kaneta Y, et al. Prediction of
chemosensitivity for patients with acute myeloid leukemia, according to expression levels of 28 genes selected
by genome-wide complementary microarray analysis. Mol
Cancer Ther 2002; 1: 1035-42.
Luo J, Duggan DJ, Chen Y, et al. Human prostate cancer
and benign prostatic hyperplasia: molecular dissection
by gene expression profiling. Cancer Res 2001; 61:
4683-8.
Kihara C, Tsunoda T, Tanaka T, et al. Prediction of
sensitivity of esophageal tumors to adyuvant chemotherapy by cNDA microarrays analysis of gene-expression
profiles. Cancer Res 2001; 61: 6474-9.
542
47. Chen JS, Coustan-Smith E, Suzuki T, et al. Identification of novel markers for monitoring minimal residual
disease in acute lymphoblastic leukemia. Blood 2001; 97:
2115-20.
48. Prix L, Uciechowski P, Bckmann B, Giesing M, Schuetz
AJ. Diagnostic biochip array for fast and sensitive
detection of K-ras mutations in stool. Clin Chem 2002;
48: 428-35.
49. Zammatteo N, Lockman L, Brasseur F, et al. DNA
microarray to monitor the expression of MAGE-A genes.
Clin Chem 2002; 48: 25-34.
50. Keyhan G, Jennifer R, Wang J, Miller D, McManus R,
Hegele R. Gene-drug interaction: additive influence of
mutant APOA1 and testosterone on plasma HDLColesterol. Clin Biochem 2002; 35: 341-6.
51. Baima B, Sticherling M. Apoptosis in different cutaneous
manifestations of lupus erythematosus. Br J Dermatol
2001; 144: 958-66.
52. Hwang JJ, Allen PD, Tseng GC, et al. Microarray gene
expression profiles in dilated and hypertrophic cardiomyopathic end-stage heart failure. Physiol Genomics
2002; 10: 31-44.
53. Keshelava N, Zuo JJ, Chen P, et al. Loss of p53 function
confers high-level multidrug resistance in neuroblastoma
cell lines. Cancer Res 2001; 61: 6185-93.
54. Sarwal M, Chua MS, Kambham N, et al. Molecular
heterogeneity in acute renal allograft rejection identified
by DNA microarray profiling. N Engl J Med 2003; 349:
125-38.
55. Lucking CB, Chesneau V, Lohmann E, et al. Coding
polymorphisms in the parkin gene and susceptibility to
Parkinson disease. Arch Neurol. 2003; 60: 1253-6.
56. Borie C, Gasparini F, Verpillat P, et al. French
Parkinsons disease genetic study group. Association
study between iron-related genes polymorphisms and
Parkinsons disease. J Neurol 2002; 249: 801-4.
57. Bennett DA, Wilson RS, Schneider JA, et al. Apolipoprotein E epsilon4 allele, AD pathology, and the clinical
expression of Alzheimers disease. Neurology 2003; 60:
246-52.
58. Dobrindt U, Agerer F, Michaelis K, et al. Analysis of
59.
60.
61.
62.
63.
64.
65.
66.
67.
68.
69.
70.
---II
Para dialogar,
preguntad, primero:
despus. . . escuchad
Antonio Machado (1875-1938)
Nuevas Canciones (1917-1930). CLXI.-Proverbios y cantares.
En: Poesas. Buenos Aies: Losada, 1995, p 213