Inhibidor enzimtico

inhibidor redirige aqu. Para otras acepciones, vase perturbador.

Modelo estructural de la proteasa del virus del SIDA unida a un inhibidor de la proteasa, el ritonavir. La
estructura de la proteasa se muestra mediante cintas de color rojo, azul y amarillo, mientras que el inhibidor es
representado por una estructura de esferas y varillas cerca del centro de la proteasa. Modelo creado a partir
del PDB 1HXW.
Los inhibidores enzimticos son molculas que se unen a enzimas y disminuyen
su actividad. Puesto que el bloqueo de una enzima puede matar a unorganismo patgeno o
corregir un desequilibrio metablico, muchos medicamentos actan como inhibidores
enzimticos. Tambin son usados como herbicidasy pesticidas. Sin embargo, no todas las
molculas que se unen a las enzimas son inhibidores; los activadores enzimticos se unen a
las enzimas e incrementan su actividad.
La unin de un inhibidor puede impedir la entrada del sustrato al sitio activo de la enzima y/u
obstaculizar que la enzima catalice su reaccin correspondiente. La unin del inhibidor puede
ser reversible o irreversible. Normalmente, los inhibidores irreversibles reaccionan con la
enzima de forma covalente y modifican su estructura qumica a nivel de residuos esenciales
de los aminocidos necesarios para la actividad enzimtica. En cambio, los inhibidores
reversibles se unen a la enzima de forma no covalente, dando lugar a diferentes tipos de
inhibiciones, dependiendo de si el inhibidor se une a la enzima, al complejo enzima-sustrato o
a ambos.
Muchos medicamentos son inhibidores enzimticos, por lo que su descubrimiento y mejora es
un campo de investigacin activo en la bioqumica y lafarmacologa. La validez de un inhibidor
enzimtico medicinal suele venir determinada por su especificidad (su incapacidad de unirse a
otras protenas) y su potencia (su constante de disociacin, la cual indica la concentracin
necesaria para inhibir a una enzima). Una alta especificidad y potencia asegura que el
medicamento va a tener pocos efectos secundarios y por tanto una baja toxicidad.
Los inhibidores enzimticos tambin son usados en la naturaleza y estn implicados en la
regulacin del metabolismo. Por ejemplo, las enzimas en una ruta metablica pueden ser
inhibidas por los productos resultantes de sus respectivas rutas. Este tipo de retroalimentacin
negativa retarda el flujo a travs de la ruta cuando los productos comienzan a acumularse y es
una manera importante de mantener la homeostasis en una clula. Otros inhibidores
enzimticos celulares son protenas que se unen especficamente e inhiben una diana
enzimtica. Esto puede ayudar a controlar enzimas que pueden ser dainas para la clula,
como las proteasas o nucleasas. Un buen ejemplo es el inhibidor de la ribonucleasa, que se
une a esta enzima en una de las interacciones protenaprotena ms fuertes
conocidas.
1
Como inhibidores enzimticos naturales tambin cabe destacar losvenenos, que
son usados como defensa contra los depredadores o como forma de matar a una presa.
ndice
[ocultar]
1 Inhibidores o sustratos reversibles
o 1.1 Tipos de inhibidores reversibles
o 1.2 Descripcin cuantitativa de la inhibicin reversible
o 1.3 Medicin de las constantes de disociacin en un inhibidor reversible
o 1.4 Casos especiales
o 1.5 Ejemplos de inhibidores reversibles
2 Inhibidores irreversibles
o 2.1 Tipos de inhibiciones irreversibles
o 2.2 Anlisis de la inhibicin irreversible
o 2.3 Casos especiales
o 2.4 Ejemplos de inhibidores irreversibles
3 Descubrimiento y diseo de inhibidores
4 Aplicaciones de los inhibidores
o 4.1 Frmacos
o 4.2 Control metablico
o 4.3 Inhibidores artificiales
4.3.1 Inhibidores de la acetilcolinesterasa
4.3.2 Herbicidas
4.3.3 Desinfectantes
o 4.4 Venenos naturales
5 Vase tambin
6 Referencias
7 Enlaces externos
Inhibidores o sustratos reversibles[editar]
Los inhibidores reversibles se unen a las enzimas mediante interacciones no covalentes tales
como los puentes de hidrgeno, las interacciones hidrofbicas y los enlaces inicos. Los
enlaces dbiles mltiples entre el inhibidor y el sitio activo se combinan para producir una
unin fuerte y especfica. Al contrario de lo que ocurre con el sustrato y los inhibidores
irreversibles, los inhibidores reversibles generalmente no experimentan reacciones qumicas
cuando se unen a la enzima y pueden ser eliminados fcilmente por dilucin o por dilisis.
Tipos de inhibidores reversibles[editar]

Inhibicin competitiva: el sustrato (S) y el inhibidor (I) compiten por el sitio activo (cavidad de la enzima).
Existen tres tipos de inhibidores reversibles. Se clasifican en base al efecto producido por la
variacin de la concentracin del sustrato de la enzima en el inhibidor.
2

En la inhibicin competitiva, el sustrato y el inhibidor no se pueden unir a la misma
enzima al mismo tiempo, como se muestra en la figura de la derecha. Esto generalmente
ocurre cuando el inhibidor tiene afinidad por el sitio activo de una enzima en el que
tambin se une el sustrato; el sustrato y el inhibidor compiten para el acceso al sitio activo
de la enzima. Este tipo de inhibicin se puede superar con concentraciones
suficientemente altas del sustrato, es decir, dejando fuera de competicin al inhibidor. Los
inhibidores competitivos son a menudo similares en estructura al sustrato verdadero (ver
ejemplos expuestos ms abajo).
En la inhibicin no competitiva,es una forma de inhibicin mixta donde la unin del
inhibidor con la enzima reduce su actividad pero no afecta la unin con el sustrato. Como
resultado, el grado de inhibicin depende solamente de la concentracin de inhibidor.
La inhibicin mixta, el inhibidor se puede unir a la enzima al mismo tiempo que el
sustrato. Sin embargo, la unin del inhibidor afecta la unin del sustrato, y viceversa. Este
tipo de inhibicin se puede reducir, pero no superar al aumentar las concentraciones del
sustrato. Aunque es posible que los inhibidores de tipo mixto se unan en el sitio activo,
este tipo de inhibicin resulta generalmente de un efecto alostrico donde el inhibidor se
une a otro sitio que no es el sitio activo de la enzima. La unin del inhibidor con el sitio
alostrico cambia la conformacin (es decir, la estructura terciaria o la forma
tridimensional) de la enzima de modo que la afinidad del sustrato por el sitio activo se
reduce.
Descripcin cuantitativa de la inhibicin reversible[editar]
La inhibicin reversible puede ser descrita cuantitativamente en trminos de la unin del
inhibidor a la enzima y al complejo enzima-sustrato, y sus efectos en las constantes
cinticasde la enzima. En el esquema clsico de Michaelis-Menten mostrado abajo, una
enzima (E) se une a su sustrato (S) para formar el complejo enzima-sustrato (ES). En la
catlisis, este complejo se rompe para liberar el producto (P) y la enzima (E). El inhibidor (I)
puede unirse tanto a (E) como a (ES) con las constantes de disociacin K
i
o K
i
',
respectivamente.
Los inhibidores competitivos se
pueden unir a (E), pero no a (ES). La
inhibicin competitiva aumenta el valor
de K
m
(es decir, el inhibidor interfiere
con la unin del sustrato), pero no afecta
a la V
max
(el inhibidor no obstaculiza la
catlisis en (ES) porque no se puede
unir a (ES)).
3

Los inhibidores no
competitivos tienen afinidades
idnticas por (E) y (ES) (K
i
= K
i
'). La
inhibicin no competitiva no cambia
la K
m
(es decir, no afecta a la unin del
sustrato) pero disminuye la V
max
(es
decir, la unin del inhibidor obstaculiza
la catlisis).
3

Los inhibidores de tipo mixto se unen
tanto a (E) como a (ES), pero sus
afinidades por estas dos formas de
enzimas son distintas (K
i
K
i
'). Por lo
tanto, los inhibidores de tipo mixto
interfieren con la unin del sustrato
(incremento de K
m
) y dificulta la catlisis

Esquema cintico aplicable a los inhibidores enzimticos
reversibles.
en el complejo (ES) (disminucin de
la V
max
).
3

Cuando una enzima tiene mltiples sustratos, los inhibidores pueden mostrar distintos tipos de
inhibiciones dependiendo del sustrato que se considere, ya que el sitio activo posee dos
diferentes lugares para la unin con el sustrato en el mismo sitio activo, uno para cada
sustrato. Por ejemplo, un inhibidor puede competir con el sustrato A por el primer sitio de
unin, pero ser un inhibidor no competitivo con respecto al sustrato B en el segundo sitio de
unin.
3

Medicin de las constantes de disociacin en un inhibidor
reversible[editar]

Diagramas de Lineweaver-Burke de los diferentes tipos de inhibidores enzimticos reversibles. La flecha
muestra el efecto producido por el incremento de las concentraciones de inhibidor.
Segn lo observado arriba, un inhibidor enzimtico est caracterizado por sus dos constantes
de disociacin, K
i
y K
i
', de la enzima y del complejo enzima-sustrato, respectivamente. La
constante del complejo enzima-inhibidor K
i
puede ser medida directamente por varios
mtodos. Un mtodo extremadamente exacto es la calorimetra isoterma de titulacin, en
donde el inhibidor es titulado en una solucin de enzimas y el calor liberado o absorbido es
medido.
4
Sin embargo, la otra constante de disociacinK
i
' es difcil de medir directamente, ya
que el complejo enzima-sustrato tiene un periodo de vida muy corto y est dando lugar a la
reaccin qumica para formar el producto. Por lo tanto, K
i
' suele medirse de forma indirecta,
observando la actividad enzimtica bajo varias concentraciones de sustrato e inhibidor,
y ajustando los datos
5
a unaecuacin de MichaelisMenten modificada:

donde los factores de modificacin y ' son definidos por la concentracin del inhibidor y
sus dos constantes de disociacin


As, en presencia del inhibidor, la efectividad de la enzima K
m
y V
max
es ahora
(/')K
m
y (1/')V
max
, respectivamente. Sin embargo, la ecuacin de Michaelis-
Menten modificada asume que la unin del inhibidor a la enzima alcanza el
equilibrio, el cual puede ser un proceso muy lento para los inhibidores con
constantes secundarias nanomolares de disociacin. En estos casos, es
usualmente ms prctico tratar al inhibidor de unin fuerte como un inhibidor
irreversible (ver abajo). Sin embargo, todava puede ser posible estimar K
i
'
cinticamente si K
i
es medido independientemente.
5

Los efectos de diferentes tipos de inhibidores enzimticos reversibles en la
actividad enzimtica pueden ser visualizados usando la representacin grfica de
la ecuacin de MichaelisMenten, mediante los diagramas de Lineweaver-Burke o
de Eadie-Hofstee. Por ejemplo, en los diagramas de Lineweaver-Burk a la
derecha, las lneas de la inhibicin competitiva intersecan el eje-y, ilustrando que
tales inhibidores no afectan a la V
max
. De igual manera, las lneas de la inhibicin
no competitiva intersecan el eje-x, mostrando que estos inhibidores no afectan a
la K
m
. Sin embargo, puede ser complicado estimar K
i
y K
i
' con precisin en estos
diagramas, por lo que es recomendable estimar estas constantes usando
mtodos ms fiables de regresin no lineal,
6
segn lo descrito arriba.
Casos especiales[editar]
El mecanismo de la inhibicin parcialmente competitiva es similar al de la
inhibicin no competitiva, excepto que el complejo EIS tiene actividad
cataltica, la cual decrece o incluso aumenta (activacin parcialmente
competitiva) en comparacin al complejo enzima-sustrato (ES). Esta
inhibicin suele exhibir un valor ms bajo de V
max
, pero un valor
de K
m
inalterado.
3

La inhibicin no competitiva se produce cuando el inhibidor se une slo al
complejo enzima-sustrato, no a la enzima libre. El complejo EIS es
catalticamente inactivo. Esta forma de inhibicin es rara y causa una
disminucin tanto en el valor de V
max
como en el de K
m
.
3

La inhibicin por sustrato y por producto es donde el sustrato o el
producto de una reaccin enzimtica inhiben la actividad enzimtica. Este tipo
de inhibicin puede seguir los patrones competitivos, no competitivos o
mixtos. En la inhibicin por sustrato hay una disminucin progresiva de la
actividad a altas concentraciones de sustrato. Esto puede indicar la existencia
de dos sitios de unin entre sustrato y enzima. Cuando hay poco sustrato, se
ocupa el sitio de alta afinidad y sigue la cintica normal. Sin embargo, a altas
concentraciones, el segundo sitio de inhibicin se ocupa, inhibiendo a la
enzima.
7
La inhibicin por parte del producto es a menudo una caracterstica
reguladora en el metabolismo y puede ser una forma de retroalimentacin
negativa.
La inhibicin lenta y fuerte se produce cuando el complejo enzima-inhibidor
EI inicial experimenta una isomerizacin a un segundo complejo ms
fuertemente unido, EI*, pero el proceso total de la inhibicin es reversible.
Esto se manifiesta como un lento aumento en la inhibicin enzimtica. En
estas condiciones, la tradicional cintica de MichaelisMenten da un valor
falso para K
i
, el cual depende del tiempo. El verdadero valor de K
i
puede ser
obtenido a travs de un anlisis ms complejo de las constantes de rango de
encendido (k
on
) y apagado (k
off
) para la asociacin del inhibidor (vase la
inhibicin irreversible para ms informacin).
3

7

Ejemplos de inhibidores reversibles[editar]

Estructura molecular delritonavir, un inhibidor de proteasa de carcterpeptdico.
Puesto que las enzimas han evolucionado para unirse a sus sustratos
fuertemente, y la mayora de los inhibidores reversibles se unen al sitio activo de
las enzimas, es poco sorprendente que algunos de estos inhibidores sean muy
similares en estructura a los sustratos de sus dianas. Como ejemplo de estos
imitadores de sustratos caben destacar losinhibidores de la proteasa, una clase
muy efectiva de frmacos antirretrovirales usados para tratar el VIH. La estructura
del ritonavir (figura de la derecha), un inhibidor de la proteasa, consiste en un
pptido con tres enlaces peptdicos. Dicha estructura se asemeja a la protena
que es el sustrato de la proteasa del VIH, por lo que ambos compiten por la unin
al sitio activo de la enzima.
8

Los inhibidores enzimticos son a menudo diseados para imitar el estado de
transicin o intermedio de una reaccin catalizada por una enzima. Esto asegura
que el inhibidor cambie el estado de transicin estableciendo un efecto en la
enzima, lo que resulta en una afinidad de unin mejor (baja K
i
) que los diseos
basados en sustratos. Un ejemplo de un inhibidor en ese estado de transicin es
el frmaco antiviral oseltamivir, que imita la naturaleza plana del anillo del ion
oxonio en la reaccin de la neuraminidasa, una enzima del virus.
9


Estructura molecular deltipranavir, un inhibidor de proteasa de carcter no peptdico.
Sin embargo, no todos los inhibidores estn basados en la estructura del sustrato.
Por ejemplo, la estructura de otro inhibidor de la proteasa del VIH, el tipranavir,
(representada a la derecha), no est basada en un pptido y no tiene similitudes
estructurales obvias con la protena sustrato. Estos inhibidores no peptdicos
pueden ser ms estables que los inhibidores que contienen enlaces peptdicos
porque estos no son sustratos para las peptidasas, con lo que son menos
propensas a ser degradadas en la clula.
10

En el diseo de frmacos es importante considerar las concentraciones de
sustrato a las cuales se expondr la enzima en cuestin. Por ejemplo, algunos
inhibidores de protenas quinasas tienen estructuras qumicas que son similares
al adenosn trifosfato, uno de los sustratos de esta enzima. Sin embargo, ciertos
frmacos que son simplemente inhibidores competitivos tendrn que competir con
altas concentraciones de ATP en la clula. Las protenas quinasas tambin
pueden ser inhibidas por competencia en el sitio de unin donde la quinasa
interacta con sus protenas sustrato, y la mayora de las protenas presentes en
el interior de una clula se encuentran a concentraciones mucho menores que las
concentraciones de ATP. En consecuencia, si dos inhibidores de protenas
quinasas se unen en sus sitios activos con afinidad similar, pero solo uno tiene
que competir con el ATP, entonces el inhibidor competitivo en el sitio de unin de
la protena inhibir a la enzima ms eficientemente.
11

Inhibidores irreversibles[editar]

Reaccin del inhibidor irreversible diisopropilfluorofosfato (DFP) con una sern-proteasa.
Los inhibidores irreversibles normalmente modifican una enzima covalentemente,
con lo que la inhibicin no puede ser invertida. Los inhibidores irreversibles suelen
contener grupos funcionales reactivos como mostazas
nitrogenadas, aldehdos, haloalcanos o alquenos. Estos
grupos electroflicos reaccionan con las cadenas de aminocidos para formar
uniones covalentes. Los residuos modificados son aquellos que contienen en sus
cadenas laterales nuclefilos como por ejemplo un grupo hidroxilo o un grupo
sulfhidrilo. Esto incluye a los aminocidos serina (como en el DFP, a la
derecha), cistena, treonina o tirosina.
12

Tipos de inhibiciones irreversibles[editar]
La inhibicin irreversible es diferente de la inactivacin enzimtica reversible. Los
inhibidores irreversibles son generalmente especficos para un tipo de enzima y
no inactivan a todas las protenas. No funcionan destruyendo la estructura
protenica, sino alterando especficamente la estructura tridimensional del sitio
activo inhabilitndolo. Por ejemplo, el pH y las temperaturas extremas causan
la desnaturalizacin de casi todas las protenas, pero este no es un efecto
especfico. De forma similar, algunos tratamientos qumicos no especficos
destruyen la estructura de la protena: por ejemplo, si son sometidas a una
elevada concentracin de cido clorhdrico, el cual hidrolizar los enlaces
peptdicos que mantienen unidos los aminocidos de las protenas.
13

Los inhibidores irreversibles dan lugar a una inhibicin dependiente del tiempo y,
por ello, su potencia no puede ser caracterizada mediante la determinacin del
valorIC
50
. Esto se debe a que la cantidad de enzima activa a una concentracin
dada de inhibidor irreversible ser diferente dependiendo del tiempo de pre-
incubacin del inhibidor con la enzima. Por ello, en lugar del valor IC
50
, se utiliza el
parmetro k
obs
/[I],
14
donde k
obs
es el primer valor observado de la tasa de
inactivacin (obtenido al representar en una grfica log (actividad) VS. tiempo) e
[I] es la concentracin de inhibidor. El parmetro k
obs
/[I] es vlido siempre y
cuando el inhibidor no se encuentre a concentraciones saturantes (en cuyo caso
tendramos que k
obs
= k
inact
).
14

Anlisis de la inhibicin irreversible[editar]

Esquema de la cintica enzimtica de los inhibidores irreversibles.
Como se muestra en la figura de la izquierda, los inhibidores irreversibles forman
inicialmente un complejo reversible y no covalente con la enzima (EI o ESI), que
reaccionar posteriormente para producir una modificacin covalente en lo que se
denomina el "complejo del punto muerto" EI*. La tasa a la cual se forma EI* es
llamada tasa de inactivacin o k
inact
. Puesto que la formacin de EI puede
competir con ES, la unin de los inhibidores irreversibles puede ser prevenida por
competencia tanto con el sustrato como con un segundo inhibidor reversible. Este
efecto de proteccin es una buena evidencia de una reaccin especfica del
inhibidor irreversible con el sitio activo.
15

Los pasos de unin e inactivacin de esta reaccin son analizados incubando la
enzima con el inhibidor y midiendo la actividad que va quedando a lo largo del
tiempo. La actividad ir disminuyendo de forma paulatina con tiempo,
generalmente siguiendo una dinmica de decaimiento exponencial. Ajustando
estos datos a una ecuacin de rango podemos obtener la tasa de inactivacin a
esta concentracin de inhibidor. Esto se hace a diferentes concentraciones de
inhibidor. Si un complejo EI reversible est involucrado el rango de inactivacin
ser saturable y al ajustarla a esta curva obtendremos los valores de k
inact
y K
i
.
15

Otro mtodo que es ampliamente utilizado en estos anlisis es la espectrometra
de masas. En este caso, la medida exacta de la masa de la enzima nativa sin
modificar y de la enzima inactivada, nos da el aumento en la masa causado por la
reaccin con el inhibidor, con lo que obtenemos la estequiometra de la reaccin.
Para llevar a cabo esta tcnica suele ser necesario el uso de un espectrmetro de
masas MALDI-TOF. Una tcnica complementaria a esta es la huella peptdica,
que implica la digestin de protenas nativas o modificadas con
una peptidasa como la tripsina. Esto genera una serie de pptidos que pueden ser
analizados usando un espectrmetro de masas. El pptido que cambie su masa
despus de llevar a cabo la reaccin con el inhibidor ser aquel que contenga el
sitio de la modificacin.
16

Casos especiales[editar]

Mecanismo qumico para inhibicin irreversible de la ornitina descarboxilasa por medio de
DFMO. El piridoxal 5'-fosfato (Py) y la enzima (E) no se muestran.
17
(Adaptado del artculo que
figura en la referencia).
No todos los inhibidores irreversibles forman uniones covalentes con la enzima
que tienen como diana. Algunos inhibidores reversibles se unen tan fuertemente a
su objetivo que son prcticamente irreversibles. Estos inhibidores de unin fuerte
suelen mostrar una cintica similar a la de los inhibidores irreversibles que forman
enlaces covalentes. En estos casos, algunos de estos inhibidores se unen
rpidamente a la enzima formando un complejo EI de baja afinidad, que despus
experimenta una reaccin ms lenta hacia un complejo EI* muy fuertemente unido
(ver la imagen arriba). Este comportamiento cintico es denominado unin
lenta.
18
Este lento reajuste posterior normalmente implica un cambio
conformacional cuando la enzima se pliega alrededor de la molcula inhibidora.
Como ejemplos de inhibidores de unin lenta cabe destacar algn frmaco
importante como el metotrexato,
19
el alopurinol
20
y la forma activada
del aciclovir.
21

Ejemplos de inhibidores irreversibles[editar]

Tripanotin reductasa donde se muestran dos molculas unidas al centro activo: la inferior es
un inhibidor unido de forma irreversible y la superior un inhibidor unido de forma reversible.
Creado mediante PDB 1GXF.
El diisopropilfluorofosfato (DFP) se muestra como un ejemplo de inhibidor
irreversible de la proteasa en el apartado "Inhibidores irreversibles" arriba a la
derecha. La enzima hidroliza el enlace entre el fsforo y el flor, pero el residuo
de fosfato se mantiene unido a una serina en el centro activo,
inactivndolo.
22
Adems, el DFP tambin reacciona con el centro activo de
la acetilcolinesterasa en la sinapsis de lasneuronas, lo que lo convierte en una
potente neurotoxina, con una dosis letal a partir de cantidades inferiores a 100
mg.
23

La inhibicin suicida es un tipo comn de inhibicin irreversible donde la enzima
convierte al inhibidor en una sustancia reactiva en su centro activo. Un ejemplo de
esto es el inhibidor de biosintetizadores de poliaminas -difluorometilornitina o
DFMO, que es un anlogo del aminocido ornitina, y es usado para tratar
laTripanosomiasis Africana (enfermedad del sueo). La ornitina
decarboxilasa puede catalizar la descarboxilacin del DFMO sustituyendo a la
ornitina, como se muestra en la figura del apartado anterior. Sin embargo, esta
reaccin de descarboxilacin es seguida por la eliminacin del tomo de flor, lo
que convierte a este intermediario en una imina, una especie
altamente electroflica. Esta forma reactiva del DFMO reacciona posteriormente
con un residuo de cistena o lisina en el centro activo para inactivar la enzima
irreversiblemente.
17

Puesto que la inhibicin irreversible implica a menudo la formacin inicial de un
complejo EI no covalente, a veces es posible que un inhibidor pueda unirse a una
enzima de diversas formas. Como ejemplo cabe destacar el caso de la
enzima tripanotin reductasa perteneciente al protozoo y parsito
humano Trypanosoma cruzi, donde dos molculas de un inhibidor
llamado mostaza quinacrina, presentan la capacidad de unirse a su centro activo.
La molcula superior se une de forma reversible, pero la de abajo se une de
forma covalente al reaccionar con un residuo de aminocido a travs de su grupo
de mostaza nitrogenada.
24

Descubrimiento y diseo de inhibidores[editar]
La investigacin y desarrollo de nuevos frmacos es un largo proceso en el cual el
primer paso casi siempre es el descubrimiento de un nuevo inhibidor enzimtico.
En el pasado, la nica forma de descubrir estos nuevos inhibidores era mediante
el sistema de prueba y error: probando un elevado nmero de compuestos contra
la enzima a la cual se quiere inhibir y esperando conseguir alguno que sea
efectivo. Esta aproximacin, si bien se basa en la fuerza bruta, sigue logrando
actualmente un gran xito gracias a nuevos sistemas de barrido, como la qumica
combinatoria, que rpidamente producen un gran nmero de compuestos
novedosos, y a la tecnologa basada en la investigacin de procesamiento de alto-
rendimiento, mediante la cual se pueden revisar rpidamente estas enormes
bibliotecas qumicas de inhibidores tiles.
25

Ms recientemente, se ha comenzado a aplicar un nuevo tipo de investigacin
alternativa: el diseo racional de frmacos que usa la estructura tridimensional del
sitio activo de una enzima para predecir qu molculas podran ser
inhibidores.
26
Una vez realizada la prediccin, se prueban y se selecciona el
mejor. Este nuevo inhibidor es usado despus para tratar de obtener una
estructura de la enzima en un complejo enzima-sutrato para mostrar cmo se une
la molcula al sitio activo. Esta estructura es despus inspeccionada y se llevan a
cabo ciertos cambios en la estructura del inhibidor con el fin de optimizar la unin
con la enzima. Este ciclo de prueba y optimizacin se repite de forma sucesiva
hasta obtener un inhibidor lo suficientemente potente, es decir, cuando se alcanza
un valor de la constante de disociacin que est en torno a <10
-9
M.
27

Aplicaciones de los inhibidores[editar]
Los inhibidores enzimticos pueden ser encontrados en la naturaleza, pero
tambin son diseados y producidos como parte de la farmacologa y
la bioqumica. Los venenos naturales son a menudo inhibidores enzimticos que
han evolucionado para defender a una planta o animal contra sus depredadores.
Estas toxinas naturales incluyen algunos de los compuestos ms venenosos
conocidos hasta hoy. Los inhibidores artificiales son a menudo usados como
medicamentos, pero tambin existen algunos utilizados como insecticidas (como
el malathion), herbicidas (como el glifosato) o desinfectantes, (como eltriclosn).
Frmacos[editar]
Los inhibidores enzimticos son utilizados principalmente como frmacos en el
tratamiento de diversas enfermedades. Muchos de estos inhibidores son capaces

Estructura del sildenafil (Viagra).

Comparacin de la estructura del cido flico, uncoenzima (izquierda), con la estructura
delmetotrexato, un frmaco anti-cancergeno (derecha).

Estructura tridimensional del complejo formado por la penicilina G unida a
la transpeptidasa deStreptomyces. Generado mediante PDB 1PWC.
de actuar sobre enzimas humanas y as corregir determinadas patologas. Sin
embargo, no todos los frmacos son inhibidores enzimticos. Algunos de ellos,
tales como los frmacos anti-epilpticos, alteran la actividad enzimtica de forma
indirecta, aumentando o disminuyendo la sntesis de dicha enzima. Estos efectos
son denominados induccin e inhibicin enzimtica y consisten en alteraciones en
el patrn de expresin gnica, lo cual no est relacionado con el tipo de inhibicin
enzimtica discutido aqu. Otras drogas interactan con otras dianas celulares
que no son enzimas, como los canales inicos o losreceptores de membrana.
28

29

Un ejemplo de inhibidor enzimtico teraputico es el sildenafil (Viagra), utilizado
como tratamiento de la disfuncin erctil. Este compuesto es un potente inhibidor
de la fosfodiesterasa tipo 5 especfica de GMPc, una enzima que degrada una
molcula de sealizacin celular, el GMPc.
30
Esta molcula de sealizacin es la
responsable de la relajacin del msculo liso y permite el flujo de sangre hacia el
interior de los cuerpos cavernosos del pene, lo cual causa la ereccin. El sildenafil
inhibe la actividad de la enzima que degrada la seal, el GMPc, unindose al
mismo sitio que ste debido a su similaridad estructural. Esto permite que el
GMPc no sea degradado y pueda permanecer activo durante perodos ms largos
de tiempo.
30

Otro ejemplo de similaridad estructural entre inhibidores y sustratos enzimticos
es que el que se muestra en la figura de la derecha, entre el metotrexato, un
frmaco, y el cido flico, un coenzima. El cido flico es la forma oxidada del
sustrato de la dihidrofolato reductasa, una enzima implicada en la biosntesis
detimidina, purinas y aminocidos. El metotrexato es un potente inhibidor de esta
enzima que, al estar relacionada con la sntesis de nucletidos, presenta una
toxicidad especfica de aquellas clulas con una rpida tasa de crecimiento. Por
ello, el metotrexato se utiliza a menudo como frmaco anticancergeno en
quimioterapia.
31

Otro tipo de inhibidores enzimticos son utilizados con el fin de inhibir aquellas
enzimas necesarias para la supervivencia de patgenos. Por ejemplo, las
bacterias presentan una gruesa pared celular compuesta principalmente de
un polmero denominado peptidoglicano. Ciertos antibiticos como la penicilina y
la vancomicina inhiben a la enzima responsable de la produccin y el
entrecruzamiento de las hebras de peptidoglicano,
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lo cual da lugar a una prdida
de fuerza de la pared celular y, por consiguiente, a la lisis de la clula, incapaz
ahora de resistir la elevada presin osmtica. En la figura se puede apreciar una
molcula de penicilina unida a su diana, la transpeptidasa de la
bacteria Streptomyces R61 (la protena se muestra en un formato de cintas y la
penicilina en un formato de esferas y barras). Tambin se utilizan otro tipo de
toxicidades selectivas mediante antibiticos que aprovechan las diferencias
presentes en la estructura de los ribosomas o en la sntesis de cidos grasos.
El diseo de frmacos se ve muy facilitado en estos casos en los que la enzima
diana es esencial para la supervivencia del patgeno y no est presente o es muy
diferente en humanos.
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Control metablico[editar]
Los inhibidores enzimticos son tambin importantes a nivel del control
metablico. Muchas de las rutas metablicas que tienen lugar en la clula son
inhibidas por metabolitos que controlan la actividad enzimtica mediante procesos
de regulacin alostrica o inhibicin por sustrato. A modo de ejemplo cabe
destacar la regulacin alostrica de la gluclisis. Esta ruta catablica
consume glucosa y produce ATP, NADH y piruvato. Una de las etapas clave en la
regulacin de la gluclisis es la reaccin catalizada por la fosfofructoquinasa-1
(PFK1). Cuando los niveles de ATP aumentan, el ATP se une a un sitio alostrico
de la PFK1, con lo que se reduce la actividad de la enzima, la glucolisis se inhibe
y los niveles de ATP se reducen de nuevo. Este control
porretroalimentacin negativa (feedback negativo) ayuda a mantener los niveles
de ATP constantes en la clula. Sin embargo, las rutas metablicas no estn
nicamente reguladas por medio de la inhibicin, la activacin enzimtica es
igualmente importante. La enzima PFK1 presenta activadores alostricos, como
son la fructosa 2,6-bifosfato y el ADP.
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La inhibicin enzimtica fisiolgica tambin puede ser producida por inhibidores
proteicos especficos. Este mecanismo se puede observar en el pncreas, donde
se sintetizan multitud de precursores de enzimas digestivas
denominadas zimgenos. Muchos de ellos son activados por la tripsina,
una proteasa, por lo que es muy importante inhibir la actividad de la tripsina en el
pncreas con el fin de prevenir fenmenos de autodigestin. Uno de los
mecanismos para mantener la tripsina inactiva es la produccin de un potente y
especfico inhibidor de tripsina en el pncreas. Este inhibidor se une con una alta
afinidad a la tripsina, previniendo as su actividad.
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Aunque el inhibidor de tripsina
es una protena, no es hidrolizado por la propia tripsina, ya que elimina las
molculas de agua de su centro activo y desestabiliza el estado de
transicin.
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Otros ejemplos de inhibidores enzimticos fisiolgicos son el
inhibidor barstar, cuya funcin es inhibir la actividad de
una ribonucleasa bacteriana denominada barnasa,
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y los inhibidores de
lasprotein-fosfatasas.
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Inhibidores artificiales[editar]

Con el fin de disuadir a los depredadores desemillas, las legumbres incorporan inhibidores
de tripsina, que interfieren con la digestin.
Inhibidores de la acetilcolinesterasa[editar]
La acetilcolinesterasa (AChE) es una enzima que se encuentra en los animales,
desde los insectos hasta los humanos. Es esencial en la actividad que
desempean las neuronas, ya que su funcin consiste en la ruptura
del neurotransmisor acetilcolina en sus constituyentes, acetato y colina.
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39
Es un
caso nico entre los neurotransmisores, ya que la mayora de ellos, como
la serotonina, la dopamina o la noradrenalina, son reabsorbidos en la brecha
sinptica. Existe un amplio nmero de inhibidores de la AChE que son utilizados
tanto en el campo de la medicina como en el campo de la agricultura. Algunos de
estos inhibidores son reversibles, como el edrofonio, la fisostigmina, y
la neostigmina,
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los cuales son utilizados en el tratamiento de la miastenia
gravis y en la aplicacin de anestesia. Los pesticidas del tipo carbamato son otro
ejemplo de inhibidores reversibles de la AChE. Como ejemplo de inhibidores
irreversibles de la AChE caben destacar los insecticidas organofosforados, como
el malathion, el paratin y el clorpirifs.
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Herbicidas[editar]
El glifosato es un herbicida no selectivo de amplio espectro, desarrollado para la
eliminacin de hierbas y arbustos, en especial de aquellos de naturaleza perenne.
Es absorbido por las hojas y no por las races. Se puede aplicar a las hojas,
inyectarse a troncos y tallos, o asperjarse a tocones como herbicida forestal. La
aplicacin de glifosato mata las plantas debido a que suprime su capacidad de
generar aminocidos aromticos. Su modo de accin se basa en la inhibicin de
la enzima 5-enolpiruvil-siquimato-3-fosfato sintetasa (EPSPS), enzima
responsable de la sntesis de los aminocidos
aromticos fenilalanina, tirosina y triptfano. Esta ruta bioqumica no se encuentra
presente en animales.
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Desinfectantes[editar]
El triclosn es un potente agente antibacteriano y fungicida, actuando como
biocida a nivel de diversas dianas en el citoplasma y la membrana celular.
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No
obstante, a bajas concentraciones, el triclosn acta como agente bacteriosttico
principalmente a nivel de la inhibicin de la sntesis de cidos grasos. El triclosn
se une a la protena transportadora enoilacil reductasa (ENR), codificada por
el gen FabI. Esta unin aumenta la afinidad de la enzima por el NAD
+
, lo cual
desemboca en la formacin de un complejo ternario estable de ENR-NAD
+
-
triclosn incapaz de participar en la sntesis de cidos grasos (molculas
imprescindibles en la construccin y mantenimiento de las membranas celulares).
El ser humano no posee la enzima ENR, de modo que no se ve afectado por el
triclosn.
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Venenos naturales[editar]
Tanto algunos animales como algunas plantas son capaces de sintetizar una
amplia gama de sustancias venenosas de diverso origen: metabolitos
secundarios, pptidos y protenas, que pueden actuar como inhibidores
enzimticos. Las toxinas naturales suelen ser pequeas molculas orgnicas con
tanta diversidad que probablemente existan inhibidores para la mayora de los
procesos metablicos.
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Dicha inhibicin puede producirse a diferentes niveles en
la clula: inhibicin de receptores de membrana, de canales inicos o de
protenas estructurales. Por ejemplo, el paclitaxel (taxol), una molcula orgnica
obtenida del tejo (Taxus), se une con una elevada afinidad a los dmeros
de tubulina, impidiendo as el proceso de polimerizacin de los microtbulos,
crucial, entre otras cosas, en la divisin celular.
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Muchos de estos venenos naturales actan como neurotoxinas capaces de
causar parlisis que pueden llevar a la muerte, pudiendo ser utilizados como
estrategia defensiva frente a los depredadores o como sistema de caza en la
captura de presas. Algunos de estos inhibidores naturales, a pesar de sus
caractersticas txicas, son muy valorados por sus potenciales usos teraputicos
cuando son administrados en dosis adecuadas.
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Como ejemplo de neurotoxina
cabe destacar los glicoalcaloides, obtenidos a partir de las plantas pertenecientes
a la familia Solanaceae (entre las que se incluyen la patata, el tomate y
laberenjena), que son inhibidores de la acetilcolinesterasa. La inhibicin de esta
enzima causa un aumento descontrolado de los niveles del
neurotransmisor acetilcolina, lo que conlleva parlisis muscular y muerte. La
neurotoxicidad tambin puede ser el resultado de la inhibicin de receptores,
como en el caso de la atropina, obtenida a partir de la especie Atropa belladonna,
que funciona como un antagonista competitivo de los receptores muscarnicos de
acetilcolina.
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Aunque muchas de las toxinas naturales son metabolitos secundarios, algunas
son pptidos o protenas. Como ejemplo cabe destacar a la toxina peptdica alfa-
amanitina, encontrada en los hongos de la especieAmanita phalloides, que es un
potente inhibidor enzimtico capaz de impedir la actividad de la ARN polimerasa
II en la transcripcin del ADN.
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Otra toxina peptdica es la microcistina,
encontrada en ciertas algasy capaz de inhibir ciertas protein-fosfatasas.
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Esta
toxina puede contaminar las reservas de agua si las algas que la producen
alcanzan determinados niveles de concentracin. Se ha demostrado su alto
potencial carcinognico y su capacidad de causar hemorragia heptica aguda y
muerte tras una exposicin a altas dosis.
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Las protenas tambin pueden llegar a ser venenos naturales, como es el caso
del inhibidor de tripsina (discutido anteriormente) encontrado en
algunas legumbres. Menos comunes son las enzimas txicas. Este tipo de
enzimas actan como inhibidores irreversibles de dianas enzimticas que
modifican qumicamente sus sustratos enzimticos. Un ejemplo es el ricino, una
protena txica extremadamente potente, que se encuentra en la planta Ricinus
communis. Esta enzima es una glicosidasa que inactiva a los ribosomas. Como el
ricino es un inhibidor cataltico irreversible, esto permite que tan solo una molcula
de ricino pueda matar una clula.
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Los inhibidores enzimticos son molculas que se unen a enzimas y disminuyen su actividad.
Puesto que el bloqueo de una enzima puede matar a un organismo patgeno o corregir un
desequilibrio metablico, muchos medicamentos actan como inhibidores enzimticos. Tambin
son usados como herbicidas y pesticidas. Sin embargo, no todas las molculas que se unen a las
enzimas son inhibidores; los activadores enzimticos se unen a las enzimas e incrementan su
actividad.
La unin de un inhibidor puede impedir la entrada del sustrato al sitio activo de la enzima y/u
obstaculizar que la enzima catalice su reaccin correspondiente. La unin del inhibidor puede ser
reversible o irreversible. Normalmente, los inhibidores irreversibles reaccionan con la enzima de
forma covalente y modifican su estructura qumica a nivel de residuos esenciales de los
aminocidos necesarios para la actividad enzimtica. En cambio, los inhibidores reversibles se
unen a la enzima de forma no covalente, dando lugar a diferentes tipos de inhibiciones,
dependiendo de si el inhibidor se une a la enzima, al complejo enzima-sustrato o a ambos.



La nutricin celular comprende el conjunto de procesos mediante los cuales las clulas
intercambian materia y energa con su medio.
Las partculas slidas que han ingresado en la clula por endocitosis estn formadas por
molculas cuyos tomos estn unidos entre s por enlaces qumicos. Las molculas y los tomos
constituyen la materia en enlaces qumicos. En stos queda retenida la energa.
Para que la materia y la energa puedan ser aprovechadas por la clula, es necesario que sta
rompa las molculas de menor tamao. Este proceso se llama digestin, y se produce por accin
de las enzimas contenidas en los lisosomas.
Las partes tiles de la partcula pasan al citoplasma y se incorporan a l (asimilacin). Las partes
que no son tiles son eliminadas fuera de la clula (egestin).
Las sustancias asimiladas tienen distintos fines: la materia se usa para elaborar otras molculas,
para reponer partes destruidas de la estructura celular y para liberar energa; este ltimo proceso
se denomina respiracin celular.