El Dogma Central de la Biologa en aprietosEl ARN mensajero no hace caso al gen que lo codifica

Bueno, este artculo que fue publicado hoy en Science ha vuelto a remecer a la comunidad cientfica, tal como lo hizo el artculo de las bacterias del arsnico, tambin publicado en Science a fines del ao pasado. Y no es para ms, de corroborarse los resultados, cambiara la forma en la que estudiamos los genes, su relacin con las enfermedades, el desarrollo del cncer, en fin, una gran parte de la biologa molecular.

Vamos por partes. El ADN es el que porta la informacin gentica que sirve como un manual de instrucciones para construir todos los componentes que conforman cada una de las clulas de nuestro cuerpo. Pero, el ADN no hace este trabajo por s solo, antes debe ser transcrito a un intermediario, quien ser el encargado de transferir la informacin contenida en los genes a la maquinaria especializada en convertirla en protenas. A este intermediario se le conoce como el ARN mensajero (ARNm) y la maquinaria que la traduce a protena se le conoce como ribosoma.

Segn el Dogma Central de la Biologa Molecular, el ARNm refleja de manera precisa la informacin contenida en los genes, ya que la secuencia de aminocidos que conforman cada protena que ser traducida a partir del ARNm, estn determinadas por las secuencias de ADN (genes), en base al cdigo gentico. Sin embargo, existen algunas excepciones donde el ARNm no refleja lo que dice la secuencia de ADN que lo origin. Entre estas excepciones encontramos: los producidos por errores al momento de transcribir el ADN a ARNm; los producidos por la edicin de las molculas de ARNm a travs del splicing, donde se eliminan regiones del ARNm que no deben llegar a traducirse a protenas (intrones), y los producidos por las enzimas que modifican algunos nucletidos del ARNm a travs de desaminaciones (Ej.: La enzima ADAR que desamina la Adenosina y la convierte en Inosina, la cual es reconocida por el ribosoma como una guanosina, o sea, hay un cambio de base de A por G). Adems, debido a que la ARN polimerasa la enzima que se encarga de transcribir ADN en ARNm tiene la capacidad de detectar errores en la transcripcin y poder repararlos (tambin conocido como proofreading), este tipo de excepciones son poco frecuentes. Por otro lado, el splicing no cambia la secuencia de nucletidos del ARNm, sino, elimina determinadas porciones para que no sean traducidas a protena, y las que permanecen en el ARNm (exones), mantienen la misma secuencia de la cual fueron originados. Por otro lado, las enzimas como ADAR y APOBEC la cual cambia la C por U no son muy comunes y slo se limitan a editar las secuencias de ARNm de determinados genes y en determinados tejidos, como aquel que codifica para la apolipoprotena B.

En el trabajo publicado hoy en Science, un grupo de investigadores liderados por la Dra. Vivian Cheung de la Escuela de Medicina de la Universidad de Pennsylvania, reportaron haber encontrado ms de 10,000 regiones en las cuales las bases del ARNm no correspondan a las bases del ADN que la codificaron, y muchos de estos ARNm llegaban a codificar protenas, las cuales portaban estos cambios en sus secuencias de aminocidos, incluso, algunos eran ms grandes o ms pequeos que los originales, debido a que las secuencias de trmino (codones STOP) eran modificados a causa de los cambios en los nucletidos del ARNm. Lo que hicieron Cheung y sus colaboradores fue obtener las secuencias de ADN y ARNm de un

tipo de glbulos blancos (los linfocitos B) de 27 personas diferentes, las cuales forman parte de los proyectos 1000 Genomes e International HapMap. Luego, compararon cada una de las secuencias de ARNm con sus respectivas secuencias de ADN de las cuales se originaron, encontrando ms de 28,000 diferencias en al menos 10,000 regiones exnicas diferentes (~4,700 genes conocidos), de los cuales, el 71% de estos cambios no eran sinnimos (al traducirse provocaba el cambio de un aminocido por otro, muchas veces con propiedades qumicas diferentes) Para dar una mayor robustez a los datos y evitar que estos se deban a errores en el secuenciamiento, slo fueron consideradas aquellas diferencias que se presentaban en al menos dos individuos diferentes y en ms del 10% de los reads de cada nucletido [Ver cobertura de secuenciamiento]. Adems, los investigadores mandaron a secuenciar, en distintos laboratorios, regiones del ADN que eran monomrficas (no varan entre un individuo y otro), para corroborar que todos obtuvieran las mismas secuencias, sin errores. Bueno, como mencion algunos prrafos atrs, las diferencias entre las secuencias de ARNm y el ADN del cual se originaron pueden deberse a distintas causas; sin embargo, estas no pueden explicar muchos de los cambios encontrados por Cheung et al. Por ejemplo, si descartamos los cambios que pueden ser explicados por la accin de las enzimas ADAR y APOBEC (A->G y C>T), an as hay una gran cantidad de cambios (~43%) que no pueden ser explicados por algn otro mecanismo, principalmente las transversiones cambio de una purina (A o G) por una pirimidina (C o T) o viceversa.

Otro dato importante que respalda los descubrimientos de Cheung y sus colaboradores es que estos cambios no slo se encontraron en los linfocitos B, tambin se podan encontrar en las

clulas de otros tejidos como de la epidermis, del cerebro, de los testculos, embrionarias y hasta cancerosas. Por otro lado, los investigadores tambin encontraron dichos cambios en secuencias de otras personas fuera de los 27 individuos que formaron parte del estudio a travs del uso de secuencias EST disponibles en las bases de datos genticas. Pero, estos ARNm cambiados llegaran a codificar protenas?. Para responder a esta pregunta, los investigadores hicieron un anlisis protemico. Para ello, Mingyao Li autor principal de la investigacin us la espectrometra de masas acoplada a una cromatografa lquida para separar e identificar cada pptido y protena presente en los linfocitos B. Los resultados mostraron que haban pptidos cuya secuencia de aminocidos no corresponda al gen del cual fueron codificados, sino al ARNm modificado que fue traducido. En algunos casos, la protena resultante era mucho ms grande que la original, tal vez por que el cambio en el ARNm suprimi el codn de terminacin y la traduccin continu hasta encontrar otro codn de terminacin, generando una protena con 55 aminocidos de ms (la RPL28). Las Diferencias de ARN-ADN (RDD: RNA-DNA Differences) no estaban distribuidas uniformemente a lo largo del genoma. Por ejemplo, el cromosoma 19 era el que tena ms RDD, mientras que el 13 era el que tena menos. Los investigadores tambin encontraron un patrn: los RDD eran bastante comunes en los genes que juegan roles importantes en la funcin helicasa y de unin a protenas y nucletidos. Tambin se encontraron diferencias en su distribucin dentro de los genes: la mayora se encontraban en los exones codificantes (44%) y en las regiones no traducidas del extremo 3 (39%). Pero, no todos los ARNm eran diferentes a las secuencias de ADN que los originaban. En un determinado RDD, en promedio, el 20% de los ARNm eran diferentes, mientras que los dems eran transcritos de manera precisa. Sin embargo, haban algunas secuencias donde casi todos los ARNm eran diferentes al ADN correspondiente, por ejemplo, en el gen que codifica la enzima DCP1A. En otros genes, como en el que codifica para la protena Ras RHOT1, haba diferencias significativas a nivel de individuos: en una persona el nivel de ARNm modificado era del 18% mientras que en otra era del 90%. Estas diferencias en los niveles de expresin de los RDD nos pueden dar pistas para encontrar las causas de ciertas patologas que no han podido ser explicadas a travs de los estudios a nivel gentico; ya que, al final, el responsable de la expresin de una protena buena o defectuosa no es el ADN, sino el ARNm. Entonces, tal vez sea ms importante hacer estudios transcriptmicos que estudios genmicos al momento de buscar diferencias entre una persona sana y una enferma. Sin embargo, Li y sus colaboradores no han podido encontrar la respuesta sobre el origen de estos cambios en el ARNm con respecto a su ADN molde. Tal vez hay aspectos, tanto a nivel transcripcional como pos-trancripcional que por ahora desconocemos. Por ello, los investigadores se dedicarn a buscar este mismo fenmeno en otras especies, para ver si este mecanismo de edicin del ARNm es universal, o slo se da en ciertos grupos de organismos. De lo que si estoy seguro es que esta investigacin dar que hablar durante los prximos das. Slo han pasado unas horas desde que fue publicado este artculo en Science Express (la versin online de Science, donde se publican los artculos antes de ser aceptados en la revista) y ya han aparecido una gran cantidad de comentarios al respecto, muchos de ellos mostrando un gran escepticismo y, tal vez tengan razn. Sin embargo, las pruebas que presentan los autores en este estudio estn bien fundamentadas, tomando todas las precauciones del caso, ya sea comparando la calidad y reproducibilidad de las secuencias generadas en diferentes laboratorios, tomando en cuenta solo aquellas que tienen un buen nmero de reads por nucletido (buena cobertura de secuenciamiento), corroborando los

resultados a nivel proteico mediante espectrometra de masas, encontrando los mismos cambios en diferentes tejidos e individuos, etc. (Ver figura):

Esto no quiere decir que podamos descartar errores en el secuenciamiento, pero, esto no alcanzara para explicar todas las diferencias en las secuencias obtenidas a nivel de ARNm comparado con sus secuencias genticas respectivas. As que a esperar las crticas del presente estudio.