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Facultat de Cincies Biolgiques

GUIA DOCENTE DE LA ASIGNATURA:

SISTEMTICA, CLASIFICACIN Y FILOGENIA

I.- DATOS INICIALES DE IDENTIFICACIN Nombre de la asignatura: Sistemtica, Clasificacin y Filogenia. Carcter: Obligatorio Titulacin: Mster en Biodiversidad: Conservacin y Evolucin. Ciclo: Primer curso Departamentos: Botnica (B), Gentica (G), Microbiologa y Ecologa (M), Zoologa (Z). Profesores responsables: Fco. J. Aznar (Z), Eladio Barrio (G), Mercedes Fernndez (Z), Fernando Gonzlez (G), Miguel Guara (B) y Mara Jess Pujalte (M).

II.- INTRODUCCIN A LA ASIGNATURA La asignatura Sistemtica, Clasificacin y Filogenia se imparte en el primer curso del Mster en "Biodiversidad: Conservacin y Evolucin" dentro del postgrado en Biodiversidad. Se trata de una asignatura obligatoria que deben cursar todos los alumnos del mter. Esta asignatura pretende que el alumno profundice en aspectos bsicos de la prctica taxonmica en la clasificacin de la biodiversidad, y tambin que adquiera los conocimientos y habilidades de los procedimientos de reconstruccin filogentica, tanto basados en datos fenotpicos como en datos genticos (marcadores moleculares), que han proporcionado un nuevo mpetu a la investigacin tanto en el rea de la Sistemtica como en el de la Biologa Evolutiva. En la primera parte de la asignatura se definen conceptos bsicos y se realiza una introduccin histrica al desarrollo de la Taxonoma y la Sistemtica. En la segunda parte, se profundiza en los procedimientos taxonmicos empleados por la Botnica, la Microbiologa y la Zoologa. En la tercera y cuarta partes de la asignatura, se introduce la metodologa desarrollada por las escuelas fentica y cladstica que contribuyeron enormemente al avance de la Biologa Sistemtica y de la Biologa Evolutiva. Por ltimo, en la cuarta se profundiza en la utilizacin de caracteres moleculares que han supuesto una revolucin en los procedimientos de reconstruccin filogentica. Por ltimo, la asignatura combina tanto los aspectos tericos como los prcticos. Ello se plasma en la dedicacin de una parte importante del tiempo al planteamiento y discusin activa o seminarios de diversas cuestiones de inters, la resolucin de distintos tipos de problemas, as como la utilizacin prctica de los programas de anlisis fentico y filogentico durante sesiones en el aula de informtica.

III.- VOLUMEN DE TRABAJO TRABAJO PRESENCIAL Asistencia a clases tericas y de problemas: 23 sesiones de 2 horas de clase = 46 horas Asistencia a sesiones prcticas de ordenador: 8 sesiones de 3 horas y 2 sesiones de 2 horas = 28 horas Asistencia a tutoras: Promedio de 5 horas Realizacin de exmenes: 2 exmenes de 3 horas = 6 horas TOTAL PRESENCIAL = 85 HORAS TRABAJO NO PRESENCIAL Estudio-preparacin clases de teora: 0,5 horas x 28 sesiones = 14 horas Preparacin y resolucin de problemas propuestos: Hasta un total de 20 horas Preparacin y realizacin de trabajos y discusiones en grupo o seminarios: Resolucin y anlisis de diversos ejercicios sobre la materia, Hasta un total de 16 horas Resolucin y anlisis de diversos ejercicios a realizar con los programas de anlisis fentico y filogentico Hasta un total de 18 horas Elaboracin de una memoria 6 horas Estudio de contenidos terico-prcticos: Hasta un total de 30 horas TOTAL NO PRESENCIAL = 104 HORAS

En sntesis: ACTIVIDAD Horas/curso ASISTENCIA A CLASES TERICAS 46 ASISTENCIA A CLASES PRCTICAS 28 PREPARACIN DE TRABAJOS 40 ESTUDIO PREPARACIN CLASES 14 PREPARACIN PROBLEMAS 20 ESTUDIO PREPARACIN DE EXMENES 30 REALIZACIN DE EXMENES 6 ASISTENCIA A TUTORAS 5 TOTAL VOLUMEN DE TRABAJO 189

IV.- OBJETIVOS GENERALES El objetivo principal de la asignatura es dotar al alumno de las herramientas conceptuales y operativas necesarias para entender, aplicar y criticar los diferentes procedimientos taxonmicos y sistemticos en la catalogacin y clasificacin de la biodiversidad animal, vegetal y microbiana, as como de los procedimientos de reconstruccin filogentica, tanto con datos fenotpicos como genticos y moleculares. Para ello, la docencia se articular en torno a tres ejes principales: introduccin y exposicin de los conceptos, lectura y anlisis crtico de artculos de investigacin y conocimiento y empleo de los principales programas de reconstruccin filogentica y clasificacin. V.- CONTENIDOS Comprender la dependencia entre conceptos de especie y taxonoma. Comprender las relaciones entre filogenia y taxonoma, y las diferentes fuentes de informacin filogentica y taxonmica, sus ventajas y limitaciones. Comprender los fundamentos de las diferencias de la prctica taxonmica y sistemtica entre diferentes disciplinas. Conocer los fundamentos, ventajas y limitaciones de diferentes mtodos multivariantes utilizados en taxonoma. Conocer los fundamentos, ventajas y limitaciones de diferentes aproximaciones de anlisis filogentico. Conocer los fundamentos, ventajas y limitaciones de los diferentes mtodos utilizados en taxonoma bacteriana, botnica y zoolgica.

La teora evolutiva como explicacin de la diversidad biolgica, la adaptacin y las jerarquas.

VI.- DESTREZAS A ADQUIRIR Aplicacin del mtodo cientfico, en general, y del mtodo comparativo, como especfico de la Biologa, para el establecimiento de las teoras y la interpretacin de los datos y evidencias experimentales y observacionales. Aplicacin de los principales procedimientos para la reconstruccin de las relaciones evolutivas entre taxones. Aplicacin de las tcnicas fenticas habituales en taxonoma y morfometra. Aplicacin de diferentes aproximaciones de anlisis filogentico. Aplicacin de los diferentes mtodos utilizados en taxonoma bacteriana, botnica y zoolgica.

VII.- HABILIDADES SOCIALES Valorar la taxonoma como herramienta fundamental en los estudios sobre biodiversidad y valorar la investigacin taxonmica. Ser consciente del rol social del taxnomo, adoptando una postura tica y crtica sobre la dimensin poltica y social de las decisiones taxonmicas. Adquisicin de conciencia social y profesional sobre la importancia de la biodiversidad y el medio ambiente y su conservacin. Transmitir los conocimientos adquiridos en la asignatura a otros profesionales y profanos adaptando el lenguaje adecuado para dirigirse al sujeto receptor. Capacidad para conseguir obtener informacin adecuada con la que poder afrontar las cuestiones cientficas que se le planteen. Capacidad de construir un texto escrito comprensible y organizado Capacidad para trabajar en grupo a la hora de enfrentarse a situaciones problemticas de forma colectiva. Capacidad para la expresin oral ante un auditorio pblico, por ejemplo la propia clase, mediante la exposicin de un breve trabajo o la intervencin en un debate sobre un tema o cuestin polmica. Habilidad para argumentar desde criterios racionales, diferenciando claramente lo que es opinable de lo que son hechos o evidencias cientficas aceptadas. Capacidad de interactuar con el profesor y los compaeros. Desarrollo de la capacidad de manejo de una lengua extranjera, sobre todo en lo que respecta a textos de carcter cientfico. Capacidad de anlisis y de sntesis. Crear una actitud crtica que les permita emitir juicios argumentados y defenderlos con rigor y tolerancia.

VIII.- TEMARIO Y PLANIFICACIN TEMPORAL La asignatura Sistemtica Clasificacin y Filogenia profundiza en aspectos tericos y prcticos de la Sistemtica, la Taxonoma y el anlisis filogentico no tratados en cursos precedentes, sean de licenciatura o de grado, al tiempo que mediante la realizacin de problemas y prcticas se ilustra la aplicacin real de los conocimientos tericos estudiados. As, se impartir un total de 23 sesiones tericas de 2 horas (en las que tambin se plantear la discusin de cuestiones y se resolvern problemas relacionados con los conceptos estudiados). Por otra parte, se plantean 8 sesiones de 3 horas y 2 de 2 horas de prcticas de ordenador en el aula de informtica al final del cuatrimestre. En estas sesiones se utilizarn los programas de uso habitual en el anlisis fentico y filogentico tanto de caracteres fenotpicos como moleculares. Tema 1 Ttulo y contenido Horas Bloque 1. INTRODUCCIN Y CONCEPTOS GENERALES Introduccin. Concepto de clasificacin biolgica, filogenia, 2 sistemtica y taxonoma. Lgica, fundamentos y objetivos. Propsito de la clasificacin de los organismos vivos. Importancia y universalidad de la clasificacin. Proceso de clasificacin. Sistemas de clasificacin biolgica: artificiales, naturales y filogenticos. Principios de clasificacin fentica y filogentica. Escuelas taxonmicas: sistemtica evolutiva, taxonoma numrica (escuela fentica) y sistemtica filogentica (escuela cladista). Principales hitos de la taxonoma. Controversia entre clasificacin y evolucin: cladismo transformado. La taxonoma hoy en da. El problema sociolgico de la taxonoma: 1 auge y decadencia. Relevancia de la taxonoma como disciplina: la crisis de la biodiversidad. Aportacin de la biologa molecular. Presente y futuro de la taxonoma. Grandes proyectos transnacionales. El estudio de los caracteres como base de la clasificacin. Tipos 2 de caracteres: morfolgicos, moleculares, ecolgicos, etolgicos, ontogenticos o embriolgicos, citolgicos, reproductivos, bioqumicos y fisiolgicos. La similitud en los caracteres: homologa y homoplasia. Naturaleza de los caracteres: cuantitativa y cualitativa. Codificacin. Bloque 2. MTODOS EN TAXONOMA Y SISTEMTICA Taxonoma zoolgica. Categoras taxonmicas en zoologa. 5 Caracteres diagnsticos en zoologa. El nivel de especie. Las categoras supraespecficas: splitting y lumping. Descripcin e identificacin de taxones. Colecciones. Publicacin taxonmica. Nomenclatura zoolgica.

5 Mtodos en sistemtica de procariotas. Porqu un tratamiento diferenciado?: Razones histricas; Razones metodolgicas: cultivo, limitaciones; Razones conceptuales. Metodologas y enfoques usados en Sistemtica bacteriana: Enfoque dominante: taxonoma polifsica; Mtodos de caracterizacin (Fenotpicos, Genmicos, Filogenticos). Valores orientativos/recomendados en la definicin de taxones procariticos. Tendencias actuales. 6 Taxonoma botnica. La jerarqua taxonmica. Estructura lgica. Categoras establecidas. La especie como unidad taxonmica. Conceptos de especie en Botnica. Categoras infraespecficas. Jerarquizacin de las categoras aceptadas actualmente. Categoras supraespecficas. El gnero como entidad natural. Familia. Categoras superiores. Jerarquizacin y denominacin segn su rango. Nomenclatura botnica. Reglas para la formacin de los nombres. Cdigos de Nomenclatura Botnica. Principios operativos: Publicacin y tipificacin. Principio de prioridad. Sinnimos, homnimos y tautnimos. Consideraciones particulares en algunos grupos. Bloque 3 LA ESCUELA FENTICA: TAXONOMA NUMRICA 7 Taxonoma numrica. Principios. Ventajas. Notas histricas. Proceso de clasificacin. Procedimiento fentico: flujo operacional; las categoras infraespecficas. Similitud global. Taxonoma Numrica y Anlisis Multivariante. Campos de aplicacin. Anlisis numrico en estudios taxonmicos y ecolgicos. Secuencia de la investigacin taxonmica. Tcnicas fenticas: clasificacin y ordenacin (anlisis indirecto y directo). lgebra matricial bsica. Programas informticos de uso ms comn. 8 Descriptores taxonmicos y la medida de la semejanza. Los descriptores taxonmicos: resultados observacionales. Tipos. Transformaciones: operaciones directas, de traslacin, de expansin. Matrices o tablas de inters taxonmico. Anlisis en modo Q y modo R. La medida de la semejanza. ndices de similitud y disimilitud (coeficientes de distancia). Relacin entre similitud y disimilitud. Aplicabilidad de los ndices. Caso de datos binarios. Matrices de distancias. 9 Mtodos fenticos de clasificacin. Definiciones. Mtodos clasificatorios. Algoritmo general de clasificacin aglomerativa: mtodos de optimizacin de distancias y de optimizacin de la homogeneidad. Frmulas combinatoriales. Otros mtodos no combinatoriales. Evaluacin de las clasificaciones jerrquicas: correlacin cofentica. Consenso de dendrogramas. 10 Mtodos de ordenacin. Objetivos de la reduccin de datos. Anlisis en Componentes Principales. Anlisis Factorial de Correspondencias. Anlisis en Coordenadas Principales. Anlisis Cannico y Anlisis Discriminante. Otras tcnicas no basadas en la extraccin de vectores y valores propios. Anlisis morfomtrico.

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Bloque 4 LA ESCUELA CLADISTA: SISTEMTICA FILOGENTICA Cladismo. El conflicto entre caracteres en la reconstruccin filogentica. Grupos monofilticos, parafilticos y polifilticos. Caracteres apomrficos y plesiomorficos. Codificacin de caracteres, transformacin, polaridad, orden. Representaciones grficas: cladogramas y raices. Determinacin de la polaridad de los caracteres: grupo externo, ontogenia, otros modelos. Criterios inadecuados. Tcnicas de (re)construccin de rboles filogenticos: parsimonias (Wagner, Fitch, Dollo, Camin-Sokal...). Bloque 5 SISTEMTICA MOLECULAR Marcadores moleculares en la reconstruccin filogentica. Secuencias de cidos nucleicos y modelos de evolucin. Secuencias de protenas y modelos de evolucin. Otros marcadores: restriccin, DNA fingerprinting, microsatlites, etc. Mtodos filogenticos basados en caracteres. Parsimonia molecular. Algoritmos de Fitch y de Sankoff. Criterios de optimizacin. Bsqueda de los mejores rboles: algoritmos exactos y aproximaciones heursticas. Parsimonia molecular y modelos de evolucin: ponderacin. Ponderacin de caracteres y matrices de transformacin. Parsimonia de transversin. Parsimonia generalizada. Parsimonia dinmicamente ponderada. Mtodos filogenticos basados en distancias. Propiedades de las distancias: aditivas y ultramtricas. Algoritmos de rbol nico y algoritmos basados en mtodos de optimizacin. rboles ultramtricos y linearizados, el reloj molecular.. La propiedad de los cuatro puntos y los mtodos de cuartetos. Neighbor-joining. Criterios de optimizacin con distancias: bondad de ajuste, mnimos cuadrticos y mnima evolucin. Mtodos estadsticos de reconstruccin filogentica. Mxima verosimilitud y modelos evolutivos. Pruebas estadsticas en la comparacin de modelos evolutivos. Mtodos filogenticos bayesianos. Fiabilidad y comparacin de reconstrucciones filogenticas. Errores sistemticos y errores aleatorios. Permutacin y estructura jerrquica de los datos. Seal filogentica. Mtodos analticos: test de ramas internas. Tcnicas de remuestreo: jacknife y bootstrap. Bootstrap paramtrico y no paramtrico. Indice de decaimiento y respaldo Bremer. Comparacin de reconstrucciones filogenticas: Pruebas de Templeton, de Kishino y Hasegawa, y de Shimodaira y Hasegawa.

IX.- BIBLIOGRAFA DE REFERENCIA Bibliografa bsica:


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Bibliografa complementaria:
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Programas de ordenador: MEGA3, http://www.megasoftware.com NTSYS-pc. http://www.exetersoftware.com/cat/ntsyspc/ntsyspc.html PAUP, http://paup.csit.fsu.edu/ PHYLIP http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html PHYML, http://atgc.lirmm.fr/phyml/ X.- METODOLOGA La docencia de esta asignatura se realizar mediante las siguientes aproximaciones metodolgicas: clases magistrales, sesiones de discusin organizada de los contenidos del temario de la asignatura tutoras, realizacin de prcticas de ordenador. En las clases de teora se le ofrecer al alumno una visin global del tema a tratar, induciendo especialmente en los conceptos clave. En la misma sesin se le indicarn los recursos ms adecuados para una profundizacin en el tema, de forma que el alumno complete su formacin en el mismo. Para la preparacin de las discusiones organizadas o seminarios expuestos por los estudiantes, el profesor disear con ellos los contenidos y les propondr una literatura bsica que ellos tendrn que ampliar. En las sesiones de ordenador se expondrn los fundamentos para la aplicacin de programas de anlisis fentico y filogentico, y los alumnos dispondrn de unos conjuntos de datos con los que realizar los diferentes anlisis estudiados. Cada alumno deber presentar su trabajo de anlisis en una memoria (formato artculo) y como presentacin de ordenador que permita que sea expuesto de forma pblica en la pgina web del curso para que pueda ser discutido por los restantes estudiantes. Se valorar tanto la realizacin y exposicin del trabajo propio como la participacin activa en las discusiones posteriores. Se plantean tutoras individualizadas, o en pequeos grupos de alumnos, de un total de 5 horas a lo largo del curso. En ellas, el profesor les orientar en todos los aspectos de su aprendizaje, desde planteamientos de tipo global hasta cuestiones puntuales, o los temas relacionados con la preparacin de las discusiones organizadas.

La asignatura est planteada para ser desarrollada en forma de trabajo presencial y no presencial: Trabajo presencial: Un total de 23 sesiones tericas de 2 horas que incluyen tambin el planteamiento y resolucin de problemas y discusiones organizadas o exposicin de seminarios por parte de los alumnos. Estas sesiones se repartirn a lo largo de un cuatrimestre. Un total de 8 sesiones de 3 horas y 2 de 2 horas de prcticas de ordenador al final del cuatrimestre que incluirn la utilizacin de paquetes de programas para anlisis fentico, cladista y filogentico. Tutoras personales y/o en grupos hasta un total de 5 horas 2 exmenes de 3 horas, un parcial y un final. Trabajo no presencial: Ejercicios prcticos de problemas que sern resueltos por los estudiantes a los que dedicarn unas 20 horas en su resolucin. Tambin realizarn trabajos prcticos a realizar con el ordenador de forma individual durante 18 horas. Elaboracin de la memoria de prcticas que ser expuesta on line: 6 horas. Estudio de los contenidos y preparacin previa de las clases tericas y prcticas. Se indicar a los alumnos el material bibliogrfico o documental recomendado para cada captulo. Total 44 horas. XI.- EVALUACIN DEL APRENDIZAJE La evaluacin del aprendizaje de los estudiantes se realizar mediante la valoracin de los siguientes apartados: 1) Un examen terico-prctico que se realizar en el aula y que constar tanto de preguntas sobre los conocimientos de teora como de ejercicios que se debern resolver, debiendo obtener una puntuacin igual o superior a 4 sobre 10, en cada uno de ellos, para poder compensar la nota con las restantes partes evaluadas. Esta prueba valdr el 60% de la nota. 2) Valoracin de la resolucin de los ejercicios y problemas realizados por los alumnos a lo largo del curso, as como la memoria de prcticas. Este apartado valdr el 25% de la nota. 3) Finalmente el estudiante dispondr de un portafolio donde se irn acumulando puntos asociados a la valoracin que el profesor realice

sobre su inters en la asignatura expresado como su participacin en las discusiones organizadas, las contestaciones a las preguntas que realice el profesor durante las sesiones presenciales, su asistencia a tutoras personales y/o cualquier otro tipo de actividad llevada a cabo por el estudiante en relacin con la asignatura. Se podr conseguir hasta un 15% en la calificacin final de la asignatura. La nota final de la asignatura ser la suma de la obtenida en la evaluacin de los crditos tericos, del trabajo durante el curso y de las actividades adicionales como discusiones organizadas, segn las relaciones previamente descritas del 60%, 25% y 15% respectivamente. La asignatura se superar con un 5 sobre 10, siempre y cuando se haya superado en cada una de las partes la puntuacin de al menos 4 sobre 10.