Trans-empalme en Drosophila

Splicing puede unir exones de un pre mRNA (cis) o de pre mRNAs separados (trans).
Trans splicing RARO

Se ha demostrado TS en 2 Genes de Drosophila

Mod (mdg4) y lola

TS permite formacin de ARN quimera.

(mezcla de dos tipos de ARN completamente diferentes)

El % de TS en organismos aun se desconoce

Estudio de genes que se someten a TS en hbridos de Drosophila

 Ejemplos de TS en: nemtodos y tripanosomas: TS involucran spliced-leader RNAs

80 genes son sometidos a TS. Categorizados basadas en su organizacin

TRANS SPLICING ENTRE ALELOS HOMOLOGOS EN Drosophila FACILITA LA EXPRESIN DE GENES ESTRCTURALMENTE COMPLEJOS

1.Genes con mltiples exones terminales 3`.

2. Genes con mltiples exones iniciales 5`.

3. Genes con intrones muy largos.

Drosophila : GENES mod(mdg4) y lola.

contienen exones 5`comunes y mltiples exones alternativos terminales 3`. Exones de mod estn codificados en ambas hebras de ADN, requieren trans-empalme, Exones de lola estn codificados en la misma hebra de ADN cis.

Estudios de interallelic complementation ha demostrados que al menos una isoforma de lola se da por TS
Trans-spliced genes NO pueden ser identificados simplemente por su organizacin genomica

Crece la posiblidad de que otros genes de Drosophila usen trans-splicing para la sintesis de mRNA

Una mezcla de mRNA-de control para investigar la extensin y especificidad del TS.

Secuencia hibrida de mRNA altamente potenciadora de Drosophila Se presume que el Ts en mod(mdg4) y lola (extremadamente especficos)

EXTREMOS EMPAREJADOS mRNA-seq para identificar ts-Genes.

Resultados:
Para buscar TSgenes se prepar una secuencia de extremos pareados de mRNA aislados de la progenie hibrida F1 resultado de la cruza de

Drosophila melanogaster (hembras)

Drosophila sechellia (machos)

LAS MOSCAS FUERON ELEGIDAS por:

Caractersticas cualitativas del genoma Divergencia en la secuencia (~ 3-2%) MAPEO MEDIANTE RNA-seq (se utiliza para la cuantificacin del transcriptoma y analizar la expresin de genes en condiciones especficas).

Diferenciacin de Productos:

Trans spliced RNAs o Productos quimericos generados a travs de la preparacin de librerias. La preparacin de la librera de DNA consiste en el fraccionamiento del DNA genmico (gDNA) en pequeos fragmentos (de 300 a 500 pb) que son posteriormente pulidos (extremos romos) y entonces, ligan adaptadores en ambos extremos.

Obtuvimos 49 millones extremos apareados (mosca hibrida)

54 millones extremos apareados (mosca de control).

D. melanogaster y D. sechellia progenitores.

Extremos apareados CIS (9,678,331 hybrid and 9,069,982 control).

Extremos apareados Trans (136,916 hybrid and 128,182 control mate-pairs).

Frecuancia y especificidad de mod(mdg4) y lola ts

Los posible genes empalmados en trans que indentificamos pueden ser agrupados en tres categorias.

1ra genes que contienen al menos dos exones terminales 3` como mod(mdg4) and lola
Ejemplo para esta clase es CG42235: CG42235-RD y CG42235-RE isoformas.

2da clase contiene genes con dos exones alternativos 5 terminal,

Ejemplo ome.

3ra clase incluye genes con largos intrones

Ejemplo Nmdmc.