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Tecnologas de marcadores moleculares para estudios de diversidad gentica de plantas: Mdulo de aprendizaje

Glosario
Accesin: Muestra de un cultivo recolectada en una localidad y en un tiempo especficos; puede ser de cualquier tamao. Se llama tambin entrada (por la accin de 'entrar' en una coleccin o tener 'acceso' a ella) Acervo gentico: La suma total de los genes, con todas sus variantes, propios de una especie determinada en un momento dado. ADN: Acido desoxirribonucleico, una cadena doble de nucletidos unidos entre s (en los que el componente azcar es la desoxirribosa), que es la molcula fundamental en la trasmisin de los genes. ADNc o ADN complementario: ADN trascrito de una molcula de ARN por un enzima llamada transcriptasa inversa. ADNcp: ADN de los cloroplastos. ADN homoduplex: Molcula de ADN de doble cadena en la que ambas cadenas tienen el mismo origen. ADN microsatlite: Tipo de ADN repetitivo que consiste en repeticiones muy cortas, tales como dinucletidos, trinucletidos o tetranucletidos. Ver tambin ADN repetitivo. ADN minisatlite: Tipo de secuencia de ADN repetitivo que consiste en repeticiones cortas que tienen un ncleo comn nico. Ver tambin ADN repetitivo. ADNmt: ADN de las mitocondrias. ADN polimerasa: Cualquier enzima que sea capaz de sintetizar nuevas cadenas de ADN a partir de un ADN patrn. ADN repetitivo: Tramo de ADN que consta de repeticiones mltiples de un motivo. Ver tambin ADN microsatlite, ADN minisatlite y ADN satlite. ADN satlite: Repeticin de alta frecuencia (desde 1000 hasta ms de 100,000 copias) de un motivo bsico o unidad de repeticin (comnmente de 100 a 300 pares de bases) que se presenta en unos cuantos loci del genoma. Ver tambin ADN repetitivo.

AFLP: Polimorfismo de longitud de fragmentos amplificados. Es un mtodo muy sensible para detectar polimorfismos del ADN. Primero se somete el ADN a digestin con dos enzimas de restriccin; luego se selecciona un subconjunto de los fragmentos de ADN que resultan de la digestin para que sean amplificados en la PCR y, finalmente, visualizados. Alelo: Una de las formas alternas de un gen que puede existir en un locus. Alelo dominante: Alelo que expresa su efecto fenotpico aun cuando est en heterocigosis con un alelo recesivo (ver este trmino). Es decir, si A es dominante sobre a, entonces AA y Aa tienen el mismo fenotipo. Alelo recesivo: Alelo cuyo efecto fenotpico no se expresa en condicin heterocigtica porque es ocultado por el alelo dominante. Aloenzima: Isoenzima cuya sntesis es controlada por los alelos codominantes de un gen. Aminocidos: Compuestos orgnicos bi-funcionales que contienen un grupo bsico amino (NH2) y un grupo cido carboxilo (COOH). Tambin se llaman cidos aminos. Anlisis de heteroduplex: Es el estudio de la movilidad del ADN heteroduplex sometido a electroforesis en geles de poliacrilamida. La reduccin en la movilidad del ADN heteroduplex, comparada con la del ADN homoduplex, es proporcional al grado de divergencia de las secuencias. Ver tambin DGGE, SSCP y TGGE. Apomixis: Es la produccin de un embrin sin meiosis. Las plantas superiores apomcticas producen semillas asexuadas, que provienen de tejido materno solamente. AP-PCR: Reaccin en cadena de la polimerasa iniciada al azar. Una tcnica para amplificar tramos annimos de ADN mediante la PCR. Est relacionada con el RAPD. rbol genealgico: Diagrama simplificado del linaje de una familia que muestra las relaciones entre los miembros de la familia y cmo se han heredado un carcter dado o enfermedades. ARN: cido orgnico constituido por unidades de nucletidos de adenina (A), guanina (G), citosina (C) y uracilo (U) que se repiten, cuyos componentes de ribosa estn unidos con enlaces de tipo fosfo-diester. Autogamia: Es la transferencia del polen desde la antera de una flor al estigma de la misma flor o, a veces, al de una flor genticamente idntica (o sea, de la misma planta o del mismo clon). Es tambin la habilidad que tienen muchas especies vegetales de lograr con xito la fertilizacin natural de ellas mismas. Se llama tambin autopolinizacin. Autorradiografa: Es una tcnica en que las molculas marcadas radiactivamente se visualizan en una pelcula de rayos X. Bacterifago: Virus que infecta bacterias. Sus formas genticamente alteradas se usan como vectores para clonar el ADN.

Banco de germoplasma: Instalacin que se construye para la conservacin ex situ de individuos (semillas), tejidos o clulas reproductivas de plantas o animales. Base: Unidad qumica que caracteriza a un nucletido. En el ADN, las bases son: adenina (A), guanina (G), timina (T) y citosina (C). Las bases del ARN son adenina, guanina, uracilo (U) y citosina. Bases nitrogenadas: Molculas que son componentes importantes de los cidos nucleicos; estn constituidas por una estructura de anillo que contiene nitrgeno. Los puentes de hidrgeno que unen las bases sirven de enlace a las dos cadenas de ADN para formar la doble hlice. CAPS: Secuencia de restriccin amplificada y polimrfica, conocida tambin como PCR-RFLP; es una tcnica que detecta polimorfismos en un locus especfico. Un locus se somete a la amplificacin por PCR y los polimorfismos resultantes se detectan por las diferencias en tamao de los fragmentos de restriccin entre individuos. Carcter: O rasgo, atributo de los individuos de una especie para el cual pueden definirse varias diferencias hereditarias. Cebador: Fragmento corto de ADN o de ARN hibridado con un ADN de cadena simple, y al cual pueden agregarse ms nucletidos mediante la polimerasa de ADN. Cebador arbitrario: Cebador constituido por un oligonucletido corto, que se usa en ciertos mtodos de PCR para iniciar la sntesis del ADN en posiciones aleatorias del ADN patrn. Centrmero: La regin constreida de un cromosoma, a la cual se adhieren las fibras del huso durante la divisin celular. Clonacin: En biologa molecular: es el proceso en que, mediante procedimientos de manipulacin del ADN, se producen copias mltiples de un nico gen o de un segmento de ADN. Codominancia: Es la situacin en que un individuo heterocigtico exhibe el fenotipo de ambos alelos de un gen especfico. Conservacin ex situ: (1) Mtodo de conservacin que implica la remocin de los recursos de germoplasma (semilla, polen, esperma, organismos individuales) de su hbitat original o de su ambiente natural. (2) Es la accin de mantener vivos los componentes de la diversidad biolgica fuera de su hbitat original o de su ambiente natural. Ver Conservacin in situ Conservacin in situ: Es un mtodo de conservacin que pretende preservar la integridad gentica de los recursos genticos mantenindolos dentro de los ecosistemas de evolucin dinmica del hbitat original o del ambiente natural. Ver Conservacin ex situ. Cromatina: Complejo de ADN y protenas de la clula en la interfase. Cromosoma: Organizacin lineal continua de genes y de otro ADN, adems de protenas y del ARN asociado.

Cuello de botella: Breve reduccin del tamao de una poblacin que ocasiona, generalmente, deriva gentica aleatoria. DAF: Amplificacin de la huella de ADN. Tcnica que amplifica tramos annimos de ADN, aplicando la PCR. Est relacionada con el RAPD. DArT: Tecnologa de matrices de diversidad. Delecin: Es una clase especial de mutacin en que se pierde parte del ADN de un cromosoma. Dendrograma: Todo diagrama ramificado que muestre, mediante lneas en forma de U, una jerarqua de categoras u objetos basada en el grado de semejanza o en el nmero de caracteres compartidos. La longitud de cada rama en U representa, a veces, la distancia que separa los dos objetos conectados. Deriva gentica: Es un cambio de frecuencia allica entre una generacin y la siguiente de una poblacin, debida al muestreo de un nmero finito de genes, inevitable en todas las poblaciones de tamao finito. Cuanto ms pequea es la poblacin, mayor es la deriva gentica, y el resultado ser que algunos alelos se pierdan y que la diversidad gentica se reduzca. Desnaturalizacin: Es la separacin de las dos cadenas de la doble hlice del ADN, o la ruptura severa de una molcula compleja sin que se destruyan los enlaces principales de sus cadenas. DGGE: Electroforesis en geles de gradiente desnaturalizante. Mtodo para separar fragmentos de ADN segn su movilidad en condiciones cada vez ms desnaturalizantes (generalmente, por concentracin creciente de formamida o de urea). Ver tambin Anlisis de heteroduplex, SSCP y TGGE. DHPLC: Cromatografa lquida desnaturalizante de alto rendimiento. Este mtodo permite detectar la variacin en la secuencia de un slo par de bases. Doble hlice: Estructura propuesta por Watson y Crick (los primeros en hacerlo) para el ADN, que consta de dos hlices afines unidas por enlaces de hidrgeno que se establecen entre las bases apareadas. Ecotipo: Poblacin o raza de un organismo adaptada a un hbitat especfico. Electroforesis: Tcnica que separa, los componentes de una mezcla de molculas (protenas, ADN, ARN) segn su tamao, como resultado de un campo elctrico en un gel que sirve de soporte. Elemento transponible: Elemento gentico que tiene capacidad para moverse de un sitio a otro en un cromosoma. Algunos se asemejan a los retrovirus y es posible que se hayan originado en ellos. Enzima: Protena que funciona como catalizador de reacciones bioqumicas. Enzima de restriccin: Endonucleasa que reconoce como objetivo una secuencia especfica y corta la cadena de ADN en ese punto.

EST: Marcador de secuencia expresada. Es una seccin pequea de la parte activa de un gen, y est hecha de ADNc. Puede usarse como un marcador, para buscar el resto del gen o para ubicarlo en un segmento ms grande de ADN. Eucariota: Clula u organismo que posee un ncleo rodeado por una membrana, y otros componentes subcelulares diferenciados. Fenotipo: (1) Forma en que se manifiesta un carcter (o grupo de caracteres) en un individuo determinado; (2) la apariencia externa perceptible de un genotipo especfico. F 1, F 2, F 3, : Notacin abreviada que se usa para indicar las diferentes generaciones que ocurren en un experimento de mejoramiento. F1 es la primera generacin filial, o sea, la descendencia del cruzamiento paterno; F2 es la segunda generacin filial, o sea, la descendencia de la autofecundacin o del cruzamiento de los individuos de la F1; y as sucesivamente. Flujo gnico: Intercambio de genes entre poblaciones diferentes aunque, por lo regular, con alguna relacin. Fragmento de restriccin: Fragmento de ADN que ha sido cortado por un enzima de restriccin. Frecuencia allica: Es una medida de la presencia continua o asidua de un alelo en una poblacin, o de la proporcin que representa de todos los alelos de un gen. Gen: Unidad bsica, tanto fsica como funcional, de la herencia, que transmite informacin de una generacin a la siguiente. Es un segmento de ADN que incluye una seccin transcrita y un elemento regulador que permite su transcripcin. Gen estructural: Cualquier gen que codifique para una protena. Genoma: Todo el complemento de material gentico en un organismo. Genoteca: Coleccin de clones de ADN obtenidos de un donante de ADN. Genotipo: Composicin especfica de alelos de toda la clula o, ms comnmente, de determinado gen o de un conjunto de genes. Germoplasma: La variabilidad gentica total disponible de una poblacin de organismos representados por clulas germinales, semillas, etc. Haplotipo: Constitucin allica especfica de cierto nmero de loci en un bloque de ligamiento definido. Herencia: Proceso en que se transmiten los rasgos genticos de los progenitores a sus progenies. Herencia citoplasmtica: Herencia de los genes encontrados en los organelos del citoplasma (los cloroplastos o las mitocondrias). Heteroduplex: Molcula de ADN de doble cadena o hbrido de ADN y ARN, en que cada cadena tiene un origen diferente.

Hbrido: Puede ser: (1) un individuo heterocigtico, o (2) un individuo descendiente de un cruzamiento entre progenitores de diferente genotipo. Hibridacin: En biologa molecular, es la unin de secuencias complementarias de ADN y/o de ARN para formar una estructura de doble cadena. Homlogo: Correspondiente o similar en estructura, posicin u origen. Huella identificadora de ADN: Patrn nico de fragmentos de ADN que puede revelarse mediante la hibridacin Southern o la PCR. Insercin: Anormalidad cromosmica en la que se inserta una secuencia de ADN en un gen, lo que distorsiona la estructura y la funcin normales de ese gen. Isoenzima: Formas mltiples de un enzima cuya sntesis es controlada por ms de un gen. ISSR: Secuencia entre repeticiones simples. Los cebadores de la ISSR quedan anclados en sus extremos 3 para dirigir la amplificacin de los segmentos genmicos entre los ISSR. Ligacin: Proceso en que se unen de nuevo dos o ms fragmentos de ADN. Ligamiento gentico: Proximidad de dos o ms genes en un cromosoma, de modo que los genes tienden a heredarse juntos. Ligasa: Tipo de enzima que puede unir de nuevo un enlace fosfo-diester roto de un cido nucleico. Locus (pl. loci): Sitio especfico de un cromosoma donde est localizado un gen o un trozo definido de ADN. MAAP: Caracterizacin con amplicones mltiples arbitrarios. Trmino colectivo para las tcnicas de tipo PCR en las que se emplean cebadores arbitrarios. Mapa de genes: Es la determinacin de la posicin relativa de los genes en un cromosoma o en un plsmido, y de la distancia que los separa. Marcador: Ubicacin fsica identificable en un cromosoma cuya herencia puede rastrearse (por ejemplo, un gen, un sitio de corte de un enzima de restriccin o marcador de RFLP). Marcador gentico: Un alelo, una banda en un gel o un carcter que sirve experimentalmente como sonda para identificar a un individuo o a alguna de sus caractersticas. Matriz: Manchas pequeas de ADN que se fijan en portaobjetos de vidrio o en membranas de niln. Esta tecnologa se basa en la hibridacin de sondas cortas de oligonucletidos con secuencias complementarias de ADN. Mutacin: Alteracin estructural permanente del ADN. En la mayora de los casos, los cambios ocurridos en el ADN o no tienen ningn efecto o causan algn dao; ocasionalmente, una mutacin puede mejorar la probabilidad de supervivencia de un organismo y pasar el cambio favorable a sus descendientes.

Mutacin puntual: Cambio en un solo par de bases de ADN. Nucleasa: Enzima que corta los enlaces de tipo fosfodister que enlazan los nucletidos adyacentes del ADN y del ARN. Una exonucleasa avanza cortando enlaces desde el extremo de la molcula de sustrato; una endonucleasa corta en sitios internos de la molcula del sustrato. Nucletido: Molcula compuesta por una base nitrogenada, un azcar y un grupo de tipo fosfato. Los nucletidos son los componentes elementales de los cidos nucleicos. Oligonucletido: Segmento corto de ADN sintetizado artificialmente. Par de bases: Las dos bases de nucletidos que estn situadas en diferente cadena de una molcula de cido nucleico y que se mantienen unidas por enlaces de hidrgeno. Las bases pueden emparejarse de dos maneras: adenina con timina (en el ADN) o con uracilo (en el ARN), y guanina con citosina (en ADN y ARN). Ver tambin Secuencia complementaria. Par de genes heterocigtico: Par de genes que tiene dos alelos diferentes en los dos cromosomas de un individuo diploide; por ejemplo, Aa o A1A2. Par de genes homocigtico: Par de genes en que hay alelos idnticos en ambas copias del cromosoma; por ejemplo, AA o aa. Patrn: Molcula que sirve como modelo para sintetizar otra molcula; por ejemplo, una molcula de ADN de cadena simple puede usarse como plantilla para sintetizar la cadena de nucletidos complementaria. PCR: Reaccin en cadena de la polimerasa. Mtodo para amplificar una secuencia de ADN en grandes cantidades mediante una polimerasa estable al calor y con cebadores apropiados, los cuales dirigen la amplificacin de la regin del ADN que interesa. PCR-RFLP: Nombre alternativo para la tcnica conocida como Secuencia de restriccin amplificada y polimrfica o CAPS (Ver este trmino). Pptido: Conjunto de dos o ms aminocidos unidos por un enlace pptidico. Plsmido: Molcula cromosmica de ADN extra que es capaz de replicarse en forma autnoma. Polimerasa: Trmino genrico para los enzimas que llevan a cabo la sntesis de un cido nucleico, usando un patrn de cido nucleico pre-existente y los nucletidos apropiados (es decir, ribonucletidos para el ARN y desoxiribonucletidos para el ADN). Polmero: Molcula compuesta por subunidades repetidas. Polimorfismo: Aparicin de diferentes formas asociadas con diversos alelos de un gen o con homlogos de un cromosoma. Polipptido: Una protena, que es una cadena de aminocidos unidos.

Protena: Polmero de aminocidos unidos por enlaces peptdicos, que puede incluir dos o ms cadenas polipeptdicas. RAPD: Polimorfismo de ADN amplificado al azar. Tcnica que amplifica tramos annimos de ADN empleando la PCR con cebadores arbitrarios. Raza local: Cultivar vegetal o lnea animal que ha evolucionado junto con los agricultores tradicionales y ha sido mejorado(a) genticamente por ellos, sin la intervencin de las prcticas modernas de mejoramiento. Reaccin mltiple (en ingls: multiplexing): Es la realizacin simultnea de varias reacciones diferentes en un mismo tubo de reaccin, o la electroforesis simultnea de varios productos de reaccin obtenidos separadamente, con el fin de aumentar la eficiencia del proceso. Recombinacin: Tambin llamada sobrecruzamiento. Es la produccin de una molcula de ADN con segmentos derivados de ms de una molcula del ADN de los progenitores. En los organismos eucariotas, este proceso se realiza mediante el intercambio recproco de ADN entre cromtidas no hermanas de un par homlogo de cromosomas durante la profase de la primera divisin meitica. La recombinacin permite a los cromosomas la reorganizacin de su material gentico, y de este modo incrementa el potencial de la diversidad gentica. Recursos genticos: Genes que se encuentran en plantas y animales y que tienen un valor real o potencial para los seres humanos. Regiones flanqueantes: Secuencias de ADN que se extienden a uno y otro lado de un gen o de un locus. Repeticin en tndem: Copias mltiples de una misma secuencia de bases en un cromosoma. RFLP: Polimorfismo de longitud de fragmentos de restriccin. La variacin entre los individuos se detecta por las diferencias en los tamaos de los fragmentos de ADN despus de la digestin con un enzima de restriccin. SCAR: Regin amplificada caracterizada por una secuencia Es un locus identificado a partir de un solo fragmento de RAPD que ha sido secuenciado. Se pueden disear cebadores especficos para el locus y usarse para la amplificacin especfica del fragmento mediante PCR. Secuenciar: Determinar el orden de los nucletidos en una molcula de ADN o de ARN, o el orden de los aminocidos en una protena. Secuencia complementaria: Secuencia de una cadena simple de ADN o de ARN, a la cual se puede unir una determinada secuencia de nucletidos para formar una estructura de doble cadena de uno u otro cido. Por ejemplo, TAGGAT es la secuencia complementaria de ATCCTA, donde A = adenina, C = citosina, G = guanina y T = timina. Ver tambin Par de bases. Secuencia de ADN: Orden de las bases de los nucletidos en la molcula de ADN. Secuencia de bases: El orden de las bases de nucletidos en el ADN o el ARN.

Segregacin: Genticamente, se refiere a la produccin de los dos fenotipos separados correspondientes a los dos alelos de un gen. Sintenia: Se dice que ocurre donde todos los loci se localizan en el mismo cromosoma. Los loci quizs no parezcan ligados por las pruebas genticas convencionales de ligamiento pero todava pueden ser sintnicos. Sitio de restriccin: Secuencia determinada de ADN, la cual es reconocida por un enzima de restriccin especfica de ADN. SNP: Polimorfismo de un solo nucletido. Polimorfismos que resultan de la sustitucin de una sola base entre secuencias homlogas. Sonda: Trozo finito de cido nucleico empleado para identificar segmentos especficos de ADN que lleven su secuencia complementaria. SSCP: Polimorfismo de conformacin de cadena nica. Mtodo para distinguir mutaciones en fragmentos de ADN de tamao similar segn la movilidad del ADN de cadena simple bajo electroforesis de geles de poliacrilamida. Ver tambin DGGE, anlisis heteroduplex y TGGE. SSR: Repeticiones de secuencia simple. Ver ADN microsatlite. SSRP: Polimorfismo de repeticiones de secuencia simple. Ver ADN microsatlite. STMS: Sitios de microsatlite de secuencia etiquetada. Los cebadores son construidos de las regiones que flanquean el ADN microsatlite y pueden usarse en reacciones de PCR para amplificar la regin repetida. STS: Sitios de secuencia etiquetada. Trmino general dado a un marcador que se define por la ubicacin exacta de su cebador y por el orden de las bases. Telmeros: Extremos distales de cada brazo cromosmico, involucrados en la replicacin y en la estabilidad de las molculas lineales de ADN. Temperatura de fusin (Tm): Punto medio del intervalo de temperaturas al cual el ADN se desnaturaliza. TGGE: Electroforesis en geles de gradiente de temperatura. Mtodo para separar fragmentos de ADN segn su movilidad en condiciones desnaturalizantes gradualmente ms calientes. Ver tambin DGGE, Anlisis de heteroduplex y SSCP. Tipo silvestre: Tipo o forma de un organismo o gen que se da con ms frecuencia en la naturaleza. Se refiere muchas veces a la forma en que los organismos o los genes se encuentran en la naturaleza, antes de que los investigadores indujeran mutaciones. Transcripcin: Es la sntesis del ARN complementario, usando un patrn de ADN. Transcriptasa inversa: Enzima que, cuando dispone de un cebador de ADN, cataliza la sntesis de una cadena de ADN complementaria a partir de un patrn de ARN.

Transferencia Southern: Procedimiento en que los fragmentos de ADN, separados mediante electroforesis, son transferidos a una membrana para detectar secuencias de bases especficas mediante sondas complementarias marcadas radiactivamente. Se conoce tambin como hibridacin Southern. Variacin somaclonal: La variacin hallada en clulas vegetativas que se dividen mitticamente en un cultivo de tejidos. Vector: Agente (por ejemplo, un plsmido o un virus) que se emplea para transportar un segmento de ADN clonado. VNTR: Nmero variable de repeticiones en tndem. Tipo de polimorfismo caracterizado por un nmero muy variable de copias de secuencias idnticas o estrechamente relacionadas.