UNIVERSIDAD AUTNOMA CHAPINGO DEPARTAMENTO DE SUELOS

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I. DATOS GENERALES
Unidad Acadmica: Programa Educativo: Nivel educativo: rea de conocimientos: Asignatura: Carcter: Tipo: Prerrequisitos: Nombre del profesor: Ciclo escolar: Ao Semestre Horas teora: Horas prctica: Horas totales/semestre:

DE SUELOS

Departamento de Suelos Ingeniero Agrnomo Especialista en Suelos Licenciatura Fertilidad de Suelos

Microbiologa de Suelos
Obligatorio Terico-prctico Bioqumica, Fisicoqumica, Prcticas de la Ciencia del Suelo M.C. Langen Corlay Chee 20072008 5 Primero 4.5 3.0 120

II. RESUMEN DIDCTICO

Este curso forma parte del grupo de asignaturas que se imparten a los alumnos que cursan el primer semestre del quinto grado de la carrera de Ingeniero Agrnomo Especialista en Suelos. La asignatura se relaciona de forma vertical con materias como Fisicoqumica y Bioqumica y de manera horizontal con Fsica de Suelos, adems los conocimientos que el alumno adquiere en este curso se aplican en la produccin agrcola. El curso consta de una parte terica y otra parte prctica. La primera se desarrolla dentro del aula, se imparte en tres sesiones a la semana con una duracin de 1.5 h por clase. Empleando pizarrn, acetatos, diapositivas y videocintas, en forma de conferencia y seminario, se exponen y analizan aspectos relacionados con la Microbiologa de los Suelos. La parte prctica se imparte en 3 h a la semana en el laboratorio de Microbiologa de los Suelos, donde con la supervisin del profesor- se experimentan diversas tcnicas de preparacin, observacin y cultivo de microorganismos, se evala el efecto de las interacciones microbianas con cultivos agrcolas y su impacto en la fertilidad del suelo, una vez que el profesor ha explicado el fundamento de las mismas. Ambas partes del curso se apoyan con actividades extracurriculares como investigaciones cortas en artculos cientficos, libros, internet, memorias de congresos, etc., con el fin de organizar y reforzar los conocimientos adquiridos por el estudiante y

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para ofrecerles una formacin ms integral y de trabajo en equipo. Estas tareas se disean para dar la oportunidad al alumno de desarrollar habilidades de razonamiento, redaccin y planeacin, despertando la creatividad en l para la toma de decisiones y hacerlo responsable de su trabajo. La temtica de los trabajos de investigacin a desarrollar y exponer por los estudiantes en un seminario a fines del semestre, se define en funcin de los intereses propios de los educandos. Los materiales que requiere son: libros, artculos cientficos, acetatos, diapositivas, videos y salidas de prctica. La apropiacin de conocimientos se desarrolla a travs de clases programadas en aula, prcticas en laboratorio, invernadero y campo, acompaadas de trabajos de investigacin y visitas a instalaciones donde se da tratamiento a residuos slidos municipales y aguas residuales. El nivel de aprovechamiento y la adquisicin de habilidades, se evala mediante exmenes parciales, el desempeo y los reportes de prcticas (laboratorio, invernadero, campo y visitas), as como de la exposicin oral y escrita del trabajo de investigacin. Por su carcter integrador, el curso reviste importancia en la formacin de profesionales que habrn de trabajar en un pas como el nuestro, de gran diversidad ambiental y social, en donde hasta el momento existen polticas de desarrollo econmico que, en su mayora, no son adecuadas a todos y cada uno de esos ambientes naturales y sociales.

III. PRESENTACIN
La Microbiologa de Suelos es una disciplina cientfica que estudia a los microorganismos, su diversidad, su adaptabilidad a diversas condiciones y sus efectos en el entorno, incluyendo plantas, animales y el hombre. En virtud del impacto que la microbiologa ha tenido en la ciencia, la salud, la agricultura y la industria de los alimentos, entre otros campos, se ha constituido como una ciencia fundamental en muchas de las carreras del rea biolgica y su aplicacin en suelos, no es la excepcin. En la primera parte del programa (Unidades I, II y III) se revisan conceptos esenciales de la microbiologa con lo que se pretende capacitar al estudiante para facilitarle la comprensin de unidades posteriores (IV y V) donde se discute la actividad microbiana en la transformacin de compuestos orgnicos e inorgnicos, el reciclado de nutrientes y el establecimiento de interacciones benficas para las plantas. Con conocimientos de Microbiologa de los Suelos, el Ingeniero Agrnomo especialista en Suelos, ser capaz de regular, optimizar y explotar la actividad microbiana para beneficio propio, adems podr disear, adecuar y desarrollar tecnologas para el aprovechamiento sustentable de los recursos.

IV. OBJETIVOS
Describir las caractersticas de los diferentes grupos microbianos, a fin de inferir la importancia de los microorganismos en el suelo, en funcin de sus actividades fisiolgicas.

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Aplicar conocimientos bsicos de Microbiologa de Suelos, as como usar las tcnicas y mtodos de aislamiento de microorganismos de importancia agronmica y en la elaboracin de biomejoradores para proponer alternativas de incremento en el rendimiento de los cultivos y en el diseo, adecuacin y puesta en marcha de sistemas de producciones agrcolas integrales, eficientes y perdurables.

V. CONTENIDO
Unidad 1. Introduccin (T 9 h, P 6 h) Objetivos Exponer la forma como se desarrollar y evaluar el curso y de las normas que lo regirn para planear las diversas actividades. Revisar los conceptos fundamentales de la Microbiologa de los Suelos, as como su historia, para establecer su importancia en la produccin agrcola. Comparar los microorganismos, con base en su nivel evolutivo, nivel de organizacin y forma de nutricin con la finalidad de deducir la forma en que los microorganismos satisfacen sus demandas de energa y nutrimentos. Emplear las metodologas ms comunes en el estudio de los microorganismos para facilitar la identificacin de organismos procariotas y eucariotas por sus caractersticas microscpicas y fisiolgicas. Contenido 1.1. 1.2. 1.3. 1.4. Definicin (0.5 h) Historia de la Microbiologa (0.5 h) Importancia de los microorganismos en el suelo (0.5 h) Clasificacin de los seres vivos (1 h). Clasificacin de los microorganismos: concepto de cepa, especie, gnero; caractersticas usadas para clasificar a los principales grupos microbianos. 1.5. Caractersticas de clulas procariotas y eucariotas (1.5 h). Estructura y funcin de componentes celulares diferenciales.

Prctica 1: Uso y cuidado del microscopio de campo claro (1.5 h). Objetivo Identificar las funciones y componentes del microscopio de campo claro para utilizar este equipo en el estudio de microorganismos.

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Prctica 2: Determinacin de la morfologa microbiana de clulas procariotas y eucariotas (1.5 h). Objetivo Analizar clulas procariotas y eucariotas para determinar su morfologa. 1.6. Crecimiento y metabolismo microbiano (3 h) 1.6.1 Fuentes de nutrimentos: carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno, fsforo y azufre. 1.6.2 Factores de crecimiento: requerimientos de oxgeno, pH, temperatura, luz, etc. 1.6.3 Formas de produccin de energa: respiracin aerobia, respiracin anaerobia, fermentacin, gluclisis, fosforilacin cclica y no cclica. 1.7 Transporte de nutrimentos (2 h). Naturaleza del transporte activo y pasivo. Pinocitosis y fagocitosis.

Prctica 3. Elaboracin de medios de cultivo. Mtodos de esterilizacin y desinfeccin (3 h). Objetivo Elaborar medios de cultivo para disponer de organismos microbiolgicos necesarios en esta asignatura.

Unidad 2 . La Comunidad Microbiana del Suelo (T = 20 h, P = 7 h) Objetivo Describir los organismos habitantes del suelo, de acuerdo con su morfologa, dimensiones y actividad metablica para definir su importancia en la sustentabilidad del recurso suelo. Analizar el fundamento de las metodologas ms frecuentemente empleadas en el estudio de los organismos del suelo a fin de sealar sus ventajas y desventajas. 2.1. Macrobiota y mesobiota (fauna edfica) (2 h) 2.1.1. Platelmintos, Asquelmintos (Nemtodos y Rotferos). 2.1.2. Moluscos (caracoles y babosas). 2.1.3. Artrpodos: Miripodos (ciempis y milpis), Insectos (Colmbolos, Ispteros, Colepteros, Dpteros, Himenpteros), Arcnidos y caros. 2.1.4. Importancia en el suelo. 2.2 Microbiota (16 h) 2.2.1 Protistas superiores: Protozoos, Algas y Hongos. 2.2.2 Protistas inferiores: Arqueobacterias, Bacterias y Cianobacterias. 2.2.3 Virus 2.2.4 Actividades en el suelo.

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2.3 Mtodos para estudiar los organismos del suelo (2 h) 2.3.1 Mtodos cualitativos 2.3.2 Mtodos cuantitativos

Prctica 4: Colecta de muestras de suelo para anlisis microbiolgico (1 h) Objetivo Colectar suelos para analizar su contenido microbiolgico

Prctica 5: Aislamiento y cuantificacin de bacterias, hongos y actinomicetos. Obtencin de cultivos puros (6 h) Objetivo Aislar y cuantificar microorganismos para obtener cultivos puros.

Unidad 3. El Suelo como Entorno Microbiano (T = 10.5 h, P = 6 h) Objetivos Analizar las condiciones y las simbiosis presentes en el suelo para determinar su impacto en la abundancia, distribucin, diversidad y actividad de los grupos microbianos del suelo. Describir las fases del crecimiento microbiano as como la reproduccin asexual y sexual para generar aplicaciones en el control y aprovechamiento de los microorganismos a travs de Ingeniera Gentica y Biotecnologa. Contenido 3.1. Distribucin de los microorganismos en el suelo (0.5 h) 3.2. Factores ambientales que afectan a los microorganismos del suelo (2 h): temperatura, pH, potencial de xido-reduccin y humedad 3.3. Efectos del manejo del suelo en los microorganismos (2 h): labranza, aplicacin de agroqumicos, deforestacin, contaminacin con hidrocarburos, etc.

Prctica 6: Anlisis Cualitativo de la Fauna Microbiana del Suelo (6 h) Objetivo Analizar cuantitativamente la fauna microbiana para describir su comportamiento. 3.4. Cintica del crecimiento microbiano (3 h) 3.4.1. Reproduccin asexual en los principales grupos microbianos 3.4.2. Curvas de crecimiento bacteriano, sus fases y significado 3.4.3. Reproduccin sexual y mecanismos de transferencia de material gentico en los principales grupos microbianos y su importancia en la Ingeniera Gentica.

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3.5. Interacciones biolgicas (2 h) 3.5.1. Benficas: comensalismo, protocooperacin, mutualismo 3.5.2. Perjudiciales: amensalismo, depredacin, parasitismo 3.6. Alteracin del medio microbiano por las races de las plantas (1 h). Composicin de la poblacin de la rizsfera. Efectos diversos de las races sobre los microorganismos: naturaleza de los exudados, factores que afectan la exudacin. Relacin R/S de los microorganismos del suelo.

Unidad 4. Los Microorganismos del Suelo y los Ciclos Nutricionales (T = 27 h, P = 6 h) Objetivos Discutir el papel de la actividad microbiana en el reciclado de los nutrimentos ms importantes que las plantas requieren en su crecimiento, con el fin de que disear sistemas de produccin en forma integral y eficiente de los recursos naturales as como planear una produccin ptima y perdurable. 4.1. Ciclo del Carbono (8 h) 4.1.1. Fotosntesis. 4.1.1.1. Fuentes y composicin qumica de materiales orgnicos. 4.1.2. Descomposicin de los materiales orgnicos 4.1.2.1. Procesos de descomposicin (mineralizacin y humificacin). Cuantificacin de la mineralizacin del carbono.

Prctica 7: Actividad Microbiana en el Suelo (6 h) Objetivo Analizar la actividad microbiana en el suelo para establecer su importancia en agronoma. 4.1.2.2. Factores que afectan la degradacin de compuestos orgnicos 4.1.2.3. Bioqumica de la descomposicin de celulosa, hemicelulosas, lignina, almidn, quitina, protenas, pectinas y compuestos relacionados, etc. 4.1.2.4. Caractersticas e importancia de las sustancias hmicas. 4.1.3. Produccin de metano 4.2. Ciclo del Nitrgeno (9 h) 4.2.1. Mineralizacin o Amonificacin 4.2.2. Inmovilizacin 4.2.2.1. Relacin C:N 4.2.2.2. Factores que afectan la mineralizacin e inmovilizacin de nitrgeno 4.2.2.3. Importancia 4.2.3. Nitrificacin

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4.2.3.1. Microorganismos participantes 4.2.3.2. Bioqumica de la nitrificacin 4.2.3.3. Factores que afectan la nitrificacin 4.2.3.4. Importancia 4.2.4. Desnitrificacin 4.2.4.1. Factores que afectan la desnitrificacin 4.2.4.2. Importancia 4.2.5. Fijacin del nitrgeno 4.2.5.1. Fijacin no biolgica 4.2.5.2. Fijacin biolgica 4.2.5.3. Importancia 4.3. Ciclo del Fsforo (4 h) 4.3.1. Formas del P en el suelo 4.3.2. Solubilizacin 4.3.3. Inmovilizacin y Mineralizacin 4.3.4. Reacciones de xido-reduccin 4.3.5. Eutroficacin 4.4. Ciclo del Azufre (2 h) 4.4.1. Inmovilizacin 4.4.2. Mineralizacin 4.4.3. Reduccin 4.4.4. Oxidacin 4.5. Ciclos del hierro y manganeso (1 h) 4.5.1. Reacciones de xido-reduccin 4.5.2. Solubilizacin 4.5.3. Importancia de las transformaciones microbianas del hierro y del manganeso: interaccin de hierro y manganeso, precipitacin de sulfuros, corrosin de caeras, barniz de roca, biolixiviacin. Unidad 5. Interacciones Microbianas del Suelo (T = 16 h, P = 12 h) Objetivo Caracterizar las interacciones benficas en las plantas, as como describir la distribucin y ecologa de las simbiosis fijadoras de nitrgeno y de las micorrizas, con la finalidad de formular inoculantes microbianos y tambin evaluar su efecto sobre el crecimiento de las plantas. 5.1. Fijacin simbitica de nitrgeno (6.5 h) 5.1.1. Con Frankia 5.1.2. Con Rhizobium Prctica 8. Aislamiento de bacterias del gnero Rhizobium (3 h). Objetivo Aislar bacterias del gnero Rhizobium para establecer su importancia con relacin a otras bacterias.

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Prctica 9. Preparacin y evaluacin de inoculantes con Rhizobium (actividades extraclase en campo y laboratorio durante 8 a 10 semanas). Objetivo Preparar y evaluar inoculantes con Rhizobium para demostrar su uso en agronoma.

5.2. Micorrizas (8.5 h) 5.2.1. Micorrizas ectotrficas. Estructura y desarrollo. Factores que influyen su formacin. Fisiologa. Ecologa. Efecto en plantas. 5.2.2. Micorrizas endotrficas. Estructura y desarrollo. Factores que influyen su formacin. Fisiologa. Ecologa. Efecto en plantas. Prctica 10. Observacin de micorrizas vesculo-arbusculares en diferentes cultivos (6 h) Objetivos Observar micorrizas vesculo-arbusculares en diferentes cultivos a fin de comprender su importancia en agricultura.

VI. METODOLOGA
Se emplean mtodos tradicionales de enseanza como la exposicin por parte del profesor de cada uno de los temas, mediante el uso del pizarrn, acetatos y diapositivas as como el debate en algunas unidades del programa. Adems se utilizan los instrumentos necesarios en cada una de las tcnicas de observacin y cultivo de microorganismos para evaluar la habilidad adquirida por el alumno durante el curso. Para el Seminario, se forman equipos los cuales realizan una investigacin bibliogrfica de un tema del programa de la asignatura o relacionado con el mismo, a libre eleccin de los integrantes.

VII. EVALUACIN
La parte terica tiene un valor equivalente del 60% del curso, el resto (40%) corresponde a la parte prctica. Para promediar las calificaciones obtenidas es obligatorio que el estudiante apruebe ambas partes. La calificacin mnima aprobatoria es de 66/100. Adicionalmente, la adquisicin de los conocimientos tericos se evaluar a travs de al menos tres exmenes escritos mientras que la parte prctica se ponderar con asistencia, desempeo y reportes de prcticas. Los reportes de prcticas seguirn un formato tipo artculo cientfico: Introduccin, Revisin Bibliogrfica, Objetivos, Materiales y Mtodos, Resultados y Discusin, Conclusiones y Referencias.

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Fechas tentativas para la aplicacin de los exmenes escritos 1er examen unidades 1 y 2 2 examen unidades 3 y 4 3er examen unidad 5 Examen final septiembre noviembre noviembre diciembre

VIII. BIBLIOGRAFA BSICA Alexander, M. 1980. Introduccin a la microbiologa del suelo. AGT editores. Mxico, D. F. Mxico. Coyne, M. 2000. Microbiologa del Suelo: Un enfoque exploratorio. Paraninfo. Madrid, Espaa. Ferrera-Cerrato, R. 1993. Manual de agromicrobiologa. Trillas. Mxico, D. F. Mxico. Killham, K. 1994. Soil Ecology. Cambridge University Press. Cambridge, U.K. Madigan, M.T., Martinko, J.M., y Parker, J. 1998. Brock Biologa de los microorganismos. Prentice Hall. Madrid. Espaa. Metting, F. B. Jr. (Ed). 1993. Soil Microbial Ecology: applications in agriculture and environmental management. Marcel Dekker, Inc. New York. USA. Pelzcar, M. J., y Reid, R. D. 1996: Microbiologa. 2a Edicin. Espaa.

BIBLIOGRAFA COMPLEMENTARIA Alani, D. I. 1986. Perspectives in biotechnology and applied microbiology. Elsevier Applied Science. London, U. K. Allen, O. N., and Allen, E. K., 1981. The leguminoseae. A source book of characteristics, uses and Nodulation. The University of Wisconsin Press. Madison. U.S.A. Atkins, C. A. 1984. Efficiencies and inefficiencies in the legume/Rhizobium symbiosis. A review. Plant and Soil. 82: 273-284. Atlas, R. M. 1997. Principles of Microbiology. WCB/McGraw-Hill. 2nd ed. New York. Bergersen, F. J. 1980. Methods for evaluation Biological Nitrogen Fixation. Ed. John Wiley & Sons. New York. U.S.A. Brill, W. J. 1980. Nitrogen Fixation. En: Carlson, P.S. ed. The Biology of Crop Productivity. Academic press, Inc. USA.

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Brock, T.D. Smith, D. W., y Madigan, M. T. 1987. Biologa de los microorganismos. 4 edicin. Prentice Hall. Editorial Hispanoamericana, S. A. Mxico. Curl, E. A., and Truelove, B. 1986. The Rhizosphere. Springer-Verlag. Alemania. Darbyshire J. F. (Ed.). 1994. Soil Protozoa. CAB International. Wallingford, U.K. Elkan, G. H. 1987. Symbiotic Nitrogen Fixation Technology. Marcel Dekker, Inc. New York USA. Gray, G. Y. 1980. Microbiologa. 3 edicin. Editorial CECSA. Mxico. Hegde, D. M., Dwivedi, B. S., and Sudhakara Babu, S. N. 1999. Biofertilizers for cereal production in India - A review. Indian Journal of Agricultural Sciences 69(2): 7383. Hussain, T., Javaid, T., Parr, J. F., Jilani, G., and Haq, M. A. 1999. Rice and wheat production in Pakistan with effective microorganisms. American Journal of Alternative Agriculture 14(1): 30-36. Kunz, B. 1986. Cultivo de microorganismos para la produccin de alimentos. Acribia. Zaragoza, Espaa. Lynch. 1983. Soil Biotechnology. Microbiological factors in crop productivity. Blackwell Scientific Publications. Oxford, U.K. Paul, E.A. and F.E. Clark. 1989. Soil microbiology and biochemistry. Academic Press, Inc. San Diego, CA. USA. Pelzcar, M. J., Reid, R. D., y Chan, E. C. S. 1982: Microbiologa. 4a Edicin. Editorial McGraw-Hill. Mxico. p. 664.

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