BIOMOLECULAS

PROTENAS, ENZIMAS Y CIDOS NUCLEICOS

PROTENAS
Las protenas son esenciales en la qumica de la vida. Estas macromolculas se
emplean como componentes estructurales de las clulas y tejidos, as que el
crecimiento, la restauracin y el mantenimiento del organismo dependen del
abastecimiento adecuado de esas sustancias. Algunas son enzimas, molculas
especiales que regulan miles de reacciones qumicas distintas que ocurren en los
seres vivos.
Los elementos protenicos constitutivos de cada clula son la clave de su estilo de
vida. Cada tipo celular posee una distribucin, cantidad y especie de protenas que
determina el funcionamiento y la apariencia de la clula. Una clula muscular difiere
de otras en virtud de su gran contenido de protenas contrctiles, como la miosina y
la actina, a las que se debe, en gran parte su apariencia y su capacidad de
contraccin. La protena llamada hemoglobina, que se encuentra en los glbulos
rojos o eritrocitos, se ocupa de la especializada funcin de transportar oxgeno.
La mayor parte de las protenas son especficas de cada especie; es decir, las
protenas varan un poco de una especie a otra, de manera que el complemento de
cada una de ellas (determinado por las instrucciones de los genes) es el principal
factor de las diferencias que median entre una especie y otra. As, las protenas en
las clulas de un perro varan un poco con respecto a las de un zorro o a las de un
coyote. Se cree que el grado de diferencia depende de las relaciones evolutivas. Los
organismos vagamente relacionados tienen protenas que difieren en forma ms
marcada, que las de aquellos entre los cuales se establece una relacin evolutiva
ms estrecha. Algunas protenas apenas son diferentes an entre individuos de una
misma especie, por lo que se considera que cada organismo es nico, desde el
punto de vista bioqumico. Slo individuos genticamente idnticos (gemelos
idnticos o cepas de organismos cultivados en relacin muy estrecha) presentan
protenas idnticas.
Funciones biolgicas de las protenas
racias a su gran hetereogeneidad estructural, las protenas asumen funciones
muy variadas. Describir las funciones de las protenas equivale a describir en
trminos moleculares todos los fenmenos biolgicos. Podemos destacar las
siguientes:
O Funcin enzimtica. La gran mayora de las reacciones metablicas tienen
lugar gracias a la presencia de un catalizador de naturaleza proteica especfico para
cada reaccin. Estos biocatalizadores reciben el nombre de enzimas. La gran
mayora de las protenas son enzimas.
O Funcin hormonal. Las hormonas son sustancias producidas por una clula y
que una vez secretadas ejercen su accin sobre otras clulas dotadas de un
receptor adecuado. Algunas hormonas son de naturaleza proteica, como la insulina
y el glucagn (que regulan los niveles de glucosa en sangre) o las hormonas
segregadas por la hipfisis como la hormona del crecimiento, o la calcitonina (que
regula el metabolismo del calcio).
O Reconocimiento de seales qumicas. La superficie celular alberga un gran
nmero de protenas encargadas del reconocimiento de seales qumicas de muy
diverso tipo (figura de la izquierda). Existen receptores hormonales, de
neurotransmisores, de anticuerpos, de virus, de bacterias, etc. En muchos casos,
los ligandos que reconoce el receptor ( hormonas y neurotransmisores) son, a su
vez, de naturaleza proteica.
O Funcin de transporte. En los seres vivos son esenciales los fenmenos de
transporte, bien para llevar una molcula hidrofbica a travs de un medio acuoso
(transporte de oxgeno o lpidos a travs de la sangre) o bien para transportar
molculas polares a travs de barreras hidrofbicas (transporte a travs de la
membrana plasmtica). Los transportadores biolgicos son siempre protenas.
O Funcin estructural. Las clulas poseen un citoesqueleto de naturaleza
proteica que constituye un armazn alrededor del cual se organizan todos sus
componentes, y que dirige fenmenos tan importantes como el transporte
intracelular o la divisin celular. En los tejidos de sostn (conjuntivo, seo,
cartilaginoso) de los vertebrados, las fibras de colgeno forman parte importante de
la matriz extracelular y son las encargadas de conferir resistencia mecnica tanto a
la traccin como a la compresin
O Funcin de defensa. La propiedad fundamental de los mecanismos de defensa
es la de discriminar lo propio de lo extrao. En bacterias, una serie de protenas
llamadas endonucleasas de restriccin se encargan de identificar y destruir aquellas
molculas de DNA que no identifica como propias (en color blanco en la figura de la
derecha). En los vertebrados superiores, las inmunoglobulinas se encargan de
reconocer molculas u organismos extraos y se unen a ellos para facilitar su
destruccin por las clulas del sistema inmunitario
O Funcin de movimiento. Todas las funciones de motilidad de los seres vivos
estn relacionadas con las protenas. As, la contraccin del msculo resulta de la
interaccin entre dos protenas, la actina y la miosina. El movimiento de la clula
mediante cilios y flagelos est relacionado con las protenas que forman los
microtbulos
O Funciones de reserva. La ovoalbmina de la clara de huevo, la lactoalbmina
de la leche, la gliadina del grano de trigo y la hordena de la cebada, constituyen
una reserva de aminocidos para el futuro desarrollo del embrin.
O Funciones reguladoras. Muchas protenas se unen al DNA y de esta forma
controlan la transcripcin gnica. De esta forma el organismo se asegura de que la
clula, en todo momento, tenga todas las protenas necesarias para desempear
normalmente sus funciones. Las distintas fases del ciclo celular son el resultado de
un complejo mecanismo de regulacin desempeado por protenas como la ciclina
O Otras funciones. Los fenmenos de transduccin (cambio en la naturaleza
fsico-qumica de seales) estn mediados por protenas. As, durante el proceso de
la visin, la rodopsina de la retina convierte (o mejor dicho, transduce) un fotn
luminoso (una seal fsica) en un impulso nervioso (una seal elctrica) y un
receptor hormonal convierte una seal qumica (una hormona) en una serie de
modificaciones en el estado funcional de la clula.
Aminocidos
Es esencial tener un conocimiento bsico acerca de la qumica de las protenas,
para entender la nutricin y otros conceptos del metabolismo. Las protenas se
componen de carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno y a veces, azufre. Los tomos
de estos elementos suelen formar subunidades moleculares denominadas
aminocidos.
Los veinte tipos distintos de aminocidos que se encuentran en condiciones
normales en las protenas contienen un grupo amino (-NH
2
) y un grupo carboxilo (-
COOH) unidos al mismo tomo de carbono, llamado carbono alfa. Los aminocidos
difieren en su grupo R o cadena lateral unida al carbono alfa. La glicina, el
aminocido ms simple presenta un hidrgeno como grupo R o cadena lateral; la
alanina un grupo metilo (-CH
3
).
Los aminocidos puestos en una solucin de pH neutro se comportan como iones
dipolares. Esta es la forma en que se comportan en el pH celular. El grupo amino (-
NH
2
) acepta un protn hasta convertirse en -NH
3
+
y el grupo carboxilo dona un
protn convirtindose en -COO- disociado. Segn se mencion, la solucin de un
cido y su base conjugada sirve de amortiguador y resiste cambios en el pH cuando
se agrega un cido o una base. racias a los grupos amino y carboxilo de una
protena, al encontrarse sta en una solucin, resiste cambios en la acidez o
alcalinidad y, por lo tanto, desempea las funciones de un importante amortiguador
biolgico.
El carbono alfa de un aminocido es un carbono asimtrico. Por tanto, cada
aminocido puede presentarse en dos enantimeros distintos, o imgenes en
espejo. Ambas imgenes se Ilaman L-ismero y D-ismero. Cuando se sintetiza un
aminocido en el laboratorio se produce una mezcla de ismeros L y D. Sin
embargo los de los seres vivos son casi exclusivamente L-ismeros. Una excepcin
seran los pocos aminocidos D presentes en los antibiticos producidos por los
hongos.

Los aminocidos se agrupan en la figura segn las propiedades de sus cadenas
laterales. Los aminocidos con cadenas laterales no polares son hidrfobos, en
tanto que aqullos con cadenas laterales polares son hidrfilos. Los aminocidos
cidos tienen cadenas laterales con un grupo carboxilo. En el pH celular, el grupo
carboxilo se disocia de manera que el grupo R tiene una carga negativa. Los
aminocidos bsicos tienen carga positiva debido a la disociacin del grupo amino
en su cadena lateral. Las cadenas laterales cidas o bsicas son inicas y por tanto,
son hidrfilas. Adems de los veinte aminocidos conocidos, algunas protenas
contienen otros aminocidos menos comunes. Estos se producen por la
modificacin de aqullos, al formar parte de una protena. Por ejemplo, la lisina y la
prolina pueden convertirse en hidroxilisina e hidroxiprolina respectivamente
despus de incorporarse al colgeno. Estos aminocidos dan origen a enlaces
cruzados entre las cadenas peptdicas del colgeno. Dichos enlaces aportan la
firmeza y la fuerza de las molculas del colgeno, que es uno de los principales
componentes del cartlago, del hueso y de otros tejidos conectivos.
Con excepciones, las plantas sintetizan todos sus aminocidos a partir de
sustancias ms simples. Las clulas humanas y animales fabrican algunos de
importancia biolgica, aunque no todos, si cuentan con la materia prima necesaria.
Aquellos que los animales no pueden sintetizar, deben obtenerlos en la dieta: stos
son los llamados aminocidos esenciales. Los animales tienen distintas capacidades
de biosntesis; lo que para un animal es un aminocido esencial, para otro puede no
serlo.
Las cadenas de polipptidos se forman a partir de aminocidos
Los aminocidos se combinan por medios qumicos unos con otros enlazando el
carbono del grupo carboxilo de una molcula con el nitrgeno del grupo amino de
otra. El enlace covalente que une dos aminocidos se denomina enlace peptdico.
Cuando dos aminocidos se combinan, se forma un dipptido; una cadena ms
larga recibe el nombre polipptido. El elaborado proceso por medio del cual se
sintetizan polipptidos se tratar ms adelante.






Un polipptido contendr cientos de aminocidos unidos en un orden lineal
especfico. Una protena se forma por una o varias cadenas de polipptidos. Puede
formarse una variedad casi infinita de molculas protenicas. Debe aclararse que
una protena difiere de otra en cuanto al nmero, tipo y secuencia de los
aminocidos que la conforman. Los veinte tipos que se encuentran en las protenas
biolgicas podran considerarse como letras de un alfabeto de protenas, de manera
que cada protena sera una palabra formada por distintas letras.
Estructura de las protenas: niveles de organizacin
Las cadenas de polipptidos que forman una protena se encuentran enrolladas o
plegadas de modo que forman una macromolcula con una conformacin
especfica, tridimensional. Esta conformacin determina la funcin de la protena.
Por ejemplo, la conformacin nica de una enzima le permite "identificar" y actuar
sobre su sustrato, sustancia que dicha enzima regula. La forma de una protena
hormonal le permite combinarse con su receptor en el sitio de la clula blanco. (La
clula sobre la cual la hormona est diseada para actuar.)
Las protenas se clasifican en fibrosas o globulares. En las protenas fibrosas, las
cadenas de polipptidos estn dispuestas en lminas largas; en las protenas
globulares las cadenas de polipptidos se encuentran plegadas en forma estrecha a
fin de producir una molcula compacta, de forma esfrica. La mayor parte de las
enzimas son protenas globulares. Hay varios niveles de organizacin en una
molcula protenica: primario, secundario, terciario y cuaternario.
Estructura primaria
La secuencia de aminocidos en una cadena de polipptidos determina su
estructura primaria. Esta secuencia, se especifica por la informacin gentica.
Utilizando mtodos analticos ideados al inicio del decenio de 1950, algunos
investigadores determinaron la secuencia exacta de los aminocidos que
constituyen una molcula de protena. La insulina, hormona secretada por el
pncreas, que se utiliza en el tratamiento de la diabetes, fue la primera protena
cuya secuencia de aminocidos en la cadena polipeptdica pudo determinarse. La
insulina contiene 51 unidades de aminocidos unidos en dos cadenas enlazadas.
Estructura secundaria
La estructura secundaria de las
protenas implica que las cadenas se
pliegan y forman un hlice u otra
estructura regular. Esta uniformidad
se debe a las interacciones entre los
tomos del esqueleto regular de la
cadena peptdica. Los grupos
funcionales no intervienen en la
formacin de enlaces de la estructura
secundaria. Las cadenas peptidicas no
suelen encontrarse aplanadas ni se
pliegan al azar sino que se pliegan y
dan lugar a una estructura
tridimensional especfica. Una
estructura secundaria que se observa
con frecuencia en las molculas de
protena es la llamada hlice alfa.
Esto abarca la formacin de espirales
de una cadena peptdica. La hlice alfa
es una estructura geomtrica muy
uniforme y en cada giro se encuentran
3,6 aminocidos. La estructura
helicoidal se determina y mantiene
mediante puentes de hidrgeno entre
los aminocidos en los giros sucesivos
de la espiral. En la estructura
alfahelicoidal, los puentes de
hidrgeno ocurren entre tomos de
una misma cadena peptdica.La hlice
alfa es la unidad estructural bsica de las protenas fibrosas como la lana, cabello,
piel y uas. Las fibras son elsticas porque los enlaces de hidrgeno pueden
reformarse. Este es el motivo por el cual el cabello humano puede estirarse hasta
cierto largo y luego recupera su longitud.
Otro tipo de
estructura
secundaria es el
denominado
lmina plegada
beta. En stas los
puentes de
hidrgeno pueden
ocurrir entre
diferentes cadenas
polipeptdicas
(lmina
intercatenaria);
cada cadena en
forma de zigzag
est completamente extendida y los enlaces de hidrgeno ocasionan la formacin
de la estructura en forma de lmina. Pero tambin se pueden formar lminas
plegadas entre regiones diferentes de una misma cadena peptdica (lmina
intracatenaria). Esta estructura es ms flexible que elstica. La fibrona, la
protena de la seda, est caracterizada por una estructura de lmina plegada beta;
el ncleo de muchas protenas globulares tambien est formado por lminas beta.
Las estructuras laminares intracatenarias ocurren sobre todo en protenas
globulares, en tanto que las intercatenarias entre las fibrosas. En ambos casos son
posibles dos formas laminares, segn el alineamiento de las diferentes cadenas o
segmentos: si stos se alinean en la misma direccin (de extremo N- a C-terminal,
por ej.) la disposicin es una lmina beta paralela, en tanto que si estn alineados
en sentido opuesto, la lmina es beta antiparalela. Si bien ambos casos ocurren en
la naturaleza, la estructura antiparalela es ms estable porque los dipolos C=O y
N-H estn mejor orientados para una interaccin ptima.
En las protenas fibrosas la estructura es exclusivamente helicoidal (colgeno) o
exclusivamente laminar, pero en las protenas globulares la estructura secundaria
siempre tiene una porcin que no es ni helicoidal ni laminar, denominada aleatoria
(zonas de conexin); estas protenas pueden ser parcialmente helicoidales y
aleatorias, parcialmente laminares y aleatorias, totalmente aleatorias o una mezcla
variable de partes de ordenamiento helicoidal, laminar y aleatorio.
Un concepto muy utilizado en la estructura tridimensional de una protena es el
dominio, que corresponde a una zona de la molcula que tiene caractersticas
estructurales definidas. En una molcula de protena puede haber ms de un
dominio y este hecho est relacionado con la funcin de la misma. Los dominios
suelen ser muy conservados a lo largo de la evolucin: las proteasas "tipo papana
de virus, bacterias, plantas y animales tienen una estructura compuesta de dos
dominios entre los cuales se ubica el sitio activo de la enzima.
Estructura terciaria
La estructura terciana
de una molcula de
protena est
determinada por la
forma que adopta cada
cadena polipeptdica.
Esta estructura
tridimensional est
determinada por cuatro
factores que se deben a
interacciones entre los
grupos R:
1. Puentes de hidrgeno
entre los grupos R de las subunidades de aminocidos en asas adyacentes de la
misma cadena de polipptidos.
2. Atraccin inica entre los grupos R con cargas positivas y aqullos con cargas
negativas.
3. Interacciones hidrfobas derivadas de la tendencia de los grupos R no polares
para asociarse hacia el centro de la estructura globular, lejos del Iquido que los
rodea.
4. Los enlaces disulfuro, que son
covalentes (-S-S-), unen los
tomos de azufre de dos
subunidades de cistena. Estos
enlaces pueden unir dos porciones
de una misma cadena o dos
cadenas distintas.
Estructura cuaternaria
Las protenas compuestas de dos
o ms cadenas de polipptidos
adquieren una estructura
cuaternaria: cada cadena muestra
estructuras primaria, secundaria y
terciaria y forma una molcula
protenica biolgicamente activa.
La hemoglobina, protena de los
glbulos rojos encargada del transporte de oxgeno, es un ejemplo de protena
globular con estructura cuaternaria. La hemoglobina est compuesta por 574
aminocidos dispuestos en cuatro cadenas polipeptdicas: dos cadenas alfa
idnticas y dos cadenas beta idnticas entre s. Su frmula qumica es
C
3032
H
4816
0
872
S
8
Fe
4

La estructura de las protenas determina su funcin
La estructura de las protenas determina la actividad biolgica de stas. De entre
las innumerables conformaciones tericamente posibles de una protena,
generalmente hay una que predomina. Esta conformacin es generalmente la ms
estable y en ese caso se dice que la protena se encuentra en estado nativo
(protena nativa).
La actividad biolgica de una protena puede ser afectada por cambios en la
secuencia de aminocidos o en la conformacin de la protena. Cuando ocurre una
mutacin (cambio qumico en un gen) que ocasiona un cambio en la secuencia de
aminocidos de la hemoglobina, puede producirse un trastorno: anemia de cIulas
falciformes. Las molculas de hemoglobina en una persona con anemia de clulas
falciformes tienen el aminocido valina, en vez de cido glutmico en la posicin 6,
es decir, el sexto aminocido del extremo terminal de la cadena beta. La sustitucin
de la valina con una cadena lateral sin carga por glutamato con una cadena lateral
con carga hace que la hemoglobina sea menos soluble y ms propensa a formar
estructuras en forma de cristal, lo que provoca un cambio en la forma de los
glbulos rojos.
Los cambios en la estructura tridimensional de una protena tambin alteran su
actividad biolgica. Cuando una protena se calienta o se trata con algunas
sustancias qumicas, su estructura terciaria se distorsiona y la cadena peptdica en
espiral se desdobla para dar lugar a una conformacin ms al azar. Este
desdoblamiento se acompaa de una prdida de su actividad biolgica; por ejemplo
de su capacidad de actuar como enzima. Este cambio en la forma de la protena y
la prdida de su actividad biolgica se Ilama desnaturalizacin. En general, la
desnaturalizacin no puede revertirse; sin embargo, en determinadas condiciones,
algunas protenas que han sido desnaturalizadas recuperan su forma original y su
actividad biolgica cuando se restauran las condiciones normales del medio.
Las protenas no son eternas y en las clulas es frecuente que las molculas de
protena se sinteticen y se degraden de acuerdo a las necesidades celulares. La
degradacin de una protena es llevada a cabo por proteasas o peptidasas que
hidrolizan algunas o todas las uniones peptdicas, con lo que la protena puede
quedar reducida a sus unidades constitutivas, los aminocidos, que pueden luego
ser utilizados para construir molculas de la misma o de otra protena. El proceso
de hidrliisis destruye la estructura primaria y en el laboratorio puede ser llevado a
cabo por la accin de enzimas o por cidos o lcalis concentrados y a elevadas
temperaturas.

LAS ENZIMAS, UN TIPO ESPECIAL DE PROTENAS
Llegamos ahora a las protenas ms notables y altamente especializadas, las
enzimas. Son los catalizadores de las reacciones de los sistemas biolgicos. Tienen
un gran poder cataltico, a menudo muy superior al de los catalizadores sintticos.
Poseen un elevado grado de especificidad respecto a sus sustratos, aceleran
reacciones qumicas especficas y funcionan en soluciones acuosas en condiciones
muy suaves de temperatura y pH. Hay pocos catalizadores no biolgicos que
tengan todas estas propiedades.
Las enzimas constituyen una de las claves para conocer de qu modo sobreviven y
proliferan las clulas. Actuando en secuencias organizadas catalizan cientos de
reacciones consecutivas en las rutas metablicas mediante las que se degradan
nutrientes, se conserva y transforma la energa qumica y se fabrican las
macromolculas biolgicas a partir de precursores sencillos. Algunas de las enzimas
que participan en el metabolismo son enzimas reguladores que pueden responder a
diversas seales metablicas cambiando adecuadamente su actividad cataltica. A
travs de la accin de las enzimas reguladoras los sistemas enzimticos estn
altamente coordinados, proporcionando una armoniosa influencia recproca entre la
multitud de actividades metablicas diferentes que son necesarias para la vida.
El estudio de las enzimas tambin tiene una importancia prctica inmensa. En
algunas enfermedades, especialmente en las que son genticamente heredables,
puede haber una deficiencia, o incluso una ausencia total, de una o ms enzimas en
los tejidos. Tambin se pueden producir situaciones anormales por la actividad
excesiva de un enzima especfico. La medicin de la actividad enzimtica en el
plasma sanguneo, eritrocitos o muestras de tejido es importante en el diagnstico
de enfermedades. Las enzimas se han convertido en herramientas prcticas
importantes, no slo en medicina sino tambin en la industria qumica, en el
tratamiento de los alimentos y en la agricultura; juegan un papel incluso en las
actividades domsticas diarias tales como la preparacin de alimentos (enzimas
tiernizantes de la carne como la papana) o en la limpieza (proteasas y lipasas que
degradan protenas y grasas, respectivamente, que son incorporadas a los
detergentes).
La mayora de las enzimas son protenas
Con la excepcin de un pequeo grupo de molculas de ARN cataltico
("ribozimas), todos las enzimas son protenas. Su actividad cataltica depende de
la integridad de su conformacin proteica nativa. Si se desnaturaliza o disocia un
enzima en sus subunidades, se pierde normalmente la actividad cataltica. Si se
descompone un enzima en sus aminocidos constituyentes, siempre se destruye su
actividad cataltica. As, las estructuras primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria
de las protenas enzimticas son esenciales para su actividad cataltica.
Las enzimas, al igual que otras protenas, tienen masas moleculares relativas que
van desde unos doce mil hasta ms de un milln de daltons (12 a 1000 kDa).
Algunos enzimas no requieren para su actividad ms grupos qumicos que residuos
aminoacdicos. Otros requieren un componente qumico adicional Ilamado
cofactor. El cofactor puede ser uno o varios iones inorgnicos tales como Fe
2+
,
Mg
2+
, Mn
2+
o Zn
2+
o un complejo orgnico o metaloorgnico denominado
coenzima. Algunos enzimas requieren tanto una coenzima como uno o ms iones
metlicos para su actividad. Una coenzima o ion metlico unido covalentemente a
la protena enzimtica se denomina grupo prosttico. Una enzima completa
catalticamente activa junto con su coenzima y/o iones metlicos se denomina
holoenzima. La parte proteica de tal enzima se denomina apoenzima o
apoprotena. Las coenzimas actan como transportadores transitorios de grupos
funcionales especficos. Muchas vitaminas, que son nutrientes orgnicos requeridos
en pequeas cantidades en la dieta, son precursoras de coenzimas. Finalmente,
algunos enzimas son modificados por fosforilacin, glucosilacin y otros procesos.
ran parte de estas alteraciones intervienen en la regulacin de la actividad
enzimtica.
Las enzimas se clasifican segn la reaccin catalizada
Muchas enzimas se han bautizado aadiendo el sufijo "asa al nombre del sustrato
sobre el que actan (como la ureasa, que cataliza la hidrlisis de la urea) o
utilizando una palabra o frase que describe su actividad (como la ADN polimerasa,
que cataliza la sntesis de ADN en el proceso de duplicacin o replicacin del ADN).
Otros enzimas, tales como la pepsina y la tripsina (enzimas digestivas), tienen
nombres que no se refieren a sus sustratos. A veces la misma enzima tiene dos o
ms nombres, o dos enzimas diferentes tienen el mismo nombre. Debido a tales
ambigedades y al nmero siempre creciente de enzimas descubiertas, se ha
adoptado por acuerdo internacional un sistema de nomenclatura y clasificacin de
las enzimas. Este sistema distribuye las enzimas en seis clases principales, cada
una de ellas con diferentes subclases, segn el tipo de reaccin catalizada.
Nmero Clase Tipo de reaccin catalizada
Oxidorreductasas Transferencia de electrones (iones hidruro o
tomos de hidrgeno)
Transferasas Reacciones de transferencia de grupos
Hidrolasas Reacciones de hidrlisis (transferencia de
grupos funcionales al agua)
Liasas Adicin de grupos a dobles enlaces, o
formacin de dobles enlaces por eliminacin de
grupos
Isomerasas Transferencia de grupos dentro de molculas,
dando formas isomricas
Ligasas Formacin de enlaces C-C, C-S, C-O y C-N
mediante reacciones de condensacin
acopladas a la ruptura de la molcula de ATP
A cada enzima se le asigna un nmero clasificatorio de cuatro dgitos y un nombre
sistemtico, el cual identifica la reaccin catalizada. Por ejemplo, el nombre
sistemtico formal de la enzima que cataliza la reaccin
ATP + D-lucosa ADP + D-lucosa-6-fosfato
es %!glucosa fosfotransferasa, que indica que cataliza la transferencia de un
grupo fosfato desde el ATP a la glucosa. El nmero de clasificacin de esta enzima
(nmero EC) [( es 2.7.1.1, donde el primer dgito (2) denota el nombre de la
clase de enzima de la que se trata (es una transferasa); el segundo dgito (7) hace
referencia a la subclase (se trata de una fosfotransferasa); el tercer dgito (1)
indica que es una fosfotransferasa con un grupo hidroxilo como aceptor y el cuarto
dgito (1) precisa que el otro sustrato es la D-glucosa, que actuar como aceptora
del grupo fosfato. Cuando el nombre sistemtico es largo, o demasiado complicado,
puede utilizarse un nombre trivial (en este caso exoquinasa).
Cmo funcionan las enzimas?
La catlisis enzimtica de las reacciones qumicas es esencial para los sistemas
vivos. En las condiciones que predominan en los sistemas biolgicos, las reacciones
sin catalizar tienden a ser lentas. La mayora de molculas biolgicas son muy
estables al pH neutro, la temperatura suave y el ambiente acuoso que existe en el
interior de las clulas. Muchas reacciones comunes del metabolismo de los seres
vivos resultaran poco probables en el ambiente celular, tales como la formacin
transitoria de intermedios cargados inestables o la colisin de dos o ms molculas
con la orientacin precisa requerida para la reaccin. Para tomar un ejemplo
contundente, digamos que las reacciones necesarias para digerir los alimentos,
enviar seales nerviosas o contraer el msculo no se dan a una velocidad til sin
catlisis.
Una enzima soluciona estos problemas al proporcionar un ambiente dentro del cual
una reaccin determinada es energticamente ms favorable. El rasgo distintivo de
una reaccin catalizada enzimticamente es que tiene lugar dentro de un hueco de
la molcula de la enzima denominada sitio activo o centro activo. La molcula
sobre la que acta la enzima y que queda fijada en el sitio activo se denomina
sustrato. El complejo enzima-sustrato es de importancia central en la accin de
las enzimas
Las enzimas alteran las velocidades de reaccin pero no los equilibrios
Un anlisis de una reaccin catalizada por un enzima nos servir para
introducir algunos conceptos y definiciones importantes.
Se puede escribir una reaccin enzimtica sencilla como
E + S

ES

EP

E + P ()
donde E, S y P representan enzima, sustrato y producto, respectivamente. ES y EP
son complejos del enzima con el sustrato y con el producto, respectivamente.
Para entender la catlisis, hemos de apreciar en primer lugar la importante
distincin entre equilibrios de reaccin y velocidades de reaccin. La funcin de
un catalizador (y, en consecuencia, de una enzima) es aumentar la
velocidad de una reaccin. Los catalizadores no modifican los equilibrios
de reaccin.
Cualquier reaccin, por ejemplo S P, donde S es el sustrato y P es el
producto, puede describirse mediante un diagrama de la coordenada de reaccin,
que es una descripcin grfica del camino energtico de la reaccin.



En su forma normal estable, o estado basal, cualquier molcula (tal como S o P)
contiene una cantidad caracterstica de energa. El equilibrio entre S y P refleja la
diferencia de la energa ( ) de sus estados basales. En el ejemplo que se
muestra en la figura, la energa del estado basal de P es inferior al de S, con lo que
el equilibrio favorece la degradacin de S y la formacin de P. Este equilibrio 34
es afectado por ningn catalizador.
No obstante, un equilibrio favorable no indica que la conversin S P sea
rpida. La velocidad de reaccin es dependiente de un parmetro totalmente
diferente. Existe una barrera energtica entre S y P que representa la energa
requerida para el alineamiento de los grupos reactivos, formacin de cargas
inestables transitorias, reordenamientos de enlaces y otras transformaciones que se
requieren para que la reaccin tenga lugar en cualquiera de las dos direcciones.
Esto viene representado por la "colina energtica de la figura. Para que haya
reaccin las molculas han de superar esta barrera por lo que se deben llevar a un
nivel energtico superior. En la cumbre de la colina energtica existe un punto en el
que la cada hacia el estado S o P es igualmente probable (en cualquier caso es de
bajada). Es lo que se denomina el estado de transicin. El estado de transicin
no es una especie qumica con estabilidad significativa por lo que no se ha de
confundir con un intermedio de reaccin. Es, simplemente, un momento molecular
fugaz en el que acontecimientos tales como rotura de enlace, formacin de enlace y
desarrollo de carga han llegado al preciso instante en el que la vuelta al estado
inicial del sustrato o la generacin de un producto son igualmente probables. La
diferencia entre los niveles de energa del estado basal y del estado de transicin se
denomina energa de activacin.
La velocidad de una reaccin refleja esta energa de activacin, ya que si la energa
de activacin es ms elevada la reaccin es ms lenta. Las velocidades de reaccin
pueden aumentarse incrementando la temperatura, mediante la que se aumenta el
nmero de molculas con energa suficiente para superar la barrera energtica. De
modo alternativo, puede disminuirse la energa de activacin aadiendo un
catalizador. Los catalizadores (como las enzimas) aumentan las velocidades
de reaccin disminuyendo las energas de activacin.
Las enzimas no constituyen una excepcin a la regla de que los catalizadores no
modifican el equilibrio de reaccin. Las flechas bidireccionales de la Ecuacin (1)
ilustran este punto: cualquier enzima que catalice la reaccin S P tambin
cataliza la reaccin P S. Su nica misin es acelerar la interconversin de S
y P. No se gasta enzima en el proceso y no queda afectado el punto de equilibrio.
No obstante, la reaccin alcanza el equilibrio de una manera mucho ms
rpida cuando est presente el enzima adecuado, ya que incrementa la
velocidad de la reaccin.
Se puede ilustrar este principio general considerando la reaccin de la glucosa con
el oxgeno para formar CO
2
y H
2
O, que representa los estados inicial y final del
proceso de respiracin que veremos ms adelante. Esta reaccin tiene una
variacin de energa libre muy grande (el contenido de energa libre de la glucosa
es notoriamente mayor que el de los productos), por lo que en el equilibrio la
cantidad de glucosa presente es insignificante. No obstante, la glucosa es un
compuesto estable y puede combinarse con O
2
en un recipiente de manera casi
indefinida sin que reaccionen. A pesar de que la variacin de energa libre es
favorable para que la reaccin tenga lugar, su estabilidad es reflejo de una
elevada energa de activacin para la reaccin.
Sin embargo, en las clulas la glucosa es degradada en presencia de O
2
a CO
2
y
H
2
O en una ruta de reacciones catalizada por enzimas. Estas enzimas no slo
aceleran las reacciones sino que las organizan y controlan de tal manera que gran
parte de la energa liberada en este proceso se recupera en otras formas que
pueden ser utilizadas por la clula para realizar todas sus funciones. Esta es la ruta
primaria de formacin de energa para las clulas y las enzimas que actan en ella
permiten que el proceso tenga lugar en una escala de tiempo til para las clulas.
Las energas de activacin son barreras energticas para las reacciones qumicas;
estas barreras son cruciales para la propia vida. La estabilidad de una molcula
aumenta con la altura de su barrera de activacin. Sin tales barreras energticas,
las molculas complejas (como por ejemplo las protenas o los cidos nucleicos)
revertiran espontneamente a formas moleculares mucho ms sencillas. No
podran existir ni las estructuras complejas y altamente ordenadas ni los procesos
metablicos que tienen lugar en cada clula. Las enzimas han evolucionado para
disminuir selectivamente las energas de activacin de las reacciones necesarias
para la supervivencia celular.
Unos pocos principios explican el poder cataltico y la especificidad de las
enzimas
Las enzimas son catalizadores extraordinarios. Los aumentos de velocidad
conseguidos por las enzimas son de 7 a 14 rdenes de magnitud. Las enzimas son
tambin muy especficas, discriminando fcilmente entre sustratos con estructuras
muy similares. Cmo se pueden explicar estos incrementos enormes y altamente
selectivos? De dnde viene la energa que proporciona un descenso espectacular
de las energas de activacin de reacciones especficas?
Parte de la explicacin de la accin enzimtica proviene de acciones qumicas bien
estudiadas que tienen lugar entre un sustrato y grupos funcionales de las enzimas
(cadenas laterales de aminocidos especficos, iones metlicos y coenzimas). Los
grupos funcionales catalticos de las enzimas pueden interaccionar de manera
transitoria con un sustrato, activndolo para la reaccin. En muchos casos, estos
grupos disminuyen la energa de activacin (acelerando de este modo la reaccin)
al proporcionar una ruta de reaccin de menor energa. La energa requerida para
disminuir la energa de activacin proviene generalmente de interacciones dbiles
no covalentes entre el sustrato y la enzima (puentes de hidrgeno e interacciones
inicas, hidrofbicas y de van der Waals) que se denomina energa de fijacin.
Las interacciones dbiles entre enzima y sustrato (energa de fijacin) son
ptimas en el estado de transicin
Cmo utiliza un enzima la energa de fijacin para disminuir la energa de
activacin de la reaccin? La formacin del complejo enzima-sustrato (ES) no es
por s misma la explicacin, si bien algunas de las primeras consideraciones sobre
los mecanismos de reaccin empezaron con esta idea (se pensaba que las enzimas
eran estructuralmente complementarios de sus sustratos, de modo que se
acoplaban del mismo modo que una llave y una cerradura).
La nocin moderna de la catlisis enzimtica considera que para que una enzima
catalice una reaccin ha de ser complementaria al estado de transicin de la
reaccin. Esto significa que las interacciones ptimas (mediante enlaces dbiles)
entre sustrato y enzima se producen en el estado de transicin. Al generarse el
complejo ES se forman algunas interacciones dbiles, pero el complemento total de
las interacciones dbiles posibles entre sustrato y enzima slo se forma cuando el
sustrato alcanza el estado de transicin. La energa libre (energa de fijacin)
liberada por la formacin de esas interacciones equilibra parcialmente la energa
requerida para llegar a la cima de la colina energtica (la energa de activacin).
Sin embargo, la reaccin catalizada por el enzima es mucho ms rpida que en el
proceso sin catalizar, porque por lo dicho la colina es mucho ms baja. El principio
importante es que las interacciones de fijacin dbiles entre el enzima y el sustrato
proporcionan la fuerza motriz principal de la catlisis enzimtica. Los grupos del
sustrato que intervienen en estas interacciones dbiles pueden estar situados a
cierta distancia de los enlaces que se rompen o modifican. Las interacciones dbiles
formadas en el estado de transicin son las que ms contribuyen a la catlisis.
La necesidad de mltiples interacciones dbiles para impulsar la catlisis es una de
las razones de que las enzimas (y algunas coenzimas) sean tan grandes. El enzima
ha de aportar grupos funcionales para interacciones inicas, puentes de hidrgeno
y otras interacciones y ha de posicionar estos grupos de forma precisa para que la
energa de fijacin en el estado de transicin pueda ser ptima.
La misma energa de fijacin que aporta energa para la catlisis tambin hace que
el enzima sea especfico. Por ejemplo, si el sustrato tiene un grupo hidroxilo que
forma un puente de hidrgeno especfico con un residuo lu del enzima, cualquier
molcula que carezca de este grupo hidroxilo concreto ser, en general, un peor
sustrato para el enzima. Adems, cualquier molcula con un grupo funcional extra
para el que el enzima no contiene una bolsa o sitio de fijacin ser muy
probablemente excluido del enzima. En general, la especificidad proviene asimismo
de la formacin de mltiples interacciones dbiles entre el enzima y muchas partes,
o todas, de su molcula de sustrato especfica.
La energa de fijacin mantiene los sustratos en la orientacin correcta para
reaccionar, lo que es una contribucin muy importante a la catlisis ya que las
colisiones productivas entre molculas en solucin pueden ser extremadamente
raras. Los sustratos se pueden alinear sobre el enzima de forma precisa. Una
multitud de interacciones dbiles entre cada sustrato y grupos localizados de
manera estratgica en el enzima mantienen juntas las molculas de sustrato en las
posiciones adecuadas.
Las enzimas estn sujetas a inhibicin reversible e irreversible
Las enzimas catalizan virtualmente todos los procesos celulares, por lo que no es
sorprendente que los inhibidores enzimticos se encuentren entre los principales
medicamentos. La aspirina inhibe el primer paso de la sntesis de las
prostaglandinas al bloquear irreversiblemente la accin de la prostaglandina
perxido sintasa (un tipo de prostaglandinas que eleva la temperatura corporal
produciendo inflamacin y dolor). Existen dos tipos de inhibidores enzimticos:
reversibles e irreversibles.
Los inhibidores reversibles pueden ser de distintos tipos, pero los ms comunes
son los inhibidores competitivos, que son generalmente sustancias que se
parecen al sustrato y que compiten con el sustrato por el sitio activo de la enzima.
Cuando se ha fijado el inhibidor la reaccin catalizada por la enzima no tiene lugar,
pero como la reaccin es reversible, se puede desplazar el equilibrio agregando ms
sustrato. La inhibicin competitiva se utiliza en el tratamiento de envenenamiento
con metanol, que se convierte en formaldehido por la enzima alcohol
deshidrogenasa; el formaldehido lesiona muchos tejidos, en especial los ojos. El
etanol compite con el metanol por la enzima, de modo que la terapia para el
envenenamiento con metanol es la aplicacin endovenosa de etanol, lo cual hace
que la formacin de formaldehido sea lo suficientemente lenta como para que el
metanol se pueda eliminar inocuamente en la orina.
Los inhibidores irreversibles son los que se combinan con (o destruyen) un sitio
esencial para la actividad de la enzima. Los inhibidores irreversibles son muy tiles
para estudiar el mecanismo de accin enzimtico: los aminocidos con funciones
catalticas clave pueden ser identificados determinando cul es el aminocido al que
se ha unido covalentemente el inhibidor despus de la inactivacin de la enzima. La
farmacoterapia moderna hace uso de variados inhibidores competitivos para el
tratamiento de algunas enfermedades, incluido el SIDA.
La actividad enzimtica es afectada por diversos factores
Las enzimas tienen un pH ptimo o un intervalo de pH en el que la actividad es
mxima. Esto es debido a que las cadenas laterales que intervienen en la actividad
cataltica presentan diferentes grados de ionizacin a diferentes valores de pH. La
fuerza inica del medio tambin afecta significativamente la actividad enzimtica,
debido a la posible interaccin de grupos cargados con los sitios activos de la
enzima.
Por el hecho de ser protenas, las enzimas son sensibles a la accin de la
temperatura. El incremento de la temperatura produce un incremento de la
actividad enzimtica, pero al llegar a determinados valores de temperatura la
enzima comienza a desnaturalizarse y se produce el efecto inverso. De todos
modos debe tenerse en cuenta que en la mayora de los organismos la temperatura
celular es relativamente constante.
Enzimas reguladoras
En el metabolismo celular es muy frecuente que haya grupos de enzimas que
funcionan conjuntamente en rutas secuenciales que parten de un reactivo inicial y
llegan a un producto final luego de varios pasos. En tales sistemas enzimticos, el
producto de la reaccin catalizada por la primer enzima se convierte en el reactivo
(sustrato) de la siguiente, y as sucesivamente. En cada sistema hay al menos una
enzima que fija la velocidad global, porque cataliza la reaccin ms lenta, que es la
que limita la velocidad de la reaccin total. Estas enzimas reguladoras muestran
una actividad cataltica mayor o menor en respuesta a la accin de ciertas
sustancias (moduladores) que se unen a la enzima en forma reversible, con lo que
la velocidad de cada secuencia metablica se ajusta constantemente a la necesidad
de la clula.
Un mecanismo diferente de regulacin enzimtica lo constituyen los precursores
inactivos de algunas enzimas (zimgenos). Muchas proteasas del estmago
(pepsina) y del pncreas (tripsina y quimotripsina) se sintetizan en forma de
proenzimas inactivas (pepsingeno, tripsingeno, quimotripsingeno) que requieren
la accin de una proteasa especfica que libera un residuo polipeptdico, con lo que
se obtiene la enzima activa. El sistema de formacin de precursores inactivos se da
no slo en las enzimas: la hormona insulina se sintetiza como proinsulina y la
protena fibrosa colgeno se sintetiza como procolgeno; en ambos casos proteasas
especficas liberan restos polipeptdicos innecesarios y producen la protena activa.
ACIDOS NUCLEICOS
En las clulas se encuentran dos variedades de cidos nucleicos: el cido
ribonucleico (ARN) y el cido desoxirribonucleico (ADN). El ADN forma genes, el
material hereditario de las clulas, y contiene instrucciones para la produccin de
todas las protenas que el organismo necesita.
El ARN est asociado a la transmisin de la informacin gentica desde el ncleo
hacia el citoplasma, donde tiene lugar la sntesis de protenas, proceso al cual est
estrechamente relacionado. Hay tres tipos de ARN: ARN mensajero (ARNm), ARN
de transferencia (ARNt) y ARN ribosmico (ARNr), que actan en el proceso de
sntesis de protenas.
Al igual que las protenas, los cidos nucleicos son molculas grandes y complejas.
Fueron aisladas por primera vez por Miescher en 1870, a partir del ncleo de las
clulas del pus; su nombre se origina del hecho de que la primera vez que se
identificaron se observ que eran cidos, adems de que fueron identificados por
primera vez en el ncleo celular.
Nucletidos: subunidades de los cidos nucleicos
Los cidos nucleicos son biopolmeros, pero a diferencia de los polisacridos como
el almidn o el glucgeno, en los que el monmero es una molcula simple (la -
o la -glucosa, respectivamente), los monmeros de los cidos nucleicos son los
nucletidos, unidades moleculares que constan de: 1) un azcar de cinco carbonos,
ya sea ribosa en el caso del ADN o desoxirribosa en el caso del ARN; 2) un grupo
fosfato y, 3) una base nitrogenada, ya sea una purina de doble anillo o una
pirimidina de anillo simple.
El ADN contiene las bases pricas Adenina (A) y uanina () y las bases pirimdicas
Citosina (C) y Timina (T), junto con el azcar desoxirribosa y el fosfato. El ARN
contiene las mismas bases pricas (A y ), pero en cuanto a las bases pirimdicas
el Uracilo (U) reemplaza a la timina.







Las molculas de los cidos nucleicos
estn formadas por cadenas de
nucletidos, cada uno de ellos unido al
siguiente por enlaces covalentes entre
la molcula de azcar de una cadena
(el carbono 3de la ribosa o de la
desoxirribosa) y la molcula de fosfato
de la otra cadena, que a su vez est
unido al carbono 5de la pentosa.
Estos enlaces son Ilamados uniones o
puentes fosfodister, porque el fosfato
est unido por una unin ster fosfato
al azcar del nucletido y por otra
unin equivalente al azcar del
nucletido que lo precede.
Las molculas de ADN son
considerablemente ms
grandes que las de ARN,
pero adems poseen una
estructura doble, ya que
estn constituidas por dos
cadenas que son
complementarias entre s.
Las dos cadenas se
enfrentan por las bases,
que se mantienen unidas
por la existencia de puentes de hidrgeno, pero la complementariedad proviene de
que siempre una base prica (de mayor dimensin) se enfrenta con una base
pirimdica y que el acoplamiento siempre enfrenta a A con T y a con C. Este
hecho es fundamental para permitir la duplicacin ("replicacin) del ADN, ya que
cada una de las cadenas sirve de molde para que se produzca la cadena
complementaria respectiva.
Como consecuencia de su elevado contenido en cido fosfrico y a raz del pH
cercano a la neutralidad del medio celular, las molculas de ADN en el ncleo
poseen carga negativa. Este hecho favorece su asociacin con protenas bsicas
(las histonas), que aparentemente juegan un rol protector y que en conjunto con el
ADN constituyen la cromatina nuclear. El ADN (y las histonas asociadas) se
dispone en forma helicoidal y parcialmente enrollada mientras la clula est en
actividad normal, pero sufre una gran condensacin (superenrrollamiento) en el
momento de la divisin celular, dando lugar a los cromosomas. En realidad no
existen diferencias
estructurales entre la
cromatina nuclear y los
cromosomas, sino que
se trata de distintos
grados de condensacin
de la molcula de ADN.
Si bien el trmino
cromatina se sigue
utilizando (proviene de
la poca de las primeras
observaciones
microscpicas de
ncleos coloreados:
cromatos = color), la
tendencia moderna es
llamar cromosoma al
ADN nuclear,
independientemente del
grado de condensacin
que exhiba.
La diferencia esencial
entre ADN y ARN,
adems del reemplazo
de la desoxirribosa por la ribosa y de T por U, es que el ARN est constituido por
una cadena nica y que sus dimensiones son considerablemente ms reducidas que
las del ADN. Los tres tipos principales de ARN (mensajero, de transferencia y
ribosmico) estn asociados con el proceso de sntesis de protenas, que tiene lugar
en los ribosomas, estructuras que contienen ARN y protenas y que constituyen el
lugar fsico en el que se desarrolla la sntesis de las molculas proteicas. El ARNm
contiene generalmente la informacin de la secuencia de aminocidos de una nica
protena y obtiene dicha informacin por el proceso de transcripcin, a travs del
cual una enzima especfica (ARN polimerasa) copia la informacin contenida en un
sector (un gen) de una de las dos cadenas del ADN. Este proceso ocurre
naturalmente en el ncleo, pero el ARNm pasa al citoplasma a travs de los poros
nucleares y se encuentra con los ribosomas. La secuencia de bases del ARNm (que
como se dijo es complementaria de la secuencia de bases de un sector de ADN)
contiene la informacin sobre la posicin que deben ocupar los aminocidos en la
protena. Esta codificacin recibe el nombre de cdigo gentico. Por su parte
distintos ADNt son los encargados de reconocer a cada uno de los aminocidos y
ubicarlos en el lugar sealado por el cdigo gentico en un proceso conocido como
traduccin.






Otros nucletidos importantes
Aparte de su importancia como subunidades de los cidos nucleicos, los nucletidos
intervienen en otras importantes funciones de las clulas. El trifosfato de adenosina
(ATP), compuesto de adenina, ribosa y tres fosfatos tiene una importancia
destacada como fuente de energa para las clulas. Los dos fosfatos terminales se
unen al nucletido mediante enlaces "ricos en energa", que se sealan por el
smbolo ~P. Estos enlaces reciben tal nombre porque liberan una gran cantidad de
energa cuando se someten a hidrlisis. La energa que se libera es biolgicamente
utilizable y puede transferirse a otras molculas. La mayor parte de la energa
qumica de las clulas se almacenan en enlaces de fosfato (ATP) ricos en energa,
lista para liberarse cuando el grupo fosfato se transfiere a otra molcula.
Un nucletido puede convertirse en una forma cclica por medio de enzimas
Ilamadas ciclasas. De esta manera la adenilatociclasa convierte al ATP en adenosn
monofosfato cclico (AMP cclico). Los nucletidos cclicos juegan un papel
importante en la mediacin de los efectos hormonales y en la regulacin de varios
aspectos de la funcin celular.
Las clulas contienen varios dinucletidos de importancia especial en los procesos
metablicos. Por ejemplo, como se discutir en el captulo 7, el dinucletido de
adenina y nicotinamida (NAD) es muy importante como receptor y donador de
hidrgeno y electrones en funciones biolgicas de oxidacin y reduccin en las
clulas.