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Taller 10339
Taller 10339
Facultad de Qumica
TALLER
UNAM - DGAPA: FQ
TALLER
Introduccin al Modelado Molecular
La utilizacin intensiva de la computadora ha transformado la actividad cientfica, convirtiendo la computacin en una disciplina con sus propios mtodos y soluciones. Indiscutiblemente, una de las reas de mayor impacto tanto a nivel acadmico como a nivel industrial es lo que se ha denominado Quimica Computacional. Actualmente existe un inters creciente en las universidades, la industria petrolera y farmacutica por desarrollar experiencia del conjunto de tcnicas y herramientas en el rea de la quimica computacional. Esta disciplina se extiende ms all de los lmites tradicionales que separan la qumica, la fsica, la biologa y la ciencia de la computacin, permitiendo la investigacin de molculas y macromolculas mediante una computadora, cuando la investigacin en el laboratorio sea inapropiada, impracticable o imposible: La qumica computacional incluye aspectos como: El modelado molecular por computadora Los modelos computacionales El diseo de sntesis orgnica La busca de datos en bases qumicas
El modelado molecular computacional abarca un amplio rango de mtodos matemticos que pueden dividirse en dos grandes categoras: La mecnica molecular: que aplica las leyes de la fsica clsica al ncleo molecular sin considerar explcitamente a los electrones. La mecnica cuntica: se basa en la ecuacin de Schrdinger para descubrir una molcula con tratamiento directo de la estructura electrnica y que se subdivide a su vez en dos clases, segn el tratamiento realizado, mtodos semiempricos y mtodos ab-inito (desde el principio).
El presente taller tiene como objetivo proveer las destrezas mnimas necesarias para la utilizacin de herramientas computacionales orientadas al estudio de estructuras moleculares, as como algunas de sus propiedades fsicas y qumicas. Se pretende tambin que el participante haga de la quimica computacional una herramienta mas a la par de las tcnicas utilizadas experimentalmente para estudiar propiedades moleculares. El contenido del taller ser el siguiente: Construccin de una serie de molculas Anlisis conformacional Estructura de mnima energa (optimizacin) Anlisis de propiedades estructurales (distancias y ngulos de enlace) Anlisis de propiedades electrnicas (cargas y orbitales moleculares)
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Barra de Mens
Mediante la barra de mens se puede accesar a varias funciones del programa, por ejemplo, el men SETUP da las siguientes opciones:
Barra de Herramientas
La barra de herramientas permite un acceso directo a las funciones incluidas en los mens de File, Geometry y Build Algunos de los conos ms usados son:
Romper Enlace Minimizar Reaccin Distancia de Enlace ngulo de Enlace ngulo Dihedro
rea de Edicin En el lugar en que se insertan tomos, fragmentos, anillos y/o grupos para construir molculas. Cuadro de Herramientas Contiene las pestaas Entry, Expert y Peptide.
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Botn Derecho
Translacin X/Y Aumento/Disminucin de Tamao
Modo Visualizar (
Movimiento libre X/Y Global Rotacin Z Global
Activado)
Traslacin X/Y Global Aumento/Disminucin de Tamao
Modo Construir (
Activado)
Traslacin X/Y de un Fragmento Aumento/Disminucin de Tamao Alargamiento de Enlace
Movimiento libre X/Y de un Fragmento Rotacin Z de un Fragmento Rotacin de un enlace (a) X/Y = sobre el plano XY, el cual es el plano de la pantalla (b) = sobre el eje Z.
El botn izquierdo del ratn se usa tanto para sealar (ya sean objetos grficos u opciones de men) como para rotar objetos, y el botn derecho es usado para la traslacin de objetos as como para aumentar o disminuir su tamao. Las funciones de rotacin y translacin pueden ser modificadas al presionar alguna tecla especfica del teclado como Shift, Control y Alt. Sin presionar ninguna tecla, el botn izquierdo del ratn permite mover libremente al objeto seleccionado sobre el plano XY, el cual corresponde a la pantalla; el botn derecho permite trasladar las figuras sobre este mismo plano (XY). Al presionar la tecla Shift, el botn izquierdo proporciona una rotacin sobre el eje Z, el cual se encuentra perpendicular a la pantalla y el botn derecho modifica el tamao de las molculas en estudio. NOTA: En el modo visualizar, se modifica el tamao de todas las figuras mostradas en la pantalla; en el modo de construccin, se modifica el de todos los fragmentos En el modo visualizar, al presionar la tecla Control en conjunto con el botn izquierdo e derecho, se realiza un movimiento libre y una traslacin en el plano XY de todas las molculas abiertas que se visualizan, de manera que se observa un efecto global. Tambin se logra un efecto global en la rotacin sobre el eje Z con el botn izquierdo y las teclas Control + Shift. En cambio, en el modo construir se realizan las mismas acciones (rotacin y traslacin) de los fragmentos seleccionados. As mismo, en este modo con el botn izquierdo y las teclas Control + Shift se logra una rotacin de un fragmento o de una molcula especfica. Estas opciones son muy tiles cuando se quiere llevar a cabo una reaccin y acomodar en un lugar determinado a una molcula. Al presionar la tecla Alt junto con los botones izquierdo y derecho, slo tiene un efecto en el modo construir. Con el primero se puede rotar y con el segundo se puede aumentar y disminuir el tamao de un enlace seleccionado.
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rea de Edicin
En la opcin Entry se encuentran los principales tomos utilizados en el modelaje qumico, as como algunos grupos funcionales y anillos. En Expert es posible dar caractersticas especficas a cada tomo de la tabla peridica, como hibridacin y geometra. Adems, contiene algunos ligandos utilizados en compuestos de coordinacin. En Peptide pueden construirse polipptidos y protenas con estereoqumica definida. 2.- Hacer clic en (carbono sp2). 3.- Hacer clic en cualquier parte de la pantalla.2 4.- Rotar el tomo: Arrastrar el ratn mientras se oprime el botn izquierdo.
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Cuando se indique Hacer clic, realizarlo con el botn izquierdo del ratn, a menos que se pida lo contrario. Se refiere a realizar la accin en el rea de edicin.
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5.- Mover el tomo: Arrastrar el ratn mientras se oprime el botn derecho. 6.- Cambiar el tamao del tomo: Presionar y dejar oprimida la tecla Shift. Arrastrar verticalmente el ratn mientras se oprime el botn derecho. 7.- Girar el tomo sobre el eje Z3 Presionar y dejar oprimida la tecla Shift. Arrastrar verticalmente el ratn mientras se oprime el botn izquierdo. El carbono sp2 insertado tiene sus valencias libres. Esto se indica con las lneas terminales de color amarillo. Sobre cada valencia se pueden ir aadiendo ms tomos. 8.- Como el botn (carbono sp2) sigue seleccionado, hacer doble clic en la doble valencia libre (lneas amarillas) del carbono anteriormente insertado. Esto har que se forme la molcula del eteno:
9. - Hacer clic en el botn en la parte inferior derecha de la pantalla. 10. - Seleccionar al grupo Cyano.
11.- Hacer clic en una de las cuatro valencias libres del eteno. Con esta accin se termina de construir la molcula del Acrilonitrilo. 12.- Hacer clic en el botn (Minimizar), al hacer esto el programa ayuda a visualizar la estructura y calcula la energa de tensin de la molcula (8.65 Kcal/mol). 13.- Dar clic en (ver) de la barra de herramientas. Con esta accin desaparece el cuadro de herramientas, quedando en la pantalla el modelo de esferas y barras del acrilonitrilo.
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El plano de la pantalla en que se observan los tomos y molculas corresponde del plano XY.
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NOTA: El programa automticamente coloca hidrgenos en las valencias libres, por lo que no hay necesidad de agregar cada uno de ellos.
14.- Hacer clic en el men Model y seleccionar, por separado, Wire (lneas), Ball and Wire (esferas y lneas), Tube (tubos), Ball and Spoke (esferas y barras) y Space Filling (espacio relleno). NOTA: El modelo de esferas y barras es predeterminado para nuevas molculas.
Wire
Tube
Space Filling
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Medicin de distancias y ngulos de enlace 1.- Ir al men Geometry, seleccionar la opcin Measure Distance (o hacer clic en enlace] en la barra de herramientas).
[distancia de
2.- Seleccionar dos tomos consecutivos (unidos por un enlace) de la molcula. Al hacer esto, cada tomo adquirir un color dorado y la distancia entre ellos aparecer en la parte inferior derecha de la pantalla. Otra manera de medir la distancia de enlace, es seleccionando la lnea de enlace deseado. As, la lnea de enlace tendr un color dorado y en la parte inferior derecha de la pantalla aparecer lo siguiente:
3.- Para medir el ngulo de enlace, dar clic en (o seleccionar la opcin Measure Angle del men Geometry). Despus, seleccionar en orden consecutivo tres tomos. En la parte inferior derecha de la pantalla, aparecern los tomos seleccionados y el ngulo presente entre ellos. Optimizacin de geometra y Momento dipolar 1.- Terminado esto ir al men Setup, seleccionar la opcin Calculations... 2.- En el cuadro Setup Calculations seleccionar: En Calculate: escoger la opcin Equilibrium Geometry. En with: escoger Hartree-Fock y 3-21G(*) En Compute: activar las opciones E. Solvation y Elect. Charges. En Print, activar la casilla Atomic Charges. 3.- Hacer clic en OK.
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4.- Hacer clic en Submit en el men Setup. 5.- Guardar el archivo. 6.- Dar clic en Output, en el men Display. 7.- Aparecer un cuadro que mostrar los resultados de los clculos, entre ellos la energa de solvatacin de la molcula, la carga de los tomos, el momento dipolar, entre otras propiedades. Una vez revisado el cuadro, cerrarlo. 8.- Hacer clic en Properties, en el men Display. 9.- En este cuadro pueden verse algunas propiedades de la molcula, como su energa, dipolo, peso, rea y volumen. 10.- Hacer clic en el men Model y elegir la opcin Dipole. (Sin cerrar el cuadro Molecule Properties) 11.- Esto hace que aparezca una flecha sobre la molcula que indica el sentido y direccin del momento dipolar. Esto solo ocurre cuando la molcula es visualizada como Wire y Ball And Wire 12.- Desactivar la opcin Dipole para que desaparezca la flecha.
13.- Sin cerrar el cuadro Molecule Properties, seleccionar cualquier tomo. 14.- Aparecer el cuadro Atom Properties, en el puede observarse la quiralidad, peso y carga del tomo seleccionado. 15.- Cerrar el cuadro de Atom Properties. Clculo de Mapas de Potencial Electrosttico (MEP) 1.- Hacer clic en la opcin Surfaces ya sea en el men Setup o Display. 2.- Dar clic en el botn aparecer al cuadro Add Surface. En Surface elegir la opcin density. En Property elegir la opcin potential. En Resolution no seleccionar opcin, aunque puede elegir una de las siguientes: Low (8x Faster), Medium, Intermediate (4x Slower) y High (8x Slower). 3.- Hacer clic en OK. 4.- En el cuadro Surfaces List se aparecer indicada la superficie anteriormente agregada. NOTA: En caso de haber insertado alguna superficie no deseada, en el cuadro Surface List se puede seleccionar dicha superficie y hacer clic en el botn para as eliminarla. 5.- Sin cerrar el cuadro de Surfaces List, ir al men Setup y seleccionar la opcin Submit
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6.- En el cuadro de Surfaces List se ha coloreado de amarillo un cuadro, indicando as que ese mapa ha sido calculado correctamente. En caso de que el cuadro no se coloree de amarillo, quiere decir que el programa no pudo calcular dicho mapa. 7.- Activar el cuadro amarillo, haciendo clic en el. De esta manera aparecer el MEP de la molcula. 8.- Hacer clic en cualquier parte del mapa. 9.- En la parte inferior derecha de la pantalla aparecern varias opciones: Dots, Mesh, Solid y Transparent. 10.- Seleccionar cada una de ellas por separado. Observndose lo siguiente: Dots (Puntos) Mesh (Red)
Solid (Slido)
Transparent (Transparente)
Las regiones azules corresponden a una deficiencia electrnica; en cambio las regiones rojas corresponden a una concentracin electrnica. EJERCICIOS Construir las molculas siguientes y realizar lo mismo que se hizo con la molcula de acrilonitrilo. 1.- Agua
H O H
2.- etanol
CH3-CH2-OH Cl2CH2
O
3.- Diclorometano
4.- Acetona
H3 C
C CH3
C
OCH2CH3
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Agradecimiento: (1) Spartan 04 Windows (Tutorial and Users Guide). Wavefunction, Inc. 2001-2004
Bibliografa. (1) (2) (3) (4) (5) (6) (7) Garnet, P. J.; Hackling, M. W. Students alternative conceptions in chemistry: A review of research and implications for teaching and learning. Stud. Sci. Ed. 1995, 25, 69 65. Gabel, D. L.; Sherwood, R. The effect of student manipulation of molecular models on chemistry achievement according to Piagetian level. J. Res. Sci. Teach. 1980, 17(1), 75 81. Aduldeka, S.; Akhter, P.; Field, P.; Nagle, P.; OSullivan, E.; OConno, K.; Hathaway, B. J. The use of desktop molecular modeler software in the teaching of structural chemistry. J. Chem. Educ. 1991, 68(7), 576 583. Fleming, S. A.; Hart, G. R.; Savage, P. B. J. Chem. Educ. 2000, 77, 790 793. Levine, I. N. Quantum Chemistry; Prentice Hall, 2001. Feller, S. E., Richard, D. F. y McKinney, P. C., J. Chem. Ed. 2004, 81, 283 287. McMurry, J. Organic Chemistry; Brooks/Cole, 2000, p. 24.
Sitios de Inters: Algunos programas gratuitos para visualizar estructuras moleculares en tercera dimensin: Chimera: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ ; Pymol: http://pymol.sourceforge.net/ ; Raster 3D: http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/
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