Tema 10. Nucletidos y cidos nucleicos.

Estructura y nomenclatura de nuclesidos y nucletidos.

Propiedades de las bases de los nucletidos. Estructura de los
cidos nucleicos. La doble hlice. Tipos de estructuras
tridimensionales del DNA. Estructuras del DNA dependientes de la
secuencia. Metilacin del DNA. Qumica de los cidos nucleicos.
Desnaturalizacin y renaturalizacin. Hibridacin. Tipos de material
gentico en los seres vivos. DNA superenrollado. Topoisomerasas.

BIOQUMICA-1 de Medicina
Dpto. Biologa Molecular
Isabel Andrs

Componentes de los cidos nucleicos

Bases pricas

Bases pirimidnicas

Azcares

Tema 10

Nuclesidos y nucletidos
Nuclesido: Azcar + Base
adenosina
guanosina
citidina
uridina

d-adenosina
d-guanosina
d-citidina
d-timidina

Nucletido: Azcar + Base + Fosfato

(d-)
(d-)
(d-)
(d-)
Adenosina

Adenosina 5-monofosfato (AMP)

Tema 10

2-Desoxiadenosina

Adenosina 5-difosfato (ADP)

adenosina monofosfato (di tri)

guanosina monofosfato (di tri)
citidina monofosfato (di tri)
timidina monofosfato (di tri)
uridina monofosfato (di tri)

Adenosina 5-trifosfato (ATP)

"Bioqumica. Libro de texto con aplicaciones clnicas".

4 ed. Devlin, T.M. Ed. Revert. 2004

Posiciones por las que las bases forman puentes de hidrgeno con su base complementaria

Tema 10

Formacin de puentes de hidrgeno entre las bases del DNA

Tema 10

"Bioqumica. Libro de texto con aplicaciones clnicas".

4 ed. Devlin, T.M. Ed. Revert. 2004

La doble hlice se mantiene gracias a la formacin de puentes de hidrgeno entre las bases del DNA
5

5
Tema 10

"Bioqumica. Libro de texto con aplicaciones clnicas".

4 ed. Devlin, T.M. Ed. Revert. 2004

La doble hlice

Estructura de la doble hlice de DNA

Formas A, B y Z del DNA

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Lehninger Principios de Bioqumica", 4 ed.

Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega. 2006

Plegamiento de DNA y RNA

El apilamiento de bases hace que el RNA forme tambin,

como el DNA, una hlice dextrgira. No obstante cuando
existen secuencias complementarias la estructura que
predomina es la de doble hlice interrumpida por bucles
en zonas que no presentan complementariedad de bases.

DNA

RNA

La presencia de varias A seguidas

influye en la estructura del DNA:
La presencia de 4 fragmentos de
(dA)5, separados por 5 bp cada uno,
produce una curvatura en el DNA
como la que aparece en la figura.

RNA
Tema 10

Lehninger Principios de Bioqumica", 4 ed.

Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega. 2006

Secuencias repetidas y secuencias palindrmicas

Repeticin directa

Lehninger Principios de Bioqumica", 4 ed.

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Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega. 2006

Secuencias palindrmicas con estructura cruciforme

Las originan secuencias palindrmicas

interrumpidas por una regin que no
es complementaria lo que forma una
estructura en horquilla o de tallo con
bucle

Tema 10

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Nelson, D.L. y Cox, M.M. Omega. 2006

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DNA de triple hlice

Regin de homopurinas

T
T
C
C

A
A
G
G

T
A
C
G

Se forma en regiones en las que aparece una

serie continua de bases pricas es decir una
regin de homopurinas (A,G). La cadena contraria
presentar una regin de homopirimidinas.
Las bases pricas tienen grupos suficientes para
la formacin de puentes de H con su cadena
complementara (apareamientos de Watson-Crick)
y con otra cadena ms, siempre que tenga las bases
complementarias (apareamientos de Hoogsteen)

Tema 10

Se forma dentro de la misma cadena de DNA y se

dice que es intramolecular (el que aparece en la
figura) o entre dos molculas de DNA distintas y
se dice que es intermolecular.
Suele aparecer en regiones implicadas en regulacin de la expresin gentica y en iniciacin de la
replicacin.

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Formacin de una triple hlice de DNA

HPFH

C-G
C-T
T-C
C-T
C-G

Formacin de una triple hlice en el promotor del gen de

- globina y mutaciones del mismo que dan lugar a la
aparicin de Persistencia Hereditaria de Hemoglobina
Fetal por ausencia de la triple hlice

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Metilacin del DNA

Tema 10

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Propiedades fsicas del DNA

DNA viral
(G-C 28%)

DNA bacteriano
(G-C 28%)

Las bases nitrogenadas que forman parte de la

estructura del DNA tienen la propiedad de
absorber luz UV, con un mximo de absorcin a
260 nm. La doble hlice de DNA, que tiene las
bases ocultas en el interior, absorbe menos luz
que el DNA de cadena sencilla que tiene las bases
ms expuestas al exterior. Debido a esto si se
mide la absorcin producida por un DNA de cadena
doble y despus de separar las dos cadena se vuelve
a medir se observa un aumento de esta.
Este fenmeno se llama Efecto hipercrmico
Tema 10

Si se mide el aumento en la absorcin de luz UV, a medida

que se calienta un DNA, se puede seguir el proceso por el
que se va desnaturalizando hasta que las dos cadenas se
separan completamente. La temperatura a la que la mitad
del DNA est desnaturalizado se le llama tm y vara con la
composicin de bases del DNA considerado.
Cuanto mayor es el contenido en G+C mayor es la tm del DNA.

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Desnaturalizacin y renaturalizacin del DNA

En el laboratorio por efecto del calor o de

los lcalis el DNA se desnaturaliza y se
separan las dos cadenas. Si el pH vuelve a
los valores fisiolgicos o se va haciendo
descender la temperatura, las dos hebras
de DNA vuelven a formar los puentes de H
que las mantenan unidas. Este fenmeno se
llama desnaturalizacin y renaturalizacin
del DNA.
En las clulas este fenmeno es imprescindible
en los procesos de replicacin del DNA y de
transcripcin de genes. En este caso la
desnaturalizacin, que es transitoria, est
mediada por protenas especficas que
promueven la separacin de las dos hebras.

Tema 10

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Formas en las que aparece el material gentico

Tema 10

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Superenrollamiento de DNA

10

10

bp/vuelta

Menos vueltas
en total

bp/vuelta

Ms vueltas en
total

10 bp/vuelta
DNA relajado

Cuando un DNA presenta 10 bp por vuelta de hlice aparece en estado relajado.

Las fuerzas de torsin que se producen al aumentar o disminuir el nmero de vueltas
alrededor del eje de la hlice hacen que el DNA se superenrolle.
Cuando un DNA presenta menos vueltas de hlice alrededor de su eje imaginario que
en estado relajado(porque hay ms de 10 bp/vuelta) se produce un superenrollamiento
negativo que dobla la hlice en sentido dextrgiro.
Cuando un DNA presenta ms vueltas de hlice alrededor de su eje imaginario (porque
hay menos de 10 bp/vuelta) se produce un superenrollamiento positivo que dobla la
hlice en sentido levgiro.
En el interior de las clulas el DNA aparece superenrollado negativamente: es decir en
una forma menos compacta, que facilita la apertura de la doble hlice durante la replicacin y la transcripcin.
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Accin de las DNA Topoisomerasas de tipo I

Reaccin que catalizan:

Las topoisomersas de tipo I eliminan una vuelta de

superenrollamiento negativo en cada actuacin.
Aumentan LK en incrementos de 1 unidad
Rompen una hebra del DNA y permiten que la otra pase
a travs del corte. No requieren aporte de energa para
rehacer el enlace fosfodiester y sellar la hebra rota

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4 ed. Devlin, T.M. Ed. Revert. 2004

Mecanismo de accin:

Conformacin
cerrada

La conformacin cerrada de la topoisomersa permite que

rompa una hebra del DNA y conserve la energa del enlace
fosfodiester uniendo el grupo fosfato en 5 a un resto
especfico de Tirosina

Tema 10

Conformacin
abierta

La conformacin abierta permite que la hebra intacta

gire alrededor de la rota, eliminando una vuelta de
superenrollamiento negativo.
Por ltimo la topoisomersa vuelve a la conformacin
cerrada y reestablece el enlace fosfodiester sellando
la hebra rota

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Accin de las DNA Topoisomerasas de tipo II

Reaccin que catalizan:

Las topoisomersas de tipo II disminuyen LK en incrementos de 2
unidades en cada actuacin.
Las de E.coli introducen vueltas de superenrollamiento negativo.
Las de eucariotas relajan el superenrollamiento tanto positivo
como negativo pero no pueden introducir superenrollamiento
negativo como las de E.coli.
Requieren ATP y transforman su energa en energa de torsin necesaria
para, una vez que rompen las dos hebras del DNA,
producir un giro vectorial y posteriormente volver a sellarlas.
Por cada actuacin consumen dos molculas de ATP.

Bioqumica. Libro de texto con

aplicaciones clnicas4 ed.
Devlin, T.M. Ed. Revert. 2004

Mecanismo de accin:

1)
2)
Canal-N

3)

Canal-C

4)
5)

Tema 10

El enzima se une a una regin del DNA (amarillo) por el canal-C

Un segundo segmento de la misma molcula de DNA (rojo) se
une al canal-N donde queda retenido
Las dos cadenas del primer segmento de DNA son cortadas
por el enzima lo que produce una mella
El segundo segmento es desplazado a travs de la mella que se
ha formado en el primero
El enzima sella la mella y el segmento rojo es liberado a travs
del canal-C

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