La minimizacin de energa de una protena con NAMD

1 Introduccin
2 Lo que usted necesita
3 Instalacin de NAMD
4 Bajar el archivo de la protena
5 Preparacin de la protena
6 Creacin del archivo de entrada para NAMD
7 Correr el clculo de NAMD
8 Anlisis de los resultados
9 Usando las restricciones en los tomos
9.1 Fijando los tomos
9.2 Restringiendo los tomos

1 Introduccin
VEGA ZZ permite preparar los archivos de entrada para NAMD de la manera fcil sin el
uso de programas extra para generar la topologa. En esta gua didctica se explica
paso por paso cmo realizar una minimizacin de energa simple con gradiente
conjugado de la estructura cristalogrfica de la crambina con y sin restricciones.

2 Lo que usted necesita

VEGA ZZ versin 2.0.8 o mayor.

NAMD para Windows.
La protena de prueba. En esta gua didctica se usar la estructura
cristalogrfica de la crambina (1CRN) disponible del Banco de Datos para
Protenas (PDB o Protein Data Bank).

3 Instalacin de NAMD
Baje el archivo para Win32-i686 del sitio de Internet del Theoretical and
Computacional Biophysics Group.
Abra el paquete en el directorio de instalacin de VEGA ZZ (normalmente
C:\Program Files\VEGA ZZ).

Renombre el directorio de NAMD_X.X_Win32-i686 en NAMD (X.X es la

versin de NAMD).

4. Bajar el archivo de la protena

Usted puede bajar la estructura de la crambin (1CRN) usando la interfase de Internet
del PDB o de la herramienta integrada en VEGA ZZ:
Inicie VEGA ZZ y seleccione el File -> PDB download del men.
Ponga 1CRN en el campo PDB Id y pulse el botn Download. Al fin de la
transmisin, la estructura de la protena se mostrar en el espacio de trabajo
(para ms informacin, pulse aqu).
Normalice las coordenadas para trasladar la protena al origen del eje
Cartesiano (Edit -> Coordinates -> Normalize).
Guarde la molcula (File -> Save As) con el nombre 1CRN para el archivo. Se
recomienda fuertemente el uso del formato IFF/RIFF para este archivo porque
ste es capaz de guardar el nmero mximo de informacin (por ejemplo, el tipo
de tomo, cargas, los rdenes de unin, etc).

5 Preparacin de la protena
Agregue los hidrgenos (Edit -> Add -> Hydrogens), seleccionando Protein en la
caja Molecule type para habilitar una revisin extra para la hibridacin del
tomo, Residue end en la caja Position of hydrogens y seleccionando Use
IUPAC atom nomenclature. Finalmente, pulse el botn Add para colocar los
hidrgenos. Se mostrarn dos mensajes de advertencia en la consola para
informarle que dos tomos tienen una geometra rara y que la revisin extra ha
corregido el tipo del tomo.
Arregle el tipo de tomos y las cargas (Calculate -> Charge & Pot.),
seleccionando Force field y Charges y seleccionando CHARMM22_PROT y
CHARMM22_CHAR. Pulse el botn Fix. La carga total es de 0. Es posible
asignar las cargas Gasteiger-Marsili seleccionando Gasteiger en la caja de
Charges Este mtodo podra requerirse si la molcula contiene residuos no
estndar que no se incluyeron en el banco de datos de CHARMM 22.
Guarde la molcula en formato IFF borrando la anterior.

6 Creacin del archivo de entrada para NAMD

NAMD requiere varios archivos: el PDB y el archivo PSF de la molcula, uno o ms

archivos de parmetros y un archivo de comandos que define la condicin del
clculo.
Guarde la molcula en formato PDB 2.2 (File -> Save As...) con el nombre de
archivo 1CRN.pdb. NAMD no necesita la conectividad de PDB y as usted
puede evitar el salvarlo desmarcando Connectivity en la caja Options.
Cree la matriz topolgica guardando la molcula en el formato X-Plor PSF
(nombre del archivo 1CRN.psf). Opcionalmente, es posible verificar si todos los
parmetros del campo de fuerza estn disponibles, seleccionando el nombre del
campo de fuerza en la caja Force field param. El campo de fuerza
CHARMM22_PROT se us en la atribucin del tipo de tomo y usted debe
seleccionar el mismo campo de fuerza. Esta operacin no se necesita porque, la
molcula es una protena normal y todos los parmetros estn incluidos. Es til si
usted est manejando una estructura no estndar para arreglar los parmetros
perdidos (para mas informacin, pulse aqu).
Copie en el directorio dnde se colocaron los archivos 1CRN.pdb y 1CRN.psf,
los archivos de parmetros par_al22_prot.inp y par_all22_vega.inp que estn en
el directorio ...\VEGA ZZ\Data\Parameters. El archivo par_all22_vega.inp se
requiere porque VEGA ZZ genera una topologa que hace explcitos a todos los
ngulos impropios.
Con un editor de texto (por ejemplo Notepad) cree el archivo de entrada con las
rdenes siguientes (copia & pegelos):

numsteps
minimization
dielectric

10000
on
1.0

coordinates
outputname
outputEnergies
binaryoutput
DCDFreq
restartFreq

1CRN.pdb
1CRN
1000
no
1000
1000

structure
paraTypeCharmm
parameters
parameters
exclude
1-4scaling
switching
switchdist
cutoff
pairlistdist
margin
stepspercycle

1CRN.psf
on
par-all22-prot.inp
par-all22-vega.inp
scaled1-4
1.0
on
8.0
12.0
13.5
0.0
20

Guarde el archivo con el nombre 1CRN_min.namd. Este archivo permite

realizar 10000 pasos de minimizacin con gradiente conjugado, guardar la
salida (las coordenadas y los archivos de reinicio) cada 1000 iteraciones. Para
ms informacin sobre los parmetros, por favor consulte NAMD User Guide.

7 Correr el clculo de NAMD

Abra la consola VEGA (Start -> VEGA ZZ -> VEGA console).

Vaya dentro de su directorio activo con el comando cd.
En la consola teclee:
namd2 1CRN_min.namd

y d retorno de carro. Si usted quiere ahorrar el archivo de salida, use esta orden:
namd2 1CRN_min.namd> 1CRN.out

Si usted tiene ms de un CPU instalado, usted puede acelerar la velocidad del

clculo especificando el nmero total de CPUs:
namd2 +p2 1CRN_min.namd> 1CRN.out

En este caso la PC tiene dos CPUs y los dos se usan para el clculo (la opcin
+p2). El centro dual (por ejemplo Athlon X2, Pentium D, Core 2 Do, etc) y el
Pentium 4 con el hyperthreading debe usar la opcin de +p2.

8 Anlisis de los resultados

Los resultados del clculo estn contenidos principalmente en dos archivos: el
1CRN.dcd (el archivo de trayectoria) y el 1CRN.out, si usted lo salva. El primero es un
archivo binario y no puede abrirse con un editor de texto. Contiene las coordenadas
atmicas de cada uno de los marcos guardados (10 marcos, porque un marco de cada
1000 fueron guardados). El segundo es un archivo de texto que contiene los mensajes
de salida generados por NAMD y la informacin de la energa.
Abra el archivo 1CRN.dcd con VEGA ZZ (File -> Open). Para abrir una trayectoria
DCD se requiere de un archivo de la molcula (por ejemplo en formato PDB o
IFF) con el mismo nombre. Usted no debe tener ningn problema porque usted
tiene los archivos 1CRN.dcd y 1CRN.iff en el mismo directorio.
La molcula se mostrar y el dilogo de Trajectory analysis se abrir.
Si usted guard el archivo 1CRN.out, el botn de Energy graph estar activo.
Pulsndolo, usted puede ver el comportamiento de la energa durante el clculo.
La energa baja como se esperara durante una minimizacin.
Pulsando el botn Last o el botn Lowest en la ventana de Trajectory analysis, la
estructura de ms baja energa se selecciona (ver el espacio de trabajo). Por
favor recuerde en una minimizacin de energa, la ltima estructura en la
trayectoria siempre es la ms baja y por lo que no existe ninguna diferencia en
pulsar el botn Last o el botn Lowest.
Guarde la mejor estructura (File -> Save As) en formato IFF (1CRN_min.iff).

De la misma manera, usted puede guardar cualquier conformacin en la

trayectoria seleccionandola usando el deslizador horizontal o el campo Frame
number y escogiendo File -> Save As en la barra del men.

9. Usando las restricciones en los tomos

Para guardar la estructura ms cercana a los datos cristalogrficos originales, un
procedimiento comn es el aplicar restricciones a los tomos del esqueleto de la
protena. De esta manera, las cadenas laterales pueden relajarse manteniendo la
estructura secundaria. NAMD y VEGA ZZ permiten el constreimiento de los tomos en
dos maneras: fijando los tomos o aplicando una fuerza constante a los tomos que
frenan sus movimientos.

9.1 Fijando los tomos

Inicie VEGA ZZ y abra el archivo de 1CRN.iff.
Abra la ventana de Constraints options (Edit -> Coordinates -> Constraints).
Seleccione Fix en la caja Mode y Protein backbone en la caja de Selection.
Finalmente, pulse el botn Apply y cierre la ventana. Los tomos fijos (el
esqueleto) se colorear de azul y los tomos libres de verde.
Guarde la molcula (File -> Save As) en formato PDB 2.2, seleccionando
Constraints en la caja de Options, y tecleando 1CRN_fix como nombre de
archivo. La informacin de tomos fijos se guarda en la columna B del archivo
de PDB.
Repita la minimizacin de energa con el siguiente archivo de ordenes:

numsteps
minimization
dielectric

10000
on
1.0

coordinates
outputname
outputEnergies
binaryoutput
DCDFreq
restartFreq

1CRN-fix.pdb
1CRN-fix
1000
no
1000
1000

structure
paraTypeCharmm
parameters
parameters
exclude
1-4scaling
switching
switchdist
cutoff
pairlistdist
margin
stepspercycle

1CRN.psf
on
par-all22-prot.inp
par-all22-vega.inp
scaled1-4
1.0
on
8.0
12.0
13.5
0.0
20

fixedAtoms
fixedAtomsCol

on
B

En rojo se indican las diferencias con el archivo de minimizacin normal. Por favor
note que el archivo de PSF es el mismo de la minimizacin anterior porque la
molcula no se cambia. Guarde el archivo con el nombre 1CRN_fix_min.namd.

Empiece la minimizacin, tecleando en la consola:

namd2 1CRN_fix_min.namd> 1CRN_fix.out

Al final de la minimizacin, abra el archivo de trayectoria. Por favor recuerde que

usted no puede abrir el archivo de trayectoria directamente, si no existe el archivo
de la molcula correspondiente (por ejemplo 1CRN_fix.iff). Como primer paso,
usted debe abrir la molcula y luego seleccionar Calculate -> Analysis en la barra
del men. En la ventana de Trajectory analysis, pulse el botn Open y seleccione
el archivo de DCD.
Moviendo el deslizador horizontal, usted puede ver que el esqueleto se mantuvo
fijo.
Seleccione y guarde la conformacin de energa ms baja como
1CRN_fix_min.iff.

9.2 Restringiendo los tomos

Como se hizo anteriormente, inicie VEGA ZZ, abra el archivo de la crambina y
muestre la ventana de dialogo Constraint options.
Seleccione Value en la caja de Mode, ponga 20 en el campo de Value de la caja
Parameters y escoja Protein backbone en la caja de Selection. Pulse el botn
Apply y cierre la ventana. Si el campo de Value es 0, los tomos son
considerados totalmente libres (esto significa una fuerza de constreimiento
constante igual a cero), y aumentando ese valor, los tomos se frenan
progresivamente.
Guarde la molcula (File -> Save As) en formato PDB 2.2, pulsando Constraints
en la caja de Options y tecleando 1CRN_const.pdb como el nombre del archivo.
Repita la minimizacin de energa con el siguiente archivo de ordenes:

numsteps
minimization
dielectric

10000
on
1.0

coordinates
outputname
outputEnergies
binaryoutput
DCDFreq
restartFreq

1CRN-const.pdb
1CRN-const
1000
no
1000
1000

structure
paraTypeCharmm
parameters
parameters
exclude
1-4scaling
switching
switchdist
cutoff

1CRN.psf
on
par-all22-prot.inp
par-all22-vega.inp
scaled1-4
1.0
on
8.0
12.0

pairlistdist
margin
stepspercycle

13.5
0.0
20

constraints
consref
conskfile
conskcol

on
1CRN-const.pdb
1CRN-const.pdb
B

En rojo se indican las diferencias con el archivo de minimizacin normal. Salve el

archivo con el nombre de 1CRN_const_min.namd.

Empiece la minimizacin, tecleando en la consola:

namd2 1CRN_const_min.namd> 1CRN_const.out

Al final de la minimizacin, abra el archivo de trayectoria, seleccione y guarde la

conformacin con la energa ms baja como 1CRN_const_min.iff.