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I14 Lavariabilidadgen
I14 Lavariabilidadgen
14
Contenido
14.1 Las escuelas de gentica en Mxico
y su influencia en el estudio de la variabilidad / 416
14.1.1 La introduccin del mendelismo
en Mxico / 417
14.1.2 Gentica y mejoramiento vegetal / 417
14.1.3 Institucionalizacin de la gentica / 418
14.2 Estimados de la variacin con caracteres
moleculares / 419
14.3 Estimados de la variacin de caracteres
cuantitativos / 419
14.4 Estimados de la estructura gentica / 420
14.4.1 Introduccin / 420
14.4.2 Estadsticos F de Wright
y estimadores anlogos / 420
14.4.3 Flujo gnico / 421
14.4.4 Mtodos directos para estimar
el flujo gnico / 422
14.4.5 Mtodos indirectos para estimar
el flujo gnico / 422
14.4.6 Distancias genticas / 423
14.4.7 Aislamiento por distancia / 423
14.4.8 Inferencia de estructura
y proporcin ancestral / 424
Piero, D., etal. 2008. La variabilidad gentica de las especies: aspectos conceptuales y sus aplicaciones y perspectivas
en Mxico, en Capital natural de Mxico, vol. I: Conocimiento actual de la biodiversidad. Conabio, Mxico, pp. 415-435.
[ 415 ]
416
Resumen
En este captulo se proporciona una visin de los enfoques que se han utilizado para estudiar la variacin gentica en especies de Mxico y sobre las instituciones, acervos, metodologas y enfoques conceptuales que han
contribuido a este conocimiento. Durante los ltimos
aos se ha hecho un enorme esfuerzo para ampliar el
conocimiento de la estructura gentica en poblaciones
naturales en Mxico. Estas contribuciones abarcan muy
diversos grupos taxonmicos y estn asociadas a las diferentes ramas de la gentica en Mxico, as como al desarrollo de la infraestructura necesaria para generar la
informacin acerca de la diversidad gentica en especies
mexicanas. Las preguntas ms importantes que se han
planteado incluyen la cantidad de variacin que hay en
poblaciones naturales, la estructuracin de esa variacin
en diversas poblaciones y las consecuencias para la adaptacin, la especiacin y la extincin que la rareza de especies tiene. Estos estudios han arrojado en muchos casos
respuestas que complementan y amplan las conclusiones obtenidas por estudios sistemticos y taxonmicos
de la biodiversidad. Por ejemplo, algunos muestran divergencias genticas profundas en grupos morfolgicamente homogneos, mientras que otros muestran homogeneidad gentica en grupos que a priori se han mantenido
separados. En particular, en este captulo se abordan:
14 La variabilidad gentica de las especies: aspectos conceptuales y sus aplicaciones y perspectivas en Mxico
417
418
los efectos de la malnutricin en los cromosomas (Armendares et al. 1971). En 1968 se cre la Asociacin
Mexicana de Gentica Humana, y el primer programa de
posgrado en gentica mdica se estableci en 1969 en la
Unidad de Investigacin en Gentica Humana del Hospital Peditrico dependiente del Centro Mdico Nacional
del Instituto Mexicano del Seguro Social (Salamanca y Armendares, 1995). Esta rea se ha desarrollado en diferentes instituciones y uno de los resultados de ello es que, en
2003, Mxico fue el primer pas latinoamericano en crear
un Instituto Nacional de Medicina Genmica (Inmegen).
En el rea de biologa molecular sobresalen los trabajos pioneros de Luis Herrera-Estrella, quien ha destacado por sus estudios sobre la transformacin gentica en
plantas (Herrera-Estrella etal. 1983) y Francisco Bolvar,
quien desarroll mtodos para producir protenas recombinantes humanas en bacterias (Bolvar etal. 1977) y
fue el responsable del desarrollo de nuevas herramientas
moleculares para la clonacin y expresin del adn en
Escherichia coli (Itakura etal. 1977). Por ltimo, el rea
de la biologa molecular fue desarrollada en Mxico,
principalmente en el Centro de Investigacin y de Estudios Avanzados (Cinvestav) y en la Universidad Nacional
Autnoma de Mxico (unam). En 1973 fue fundado el
primer Departamento de Biologa Molecular en el Instituto de Investigaciones Biomdicas de la unam, y posteriormente, debido al rpido desarrollo de la gentica molecular y sus aplicaciones en la biotecnologa, en 1982 se
fund el Centro de Investigaciones en Gentica y Biotecnologa en la unam, mismo que fue transformado en
1991 en el Instituto de Biotecnologa, en donde se desarrollan diversas disciplinas relacionadas con la ingeniera
celular, la biologa del desarrollo, la biologa molecular de
plantas, as como la microbiologa y la medicina moleculares, entre otras. Por otro lado, en 1975 fue fundado el
Departamento de Gentica y Biologa Molecular del Cinvestav, donde se desarrollan lneas de investigacin sobre
la regulacin y la expresin gentica en modelos bacterianos y sistemas eucariontes, biologa molecular de la
respuesta inmune, de las enfermedades hereditarias y del
cncer, neurobiologa, y gentica de poblaciones. Posteriormente se fundaron unidades de investigacin en varias de estas lneas en algunos de los centros pblicos de
investigacin, como el Centro de Investigaciones Cientficas de Yucatn (cicy), el Instituto de Ecologa, A.C., en
Xalapa (ie-x) y el Centro de Investigaciones Biolgicas
del Noroeste (Cibnor), que junto con varios grupos creados en algunas universidades estatales (de Guanajuato,
de Guadalajara y Autnoma de Baja California Sur) han
14 La variabilidad gentica de las especies: aspectos conceptuales y sus aplicaciones y perspectivas en Mxico
volumen muestra muchos de los estudios que se han llevado a cabo en Mxico para responder estas preguntas.
Los estimados que normalmente se utilizan para evaluar la variacin gentica incluyen la heterocigosis esperada, el polimorfismo, y (Gillespie 2004; Hedrick,
2005; Hartl y Clark 2006). Estos estimados se han desarrollado para todos los marcadores aunque algunos de
ellos, como la heterocigosis observada, no pueden estimarse usando mtodos tradicionales con marcadores
que muestran dominancia como los rapd, aflp o issr.
Por ello se han desarrollado mtodos bayesianos para estimar los estadsticos FIS y FST de Wright (Holsinger etal.
2002; Holsinger y Wallace 2004).
Los valores de tienen la caracterstica de ser estimados de la heterocigosis en el nivel nucleotdico (Hedrick,
2005), es decir, pueden ser interpretados como la heterocigosis esperada. Su mtodo de estimacin toma en
cuenta la distancia que hay entre dos secuencias de adn
como el nmero de diferencias y lo corrige multiplicndola por las frecuencias de ambas secuencias. La suma de
ese estimado para todas las combinaciones posibles de
pares de secuencias es . Otro estimado de la diversidad
gentica en el nivel nucleotdico es el nmero de sitios
segregantes S. El nmero de sitios segregantes es una
manera muy precisa de estimar la variacin, siempre y
cuando el modelo de mutacin sea de sitios infinitos y
como consecuencia no haya homoplasia. Estos estimados pueden extrapolarse a secuencias de aminocidos de
forma sencilla. Existen otros estimadores que estn empezando a usarse y que consideran la distribucin del
nmero de sitios de nucletidos con 1,2,3n muestras
(Wakeley 2008).
419
420
Fit Fis
.
1 Fis
14 La variabilidad gentica de las especies: aspectos conceptuales y sus aplicaciones y perspectivas en Mxico
La estimacin de la Fst es ms fcil de visualizar siguiendo la definicin de Nei (1973), quien considera la
probabilidad de heterocigosis en funcin de la autocigosis:
H Hs
Fst = t
,
Ht
donde Ht es el promedio de la heterocigosis esperada en
la poblacin total para todos los loci y Hs es el promedio
de la heterocigosis esperada dentro de subpoblaciones
para todos los loci. Fst mide la reduccin en la heterocigosis debida a diferenciacin gentica entre poblaciones.
Tambin se puede definir la Fst en trminos de las varianzas en las frecuencias allicas entre las poblaciones:
Fst =
var(p)
;
p(1 p)
421
422
1
;
4Nm + 1
Nm
1 FST
.
4
despejando,
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1
,
4Nm + 1
n
(n 1) ,
423
424
14 La variabilidad gentica de las especies: aspectos conceptuales y sus aplicaciones y perspectivas en Mxico
Una revisin de estos estadsticos fue publicada por Ramos-Onsins y Rozas (2002) que muestran que el enfoque
original de Rogers y Harpending (1992) es conservador.
Por otra parte, la coalescencia puede ser usada para
estimar parmetros relacionados con los procesos antes
descritos, en lo que podra llamarse inferencia por coalescencia completa. La coalescencia completa permite
no solo detectar los procesos evolutivos que afectaron a
la muestra sino que, adems, infiere parmetros relacionados con estos procesos que pudieron dar lugar a la
misma. Por ejemplo, la tasa de mutacin poblacional, el
nmero de migrantes por generacin entre n poblaciones, la tasa de crecimiento poblacional, el tiempo desde
el ancestro comn ms reciente de la muestra (tmrca),
el tiempo de divergencia entre dos poblaciones o la tasa
de recombinacin de la poblacin.
La ventaja de la coalescencia completa sobre los estadsticos de resumen es que utiliza toda la informacin
contenida en la muestra. Lo anterior se consigue ponderando una muestra grande de todas las genealogas que
pudieron dar lugar a la muestra. Sin embargo, una desventaja es que an son pocos los modelos de poblaciones
para los que existe inferencia de coalescencia completa y
por lo general son computacionalmente intensos.
Una manera ms de utilizar la coalescencia es mediante el uso de simulaciones. Es relativamente sencillo generar grupos de datos o genealogas utilizando modelos de
coalescencia (Hudson 2001). Existen muchas formas de
utilizar las simulaciones hechas de esta manera. Por ejemplo, usar las simulaciones como hiptesis nula al contrastar los resultados con los datos reales; utilizar desviaciones del coalescente bsico y observar si se recuperan los
datos reales; usar las simulaciones de forma heurstica
para obtener parmetros de los datos simulados que converjan con los datos reales; generar datos a partir de parmetros extrados de la muestra y calcular los lmites de
confianza de tales parmetros (Rozas etal. 2003).
14.6 Filogeografa
14.6.1 Origen y desarrollo
El trmino filogeografa fue acuado a finales de los
aos ochenta por John Avise y colaboradores para refe-
425
426
rirse al estudio de los principios y procesos que determinan la distribucin geogrfica de los linajes genealgicos,
especialmente dentro de y entre taxones cercanamente
emparentados (Avise etal. 1987). Desde entonces, la filogeografa se ha transformado de forma extraordinaria
en una disciplina integradora en la que confluyen la biologa molecular y otros campos macroevolutivos, como
la filogentica, la paleontologa y la biogeografa, y microevolutivos, como la gentica de poblaciones, la autoecologa, la demografa y la etologa (Avise etal. 2000).
Los anlisis filogeogrficos consisten en sobreponer al
espacio geogrfico filogenias de linajes moleculares (o
genealogas gnicas) para buscar patrones que permitan
inferir los procesos histricos y demogrficos que les dieron lugar. Esta superposicin puede ser literalmente grfica o bien puede representarse mediante la codificacin
de linajes en un rbol filogentico de acuerdo con su origen geogrfico.
Desde su inicio, el marcador molecular ms utilizado
en filogeografa ha sido el adn mitocondrial (adnmt)
animal (Avise etal. 1987), debido a su alta tasa de evolucin molecular, su estado clonal en el organismo, su herencia matrilineal asexual y a la ausencia de recombinacin intermolecular (Avise 1991). Estas caractersticas
evolutivas dan pie a que las genealogas mitocondriales
resulten en rboles bifurcantes que representan la transmisin vertical del adnmt de madres a hijas. En comparacin con el crecimiento exponencial de estudios filogeogrficos en animales, los estudios en plantas han
tenido un rezago por la falta de marcadores moleculares
apropiados, dado que los genomas citoplsmicos vegetales no comparten las caractersticas evolutivas del adnmt animal (Schaal etal. 1998). No obstante, se han realizado esfuerzos notables (Nason etal. 2002; Grivet y Petit
2003; Schaal etal. 2003).
14 La variabilidad gentica de las especies: aspectos conceptuales y sus aplicaciones y perspectivas en Mxico
Distribucin geogrfica de linajes
Categora
filogeogrfica
rea 1
rea 2
rea 3
Tipo I
abc
ghi
mno
abc
abc
abc
ghi
ghi
ghi
mno
mno
mno
c a
Tipo II
Tipo III
Tipo IV
Tipo V
Topologa
filogentica
Grandes
discontinuidades
genticas
Sin grandes
discontinuidades
genticas
ad
Figura 14.1 Categoras filogeogrficas basadas en la distribucin geogrfica de linajes filogenticos (representados por valos)
y sus niveles de divergencia gentica. Las grandes discontinuidades se encuentran representadas por lneas gruesas. El nivel
de similitud gentica entre linajes est codificado por la similitud en colores (modificado de Avise 2000).
Es una medida de la seal filogentica de los datos moleculares y de la solidez de la reconstruccin filogentica.
Generalmente se obtiene de anlisis estadsticos de remuestreo como el bootstrap no paramtrico o el jacknife
acoplados a los anlisis filogenticos (Felsenstein, 1985).
El aspecto II se refiere a la coherencia genealgica entre
genes independientes (no ligados) de un mismo taxn
(Fig. 14.2). Este aspecto se diagnostica comparando directamente las topologas de ambos genes o se pueden aplicar mtodos estadsticos para cuantificar la coincidencia
genealgica entre matrices de caracteres (e. gr., LyonsWeiler y Milinkovitch 1997). Generalmente se busca la
concordancia entre genealogas mitocondriales y nucleares, aunque debido al tamao efectivo poblacional cuatro
veces menor del adnmt, el proceso de coalescencia de
genes nucleares se realiza ms lentamente. En consecuencia, las concordancias genealgicas entre genes nucleares
y mitocondriales son evidencia sustancial para realizar
inferencias sobre los procesos que han determinado la
427
428
Filogrupo 1
Aspecto I
Mismo gen en
una especie
97
Filogrupo 2
Filogrupo 1
Filogrupo 1
Aspecto II
Dos genes
en una especie
Gen 1
Gen 2
Filogrupo 2
Filogrupo 2
Filogrupo 1
Filogrupo 1
Aspecto III
Un gen en
diferentes especies
Especie 1
Especie 2
Filogrupo 2
Filogrupo 2
Filogrupo 1
Filogrupo 1
Aspecto IV
Un gen en varias
especies en provincias
biogeogrficas
Provincia 1
Provincia 2
Especie 1
Especie 2
Filogrupo 2
Filogrupo 2
Filogrupo 1
Filogrupo 1
Especie 3
Especie 4
Filogrupo 2
Filogrupo 2
Figura 14.2 Aspectos de concordancia filogeogrfica entre genealogas gnicas (modificado de Avise 2000).
historia evolutiva del organismo en cuestin. El aspecto
III se refiere a la concordancia entre filogenias de un mismo gen de especies distribuidas simptricamente en una
regin. En este aspecto los linajes divergentes de cada rbol especfico se distribuyen cada uno en reas geogrficas distintas que coinciden en cada especie (Fig. 14.2). La
existencia de esta concordancia genealgica generalmente se asocia a especies con caractersticas ecolgicas similares y refleja la influencia de los mismos factores ecolgicos y evolutivos que han moldeado la arquitectura
14 La variabilidad gentica de las especies: aspectos conceptuales y sus aplicaciones y perspectivas en Mxico
2-2
C
1-5
1-3
1-4
E
I
H
J
1-2
K
1-1
2-1
Total
429
430
14.6.4 Perspectivas
En un lapso de tan solo 20 aos, el campo de la gentica
poblacional y el estudio de la especiacin han sufrido un
cambio de paradigma con la adopcin de anlisis de genealogas intraespecficas. La contribucin ms importante de la filogeografa ha sido destacar los aspectos
histricos y de desequilibrio entre fuerzas evolutivas a
escala microevolutiva, as como ayudar a estudiar formalmente las relaciones entre la demografa y la genealoga (Avise 2000). El futuro de la filogeografa es sin
duda promisorio. Con la disponibilidad de un mayor nmero de estudios de especies individuales se hace cada
vez ms factible el desarrollo de la filogeografa comparativa. De hecho existen regiones en Mxico en donde se
han hecho importantes anlisis comparativos, como en
el noroeste del pas ( Riddle etal. 2000b; Bernardi etal.
2003). En el captulo 15 de este volumen se presentan
ms estudios hechos en Mxico. Los avances tericos y
conceptuales en los modelos de coalescencia han contribuido al estudio de genes nucleares y su utilizacin en
anlisis filogeogrficos (Hare 2001). Se puede prever un
mayor uso de los conceptos genealgicos propios de la
14 La variabilidad gentica de las especies: aspectos conceptuales y sus aplicaciones y perspectivas en Mxico
ntica de especies mexicanas. Los productos de la investigacin de estos grupos estn descritos en el captulo 15
de este volumen. Aun as es importante que los diferentes grupos involucrados se asocien para generar informacin molecular a un paso ms acelerado y con mayor
eficiencia, sin olvidar que los sistemas que ms necesitan
esta informacin son las especies que por su importancia
ecolgica, mdica, agronmica o evolutiva pueden generar datos importantes para responder las preguntas que
se plantea la gentica de poblaciones, la teora de coalescencia y la filogeografa, y que aporten informacin sobre
su uso, manejo y conservacin.
14.8 Conclusiones
El reto mayor al que se enfrenta el estudio de la diversidad
gentica en plantas y animales, desde el punto de vista de
las capacidades en personal de investigacin y de enfoques e infraestructura reside, por un lado, en la gran cantidad de especies por estudiar y, por otro, en generar una
cantidad importante de datos en cada uno de los casos
para poder hacer inferencia estadsticamente significativa acerca de los procesos poblacionales pasados, el impacto de los eventos recientes en la variacin gentica y
la prospeccin hacia el futuro de estos procesos considerando diferentes escenarios climticos. En resumen, este
campo de conocimiento es uno de los ms dinmicos en
el mbito internacional, por sus implicaciones y servicios
que ofrece, y Mxico cuenta con una muy limitada masa
crtica que es necesario reforzar con la formacin de recursos humanos.
Notas
1 Despus de pasar por varias reestructuraciones y desarrollos, actualmente, y desde 1974, es la Universidad Autnoma
de Chapingo.
2 El comit enviado por la Fundacin Rockefeller estuvo constituido por E.C. Stakman, jefe de la Divisin de Fitopatologa
de la Universidad de Minnesota, Paul Mangelsdorf, director
del Museo Botnico de la Universidad de Harvard, y Richard
Bradfield, jefe del Departamento de Agronoma de la Universidad de Cornell.
3 A diferencia del programa de mejoramiento del maz, el programa de mejoramiento de trigo, a cargo de Norman Borlaug, s tuvo xito en Mxico. Borlaug fue galardonado por
sus trabajos en trigo con el Premio Nobel de la Paz en 1970.
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Referencias
Armendares, S., F. Salamanca y S. Frenk. 1971. Chromosome
abnormalities in severe protein calorie malnutrition.
Nature 232:271-273.
Avise, J.C. 1991. Ten unorthodox perspectives on evolution
prompted by comparative population genetic findings on
mitochondrial DNA. Annual Reviews in Genetics 25:45-69.
Avise, J.C. 1992. Molecular population structure and the
biogeographic history of a regional fauna: A case history
with lessons for conservation biology. Oikos 63:62-76.
Avise, J.C. 2000. Phylogeography: The history and formation
of species. Harvard University Press, Harvard.
Avise, J.C., W.S. Nelson, B.W. Bowen y D. Walker. 2000.
Phylogeography of colonially nesting seabirds, with special
reference to global matrilineal patterns in the sooty tern
(Sterna fuscata). Molecular Ecology 9:1783-1792.
Avise, J.C., J. Arnold, R.M. Ball, E. Bermingham, T. Lamb etal.
1987. Intraspecific phylogeography: The mitochondrial
DNA bridge between population genetics and systematics.
Annual Reviews in Ecology and Systematics 18:489-522.
Barahona, A., y A.L. Gaona. 2001. The history of science and
the introduction of plant genetics in Mexico. History and
Philosophy of the Life Sciences 23:157-168.
Barahona, A., S. Pinar y F.J. Ayala. 2003. La gentica en Mxico.
Institucionalizacin de una disciplina. unam, Mxico.
Beerli, P., y J. Felsenstein. 2001. Maximum likelihood
estimation of a migration matrix and effective population
sizes in n subpopulations by using a coalescent approach.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the
United States of America 98:4563-4568.
Bermingham, E., y C. Moritz. 1998. Comparative
phylogeography: Concepts and applications. Molecular
Ecology 7:367-369.
Bernardi, G., L. Findley y A. Rocha-Olivares. 2003. Vicariance
and dispersal across Baja California in disjunct marine fish
populations. Evolution 57:1599-1609.
Bolvar, F., R.L. Rodrguez, P.J. Greene, M.C. Betlach,
H.L. Heynker y H.W. Boyer. 1977. Construction
14 La variabilidad gentica de las especies: aspectos conceptuales y sus aplicaciones y perspectivas en Mxico
Missionaries of science. The Rockefeller Foundation
and Latin America. Indiana University Press, Bloomington,
pp. 72-96.
Fracheboud, Y., J.M. Ribaut, M. Vargas, R. Messer y P. Stamp.
2002. Identification of quantitative traits loci for cold
tolerance of photosynthesis maize (Zea mays L.). Journal
of Experimental Botany 53:1967-1977.
Fornoni, J., P.L. Valverde y J. Nez-Farfn. 2004. Population
variation in the cost and benefit of tolerance and resistance
against herbivory in Datura stramonium. Evolution 58:
1696-1704.
Gillespie, J.H. 2004. Population genetics: A concise guide.
The John Hopkins University Press, Baltimore.
Griffiths, R.C. 1980. Lines of descent in the diffusion
approximation of neutral Wright-Fisher models.
Theoretical Population Biology 17:40-50.
Grivet, D., y R.E.J. Petit. 2003.
433
434
14 La variabilidad gentica de las especies: aspectos conceptuales y sus aplicaciones y perspectivas en Mxico
Templeton, A.R. 2001. Using phylogeographic analysis of gene
trees to test species status and processes. Molecular Ecology
10:779-791.
Templeton, A.R. 2004. Statistical phylogeography: Methods
of evaluating and minimizing inference errors. Molecular
Ecology 13:789-809.
Templeton, A.R. 2008. Nested clade analysis: An extensively
validated method for strong phylogeographic inference.
Molecular Ecology 17:1877-1880.
Templeton, A.R., E. Boerwinkle y C.F. Sing. 1987. A cladistic
analysis of phenotypic associations with haplotypes
inferred from restriction endonuclease mapping. I. Basic
theory and an analysis of alcohol dehydrogenase activity
in Drosophila. Genetics 117:343-351.
Templeton, A.R., C.F. Sing, A. Kessling y S. Humphries. 1988.
A cladistic analysis of phenotype associations with haplotypes inferred from restriction endonuclease mapping. II. The
analysis of natural populations. Genetics 120:1145-1154.
Templeton, A.R., K.A. Crandall y C.F. Sing. 1992. A cladistic
analysis of phenotypic associations with haplotypes
inferred from restriction endonuclease mapping and DNA
sequence data. III. Cladogram estimation. Genetics 132:
619-633.
Templeton, A.R., y C.F. Sing. 1993. A cladistic analysis of
phenotypic associations with haplotypes inferred from
restriction endonuclease mapping. IV. Nested analyses with
cladogram uncertainty and recombination. Genetics 134:
659-669.
Templeton, A.R., E. Routman y C.A. Phillips. 1995. Separating
435