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Edgar Q. Pea
UNH.
Leopoldo Alfonso
ETSIA-UPNA
2005
las producciones animales es que una vez se alcanzan, las mejoras permanecen en la
poblacin. No es necesario, por lo tanto, dedicar nuevos recursos cada vez que se desea
que la mejora se exprese en una poblacin. Adicionalmente, al ser un proceso lento pero
acumulativo, permite asimilar gradual y eficazmente los cambios necesarios en
alimentacin, manejo,....
No cabe duda de que la Seleccin animal se ha venido practicando durante un
largo periodo de tiempo. No obstante, se considera que tal como la entendemos en la
actualidad, no adquiere identidad hasta el siglo XVIII, tomando como referencia al
ganadero ingls R. Bakewell. A partir de ese siglo se produce un importante avance
cientfico gracias a aportaciones de conocidos personajes como C. Darwin, F. Galton, G.
Mendel, J.B.S. Haldane, K. Pearson, R.A. Fisher y S. Wright. Esas y otras aportaciones
permitieron a J.L. Lush establecer las bases del estado actual de la seleccin animal y a
C. Henderson, A. Robertson, y otros muchos cientficos de nuestro siglo desarrollarla.
Los principios en los que se basa la Seleccin animal los proporciona la Gentica
cuantitativa (entendida en su sentido ms laxo), pues sta se ocupa de la herencia de las
diferencias cuantitativas entre los individuos. La herencia de esas diferencias depende de
genes cuyo efecto es pequeo en relacin a la variacin debida a otras causas, por tanto
los genes no pueden identificarse simplemente por los efectos fenotpicos de su
segregacin y los mtodos de anlisis mendeliano no pueden aplicarse en su estudio. La
primera consecuencias de este hecho es que la descendencia deja de tener carcter
informativo y la unidad de estudio se debe de extender al conjunto de toda la poblacin.
Una segunda consecuencia es que el estudio de las diferencias implica hacer mediciones
objetivas en los individuos frente al simple hecho de clasificarlos. Resumiendo, la
Gentica cuantitativa estudia el comportamiento de los genes y los parmetros
poblacionales asociados a los caracteres cuantitativos.
El anlisis gentico de los caracteres cuantitativos tiene reputacin de ser
conceptualmente complejo dada las importantes bases matemtica y estadstica
necesarias para construir modelos explicativos y contrastar hiptesis. Su introduccin
puede hacerse extendiendo la gentica mendeliana en dos etapas, una primera etapa
introduciendo conceptos descriptivos de las poblaciones (habitualmente referida como
Gentica de poblaciones) y una segunda etapa introduciendo conceptos ligados a la
herencia de los caracteres cuantitativos (a la que en sentido ms estricto se la denomina
Gentica cuantitativa).
La Seleccin animal pretende dar respuesta a la necesidad de escoger como
reproductores aquellos animales, de entre todos los disponibles, cuya descendencia
presente mejores caractersticas. Para tomar esa decisin se debe predecir cual es el
valor esperado en la descendencia y por lo tanto forzosamente utilizar modelos de
prediccin. El uso de modelos de prediccin encierra bsicamente elementos de gentica
(modelo gentico), de estadstica (modelo estadstico), matemticos (expresin matricial
de modelos) y algortmicos (resolucin de modelos), y se refiere en general como
metodologa de evaluacin gentica de animales.
La complejidad que pueden alcanzar los mtodos de evaluacin gentica obligan
a introducirlos partiendo de una situacin sencilla, la seleccin individual, para
posteriormente pasar a la teora general de los ndices de seleccin y acabar con la
metodologa Blup (Best Linear Unbiased Prediction), que es la que en la actualidad se
utiliza en la mayor parte de programas de mejora animal. La diferencia bsica entre la
metodologa Blup y los ndices de seleccin reside en el modelo estadstico subyacente,
pero no en el modelo gentico. La teora de los ndices de seleccin utiliza como modelo
de prediccin un modelo cuyos parmetros presentan variabilidad y sobre los cuales
estamos interesados en hacer inferencia estadstica. Se basa por lo tanto en modelos
aleatorios, asumiendo que las diferencias entre grupos de observaciones afectadas por
distintos factores ambientales son conocidas. Esta asuncin es la principal debilidad del
modelo aleatorio aplicado a la prediccin del valor gentico de los animales. No es
realista asumir que conocemos las diferencias de origen no gentico que se producen
entre animales. Esas diferencias se deben a su vez estimar y qu mejor que hacerlo
simultneamente a la prediccin del valor gentico. Aparece de esta forma la
metodologa Blup, basada en un modelo mixto que considerando las mismas variables
que el modelo aleatorio, incorpora un conjunto de factores ambientales que afectan a las
producciones de los animales. En un contexto docente, es til referirse a ambos
procedimientos como Seleccin en un modelo aleatorio y Seleccin en un modelo mixto
resaltando as la importancia del modelo estadstico utilizado.
Aunque la Seleccin animal es la base fundamental de los Programas de mejora,
no se puede ignorar la importancia de los Cruzamientos, aprovechando la componente
gentica no heredable y complementando caracteres que econmicamente es
interesante se expresen en un mismo animal. Ambas vas de mejora deben utilizarse
adecuadamente en los Esquemas de mejora de forma que el progreso gentico sea
mximo y su difusin al conjunto de las poblaciones animales eficiente.
Los Esquemas de mejora deben de establecerse teniendo en cuenta las
particularidades de los Sistemas de produccin animal. Una caracterstica que diferencia
los esquemas de distintas especies es su prolificidad. Cuanto mayor es la prolificidad de
una especie, mayor importancia adquiere la va hembra en la generacin y difusin del
progreso gentico. Adicionalmente, el uso de la inseminacin artificial hace que en
aquellas especies de baja prolificidad, la va macho adquiera una importancia todava
mayor. Bsicamente por estas razones se pueden referir dos grandes tipos de esquemas
de mejora: esquemas basados en una estructura piramidal de las poblaciones,
caractersticos de especies de alta prolificidad, y esquemas basados en pruebas de
descendencia, propios de especies de baja prolificidad.
Desde un punto de vista acadmico, es por lo tanto recomendable agrupar las
Producciones animales en Especies prolficas, dentro de las cuales se sitan
fundamentalmente la produccin porcina, avcola, cuncola y pisccola, y Especies poco
prolficas como la produccin bovina, ovina y caprina bsicamente. Esta agrupacin
permite introducir los criterios comunes dentro de cada grupo de especies que se deben
considerar al desarrollar un programa de mejora.
Conocer los sistemas de produccin de las distintas especies de inters
econmico es fundamental para realizar la Gestin gentica de un programa de mejora,
pero evidentemente no resulta suficiente. Afortunadamente, durante las dos ltimas
dcadas se han dedicado importantes esfuerzos para disponer de ms y mejores
herramientas de gestin, basadas en la informatizacin de los datos de granja y su
posterior anlisis para el clculo de ndices tcnicos que sirvan de soporte a la toma de
decisiones. Es un campo en el que se esperan futuras aportaciones como son los
sistemas expertos y de ayuda a la decisin, basadas en tcnicas de inteligencia artificial y
lgicas no estndar.
Si bien la generacin de progreso gentico es importante, tanto o ms es su
eficiente difusin. El xito o fracaso de una explotacin ganadera est en buena medida
sujeto a la Gestin gentica que en ella se realice, referida a la adquisicin de animales
(o semen) selectos y a la reposicin de hbridos.
Finalmente sealar que en un mercado de libre empresa, la difusin gentica de
un programa de mejora debe compatibilizarse con criterios de comercializacin que
permitan acceder a una determinada cuota de mercado. Para mantener o aumentar su
cuota de mercado las empresas de mejora deben de utilizar todas las herramientas
tecnolgicamente disponibles. En la actualidad existe todo un conjunto de tcnicas que
han abierto y siguen abriendo nuevas posibilidades a los actuales mtodos de mejora.
Dentro de lo que se puede denominar nuevas tecnologas destacan: los mtodos de
manipulacin reproductiva, como son la inseminacin artificial y la ovulacin mltiple y
transferencia de embriones; las aportaciones estadsticas a la evaluacin gentica de
reproductores basadas en el modelo animal; y el desarrollo de la gentica molecular,
cuyas posibilidades estn siendo objeto de un profundo anlisis para ver hasta que punto
se pueden introducir ventajosamente en los actuales programas de mejora.
Teora:
1.1. Estructura gentica de una poblacin: frecuencias gnicas y genotpicas,
equilibrio Hardy-Weinberg y cambios en las frecuencias gnicas.
Gametos de
la madre
AB
Ab
aB
ab
ab
AaBb
Aabb
aaBb
aabb
b) fenotipos
Gametos de
AB/Ab/aB
Genotipo: conjunto de genes que rigen una determinada caracterstica (o que ocupan unos
determinados loci). Se diferencia de genoma en que este es el conjunto de toda la
informacin gentica de un individuo.
Gen: segmento de ADN portador de informacin para codificar una determinada proteina. Es
la unidad bsica hereditaria. Se diferencia de locus (plural: loci) en que este ltimo se
refiere al lugar fsico que ocupa un gen en el genoma. As, un mismo gen puede estar
presente en dos especies animales distintas ocupando distinto locus. La distincin entre
gen y locus es importante en el anlisis gentico a nivel molecular (Gentica molecular).
Como veremos, cuando el anlisis se realiza a nivel fenotpico la distincin pierde
importancia, pues no se consideran los genes individualmente sino en conjunto,
perdiendo inters su localizacin en el genoma. En este ltimo caso, en el que nosotros
nos vamos bsicamente a centrar a lo largo de toda la asignatura, es frecuente utilizar
ambos conceptos indistintamente.
4
Alelo: es una de las distintas formas que puede adoptar un gen. Las diferencias entre alelos
vienen determinadas por su estructura molecular. Cuando slo existen dos alelos se
habla de gen diallico; es la situacin ms sencilla. Cuando son varias las formas
existentes, se habla de gen multiallico.
5
Se dice que existe aditividad cuando la parte del fenotipo debida a la componente gentica
corresponde a la suma de los efectos de los alelos que determinan el genotipo. Cuando
esa parte fenotpica no corresponde, para los animales heterozigotos, a la suma de los
efectos de ambos alelos se dice que existe dominancia. En esa situacin, si slo uno de
los dos alelos se expresa se habla de dominancia completa.
la madre
ab
aaB-
aabb
Estamos considerando una situacin muy simple, asumiendo que existe relacin directa entre
genotipo y fenotipo. La realidad, evidentemente, no es tan sencilla. En ocasiones un
mismo genotipo corresponde a distintos fenotipos (se dice que existe penetrancia
incompleta). Adems, no se puede olvidar que existe toda una serie de factores
ambientales que enmascaran la relacin existente entre fenotipo y genotipo. Este ltimo
aspecto es determinante en Mejora gentica animal.
Nmero animales
Nmero de alelos
R
r
RR
45
90
0
Rr
50
50
50
rr
5
0
10
Total
100
140
60
Tomemos como ejemplo el gen del Halotano. El gen del Halotano es un gen diallico
(H/h) que produce una predisposicin al estrs en porcino (conocida como 'sndrome
del estrs porcino', SSP), que supone una mayor tasa de mortalidad y una mayor
frecuencia de canales PSE ('plidas, blandas y exudativas'), canales de menor valor
de comercializacin. (El nombre del gen procede del anestsico que se utilizaba para
determinar la susceptibilidad de presentar el SSP). El alelo responsable de esas
desfavorables caractersticas (h) es recesivo, de modo que slo los animales hh las
presentan.
Supongamos que estamos interesados en comprar una partida de 100 reproductores
porcinos (machos y hembras) y tenemos dos opciones: comprar animales de una
poblacin A con una frecuencia gnica del alelo hal de 0.2, o de otra poblacin B con
frecuencia 0.1 pero a un mayor precio. Dado que conocemos las frecuencias gnicas
podemos predecir el nmero de animales de cada genotipo en nuestra explotacin.
Vamos a asumir para ello que los apareamientos se hagan independientemente al
genotipo de los animales (apareamientos al azar):
H
h
0.8
0.2
10
h
0.1
0.09
0.01
Frecuencias
aa
q
p + 2pq + q = 1
11
Frecuencia genotpica
1
0.8
AA
aa
0.6
Aa
0.4
0.2
0
0.2
0.4
0.6
0.8
A
a
AA
p
2p
0
Aa
2pq
2pq
2pq
aa
q
0
2q
(2p+2pq)/2=p(p+q)=p
(2pq+2q)/2=q(p+q)=q
12
13
Frecuencias
Genes
A
p
a
q
Genotipos
AA
P
Aa
H
aa
Q
Frecuencia genotpicas
Frecuencias gnicas
Es decir:
A (p)
a (q)
AA
P
2P
0
Aa
H
H
H
aa
Q
0
2Q
(2P + H) / 2 = P + H
(H + 2Q) / 2 = H + Q
p = P + H
q = H + Q
De todos los gametos producidos slo unos cuantos producirn los animales de
la siguiente generacin. Si los apareamientos son al azar las frecuencias de los
gametos que formarn la siguiente generacin sern las mismas que las frecuencias
gamticas totales, y por lo tanto que las frecuencias gnicas. Para ello el tamao de
poblacin debe ser infinito, pues sino estamos sujetos a un error de muestreo al tomar
un subconjunto de gametos, el que produce hijos, del conjunto de todos los
disponibles.
Podemos representar grficamente el conjunto de genotipos que se producirn
por un cuadrado cuyos ejes horizontal y vertical representen la frecuencia de los
gametos femeninos y masculinos:
14
A (p)
AA (p)
Aa (pq)
a (q)
Aa (pq)
aa (q)
Frecuencia
gametos
masculinos
El rea total del cuadrado es la suma de las frecuencias de todos los genotipos
posibles. Cada subrea corresponde a los distintos genotipos posibles, combinacin
de los distintos gametos.
As, p es la frecuencia del genotipo AA, 2pq del genotipo Aa y q del genotipo
aa, cumplindose:
p + 2pq + q = (p + q) = (p + q) = 1
A la misma expresin llegamos si ms rigurosamente calculamos la frecuencia
de cada genotipo en los hijos.
Apareamiento
Por apareamiento
AA
aa
PQ
0
Aa
AA
HP
Aa
Aa
H
Aa
aa
HQ
0
aa
AA
QP
0
aa
Aa
QH
0
aa
aa
Q
0
Aa
aa
AA
Aa
aa
0
0
0
0
P
PH
0
HP
H
0
0
0
0
0
PH
PQ
HP
H
HQ
QP
QH
0
0
0
0
0
H
HQ
0
QH
Q
2(P+H)(H+Q)
(H + Q)
Total (P + H)
como: p = P + H ; q = H + Q
Total
2pq
15
n
n!
P(x, n x) px (1 p) n x
px (1 p) n x
x
x!(n x)!
Si la probabilidad que tiene un gameto de ser A es p y de ser a (1-p), la probabilidad
de que un gameto sea A y el otro tambin A, es decir la probabilidad de ser AA (2
sucesos A y 0 sucesos a de un total de 2 sucesos), ser:
2
2! 2
P(AA) P(2,0) p2 (1 p) 0
p (1 p) 0 p2
2
2! 0!
Anlogamente podemos calcular la probabilidad del resto de genotipos:
2
2! 1
P(Aa ) P(11
, ) p1 (1 p)1
p (1 p)1 2p(1 p) 2pq
1
1!1!
2
2! 0
P(aa ) P(0,2) p0 (1 p) 2
p (1 p) 2 (1 p) 2 q 2
0
0! 2!
En base a estos resultados podemos afirmar que en una poblacin, en la que se
cumplen las condiciones de H-W, las frecuencias genotpicas son una funcin binomial
de las frecuencias gnicas.
Nmero animales
RR
45
Rr
50
rr
5
Total
100
16
RR : (0.7) = 0.49
Rr : 2 (0.7) (0.3) = 0.42
rr : (0.3) = 0.09
Luego el nmero de animales que esperbamos observar era:
Nmero animales
RR
49
Rr
42
rr
9
Total
100
17
Probabilidad
95%
3.84
18
Sexo
Mamfero
Macho
Macho
Hembra
Hembra
Hembra
Aves
Hembra
Hembra
Macho
Macho
Macho
Frecuencia
dentro de sexo
p
q
p2
2pq
q2
Hembra
p
q
p
q
p
q
(1/2)p2
(1/2)pq
(1/2)pq
(1/2)q2
1/2p
1/2q
Sexo de la
Progenie
Hembra
Hembra
Hembra
Hembra
Macho
Macho
19
AA (p1p2/2)
Aa (p1q2/2)
A- (p1/2)
aA (q1p2/2)
aa (q1q2/2)
a- (q1/2)
Hembras
"
Machos
hembras
machos
0.8
0.6
0.4
0.2
0
0
Para que una poblacin est en equilibrio para un gen ligado al sexo se debe
cumplir por lo tanto que las frecuencias gnicas sean las mismas en machos que en
hembras (p1=p2=p). En esa situacin, es inmediato ver que en los machos las
frecuencias gnicas son p y q, y en las hembras las podemos calcular a partir de las
expresiones anteriores [1] y [2]:
A : p+ p(1-p)/2+ (1-p)p/2 = p
20
a : q+ q(1-q)/2+ (1-q)q/2 = q
FALTA LA MEDIA
A1, A2 y A3
Genotipo
A1A1
A1A2
A1A3
A2A2
A2A3
A3A3
Frecuencia
genotpica
p
2pq
2pr
Fenotipo
Cantidad
observada
910
Negro natural
80
Steelblu
r
Plateado
10
1000
.....................
.....................
q + 2qr = 0.08
q + 2q(0.1) = 0.08
q + 2q(0.1) = 0.08
q + 0.2q -0.08 = 0
(q+0.4)(q-0.02) = 0
21
Debido a que las frecuencias no pueden ser menor que 0, entonces q= 0.2.
Entonces
.................
p = 0.7
Procesos sistemticos
Vamos primero a analizar cada uno de los tres procesos sistemticos descritos
de forma independiente para luego ver como interactan entre ellos.
Migracin
nm animales
f(a) = qm
n0 animales
f(a) = q0
nm
n0 n m
f(a)=qm
proporcion = m
f(a) = q0
proporcin = 1
proporcin = (1-m)
22
23
Mutacin
El efecto de la mutacin sobre las propiedades genticas de una poblacin
difiere segn sea una mutacin nica o recurrente. En el primer caso no se producen
cambios permanentes, pero si en el segundo.
Mutacin nica
Este tipo de mutaciones tiene muy poca importancia pues un nico alelo
mutante tiene muy baja probabilidad de persistir en una poblacin de tamao grande.
La mutacin se producir en un gameto de la poblacin de modo que dar lugar a un
individuo heterozigoto. Supongamos que un alelo a muta en un determinado gameto a
la forma allica A. La probabilidad de que se pierda el alelo A en la generacin
siguiente es 1/2. Si persiste en la poblacin puede estar representado en una o ms
copias, pero cada una de ellas tiene a su vez una probabilidad 1/2 de sobrevivir, de
modo que la probabilidad de permanecer en la poblacin se diluye generacin tras
generacin. Slo en poblaciones pequeas se puede esperar ocasionalmente que una
mutacin puntual permanezca indefinidamente en ella, produciendo as cambios en las
frecuencias gnicas.
Mutacin recurrente
Este tipo de mutaciones lo podemos atribuir a algn agente causal permanente
en la poblacin de modo que acta repetidas veces haciendo que la frecuencia del
alelo mutante sea lo suficientemente alta como para permanecer en la poblacin,
variando as sus frecuencias gnicas.
Podemos pensar en mutaciones recurrentes de un gen A que muta a la forma
allica a con una frecuencia u por generacin, pero siendo imposible que se produzca
la mutacin inversa (el paso de la forma A a la forma a). En este caso se habla de
mutaciones recurrentes irreversibles. Tendramos que si la frecuencia del gen a en la
poblacin era p0, en la generacin siguiente la frecuencia del nuevo alelo mutante
sera up0 y la de a (el cambio es p = -up0):
p1 = (p0-up0) = p0 (1-u)
Anlogamente, en la segunda generacin la frecuencia de a ser:
p2 = (p1-up1) = p1 (1-u) = p0 (1-u)2
Y tras n generaciones tendremos: :
pn = p0 (1-u)n
Se puede ver que cuando se produce este tipo de mutaciones no es posible
alcanzar el equilibrio hasta que no acabe desaparenciendo la forma allica original.
Asumiendo que p1=0.8 y p2=0.8; asimismo considerando que la tasa de
mutacin sea de 10-4 para el locus 1, y par el locus 2 de 10-8, las siguientes
frecuencias son esperadas para cada uno de los locus, despus de muchas
generaciones:
24
Generacin
p1
p2
0.8
0.8
10
0.7992
0.8000
100
0.7920
0.8000
1000
0.7239
0.7999
10000
0.2943
0.7992
100000
0.0000
0.7920
0.7 = 0.8(1-u)t
(1-u)t = 0.7 / 0.8 = 0.875
t = log (0.875) / log (1-u)
Reemplazando datos:
t = log (0.875) / log (1-10-4) = 13000 generaciones
t = log (0.875) / log (1-10-8) = 13000000 generaciones
Como conclusin podemos indicar que para que las mutaciones pudiesen
producir cambios importantes en las frecuencias gnicas, las tasas de mutacin
deberan ser altas (por ejemplo en el caso de mutacin recurrente, para que en una
generacin disminuyese la frecuencia gnica del alelo original en 0.1 puntos la tasa de
mutacin debiera ser del 10% ( - 0.1 = - u p0 = - u ). Deberan mutar el 10% de los
gametos producidos. Sin embargo, las tasas de mutacin que se han observado son
muy bajas (entre 10-5 y 10-6 por generacin para la mayor parte de organismos) de
modo que slo cabe esperar cambios lentos de las frecuencias gnicas debidos
nicamente a la mutacin. La mutacin por si sola no permite por tanto explicar los
25
Seleccin
La seleccin es la fuerza modificadora de las frecuencias gnicas ms
importante de las tres sealadas. Al hablar de seleccin podemos diferenciar entre
seleccin natural y seleccin artificial. Se entiende por seleccin natural la influencia
del ambiente sobre la probabilidad que un determinado fenotipo sobreviva y se
reproduzca. Recordemos que fenotipo es el conjunto de caractersticas observables en
un individuo debidas tanto a los efectos genticos como ambientales que le afectan.
No todos los fenotipos tienen la misma capacidad de competir en un determinado
ambiente. Vamos a referirnos a esa capacidad como "valor adaptativo" (tambin se
suelen emplear los trminos aptitud reproductiva, valor selectivo o fitness). La
seleccin artificial es un conjunto de reglas humanas establecidas para gobernar el
valor adaptativo de los individuos y as producir dirigidamente cambios genticos.
Evidentemente que nos ocuparemos de la seleccin artificial, pero vamos de
momento a centrarnos a entender cual es el papel de la seleccin natural en el cambio
de las frecuencias gnicas de una poblacin. Para ello vamos a considerar una vez
ms el caso sencillo de un locus con dos alelos. Dado que la seleccin es funcin del
fenotipo de los individuos, y este viene dado por el modo de accin gnica, hemos de
tener en cuenta la dominancia. Vamos a empezar recordando los distintos modos de
accin gnica en los que podemos pensar:
Modelo completamente aditivo
aa
1-s
Aa
AA
1-s
aa
1-s
AA
Aa
1-s1
AA
Aa
1- s2
26
Aa
AA
1-hs
1-s
1
Ahora, una vez establecidos los modelos de accin gnica, ya podemos pasar
a ver cual es el efecto de la seleccin sobre las frecuencias gnicas de una poblacin.
Vamos a empezar viendo qu pasa tras una generacin en la que se produce
seleccin. Partiendo de las frecuencias genotpicas iniciales, el coeficiente de
seleccin aplicado a cada genotipo y el valor adaptativo resultante de esa seleccin,
podemos obtener la contribucin gamtica de cada genotipo (nmero de individuos de
cada genotipo que dejar gametos) del siguiente modo:
Frecuencias iniciales
Coeficiente de seleccin
Valor adaptativo
Contribucin gamtica
AA
p
0
1
p
Genotipos
Aa
2pq
hs
1-hs
2pq (1-hs)
aa
q
s
1-s
q (1-s)
Total
1
1 - 2hspq - sq
p1
p2 pq(1 hs)
1 2hspq sq2
27
q1
q hspq sq2
1 2hspq sq2
De modo que el cambio de las frecuencias gnicas tras una generacin de seleccin
es ( referido a q ):
Cambio de q
0.035
0.03
s=0.2
0.025
0.02
s=0.1
0.015
0.01
0.005
0
0.2
0.4
0.6
0.8
f(q)
0.04
0.035
Cambio de q
0.03
s=0.2
0.025
0.02
0.015
s=0.1
0.01
0.005
0
0
0.2
0.4
0.6
0.8
f(q)
28
q1
q0 hsp0q0 sq02
1 2hsp0q0 sq02
q0 q02
q0 1 q0
q0
q1
2
(1 q0 )(1 q0 ) 1 q0
1 q0
q2
q0
q0
1 q1 1 2q0
qt
q0
1 tq0
29
q0 qt
1
1
q0qt
qt q0
1
0.9
0.8
0.7
q(t)
0.6
0.5
0.4
0.3
0.2
0.1
0
0
10
15
20
25
30
Generaciones (t)
Procesos dispersivos
Cuando el tamao de una poblacin no es infinito, existe un tamao limitado de
gametos producidos por los animales de una generacin que se escogen para formar
los animales de la generacin siguiente. Supongamos, por no complicar las cosas, que
esa eleccin es al azar. Dependiendo de la muestra que tomemos, las frecuencias
30
n
n!
P( x, n x) px (1 p)n x
px (1 p)n x
x
x !(n x)!
La probabilidad que tiene un gameto de ser A es p (0.5) y de ser a q (0.5), la
probabilidad de tomar 4 gametos A y 0 a, es:
4
4! 4
P( 4A;0 a) P( 4,0) p4 (1 p)0
p (1 p)0 p4 0.0625
4
4! 0 !
en cuyo caso la frecuencia p en los hijos es 1.
Operando de forma anloga para el resto de combinaciones posibles tendramos:
Muestra
Probabilidad
4A;0a
p4=0.0625
Frec. gnica de A
(p)
1
3A;1a
4p3q=0.25
0.75
2A;2a
6p2q2=0.375
0.50
1A;3a
4pq3=0.25
0.25
0A;4a
q4=0.0625
31
32
Resumen:
* Conociendo el nmero de animales de una poblacin con distinto genotipo se
pueden derivar, en determinados casos, las frecuencias genotpicas y las frecuencias
gnicas.
* Conocer las frecuencias gnicas de una poblacin permite predecir las frecuencias
genotpicas de sus descendientes.
* La variabilidad gentica de una poblacin para un determinado locus se puede medir
a travs del nmero de animales heterozigotos existentes.
* Sera interesante disponer de un modelo general que relacionase frecuencias
gnicas y genotpicas de una poblacin, aun cuando no fuesen distinguibles todos los
genotipos. Ese modelo viene dado por la ley de Hardy-Weinberg.
* La ley de Hardy-Weinberg dice que en una poblacin animal en la que se cumplan
los siguientes supuestos:
- no exista solapamiento entre generaciones
- los apareamientos sean al azar
- el tamao de la poblacin sea infinito
- no exista migracin, seleccin, ni mutacin.
la relacin entre frecuencias gnicas y genotpicas viene dada, para un locus
autosmico con dos alelos, por la expresin:
p + 2pq + q = 1
* Las principales consecuencias son:
1 - permite predecir de forma sencilla las frecuencias genotpicas de futuras
generaciones.
2 - permite conocer el grado de heterozigosidad existente en una poblacin y
por lo tanto la variabilidad gentica para un determinado locus. La heterozigosidad es
mayor a frecuencias gnicas intermedias.
3 - en una poblacin en equilibrio las frecuencias gnicas y genotpicas
permanecen constantes, conservndose su variabilidad gentica.
* Se puede contrastar fcilmente, mediante un anlisis , si una poblacin se
encuentra en equilibrio Hardy-Weinberg.
* Para que una poblacin est en equilibrio para un gen ligado al sexo se debe cumplir
que las frecuencias gnicas sean las mismas en machos que en hembras. En caso
contrario, la poblacin se aproxima progresivamente a una situacin de equilibrio.
* La ley de Hardy-Weinberg se puede extender a genes multiallicos y varios loci.
* Los procesos sistemticos son la migracin, la mutacin y la seleccin.
* El cambio de la frecuencia gnica debido a la migracin depende del porcentaje de
animales inmigrantes y de la diferencia entre las frecuencias gnicas de las
poblaciones que se mezclan.
* Las mutaciones pueden ser nicas o recurrentes. En el primer caso no se producen
cambios permanentes; en el segundo s.
* La mutacin por si sola no permite explicar los cambios en las frecuencias gnicas
33
Prctica:
PRCTICA 1 (Aula informtica) - Cambio de las frecuencias gnicas y
genotpicas en una poblacin finita.
34
Aa
aa
a=2
d=-1
-a = -2
Genotipo
absolutosabsoluto
s
Valores
Valores como
absolutos
desviacin
p2
a =2
p2a
A1A2
2pq
d= -1
2pqd
A2A2
q2
-a =2
-q2a
Genotipo
Frecuencia
A1A1
Suma
Frec x Val
a(p-q)+2dpq
Es obvio que el valor del heterozigota no se encuentra en medio de los valores de los
homozigotas, en este se dice que existe un efecto de la dominancia, pero de no ser as el
valor de d sera igual a 0. Evaluando con los valores arbitrarios, la media de los
homozigotas sera 5, de modo que a partir de ello se puede encontrar los valores de los
genotipos como desviacin: Valor absoluto - 1/2(A1A1 + A2A2)
Ahora podemos hallar la media de esta poblacin utilizando la frmula para datos
agrupados:
f *y
fi
p 2 * a 2 pq * d q 2 * a
a( p q) 2 pqd
1
35
cero, y ms alejado de ste valor sern cuando mayor ser la diferencia entre p y 1. Por
otro lado, si d=0, entonces el valor de la media se reducira a: =a(p-q); en este caso se
dice que no existe dominancia y que los genes solo estn actuando en forma aditiva. En
nuestro ejemplo, si solo existira aditividad, el efecto del gen A1 = a.
GENOTIPO
A1A1
A1A2
A2A2
Sumatorio
FRECUENCIA.
GENOTIPICA
2
p
2pq
2
q
1
VALOR
PRODUCTO
a
d
-a
p *a
2pq*d
2
q *(-a)
a(p-q)+2pqd
Tambin con estos datos no solo podemos encontrarla media, sino tambin la varianza,
utilizando la frmula estadstica para datos agrupados.
f *(y
u)
fi
Ahora podremos ver que el trabajar con datos desviados con respecto al promedio (x iu), nos facilitar bastante encontrar dicho parmetro, pues para nuestro caso u=0, de
modo que operando solo tendramos
fi * ( yi )
fi
p 2 * a 2 2 pq * d 2 q 2 * a 2
a 2 2 pq(d 2 a 2 )
1
VALOR DE CRIA....
No olvidar que el valor de cra del heterozigota es la media de los valores de cra de
los homozigotas
Tambin los valores de cra dependen de la frecuencia de los genes.
FALTA....
36
Apap
Amam
Apam
ApAm
apam
Ap
apAm
Am
ap
am
apAp
apAm
Apap
Apam
apap
apam
obtenemos por lo tanto 2 de 8 individuos (un 25%) que tiene dos copias de un mismo
alelo. En total existen 4 animales que son homozigotos, los dos que tiene ambos
alelos idnticos (en algunos textos llamados idnticos por descendencia) y otros dos
que tienen alelos parecidos (en algunos textos llamados parecidos en estado). A los
37
individuos con dos alelos idnticos les llamaremos autozigotos y a los que tengan dos
alelos parecidos alozigotos.
Diferenciemos pues entre deriva y consanguinidad, sabiendo que ambas
implican disminucin de la heterozigosidad de una poblacin:
1 - Deriva: El nmero de individuos alozigotos y autozigotos puede variar en
funcin del tamao de poblacin por deriva gentica como se vio en la anterior leccin.
Cuanto ms pequea es una poblacin, mayor es la probabilidad de tomar un mismo
gameto dos veces (alelos idnticos dando lugar a autozigotos) y de tomar dos
gametos con un mismo alelo (alelos parecidos dando lugar a alozigotos). Una
consecuencia adicional de la deriva es que hace que aumente la consanguinidad (el
apareamiento entre parientes).
2 - Consanguinidad: El nmero de individuos autozigotos variar en funcin de
la consanguinidad.
Coeficiente de consanguinidad
El coeficiente de consanguinidad es la herramienta que usaremos para medir el
grado de consanguinidad de un individuo o una poblacin. Se representa por la letra F.
Referido a un individuo el coeficiente de consanguinidad se define como la
probabilidad de que ese individuo sea portador, en un determinado locus, de dos
alelos idnticos.
Referido a una poblacin se habla de coeficiente de consanguinidad medio y
se define como la probabilidad de tomar al azar dos alelos idnticos.
Coeficiente de parentesco
Relacionado con el coeficiente de consanguinidad se habla tambin de
coeficiente de parentesco. Introducir este nuevo concepto es necesario si pensamos
que el coeficiente de consanguinidad nos sirve para explicar algo que ha
sucedido, pero no para predecir una situacin futura. A nosotros nos interesa predecir
el coeficiente de consanguinidad y ello lo podemos hacer a travs del coeficiente de
parentesco.
El coeficiente de parentesco entre dos individuos X e Y se define como la
probabilidad, para un determinado locus, de que un alelo tomado de X sea idntico a
un alelo tomado de Y.
Si apareamos los animales X e Y, la probabilidad de que dos alelos tomados al
azar (uno de X y otro de Y) sean idnticos, es la probabilidad de que su hijo sea
portador de dos alelos idnticos. Es decir el coeficiente de parentesco entre los
38
1.3.2.- Genealoga
La genealoga o pedigree de un individuo es la cronologa de los individuos con
l emparentados, ya sean ascendientes, descendientes o colaterales. Establecer la
genealoga es no solo til, sino absolutamente necesario en mejora gentica pues
permite extraer informacin sobre la herencia y las caractersticas que queremos
mejorar genticamente.
Un ejemplo de representacin grfica
de la genealoga de un individuo podra ser el
siguiente:
39
1. A tiene 2 alelos para ese locus (M y M). Se dan las siguientes probabilidades:
Para M:
FA = 0
40
B (M y M)
FB = 0
Va A:
Para M:
Prob(ACG)=Prob (AC) * Prob (CG)=(1/2)2 Prob (GCADFG)
Prob(ADFG)=Prob (AD) * Prob (DF) * Prob
(FG) =(1/2)3 = (1/2)2 * (1/2)3 = (1/2)5
Para M:
(idem al anterior) = (1/2)2 * (1/2)3 = (1/2)5
Para M o M :
Prob (GCADFG) = Prob (para M) + Prob (para M) =(1/2)5 +(1/2)5 = (1/2)4
1/2
1/2
1/2
1/2
1/2
1/2
1/2
1/2
1/2
1/2
Va B:
Para M:
Prob(BCG)=Prob (BC) * Prob (CG)=(1/2)2
Prob(BDFG)=Prob (BD) * Prob (DF) * Prob (FG) =(1/2)3
Prob (GCBDFG)
= (1/2)2 * (1/2)3 = (1/2)5
Para M:
(idem al anterior) = (1/2)2 * (1/2)3 = (1/2)5
Para M y M :
Prob (GCBDFG) = Prob (para M) + Prob (para M) =(1/2)5 +(1/2)5 = (1/2)4
Consecuentemente tanto por va A y por va B, tendremos que:
FX = (1/2)5 + (1/2)5 + (1/2)5 + (1/2)5 = (1/2)4 +(1/2)4 == (1/2)3 = 0.125
De acuerdo a esta forma de operar, podemos deducir una frmula general para
el clculo de coeficientes de consanguinidad:
41
Fx (1 / 2) ni (1 FAi )
i
A
B
C
D
E
F
G
42
d. Para ello es til aadir una fila previa inicial a la matriz indicando los padres
de cada animal
en nuestro ejemplo
??
A
??
B
AB
C
AB
D
??
E
DE
F
CF
G
A
:
G
e. Como resultado obtendremos los coeficientes de relacin de parentesco
entre todos los animales implicados. Como sabemos que ese coeficiente es
para un individuo con sigo mismo (elementos de la diagonal) 1 + Fx ,
podemos deducir directamente los coeficientes de consanguinidad.
A
B
C
D
E
F
G
??
A
1
0
0.5
0.5
0
0.25
0.375
??
B
0
1
0.5
0.5
0
0.25
0.375
AB
C
0.5
0.5
1+0
0.5
0
0.25
0.625
AB
D
0.5
0.5
0.5
1+0
0
0.5
0.5
??
E
0
0
0
0
1
0.5
0.25
DE
F
0.25
0.25
0.25
0.5
0.5
1+0
0.625
CF
G
0.375
0.375
0.625
0.5
0.25
0.625
1+0.125
2rz
y
43
Animales apareados
Padre - hijo
OO
0.25
0A
AB
0.5
0.75
0.5
0.75
0.75
0.75
1.25
B
A
C
A
Hermanos completos
00
0A AB AB CD
0.5 0.5
C 0.5 0.5
C
A
D
B
A
0.75
E
B
A
OA
AO
BC
0.5
0.5
0.5
B
A
0.25 0.625
0.5 0.25
OO
AB
B
1
C
B
A
0.625
D
B
A
Hermanos gemelos
OO
0.125
OO
0.25
Medios hermanos
B
A
0.5 0.75
0.5
CC
0.5
0.5
0.5
0.5
0.5
0.5
0.5
0.5
0.5
1.5
Abuelo - nieto
Bisabuelo - bisnieto
0.125
0.0625
0.125
0.0625
Primos completos
0.0625
44
Medios primos
0.03125
45
probabilidad de que sean idnticos es F1 tal como hemos deducido antes, de modo
que la probabilidad de este suceso es (1 - 1/(2N)) F1
En resumen, la consanguinidad en la 2 generacin es:
F2 = 1/(2N) + (1 - 1/(2N)) F1
Por extensin obtendramos para cualquier generacin (t) la expresin:
Ft = 1/(2N) + (1 - 1/(2N)) Ft-1
En esta frmula podemos ver dos partes:
1/(2N) : Es la nueva consanguinidad que se produce cada generacin. Es decir el
incremento de consanguinidad F producido por generacin:
F = 1/(2N)
1/ Ne = 1 / (4Nm) + 1 / (4Nh)
46
es decir:
Ne = 4*Nm*Nh / (Nm + Nh)
47
Resumen:
* Se llama consanguinidad a los apareamientos entre parientes.
* La consanguinidad puede ser producto de: 1) apareamientos dirigidos; 2) tamao
reducido de poblacin.
* El grado de consanguinidad de un individuo o una poblacin, se mide a travs del
coeficiente de consanguinidad (F).
* Referido a un individuo el coeficiente de consanguinidad es la probabilidad de que
ese individuo sea portador, en un determinado locus, de dos alelos idnticos.
* Referido a una poblacin se habla de coeficiente de consanguinidad medio y se
define como la probabilidad de tomar al azar dos alelos idnticos.
* El coeficiente de parentesco (fxy) entre dos individuos permite predecir el coeficiente
de consanguinidad de sus descendientes.
* El coeficiente de parentesco entre dos individuos X e Y se define como la
probabilidad, para un determinado locus, de que un alelo tomado de X sea idntico a
un alelo tomado de Y.
* Se cumple que el coeficiente de parentesco entre los padres (X e Y) de un individuo
(I) tiene el mismo valor que el coeficiente de consanguinidad de ese individuo.
* Para expresar el parecido medio que hay entre dos individuos se utiliza el coeficiente
de relacin de parentesco (2rxy) cuyo valor es el doble del coeficiente de parentesco.
* La genealoga o pedigree de un individuo es la cronologa de los individuos con l
emparentados, ya sean ascendientes, descendientes o colaterales. Establecerla
permite, entre otras cosas, calcular F, fxy y 2rxy.
* El mtodo tabular permite calcular el coeficiente de relacin de parentesco (2rxy)
entre todos los animales de una genealoga, as como el coeficiente de
consanguinidad de todos ellos.
* Este mtodo se basa en las siguientes propiedades:
1 - El coeficiente de relacin de parentesco entre dos individuos X e Y es igual a la
semisuma de los coeficientes de relacin de parentesco de X con los padres de Y
2 - El coeficiente de relacin de parentesco de un individuo consigo mismo es (1+Fx)
3 - El coeficiente de consangunidad de un individuo es igual al coeficiente de
parentesco entre sus padres.
* El mtodo tabular consiste en:
1) construir una matriz para los animales que intervienen en la genealoga.
(2) empezando por el primer elemento de la primera fila, y continuando con esa misma
fila, atribuir:
a) a los elementos de la diagonal: 1 + 1/2 de la suma de los coeficientes de
relacin parentesco de sus padres si los conocemos; en caso contrario 1.
b) a los elementos de fuera de la diagonal: 1/2 de la suma del valor de sus
padres en esa fila
48
Prctica:
PRCTICA 2 (Aula informtica) - Clculo de coeficientes de consanguinidad.
49
Teora:
2.1. Modelos fenotpico, gentico y estadstico: modelo fenotpico y gentico,
modelo estadstico y parmetros genticos.
2.2. Parecido gentico entre parientes: covarianza gentica y estimacin de
parmetros genticos en diseos equilibrados.
2.3. Depresin consangunea y heterosis:
50
La mayor parte de los genes no tienen, por tanto, efectos que permitan
identificarlos individualmente, de modo que no podemos aplicar directamente la
gentica mendeliana.
Adems, el carcter medido no slo se debe a los genes del individuo. Dos
hermanos gemelos no pesan exactamente lo mismo, y sin embargo tienen el mismo
genotipo. El ambiente -alimentacin, cuidados recibidos, temperatura, etc. - influye en
el carcter haciendo desaparecer las ya pequeas discontinuidades entre genotipos y
haciendo que observemos un carcter con variacin continua, tal como se muestra en
la figura siguiente.
51
52
Interaccin
Por interaccin se entiende una relacin de dependencia entre componentes
de un sistema, dependiendo cualquiera de ellas de algunas otras. Desde el punto de
vista de la mejora, las interacciones ms relevantes son las que implican el genotipo
de los animales. De entre ellas podemos considerar la interaccin genotipo-ambiente
(GxE) como la de mayor importancia. En algunas especies esa interaccin juega un
papel decisivo para saber cual es el genotipo ms apropiado para un determinado
ambiente.
La interaccin GxE ocurre cuando la diferencia entre las producciones de 2 o
ms genotipos cambian al cambiar el ambiente. Entendemos aqu ambiente en el
sentido ms amplio, es decir incluyendo manejo, sanidad, recursos econmicos, ....
El concepto de interaccin no es sencillo y ayuda a entenderlo su
representacin grfica. As, en la figura que sigue se recoge un ejemplo de interaccin
en el que se puede ver como dos genotipos (A y B) presentan distintos niveles de
produccin en funcin de la influencia ambiental que reciben.
53
Nivel de
produccin
Alto
Medio
Genotipo B
Genotipo A
Bajo
Ambiente
Medio
Genotipo A
Bajo
Ambiente
54
Nivel de
produccin
Alto
Medio
Genotipo A
Bajo
Genotipo B
Ambiente
Fuerte
Fuerte
Dbil
No existe
Dbil
No existe
55
Parmetros genticos
Heredabilidad de un carcter
Presuponiendo que el ambiente es independiente del valor aditivo la varianza
de P ser la suma de las de A y E:
p = a + e
Al cociente entre la varianza de los valores aditivos (la llamada varianza aditiva)
y los fenotpicos (varianza fenotpica) se llama heredabilidad de un carcter.
a
h= --------------p
Interesa conocer la heredabilidad de un carcter por que nos da una idea de
nuestras posibilidades de seleccin. Si h es alta esto significa que la variacin
observada se debe a causas genticas aditivas (heredables) principalmente, por lo
que escogiendo a los mejores individuos estaremos escogiendo tambin a los que
tienen mejores alelos y a los que mejor descendencia (por termino medio) dejarn.
No es suficiente que la heredabilidad sea alta para mejorar un carcter. Si la
variacin es pequea, es decir: si todos los individuos son parecidos, no es posible
escoger a individuos destacados y mejorar la media de la poblacin. En el caso 1 de la
prxima figura hay variacin y es debida a efectos genticos heredables, en el 2 no
hay variacin apenas y en el 3 hay variacin pero se debe a causas ambientales. Slo
en el 1 tendremos esperanzas de una mejora rpida.
Caso 1
Heredabilidad alta
Variabilidad alta
Caso 2
Heredabilidad alta
Variabilidad baja
Caso 3
Heredabilidad baja
Variabilidad alta
E
56
Repetibilidad de un carcter.
A un carcter que se expresa varias veces en un mismo animal (produccin de
leche, prolificidad,...) se le asocia el concepto de repetibilidad para medir el parecido
entre producciones sucesivas. Este coeficiente se utiliza en la evaluacin gentica de
un animal del que se conocen varias medidas, y tambin sirve para predecir
producciones futuras de los animales.
La repetibilidad es la proporcin de la varianza observada entre los animales
que es de tipo permanente. Es decir, se debe a causas genticas o causas
ambientales que permanecen constantes durante la vida de un animal.
a + ep
r = -----------------------a + ep + e
La repetibilidad permite conocer el valor potencial de los animales. Se llama
valor potencial (tal como se vio) al valor esperado en una produccin futura. Veamos
un ejemplo:
Tenemos una vaca de una poblacin en la que la media de produccin es de
5000 kg., y la repetibilidad de 0.40, que ha producido 6500 kg. de leche. Cual es el
produccin que cabe esperar en la segunda lactacin?, es decir, cual es su valor
potencial?. Pues es (6500-5000) x 0.40 = 600 kg. El valor potencial de esa vaca es de
600 kg. por encima de la media de la poblacin a la que pertenece. Se puede esperar
57
58
rA
rE
A1
E2
E1
h1
1 h1
1 h2
P1
A2
h2
P2
rP
Para finalizar deberamos hacer algunas consideraciones importantes sobre los
parmetros genticos. Los parmetros genticos dependen del ambiente, luego
reduciendo la varianza ambiental (es decir controlando el ambiente en que se cran los
animales para que permanezca constante) aumentar su valor, por lo que ser ms
fcil hacer seleccin, pero a costa de explotaciones que representen una alta inversin
econmica. Tambin dependen de la poblacin, pero en la prctica las diferencias
entre poblaciones no son muy importantes. Guardando esta ltima idea y sabiendo
que al estimar parmetros genticos podemos cometer grandes errores, es fcil
entender por qu muchas veces se toman valores de parmetros genticos estimados
en otras poblaciones (grandes asociaciones o empresas, en las que el error de
estimacin ser menor por disponer de ms datos, y eso puede compensar el riesgo
de que existan diferentes influencias ambientales o genticas en esa asociacin y en
nuestra poblacin). En la tabla siguiente se presentan algunos valores de referencia.
59
Especie
Carcter
Bovino
Produccin lechera
% protenas en leche
Intervalo entre partos
Permetro de pechuga
% grasa en la carcasa
20-40
40-70
0-5
30-60
20-50
Ovino
Peso vivo
Tamao de la camada 10-30
Fineza de la lana
20-40
Porcino
Velocidad de crecimiento
Espesor de grasa dorsal
Color de la carne
Tamao de la camada 10-15
10-50
30-70
30-40
Gallinas
15-30
20-50
40-70
5-15
5-20
Especie
Carcter 1
Carcter 2
Correlacin gentica %
Bovino
Produccin lechera
% grasa en leche
% protenas en leche
Longevidad
% protenas en leche
% carne de la carcasa
Distocia
-7 a -70
-l0 a -50
10 a 20
40 a 70
-5 a -50
20 a 35
Peso corporal
-10 a 0
% de grasa en leche
Veloc. crecimiento
Heredabilidad %
20-50
Ovino
Porcino
Veloc. crecimiento
Eficacia alimenticia
Espesor de grasa dorsal
Longitud corporal
Color de la carne
Espesor grasa dorsal Longitud corporal
Color de la carne
Eficacia alimenticia
50 a 100
-25 a 30
-50 a 10
-20 a -40
-25 a -50
70 a 90
-5 a -40
Gallinas
Nmero de huevos
-25 a -50
-20 a -60
50 a 100
0 a -10
20 a 60
-20 a -40
N de huevos (inicio)
Peso del huevo
60
El modelo estadstico
Vamos a profundizar un poco en los aspectos estadsticos que conciernen a las
observaciones que realizamos para un determinado carcter. Estas dependen
simultneamente de un conjunto de causas que llamamos factores. Esa dependencia
la podemos formalizar matemticamente a travs de varias relaciones, de las cuales,
la relacin lineal es la ms utilizada, dando lugar al modelo lineal.
Eso es as, porque los modelos lineales, adems de ajustarse bien a la realidad
(por regla general), son sencillos de aplicar.
Para cada uno de los factores se consideran distintas clases que llamamos
niveles. Si un factor no tiene representados todos sus niveles posibles en las
observaciones, sino slo un conjunto al azar de todos sus posibles niveles, se habla
de factor aleatorio.
Al ser un factor aleatorio una muestra tomada al azar, los modelos que los
incluyen (conocidos como modelos de efectos aleatorios) permiten sacar conclusiones
sobre toda la poblacin a la que pertenecen las observaciones.
Veamos un ejemplo. Hemos registrado la produccin de leche de una muestra de 10
vacas de una poblacin. Supongamos que los Kg de leche producidos dependan slo
de la vaca. Para analizar la variabilidad existente en la produccin de leche
utilizaramos un modelo aleatorio:
yi vi ei
yi
vi
ei
y ij x i e ij
61
N= n de observaciones
I= n de niveles del factor x
J= n de observaciones para cada nivel (constante)
Siendo
e
ij
ij
( y ij x i ) 2 min.
ij
y..
y
N
yi.
x i
y i y
J
y ij y ( y i y) ( y ij y i ) x i e ij
la suma de cuadrados ser:
(y
ij
ij
y) 2 ( y i y) 2 ( y ij y i ) 2 2 ( y i y)( y ij y i )
ij
ij
ij
0
SCT
(IJ 1)
grados de libertad
62
De la misma forma, para calcular SCF usamos I medias y una estima ( y ), luego la
cuasivarianza de las medias ser: SCF
y la cuasivarianza del error ser: SCE
(I 1)
(IJ I)
E(CMF) 2e J 2x
Si analizamos la media de cada grupo, en muchos casos nos interesa conocer
la precisin de la estima de la media del grupo, entonces para ello procedemos a
obtener la varianza de la media, el cual resultara ser:
2
1
1
* E (CMF ) * ( e2 J x2 ) e x2
J
J
J
Recuerde que: Var (
1
1
1
xi ) 2 * n * Var ( xi ) Var ( xi )
n
n
n
e2
x2
E(CME) 2e
Igualando los cuadrados medios a sus esperanzas tenemos resuelto el modelo. Las
tablas ANOVA, no son ms que una estandarizacin de la presentacin de estos
resultados:
Fuente de Grados de
variacin libertad
Factor
I-1
Error
IJ-I
Suma de
cuadrados
(y
(y
y) 2
ij
yi )2
Cuadrados medios
(y
(y
y) 2 I 1
ij
y i ) 2 IJ I
Esperanza de los
cuadrados medios
e2 J x2
2e
63
Var P2 e2 x2
Ahora veamos en forma analtica: porqu existe similitud entre las
observaciones dentro de los grupos?, o dicho de otro modo: porqu existe
variabilidad entre los grupos?. Obviamente la variabilidad entre los grupos se debe al
efecto del factor (en este caso factor vaca o animal), contrariamente a ello existe algo
que los hace similares, que en este caso es el efecto que no vara entre los factores,
en ste caso, sera el efecto innato de los animales (aspecto gentico) y los factores
que no varan (efecto del ambiente comn). En cambio la variacin de los individuos
dentro de cada grupo, se deber al efecto de (medio ambiente especial) y
contrariamente a ello, la similitud se deber al efecto de los animales (aspecto
gentico) y los factores que no vara (efecto del ambiente comn). De este modo dicho
anlisis nos lleva a la conclusin de que la similitud entre individuos dentro de cada
grupo puede ser evaluada por la variabilidad entre grupos.
Si recordamos la frmula de la repetibilidad:
a + ep
r = -----------------------a + ep + e
Esto puede ser hallado ahora, haciendo uso de las variabilidades encontradas
mediante el modelo; que sera los siguiente
a + ep
x
r = --------------------- = -------------a + ep + e x + e
Para el lector sera interesante analizar: como se comportara el valor de "r", cuando
el valor de e aumenta o disminuye?
x
2
e2
n
x2
x 2 r ( x2 e2 ) r P2
Si a cada lado de la expresin le sumo y le resto e2 , la expresin quedara
x 2 e2 e2 r ( x2 e2 ) r P2
( x e2 ) r ( x2 e2 ) e2
2
e2 (1 r )( x2 e2 )
64
De modo que:
(1 r )( x2 e2 )
r ( x2 e2 )
n
(1 r )
1 r (n r )
( x2 e2 )
r ( x2 e2 )
n
n
x2
x 2 ( x2 e2 )
Cuando analizamos un animal en funcin a una sola observacin (n=1), el valor
estimado de su valor de cra, tendr una precisin de : x 2 ( x2 e2 ) , y si estimamos
un animal en funcin a varias mediciones hechas en el animal la precisin estar dada
1 r (n r )
, de modo que a mayor "n" menor ser la varianza de la
n
como: ( x2 e2 )
y ij bx i e ij
en el que el coeficiente de regresin lineal se define como: b
Cov( x, y)
2x
de forma que nos puede ofrecer informacin sobre la covarianza entre los registros de
individuos emparentados.
Recordemos brevemente como estimar b:
Cov( x, y )
b
x2
Cov( x, y )
(x
x )( y i y )
N 1
i xi i yi
xi y i
N 1
i
( xi x ) 2
xi
2
2
N 1
x
x i
N 1
N
es decir :
b
xy x y N
x x N
2
65
X2
y21
y22
y23
.
.
.
...
y31
y32
y33
.
.
.
Xi
yi1
yi1
yi1
.
.
yij.
1
1
y ik )
Cov( y ij , y ik )
J 1
J 1
1
(J 1)Cov( y ij , y ik ) Cov( y ij , y ik )
J 1
Cov( x i e ij , x i e ik )
Poblacin
Con parmetros:
* Varianza = 2
* Media =
Muestra 1
Varianza =Var1
Media = 1
Tamao = 1000
Muestra 2
Varianza =Var2
Media = 2
Tamao = 90
Cov( y ij ,
( y ik )
) Cov( y ij , y ik )
j k
2.- La covarianza entre dos ndividuos de un mismo nivel (que resulta ser igual a la la
similitud entre componentes de un mismo factor) se puede medir a travs de la
varianza existente entre los distintos niveles.
66
Cov( y ij , y iK ) 2x
67
Resumen:
* Parar explicar el determinismo gentico de los caracteres con variacin continua se
utiliza el modelo infinitesimal.
* Se llama valor gentico (G) a la componente gentica de un individuo para un
determinado carcter, a cuya observacin se le llama valor fenotpico (P)
* El valor fenotpico se puede descomponer en una parte gentica y otra ambiental,
asumiendo normalmente que ambas son independientes.
* A la parte heredable del valor gentico, que es la suma de los efectos individuales de
cada alelo, se le llama valor aditivo. A la mitad del valor aditivo se le llama valor de
mejora.
68
Prcticas:
PRCTICA 3 (Aula informtica) - Origen de la varianza gentica.
69
70
E (a)
E (d )
E (d x12 , d y12 )
Si no existiese parentesco todos los trminos seran nulos. Al existir, el valor de las
esperanzas depender de la proximidad de parentesco, es decir de la probabilidad de
que el gen del individuo x sea idntico por descendencia al del individuo y (pues es la
nica posibilidad de que ambos genes sean idnticos, pues F=0).
De esta forma:
1)
E (a xi , a yi ) P xi y j E (ai2 ) P xi y j 1 a2
2
E (a) P( x1 y1 ) P( x 2 y 2 ) P( x1 y 2 ) P( x 2 y1 ) 1 a2
2
4 rxy
2rxy
2
a
2a E(a 2 i ) E(a 2 j )
2)
E(d ) P( x1 y1 , x2 y2 ) P( x1 y2 , x2 y1 ) 2d
se le llama xy
xy 2d
Es decir:
Cov(G x , G y ) 2rxy 2a xy 2d
Veamos un ejemplo antes de hacerlo extensivo a varios loci: supongamos 2 animales
que pertenecen a 2 poblaciones distintas sin ninguna relacin de parentesco.
hembra
[ab
macho
[cd
genotipo
F=0
Llamemos : Pi x a la probabilidad de que el
71
E(a) Pa x Pa y P b x P b y
Pc x Pc y Pd x Pd y 1 2 2a
4( 1 2) 2 1 2 2a 1 2 2a
E(d) Pa x Pa y Pc x Pc y
Pa x Pa y Pd x Pd y
P b x P b y Pc x Pc y
P b x P b y Pd x Pd y 2d
4( 1 2 ) 4 2d 1 4 2d
Cor (G x , G y ) 12 2a 14 2d
Al hacerlo extensivo a n loci, habr 5 componentes de la varianza total:
- varianza aditiva
- varianza dominante
- varianza aditiva x aditiva
- varianza dominante x dominante
- varianza aditiva x dominante
Las varianzas aditiva y dominante son las que acabamos de ver. La aditiva por aditiva
surge cuando r de los n loci interacten (2<r<n) y ser:
n
(2 r
xy
) r 2a r
r 2
xy
) s 2a s
S 2
(2 r
r 1
s1
xy
) r ( xy ) s 2a r d s
72
Cov (Gx,Gy)=
(2 r
r 0
s 0
r s1
r s n
xy
) r ( xy ) s 2a r d s
rxy 1 2 xy 1 2
Cor (G x , G y ) 2a 2d 2aa 2ad dd 2g
b) Hermanos completos
rxy 1 4 xy 1 4
Cor (G x , G y ) 1 2 2a 1 4 2d 1 4 2aa 18 2ad 116 2dd
c) Medios hermanos
rxy 18 xy 0
Cor (G x , G y ) 1 4 2a 116 2aa
d) Padre-hijo
rxy 1 4 xy 0
Cor (G x , G y ) 1 2 2a 1 4 2aa
e) tio-sobrino
73
rxy 18 xy 0
Cor (G x , G y ) 1 4 2a 116 2aa
f) primos hermanos simples
rxy 116 xy 0
Cor (G x , G y ) 18 2a 1 64 2aa
g) primos hermanos dobles
rxy 18 xy 116
Cor (G x , G y ) 1 4 2a 116 2d 116 2aa 1 64 2ad 1 256 2dd
a) Estimacin de la repetibilidad.
Si se tienen medidas repetidas de un determinado carcter para un individuo, se
puede estimar la repetibilidad a travs de un Anlisis de Varianza para un modelo con
un factor de clasificacin:
y ij w i e ij
2e
2w
r 2
w 2e
Recordamos que para estimar r debemos disponer de varias medidas por individuo (al
menos 2), un diseo equilibrado (igual nmero de medidas por individuo; de lo
contrario deberiamos modificar el clculo habitual de los cuadrados medios) e
informacin tomada al azar (esto no siempre es fcil en poblaciones animales; s el
carcter para el que estimamos r ha sido en alguna medida objeto de seleccin,
obtendremos un valor subestimado de r).
74
10
1
1
r=0.8
1
1
r=0.4
r=0.2
0
r=0.1
b) Estimacin de la heredabilidad
La herabilidad se puede estimar:
- a partir de la relacin entre la Respuesta de seleccin ( A A A ) y el
Diferencial de seleccin ( P P P) :
h 2 A P
Pero para ello, previamente se debe haber realizado un proceso de
seleccin. Se conoce a este valor de h2, como h2 realizada, y es til para
ratificar los resultados de la seleccin pero tiene escaso inters para estimar
la h2, pues por regla general estimaremos h2 para saber si es interesante
realizar seleccin.
- a partir del parecido entre parientes, estableciendo mediante la frmula de
Kempthorne la covarianza gentica entre los animales de los que
disponemos informacin, y determinndola por Regresin o por Anlisis de
Varianza.
HP
h
2 2p 4 2p 2
4 2p
2p
75
P P'
Cov H,
asumiendoapareamiento
2
Cov(H, P )
HP
2
alazar
p
Var (P P) 1
2
1/ 2(Cov(H,P) Cov(H,P' )) Cov(H,P)
HP
1/ 4( Var (P) Var (P' ))
1/ 2 p2
h2
2
1 aa
2 p2
1 2aa
H ,P H ,P 1 2 h 2
4 2p
4.- regresin hijo medio-padre medio
H ,P H ,P
2aa
1
h 2 2
p
2
76
P A E
xy
xy
xy
I(J-I)
Total
IJ-I
Suma de cuadrados
( y
( y
( y
Esperanza de los
cuadrados medios
y )( xi x )
e ( XY ) J f ( xy )
ij
yi )( xij xi )
e ( XY )
ij
y )( xij x )
1
4
f ( xy ) A( xy )
Por otro lado, con respecto a la covarianza del error, tendremos:
1
4
3
A( xy )
4
e ( XY ) P ( xy ) A( xy )
e ( XY ) A( xy )
De modo que con ello ser ahora muy fcil calcular la correlacin genotpica, bajo el
supuesto considerado que la covarianza fenotpica entre X e Y es igual a la suma de la
covarianza gentica y medioambiental entre X e Y.
77
Resumen:
* El parecido entre parientes es una de las bases de la gentica cuantitativa.
* Este parecido se debe tanto a causas genticas como ambientales.
Prcticas:
PRCTICA 4 (Aula informtica y clase de problemas) - Estimacin de
parmetros genticos.
78
Peso de Ios
Grado de
terneros
consanguinidad al nacer
Sin consanguinidad
F: 0,10-0,19
0,30-0,49
0,50-0,69
100
100,1
95,9
93,7
22
15
27
7
100
101,5
93,0
82,6
b) Cambios que experimenta el rendimiento por cada 10% que aumenta el coeficiente
de consanguinidad en porcino.
N de cerditos al nacer
N de cerditos de 2l das
N de cerdos de 56 das
N de cerdos de 154 das
Peso medio al nacer
Peso medio a los 21 das
Peso medio a los 56 das
Peso medio a los 154 das
Camada
-0,20
-0,35
-0,38
-0,44
0,02
0,08
0,03
-3,44
79
80
Plantas
AbCDe
AbCDe
Lnea pura
aBCdE
aBCdE
Lnea pura
AbCDe
aBCdB
Hbrido
Animales
AbCDe
ABcDE
"lnea pura"
AbcDE
uno de los gametos
posibles
aBCdE
ABcde
"lnea pura"
x
aBCdE
uno de los gametos
posibles
AbcDE
aBCdE
"hbrido"
81
mayor. Incluso aunque no se fijen, el azar har que las frecuencias de esos alelos en
las dos poblaciones no sean las mismas, lo que tambin produce ms heterocigotos.
Cuanto ms tiempo lleven reproducindose entre s cada lnea, ms
heterocigotos tendr el "hbrido" y ms alto ser su rendimiento reproductivo. Los
ganaderos han evitado cruzar razas entre s durante muchos aos; adems, las razas
suelen haberse generado en zonas geogrficas distintas y no es normal que haya
habido cruces entre ellas, por eso suelen utilizarse razas diferentes como "lneas
puras" en animales. Slo cuando una raza tiene rendimientos muy superiores a las
dems se evita el cruzarla -puesto que el cruce sera inferior a ella en rendimientos-, y
se usan subpoblaciones de esa raza para producir los "hbridos". A estas
subpoblaciones se les llama lneas o estirpes.
Podemos considerar que heterosis y depresin consangunea son dos
nombres distintos para un mismo fenmeno, sin embargo suelen expresarse de
distinta forma. La heterosis se suele medir como la superioridad en las medias
productivas del hbrido respecto al valor medio de las lneas puras originales, y se
suele expresar en porcentaje. La consanguinidad, como vimos en la leccin 1.2, se
mide a travs del coeficiente de consanguinidad F.
a) Caso de 1 locus.
Considerando el modelo ms simple de 1 locus A con dos alelos A1 y A2, de
frecuencias gnicas p1 y p2, podemos construir la siguiente tabla:
Genotipo
Frecuencia
Fenotipo
A1A1
A1A2
A2A2
p (1 F) p1F
2p1p2 (1 F)
p22 (1 F) p2 F
Y-a
Y+d
Y+a
2
1
a
a
a
a
d
d da
d d a
d da
82
Y (Y a ) p12 (1 F ) p1 F (Y d )2 p1 p 2 (1 F ) (Y a ) p 22 (1 F ) p 2 F
a p
Y p (1 F ) p1 F 2 p1 p 2 (1 F ) p (1 F ) p 2 F
2
1
2
2
2
2
(1 F ) p 2 F p (1 F ) p1 F 2dp1 p 2 (1 F )
2
1
Y a ( p 2 p1 ) 2dp1 p 2 2dp1 p 2 F G HF
pues
p12 (1 F ) p1 F 2 p1 p 2 (1 F ) p 22 (1 F ) p 2 F
(1 F )( p12 2 p1 p 2 p 22 ) F ( p1 p 2 )
(1 F )( p1 p 2 ) 2 F ( p1 p 2 ) 1 F F 1
*
p 22 (1 F ) p 2 F p12 (1 F ) p1 F
(1 F )( p 22 p12 ) F ( p 2 p1 )
(1 F )( p 2 p1 ) F ( p 2 p1 ) p 2 p1
2)
3)
4)
83
Considerando un caso ms complejo de dos loci A y B con dos alelos cada uno
A1,A2 y B1B2, interaccin entre loci (es decir con efectos epistticos), independencia
entre loci, y no existencia de desequilibrio gamtico (es decir con igual probabilidad de
ocurrencia para todos los gametos), podramos construir la siguiente tabla:
Genotipo
Frecuencia
r22 (1 F) r2 F
A1A1
p (1 F) p1F
2
1
A1A2
A2 A2
2p1p2 (1 F)
p (1 F) p2 F
2
2
Y a b I
Y a db K
Y da b L
Y da db J
Y a b I
Y a db K
Y a b I
Y da b L
Y a b I
Y Y a ( p 2 p1 ) b( r2 r1 ) 2d A p1 p 2 2d B r1 r2
I ( r1 r2 )( p1 p 2 ) 2 Kr1 r2 ( p 2 p1 ) 2 Lp1 p 2 ( r2 r1 )
4 Jp 1 p 2 r1 r2 2 F p1 p 2 d A r1 r2 d B p1 p 2 ( r2 r1 ) L
r1 r2 ( p 2 p1 ) K 2 p1 p 2 r1 r2 J ( 2 F ) 2 p1 p 2 r1 r2 J
G HF MF 2
H (d A , d B , I , K , L, p1 , p 2 , r1 , r2 )
M ( J , p1 , p 2 , r1 , r2 )
Tomando Y G HF MF2 vemos que:
1)
d A d B J K L )
HF MF la consanguinidad no
afecta a la media.
84
2)
Grficamente:
Produccin
J>0 ; H>0
J=0 ; H>0
J<0 ; H>0
0
F
3)
4)
85
Resumen:
* Los apareamientos entre individuos emparentados producen una disminucin de las
producciones. Se habla de depresin consangunea.
* El cruce de individuos consanguneos no relacionados produce un aumento de las
producciones. Se habla de heterosis (o vigor hbrido)
* Heterosis y depresin consangunea son producto de un mismo fenmeno.
* Un caracter regido por un modelo perfectamente aditivo no ve disminuida su media
por efecto de la consanguinidad.
* Un caracter regido por un modelo no aditivo ve modificada su media (disminuida en
modelos dominantes y sobredominantes; aumentada en modelos recesivos) por efecto
de la consanguinidad.
86