GEOMETRIA MOLECULAR

La geometra molecular o estructura molecular se refiere a la

disposicin tridimensional de los tomos que constituyen una molcula. Determina
muchas de las propiedades de las molculas, como son
la reactividad, polaridad, fase, color, magnetismo, actividad biolgica, etc. Actualmente, el
principal modelo de geometra molecular es la Teora de Repulsin de Pares de
Electrones de Valencia (TRePEV), empleada internacionalmente por su gran
predictibilidad.

DETERMINACION DE LA GEOMETRIA MOLECULAR
Las geometras moleculares se determinan mejor a temperaturas prximas al cero
absoluto porque a temperaturas ms altas las molculas presentarn un movimiento
rotacional considerable. En el estado slido la geometra molecular puede ser medida
por Difraccin de rayos X. Las geometras se pueden calcular por procedimientos
mecnico cunticos ab initio o por mtodos semiempricos de modelamiento molecular.
La posicin de cada tomo se determina por la naturaleza de los enlaces qumicos con los
que se conecta a sus tomos vecinos. La geometra molecular puede describirse por las
posiciones de estos tomos en el espacio, mencionando la longitud de enlace de dos
tomos unidos, ngulo de enlace de tres tomos conectados y ngulo de torsin de tres
enlaces consecutivos.
MOVIMIENTO ATOMICO
Dado que el movimiento de los tomos en una molcula est determinado por
la mecnica cuntica, uno debe definir el "movimiento" de una manera cuntica.
Los movimientos cunticos (externos) de traslacin y rotacin cambian fuertemente la
geometra molecular. (En algn grado la rotacin influye en la geometra por medio de
la fuerza de Coriolis y la distorsin centrfuga, pero son despreciables en la presente
discusin).
Un tercer tipo de movimiento es la vibracin, un movimiento interno de los tomos en una
molcula. Las vibraciones moleculares son armnicas (al menos en una primera
aproximacin), lo que significa que los tomos oscilan en torno a su posicin de equilibrio,
incluso a la temperatura del cero absoluto. En el cero absoluto todos los tomos estn en
su estado vibracional basal y muestran movimiento mecnico cuntico de punto cero, esto
es, la funcin de onda de un modo vibracional simple no es un pico agudo, sino un
exponencial de ancho finito. A temperaturas mayores, los modos vibracionales pueden ser
excitados trmicamente (en un interpretacin clsica, esto se expresa al enunciar que "las
molculas vibrarn ms rpido"), pero siempre oscilan alrededor de una geometra
reconocible para la molcula.
Para tener una comprensin ms clara de la probabilidad de que la vibracin de una
molcula pueda ser trmicamente excitada, se inspecciona el factor de
Boltzmann , donde es la energa de excitacin del modo vibracional, es
la constante de Boltzmann y es la temperatura absoluta. A 298K (25 C), unos valores
tpicos del factor de Boltzmann son: E = 500 cm
-1
--> 0.089; E = 1000 cm
-1
--> 0.008;
E = 1500 cm
-1
--> 7 10
-4
. Esto es, si la energa de excitacin es 500 cm
-1
,
aproximadamente el 9% de las molculas estn trmicamente excitadas a temperatura
ambiente. La menor energa vibracional de excitacin es el modo de flexin
(aproximadamente 1600 cm
-1
). En consecuencia, a temperatura ambiente menos del
0,07% de todas las molculas de una cantidad dada de agua vibrarn ms rpido que en
el cero absoluto.
Como se mencion anteriormente, la rotacin influye fuertemente sobre la geometra
molecular. Pero, como movimiento mecnico cuntico, se excita a bajas temperaturas
(comparada con la vibracin). Desde un punto de vista clsico, puede decirse que ms
molculas rotan ms rpidamente a temperatura ambiente, esto es que tienen
mayor velocidad angular y momentum angular. En lenguaje de mecnica cuntica: ms
"eigenstates" de alto momentum angular son poblados trmicamente al aumentar la
temperatura. Las energas de excitacin rotacionales tpicas estn en el orden de unos
pocos cm
-1
.
Los resultados de muchos experimentos espectroscpicos estn ensanchados porque
involucran una media de varios estados rotacionales. Frecuentemente es difcil obtener
las geometras a partir de los espectros a altas temperaturas, porque el nmero de
estados rotacionales rastreados en el experimento aumenta al incrementarse la
temperatura. En consecuencia, muchas observaciones espectroscpicas slo se puede
esperar que conduzcan a geometras moleculares confiables a temperaturas cercanas al
cero absoluto.
ENLACES ATOMICOS
Por definicin, los tomos en las molculas suelen estar unidos unos a otros con enlaces
covalentes, que pueden ser simples, dobles o triples, donde un "enlace" es un par de
electrones compartidos entre tomos vecinos. Otro mtodo de unin entre tomos se
denomina enlace inico en el que intervienen cationes positivos y aniones negativos, sin
que se formen molculas sino redes inicas.
La geometra molecular puede ser especificada en trminos de longitud de enlace, ngulo
de enlace y ngulo torsional. La longitud de enlace est definida como la distancia media
entre los centros de dos tomos enlazados en una molculada dada. Un ngulo de enlace
es el ngulo formado por tres tomos enlazados consecutivamente. Para cuatro tomos
unidos consecutivamente en una cadena lnea, el ngulo torsional es el ngulo entre el
plano formado por los tres primeros tomos y el plano formado por los tres ltimos
tomos.
ISOMEROS
Los ismeros son tipos de molculas que comparten la misma frmula qumica, pero que
tienen diferentes geometras, resultando en propiedades muy distintas:
Una sustancia "pura" est compuesta de slo un tipo de ismero de una molcula
(todas tienen la misma estructura geomtrica).
Los ismeros estructurales tienen la misma frmula qumica, pero diferente
ordenamiento fsico, frecuentemente formando geometras moleculares alternas con
propiedades muy diferentes. Los tomos no estn enlazados (conectados) en el
mismo orden.
Los ismeros funcionales son una clase especial de ismeros estructurales, donde
ciertos grupos de tomos exhiben un tipo especial de comportamiento, como es un
ter o un alcohol.
La estereoismeros pueden tener muchas propiedades fsicoqumicas idnticas y, al
mismo tiempo, actividad biolgica muy diferente. Esto se debe a que poseen
la quiralidad que es muy comn en los sistemas vivientes. Una manifestacin de esta
quiralidad es su habilidad para hacer rotar la luz polarizada en direcciones diferentes.
Protein folding, que concierne a la compleja geometra y diferentes ismeros que
las protenas pueden tener.
La geometra molecular se representa en una pirmide en la cual en la punta inicial hay
una molcula de oxgeno con carga negativa, quedando en las otras dos puntas dos
molculas de hidrgeno con carga positiva, que son separadas por un ngulo de 104.5;
el enlace que une los hidrgenos con el oxgeno se llama enlace covalente, y tambin
existe un enlace que une a otra pirmide idntica a la anteriormente nombrada llamado
enlace puente hidrgeno.