El general Pez, jefe superior de Venezuela, fue acusado ante el congreso por la municipalidad de caracas, debe haber cometido actos arbitrarios contra la poblacin al ordenar a la tropa allanar los hogares y reclutar por la fuerza a los ciudadanos.
El 25 de septiembre d 1828 se produjo un atentado contra la vida del libertador (conocido como la conspiracin septembrina y Santander fue acusado de haber organizado el atentado, pero debido a la falta de pruebas en su contra le fue conmutada la pena de muerte a la que fue sentenciado por destierro.
Ultimo viaje de Bolvar a Venezuela.
El 2 de Junio de 1827, en su ltimo viaje a Venezuela, donde le escribe otra vez a su hermana Mara Antonia. Y se dirigi a Santa Fe de Bogot el 5 de Julio. Bolvar no regreso nunca a Venezuela.
La Cosiata.
El 30 de abril de 1826 tuvo lugar en Venezuela un movimiento separatista conocido con el nombre de la Cosiata dirigido por Jos Antonio Pez, que se present como una reaccin contra el gobierno de Bogot, el centralismo y Simn Bolvar. El nombre de la cosiata deriva de la cosa esa, que era como calificaban los detractores de Bolvar despus de la rebelin, la amnista llegando finalmente de Per (y nuevamente rebelin). El 25 de noviembre de 1826 Bolvar marcha con la lite de sus tropas a Venezuela y persuade a Pez de deponer su sublevacin contra la Gran Colombia, a cambio de ser reconocido como jefe civil y militar de Venezuela.
En el ao de 1826 tuvo lugar en Venezuela el movimiento separatista conocido con el nombre de La Cosiata, el cual se manifest como una reaccin al gobierno de Bogot, contra el centralismo y contra el Libertador. El General Pez es acusado ante el Congreso de la Repblica por haber cometido actos arbitrarios contra la poblacin al ordenar el allanamiento de los hogares para reclutar a los ciudadanos para a formacin de ejrcitos. El Senado suspende a Pez de sus funciones de Comandante General del Departamento de Venezuela, y le ordena comparecer ante la comisin nombrada al efecto, a responder por los cargos en su contra. Pez entreg el cargo; se neg a comparecer ante el Senado y tom una actitud de abierto desacato a la autoridad nacional.
Las municipalidades de Valencia y Caracas tomaron la iniciativa y aprovecharon el incidente para promover la agitacin y protestar por la orden de suspensin de Pez. A raz de esto Pez asumi el gobierno de Venezuela y se comprometi a no obedecer rdenes del Gobierno Central de Bogot. Ya para el ao de 1826 haba la amenaza de una guerra civil. Bolvar se traslada a Venezuela para Buscar una solucin directa. Ratific a Pez como jefe Civil y Militar y otorg una amnista general. Ofreci convocar una convencin nacional para que decidiera sobre el destino de la Gran Colombia.
En 1827 Bolvar regres a Bogot. La guerra civil se haba evitado pero la idea de separacin quedaba latente. Pez quedaba al mando del departamento de Venezuela.
La convencin de Ocaa.
El 23 de Noviembre de 1829 el gobernador de Carabobo reuni una Asamblea popular en Valencia. Esta aprob por mayora, la separacin de Venezuela de la Repblica de Colombia. All se acord que Venezuela no deba continuar unida a Nueva Granada y Quito debido a que las leyes que convienen a aquellos territorios no son a propsito para ste, enteramente distinto por sus costumbres, clima, producciones y por qu en la gran extensin pierden la fuerza y energa de esta manera acaba el gran sueo de Bolvar nuestro Libertador.