SynapCountJ un plugin para ImageJ

SynapCountJ
PLUGIN para IMAGEJ, que permite contar el nmero de sinapsis de una neurona y calcular su densidad

GADEA MATA MA T!NE" gmata#e$t%rio&asalud#es gadea#mata%gmail#com

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MANUAL DE INSTALACIN DEL PLUGIN PARA ImageJ

1. Es necesario tener instalado dos plugins:

1. NeuronJ: http://www.imagescience.org/meijering/software/neuronj/ 2. Bio-Formats: http://www.loci.wisc.edu/software/bio-formats 2. Copiar el archivo Synap_Batch.jar dentro de la carpeta !lugins del "mage# instalado.
$/"mage#/!lugins !uedes crear una carpeta o ponerlo dentro de otra %ue &a e'ista.

3. Copiar el archivo Macro_Make_Binary.txt dentro de la carpeta (acros del "mage# instalado.

$/"mage#/(acros

4. )na ve* hecho esto ir a Help + Refresh Menu o reinicia "mage#. MANUAL DE USO DEL PLUGIN PARA ImageJ
,a& dos etapas claramente distinguibles en el desarrollo de este trabajo- la primera es el dibujo por parte del usuario de la estructura de la neurona- & la segunda el marcaje & conteo de la sinapsis %ue se tiene lugar en una neurona.

trabajar con NeuronJ

.esde "mage# abrimos el plugin NeuronJ /(en0 lu!ins + NeuronJ1. 2e cambia la barra de tareas & obtenemos lo siguiente:

Cargamos una de las dos im3genes de las %ue partimos /"assoon & sinapsina1 desde el plugin- para ello pinchamos en el bot4n de la neurona: & elegimos una de ellas. !rocedemos al dibujo de la estructura para ello- vamos dibujando las diferentes ramas /dendritas1

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)na ve* dibujada todas las ramas %ue %ueremos estudiar- guardamos la estructura- para ellopinchamos en el bot4n #xport tracin!s & elegimos la opci4n $a"-%elimite% text file& sin!le file for all tracin!s & guardamos el archivo con e'tensi4n .txt .

2alimos del plugin .

trabajar con SynapCountJ

5a ventana principal del plugin es la siguiente:

2e plantean tres opciones:

1. 'n%i(i%ual: 2e trabaja de manera individual cada par de fotos. !ermite guardar las
caracter6sticas para trabajar por lotes.

2. File .lif )*eica Files+: 7rabaja por lotes un conjunto de pares de im3genes comprimidos en un
archivo de e'tensi4n .lif . 8ecoge los datos necesarios de un archivo con e'tensi4n . xml creado anteriormente.

3. ,irectory )$if Files+: 7rabaja por lotes un conjunto de pares de im3genes almacenadas de
cierta forma /%ue se e'plicar3 m3s adelante1. 9eamos cada una de las opciones:

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trabajar de manera Indi id!a"

!ara trabajar de este modo ha& %ue tener abiertas dos im3genes- la %ue va a ir por el canal rojo & la %ue va por el canal verde. )na ve* abiertas- -.. En la siguiente ventana introducir el tama:o en p6'el de las im3genes & elegir el archivo de e'tensi4n .txt d4nde se encuentra guardada la estructura de la neurona.

)na ve* elegida- -.. 2e abre el siguiente cuadro de di3logo:

; partir de a%u6 se contemplan varias lineas de trabajo- es por ello %ue primero vamos a ver la informaci4n com0n a todas ellas:

,istance in pixel representa cual va a ser la unidad de p6'el %ue se toma. .no/n %istance representa lo %ue mide la unidad de p6'el tomada. ixel 0spect Ratio. 1nit of len!th nombre de la unidad de medida %ue representa la informaci4n anterior. Re% elegir cu3l de las im3genes abiertas se va a tratar con el canal rojo. 2reen elegir cu3l de las im3genes abiertas se va a tratar con el canal verde.

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,iameter in pixels representa el di3metro de la estructura de la dendrita.

Trabajar de manera totalmente individual:

Estudiar una 0nica dendrita- para ello en 3hoose $racin! elegir el tracin! %ue representa dicha
dendrita. (arcar la opci4n Manual $hreshol%.

Estudiar todas las dendritas una por una- para ello (arcar las opciones $races one "y one &
Manual $hreshol%.

Estudiar toda la neurona- sin distinguir las diferentes dendritas- para ello marcar la opci4n
4hole structure. En todas ellas- una ve* pinchado en el bot4n -. aparecer3 una ventana de este estilo:

Cada gr3fica representa un canal de color. (oviendo las barras de derecha a i*%uierda- puedes observar %ue se ir3n marcando de rojo- las *onas %ue se consideran como %ue puede encontrarse una posible sinapsis. !odemos ver una imagen con las tres im3genes solapadas cada una en un canal- de tal manera %ue: i. El canal rojo corresponde a la imagen con sinapsina. El canal verde corresponde a la imagen con bassoon. El canal a*ul corresponde a la estructura de la neurona.

ii.
iii.

!ara encontrar las sinapsis se estudian los puntos de rojo- verde & a*ul %ue coincidan en

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las tres im3genes. Es por esta ra*4n %ue en este punto tambi<n aparece un cuadro de di3logo en el %ue tenemos %ue introducir el rango tanto de rojo como de verde %ue consideramos %ue debe poseer una sinapsis /ocurre %ue la sinapsis se encuentre dentro de la estructura de la neurona & <sta es completamente a*ul- no es necesario estimar un rango para este color1. 2eg0n vamos eligiendo el rango podemos ir observando la *onas de la neurona %ue se van a marcar como sinapsis /*onas en rojo1 para hacer una mejor estimaci4n.

Significado de los botones que aparecen en el dilogo:

-ri!inal: restablece la imagen original. 3ount: muestra al lado de la eti%ueta Num"er of Synapses el n0mero de sinapsis encontrados para unos determinados valores. ; modo de previsuali*aci4n de resultados. Help: informaci4n & a&uda sobre la ventana. -k: reali*a el conteo de las sinapsis de forma definitiva- & devuelve los siguientes resultados: 5a primera imagen %ue vemos es la denominada como 8=> .efinitiva- en ella aparecen las sinapsis marcadas de a*ul.

; la hora de guardar la imagen- & para %ue <sta sea m3s clara- las cruces %ue acompa:an al marcaje de las sinapsis desaparecer3n %uedando s4lo un punto a*ul:

En la siguiente imagen %ue aparece- ?inal 8=>- observamos la imagen sobre la %ue se ha

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trabajado- la superposici4n de los tres canales de color %ue vienen determinados por la imagen con "assoon- sinapsina & la estructura de la neurona:

7ambi<n devuelve como resultado una tabla en la %ue se indica el n0mero de sinapsis & la densidad obtenida.

Trabajar de manera semiautomtica:

Estudiar una 0nica dendrita- para ello en 3hoose $racin! elegir el tracin! %ue representa dicha
dendrita. @ elegir los valores de rojo & verde con los %ue se %uiere trabajar.

Estudiar todas las dendritas a la ve* & toda la estructura junta- para ello (arcar las opciones
$races one "y one. @ elegir los valores de rojo & verde con los %ue se %uiere trabajar.

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En todas ellas- una ve* pinchado en el bot4n -. aparecer3n las mismas im3genes resultado %ue se han visto en el trabajo individual.

Guardar informacin: 2i rellenamos todos los campos de este

cuadro de di3logo & pinchamos en el bot4n Sa(e 'nfo se crea un archivo .xml en el cual se almacena la informaci4n para poder trabajar en lotes.

trabajar con !n arc#i o $%Li&$

2e elige el archivo .lif %ue almacena todas las im3genes del tratamiento- ath file 5.lif5. 2e elige el archivo .xml %ue almacena la informaci4n sobre c4mo se van a tratar esas im3genes. 2e da a -..

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NOTA IMPORTANTE: para %ue se obtenga el resultado esperado es "(!8E2C"A.">5E %ue se ha&an tra*ado con anterioridad & mediante el plugin NeuronJ la estructura de cada una de las neuronas %ue posee el tratamiento. Bstos archivos han de encontrarse dentro de una carpeta denominada tracin!s en el mismo directorio d4nde se encuentra el archivo de e'tensi4n .lif . 7ambi<n es "(!C87;A7E %ue el nombre %ue recibe los .t't %ue almacenan <sta informaci4n- sea el mismo %ue el de las im3genes %ue se obtiene del .lif Ejemplo: 2i la imagen se llama: !7.D EF1G1G - 2eriesGGE.tif El archivo %ue guarda su estructura se llamar3: !7.D EF1G1G H 2eriesGGE.t't

NOTA: al abrir las im3genes con el plugin- se llaman primero con el nombre del archivo .lif & luego con el nombre %ue el propio archivo les da a cada una.

trabajar de'de !n directorio

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2e elige el directorio d4nde se encuentra... ...una carpeta denominada re%: %ue almacena las im3genes %ue se procesan por el canal rojo. ...una carpeta denominada !reen: %ue almacena las im3genes %ue se procesan por el canal verde. ...una carpeta denominada tracin!s: %ue almacena la estructura de cada neurona del tratamiento.

.e este modo una neurona est3 dividida en tres archivos- la imagen del canal verde- la imagen del canal rojo & su tracin!. NOTA IMPORTANTE: 7C.C2 los archivos %ue hacen referencia a una misma neurona se tienen %ue llamar de la ("2(; (;AE8;.