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SynapCountJ un plugin para ImageJ

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SynapCountJ
PLUGIN para IMAGEJ, que permite contar el número de sinapsis de una neurona y calcular su densidad

GADEA MATA MA T!NE" gmata#e$t%rio&asalud#es gadea#mata%gmail#com

NeuronJ: http://www. Bio-Formats: http://www.org/meijering/software/neuronj/ 2. Copiar el archivo “Synap_Batch.wisc.edu/software/bio-formats 2.imagescience. trabajar con NeuronJ . Copiar el archivo “Macro_Make_Binary. 3. 2e cambia la barra de tareas & obtenemos lo siguiente: Cargamos una de las dos im3genes de las %ue partimos /"assoon & sinapsina1 desde el plugin.SynapCountJ un plugin para ImageJ 2 MANUAL DE INSTALACIÓN DEL PLUGIN PARA ImageJ 1.txt” dentro de la carpeta (acros del "mage# instalado.jar” dentro de la carpeta !lugins del "mage# instalado.loci. Es necesario tener instalado dos plugins: 1.a& dos etapas claramente distinguibles en el desarrollo de este trabajo. )na ve* hecho esto ir a Help + Refresh Menu o reinicia "mage#.& la segunda el marcaje & conteo de la sinapsis %ue se tiene lugar en una neurona. !rocedemos al dibujo de la estructura para ello.  $/"mage#/(acros 4. MANUAL DE USO DEL PLUGIN PARA ImageJ .la primera es el dibujo por parte del usuario de la estructura de la neurona.vamos dibujando las diferentes ramas /dendritas1 .para ello pinchamos en el bot4n de la neurona: & elegimos una de ellas.esde "mage# abrimos el plugin NeuronJ /(en0 lu!ins + NeuronJ1.  $/"mage#/!lugins !uedes crear una carpeta o ponerlo dentro de otra %ue &a e'ista.

lif )*eica Files+: 7rabaja por lotes un conjunto de pares de im3genes comprimidos en un archivo de e'tensi4n . 9eamos cada una de las opciones: . 3. trabajar con SynapCountJ 5a ventana principal del plugin es la siguiente: 2e plantean tres opciones: 1. xml creado anteriormente.guardamos la estructura. .SynapCountJ un plugin para ImageJ 3 )na ve* dibujada todas las ramas %ue %ueremos estudiar.para ellopinchamos en el bot4n “#xport tracin!s” & elegimos la opci4n “$a"-%elimite% text file& sin!le file for all tracin!s” & guardamos el archivo con e'tensi4n .txt . 8ecoge los datos necesarios de un archivo con e'tensi4n . File . 2alimos del plugin . 'n%i(i%ual: 2e trabaja de manera individual cada par de fotos.lif . !ermite guardar las caracter6sticas para trabajar por lotes.irectory )$if Files+: 7rabaja por lotes un conjunto de pares de im3genes almacenadas de cierta forma /%ue se e'plicar3 m3s adelante1. 2.

.. En la siguiente ventana introducir el tama:o en p6'el de las im3genes & elegir el archivo de e'tensi4n .no/n %istance” representa lo %ue mide la unidad de p6'el tomada. partir de a%u6 se contemplan varias lineas de trabajo.istance in pixel” representa cual va a ser la unidad de p6'el %ue se toma. “Re%” elegir cu3l de las im3genes abiertas se va a tratar con el canal rojo.SynapCountJ un plugin para ImageJ 4 trabajar de manera Indi id!a" !ara trabajar de este modo ha& %ue tener abiertas dos im3genes. “ ixel 0spect Ratio”. “. )na ve* abiertas.txt d4nde se encuentra guardada la estructura de la neurona.-. “1nit of len!th” nombre de la unidad de medida %ue representa la informaci4n anterior.-.es por ello %ue primero vamos a ver la informaci4n com0n a todas ellas: δ δ δ δ δ δ “. “2reen” elegir cu3l de las im3genes abiertas se va a tratar con el canal verde. )na ve* elegida. 2e abre el siguiente cuadro de di3logo: .la %ue va a ir por el canal rojo & la %ue va por el canal verde..

las *onas %ue se consideran como %ue puede encontrarse una posible sinapsis.iameter in pixels” representa el di3metro de la estructura de la dendrita.una ve* pinchado en el bot4n -.para ello en “ 3hoose $racin!” elegir el tracin! %ue representa dicha dendrita. El canal verde corresponde a la imagen con bassoon. Trabajar de manera totalmente individual: φ Estudiar una 0nica dendrita. φ Estudiar toda la neurona. (arcar la opci4n “Manual $hreshol%”.SynapCountJ un plugin para ImageJ 5 δ  “. !ara encontrar las sinapsis se estudian los puntos de rojo.sin distinguir las diferentes dendritas. (oviendo las barras de derecha a i*%uierda. iii.puedes observar %ue se ir3n marcando de rojo. En todas ellas. !odemos ver una imagen con las tres im3genes solapadas cada una en un canal.verde & a*ul %ue coincidan en . El canal a*ul corresponde a la estructura de la neurona. aparecer3 una ventana de este estilo: Cada gr3fica representa un canal de color.para ello (arcar las opciones “ $races one "y one” & “Manual $hreshol%”.para ello marcar la opci4n “4hole structure”.de tal manera %ue: i. El canal rojo corresponde a la imagen con sinapsina. ii. φ Estudiar todas las dendritas una por una.

2eg0n vamos eligiendo el rango podemos ir observando la *onas de la neurona %ue se van a marcar como sinapsis /*onas en rojo1 para hacer una mejor estimaci4n. Significado de los botones que aparecen en el diálogo: -ri!inal: restablece la imagen original.“las cruces” %ue acompa:an al marcaje de las sinapsis desaparecer3n %uedando s4lo un punto a*ul: γ En la siguiente imagen %ue aparece.& para %ue <sta sea m3s clara.en ella aparecen las sinapsis marcadas de a*ul.SynapCountJ un plugin para ImageJ 6 las tres im3genes.& devuelve los siguientes resultados: γ 5a primera imagen %ue vemos es la denominada como “8=> . . -k: reali*a el conteo de las sinapsis de forma definitiva.observamos la imagen sobre la %ue se ha .efinitiva”.no es necesario estimar un rango para este color1. modo de previsuali*aci4n de resultados. Help: informaci4n & a&uda sobre la ventana. 3ount: muestra al lado de la eti%ueta “Num"er of Synapses” el n0mero de sinapsis encontrados para unos determinados valores. .“?inal 8=>”. Es por esta ra*4n %ue en este punto tambi<n aparece un cuadro de di3logo en el %ue tenemos %ue introducir el rango tanto de rojo como de verde %ue consideramos %ue debe poseer una sinapsis /ocurre %ue la sinapsis se encuentre dentro de la estructura de la neurona & <sta es completamente a*ul. la hora de guardar la imagen.

φ Estudiar todas las dendritas a la ve* & toda la estructura junta.  Trabajar de manera semiautomática: φ Estudiar una 0nica dendrita. @ elegir los valores de rojo & verde con los %ue se %uiere trabajar.para ello (arcar las opciones “$races one "y one”.sinapsina & la estructura de la neurona: γ 7ambi<n devuelve como resultado una tabla en la %ue se indica el n0mero de sinapsis & la densidad obtenida.para ello en “ 3hoose $racin!” elegir el tracin! %ue representa dicha dendrita. . @ elegir los valores de rojo & verde con los %ue se %uiere trabajar.la superposici4n de los tres canales de color %ue vienen determinados por la imagen con "assoon.SynapCountJ un plugin para ImageJ 7 trabajado.

una ve* pinchado en el bot4n -.“ ath file 5.xml %ue almacena la informaci4n sobre c4mo se van a tratar esas im3genes. 2e elige el archivo ..lif %ue almacena todas las im3genes del tratamiento.SynapCountJ un plugin para ImageJ 8 En todas ellas.lif5”. 2e da a -. aparecer3n las mismas im3genes resultado %ue se han visto en el trabajo individual. trabajar con !n arc#i o $%Li&$ 2e elige el archivo .xml” en el cual se almacena la informaci4n para poder trabajar en lotes.  Guardar información: 2i rellenamos todos los campos de este cuadro de di3logo & pinchamos en el bot4n “ Sa(e 'nfo” se crea un archivo “. .

lif .tif El archivo %ue guarda su estructura se llamar3: !7.D EF1G1G H 2eriesGGE. 7ambi<n es "(!C87.">5E %ue se ha&an tra*ado con anterioridad & mediante el plugin NeuronJ la estructura de cada una de las neuronas %ue posee el tratamiento.SynapCountJ un plugin para ImageJ 9 NOTA IMPORTANTE: para %ue se obtenga el resultado esperado es "(!8E2C"A.sea el mismo %ue el de las im3genes %ue se obtiene del .lif & luego con el nombre %ue el propio archivo les da a cada una.lif Ejemplo: 2i la imagen se llama: !7.t't NOTA: al abrir las im3genes con el plugin.2eriesGGE.D EF1G1G .t't %ue almacenan <sta informaci4n.A7E %ue el nombre %ue recibe los .se llaman primero con el nombre del archivo . trabajar de'de !n directorio . Bstos archivos han de encontrarse dentro de una carpeta denominada “ tracin!s” en el mismo directorio d4nde se encuentra el archivo de e'tensi4n .

C2 los archivos %ue hacen referencia a una misma neurona se tienen %ue llamar de la ("2(..una carpeta denominada “!reen”: %ue almacena las im3genes %ue se procesan por el canal verde. . . .SynapCountJ un plugin para ImageJ 10 2e elige el directorio d4nde se encuentra....e este modo una neurona est3 dividida en tres archivos..AE8.una carpeta denominada “tracin!s”: %ue almacena la estructura de cada neurona del tratamiento. NOTA IMPORTANTE: 7C.. ...una carpeta denominada “re%”: %ue almacena las im3genes %ue se procesan por el canal rojo. . (.la imagen del canal verde..la imagen del canal rojo & su tracin!.