Los aminocidos se clasifican segn: Neutros polares, polares o hidrfilos: Ser, Thr, Asn, Gln, Tyr.

Neutros no polares, apolares o hidrfobos: Gly, Ala, Val, Leu, Ile, Cys, Met, Pro, Phe, Trp. Con carga negativa, o cidos: Asp, Glu. Con carga positiva, o bsicos: Lys, Arg, His. Aromticos: Phe, Tyr, Trp (ya incluidos en los grupos neutros polares y neutros no polares). Segn su cadena lateral: MONOAMINO MONOCARBOXLICOS - Cadena lateral ALIFTICA: lineal, ramificada, con glupos alcohol, con azufre. - Cadena lateral CCLICA: Homocclica, heterocclica. MONOAMINO DICARBOXLICOS DIAMINO MONOCARBOXLICOS. Aminocidos poco frecuentes en protenas: En colgeno: 4- hidroxiprolina y 5-hidroxilisina. En miosina: 6-n-Metilisina En elastina: desmosina En trombina: gamma-carboxilglutamato Aminocidos nunca presentes en protenas: + de 150. Sirven como intermediarios metablicos o forman parte de otro tipo de molculas. PPTIDOS: