Introduccin al diseo de Frmacos J.C. Escalona, R. Carrasco, J. A.

Padrn
Folleto para la docencia de la asignatura de Farmacia, Universidad de Oriente.

INDICE
I. II II.1 II.1.1 II.1.2 II.1.3 Introduccin _________________________________________________ 1 Captulo I. Diseo de Frmacos. Mtodos Tradicionales. _____________ 4 Mtodos Variacionales _______________________________________ 4

Bsqueda del compuesto lder o cabeza de serie ____________________ 5 El desarrollo de un compuesto lder: La variacin molecular. __________ 6 Mtodo Variacional. Tipo de aplicacin. __________________________ 8

II.1.3.1 Sustitucin bioisostricas ______________________________________ 8 II.1.3.2 Modulacin Molecular ________________________________________ 9 III. III.1 Capitulo II. Diseo de frmacos asistido por computadoras. ___________ 12 Tcnicas SAR o modulacin molecular en el desarrollo de nuevos Frmacos. __________________________________________________ 12 III.1.1 Bsqueda del farmacforo. _____________________________________13

III.1.1.1 Bsqueda del farmacforo cuando no se conoce la estructura del receptor. ____________________________________________________13 III.1.1.2 Bsqueda del farmacforo cuando se conoce la estructura del receptor. ___14 III.1.2 III.2 III.2.1 III.2.2 Consideraciones finales. ________________________________________ 16 Tcnicas QSAR en el desarrollo de nuevos frmacos. _________________ 17 Eleccin de la serie. ___________________________________________ 19 Tipos de estudios QSAR. _______________________________________ 20

III.2.2.1 QSAR Tradicional. ____________________________________________ 20 III.2.2.2 QSAR por redes de neuronas. ____________________________________ III.2.2.3 QSAR tridimensional (3D-QSAR). ________________________________ III.2.3 III.2.4 Validacin del modelo. __________________________________________ Descriptores moleculares o ndices. ________________________________

III.2.4.1 Indices basados en propiedades qumico-fsicas. ______________________ III.2.4.2 Indices mecnico-cunticos. ______________________________________ III.2.4.3 Indices topolgicos y topogrficos. _________________________________

III.2.5 III.2.6

Criterios de seleccin de parmetros. _______________________________ Situcin actual y tendencias futuras. ________________________________

I.

INTRODUCCION

La historia del medicamento se remonta a los orgenes de la sociedad humana. Desde los primeros tiempos el hombre a acudido a la naturaleza para obtener sustancias que o bien le ayudaran a paliar su dolor, los sntomas de sus enfermedades... o bien le facilitaran la obtencin del alimento (veneno para la caza), sus relaciones sociales y religiosas (estimulantes y alucingenos) etc. Esta circunstancia ha permitido disponer de una amplia informacin, que sometida a la observacin atenta y estudio crtico, ha dado lugar al planteamiento de ideas que, debidamente desarrolladas, han llevado a la obtencin de nuevos medicamentos, de sustancias lderes. Esta historia previa es la causa de que en la actualidad el modelo de aproximadamente la mitad de los productos de que se dispone sea de origen natural. Modelos que, obtenidos a partir de un organismo vivo, han sufrido diferentes modificaciones en el laboratorio, encaminadas a obtener molculas ms potentes y menos txicas que las originales, las cuales en realidad no haban sido diseadas para un tratamiento especfico. El descubrimiento de un nuevo medicamento y desarrollo posterior del mismo, son dos fases, que condicionan lograr un nuevo producto que sea til en la teraputica. El descubrimiento debe ser diferenciado del desarrollo. Se ha acordado de manera general que el descubrimiento comprende toda la fase para que podamos asegurar que el compuesto tiene un deseable perfil de actividad; comprende desde la sntesis, el aislamiento de la fuente natural, o la obtencin biotecnolgica y toda la fase preclnica, incluida la toxicologa; de manera tal que nos confirmen que el compuesto es aceptable en cuanto eficacia y seguridad para su ensayo en seres humanos. Comprende en un sentido ms amplio, un gran conjunto de actos que culminan en la utilizacin teraputica de un nuevo medicamento (Fig #1). Esta fase de descubrimiento, o sea desde la obtencin hasta la primera aplicacin en humanos, se estima que dure aproximadamente 42,6 meses (3,55 aos) como promedio, en aquellos pases y transnacionales farmacuticas con una amplia infraestructura

investigativa. En pases con un nivel menor de desarrollo esta fase alcanza aproximadamente unos 5-6 aos. La fase de desarrollo comprende la de los estudios clnicos y la del registro farmacutico, y se estima que duren entre 68.6 meses y 30.3 meses respectivamente. Todo este largo proceso, desde su obtencin hasta su registro comprende un total de 11.8 aos de investigacin, con un costo promedio de 231 millones de dlares por cada nuevo medicamento que salga al mercado.
Obtencin y caracterizacin qumica del producto.

Ensayos Preclnicos

Definicin del lugar y del mecanismo de accin

Desarrollo de la formulacin galnica

Estudio de tolerancia local

Estudio de toxicidad aguda

Estudios de toxicidad subaguda en dos especies

Estudios suplementarios de toxicidad aguda (otras vas y especies)

Teratogenicidad (dos especies)

Informe final de los efectos txicos

Desarrollo de mtodos para la determinacin de la sustancia en el material biolgico.

Farmacocintica y metabolizacin (Modelos animales)

Preparacin Farmacutica adecuada

A veces, estudios toxicolgicos en teraceras especies.

Estudios de la tolerancia local

Farmacologa general de la sustancia

Tcnicas estandarizadas

Tcnicas comparadas

Farmacodinmica

Efectos secundarios

Espectro de actividad

Estudios microbiolgicos

Lo ms alarmante es que slo una de cada 10 000 molculas ensayadas pasa a la fase de desarrollo, una de cada 100 000 supera los ensayos clnicos y logra registrarse y slo 3 de cada 10 nuevos medicamentos registrados recupera su inversin inicial. Esto genera una triste realidad, por cada milln de molculas que se inician en esta larga cadena para la obtencin de un nuevo medicamento, slo tres recuperan la inversin inicial. Por tal motivo el diseo racional de frmacos, constituye una herramienta casi indispensable en el desarrollo actual de nuevos medicamentos, contribuyendo a un aumento de las posibilidades de xitos y a un decrecimiento de los costos. El desarrollo de medicamentos cada vez ms seguros, adecuados y efectivos en el tratamiento de enfermedades, es una tarea que requiere del esfuerzo coordinado e inteligente de un elevado nmeros de profesionales de distinta formacin y dedicacin, en la que la capacidad de deduccin, la institucin y en muchos casos, la suerte, han jugado un papel fundamental. Reconociendo la importante contribucin del azar en el resultado positivo de este esfuerzo, es preciso matizar que su base est slidamente anclada en un diseo inteligente y racional ya que slo acudiendo al azar, nunca se obtendrn medicamentos eficaces y seguros. Si se conoce la base biolgica de una enfermedad o de un desarreglo metablico, es posible disear un medicamento, utilizando un mecanismo de aproximacin al proceso patolgico. Cuando se conoce este proceso en su base molecular y se pueden definir las molculas implicadas en el mismo, es posible disear medicamentos que interacten con la molcula responsable, de tal forma que la modifique y se modifique as mismo la patologa. Lo primero, sera definir la base molecular del proceso patolgico, para lo cual es preciso conocer los diversos pasos implicados en un proceso fisiolgico, que conlleva la realizacin de una funcin normal y el conocimiento de qu paso, exactamente, es el que est alterado, en la situacin patolgica.

Para conocer a profundidad el proceso fisiolgico, es necesario conocer la estructura tridimensional de la(s) molcula(s) objetivo, esto es pocas veces posible, sobre todo por la dificultad de obtener los receptores en estados cristalinos. Los mtodos ms utilizados en este sentido son la Resonancia Magntica Nuclear, la cristalografia de rayos X y los clculos tericos de las fuerzas que mantienen la configuracin de un sistema, ya sea por mecnica molecular o mecnica cuntica.

II. CAPTULO I: DISEO DE FARMACOS. METODOS TRADICIONALES.

II.1 METODOS VARIACIONALES. En este captulo se considerar de forma breve, con algunos ejemplos, la metodologa de este diseo, las circunstancias y cadenas de hechos que llevan al descubrimiento de nuevos compuestos considerados como lderes o cabezas de serie, y su posterior desarrollo, la aplicacin en definitiva, de las tcnicas que de forma general se conocen como Variaciones estructurales. II.1.1 Bsqueda del compuesto lder o cabeza de serie. Aunque en la bsqueda de una cabeza de serie se pueden aplicar varios mtodos los ms empleados son: El empleo de productos activos presentes en drogas utilizadas en la medicina tradicional. Estudio de nuevos compuestos de la sntesis qumica o de la biotecnologa.

Ambos mtodos requieren de la existencia previa de una amplia batera de ensayos biolgicos cuidadosamente diseados, que permitan determinar con rapidez y de manera inequvoca la actividad biolgica de los nuevos compuestos. En el caso de estudios de compuestos empleados en la medicina tradicional, es ms fcil, en principio, el diseo de la prueba biolgica, ya que se cuenta con informacin previa de la actividad prevista; se trata de comprobar simplemente de manera cientfica el empleo popular. Sin embargo, cuando se desconoce la posible actividad, la batera de ensayos ha de ser lo suficientemente amplia, en el intento de no perder ninguna informacin interesante. Lamentablemente los costos asociados a este tipo de estudios hacen que estos se vean limitados en nmero y en el espectro de acciones biolgicas. Otras vas de obtener un compuesto lder o cabeza de serie son:

Aislamiento de los productos responsables de una accin biolgica determinada y su posterior identificacin y caracterizacin. Esto se cumple fundamentalmente en productos naturales que no han sido reconocidos por el hombre. Ejemplos son las hormonas esteroidales, que llevara a la identificacin de los esteroides, al cido araquidnico, que permiti el desarrollo de las prostaglandinas y tromboxanos etc.

Deteccin y observacin de efectos secundarios o acciones biolgicas inesperadas durante el empleo de compuestos activos. Ejemplos son la accin antiagregante de la aspirina por inhibicin de la ciclooxigenasa (enzimas implicadas en la sntesis de prostaglandinas), la accin diurticas de sulfas antibacterianas como la acetazolamina (por inhibicin de la anhidrasa carbnica) entre otros muchos ejemplos.

Por observacin del metabolismo de los compuestos. En ocasiones, algunos de los metabolitos de un frmaco presentan una actividad superior o diferente a la del propio frmaco de partida. La sntesis de sulfonamidas bacterianas en consideracin del metabolismo del prontosil puede servir de ejemplo para este tipo de bsqueda.

El anlisis de la actividad biolgica de productos intermedios de la sntesis de un frmaco. Tal es el caso de las tiosemicarbazonas empleadas en la sntesis del sulfatiadiazol, que provocaron una nueva estrategia para la terapia de la tuberculosis y el desarrollo de la Amiatizona.

A estas informaciones se le pueden unir, como se plante anteriormente, las informaciones obtenidas a partir del estudio del mecanismo de accin de los compuestos, as como consideraciones relativas a la bioqumica de la enfermedad y procesos del organismo enfermo sobre el cual van a actuar los productos. II.1.2 El desarrollo de un compuesto lder: la variacin molecular. Una vez encontrada y definida la cabeza de serie se hace necesario la exploracin de la serie por modulacin de su estructura con el fin de encontrar un producto mejor. El objetivo que se propone es encontrar nuevos y mejores medicamentos con superior actividad, mejor biodisponibilidad, menor toxicidad y mnimas reacciones secundarias. O sea en otras palabras se refiere a Qu voy a modificar en el compuesto lder?. Esto se conoce como Variacin Molecular. En la finalidad de esta tcnica se pueden distinguir: Mejora de la potencia del lder. Eliminacin de efectos secundarias no deseados.

Potenciacin de acciones secundarias deseadas, ya sea por complemento sinrgico a la accin principal o por s misma. Esta ltima se cumple en el caso del desarrollo de las sulfas diurticas comentado con anterioridad.

Separacin de actividades en compuestos multiaccin. Tiene como objetivo potenciar alguna de las acciones farmacolgicas sobre las dems, o eliminar algunas de ellas en beneficio de las otras. Un ejemplo puede ser el desarrollo de antiinflamatorios esteroidales a los cuales se le busca la disminucin de su efecto mineralocorticoide con un incremento de su efecto glucocorticoide.

Combinar actividades. Se trata de reunir en una entidad actividades diferentes que puedan actuar en comn frente a desrdenes asociados. Tal es el caso de los antiinflamatorios con efecto antiinflamatorio y analgsico para el tratamiento de enfermedades reumatoideas. Tambin la asociacin de la actividad antiagregante a la de los vasodilatadores habituales para el tratamiento de enfermedades vasculares, principalmente en ancianos.

Modificacin de la biodisponibilidad del frmaco lder. El descubrimiento de un nuevo frmaco por lo general necesita un mejoramiento en su asequibilidad biolgica. Lo anterior pude explicarse con varios ejemplos:

a. Proteccin de la accin de sistemas enzimticos: Las betalactamasas son enzimas que desdoblan en ncleo -lactmico de penicilinas y cefalosporinas. La sustitucin en posicin 3 del grupo acetoxi de la Cefalotina (I) por piridina, genera la Cefaloridina (II) con similares propiedades antibacterianas y resistentes a las esterasas.
S
S

CH2CONH O N

S CH2OCOCH3 COOH

CH2CONH O N

S + CH2 N COO-

II

b. Incremento en la selectividad de la accin: Las mostazas nitrogenadas y su actividad anticancerosa pueden servir de ejemplo. La mecloroetamina (III), surge a partir del tristemente famoso gas mostaza empleado en la primera guerra mundial. Este compuesto, con el desarrollo de nuevos citostticos se convirti en un frmaco excesivamente txico, por lo que deba incrementarse la selectividad de su accin a

las clulas tumorales.De esta manera se desarrollar el Mefalan (IV), derivado de la fenilalanina.

CH3 N

CH2CH2CL CH2CH2CL

HOOC CH CH2 NH2

CH2CH2CL CH2CH2CL

(III)

(IV)

c. Modificaciones para alterar la distribucin: Se utiliza cuando se desea excluir de algn compartimento biolgico al frmaco. La atropina (V) y sus sales de amonio cuaternario (VI) pueden servir de ejemplo. La formacin de esta sal aumenta la hidrofilia e impide al frmaco atravezar la barrear hematoenceflica, sin alterarse las acciones anticolinrgicas perisfricas.
NCH3 O C CH CH2OH

+ N(CH3)2 O C CH CH2OH

(V)
II.1.3 Mtodo variacional. Tipos de aplicacin.

(VI)

En este tpico se enumerarn algunas de las estrategias a seguir para aumentar la eficacia del compuesto lder. Esto es: Cmo voy a modificar al compuesto lder? Entre las estrategias ms comunes se encuentran: II.1.3.1 Sustitucin bioisotrica. En un enunciado un tanto simplista, es razonable el hecho de que compuestos con una misma actividad biolgica, deban poseer tambin una misma estructura, o al menos puntos comunes en las partes responsables de la actividad, por lo que la sustitucin de grupos con igual distribucin electrnica en la ltima capa e igual deslocalizacin del orbital. Este mtodo es aplicable a las sulfas antibacterianas (VII), en la cual la similitud electrnica del grupo sulfamida al grupo carboxilo del cido p-aminobenzico (PABA) (VIII) provoca la equivocacin del la bacteria. Ahora bien, no siempre las

sustituciones bioisostricas generan una equidad en cuanto a actividad. Ejemplos de este caso lo representan los antibiticos -lactmicos, en la serie de las penemas (IX),

oxapenemas (X) y carbapenemas (XI), en los que el cambio del tomo de azufre por el de oxgeno, aumenta la reactividad del anillo -lactmico y lo combierte en una molcula suicida que inactiva a las -lactamasas. La sustitucin entonces del oxgeno por el etileno (CH2) disminuye nuevamente esta reactividad, incluso a valores inferiores que los de las penemas, por lo que genera molculas menos activas, aunque an con utilidades farmacolgicas. En general, el trmino bioisosterismo se aplica para todo el conjunto de analogas que se pueden establecer entre dos agrupaciones atmicas, incluyendo tanto elementos estricos como electnicos, y en general, todos cuntos sirvan para definir la etructura de una molcula.

O H2N S O NHR H2N C

O O

(VII)
R O N S COOH R O N O

(VIII)
R COOH O N COOH

(IX)
II.1.3.2 Modulacin Molecular.

(X)

(XI)

Esta tcnica consiste en variar al compuesto lder con modificaciones limitadas tanto en extencin (la molcula debe mantener las caractersticas iniciales) como en nmero (posiciones a modificar). Sin embargo a pesar de restringirse aparentemente las posibilidades de variacin en esta tcnica, es muy frecuente encontrar resultados positivos en su aplicacin. De manera general existen tres tipos diferntes de actuaciones: Modulacin: Comprende isomerizacin, homologa, alquilacin, ramificacin, desalquilacin, saturacin, insaturacin,cambio en la posicin de la insaturacin, desplazamiento de una funcin, introduccion, sustitucin o eliminacin de heterotomos, introduccin de sistemas cclicos, contraccin o extencin de ciclos,
S sustitucin de ciclos etc. N CH2 CH2 CH2 N(CH3)2

N CH2 CH2 CH2 N(CH3)2

Imipramina

Promazina

Fig. #2. Cambios de actividad secundaria por extencin del ciclo. La imipramina es un antihistamnicoantidepresivo y la promazina un antihistamnico-tranquilizante.

Simplificacin: En ocaciones, la molcula se rompe, en un intento de encontrar qu partes o partes son responsables de la actividad biolgica que se est estudiando. Con este fin se disean compuestos ms sencillos, que contengan aisladamente las partes mencionadas. Es necesario aclarar que las partes responsables de la actividad no tienen necesariamente que encontrarse unidas entre s, sino que pueden encontrase separadas por una serie de tomos que no forman parte desiciva en la interaccin con el receptor. En estos estudios se necesita de un verdadero conocimiento de la estructura tridimencional y del comportamiento conformacional del compuesto.
CH 3 N
N CH3

HO

HO

OH

Morfina
N CH3

Levofenol
H3C CH3 N CH3

C OC2H5
C O OC 2H5

Meperidina

Metadona

Fig #3. Molculas obtenidas por la simplificacin de la molcula de morfina. Observe la disminucin de la complejedad estructural de la morfina, haciendose poco evidente en la ultima estructura la relacin con su lder.

Unin de elementos activos: Se trata de unir en la molcula restos que han demostrado ser activos en otras molculas.

De este tipo de estudio se desprende una evolucin en el peso relativo de las diferentes ciencias implicadas en el diseo de nuevos medicamentos. Se observa en primer lugar un aumento progresivo en la importancia que los mtodos biolgicos tienen como elemento de apoyo y decisin en el planteamiento de las estrategias de sntesis, llegando a ser autnticas piezas claves en muchos casos. Tambin se deduce la necesidad de disponer de tcnicas cada vez ms avanzadas en el campo del anlisis intrumental, como base para la elucidacin estructural de los nuevos compuestos. Y siempre como elemento fundamental, la colaboracin estrecha entre investigadores de diferentes profeciones por la posibilidad de ofrecer puntos de vistas desde diferentes perspectivas. Los previsibles avances en el campo de la biotecnologa, la biologa molecular y ciencias afines, estn dando un nuevo enfoque al diseo de nuevos medicamentos. El mtodo de las variaciones estructurales siempre estar como mtodo de apoyo en el diseo de estrategias de sntesis, formando parte de los equipos multidisciplinarios decididos a encontrar los mejores medicamentos.

III. CAPITULO II: DISEO DE FARMACOS ASISTIDO POR

COMPUTADORAS
En la actualidad existen numerosos mtodos experimentales para determinar la estructura molecular de una sustancia. Las espectroscopas ultravioleta (UV), infrarroja (IR), y fundamentalmente la de masas y la de resonancia magtica nuclear H1 y de C13 , as como las tnicas de difraccin de rayos X son las ms comunes. No obstante a ello, el desarrollo alcanzado por la computacin y la qumica computacional ha propiciado la generacin de sistemas que permitan calcular la geometra y la energa molecular. Estos sistemas son capaces de generar datos con una amplia aplicacin en la investigacin experimental, tanto para la interpretacin de los resultados obtenidos y la planificacin de futuros, as como para deducir informacin no asequible experimentalmente. En principio se pueden considerar tres tipos de mtodos de clculos tericos: Los mtodos ab initio, los semiempricos y los de mecnica molecular. La eleccin de uno u otro mtodo depende fundamentalmente del tamao de la molcula y del tiempo requerido. En el caso de la mecnica molecular se requiere de menos tiempo de clculo con respecto a los mecnico-cunticos, y reproducen los valores experimentales referentes a geometras y energas con buena precisin. Su uso por tanto en la actualidad est destinado al campo de las macromolculas, en las cuales los mtodos de clculos mecnico-cunticos se tornan prohibitivos en cuanto a tiempo respecta. Los mtodos que relacionan la estructura qumica con la actividad biolgica asistidos por computadoras pueden dividirse en dos grandes categoras: los Mtodos QSAR y los Mtodos de Modelacin Molecular SAR.

III.1 TECNICAS SAR O MODELACION MOLECULAR EN EL DESARROLLO DE NUEVOS FARMACOS

Los mtodos SAR consideran las propiedades de las molculas en tres dimenciones y son importantes entre otros, el anlisis conformacional, la mecnica-cuntica, los campos de fuerzas y los grficos moleculares interactivos. Estos ltimos premiten la representacin y la manipulacin de las molcula en tres dimensiones, lo que proporciona una informacin espacial que es esencial para comparar molculas y para estudiar la interaccin entre ligandos y receptores macromoleculares. Estos estudios

SAR son utilizados no slo en el diseo de nuevos frmacos, sino que es aplicable a otras ramas de la ciencia como la ingenera de proteinas y la qumica de polmeros.

III.1.1 Bsqueda del farmacforo. La bsqueda de los aspectos estructurales indispensables en una serie de molculas para lograr la unin al receptor y experimentar una actividad farmacolgica se conoce bsqueda del farmacforo. Que no es ms que el conjunto de grupos qumicos, unidos entre s o no, que todas las molculas activas sobre un mismo receptor tienen en comn, y que son esenciales para el reconocimiento por el mismo. En la actualidad existen dos formas fundamentales de obtener el farmacforo: Cuando no se conoce la estructura del receptor Cuando se conoce la estructura del receptor

III.1.1.1 receptor.

Obtencin del farmacforo cuando no se conoce la estructura del

En el primer caso, el trabajo est destinado a la bsqueda de las secuencias en la estructura qumica de mltiples ligandos que se unan a un mismo receptor. Para esto, se utilizan una serie de programas que permiten la visualizacin tridimencional de las estructuras, a travs del cual se pueden realizar rotaciones, traslaciones y operaciones superposicin de estructuras, para que en esta serie con una variacin sistemtica de la estructura qumica de los ligandos, se llege a detectar, por superposicin de las estructuras aquellas regiones de la molculas que son indispensables para la actividad, y aquellas que son vulnerables a ser sustituidas con variaciones pequeas en la afinidad. Este tipo de estudio necesita de un anlisis conformacional riguroso de cada una de las molculas a analizar, pues puede ser que para un determinado frmaco, la conformacin activa no sea la ms estable termodinmicamente, debido a que la energa libre de asociacin supera generalmente la energa necesaria para que el ligando sufra un cambio conformacional. Esta limitante, hace que este tipo de estudio sea muy complicado y que los resultados a obtener no sean siempre satisfactorios, pues cada conformacin energticamente accesible, presupone una disposicin tridimencional diferente de los grupos candidatos a interaccionar con el receptor. Adicionalmente, es recomendable calcular el volumen del sitiode unin que est realmente disponible para ser ocupado por los ligandos. El volumen mnimo lo

proporciona la unin de los volmenes de todas las molculas activas en aquellas conformaciones en las que se logr la superposicin de grupos, o sea, en aquellas conformaciones que sirvieron para proponer el farmacforo. Una vez conseguido esto se debe probar con molculas que posean estos mismos grupos funcionales y sin embargo tengan muy poca o ninguna afinidad por el receptor. En el supuesto que alguno de ellos, no obstante, sea capaz de adoptaruna conformacin energticamente razonable, en la cual los grupos farmacforos se encuentren correctamente aineado con los compuestos activos, una alternativa explicacin posible seria entonces el anlisis del volumen molecular de la misma. Si este volumen es superior al calculado para el resto de las molculas, entonces esta seria una causa razonable de la inactividad del mismo. Si el conjunto de molculas estudiadas es lo suficientemente grande, se pueden llegar a determinar mapas de volumen para diversos receptores, cuya comparacin puede permitir optimizar la actividad de un compuestos con respecto a otro. Esta metodologa sirve para caracterizar la topografa de receptores de los cuales no se conoce su estructura tridimencional, al permitir determinar tanto el volumen acsequible al farmacforo como el volumen abyacente que debe ser excluido de los ligandos. Sobre esta base, Lloyd en 1986, lleg a proponer una estructura farmacfora comn para 14 clases diferentes de frmacos que actan sobre el SNC. Una vez detectado el farmacforo candidato (o su modelo simplificado del receptor con grupos complementarios adecuados para su interaccin) se puede brindar una explicacin pausible del porqu, otras estructuras no evaluadas producan un determinado efecto secundario relacionado con la actividad en evaluacin y sobre todo permitira evaluar o disear nuevos candidatos que interaccionen con el receptor. Mediante este tipo de estudio ha servido para la definicin del farmacforo de los antagonistas anti-5HT3. Las limitaciones fundamentales de este tipo de estudio estriban en que se discriminan las posibles uniones alternativas que puedan ocurrir entre el ligando y el receptor, o incluso la unin en diferentes sitios del propio receptor. Adems se ignora las afinidades relativas perdiendo informacin sobre la magnitud de la interaccin.

III.1.1.2 Obtencin del farmacforo cuando se conoce la estructura del receptor.

El conocimiento de la estructura del receptor puede simplificar el estudio de identificacin del farmacforo. No obstante, la tarea de determinacin de la estructra de una macromolcula como estas, constituye en la actualidad un evento de gran dificultad. Los primeros en describir una estructura y una conformacin detallada para una estructura celular fueron los famosos genetistas Watson y Crick en 1953, con sus trabajos sobre el ADN. La doble hlice del mismo, y la complementaridad que deben existir entre los pares de nucletidos hace que el ADN sea un blanco farmacolgico de suma importancia, al que se pueden unir pequeas y medianas molculas tanto por intercalacin en su doble hlice como impidiendo la formacin de la misma. Por otro lado, la primera descripcin detallada sobre la estructura y conformacin de una proteina data desde 1958, cuando Kendrew caracteriz por cristalografa de rayos X a la mioglobina de ballena. Teniendo en cuenta de que una gran cantidad de frmacos realizan su accin por unin a enzimas o receptores peptdicos, es que este tipo de informacin estructural sobre las proteinas es de gran utilidad en el diseo de frmacos. En la actualidad existen bancos de datos de coordenadas atmicas (estructuras tridimensionales) de macromolculas biolgicas, procedentes de cristalografa de rayos X y de resonancia magntica nuclear. La mayor base de datos de macromolculas la constituye el banco de datos de proteinas (PDB) de Brookhaven que cuenta en la actualidad con varios miles de estructuras de proteinas y varios cientos de estructuras de cidos nucleicos. Actualmente se ha logrado adems, la cristalizacin de la estructuras de receptores en su unin con el ligando, de esta forma, es posible conocer cules son los grupos del ligando que interaccionan directamente con el receptor, y cules son sus contrapartes en la proteina. Con estos resultados es posible conocer la natuarleza de la unin, la flexibilidad del receptor, y las interacciones que mantienen al ligando unido al mismo, pudiendo

estimarse por tanto la energa de estabilizacin de de este complejo, y adems, el aporte por separado, de cada una de las regiones del ligando. Mediante este tipo de estudio, es posible definirse entonces de manera ms precisa y exacta, la naturaleza del farmacforo. Adems, la lectura en ordenadores de estos datos del complejo frmacoreceptor, permitir la manipulacin del ligando y la insercin de otros ligandos en la cavidad de unin, pudiendo analizar la naturaleza de la interaccin entre estos nuevos ligandos con el receptor. Esto permite adems, la insercin de estructuras construidas o

diseadas intencionalmente para su ajuste exacto al receptor, siendo fuente interesante de generacin de nuevas entidades farmacolgicamente activas. Otra de las utilidades que brinda el conocimiento de los receptores estriban en la posibilidad de estudiar la naturaleza de otras estructuras o receptores anlogas a l y no conocidas en su estructura tridimensional- hasta el momento. Esta tcnica se conoce como modelado de receptores farmacolgicos. Teniendo en cuenta que la mayora de los datos de proteinas porvienen de cristalografa de rayos X, la cual se obtiene en estado cristalino, hace que el modelado de proteinas o de receptores farmacolgicos afronte dos problemas bsicos: 1. El nmero de conformaciones a tener en una proteina es enorme. Por ejemplo en un receptor de tamao pequeo de 250 aminocidos posee unos 750 grados de libertad de ngulos torsionales. Si cada uno de estos ngulos, tiene acseso a slo 4 valores de mnimos energticos el nmero terico de conformaciones a adoptar por la proteina ser de 4
750

. Esto no ocurre cuando se dispone de datos de RMN que brinda los

datos de los aspectos dinmicos del movimiento interno de la proteina. Las tcnicas actuales de cristalografa de rayos X a baja resolucin han logrado mejorar estos resultados. 2. La descripcin terica de la interaccin entre los tomos de una proteina requiere la formulacin precisa de un potencial o campo de fuerza emprico que contengan trminos para representar los enlaces covalentes, los ngulos de enlaces dehidrgeno, y las interaacciones electrostticas y de van deer Waals. En la actualidad estos programas no son capaces de predecir a partir de una estructura primaria la estructura tridimencional.

No obstante estas limitaciones, es posible predecir la estructura y propiedades de una proteina a partir de la estructura tridimensional de otra proteina con un porciento de analoga razonable. De esta forma se lograr tener la estructura aproximada de una proteina no conocida y por tanto disear nuevos ligandos capaces de acoplarse al centro activo de la misma.

III.1,2 Consideraciones Finales. El modelado molecular contina su evolucin aplicando una gran variedad de mtodos computacionales al problema de identificar las complejas relaciones existentes entre estructuras moleculares y actividades biolgicas en trminos de interacciones entre los

tomos constituyentes. La introduccin de nuevos mtodos de clculos y de ordenadores cada vez ms potentes, generarn sin dudas nuevos resultados que culminarn con la optencin de nuevas estructuras cada vez ms potentes y selectivas.

III.2 TECNICAS QSAR EN EL DESARROLLO DE NUEVOS FARMACOS. Las siglas QSAR provienen de la expresin en ingls Quantitative Structure-Activity Relationship que significa en espaol Estudios cuantitativos de relacin estructuraactividad. Para realizar un estudio QSAR es necesario antes que todo, que la actividad biolgica del frmaco, producto de su interaccin con el receptor, sea una funcin de las caractersticas estructurales de la molcula. El modelo extratermodinmico de Hansch brinda una explicacin matemtica del fenmeno recogida en la siguiente ecuacin:

ln A= fh(Xh) + fe(Xe) + fs(Xs) + cte

ecuacin donde A es la actividad y fh(Xh), fe(Xe), fs(Xs) son funciones de ndices o parmetros hidrofbicos, electrnicos o estricos respectivamente. El trmino extratermodinmico proviene de que las relaciones se describen en trminos termodinmicos, aunque no se deducen de sus leyes. Las asunciones fundamentales de la metodologa extratermodinmica pueden formalizarse en una serie de puntos, la mayora de los cuales se extraen de la ecuacin fundamental, y es lo que se conoce como el paradigma de Hansch, que establece que: 1. La actividad biolgica es funcin de la estructura del frmaco. 2. La estructura del frmaco implica ciertas propiedades globalescomo la hidrofobicidad, carga neta, solubilidad etc... y ciertas propiedades locales como la distribucin de la hidrofobicidad, carga y volumen en determinadas posiciones de la molcula. 3. Estas propiedades globales y locales pueden sercuantificadas mediante ciertos parmetros. 4. Siempre existe una funcin que relaciona los cambios de actividad biolgica con los cambios en las propiedades globales y locales, aunque puede ser que no sea sencilla ni evidente.

Las funciones estructura-actividad que propone el mtodo extratermodinmico, constituye un mtodo mediante el cual se pueden buscar los productos ms activos entre un conjunto de candidatos. La metodologa de investigacin en el QSAR sigue, independientemente del modelo que se utilice, pasos comunes que se hallan sintetizados en la figura # 4. El punto de partida implica en todos los casos la existencia de un cabeza de serie. Este producto, aunque reviste inters como modelo a desarrollar, tienen propiedades suceptibles a ser mejoradas en aras de obtener siempre un producto lo ms biodisponible posible. Prototipo o cabeza de seie

Serie de exploracin Identificacin Sustituyentes Actividad Biolgica

Tratamiento de la muestra

Modelo matemtico

Productos ptimos

Cuando se dispone de un prototipo, es preciso disear una serie de exploracin, que est constituida por un conjunto de anlogos del prototipo, que permietn el establecimiento de las primeras relaciones estructura-actividad. Los miembros de la serie de exploracin han de ser sintetizados y evaluados en cuanto a actividad biolgica respecta. Los miembros de la serie de exploracin estn constituidos por un nucleo comn, y unos sustituyentes o fragmentos variables, que son caracterstico de cada producto de la serie. Dichos sustituyentes variables han de ser identificados por descriptores, que sern

utilizados como variables independientes (Xi) en el modelo. Los valores de actividad biolgica (A) expresados regularmente en forma logaritmica- se utilizan como variable dependiente. Es de particular importancia la calidad de la serie de exploracin a emplear, pues la calidad de las predicciones van a estar condicionadas en gran medida al diseo ptimo de esta serie, para as tratar de evitar las fallas en la prediccin.

III.2.1 Eleccin de la serie La calidad de una serie de exploracin viene definida principalmente por dos aspectos: 1. Disimilaridad de la serie. Los productos de la serie deben ser, respecto a los parmetros elegidos, diferentes entre s. No tiene sentido intentar estudiar cmo influye una caracterstica sobre la actividad si slo se estudian productos similares respecto a esta caracterstica. Adems, puesto que la serie debe ser una muestra del espacio experimental, el rango de variacin de las caractersticas dentro de dicha serie debe ser equiparable al que existe en el espacio experimental. 2. Ortogonalidad de la serie. Los productos deben escogerse de tal forma que la variacin en las caractersticas se produsca de manera independiente. Si la variacin de una propiedad X1 viene siempre acompaada de la variacin en otra propiedad X2, no es posible conocer si el cambio de actividad de unos a otros productos se debe al cambio en la propiedad X1 en la propiedad X2. En estas situaciones se dice que las propiedades X1 y X2 se encuentran correlacionadas en la serie. Una serie en a cual las correlaciones entre los parmetros son mnimas se dice que la serie es ortogonal.

Una vez definida y evaluada la actividad biolgica de la serie de experimentacin se procede al tratamiento de la muestra de la cual se obtiene un modelo matemtico que permitir predecir uno o varios compuestos a los que les sern evaluadas sus actividades biolgicas e incorporados, en caso de no presentar una actividad ptima, a la serie de exploracin. Este proceso se repetir el nmero de veces necesarias hasta lograr la eficacia esperada para el frmaco a obtener.

III.2.2 Tipos de estudios QSAR. En la actualidad existen diferentes tcnicas por las que se puede desarrollar un estudio QSAR en dependencia del tipo de tratamiento matemtico que se le de a la muestra y se pueden clasificar en: QSAR tradicional QSAR por redes de neuronas QSAR tridimensional

III.2.2.1 QSAR tradicional. El mtodo tradicional incluye el tratamiento estadstico de los datos por mtodos multivariados, que incluye el anlisis de regresin, anlisis cluster y anlisis por

componentes principales. En ellos se valora la actividad biolgica como variable dependiente del conjunto de descriptores moleculares que constituyen las variables independientes. Como resultado de esto se obtienen modelos que describen la actividad biolgica como una determinada funcin matemtica de los descriptores moleculares, bien sean estos estructurales o qumico-fsicos. El mtodo ms familiar es la regresin, en la que se obtendr la ecuacin de una recta, un plano, o de un hiperplano, segn sea el nmero de variables independientes incluida en la expresin. En el caso del anlisis cluster, los datos y por lo tanto los compuestos de la muestra, se agruparn por la semejanza entre ellos segn los valores de similitud que se le exijan. El anlisis de componentes principales tiene como principal objetivo la reduccin de variables. A diferencia de lo que pudieramos creer, en la prctica de la modelacin estructural el nmero de descriptores es muy grande y la seleccin de los que mejor representan a la muestra en la actividad biolgica estudiada es dificil de definir en ocasiones. En el anlisis por componentes principales, los datos se combinan en una lnea recta. Esta lnea recta es rotada de diferentes formas y en cada una de ellas se establecen los coeficientes de cada variable. Por lo tanto, en dependencia de la rotacin que se haga, as variarn los valores de los coeficientes de cada descriptor estructural o qumico-fsico y por ende su peso o influencia en este componente. Cada componente (resultado del ajuste a un modelo lineal de todas las variables en las rotaciones efectuadas) se utiliza como una nueva variable. Con estas nuevas variables se puede realizar un anlisis de regresin y determinar cual es la componente ms importante o

de mayor calidad para describir la muestra. Es prctica comn emplear solamente aquellas que en su conjunto dan el mayor valor de varianza explicada. El problema entonces para el especialista consiste en poder asignar a esas componentes una significacin qumico-fsica o estructural. Recordemos que cada una de ellas es el resultado de la combinacin lineal de todos los descriptores.

El anlisis de regresin mlitiple, como se plante anteriormente, es el ms utilizado dentro del QSAR tradicional. En el, una vez de establecidos los conjuntos de valores de las variables independientes Xi y la actividad biolgica A, se obtiene un modelo en forma de ecuacin de una recta (ecuacin 1), la cual describe la dependencia de la actividad (A) en funcin del conjunto de descriptores (Xi) as como la magnitud de las contribuciones de cada uno de ellos. A=f(Xi) + cte. Ecuacin 1. El modelo as obtenido ha de ser analizado en funcin de su calidad estadstica, para poder evaluar su capacidad de prediccin. Cuanto mayor calidad estadstica tenga el modelo, ms confiables y exactas sern las predicciones a realizar. La calidad estadstica de un modelo se evala por diferentes estadgrafos. Los ms comnmente aceptados son el coeficiente de regresin r, el valor F de Fischer y la desviacin estndar s. Cuanto ms tienda a la unidad el valor de r mejor ajuste tendrn los datos al modelo. El valor F correlaciona la varianza explicada (r2) por el nmero de grados de libertad, con la varianza no explicada (1- r2) por el nmero de variables del modelo. Cuanto ms alto es el porcentaje de varianza explicada por el modelo mayor ser el valor de F, mientras que la existencia de variables con baja contribucin a la explicacin de la varianza, tendern a disminuir dicho valor, que tiende a infinito en los mejores modelos. La desviacin estndar s depende de la varianza no explicada y de los grados de libertad del modelo y es una medida de cuanto se alejan los valores predichos por el modelo de la lnea, plano o hiperplano. La tendencia a cero de este valor pudiera presuponer mayor calidad en la prediccin. Sin embargo, esto puede conducir a modelos sobrepredictivos en los cuales se refleje exactamente el comportamiento de la muestra pero que no sea posible utilizarlo para la extrapolacin de valores en el caso de la prediccin de nuevos compuestos. Un valor de s es vlido cuando est en el mismo orden de magnitud del error experimental de las mediciones de la variable dependiente (la actividad biolgica).

En la ecuacin 2 se reflejan los datos obtenidos en la evaluacin bactericida de un grupo de alcoholes obtenidas por nuestro grupo de investigacin. log MIC=31.88(6.95)**-2.10(0.17)P1QC***+2.16(0.62)EHOMO** n=12 r=0.97 F=74.22 s=0.44 Ecuacin 2

Como se puede observar en esta ecuacin, la actividad bactericida, expresada como funcin logaritmica de la concentracin mnima inhibitoria (log MIC), es una funcin de dos ndices que describen las caractersticas de estructurales de la muestra 12 alcoholes evaluada (n=12). Segn establece esta ecuacin, la actividad aumentara con un decrecimiento en los valores del ndice P1QC, observe el signo negativo delante del valor del ndice, el cual slo admite por definicin valores positivos. Un aumento de la actividad tambin se lograra incrementando el valor de la energa Homo (EHOMO), observe el signo positivo. La constante o intercepto est reflejada en el valor 31.88(6.95). De manera general, segn lo establece el modelo, la evaluacin de nuevos alcoholes con ndices bajos de
P1

QC y

elevados valores de EHOMO generarn

compuestos con mayor poder bactericida. Si analizamos la calidad estadstica del modelo observaremos que el mismo, posee un alto coeficiente de correlacin r=0.97 un valor de bajo de desviacin estndar s=0.44 y un elevado valor de F, por lo que el modelo debe tener una alta capacidad predictiva. Consideraciones adicionales para el establecimiento de una ecuacin con calidad se tienen en funcin del nmero de variables independientes a incluir en el modelo. Estas variables, deben estar limitadas por el nmero de compuestos que forman parte de la serie de exploracin, de forma tal que, la relacin existente entre ellos sea de una variable por cada 5 o 6 compuestos en la serie de exploracin. La utilizacin excesiva de estas variables en una ecuacin de regresin puede conducir a reproducciones de la muestra de entrenamiento eliminndole el valor predictivo al modelo. Es necesario sealar adems que, mientras mayor nmero de variables se incluyan en la ecuacin, mayor ser el nmero de parmetros a variar en el compuesto a obtener, hecho que se puede tornar difcil en la prctica sinttica.

III.2.2.2 QSAR por redes de neuronas.

III.2.2.3 QSAR tridimencional. El QSAR tridimencional es una tcnica moderna que combina los aspectos relacionados en el estudio QSAR clsico con los de los estudios SAR o de modelado molecular. En la representacin SAR de los anlogos activos, eleccin se limita a si es activo o inactivo. En la prctica, sin embargo, los resultados son representados en un amplio espectro numrico que reflejan las diferencias cuantitativas entre la unin de uno u otro ligando. Por otro lado el QSAR clsico aborda estos temas de magnitudes en cuanto a las afinidades, pero en estos es imposible considerar la diversidad qumica que puede interaccionar con el receptor, ya que en este tipo de anlisis el establecimiento de una nica serie con analoga estructural es indispensable. La necesidad de lograr una interface entre ambos tipos de trabajos necesit el desarrollo de un nuevo anlisis conceptual y computacional. El primer logro en este sentido lo alcanzaron Cramer y colaboradores en 1988 al desarrolar el anlisis comparativo de campos moleculares (CoMFA). La premisa bsica de este mtodo, es que el adecuado muestreo de los campos elctricos y electrostticos alrededor de un conjunto de molculas o frmacos, puede proporcionar toda la informacin necesaria para comprender las actividades biolgicas. Para ser esto posible se precisa del clculo de los campos de fuerzas por mecnica molecular, que slo consideran las fuerzas estricas y eslectrostticas. Para lograr esto se superponen todas las molculas en las conformaciones presumiblemente activas y se calculan las energas de interaccin estricas (van der Waals) y las electrostticas (Coulomb) entre cada una de las molculas de inters. Posteriormente se recurre a la tcnica estadstica de los mnimos cuadrados parciales y se extraen las variables que describen la varianza del conjunto de datos, los cuales se someten posteriormente a una tcnica de validacin crusada. El anlisis de regresin lineal mltiple no es aplicable en esta tcnica, pues, el nmero de variables generada en este tipo de estudios es muy elevado. De manera general los pasos a seguir son los siguientes: 1. Postular la conformacin activa para el metabolito endgeno o para el frmaco ms activo. 2. Alinear el resto de las molculas y establecer a su alrededor una malla tridimensional como una caja de puntos en el espacio potencial del receptor.

3. Calcular el campo que cada molcula ejercera sobre un tomo sonda situado en cada punto de la malla. 4. Determinar una expresin lineal mediante la tcnica de mnimos cuadrados parciales que podra consistir en un conjunto mnimo de puntos de la malla necesarios para distinguir los compuestos sometidos a exmen de acuerdo a las actividades determinadas experimentalmente. 5. Realizar la validacin cruzada del modelo (crossvalidation) 6. Ajustar el alineamiento de los compuestos peor predichos y repetir los pasos anteriores hasta encontrar la mayor alineacin posible. Estos resultados del QSAR-3D producido por miles de trminos (en el QSAR tradicional el nmero de trminos estaba reducido en funcin del tamao de la muestra), se pueden visualizar grficamente en formas de mapas de contorno, pudiendo colorearse de diversos colores para resaltar la direccin y magnitud de la interaccin. De tal manera las regiones coloreadas aparecern en aquellas regiones en donde las diferencias electrnicas y estricas produscan una mayor variacin de la actividad.

III.2.3 Validacin de modelos. Independientemente del tipo de anlisis QSAR empleado el resultado final va a ser un modelo matemtico. Para estar completamente seguros de que el modelo obtenido no resulta de un ordenamiento a azar de los datos es comn, segn las normativas internacionales, verificar la calidad del mismo. El mtodo de regresin lineal mltiple proporciona los valores para los coeficientes que hacen que la funcin matemtica propuesta explique al mximo como varan las actividades. Independientemente de esto siempre quedar una varianza no explicada por el modelo -los residuales-, que corresponden a los errores en las medidas de los datos de actividad y a posibles efectos no incluidos en l -parmetros no considerados-. Mientras mayor sea la diferencia entre la varianza explicada sobre la no explicada mayor ser la utilidad del modelo. Esto puede contrastarse con un anlisis de varianza y un test de F; cuando el modelo no es satisfactrio se obtiene la no significacin en el test. Otro problema es que el modelo no sea predictivo, es decir que la funcin propuesta no se cumpla para productos no incluidos en la serie de exploracin. Esta problemtica suele solucionarse realizando una validacin cruzada (crossvalidation) con el procedimiento conocido como leave-one-out al modelo, generando los valores promedios de los coeficientes de correlacin (r2 rcross) y de las desviaciones estndar

obtenidos (Spress). Estos valores brindan una idea de la estabilidad estadstica del modelo. Otra forma de medir o evaluar la calidad de la ecuacin obtenida consiste en determinar la robustes (q2) del mismo, y el mismo se calcula a tarvs de la ecuacin siguiente:

q2 = (SD-PRESS)/SD
ecuacin donde SD es la sumatoria al cuadrado de las desviaciones estndares de los residuales y PRESS es la sumatoria al cuadrado de los residuales. Este valor de q2 derivado de la validacin cruzada no es ms que la habilidad del modelo para realizar la prediccin. En un modelo donde rcross no disminuya en ms de un 20% con respecto al coeficiente de correlacin, puede ser considerado como un modelo predictivo, lo mismo ocurre cuando se obtiene un valor de q2> 0.5. Para que el estudio de relaciones estructura-actividad se concluya con xito debe obtenerse un modelo significativo y predictivo. An as, la validez del modelo estr siempre limitada al rango de parmetros explorados por la serie de exploracin, fuera del cual nunca debe considerarse vlido. De hecho, esta es la principal limitacin a la hora de buscar el ptimo de actividad predicho por un modelo. Cuando el modelo contiene slo trminos lineales, basta con buscar sustituciones que maximicen los trminos con coeficientes positivos y minimicen los trminos con coeficientes negativos. Debe tenerse en cuenta, que si se rebasan los valores mximos y mnimos de la serie de exploracin, los resultados a obtener en los nuevos compuestos no tienen porqu responder al modelo, pues esos valores no fueron explorados y por tanto incluidos en el modelo. Un ejemplo de esto puede ser un modelo en el cual, con un incremento del coeficiente de particin se aumente la actividad; esto no implica que el con un incremento hasta el infinito de este coeficiente se aumentar ilimitadamente la actividad pues, a valores X de este parmetro puede resultar una incidencia negativa con respecto a la propia actividad, pues al cambiar lgicamente la distribucin en el organismo del frmaco este ya no se encontrar en el compartimento adecuado o sufrir cambios en el metabolismo etc... Esto evidentemente, no pudo ser recogido por el modelo, pues en l este extremo de valores no fu considerado.

III.2.4 Descriptores moleculares o Indices. Bajo este trmino se agrupan una serie de parmetros que a travs de valores numricos representan una informacin estructural, electrnica, estrica, as como una determinada propiedad qumico-fsica de la molcula en estudio. Desde este punto de vista estos parmetros se clasifican en: Indices basados en propiedades qumico-fsicas: Son aquellos, como lo dice su nombre, que derivan de la determinacin experimental de una determinada propiedad qumico-fsica de la molcula. Indices mecnico-cunticos: Son aquellos que se determinan por clculos mecanicocunticos. Indices topolgicos y topogrficos: Son aquellos que se determinan a partir del grafo qumico, o sea de la estructura qumica.

III.2.4.1 Indices basados en propiedades qumico-fsicas. Las propiedades qumico-fsicas en una molcula pueden reflejar la interacin de dicha molcula con el receptor. Entre los parmetros qumico-fsicos ms empleados en el QSAR se encuantran: Smbolo Log P MR pKa Descripcin Logaritmo del coeficiente de particin Refractividad Molar Molecular Constante de ionizacin Momento dipolar Tipo Hidrofbico Estrico Electrnico Electrnico Referencia Hansch, 1979 Hansch, 1973 Martin, 1978 Lien, 1982

Todos los parmetros anteriormente reflejados representan propiedades globales de la molcula. Este tipo de parmetro tienen el inconveniente de que esta propiedad es necesario medirla, y muchas veces esto presupone un trabajo laborioso; aunque muchos de estos ndices pueden ser determinados por mtodos computacionales con aproximaciones bastantes exaxtas a la realidad experimental. Existen adems ndices fragmentales derivados de la parametrizacin del ndice global en un conjunto de derivados de un cabeza de serie, en la cual slo varan los sustituyentes en una o varias posiciones de ste. De tal manera, el ndice fragmental se calcula por la diferencia existente entre el ndice global de la molcula cabeza de serie y

el ndice global para la molcula experimentada, el valor as obtenido representa la contribucin del sustituyente sobre el ncleo bsico. De este modo pueden caractirizarse propiedades locales de la molcula, pero tambin propiedades globales, tomando en consideracin el caracter aditivo de cada uno de los valores fragmentales que constituyen la molcula final. De tal modo que se hace innecesaria la sntesis de previa de los productos a caracterizar. Entre estas constantes fragmentarias las ms utilizadas son:

Smbolo Es MR F,R

Descripcin Constante hidrofbica del sustituyente Constante de Hammett Parmetro estrico de Taft Refractividad Molar de sustituyente Constantes del efecto inductivo y resonante

Tipo

Referencia

Hidrofbico Fuyita, 1964 Electrnico Estrico Estrico Electrnico Hammett, 1940 Taft, 1956 Hansch, 1973 Swain, 1968

III.2.4.2 ndices mecnico-qunticos. En cualquier estudio QSAR, la obtencin de un coeficiente de correlacin significante est condicionada en gran medida a la utilizacin de descriptores que logren reproducir el fenmeno estudiado, esto independendientemente del origen del mismo. El desarrollo reciente de la computacin ha hecho posible el clculo mecnico-cuntico de las estructuras qumicas. Estos calculos qumicos-cunticos ha generado un creciente inters en la obtencin de ndices que en un principio, puedan expresar todas las propiedades electrnicas y geomtricas de las molculas, as como, sus interacciones. Es precisamente, la qumica cuntica, la que brinda una informacin electrnica ms detallada, incluso mayor que mtodos empricos. El tratamiento cantico de la materia esta basada en el principio de insertidumbre de Heisenberg, segn el cual no es posible conocer simultneamente la posicin y el momeno de una partcula. Esto precisa de abordar el problema desde el punto de vista estadstico, por la necesidad de poder encontrar una partcula en un lugar determinado y en un momento dado. Otro concepto fundamental de la mecnica cuntica es que todas las cantidades dinmicas asociadas a cada partcula estn cuantificadas. La energa de una partcula

tiene un valor discreto, el cual es mltiplo de una energa bsica, la constante de Plank. La ecuacin fundamental es la de Schrdinger. La ecuacin de Schrdinger para el tomo de hidrgeno es:

2 - (82m/h2) (E+ Z e2/r) = 0

donde 2 es el operador diferencial, es la funcin de onda, h es la constante de Plank, y r la distancia entre el electrn y el ncleo. Para los tomos polielectrnicos, la ecuacin de Schrdinger, no puede ser resuelta, pues no es posible la separacin de las variables. Para ello es preciso acudir a la expresin de Hartree, que considera cada electrn independientemente, movindose en el campo del resto de los electrones y de los ncleos. Teniendo en cuanta el principio de exclusin Pauli, segn el cual no pueden existir ms de dos electrones en una misma rbita, con dos espines diferentes, se obtiene la expresin de Hartree-Fock; la cual expresada en forma analtica, no matricial, origina la ecuacin de Roothaan. Existen dos mtodos principales de clculos mecnico-cuntico, en dependencia de las aproximaciones que se realizan: 1. Los mtodos ab initio 2. Los mtodos semienpricos Los mtodos ab initio con el modelo Hamiltoniano nos brindan una representacin completa de todas las interacciones no relativisticas entre el ncleo y los electrones de la molcula, soluciones no disponibles en la ecuacin de Schrdinger. La utilizacin de este algoritmo de clculo hace que los mtodos ab initio necesiten un elevado tiempo de cmputo, que va a ser proporcional al nmero de electrones de la molcula, dependiendo por lo tanto de la naturaleza de los tomos y del tamao de la misma. Sirva como ejemplo la molcula de metano, para la cual es necesario resolver un total de 1080 integrales, 1035 de ellas dielectrnicas. La gran mayora de los clculos ab initio utilizan la aproximacin del orbital definida en el mtodo de Hartree-Fock. Ellos incluyen interacciones configuracionales (CI), campos autoconsistentes multiconfiguracionales (MC SCF), la teora de correlacin por pares de electrones (CPMET), y la teora de perturbacin. Una alternativa de clculo mecnico-cuntico lo ofrecen los mtodos semiempricos. Estos mtodos han sido desarrollados dentro de la teora de los orbitales moleculares (SCF MO), pero sobre la base de simplificaciones y aproximaciones introducidas el el algoritmo de clculo que hacen que los tiempos de clculos en ordenadores normales se

vea dramticamente reducido con respecto a los mtodos ab initio permitiendo una mayor utilizacin de los mismos. En tal sentido un mtodo semiemprico debe cumplir los siguientes requisitos: 1. Que sea lo suficientemente simple para poder calcular molculas relativamente grandes. 2. Que mantenga las principales interacciones intermoleculares: atraccin por los ncleos y repulcin entre los electrones. 3. Que los resultados del clculo puedan ser interpretados , permitiendo la construccin de mtodos cualitativos adecuados. 4. Que compensen por parametrizacin las insuficiencias del mtodo Hartree-Fock. La principal aproximacin que realizan los mtodos semiempricos es que ellos negliguen las integrales de solapamiento, teniendo solamente en cuenta los electrones de valencia de cada uno de los tomos integrantes de la molcula, considerando los electrones internos como parte del ncleo no polarizable. As, mientras el mtodo semiemprico NDDO calcula un total de 741 integrales para el propano, un mtodo ab initio deber de resolver un gran total de 38 226 integrales para la misma molcula. Esto en tiempo de clculo se traducira en que, para realizarlos en un ordenador con capacidad de un milln de operaciones por minuto, el clculo semiemprico durara no ms de 5 minutos versus un total de 5 horas para el ab initio en la propia molcula de propano. En principio,cualquier mtodo semiemprico puede ser utilizado para el clculo de los descriptores mecnico-cunticos. El primer mtodo aplicado fu el de Hckel en 1931, luego le sigui el PPP en 1935. A partir de este momento se han ido creando nuevos mtodos de clculos, cada uno de los cuales se va haciendo ms complejo por el desarrollo lgico que va experimentando la computacin, permitiendo realizar cada vez ms, operaciones complejas en un menor intervalo de tiempo. Los ms populares en orden cronolgicos son los siguientes: La teora de Hckel extendida (EHT), la cual es una extencin de la aproximacin de electrones- de Hckel que trata a todos los electrones de valencia de la molcula. Las integrales de solapamiento son calculadas por las funciones tipo Slater, mientras que las repulsiones elctrnicas y nucleares son obviadas. Este mtodo ha sido preferentemente utilizado para describir cualitativamente la estructura electrnica de sistemas moleculares, no obstante, al obviar importantes interacciones electrnicas la distribucin de cargas calculadas son irreales.

El mtodo C.N.D.O. (complete neglect differential overlap) es el ms simple de los mtodos semiempricos. En el se obvian el solapamiento de orbitales atmicos, tanto diatmicos como el del tomo simple, creando una aproximacin incorrecta en el sentido de que no existe justificacin para no incluir el solapamiento diferencial de un tomo simple.

Los mtodos I.N.D.O (intermediate neglect differential overlap) y M.I.N.D.O (modified INDO) se desarrollan bajo el compromiso en el cual el solapamiento de un centro es retenido en las integrales de un centro. Estos mtodos representan una aproximacin ms real a la prctica que los anteriores, pero todava existe una reduccin sustancial de las repulsiones electrnicas, utilizando un mnimo set de electrones de valencia y negligiendo todas las integrales que implican el solapamiento de orbitales atmicos, exeptos las integrales de resonancia monocntricas y las integrales monocntricas de canje. En estos mtodos y el metodo CNDO, las integrales de repulsin entre los orbitales atmicos del tomo A y cualquiera del tomo B, forman un set igual, tanto si son del tipo s, p, .

Los mtodos M.N.D.O (modified neglect of diatomic overlap), el AM1 (Austin model 1) y el PM3 (parametric model 3) estn basados en la correcta inclusin del solapamiento de un centro, negando u obviando solamente el solapamiento diferencial diatmico. A diferencia de los mtodos CNDO, INDO y MINDO estos mtodos consideran un nmero adicional de integrales bicntricas, as para cada par de tomos no similares es necesario calcular 22 integrales a diferencia de una nica integral a calcular en los mtodos CNDO, INDO y MINDO. Segn Dewar, autor de los mtodos MNDO y AM1, el mtodo MNDO no describe correctamente la energa de los enlaces por puentes de hidrgeno y la de los aniniones, as como sobrestima las repulsiones electrnicas. Estas dificultades son mejoradas por el mtodo AM1 sin que ello incremente el tiempo de cmputo. Posteriormente Stewart, uno de los colaboradores de Dewar realiz una reparametrizacin del mtodo AM1 generando as el PM3. No obstante a ello no se ha logrado demostrar la superioridad de uno con respecto al otro (AM1 y PM3), por lo que en la literatura actual es comn encontrarse trabajos que utilizan uno u otro mtodo sin que esto atente contra la calidad de los resultados.

Por los motivos anteriormente descritos, los mtodos semiempricos han tenido un amplio uso en el diseo de frmacos, toda vez que son mtodos que reproducen en gran

medida las propiedades reales de las molculas, invertiendo para ello, poco tiempo de clculo; a diferencia de los mtodos ab initio en los que el tiempo de clculo resulta en realidad una gran limitante. No obstante a ello es necesario resaltar que los clculos ab initio son los que reproducen con mayor fiabilidad las caractersticas estructurales de las molculas, divergiendo en no ms de un 2% con respecto a los datos experimentales. Para un estudio QSAR lo importante a obtener de estos clculos qumico-cunticos son ndices que me permitan describir las caractersticas electrnicas y energticas de las molculas. Debido a la amplia informacin que pueden contener estos descriptores tericos, su utilizacin en estudios QSAR puede tener dos grandes ventajas: 1. Los compuestos y sus varios fragmentos y sustituyentes pueden ser directamente caracterizados sobre la bse exclusiva de su estructura molecular. 2. El mecanismo de accin propuesto para los frmacos a estudiar pueden estar directamente relacionado con la reactividad qumica calculada. Consecuentemente, los modelos QSAR obtenidos con la utilizacin de ndices o descriptores moleculares de esta naturaleza, incluirn informacin de la naturaleza de las fuerzas intermoleculares envueltas en la accin del o de los frmacos. A continuacin se relacionan los principales ndice mecanico-cunticos empleados en los estudios QSAR: Definicin

Qa Qmin, Qmax qE,A, qN,A qA,, qA, HOMO LUMO SE,A, SN,A ET H0f

Nombre Carga neta sobre el tomo A Cargas netas ms negativa y positiva de la molcula Cargas electrnicas nucleoflicas y electroflicas, calculadas a partir delos orbitales ocupados y desocupados respectivamente. Densidades electrnicas y del tomo A Energas HOMO y LUMO. Significan las energas del ltimo orbital ocupado y la del primer orbital sin ocupar respectivamente. Superdeslocalizabilidad electroflica y nucleoflica. Polarizabilidad Molecular Momento dipolo molecular Energa total de la molcula Calor de formacin

Cargas Atmicas: De acuerdo a la teora qumica clsica, todas las interacciones qumicas son por naturaleza o electrostticas (polares) o orbitalarias (covalentes). Es una evidencia prctica, que las densidades electrnicas locales o cargas, son importantes

en muchas reacciones qumicas y en muchas propiedades qumico-fsicas de las molculas. As, los descriptores basados en las cargas han sido extensamente empleados como ndices de reactividad qumica y como medidores de las interacciones intermoleculares dbiles tal y como ocurre en las interacciones inicas entre el frmaco y el receptor. Las cargas parciales sobre los tomos han sido utilizadas como ndices de reactividad qumica estacionarios. Las densidades electrnicas y por su parte, caracterizan la posible orientacin de las interacciones qumicas, por lo que son consideradas ndices direccionales de reactividad. Por el contrario, las densidades electrnicas y las cargas netas sobre los tomos son considerados ndices de reactividad no direccionales. Energas de los orbitales moleculares: Las energas HOMO y LUMO son los descriptores qumico-cunticos ms populares. Se ha demostrado que estos orbitales juegan un papel muy importante en muchas de las reacciones qumicas y en la formacin de los complejos de transferencia de cargas. De acuerdo con la teora de los orbitales moleculares fronteras (FMO) de la reactividad qumica, la formacin deun estado de transicin se debe a la interaccin entre los orbitales fronteras HOMO y LUMO de las especies qumicas reactantes. La energa HOMO est directamente relacionada con el potencial de ionizacin, y caracteriza la suceptibilidad de la molcula a ser atacada por electrfilos. La energa LUMO est directamente relacionada con la afinidad electrnica y caracteriza la afinidad de la molcula a ser atacada por nuclefilos. Superdeslocalizabilidades. La superdeslocalizabilidad es un ndice de reactividad de los orbitales ocupados y no ocupados y est relacionada con la contribucin hecha por el tomo, a la estabilizacin en la energa de formacin de un complejo de transferencia de carga con una segunda molcula, o la capacidad del reactante de establecer enlaces a travs de tranferencia de cargas. La distincin hecha entre nucleoflica y electroflica estn relacionadas con la naturaleza de la superdeslocalizabilidad, si esta es aceptora o donora respectivamente. Las Superdeslocalizabilidades son conocidas tambin como ndices de reactividad dinmica. A diferencia de los ndices estticos (cargas), que describen molculas aisladas en su estado base, los ndices dinmicos de reactividad se refieren a los estados transicionales en las reacciones. Polarizabilidad Molecular: Se refiere a la polarizacin que puede sufrir una molcula por un campo elctrico externo, cuya propiedad ms significativa es su relacin con el tamao molecular o el volumen molar. Se ha demostrado que la polarizabilidad guarda

relacin conel coeficiente de particin; de ah su aplicabilidad en estudios derelacin estructura-actividad. Momento dipolo: La polaridad de una molcula guarda una estrecha relacin con varias porpiedades fsico-qumicas. El momento dipolo de la molcula es un reflejo de la polaridad global de la molcula. Energas: Las energas totales y los calores de formacin de las molculas son un reflejo de la estabilidad de las mismas, por lo que el empleo de estos ndices puede conducir a la explicacin del fenmeno estudiado.

III.2.4.3 ndices topolgicos y topogrficos. La topologa es aquella parte del lgebra que estudia las posiciones e interconexiones entre los elementos de un conjunto. Esta rama de la ciencia, aplicada a la estructura qumica ha dado origen a una disciplina llamada Topologa Molecular que analiza presisamente las posiciones y las interconecciones entre los atmos de una molcula dada. De esta forma se lograra caracterizar estructuralmente los compuestos. Para definir dichos ndices se representan por puntos los tomos de la mocula (excluyendo a los de hidrgeno) y por rayas o segmentos los enlaces. De tal manera se obtiene el grafo de la molcula o grafo qumico como comunmente se conoce. Con posterioridad se construye la matriz topolgica cuyos elementos toman el valor de uno o cero en dependencia de si el tomo i est enlazado o no al toma j. As se genera una matriz cuadrada de n filas por n columnas, siendo n el nmero de nmero de vrtices del grafo o lo que es lo mismo el nmero de tomos. El resultado del clculo genera un valor numrico que representa o describe la estructura qumica de la molcula, por lo que este tipo de descriptores tienen una gran utilidad en los estudios QSAR. De esta forma se pueden generar matrices de abyacencia y matrices de distancias entre vrtices. Las matrices de abyacencia describen la unin o no entre tomos y la de distancias el nmeros de tomos existentes entre un atmo X y otro no enlazado a l. Sirva como ejemplo ilustrativo de la construccin de estas matrices la molcula de isopentano.

V2

e1
V1

e2

V3

V5

e3

e4
V4

0 1 = 0 0 0

1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0

0 1 D = 2 3 3

1 2 3 3 0 1 2 2 1 0 1 1 2 1 0 2 2 1 2 0

Matriz de adyacencia entre vrtices

Matriz de distancia entre vrtices

Observe que para la matriz de abyacencia del tomo o vrtice 1 (V1) le corresponden valores en la matriz, de 0 para los tomos 1, 3, 4 y 5 y valor de 1 para el vrtice 2 (V2), pues es solamente con l que se encuentra enlazado. As mismo para V3 le corresponden valores en la matriz de 0 para los vrtices 1 y 3 y valores de 1 para los tomos 2, 4, 5. De esta forma se obtiene un valor numrico que representa o describe la estructura molecular. En la matriz de distancia, a V1 se le asignan valores de 0, 1, 2, 3 y 3, pues sta es el nmero de tomos mnimos que lo separan de los tomos 1, 2, 3, 4 y 5. Esta es otra forma de describir el grafo qumico a travs de un valor numrico, pero utilizando en este caso las distancias mnimas que separan un tomo de otro. El grafo molecular puede ser subdividido en subgrafos en dependencia del nmero de ejes interconectados al vrtice. Estos subgrafos se clasifican segn su orden (m) y su tipo (t). El orden de un grafo no es ms que el nmero de ejes o enlaces que contiene el vrtice, considerando como simples a los enlaces mltiples. Los tipos de los subgrafos por otro lado se clasifican en cuatro tipos: Tipo Camino (p), que son aquellos subgrafos que la valencia (nmero de enlaces) de sus vrtices son menores o iguales que dos. Tngase en cuenta que los tomos de hidrgeno no se consideran en el grafo molecular.

 Tipo Cluster (c), constituido por aquellos subgrafos que tienen al menos algn vrtice con valencia 3 o 4, pero ninguno con valencia de dos. Tipo Camino-cluster (pc) Son los subgrafos que incluyen vrtices con valencias de dos, adems de algunos con valencia de 3 o 4. Estos ndices de conectividad mt correspondena en cada caso a la suma de todos los subgrafos de tipo t y de orden m., y estn relacionados con la ecuacin 3:

m m = Sj t j =1
n

Ecuacin 3 Donde nm es el nmero de subgrafos tipo t y de orden m. Los trminos mSj se definen como el inverso de la raiz cuadrada del producto de las valencias de los vrtices integrantes del subgrafo, Donde j define un subgrafo en particular.

Sirva como ejemplos de subgrafos la molcula de isopentano: Tipo (t) 1 2 Orden (m) 3 4

Camino

Cluster

CaminoCluster

Como bien se puede observar en la figuar anterior, la molcula de isopentano esta integrada por cuatro caminos de orden 1 y 2, 2 caminos de ordenes 3, y un cluster de orden 3 y un camino cluster de orden 4. De tal forma, el subgrafo camino de orden 1 estar formado por la sumatoria de los valores de los cuatro caminos obtenidos para la molcula en cuestin.

De manera general, es necesario sealar que el el trabajo QSAR se utilizan el subgrafo camino desde orden 1 hasta orden 6, los cluster desde orden 3 hasta 6 y los caminos cluster desde el orden 4 hasta el orden 6.

La definicin de algunos de los ndices obtenidos por esta metodologa aparecen recogidos en la tabla siguiente: NDICE Conectividad Molecular (Randic) DEFINICIN

= [ (v ) (v )]
m r =1 i j m r =1

1/ 2

Conectividad molecular extendido

1 = (vi ) (v j ) (v l +1 )

1/ 2

donde (vi), (vj), (vl+1) son los grados de los vrtices en la cadena considerada Conectividad de valencia
1 v = v (vi ) v (v j )
m l =1

1/ 2

i j

Para evitar el uso indiscriminado de este tipo de ndice, uno de los ms prestigiosos investigadores en esta rea de la qumica ha propuesto que para la generacin de nuevos ndices de esta naturaleza, estos deben cumplir los siguientes atributos:

Atributos deseables para los ndices topolgicos, segn randic 1. Interpretacin estructural directa. Indices basados en conceptos estructurales sencillos ayudan a interpretar propiedades en trminos de estructura qumica. 2. Buena correlacin con al menos una propiedad. Esto sugiere el aspecto estructural dominante en la propiedad. 3. Buena discriminacin de ismeros. Necesario cuando la propiedad en estudio cambia con el ismero. 4. Localmente definidos. Es decir, que no se obtengan de forma global, sino localmente como en los ndices de conectividad, en que se definen por la 5. Generalizable a anlogos superiores. Por ejemplo, los ndices 1 , 2 , 3 ,,etc. 6. Linealmente independientes. Permite describir informacin estructural no contenida en otros ndices. 7. Simplicidad. Facilita su interpretacin. 8. Que no estn basados en propiedades fsico-qumicas. 9. Queno estn relacionados de manera trivial con otros ndices. 10. Eficiencia de construccin. Facilita su clculo. conectividad de cada tomo.

11. Basados en conceptos estructurales familiares. 12. Mostrar una dependencia correcta con el tamao.las propiedades que dependen del tamao y en general, la selectividad de los ndices disminuye con el tamao del grafo. 13. Tener cambios graduales con cambios graduales en la estructura.

III.2.5 Criterios de seleccin de parmetros. No existe ningn criterio simple ni nico, para seleccionar qu parmetros deben utilizarse en un estudio de relacin estructura-actividad. Ante un problema nuevo se debe comenzar a buscar en la literatura trabajos previos realizados sobre el mismo tipo de productos, y de no encontrarse, sobre productos parecidos o con la misma actividad. En general, en esta primera etapa, cualquier tipo de informacin puede ser orientadora respecto a las caractersticas fsico-qumicas que pudieran intervenir en la actividad, y por tanto cules son los parmetros ms adecuados para describirlas. No obstante, es posible encontrarse en situaciones en las cuales no se disponga de ninguna informacin previa; en esos casos, una solucin inteligente es seleccionar algunos parmetros representativo de cada una de las propiedades fsico-qumicas, electrnicas, estricas y estructurales de la molcula. Esta primera orientacin, aunque no genere un buen modelo, podr sealar cules de estos parmetros tiene una mayor influencia en la actividad y por tanto aumentar el nmero de ndices que me describen la misma en un segundo intento de anlisis.

III.2.6 Situacin actual y Tendencias futuras del diseo de frmacos. El avance sostenido que ha experimentado la bioqumica y la biologa molecular en cuanto a la identificacin de macromolculas dianas, la identificacin de secuencias de nucletidos y aminocidos, llegando en algunos casos, a la elucidacin a nivel atmico de su estructura y del complejo frmaco-receptor; unido a los poderosos sistemas computacionales, que haciendo uso de esta informacin pueden crear modelos tridimencionales del ligando y del receptor; hacen posible en la actualidad, el estudio de preferencias configuracionales, de la naturaleza y las magnitudes de las fuerzas interatmicas que gobiernan su interaccin, as como el comportamiento dinmico de este complejo. Estos procedimientos ayudan al mejor entendimiento del

comportamiento de estos sistemas a nivel subcelular, permitiendo establecer

comparaciones entre los datos tericos y los experimentales, e incluso realizar predicciones cuantitativas. Teniendo en cuanta los avances que promete tener la farmacologa molecular, es de suponer que el futuro del diseo de frmacos no est destinado como hasta el presente, a la obtencin de sustancias que puedan ser reconocidas por los receptores o que modulen la sntesis, metabolismo o recaptacin de los neurotransmisores, sino que estar orientado a obtener sustancias que acten sobre los sistemas enzimticos activadores de la cascada de eventos que lleva consigo una respuesta farmacolgica. Entindase por sistemas enzimticos activadores de la cascada de eventos a las proteinas G o cualquiera de sus subunidades, las enzimas formadoras de mensajeros secundarios, las protenaquinasas entre otras. El influir mediante estos frmacos sobre ests mecanismos intermediarios entre el receptor y el efector, pueden dar origen a sustancias muy selectivas que operen

selectivamente sobre las clulas que padescan la disfuncin. El hecho de que no siempre es mejor actuar sobre los receptores lo suguiere el hecho de que frente a una exposicin contnua del agonista o del antagonista, se produscan fenmenos de desensibilizacin o supersencibilidad, que pueden ser responsables de nuevas alteraciones fisiolgicas.