BIOQUÍMICA

METABOLISMO DE NUCLEÓTIDOS
Generalidades
• Las enzimas que atacan los ácidos nucleicos
son muy variadas en cuanto a su
especificidad.
– Algunas atacan tanto ADN como ARN.
– Unas actúan sobre cualquier unión fosfodiéster.
– Otras atacan secuencias muy específicas ADN
doble.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-2

Generalidades
• En los mamíferos
– Las nucleoproteínas ingeridas son hidrolizadas
parcialmente en su parte proteica por la acidez y
las proteasas gástricas.
– La acción conjunta de las nucleasas pancreáticas
y las nucleasas de la mucosa intestinal logran
liberar los mononucleótidos que son absorbidos
por las células intestinales.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-3

Acidos Ribonucleicos
Enz-His
Los ácidos ribonucleicos (ARN) son H
hidrolizados por ribonucleasas mediante una Enz-His
HN N: H O O O
catálisis básica que consta de dos pasos: P
– en el paso rápido se forma un intermediario de O O + NH
H—N
fosfato cíclico separándose el ARN en dos
fracciones, H H
H H
– en el lento, dicho fosfato cíclico se hidroliza.
H O Base
O H
H2O
R1–O–P–O–

R2–O O R2–O O
P P
O O OH O O OH
Enz-His
Enz-His
HH H H H H H H H
H H Enz-His
O Base Enz-His O Base HN + N O
H O
HN + N O HO HO H
P
H O
P O O H :N NH
O O O H :N NH
H
H H H
H H H H H O Base
H O Base O H
O H
R1–O–P–O–
R1–O–P–O–
O
O
Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-4
Ácidos Ribonucleicos
• El sitio activo de dichas nucleasas presenta
residuos clave de histidina que participan en el
proceso catalítico.
• Este tipo de hidrólisis donde se libera un 3'
fosfato y un 5' alcohol se conoce como
rompimiento tipo b.
R2–O O
R2–O O
P
P O O OH
O O OH
H
H H H
–
O O
HH H H H O Base2 P
H O Base2 HO H O O OH
O HO
P H H H H
O O OH H O Base1
O H
H H H H
H R1–O–P–O–
O Base1
O H
O
R1–O–P–O–

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-5

Tipos de Ribonucleasas
• La ribonucleasa del páncreas
bovino es tipo b,
– muestra una alta especificidad R2–O O
P
en cuanto a la base unida al O O OH

azúcar en el que se forma el H H H H

H Base
fosfato cíclico, o sea el sector O HO
O

3' del fosfato atacado O

P
O OH

– la base debe ser una H H H H

H O
pirimidina: uracilo o citosina, O H
Uracilo o
Citosina
R1–O–P–O–
– es pequeña y muy resistente,
O
– el óptimo de pH es cercano a la
neutralidad.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-6

 Tipos de Ribonucleasas
• La ribonucleasa T1 de • La ribonucleasa U2 de
Aspergillus orizae es Ustilago sphaerogena,
otra b-endonucleasa otra b-endonucleasa
– requiere una guanina en – requiere una adenina en
el lado 3' del fosfato el lado 3' del fosfato
atacado R –O O 2 atacado. R –O P O
2

P
O O O O OH
OH

H H H H H
H H H
H H O Base
O Base
O HO O HO
P P
O O OH O O OH

H H H H H
H H H
H H O Adenina
O Guanina H
O H O

R1–O–P–O– R1–O–P–O–

O O

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-7

 Tipos de Ribonucleasas
• La ribonucleasa PhyM del • La ribonucleasa CL3 , del
Physarum polycephalum, hígado de gallina otra b-
otra b-endonucleasa endonucleasa
– presenta especificidad por – presenta especificidad por
citosina en el lado 3' del
adenina o uracilo en el lado fosfato atacado
3' del fosfato atacado R2–O O
R2–O O P
O O OH
P
O O OH H H H H
H H O Base
H H H
H O HO
O Base
O HO P
O O OH
P
O O OH
H H H H
H H O
H H H H Citosina
H O
O Adenina o
O H R1–O–P–O–
Uracilo
R1–O–P–O– O
O

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-8

 Tipos de Ribonucleasas
• El Aspergillus orizae posee la ribonucleasa S1, una a-
endonucleasa, que hidroliza el fosfato en su unión 3' al
azúcar dejando un hidroxilo en 3' y un fosfato en 5'
– no tiene especificidad por la base,
– ataca ARN y ADN simple.
R2–O O
R2–O O
P
P O O OH, H
O O OH, H
H H H H
HH H H H
H O Base
O Base –
O H HO OH, H
O
O HO
P
P O O– H H H H
O O OH, H H O Base
O H
H H H H
H R1–O–P–O–
O Base
O H
O
R1–O–P–O –

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-9

Acidos Dexosirribonucleicos
Solo ADN simple HO H

• la nucleasa S1 del A. H
H H H H
O Base
oryzae O HO
P
O H
• la exonucleasa VII de O

H H H H
la Escherichia coli, H
O H
O Base

– de tipo a, R1–O–P–O–
R1–O O
– elimina O
O
P
O H

mononucleótidos H H H H
individuales ya sea del H
O HO
O Base

extremo 3' o del 5'. O

P
O H

H H H H
H O Base
HO H

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-10

Acidos Dexosirribonucleicos
ADN simple y doble
• desoxirribonucleasa I del
páncreas bovino
– una a-endonucleasa sin
especificidad por la base
HO H
Solo ADN doble H H H H
• exonucleasa III de H
O HO
O Base

Escherichia coli O
P
O H
– una exonucleasa que H H H H
remueve los H
O H
O Base

mononucleótidos R1–O–P–O–
individuales del extremo 3'. O

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-11

Acidos Dexosirribonucleicos
Las polimerasas de ADN también
muestran actividades hidrolíticas
• la polimerasa de ADN I de la Escherichia coli
actúa como exonucleasa en ambos
extremos
• las polimerasas de ADN II y III también
muestran actividad de exonucleasa
iniciando en el extremo 3' pero no en el 5'.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-12

Enzimas de Restricción
Presentes en procariotas presentan
• alta especificidad en cuanto a la secuencia que
atacan y el sitio de la hidrólisis;
• funcionan para el control de. los bacteriófagos;
• la mayoría atacan ADN doble y son de tipo a.
La bacteria Escherichia coli
– produce la EcoR I, la cual rompe el enlace entre
la guanidina y la adenosina en la secuencia
5'...pGpApApTpTpC...3'.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-13

Enzimas de Restricción
La Hae III de Haemophilus aegyptius
– ataca el enlace central entre la guanidina y la
citidina de la secuencia
5'...pGpGpCpC...3',
La Pst I de la Providencia stuartii
– ataca el enlace la adenosina y la guanidina en
la secuencia
5'...pCpTpGpCpApG...3'.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-14

 Enzimas de Restricción
Al analizar las secuencias complementarias
de las citadas
EcoR I original 5'...pGpApApTpTpC...3'
complementaria 3'...CpTpTpApApGp..5'

Hae III original 5'.....pGpGpCpC.....3'

complementaria 3'...CpCpGpGp....5'

Pst I original 5'...pCpTpGpCpApG...3'

complementaria 3'..GpApCpGpTpCp..5'

• Se puede observar que la hebra complementaria

contiene el mismo mensaje que la original pero
escrito al revés.
Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-15
Enzimas de Restricción
• Esto es las dos secciones son
palíndromos.
• Esta simetría tiene gran importancia en el
reconocimiento de estas regiones.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-16

Generalidades
• En los seres humanos, los ácidos nucleicos
son liberados de las nucleoproteínas por la
acción conjunta de la acidez y las enzimas
gástricas.
• Una vez en el duodeno tanto las
ribonucleasas y desoxirribonucleasas
pancreáticas como las nucleasas y
diesterasas de la mucosa intestinal los
degradad a mononucleótidos.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-17

Biodegradación de nucleótidos
• Las nucleotidasas y las fosfatasas hidrolizan
los mononucleótidos a nucleósidos que son
absorbidos o degradados aún más por las
fosforilasas intestinales a bases púricas y
pirimidínicas.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-18

 Biodegradación de Pirimidinas
• La citosina es desaminada oxidativamente para producir uracilo.
• El uracilo es reducido a dihidrouracilo.
• Este último es hidrolizado a b-ureidopropionato.
• El b-ureidopropionato es hidrolizado liberando amoniaco y dióxido de carbono para
dejar b-alanina.
• La b-alanina es oxidada finalmente a amoniaco y dióxido de carbono para dejar
acetato.
NH2 H2O
O O
½O2 2H NH3 H NADPH NADP H
N HN HN H

Desaminas Deshidrogenasa H
O N O N O N Hidrolasa
a H
H H H H

Citosina Uracilo Dihidrouracilo

O O
H H
O CO2 NH3 O2 O OC=O H2N-H H2O O
H H H
H-NH
O H H H H
Oxidasa H2N Hidrolasa O N
H H H
H

Acetato b-Alanina b-Ureidopropionato

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-19

 Biodegradación de Pirimidinas
• La timina sigue un proceso degradativo similar para dar dióxido
de carbono, amoniaco y b-aminoisobutirato que puede ser
transaminado y oxidado para dar succinil-CoA.

O O O
H NADPH NADP CH3 H O CH3
CH3 2 H2O
HN HN O H
H
H-NH
Deshidrogenasa H Hidrolasa H
O N O N O N
H H H Hidrolasa
H H OC=O
Timina Dihidrotimidina b-Ureidoisobutirato
H2N-H

O
CH3
O H

H H
H2N H

b-Aminoisobutirato

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-20

 El monofosfato de adenosina es
NH2
N
Luego se hidroliza el fosfato
para formar la inosina.
Biodegradación de Purinas
desaminado a monofosfato de H2 O N H2 O
inosina. O Una fosforilasa libera la hipoxantina.
Fosfatasa H-NH2 O
N N Desaminasa HN N
NH2 HO–PO3
-2

HO– O N
N H H Fosforilasa HN O2
N H H N N
O O
HO OH HO–
N H H N N H2 O
N HN N Fosfatasa H H HPO -2
4 H Oxidasa
O3P-O—
-2 O Adenosina
H H HO OH Hipoxantina
H H N N
HO-PO3-2 Inosina O2–•
HO OH H2O Desaminasa
-2
O3P–O– O O O-PO3-2
HO– La
H H H H H H hipoxantina
H2 O H H
Monofosfato de adenosina H-NH2 se oxida a
HO OH
HO OH xantina.
Sin embargo el proceso puede
ocurrir en el orden inverso. Monofosfato de inosina Ribosa -1- fosfato
O HO-PO3-2 O O
O
H2O H-NH2
El monofosfato de N N HN N
N HN Fosforilasa HN
HN guanosina sigue un
camino único con una
Desaminasa N
H2 N N hidrólisis del fosfato H2N N N H2 N N N O N
N H
O Una fosforilasa H H
O HO
O3P-O– Guanina La guanina se
-2
H H libera la guanina. Xantina
H H Fosfatasa H H desamina a xantina.
H H HO-PO3-2
H2 O H2 O
HO OH HO OH
La xantina es oxidada hasta ácido úrico. Este es el O2
Monofosfato de guanosina Guanosina paso final de proceso degradativo en los humanos,
Oxidasa
los primates, los pájaros y los reptiles, el urato
formado es excretado en la orina. O2–•
O H
H O
H2 O H H2 O H OC=O O2 H
2 H2 N N H O O O
H2 N N H N N
Urea HN
H2N O O
O O N N
O O
Alantoicasa Alantoinasa N Uricasa N
H H O N O N
H O H H
Alantoicato H H
Glioxilato Alantoína En otros mamíferos el urato Ácido Úrico
Finalmente, muchos microorganismos Los peces y anfibios van un paso es hidrolizado a alantoína que
hidrolizan el alantoato a glioxilato y más allá hidrolizando la alantoina a luego se excreta.
urea. alantoato y excretando este último.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-21

 Eliminación de Superóxido
• En las reacciones de oxidación de la hipoxantina a la
xantina y de la xantina a ácido úrico intervienen unas
oxidasas que utilizan oxígeno molecular y dan lugar a
un radical conocido como superóxido, O2-•.
• Este radical es altamente tóxico y es eliminado por la
superóxido dismutasa que produce peróxido de
hidrógeno.
superóxido
2 O2-• + 2H+ H 2 O2 + O 2
dismutasa
• El peróxido de hidrógeno generado puede ser
eliminado por catalasas o utilizado por peroxidasas.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-22

 Salvamento de Purinas
• La biosíntesis de purinas requiere de un gran
gasto energético, por consumo de ATP.
• Existe un sistema de recuperación de las
estructura purínicas que compite eficazmente
con su biodegradación.
• En este sistema intervienen dos enzimas:
– La fosforribosiltransferasa de hipoxantina y guanina
– La fosforribosiltransferasa de adenina

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-23

 Salvamento de Purinas
• La fosforribosiltransferasa de hipoxantina y guanina cataliza la
formación de monofosfato de guanosina a partir de guanina y
fosforribosilpirofosfato. O

O N N

N
N
H2N N N

O3P-O–
-2 O
H2N N N
H H H H
H
Guanina O
-2
O3P-O– O-P2O6-3 HO OH
HP2O7-2
H H H H Fosforribosiltransferasa Monofosfato de guanosina
de guanina e hipoxantina Pirofosfato O
HO OH
O 5-Fosforribosil-1-pirofosfato HN N

HN N
N N
-2
O3P-O– O
N N
H H H H
H
Hipoxantina
HO OH
Monofosfato de inosina

• También, la formación de monofosfato de inosina a partir de

hipoxantina y fosforribosilpirofosfato.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-24

 Salvamento de Purinas
• La fosforribosiltransferasa de adenina cataliza la formación de
monofosfato de adenina a partir de adenina.

O3P-O–
-2 O O-P2O6-3
H H H H
NH2
HO OH
HP2O7-2 N
5-Fosforribosil-1-pirofosfato N
NH2 Pirofosfato
N Fosforribosiltransferasa de
N N N
adenina
-2
O3P-O– O
N N H H
H H
H
Adenina HO OH
Monofosfato de adenosina

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-25

 Biosíntesis de Pirimidinas
• La biosíntesis de pirimidinas primero lleva a
la formación de orotato.
• Luego el orotato reacciona con
fosforribosilpirofosfato para formar un
nucleótido que es modificado de varías
formas.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-26

 Primero se sintetiza Este permite introducir una formilamina al El carbamoilaspartato se deshidrata Luego es reducido para
el carbamoilfosfato. aspartato para formar el carbamoil aspartato. para condensarse y ciclarse. formar el orotato.
O H2O O O
2 MgATP -2 2 MgADP HPO4-1 -1 H H Deshidrogenasa
H2N O-PO3-2 Transcarbamoilasa –
O HN H
H HN H
CO2 H2N O
Sintetasa II del O Deshidratasa CO2–
carbamoilfosfato Carbamoilfosfato O O– O N NAD+ H+ NADH O N CO2–
Gln-NH2 Glu H O N
H H H H
O
– H
H H2PO4-1 Orotato
Biosíntesis de Pirimidinas O
Carbamoil
aspartato
Dihidroorotato
O O-P2O6-3
HP2O7-2 O3P-O–
-2

H2N O– H H
H Luego este se descarboxila para Fosforribosil H H
Entonces pueden darse
dos fosforilaciones con formar el monofosfato de uridina. tranferasa
Aspartato HO OH
ATP. O O
O ADP ATP ADP ATP O CO2 5-Fosforribosil-1-pirofosfato
Seguidamente una HN H
HN HN HN El orotato se une a
sintasa amina a
citidina. la ribosa para
N O
Descarboxilasa N formar el
O N Quinasa O Quinasa O N CO2– monofosfato de
O O O -2
O3P-O– O orotidina.
-4
O9P3-O–
-3
O6P2-O– O3P-O–
-2
H H H H H H
H H H H H H H H H H
Gln-NH2
HO OH HO OH HO OH HO OH
Sintasa
Trifosfato de uridina Difosfato de uridina Monofosfato de Monofosfato de orotidina
NH2 O uridina O O
Glu N5,N10-CH2-FH4
H+ NADP+ HOH H2O H2O-PO3-1
HN CH2H
N HN FH4 HN

O N Deshidrogenasa O N Fosfatasa O N O N
Sintasa
O O -2
O3P-O– O O
O9P3-O–
-4 -3
O7P2-O– -2
O3P-O–
H H H H NADPH H H H H H H H H H H H H
HO OH HO H HO H HO H
Difosfato de desoxiuridina Monofosfato de desoxiuridina Monofosfato de timidina
Trifosfato de citidina
El difosfato de uridina es Luego es hidrolizado a Para finalmente ser metilado a
reducido a difosfato de monofostato de desoxiutidina. dTMP.
desoxiuridina.
Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-27
 Biosíntesis de Purinas
• La biosíntesis de purinas es mucho más
compleja y constituye un magnífico ejemplo
del grado de sofistificación de los procesos
biosintéticos.
• La estructura base de la purina es el
monofosfato de inosina.
• Esta se va construyendo agregando los
elementos constituyentes prácticamente uno
a uno, sobre la ribosa-1-fosfato.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-28

 Primero se activa la ribosa-5- Entonces una glutamina que se torna en
fosfato con un pirofosfato. glutamato para obtener la 5-fosforribosilamina.

Biosíntesis de -2
O3P-O– O H ATP AMP -2
O3P-O–
O H Gln-NH2 Glu

Purinas H H H OH H H H O-P2O6-3 Transferasa

H2P2O7-2
HO OH HO OH
Pirofosfo-
Ribosa-5-fosfato quinasa 5-Fosforribosil-1-pirofosfato H2O
-2
O3P-O– O NH2
La 5-fosforribosil-N-formilglicinamida es La 5-fosforribosilglicinamida es formilada
aminada a 5-fosforribosil-N-formilglicinamidina. a 5-fosforribosil-N-formilglicinamida. H H H H

H HO OH
H H NH3
H N H 5-Fosforribosilamina
H N H H
H Glu Gln-NH2
O H N5,N10-Formil-FH4 O O
HN O Sintetasa
Sintetasa O O NH
O NH O3P-O– -2 O NH3
-2
O3P-O– O NH
-2
O3P-O– H H H H
H H H H Transferasa H H
H H H H HPO4-2 ADP ATP Glicina
HPO ADP ATP -2
FH HO OH
HO OH 4 4
HO OH
5-Fosforribosil-N-formilglicinamidina 5-Fosforribosil La 5-fosforribosilamina recibe una glicina
5-Fosforribosil-N-formilglicinamida glicinamida para formar la 5-fosforribosilglicinamida.
ATP La 5-fosforribosil-N-formilglicinamidina O
sufre una condensación para formar 5- O
Sintetasa O NH3 H
fosforribosil-1-aminoimidazol. O H O O O
ADP H H C N
H N O N C N H2N
O
HO2C N H O H H H H H
HPO4-2
H H O N H2N N
H2N N H2N O
Carboxilasa N O H Fumarato
H2N O
Aspartato O O
O -2
O3P-O–
-2
O3P-O–
-2
O3P-O– O H H
H H H H
-2
O3P-O– H H H H H H
H H H H
CO2 Sintasa HO OH HO OH
HO OH Liasa
HO OH H2O 5-Fosforribosil-4-carboxa-
5-Fosforribosil-1-aminoimidazol 5-Fosforribosil-4(N-succino- mida-5-aminoimidazol
5-Fosforribosil-1-amino- carboxamida)-5-aminoimidazol
imidazol-4-carboxilato

El 5-fosforribosil-1-aminoimidazol es entonces carboxilado. El 5-fosforribosil-1-aminoimidazol-4 carboxilato es entonces aminado en dos pasos.

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-29

 Biosíntesis de Purinas
El monofosfato de inosina es aminado en dos
pasos para producir el monofosfato de adenosina.
O
O
O NH3 H
El 5-fosforribosil-4-carboxamida-5- Luego es deshidratado para O
aminoimidazol es entonces formilado. formar el monofosfato de inosina. H H
H H
O H O HN
O O O
C N
H2N C N O
H H2N HN N O
FH4 H Aspartato HPO4-2 GDP N
H2N N O CH N N
Transferasa N Ciclohidrolasa
H N N
O
O3P-O–
-2
O N
H H -2
O3P-O– O3P-O–
-2 O Sintetasa N
H H
N10-Formil-FH4 H H H H H H H H -2
O3P-O– O
H2O GTP
HO OH H H H H
HO OH HO OH
5-Fosforribosil-4-carboxamida-5-
aminoimidazol 5-Fosforribosil-4carboxamida-5- Monofosfato de HO OH
formamidoimidazol inosina Monofosfato de
NAD+ adenilosuccinato
NADH H2O
O
O H+ Deshidrogenasa
O O H
N N Liasa
N N Glu Gln-NH2 O
H
Sintetasa
O N N O NH2
H2N N N Fumarato
H
O3P-O—
-2 O N
ADP HPO4-2 H2O ATP-2O P-O– O N
H H H H 3
H H H H
OH OH N N
HO OH
Monofosfato de guanosina -2
O3P-O– O
Monofosfato de xantosina H H H H
Finalmente, el monofosfato de xantosina es También, el monofosfato de inosina puede HO OH
aminado a monofosfato de guanosina. ser oxidado a monofosfato de xantosina.
Monofosfato de
adenosina

Bioquímica General Biodegradación de Ácidos Nucleicos 13a-30