Funcionamiento del

campo de fuerza
CHARMM27 para
cidos nucleicos.

CHARMM27
El campo de fuerza CHARMM27 para cidos
nucleicos representa un modelo altamente
optimizado para investigaciones de los cidos
nucleicos por medio de clculos empricos de
campos de fuerza.

Funciona satisfactoriamente para tratar las

formas A, B y Z del ADN y el ARN.

Historia
Inicialmente el campo de fuerza, llamado EF2,
asociado con el programa CHARMM,
diseado para ser usado en vaco.

fue

Las simulaciones de biomoleculas requieren una

representacin de su medio acuoso en el que se
encuentran, esto fue incluido de manera
implcita en el campo de fuerza por medio de
una constante dielctrica dependiente de la
distancia entre los tomos.

Historia
El siguiente campo de fuerza CHARMM fue
diseado para incluir una representacin
explcita del solvente basada en el modelo TIP3P
del agua. Este campo es llamado CHARMM22.
Se mostr que las duplas de ADN en solucin
son propensas a asumir la conformacin A en
agua con alta actividad, condiciones donde la
conformacin B del ADN debera ser estable.
Esta limitacin llev al desarrollo de la siguiente
generacin de CHARMM para cidos nucleicos.
Este fue llamado CHARMM27

Historia
Gran parte del desarrollo del CHARMM27 estuvo
dirigida a obtener un campo de fuerza que
represente adecuadamente el equilibrio de las
formas A y B del ADN, as como la forma A del
ARN. Esto se logr por medio de un balance de
las propiedades energticas de una gran
variedad de compuestos modelo con las
propiedades generales del ADN y ARN.

Forma funcional

Optimizacin
Es una proceso mediante el cual los parmetros del
potencial del CHARMM se adecan de tal manera que
los datos obtenidos experimentalmente para una
variedad de compuestos modelo (que actan como
base de la optimizacin de parmetros) coincidan con
los datos obtenidos en una simulacin de dinmica
molecular.

Mientras

que el CHARMM22 se centra en la

optimizacin de los parmetros no ligados o externos
(nonbonded) como la carga elctrica y los parmetros
L.J. El CHARMM27 tambin incluye la optimizacin de
los parmetros internos diedrles (dihedral).

Optimizacin.

Optimizacin
La optimizacin se lleva a cabo eligiendo una
variedad de compuestos modelo que actan como
base de la optimizacin, as como una serie de datos
experimentales que se han obtenido para dichos
compuestos.

Se realizan clculos con el campo de fuerza emprico

en los compuestos modelo y las propiedades
medidas se comparan con los datos elegidos. Este
conlleva a procesos iterativos, donde cambiar una
clase de parmetros, puede llevar a cambiar otra
clase de parmetros si es necesario. (Figura anterior)