El RNA

La estructura primaria del ARN generalmente es similar a la del DNA con dos excepciones: El azcar que es parte de la estructura del ARN (ribosa), tiene un grupo hidroxilo en la posicin 2 y la timina del DNA es reemplazada por uracilo en el ARN. El grupo hidroxilo del carbono 2 de la ribosa hace al ARN qumicamente ms lbil que el ADN y provee un grupo qumicamente ms reactivo el cual forma parte de la catlisis mediada por el ARN. As a result of this lability, RNA is cleaved into mononucleotides by alkaline solution, whereas DNA is not.

 A diferencia del DNA, el cual existe con una estructura larga de doble hlice, la mayor parte del ARN son cadenas simples y exhiben una variedad de conformaciones. Las diferencias en el tamao y conformaciones de varios tipos de ARN les permite llevar a cabo funciones especfica en la clula.

 Los dominios de plegamiento de las molculas de ARN no son solo estructuralmente anlogos a las hlices y cadenas encontradas en las protenas, ya que en algunos casos tienen capacidades catalticas. Tales molculas de ARN cataltico son llamadas ribozimas.

 Algunas ribozimas pueden catalizar los desplazamientos, un remarcado proceso en el cual una secuencia interna de ARN es cortada y removida, y las dos cadenas resultantes son posteriormente ligadas.

Este proceso ocurre durante la formacin de la mayora de RNAm en clulas eucariotas, y tambin ocurre en bateras y arqueas.

Allosteric mechanism of TPP (Thiamine Pyrophosphate) ribozymes. Upon selfcleavage the RBS (Ribosomal Binding Site) would be released from pairing, thus

ribosome could get access to RBS and initiate translation of the downstream gene

 Durante la sntesis de ARN, el cdigo de cuatro bases contenida en el ADN (A, G, C y T) son copiados o transcritos en el lenguaje del ARN, el cual es idntico excepto por el reemplazo de la timina por uracilo.

En contraste, durante la sntesis de protenas los cuatro pares de bases del ADN y ARN son traducidos en los 20 aminocidos los cuales pueden formar a las protenas.

Por lo tanto la informacin del ADN es usada para hacer molculas de ARN a travs del proceso llamado transcripcin.

 Durante la transcripcin del ADN, una cadena del ADN acta como templado, determinando el orden en e cual los monmeros de ribonucletidos trifosfatados (rNTP) son polimerizados para formar cadenas complementarias de ARN. La polimerizacin de los rNTP es catalizado por la ARN polimerasa.

 La polimerizacin incluye un ataque nucleoflico por el oxgeno 3 en la cadena creciente de ARN con el fosfato del nucletido precursor mas prximo a ser aadido. Resultando en la formacin de la unin fosfodiester y la liberacin de un pirofosfato (PPi). Como consecuencia de este mecanismo, la molcula de RNA siempre es sintetizada en direccin 5-3.

El RNA y la expresin gentica

La informacin gentica es la causa de la sntesis de protenas especficas, entre ellas las enzimas, responsables de las caractersticas estructurales y funcionales de un organismo.

El proceso de expresin de un gen, se lleva a cabo a travs del mensaje gentico. Se realiza en dos etapas sucesivas, en las que el ARN es un intermediario imprescindible. TIPOS: ARN mensajero ARN ribosmico ARN transferente

ARN mensajero (ARNm)

Copia de una parte del ADN Informacin utilizada por los ribosomas para unir los AA en el orden adecuado y formar una protena concreta. Vida muy corta (aprox 5 min.). Monocistrnico 3-5% del ARN celular.

ARN ribosomal (ARNr)

Forma parte de los ribosomas (junto con un conjunto de protenas bsicas). Tambin se denomina ARN estructural. Participa en el proceso de unin de los AA para sintetizar las protenas.

80-85% del ARN celular total

ARN de transferencia (ARNt)

Transporta los aa hasta los ribosomas. Cada molcula de ARNt transporta un AA especfico.

10% ARN celular.

Forma: 4 brazos, 3 con bucles en los extremos, en el otro extremo 3 extremo 5

Transcripcin

 Transcripcin = sntesis de ARN. Ocurre en el interior del ncleo. Necesita: Una cadena de ADN que acte como molde. Enzimas: ARN-polimerasa. Ribonucletidos trifosfato de A, G, C y U. Proceso: Iniciacin Elongacin Terminacin

INICIACIN

Comienza cuando la ARN-polimerasa reconoce en el ADN que se va

transcribir una seal que indica el inicio del proceso (centros promotores o promotor), tambin conocida como caja TATA, CAAT

y TAF.
Centros promotores = secuencias cortas de bases nitrogenadas que

controla la expresin de un gen.

La ARN-polimerasa hace que la doble hlice de ADN se abra y se

forme una burbuja de transcripcin (aproximadamente 14

nucletidos) unin de los ribonucletidos.

ELONGACIN
Adicin de sucesivos ribonucletidos para formar el ARN.

ARN-polimerasa II: lee ADN 3-5

sntesis ARN 5-3 La cadena de ARN sintetizada es complementaria de la hebra de ADN que se utiliza como molde. Complementariedad entre las bases de ADN y ARN:

G-C A-U T-A C-G

 La elongacin de la cadena de ARN a travs de la ARN polimerasa tiene una velocidad de 1000 nucletidos por minuto a 37C y el complejo de elongacin puede permanecer intacto durante 24 hrs.

TERMINACIN
La ARN-pol reconoce en el ADN unas seales de terminacin que indican el final de las transcripcin. Implica el cierre de la burbuja formada en el ADN y la separacin de la ARN-pol del ARN transcrito.

La ARN-pol transcribe regiones de ADN largas, que exceden la longitud de la secuencia que codifica la protena.
La separacin de la hebra de RNA naciente es an desconocida, sin embargo, se sabe que una protena auxiliar de la RNA pol llamada NusA, incrementa la eficiencia de la terminacin.

 En el extremo 5 se aade una caperuza (cap) de 7-metil guanilato a travs de la enzima guanina-7-metiltransferasa y 2-O-metiltransferasa. En el extremo 3 se aade una secuencia de ribonucletidos de adenina (100- 250 nucletidos) cola poli-A. Le confiere estabilidad estructural para alargar la vida media a 4 hrs.

La cadena poli A es aadida por una enzima llamada poli (A) polimerasa.

 La adicin de la caperuza (cap), tiene dos objetivos: Proteger al pre-ARNm de degradacin enzimatica y asistir la exportacin del transcrito primario al citoplasma. Es el sitio de reconocimiento para el inicio de la traduccin.

Maduracin del RNA

 En las clulas procariotas (no tienen ncleo), la transcripcin y la traduccin del ARNm puede llevarse a cabo concurrentemente, es decir, al mismo tiempo. En tanto que en clulas u organismo eucariotas el proceso de la transcripcin y traduccin estn compartamentalizados, en otras palabras se lleva a cabo en sitios diferentes (ncleo y citoplasma).

 En eucariotas se forma el transcrito primario o pre-RNAm, que est formado por regiones codificantes y no codificantes. Las regiones NO codificantes se les llama intrones y las codificantes exones.

 Por lo tanto para obtener un ARNm funcional requiere de un procesamiento que se llama maduracin del ARNm o Splicing.

 El proceso de splicing se lleva a cabo en la unidad cataltica llamada espliceosoma, la cual est constituda por la interaccin coordinada de un grupo de snRNP (Small Nuclear Ribonucleoprotein), que contiene al menos cinco pequeos RNA nucleares: snRNA U1, U2, U4/U6 y U5, adems de la participacin de mltiples factores proteicos.

 La reaccin cis-splicing se lleva a cabo en dos pasos: 1.- Involucra un ataque nucleoflico en la regin del sitio de corte 5, por la interaccin especfica hidroxlica 2 de un residuo de adenosina (unin del factor protico U2) cercano a la regin terminal 3 del intrn, lo que origina la liberacin del exn 1 y un producto intermedio formado por el intrn-exn 2.

 2.- En el segundo paso, los dos exones son unidos por medio de un ataque nucleoflico, del radical hidroxilo 3 del exn 1, al sitio de corte de la regin 3, permitiendo que el intrn sea liberado y las secuencias exnicas se encuentren unidas. La reaccin se le conoce como transesterificacin.

 Para finalizar el proceso las secuencias intrnicas no codificantes son liberadas en un complejo denominado lazo (lariat).

 Tras-splicing o splicing alternativo es uno de los procesos por los cuales un solo gen produce a travs de una seleccin diferencial de distintos mRNAs de los sitios de empalme potenciales, proporcionando una fuente crucial de la diversidad en los proteomas de eucariotas superiores. El Trans-splicing comnmente se produce en los organismos unicelulares y Caenorhabditis elegans.

En estos organismos, los genes se agrupan y se transcribe policistronicamente.