El 16 de septiembre de 1824, fue electo como Jefe de Estado de Honduras, Don
Dionisio de Herrera, uno de los hombres más ilustres que colocó a Morazán como Secretario General de Honduras. El 10 de mayo de 1827, Dionisio de Herrera es destituido de su cargo por el teniente General José Justo Milla al mando de las Fuerzas Federales. Y como consecuencia, Francisco Morazán abandonó su puesto, niega obediencia a la imposición y se une a las milicias, que el 11 de noviembre de 1827 bajo el mando del Ejército vence las tropas de Justo Milla, en la denominada Batalla de la Trinidad. Siendo ese el suceso, para que Morazán tomará el mando de la Presidencia del Estado de Honduras en 1827 y se perfila´rá como uno de los líderes más grandes de Centroamérica. Durante su lapso en la presidencia del Estado de Honduras, que comprenden los períodos de 1830 a 1839, Francisco Morazán es declarado Presidente Federal de Centroamérica y Jefe de Estado de Costa Rica y el Salvador. Este tiempo en la carrera política de Francisco Morazán, es conocido como el período de restauración, que puso en marcha reformas que encontraron muchos obstáculos. Como la ambición de la Iglesia, la separación de las provincias, presiones internacionales, críticas al nepotismo y corrupción. Después de concluir su segundo mandato en 1839, Morazán se quedó sin poder político o militar. Pero continúo siendo el jefe de Estado de El Salvador.