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Curso Medline
Curso Medline
MEDLINE ....................................................................................................... 2
PubMed ......................................................................................................... 2
Ventajas del PubMed........................................................................................ 2
Página de inicio del PubMed .............................................................................. 3
Realizando búsquedas en PubMed ...................................................................... 3
Página de inicio ............................................................................................ 4
Reglas para el ingreso de términos .................................................................. 4
Realizando la primera búsqueda ...................................................................... 5
Mecanismos internos de búsqueda................................................................... 6
Mapeo automático de términos..................................................................... 6
Búsqueda de frases.................................................................................... 8
Página de resultados ..................................................................................... 8
Formatos de Presentación ........................................................................... 9
Límites ....................................................................................................... 9
Campos de búsqueda ............................................................................... 10
Tipos de publicación ................................................................................. 10
Edades................................................................................................... 10
Fechas................................................................................................... 11
Solo con resumen .................................................................................... 11
Idiomas ................................................................................................. 12
Humano o animal..................................................................................... 12
Subsets ................................................................................................. 12
Sexo...................................................................................................... 14
Vista Previa/Indice...................................................................................... 14
Historial.................................................................................................... 15
Portapapeles.............................................................................................. 16
Guardar los resultados de la búsqueda ........................................................... 17
Imprimir ................................................................................................... 17
Artículos relacionados.................................................................................. 17
Otros Servicios del PubMed............................................................................. 18
MeSH Browser............................................................................................ 18
Journal Browser ......................................................................................... 18
Citation Matcher......................................................................................... 18
Clinical Queries .......................................................................................... 18
Cubby....................................................................................................... 19
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MEDLINE
PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed
Es altamente recomendable que una vez que haya accedido a la página de inicio del
PubMed la guarde en los “Favoritos” o “Bookmarks” según el navegador que
disponga (Por ejemplo: Internet Explorer o Netscape Navigator).
Para agregar una página a su lista de páginas favoritas en el Internet Explorer debe:
El sistema PubMed ofrece una variedad de modos de búsqueda para acercarse a las
necesidades individuales de los usuarios. Usted puede realizar una búsqueda simple
ingresando unos pocos términos en el formulario de la página de inicio o construir
una estrategia de búsqueda compleja utilizando los operadores lógicos (también
llamados operadores booleanos) o por medio del uso de las opciones provistas en la
barra de funciones.
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Página de inicio
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Términos de Búsqueda: ingrese uno o más términos de búsqueda (separar
los términos por espacios) en el casillero de texto. Luego de presionar el
botón Go o la tecla Enter PubMed compara los términos ingresados con una
serie de tablas (Véase Mapeo Automático de Términos) y luego
automáticamente combina los términos agregando el operador lógico de
intersección AND.
Una vez definidos el o los términos que mejor representan lo que deseamos buscar
deben ser escritos en el casillero de texto. Para ilustrar los pasos correspondientes a
una búsqueda desde la página de inicio del PubMed utilizaremos la estrategia
necesaria para encontrar citas que versen sobre el tratamiento farmacológico del
asma en niños.
En primer lugar se debe abstraer de la sentencia previa los términos que mejor la
representan y escribirlas correctamente. Para ello es fundamental aprender a usar
una de las interfaces especiales del PubMed, el MeSH Browser, ya que así nos
aseguraremos de no cometer errores ortográficos al ingresar los términos en el
casillero de texto.
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2: Ingreso de la estrategia de búsqueda
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Con respecto a nuestro ejemplo los términos que conforman nuestra primera
estrategia de búsqueda son: drug therapy asthma children los cuales deberán ser
escritos en el casillero de texto separados por espacios tal como se ve en la Figura 2,
luego se debe oprimir la tecla Enter o el botón Go a la derecha del casillero de texto.
Truncación
Colocar un asterisco al final de un término a buscar, encontrara todas las
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combinaciones a partir del asterisco, por ejemplo bacter* encontrará todos
los términos que comiencen con bacter; ej., bacteria, bacterium,
bacteriophage, etc. PubMed usa las primeras 150 variantes del término
truncado. No toma las frases por ejemplo "infection*" incluye "infections,"
pero no "infection control." El truncar anula el mapeo automático de términos.
Búsqueda de frases
PubMed consulta un índice de frases y agrupa los términos en frases lógicas.
Por ejemplo, si ingresa poison ivy, PubMed la reconoce como frase y lo busca
como un solo término. Se puede forzar la búsqueda de frases mediante la
utilización de comillas. El uso de las mismas también anula el mapeo
automática de términos.
Página de resultados
• Summary (default)
• Brief
• Abstract
• Citation
• MEDLINE
• ASN.1
• XML/SGML
• LinkOut
• Related Articles
• Protein Links
• Nucleotide Links
• Popset Links
• Structure Links
• Genome Links
• OMIM Links
Cita Individual - clickee en el link que contiene el nombre del autor para mostrar el
formato de Abstract para la cita.
Todas las citas - seleccione un formato del menú desplegable “Display” y podrá ver
todas las citas en el formato seleccionado.
Citas seleccionadas - Clickee en los cuadros a la izquierda de cada cita que desea
ver y luego seleccione el formato Display en el cual desea verlas.
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Formatos de Presentación
Los formatos previamente mencionados poseen características particulares que serán
descriptas a continuación (solo los de mayor uso):
Límites
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Campos de búsqueda
Mediante la selección de alguna de las opciones que se muestran en este menú
desplegable se obliga al motor del PubMed a realizar la búsqueda del término
ingresado solamente en el campo del MEDLINE seleccionado en esta opción. Tenga
en cuenta que esta acción anula el mapeo automático de términos ya que
específicamente se le está indicando al PubMed en que campo se debe realizar la
búsqueda, de alguna manera es una función que le brinda un vía intuitiva para
realizar una búsqueda avanzada por calificadores de campo.
Tipos de publicación
Mediante este menú es posible limitar la recuperación de citas basado en el tipo de
material que el artículo representa, es decir en el tipo de publicación de la cita. En
este menú se presentan los más frecuentemente utilizado en las búsquedas. Si usted
no selecciona ninguno de los tipos de publicación el PubMed no restringe a ninguno
en particular. Tenga en cuenta que si se selecciona alguno de los tipos de
publicación, esta limitando su búsqueda a la base MEDLINE ya que tanto las citas
contenidas en el PreMEDLINE como en las enviadas por los editores aún no
cumplieron el proceso de indización y por lo tanto no tienen asignado aún el tipo de
publicación.
Las posibles opciones a seleccionar son:
• Clinical Trial
• Editorial
• Letter
• Meta-Analysis
• Practice Guideline
• Review
Edades
Los indizadores de la NLM cada vez que procesan una cita consignan si esta trata en
particular sobre algún grupo etario para estudios sobre humanos. Mediante este
menú es posible limitar la recuperación de citas a alguno de estos grupos de edades.
Nuevamente tenga en cuenta que si no selecciona ningún grupo de edad la
recuperación se realizará sin tener en cuenta esta limitación y si por el contrario si se
selecciona algún grupo etario la búsqueda se realizará solamente en el MEDLINE.
Observe que en el ejemplo que se utilizó sobre tratamiento farmacológico del asma
en niños podría haber sido limitado desde esta función para seleccionar la opción All
Child.
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Las posibles opciones a seleccionar son:
• All Infant: nacimiento-23 meses
• Newborn: nacimiento-1mes
• Adult:19-44 años
• Aged:65+ años
Fechas
El PubMed contiene citas de trabajos publicados desde 1966 y nuevas citas con
adicionadas todas las semanas. Existe la posibilidad de limitar la recuperación de
citas en base a dos fechas, el Entrez Date (fecha en la cual la cita ingreso a la base
del PubMed) y el Publication Date (fecha en la cual el artículo fue publicado en la
revista en papel). Cuando las citas son mostradas en la página de resultados, las
mismas son ordenadas con las que ingresaron recientemente al PubMed (por la fecha
del Entrez Date) en primer lugar y las más antiguas luego.
El primero de los menús desplegables es el del Entrez Date que permite limitar la
recuperación de citas desde los últimos 30 días hasta los últimos 10 años.
Inmediatamente por debajo del menú antedicho aparece un nuevo menú que
permite limitar la recuperación de los artículos según su fecha de publicación o
nuevamente por la fecha de ingreso al PubMed, pero ahora según un período de
tiempo según el formato Año/Mes/Día. En primer lugar se debe seleccionar
Publication Date o Entrez Date del menú desplegable y luego ingresar el rango de
fechas, en los casilleros a la derecha del menú, según el formato YYYY/MM/DD, cabe
señalar que tanto el mes como el día son de ingreso opcional.
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ingresadas en la base antes de 1975 no poseen resumen. Mediante la marcación del
casillero es posible activar este refinamiento en la recuperación de citas de la base.
Idiomas
En el MEDLINE se indizan artículos escritos originalmente en más de 40 lenguajes
diferentes. El menú desplegable de lenguajes contiene una lista de los más
frecuentemente solicitados a la base. Tenga en cuenta que con este refinamiento se
pide al PubMed que recupere citas publicadas originalmente en esos idiomas en las
revistas, ya que el 100% de las citas que se recuperarán de la base serán mostradas
en inglés independientemente del lenguaje original de publicación. Si no se
selecciona ningún lenguaje se recuperarán citas publicadas originalmente en
cualquiera de los lenguajes, opción por defecto.
Las posibles opciones a seleccionar son:
• English
• French
• German
• Italian
• Japanese
• Russian
• Spanish
Humano o animal
Mediante este menú de selección es posible limitar los resultados solamente a
artículos que versen sobre estudios realizados en humanos o animales seleccionando
las opciones Human o Animal respectivamente de dicho menú.
Subsets
Este menú de opciones permite limitar la recuperación de citas a determinados tipos
de agrupamientos de publicaciones.
Las posibles opciones a seleccionar son:
• AIDS
• Complementary Medicine
• Dental journal
• MEDLINE
• Nursing journals
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• In process
• Publisher
• PubMed Central
• Toxicology
Cada una de estas opciones puede ser agrupada para su mejor entendimiento
según:
AIDS: son filtros específicos sobre SIDA basados en una estrategia desarrollada por
los creadores de la base AIDSLINE de la NLM..
Toxicology: filtro sobre toxicología basado en estrategias desarrollada por los
creadores de la base TOXLINE de la NLM.
Otros filtros están siendo desarrollados y serán prontamente incorporados
Complementary Medicine: fue creado por el National Center for Complementary
and Alternative Medicine (CAM) y la NLM para la facilitar la búsqueda de artículos en
dicha area.
3. Agrupamiento de revistas:
Core clinical journals (antes mencionado como Abridged Index Medicus): subset
de 120 revistas escritas originalmente en inglés, fue diseñado para clínicos y
bibliotecarios de pequeños hospitales y clínicas. El mismo contiene las publicaciones
que son consideradas como las más importantes a tener en cuenta para su
adquisición, generalmente acotar la recuperación de citas a este subset asegura el
poder conseguir los textos completos en las bibliotecas médicas regionales.
Dental journals: subset de revistas sobre odontología. Permite acotar la búsqueda
de información en la base del PubMed a las publicaciones del Dental Index.
Nursing journals: subset de revistas sobre enfermería que acota la recuperación de
citas contenidas en el Nursing Index.
4. PubRef:
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publicación. Si se selecciona este subset la búsqueda NO está limitada solamente a
las citas del PubMed.
Sexo
También es posible seleccionar entre femenino o masculino, seleccionando entre
Female o Male en el menú con la leyenda Gender, para limitar la búsqueda a citas
con un sexo en particular para estudios sobre humanos.
Vista Previa/Indice
Esta opción de la barra de funciones permite hacer búsquedas avanzadas por medio
de operadores booleanos.
Use el Index, disponible como otra opción, para poder acceder a una lista disponible
de términos dentro de un campo específico, ej., MeSH Terms, y para seleccionar los
términos para elaborar una estrategia de búsqueda utilizando los operadores lógicos,
AND, OR, y NOT.
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6: Vista previa/Indice
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Con el botón “Preview” simplemente se puede ver cuantas citas se recuperan con
dicha estrategia sin acceder a la página de resultados directamente y continuar
refinando la estrategia si se desea.
Historial
Figura 7: Historial
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Puede combinar las búsquedas o agregar términos a la existente utilizando el signo
numeral (#) antes del número de búsqueda, ej., #2 AND . Una vez revisada la
estrategia solo clickee en Go. El número máximo disponible en History es de 100. Se
pierde luego de una hora de inactividad
Portapapeles
Una vez evaluadas las citas en la página de resultados, si alguna de ellas llegara a
interesarnos es posible guardarla en el portapapeles, con lo cual es posible seguir
realizando búsquedas o refinándolas, y recién al final de nuestro trabajo guardarlas o
imprimirlas. El número máximo de citas que se puede guardar es de 500.
Figura 8: Portapapeles
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Para guardar el set completo de resultados (todas las citas obtenidas), seleccione el
formato de display y clickee en Save. Para guardar citas específicas, clickee el
cuadro de la izquierda de cada cita y elija Save. El número máximo que se puede
guardar es 10,000 citas.
Con las opciones anteriores es posible guardar las citas en el formato de
presentación elegido pero siempre se guardarán elementos contenidos en la página
de resultados como indicadores de enlaces y otros elementos, para eliminar dichos
elementos del formato de presentación se debe oprimir el botón Text de la barra de
acciones, con lo cual se mostrará una nueva página con las citas seleccionadas (o
todas las de la página en cuestión) en formato de texto puro sin agregados
(elementos HTML o de página Web), luego de lo cual puede guardarse o imprimirse.
Imprimir
A diferencia de la antigua interface del PubMed, que poseía un botón a pie de página
para imprimir, en la nueva interface para imprimir citas se debe utilizar la opción de
impresión del navegador (generalmente en la menú Archivo de la barra de opciones
del navegador), esta opción imprimirá todas las citas que se muestran en ese
momento en la página de resultados, por lo cual es conveniente utilizar la opción de
Show de la barra de acciones para aumentar o disminuir el número de citas a
imprimir (con un máximo de 500 por página), de la misma forma se debe seleccionar
previamente el formato de presentación de las citas. Tenga en cuenta la posibilidad
de utilizar la opción de texto puro mediante el botón Text de la barra de acciones
con lo cual se eliminan todos los elementos de la página de resultados del PubMed.
Artículos relacionados
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Siguiendo el enlace ofrecido en el margen superior derecho de cada cita es posible
acceder en una nueva página a los artículos relacionados de la cita (Figura 18). En
dicha página, similar a la página de resultados, la cita índice aparece en primer lugar
y los artículos relacionados son mostrados en orden decreciente de relevancia en
cuanto al resultado de la comparación. Es posible que algunas citas no posean el
enlace mencionado, lo cual estaría significando que la misma aún no sufrió el
proceso de creación del set precalculado.
También es posible visualizar los artículos relacionados de una cita, mediante la
selección de dicha opción en el menú desplegable de los formatos de presentación.
Si usted encontró uno o más artículos que describen exactamente lo que busca,
usando esta función incrementará la especificidad de su búsqueda en relación a las
vías convencionales. Una de las limitaciones de esta forma de ver citas relacionadas
es el hecho de recuperar artículos con características similares también en cuanto al
tipo de publicación por lo cual si la cita de la que parte la relación no tenía abstract,
las que recupere tampoco lo tendrán.
MeSH Browser
Journal Browser
Esta página se utiliza para buscar las publicaciones indexadas en MEDLINE, por
título, abreviatura del título o el ISSN (International Standard Serial Number)
correspondiente.
Permite ver de una revista todo lo publicado, es una buena manera de acceder a
revistas difíciles de conseguir.
Citation Matcher
Clinical Queries
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Este es un buscador especializado que tiene incorporados "filtros metodológicos"
para búsquedas clínicas. Propone cuatro categorías: terapéutica (therapy) ,
diagnóstico (diagnosis) , etiología (etiology) y pronóstico (prognosis). Dos categorías
sobres las que hace énfasis: sensibilidad (sensitivity), este toma artículos relevantes
y no tan relevantes y especificidad (specificity), es más precisa pero con menor
cantidad de artículos. Estos filtros se basan sobre el artículo de Haynes RB,
Wilczynski N, McKibbon KA, Walker CJ, Sinclair JC Developing optimal search
strategies for detecting clinically sound studies in MEDLINE.J Am Med Inform Assoc
1994 Nov-Dec;1(6):447-58).
Cubby
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