Zona Central

 Parque Nacional La Tigra

 Parque Nacional Montaña de Yoro
 Parque Nacional Montaña de Comayagua
 Parque Nacional Cerro Azul Meámbar
 Parque Nacional Sierra de Agalta
 Reserva Biológica Misoco
 Reserva Biológica Montecillos
 Área de Uso Múltiple Lago de Yojoa
 Reserva Biológica El Chile
 Zona Norte
 Parque Nacional Pico Bonito
 Parque Nacional Punta Sal
 Parque Nacional Punta Izopo
 Refugio de Vida Silvestre Cuero y Salado
 Parque Nacional Capiro y Calentura
 Parque Nacional Cusuco
 Jardín Botánico Lancetilla
 Refugio de Vida Silvestre Laguna de Guaimoreto
 Refugio de Vida Silvestre Texiguat
 Monumento Cultural Fuerte de San Fernando de
Omoa.
 Zona Oriental
 Reserva de Biosfera de Río Plátano
 Reserva Antropológica El Carbón
 Reserva Forestal Mocorón
 Reserva Biológica Laguna de Caratasca
 Reserva Biológica Rus-Rus
 Parque Nacional Patuca
 Parque Nacional Warunta
 Reserva de Biosfera Tawahka
 Zona Occidental
 Refugio de Vida Silvestre Puca
 Reserva Biológica El Pital
 Reserva Biológica Volcán Pacayita
 Parque Nacional Celaque
 Refugio de Vida Silvestre Erapuca
 Parque Nacional Cerro Azul Copán
 Parque Nacional Trifinio-Montecristo
 Reserva Biológica Guisayote