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Cuadernos de Biologia Molecular Cuaderno
Cuadernos de Biologia Molecular Cuaderno
Tomás Koltai
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Capítulo I
BASES MOLECULARES DE LA HERENCIA
LAS ARVEJAS Y EL MONJE
CRUZA
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afortunadamente nunca aparecieron flores rosadas. El 100% era rojas y es así como
nuestro monje continuó con su labor de investigación.
Para dar un paso más, cruzó entre sí flores rojas de la primera generación filial
o descendencia híbrida y aquí nuevamente fue sorprendido por los resultados: también
podía predecirse con exactitud estadística lo que sucedería: en la segunda generación el
75% de las flores eran rojas y el 25% blancas.
¿Cuál fue la conclusión de Mendel?
Pues que la “influencia” de la flor blanca no había desaparecido en la primera
generación, puesto que de alguna manera se manifestaba en la segunda generación y en
proporción nada desdeñable: 25%.
Seguramente para establecer estas relaciones estadísticas, Mendel repitió sus
experimentos cientos o miles de veces, pero el tiempo insumido en el trabajo era un
lujo que un monje a mediados del siglo XIX podía permitirse sin mayores
inconvenientes. La televisión, los aviones y el stress no formaban aún parte del
vocabulario ni la imaginación de la época. La observación y experimentación eran
tareas entretenidas y que llenaban las horas de tedio.
Veamos ahora en forma completa los dos pasos de la experiencia.
CRUZA CRUZA
CRUZA
Flor roja 25% Flor roja 25% Flor roja 25% Flor blanca 25%
Sin embargo, el “factor débil” causante del color blanco, sobrevivía de algún
modo en algunas flores de la primera generación, porque terminaba apareciendo en el
25% de las flores de la segunda generación.
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2ª conclusión: El “factor débil” o blanco podía existir en flores totalmente rojas
de la primera generación, aunque no se manifestara en forma visible hasta la segunda
generación.
En cambio, las flores rojas que hemos denominado parentales, solo producían una
clase de gametos, o sea, gametos con factor fuerte (rojo), ya que si cruzamos entre
sí flores rojas presuntamente parentales o formas puras, solo obtendremos flores
rojas en el 100% de los casos Y si nuevamente cruzamos la primera generación
filial, obtendremos otra vez 100% de flores rojas, no importa cuantas veces
realicemos la experiencia.
Razonamiento e intuición
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Repetiremos unas palabras de Isaac Asimov: “Con la confianza en el juego
limpio de la naturaleza, el hombre necesitaba conseguir un sistema adecuado para
aprender la forma de determinar, a partir de los datos observados, las leyes
subyacentes.
Progresar desde un punto hasta otro, estableciendo líneas de argumentación, supone
utilizar la razón. Un individuo que razona, puede utilizar la intuición para guiarse en
su búsqueda de respuestas, mas para apoyar su teoría, deberá confiar al fin en una
lógica estricta”
Mendel fue un agudo observador de la naturaleza. Experimentó con ella con
paciencia infinita. Luego razonó cuidadosamente los resultados obtenidos y finalmente
transitó por ese filo de la navaja, una de cuyas caras es razonamiento y la otra intuición
y así finalmente explicó en teoría lo que había sucedido.
Mendel había fundado la genética, aunque esta palabra no existía en 1865, y él
mismo no había tomado conciencia de lo que sus hallazgos y explicaciones
significaban. La palabra genética solo se incorporó al vocabulario biológico unos
cincuenta años más tarde.
Tampoco existía en ese entonces la palabra “gen”, que aparecería recién en
1909. Es por ello que evitamos hasta aquí, utilizar términos que el mismo Mendel
desconocía. Para él, el color de las flores de la planta de arveja se determinaba a través
de un “factor” (luego se llamaría gen) que se transmitía a la descendencia.
Para que esto sucediera, el factor debía penetrar en el gameto y como la semilla
se formaba a partir de dos gametos, serían dos los factores que integraban finalmente
la semilla.
Si los dos factores que integraban la semilla eran blancos, la flor sería blanca.
Si los factores eran rojos, la flor sería roja. Pero si la semilla contenía ambos factores,
rojo y blanco, la flor sería roja porque el factor rojo era dominante sobre el blanco.
Mendel estableció así una primera generalización de sus observaciones y
razonamientos intuitivos, que actualmente denominamos “Ley de la segregación
independiente de los factores” (genes) y que consiste en que el color de las flores se
transmite mediante un factor contenido en los gametos, sin mezclarse en la semilla. El
factor contenido en un gameto, no se mezclaba con el factor contenido en el otro
gameto cuando se formaba la semilla, sino que se mantenía independiente.
Un factor (gen) podía ser dominante respecto del otro (recesivo), pero cada uno
mantenía su independencia; si no fuera así, no podría explicarse como, en la segunda
generación, el 25% de las flores fueron blancas. O sea, el factor blanco recesivo había
mantenido su independencia respecto del factor rojo o dominante.
Conclusiones
Las observaciones de Mendel probaron que dentro de las células de las plantas
(y de los animales, como se probó luego), había un mecanismo infinitamente pequeño
que regía la herencia de acuerdo a factores estadísticos precisos.
Como tantas veces sucede en las ciencias, después que el monje publicara sus
observaciones, nadie les atribuyó mayor importancia y por lo tanto, permanecieron
ignoradas durante más de cuarenta años, hasta que fueron redescubiertas por tres
científicos que trabajaron independientemente y que por otro lado desconocían la labor
de Mendel.
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Análisis de las Leyes de Mendel
ENUNCIADO:
Establece que si se cruzan dos razas puras para un determinado carácter, los
descendientes de la primera generación son todos iguales entre sí (igual fenotipo e
igual genotipo) e iguales (en fenotipo) a uno de los progenitores, independientemente
de la dirección del cruzamiento (por ejemplo macho negro por hembra gris o
viceversa).
Para enunciar la Ley de la Uniformidad (1ra Ley), cruzó dos líneas puras u
homocigotas para una característica y lo que observó es que toda la F1 o filial 1 era
uniforme fenotípicamente es decir que tenían los individuos de la F1 tenían el mismo
aspecto y además que este se parecía al de uno de los progenitores.
En este caso como cada uno de los progenitores es homocigota, solo le puede pasar a la
descendencia el único alelo o variante del gen que porta.
Imaginemos que ocurriría con una característica como el color en los gatos. La
variante “D” o alelo dominante expresa color Negro y solo los homocigotas recesivos
(dd) son de color gris
En el caso de que Mendel hubiera trabajado con genes del color en gatos, esto es lo
que habría observado:
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F1: es la Filial 1
PG: es la Proporción genotípica
PF: Proporción fenotípica.
ENUNCIADO
Ahora lo que le intrigó es que al hacer este tipo de cruzamiento es que el “Factor gris”
o variante del alelo gris, desaparecía en la Filial 1. La gran pregunta fue; ¿qué ocurrió
con el factor gris? ¿desapareció? ¿se perdió?
Fue entonces donde se planteó cruzar la Filial 1 entre sí. Es decir cruzar a los
heterocigotas entre sí.
Al realizar este segundo cruzamiento, se encontró con el hecho de que el “factor gris”
reaparecía en un 25 % de la descendencia. O sea que no se había perdido, sino que
estaba presente en la Filial 1 pero en forma oculta, y que de alguna manera volvía a
aparecer en la F2 porque los alelos de un gen se separan unos de otros en la meiosis.
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Segunda ley de Mendel
Los gatos grises vuelven a aparecer ya que el alelo gris estaba en los animales de la F1,
solo que estaba enmascarado por el alelo DOMINANTE (el negro). Así cada individuo
de la F1(Dd) lo poseía y al formar las gametas los alelos se separan o segregan unos
de otros sin sufrir modificaciones.
Solo pueden aparecer individuos grises si se unen una gameta materna con el alelo gris
y otra paterna con el mismo alelo.
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Por eso se la llamó Ley de la segregación.
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segregación-en-anafase-I
En el caso en que los alelos de los genes se separen en Anafase II, post reducción, ya
que se separan cuando ya las células tienen la mitad de los cromosomas, es cuando hay
entrecruzameintos entre el gen y el centrómero. Lo vemos en el esquema de abajo
segregacion-en-anafase-II
En este caso, Mendel no conforme con el hallazgo de la 1ra y 2da Ley se pregunta que
pasaría si hiciera los mismos cruzamientos de la 1ra y 2da, pero teniendo en cuenta 2
características al mismo tiempo, ¿daría eso los resultados esperados de combinar lo
que ocurría con cada característica por separado?
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ENUNCIADO :
Así fue, veamos con el ejemplo del color y le agregamos ahora el largo del pelo (L:
pelo corto) o alelo dominante y l (alelo recesivo)
Las proporciones que el observó tanto las genotípicas (PG) como las fenotípicas (PF)
dan el resultado esperado ya que si a cada característica la tratamos por separado y las
combinamos matemáticamente da exactamente las proporciones geno y fenotípicas de
las 3ra. Ley. A modo de ejemplo:
Los mismo ocurre con el largo del pelo: por ejemplo Ll x Ll: Daría iguales
proporciones: 1/4 LL, 1/2 Ll y 1/4ll
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xDdLl y obtener individuos dihíbridos (DdLl): 4/16 (ver en el cuadro la PG esperada
de los DdLl.
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Punnet de 3ra Ley Fotos
Durante la meiosis es decir, cuando se dividen las células de los tejidos germinales y se
forman así los ovocitos y/o espermatozoides, los genes se mezclan, tanto los que están
en cromosomas homólogos, mediante crossing over como los que están en distintos
cromosomas (la recombinación intercromosómica). Esta última es la explicación de la
3ra. Ley de Mendel o Ley de la transmisión independiente.
La 3ra ley de Mendel se cumple gracias a la co-orientación de cada uno de los pares de
homólogos en la Metafase I de la meiosis. Cada par de bivalentes (cromosoma materno
y paterno) se ubican arriba o debajo de la placa ecuatorial e independientemente de
como lo hacen los otros bivalentes.
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1ra-coorientacion-3ra-ley
Ahora existe otra posible coorientación y entre todas las células que formarán gametas,
se espera que ambas co-orientaciones puedan darse en un 50% cada una.
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2da-co-orientación-centromerica
Después de Mendel
O sea el gen (factor) mantenía su independencia uno del otro: primera ley de
Mendel o de segregación de los genes.
Cuando el monje que se convertiría en abad estudió dos características
distintas, como el color se las semillas y el color de la flor, encontró que éstas eran
también heredadas independientemente. Se podían obtener tanto flores blancas como
rojas a partir de semillas amarillas y lo mismo sucedía con las semillas verdes. A partir
de aquí es posible enunciar la segunda ley de Mendel o de herencia independiente de
los factores o genes: dos características distintas (color de la semilla y color de la flor)
se heredan en forma independiente. (Para que ésta última ley se cumpla, hay una serie
de requisitos que no analizaremos aquí).
En definitiva Mendel estableció las bases estadísticas que rigen los fenómenos
hereditarios. Sin embargo Mendel no llegó a conocer nunca las bases bioquímicas y
moleculares de la herencia.
Al mismo tiempo que Mendel en 1868 abandonaba su pasión biológica, otro
investigador, Johann Friedrich Miescher, un joven suizo se dedicaba en Alemania a
estudiar la bioquímica del núcleo celular. Sus hallazgos los encontraremos en “El
joven que juntaba pus”.
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contenido de fósforo. Esta sustancia fue denominada por él con el nombre de
“nucleina” y que posteriormente su discípulo Altmann renombró como ácido nucleico.
Entre Mendel y Mischen podrían trazarse dos líneas paralelas: Mendel describe
las reglas básicas de la herencia y sienta sus fundamentos estadísticos, pero la
importancia de su trabajo permanece ignorado por largos años.
La identificación de la nucleina de Mieschen o ácidos nucleicos de Altmann, si
bien no caen en el olvido de los científicos, no permitieron en un primer momento
relacionar la herencia con dichas sustancias.
Debieron trancurrir casi sesenta años para que en 1928 los investigadores
relacionen por primera vez el descubrimiento del joven que juntaba pus, con la
herencia.
Si bien las llamadas leyes de Mendel, como veremos más adelante no pueden
considerarse leyes, ya que no siempre se cumplen (existe todo un capítulo de la
genética que se ocupa del estudio de la herencia no mendeliana), resulta más correcto
nominarlas como reglas de Mendel de la herencia.
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gametos con el alelo dominante (A) y mitad con alelo recesivo (a). Esto sucede tanto
por el lado femenino como por el lado masculino.
(Excepción: que los loci genéticos se encuentren muy cerca uno del otro).
Herencia no mendeliana
Se denomina así aquella forma de herencia que no sigue las reglas de Mendel.
Los ejemplos a considerar son el mosaicismo, el imprinting, la herencia de los genes
mitocondriales, la herencia citoplasmática, la herencia de enfermedades asociadas a
repetición de trinucleótidos, la anticipación, la herencia epigenética, etc.,entre las más
conocidas y que serán tratadas más adelante.
Las características o propiedades que debe reunir cualquier molécula para ser el
material hereditario se deducen de la observación de las propiedades que tienen los
organismos vivos.
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FUENTES DE VARIABILIDAD GENETICA:
1) MUTACION
2) RECOMBINACION
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Para poder responder a la pregunta ¿Qué molécula es la que contiene la información de
la herencia?, fue necesario introducir en la investigación organismos con una
organización biológica más simple. Los organismos que se estaban manejando hasta el
momento en la investigación genética, eran eucarióticos, con una organización
biológica compleja, por tal motivo, se comenzaron a estudiar organismos procarióticos
(bacterias) y virus.
Si bien el período entre principios de siglo y la Segunda Guerra Mundial (1900 a 1940)
ha sido considerado la edad de oro de las investigaciones sobre genética, esto no es
exactamente así, ya que los científicos aún no habían determinado que, en el ADN y
no en las proteínas, se encontraba el material hereditario.
Como ya dijimos más arriba el ADN fue aislado por Miescher en 1869 del esperma de
salmón y de pus de heridas abiertas. Dado que la encontró solamente en los núcleos,
Miescher denominó a este compuesto nucleína. Luego su discípulo Altmann le
cambió el nombre a ácido nucleico y por último a ácido desoxirribonucleico (ADN).
Robert Feulgen, en 1914, describió un método para revelar por tinción el ADN,
basado en el colorante fucsina. Se encontró, utilizando este método, la presencia de
ADN en el núcleo de todas las células eucariotas, específicamente en los cromosomas.
Durante los años 20, el bioquímico P.A. Levene analizó los componentes del ADN.
Encontró que contenía cuatro bases nitrogenadas: citosina, timina, adenina, y guanina;
el azúcar desoxirribosa; y un grupo fosfato.
El concluyó:
Pero a pesar del conocimiento algo equivocado que se tenía sobre la estructura del
ADN, lo que en verdad se ignoraba a fines de la década de 1920 era que esta molécula
estuviera vinculada con la transmisión de los caracteres hereditarios.
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(proteínas) y está en contacto con la membrana plasmática en un punto denominado
mesosoma.
ADN de bacteria
Esquema de una bacteria Bacteria dividiéndose
reventada
Cuando se somete una bacteria a un choque osmótico es posible hacerla reventar y que
su contenido salga al exterior, en particular, su ADN.
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Experimento control: Griffith nunca había observado que los neumococos RII (no
virulentos) mutarán o cambiarán a SIII (virulentos).
Griffith observó que si inyectaba a los ratones con neumococos de tipo RII
(avirulentos) a las 24 horas seguían vivos (Figura A), mientras que si los inyectaba con
neumococos SIII (virulentos) a las 24 horas los ratones morían (Figura B). Entonces
decidió calentar los neumococos SIII (virulentos) para destruirlos y posteriormente
inyectarlos a los ratones, encontrando que los ratones seguían vivos después de 24
horas (Figura C). Por consiguiente el calor, destruía el poder infectivo de los
neumococos SIII. Por último, inyectó a los ratones una mezcla de neumococos RII
vivos (no virulentos) y de SIII (virulentos) previamente muertos por calor, encontrando
que los ratones morían a las 24 horas y extrayendo de su sangre neumococos SIII vivos
Figura D).
Figura A
Figura B
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Figura C
Figura D
Conclusiones de Griffith: puesto que los neumococos RII (avirulentos) nunca mutan
a SIII (virulentos), en el último experimento (Figura D) se demuestra la existencia de
una sustancia presente en los extractos de neumococos SIII muertos por calor que es
capaz de transformar a los neumocos RII vivos en SIII vivos, dicha sustancia fue
denominada por Griffith el Principio Transformante.
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Transformación de RII en SIII en tubo de ensayo
Con cada una de estas fracciones procedentes de SIII muertos por calor intentaron
transformar las células RII vivas en SIII. Comprobaron que ninguna de las fracciones
era capaz de transformar los neumococos RII en SIII excepto la fracción químicamente
pura que contenía ADN (ácido desoxirribonucleico).
Para asegurarse de que solamente la fracción de ADN era capaz de transformar los
neumococos RII en SIII, emplearon enzimas que degradan o digieren específicamente
el ADN. Cuando trataban la fracción de ADN con estas enzimas y después intentaban
transformar las células RII en SIII, no lo conseguían. Si trataban la fracción de ADN
con enzimas que degradan específicamente el ARN y después intentaban la
transformación, las células RII se transformaban en SIII. Si la fracción de ADN se
trataba previamente con proteasas (enzimas que degradan las proteínas) también
conseguían transformar los neumococos RII en SIII.
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detectado por Griffith debe ser el ADN. Por tanto, la molécula responsable de convertir
los neumococos no virulentos en virulentos es el ADN y, por consiguiente, en él debe
residir la información genética.
Fotografía de Oswald
Avery trbajando en su laboratorio
Los virus que infectan a las bacterias se denominan bacteriofagos o fagos. Entre los
virus que infectan a las bacterias, uno de los grupos más estudiados en genética, es la
familia de los fagos de la serie T que infectan a la bacteria del tracto intestinal
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Escherichia coli. La organización biológica de estos virus es mucho más sencilla que
la de las bacterias ya que solamente poseen dos tipos de compuestos que son el ADN y
las proteínas.
Los virus de la serie T, y en concreto el virus T4, posee una envoltura externa de
naturaleza proteica denominada cápside o cabeza de forma icosaédrica en cuyo interior
se encuentra ADN doble hélice lineal (el cromosoma del virus) altamente
empaquetado. Además tienen una cola compuesta por una médula hueca envuelta por
una vaina, una placa basal con fibras finas de la cola y fibras gruesas de anclaje.
La relación que existe entre las bacterias y los fagos que las infectan puede ser de dos
tipos: Relación de tipo lítico y relación de tipo lisogénica.
Relación Lítica: Tiene lugar cuando los fagos infectan a la bacteria, se multiplican en
su interior y la revientan o lisan liberándose nuevas partículas virales.
Relación Lisógénica: Tiene lugar cuando los fagos infectan a la bacteria y en lugar de
lisarla inmediatamente, integran su ADN en el ADN bacteriano.
La relación que existe entre los virus de la serie T y la bacteria E. coli es de tipo lítico.
CICLO LÍTICO
Las diferentes fases del ciclo, respuesta o relación de tipo Lítico son las siguientes:
Adsorción, Inyección, Multiplicación Vegetativa, Maduración y Lisis.
Adsorción: los fagos se pegan a la pared celular bacteriana mediante una reacción de
reconocimiento tipo antígeno-anticuerpo, de manera que los fagos reconocen mediante
las fibras de la cola los lipopolisacaridos de la pared bacteriana.
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Maduración: La información contenida en el ADN del fago se expresa y se producen
las proteínas necesarias para formar la cápside, cola, fibras etc. Se ensamblam las
distintas partes del virus. Al final del proceso de maduración, el ADN del virus se
introduce en el interior de las cápsides apareciendo partículas virales completas en el
interior de la bacteria.
Lisis: se produce una proteína que revienta las bacterias matándolas y liberándose
nuevas partículas virales que pueden volver a infectar a otras bacterias.
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EXPERIMENTOS CON FAGOS RADIACTIVOS HERSHEY Y
CHASE (1952).
El material que utilizaron Alfred Hershey y Marta Chase (1952) en sus estudios fue el
virus T4 que infecta a la bacteria E. coli. Dicho virus mantiene una relación de tipo
lítico con esta bacteria.
Hershey y Chase pensaron en alguna forma para marcar los virus T4 solamente en su
ADN y solamente en sus proteínas, se dieron cuenta de que el azufre (S) forma parte
solamente de las proteínas pero no del ADN, y que el Fósforo (P) forma parte
solamente del ADN pero no de las proteínas. Por tanto decidieron obtener dos
colecciones de fagos diferentes, una colección de fagos T4 marcados solamente en su
ADN con Fósforo radiactivo (P32 ) y otra colección de fagos T4 marcados solamente en
sus proteínas con Azufre radiactivo (S 35 ). Para conseguir este tipo de fagos T4 llevaron
a cabo dos experimentos, en uno de ellos infectaron bacterias de E. coli que crecían en
un medio que con tenía P32 , los virus descendientes de la infección tenían marcado su
ADN con P32 ; en el otro experimento infectaron bacterias de E. coli que crecían en un
medio con S35 , los virus descendientes de la infección tenían marcadas sus proteínas
con S35 .
Para comprobar que habían marcado correctamente los virus T4, unos solamente en el
ADN y otra colección solamente en las proteínas, aislaron parte de los virus
descendientes de las infecciones los sometieron a choque osmótico y centrifugaron en
condiciones tales que las cápsides de los virus eran más pesadas y se iban al fondo del
tubo después de la centrifugación, mientras que el ADN que había salido fuera de las
cápsides, como consecuencia del choque osmótico, se quedaba en solución al finalizar
la centrifugación. Cuando el experimento se hacia con virus marcados en su ADN con
P32 el marcaje aparecía en solución y no en el fondo del tubo, mientras que si el
experimento se realizaba con fagos marcados en sus proteínas con S35 el marcaje
aparecía en el fondo del tubo donde estaban las cápsides y no en solución.
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Fago reventado por choque osmótico Fago reventado por choque osmótico
Una vez conseguidos los virus que tenían marcado solamente su ADN con P 32 y los
fagos T4 que tenían marcadas solamente sus proteínas con S 35 , prepararon dos nuevos
experimentos.
En primer lugar, infectaron bacterias de E. coli que crecían en un medio normal con los
fagos T4 marcados en su ADN con P 32 e inmediatamente después de la infección
agitaron violentamente la mezcla en una batidora, de esta manera trataban de separar
las bacterias de los fagos. Posteriormente centrifugaban de forma que las bacterias al
ser mas grandes y pesadas se depositaban en el fondo del tubo, mientras que las
cápsides de los virus más pequeñas quedaban en solución. Después de centrifugar
observaron que el marcaje correspondiente al P32 aparecía en el fondo del tubo donde
estaban las bacterias, mientras que en la solución, donde estaban las cápsides de los
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fagos, no aparecía marcaje debido al P 32 (Figura A). Algunos de los virus
descendientes de esta infección tenían marcado su ADN con P 32 .
A pesar de que el experimento de Hershey y Chase (1952) no fue tan limpio como el
de Avery. McLeod y McCarthy (1944), ya que existía un 20% de marcaje de proteínas
que aparecía en el fondo del tubo cuando se infecta con fagos T4 marcados con S35 , la
comunidad científica si admitió en en este momento que el material hereditario era el
ADN y no las proteínas.
Este pequeño porcentaje de marcaje debido a proteínas que aparece en el fondo del
tubo, se debe a que cuando los fagos de la serie T infectan a E. coli, como parte natural
del proceso de infección, además de inyectar su ADN en el interior de la bacteria
entran proteínas virales. Para evitar este problema en los experimentos, se puede
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mediante tratamiento con detergentes destruir la pared bacteriana (conseguir un
protoplasto) y seguidamente añadir solamente ADN del virus T4 sin cápside al medio.
En estas condiciones el ADN de T4 sin cápside puede penetrar en el interior de la
bacteria y realizar un ciclo lítico completo, apareciendo fagos descendientes completos
con sus cáisdes y su ADN empaquetado en el interior, lo que significa que en el ADN
reside la información para producir todas las proteínas del virus.
Alfred Hersey recibió el Premio Nobel por sus trabajos con fagos en 1969 junto con
Max Delbrück y Salvador Luria.
El virus del mosaico del tabaco (TMV) infecta a las plantas del Tabaco produciendo
manchas necróticas en las hojas y pérdidas muy importantes en las cosechas. El TMV
tiene una cápside cilíndrica formada por 2.130 capsómeros, siendo todos los
capsoméros idénticos y estando constituidos por un polipéptido de 158 aminoácidos de
longitud. Dichos capsómeros están dispuestos helicoidalmente dejando en el centro de
la cápside un hueco donde se aloja el ARN de 6.400 ribonucleótidos de longitud y de
una sola hélice de este virus.
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tipo y el ARN de otro tipo. Cuando estos virus híbridos con cápside de un tipo (tipo 1)
y ARN de otro tipo (tipo 2) se utilizaban para infectar hojas de tabaco, los virus
descendientes de la infección mostraban siempre un tipo de cápside (tipo 2)
coincidente con el tipo de ARN (tipo 2) utilizado en la infección.
CONCLUSIONES GENERALES
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COMPOSICIÓN QUÍMICA DE LOS ÁCIDOS NUCLEICOS
Miescher, como ya relatáramos antes, en 1871 aisló del núcleo de las células de pus
una sustancia ácida rica en fósforo que llamó "nucleína". Un año más tarde, en 1872,
aisló de la cabeza de los espermas del salmón un compuesto que denominó
"protamina" y que resultó ser una sustancia ácida y otra básica. El nombre de ácido
nucleico procede del de "nucleína" propuesto por Miescher.
Cuando se realiza la hidrólisis completa de los ácidos nucleicos, se obtienen tres tipos
de componentes principales:
Las bases nitrogenadas que forman parte de los ácidos nucleicos son de dos tipos,
púricas y pirimidínicas. Las bases púricas derivadas de la purina (fusión de un anillo
pirimidínico y uno de imidazol) son la Adenina (6-aminopurina) y la Guanina (2-
amino-6-hidroxipurina). Las bases pirimidínicas (derivadas de la pirimidina) son la
Timina (2,6-dihidroxi-5-metilpirimidina o también llamada 5-metiluracilo), Citosina
(2-hidroxi-6-aminopirimidina) y Uracilo (2,6-dihidroxipirimidina). Las bases
nitrogenadas que forman normalmente parte del ADN son: Adenina (A), Guanina (G),
Citosina y Timina (T). Las bases nitrogenadas que forman parte de el ARN son:
Adenina (A), Guanina (G), Citosina (C) y Uracilo (U). Por tanto, la Timina es
específica del ADN y el Uracilo es específico del ARN.
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TIMINA= METILURACILO
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Nucleósido = Pentosa + Base nitrogenada.
Nucleótido = Pentosa + Base nitrogenada + Ácido fosfórico.
Polinucleóotido = Nucleótido + Nucleótido + Nucleótido + ....
Tanto los nucleótidos como los nucleósidos pueden contener como azúcar la D-ribosa
(ribonucleótidos y ribonucleósidos) o la pentosa 2-desoxi-D-ribosa
(desoxirribonucleótidos y desoxirribonucleósidos).
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Los nucleótidos se unen entre si para formar largas cadenas de polinuclóetidos, esta
unión entre monómeros nucleótidos se realiza mediante enlaces fosfodiéster entre los
carbonos de las posiciones 3’ de un nucleótido con la 5’ del siguiente.
Polinucleótido
A=T A+G=T+C
G=C
A+G
--------- = 1
T+C
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A + T y G + C en cambio es variable para cada especie. O sea, la relacion
AT/GC es variable para las distintas especies.
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HMC
Virus ARN A G C U
Mosaico del tabaco
29,8 25,4 18,5 26,3
(TMV)
Mosaico amarillo nabo 22,6 17,2 38,0 22,2
Poliomielitis 28,6 24,0 22,0 25,4
Encéfalo miocarditis del
27,3 23,5 23,2 25,9
ratón
Reovirus Tipo 3 28,0 22,3 22,0 27,9
Tumor de las heridas 31,1 18,6 19,1 31,3
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Por tanto, la proporción A+T/G+C es específica de cada organismo y como
veremos más adelante cuando hablemos de las propiedades físico- químicas
de los ácidos nucleicos, dicha proporción está relacionada con la densidad y la
temperatura de fusión.
Una vez demostrado que los ácidos nucleicos eran los portadores de la
información genética, se realizaron muchos esfuerzos encaminados a
determinar su estructura con exactitud. Watson y Crick (1953) fueron
los primeros investigadores en proponer una estructura para los ácidos
nucleicos y su labor investigadora se vio recompensada con el Premio
Nobel en 1962, Premio Nobel que compartieron con M. H. F. Wilkins y
que se les concedió por sus descubrimientos en relación con la
estructura molecular de los ácidos nucleícos y su significación para la
transmisión de la información en la materia viva.. Para realizar su
trabajo emplearon dos tipos de datos ya existentes.
Por un lado, utilizaron los datos obtenidos varios años antes por
Chargaff (1950), relativos a la composición de bases nitrogenadas en el
ADN de diferentes organismos.
El otro tipo de datos eran los procedentes de estudios de difracción de
rayos X sobre fibras de ADN realizados por Rosalind Franklin. Para
determinar la estructura tridimensional o disposición espacial de las
moléculas de ADN, se hace incidir un haz de rayos X sobre fibras de
ADN y se recoge la difracción de los rayos sobre una película
fotográfica. La película se impresiona en aquellos puntos donde inciden
los rayos X, produciendo al revelarse manchas. El ángulo de difracción
presentado por cada una de las manchas en la película suministra
información sobre la posición en la molécula de ADN de cada átomo o
grupo de átomos.
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Las bases son estructuras planas orientadas de forma perpendicular al
eje (Astbury, 1947). (Stack o apilamiento).
El diámetro del polinucleótido es de 20 Å y está enrollado
helicoidalmente alrededor de su eje. Cada 34 Å se produce una vuelta
completa de la hélice.
Existe más de una cadena polinucleotídica enrollada helicoidalmente
(Wilkins et el. 1953, Frankling y Gosling, 1953).
39
Cada hélice es una serie de nucleótidos unidos por enlaces fosfodiéster
en los que un grupo fosfato forma un puente entre grupos OH de dos
azúcares sucesivos (posiciones γ’ de un azúcar y 5’ del siguiente).
Las dos hélices se mantienen unidas mediante puentes o enlaces de
hidrogeno producidos entre las bases nitrogenadas de cada hélice.
Siguiendo los datos de Chargaff (1949), la Adenina de una hélice
aparea con la Timina de la hélice complementaria mediante dos
puentes de hidrógeno. Igualmente, la Guanina de una hélice aparea
con la Citosina de la complementaria mediante tres puentes de
hidrógeno.
40
Las dos hélices por razones de complementaridad de las bases
nitrogenadas son antiparalelas, teniendo secuencias de átomos
inversas. Una hélice lleva la secuencia 5’P → γ’ OH , mientras que la
hélice complementaria sigue la secuencia de átomos γ’OH → 5’P.
El diámetro de la doble hélice es de 20 Å.
Las bases nitrogenadas son estructuras planas perpendiculares al eje
de la doble hélice y están apiladas unas sobre otras a una distancia de
3,4 Å. Cada 10 bases, cada 34 Å se produce una vuelta completa de la
doble hélice (360º).
Las bases se encuentran en sus configuraciones cetónicas, cumpliendo
así las reglas de apareamiento A-T y G-C.
La secuencia de bases nitrogenadas puede ser cualquiera, no existe
ninguna restricción.
El azucar y el fósforo “miran” hacia fuera mientras que la base
nitrogenada “mira” hacia el interior.
41
La mutación a nivel molecular consistiría en un cambio en la secuencia
de bases nitrogenadas del ADN.
Al no existir ninguna restricción en la secuencia de bases nitrogenadas,
el ADN poseía la suficiente variabilidad como para ser el material
hereditario.
Además, esta estructura sugería la existencia de algún código que
permitiera pasar de la secuencia lineal de bases nitrogenadas en el
ADN a la secuencia lineal de aminoácidos en las proteínas.
42
ADN A ADN B ADN Z
43
Triple hélice: pirimidinas Triple hélice: purinas Triple Hélice
Cuartetos de Guanina
44
Palíndromos: plegamiento o apareamiento de una hélice consigo
misma. El palíndromo también es una figura gramatical que se lee igual
en los dos sentidos, por ejemplo: DABALE ARROZ A LA ZORRA EL
ABAD. Existe ADN palindrómico de hélice sencilla y de hélice doble. En
el palíndromo de doble cadena la secuencia de bases se lee igual en
dirección 5’ P→ γ’OH en ambas cadenas.
45
El ARN transferente (ARN-t) que transporta los aminoácidos y el ARN
ribosómico (ARN-r) que intervienen en el proceso de traducción, son
ácidos ribonucleicos de una sola hélice y también presentan
autoapareamiento.
Esquema ARN-ribosómico de
Esquema ARN-transferente
Tetrahymena
46
Cuanto mayor es el contenido en
(G+C) mayor es la densidad.
47
Basándose en múltiples estudios de la densidad de los ADNs de diferentes
organismos y de su composición en bases nitrogenadas, se ha establecido
una fórmula empírica que relaciona la densidad de flotación (ρ) con el
contenido en G+C expresado en moles por ciento. Está fórmula es la
siguiente: ρ = 1,660 + 0,00098(G+C).
48
Relación entre el contenido en (G+C) y Tm
ABSORBANCIA A 260 nm
49
Esquema efecto hipercrómico
Por tanto, la absorbancia a 2.600 Å se puede utilizar como una medida del
estado físico de la molécula de ADN. Las curvas de fusión tienen forma de S
observándose un aumento brusco de la absorbancia al llegar a una
temperatura determinada, la temperatura de fusión.
50
Curva de desnaturalización del ADN
51
Efecto de la proporción de GC y concentración salina sobre Tm
52
CINÉTICA DE RENATURALIZACIÓN: CURVAS CoT
53
Si imaginamos un organismo eucarionte con los tipos de secuencias indicados
en la tabla anterior, su complejidad sería la suma del número de nucleótidos
de cada tipo de secuencia (22.300) sin tener en cuenta el número de veces
que está repetida cada una de ellas.
54
Definición de Cot1/2: función inversa de la constante de velocidad (k)
El tamaño o complejidad del genoma
La cantidad de ADN repetitivo en el genoma
Secuencias
únicas
Secuencias
Secuencias medianamente
Altamente repetidas
repetidas
55
Curvas Cot en un eucarionte
Las curvas Cot de organismos eucariontes con diferentes tipos de secuencias,
poseen varios puntos de inflexión. Cada uno de ellos correspondiente a un
tipo de secuencias (únicas, moderadamente repetidas, y altamente repetidas).
Como en el caso de las curvas de fusión, también se utiliza como medida el
punto medio de la reacción de renaturalización, es decir, el Cot ½ o tiempo al
que se ha reasociado la mitad del ADN.
El Cot ½ es directamente proporcional a la complejidad del ADN del
organismo.
Cuanto más complejo el genoma, esto es cuantas más secuencias únicas
contiene, mayor sera el tiempo que le llevará encontrar sus secuencias
complementarias para unirse. Dadas concentraciones similares en solución,
demorará más a un organismo complejo aljcanzar el Cot ½ que a un
organismo de menos complejidad.
Valores de Cot ½ bajos (10 -4 a 10-1) corresponden a secuencias altamente
repetidas, valores de Cot ½ comprendidos entre 10 y 10 2 corresponden a
secuencias moderadamente repetidas y las secuencias únicas o de bajo
número de copias dan lugar a valores de Cot ½ altos (mayores de 10 3).
56
Cinética de reasociación de DNA. Curvas Cot
57
La hibridación de un RNAm trazador con DNA en una curva de
reasociación indica que la mayoría de las secuencias de RNAm
derivan de DNA no repetido, una pequeña proporción derivan de
DNA moderadamente repetido y ninguna de DNA altamente
repetido
Porcentaje reasociado
Altamente Moderadamente No
repetido repetido repetido
58
HIBRIDACIÓN DE LOS ÁCIDOS NUCLEICOS
Endonucleasas de restricción
59
Secuencia que reconoce
Endonucleasa Bacteria de la que
(5'→ 3') y lugar de corte
de restricción procede
(¯ )
Eco RI Escherichia coli 5' G¯ AATTC 3' (asimétrico)
Eco RII Escherichia coli 5' ¯ CCTGG 3' (asimétrico)
Hae III Haemophilus aegyptus 5' GG¯ CC 3' (simétrico)
5' GTPi¯ Pu AC 3'
Hin dII Haemophilus influenzae
(simétrico)
Hin dIII Haemophilus influenzae 5' A¯ AGCTT 3' (asimétrico)
Haemophilus
Hpa I 5' GTT¯ AAC 3' (simétrico)
parainfluenzae
Haemophilus
Hpa II 5' C¯ CGG 3' (asimétrico)
parainfluenzae
5' CGPu¯ PiCG 3'
Ava I Anabaena variabilis
(simétrico)
60
eucariótico. Es posible obtener preparaciones citológicas de cromosomas en
metafase mitótica o en otras fases del ciclo, desnaturalizar el ADN de los
cromosomas en la propia preparación citológica y posteriormente hibridar con
la pieza de ADN deseada marcada. Actualmente, el marcaje suele ser de tipo
fluorescente, denominándose dicha técnica Hibridación "in situ" mediante
fluorescencia (abreviadamente FISH). También, es posible marcar todo el
ADN de un genomio o juego de cromosomas completo y realizar una
Hibridación "in situ" Genómica (abreviadamente GISH) que permite averiguar
si los cromosomas de un determinado genomio están presentes. Otra
aplicación, consiste en detectar determinados cromosomas o regiones
cromosómicas concretas utilizando sondas o piezas de ADN marcadas
mediante fluorescencia y procedentes solamente del cromosoma deseado, de
esta manera, se obtiene lo que se denomina Pintura Cromosómica.
Pintura
FISH trigo (Triticum GISH: Híbrido Pintura cromosómica
cromosómica
intermedium) (Liliaceae) (humanos)
(ratón)
FISH: FLUORESCENT IN SITU HIBRIDIZATION
GISH: GENOMIC IN SITU HIBRIDIZATION
61
Un enzima que replique el ADN, normalmente la ADN Polimerasa I del
bacteriofago T4. La ADN Polimersa I del fago T4 emplea como molde
ADN de hélice sencilla y siguiendo las reglas de complementaridad de
las bases nitrogenadas va añadiendo nucleótidos a partir de un
cebador o "primer".
Un cebador o "primer" que suele ser un oligonucleótido corto de
alrededor de 20 bases de longitud necesario para que la ADN
polimerasa I comience a añadir nucleótidos por el extremo 3' OH. Este
cebador debe poseer una secuencia de bases complementaria a la del
fragmento de ADN que se desea secuenciar. Debido a que la
secuencia de nucleótidos del segmento que se quiere secuenciar es
desconocida, se emplea un "primer" con secuencia complementaria al
vector empleado para clonar el fragmento de ADN, además, este
cebador procede de una región del vector muy cercana al punto de
inserción del ADN problema cuya secuencia se conoce. El "primer"
utilizado suele marcarse radiactivamente.
Los cuatro nucleótidos trifosfato (dATP, dCTP, dGTP y dTTP). A veces
en vez de marcar radiactivamente el cebador, se marca
radiactivamente uno de los cuatro nucleótidos trifosfato en cada
reacción.
Por último, se necesitan nucleótidos didesoxi (ddATP, ddTTP, ddCTP y
ddGTP). Los nucleótidos didesoxi son nucleótidos modificados que han
perdido el grupo hidroxilo de la posición 3' de la desoxirribosa. Estos
nucleótidos pueden incorporarse a la cadena de ADN naciente, pero no
es posible que se una a ellos ningún otro nucleótido por el extremo 3'.
Por tanto, una vez incorporado un nucleótido didesoxi se termina la
síntesis de la cadena de ADN.
62
ejemplo ddATP, a una concentración baja. El nucleótido didesoxi
utilizado (ddATP en este ejemplo) competirá con su homólogo (dATP)
por incorporarse a la cadena de ADN que se está sintetizando,
produciendo la terminación de la síntesis en el momento y lugar donde
se incorpora.
Por este sistema, en cada mezcla de reacción se producen una serie
de moléculas de ADN de nueva síntesis de diferente longitud que
terminan todas en el mismo nucleótido y marcadas todas
radiactivamente por el extremo 5' (todas contienen en el extremo 5' el
cebador utilizado).
63
Esquema de las electroforesis de las reacciones de secuenciación
AUTORRADIOGRAFIA
64
La principal diferencia entre método enzimático de terminación de
cadena y el método automático de secuenciación radica, en primer
lugar en el tipo de marcaje. En el método automático en vez de
radiactividad se utiliza fluorescencia y lo habitual es realizar cuatro
mezclas de reacción, cada una con nucleótido trifosfato (dTTP)
marcado con un fluorocromo distinto. Este sistema permite automatizar
el proceso de manera que es posible leer al mismo tiempo los ADNs de
nueva síntesis producto de las cuatro mezclas de reacción.
La segunda diferencia radica en el sistema de detección de los
fragmentos de ADN. La detección del tipo de fluorescencia
correspondiente a cada reacción se lleva a cabo al mismo tiempo que
la electroforesis, de manera que los fragmentos de ADN de menor
tamaño que ya han sido detectados se dejan escapar del gel,
permitiendo este sistema aumentar el número de nucleótidos que se
pueden determinar en cada electroforesis y, por consiguiente, en cada
secuenciación.
65
En la siguiente figura se muestra un ejemplo de una secuencia obtenida por el
método automático de secuenciación. Cuando aparece la letra N significa que
no ha sido posible determinar el nucleótido existente en esa posición de la
secuencia.
TRANSPOSONES
66
hasta mucho más tarde en bacterias. Por ello fue laureada con el Premio
Nobel en 1983.
67
Los transposones tienen similitudes con los retrovirus. Los retrovirus
pueden ser considerados como transposones especializados que aprenden
a saltar de una célula eucariota a otra.
Se gún contenido
5´-----ABCD====GEN DE LA TRANSPOSASA====D´C´B´A´----3´
68
Se gún estrategia de transposición
Transposones en mamíferos
69
Re trovirus endógenos: semejantes a los re trovirus, no pue de n
infectar nuevas células y están restringidos a un genoma, pero pueden
transponerse dentro de la célula. Poseen largas secuencias repetidas en
los extremos (LTR), genes env (con información para la prote ína de la
cubierta) y genes que codifican para la trasnrciptasa inversa , como los
presentes en retrovirus.
Re trotransposones o retroposones: sólo contienen genes para la
transcriptasa inversa y pueden transponerse.
Re tropse udoge ne s: carecen de genes para la transcriptasa
inversa y por consiguiente son incapaces de transponerse de forma
independiente, aunque si pueden cambiar de posición en presencia de
otros elementos móviles que posean información para la trasncriptasa
inversa.
Pseudogenes
70
LA REPLICACIÓN
Replicación
Escherichi coli dividiéndose Metafase mitótica de Vicia faba
semiconservativa
71
MODELOS DE REPLICACIÓN PROPUESTOS: SEMICONSERVATIVO,
CONSERVATIVO Y DISPERSIVO
SEMICONSERVATIVO
CONSERVATIVO
72
DISPERSIVO
73
squema Experimentos Meselson y Stahl (1958)
74
es directamente proporcional a la cantidad de ADN que contiene una banda, de
manera que al medir la absorbancia de las dos bandas obtenidas en la segunda
generación, obtenían que ambas contenían igual cantidad de ADN (1:1). Al
extraer y centrifugar en CsCl el ADN de las bacterias que llevaban tres
generaciones creciendo en N14, obtenían dos bandas, una correspondiente al
ADN N14 y otra de densidad intermedia (N14-15) entre la del ADN N14 y el ADN N15.
La cantidad de ADN que contenía la banda correspondiente al ADN N 14 era tres
veces mayor que la encontrada en la banda de densidad intermedia (N14-15),
proporción (3:1).
75
EL ADN BACTERIANO ES CIRCULAR: EXPERIMENTO DE CAIRNS (1963)
76
Cairns (1963) interpretó que el cromosoma de E. coli era circular, que se
replicada de modo semiconservativo, que existía un punto de inicio de la
replicación, un origen, y un punto de crecimiento (PC). Sin embargo, esta
interpretación fue errónea, ya que en E. coli existe un solo punto de iniciación
de la Replicación (Ori C) pero existen dos puntos de crecimiento (PC), ya que
la replicación en E. coli, como veremos más adelante es bidireccional.
77
Autorradiografía de la 2ª generación de Replicación con TH3 J. Cairns
78
pasado previamente por un período S de síntesis de ADN. De forma que
cuando las células entran en mitosis, los cromosomas están en estado de dos
cromatidios.
79
Anafase Tardía Telofase temprana Telofase tardía Dos células
80
La explicación que dieron a estos resultados fue que el cromatidio se
comportaba como si fuera una doble hélice de ADN y que se replicaba de
forma semiconservativa. Para poder distinguir las células del meristemo
radicular de Vicia faba de la 1ª Metafase mitótica de las células de la 2ª
Metafase mitótica, trataron las raices con colchicina durante la primera división
mitótica. La colchicina inhibe la formación de las fibras del huso acromático y,
como consecuencia, se impide la anafase o separación de los cromatidos
hermanos a polos opuestos apareciendo células con doble cantidad de
cromosoma (poliploides). Por tanto, las células de la 2ª Metafase tenían doble
número de cromosomas que las células de la 1ª Metafase.
81
Existen métodos de tinción más recientes que permiten comprobar sin
necesidad de realizar un marcaje radiactivo que la replicación de los
cromatidios se ajusta al modelo semiconservativo. Las células pasan por dos
periodos de síntesis sucesivos en presencia de bromodesoxiuridina (BUdR).
Posteriormente se tiñen los cromosomas con Giemsa y con un colorante
fluorescente. La bromodesoxiuridina es un análogo de la Timina y la sustituye
durante la replicación. Los cromatidios constituidos por dos cadenas con
BUdR se tiñen de color más claro que los cromatidios que tienen una hélice
original y otra con BUdR que se tiñen de color oscuro. Este tipo de tinción
origina los que se denomina cromosomas en arlequín, y es especialmente
adecuado para distinguir intercambios entre cromátidas hermanas.
82
ALTERACIONES DEL CICLO CELULAR
83
El origen de replicación en E. coli es una secuencia de 245 pb que contiene
una secuencia de 13 pb repetida tres veces en tándem. Además esta región
contiene cuatro zonas de unión a la proteína Dna A que se encarga de
separar las hélices para comenzar la replicación.
84
Burbuja Forma θ
85
Muchos orígenes de replicación en D. Melanogaster
86
Para demostrar que la replicación es bidireccional se pueden realizar
experimentos que se denominan de pulso y caza, en los que la célula es
expuesta durante un breve periodo de tiempo en un medio con timidina
tritiada TH3 (pulso) y después se pasa a un medio con timidina no radiactiva
(fría) en exceso (caza). Posteriormente se extiende el ADN a un portaobjetos y
después se realiza una autorradiografía.
Debido al antiparalelismo de las dos hélices del ADN y a que las ADN
polimerasas solamente saben sintetizar ADN en la dirección 5'P - 3'OH, la
síntesis de una de las hebras se puede realizar de forma continua, mientras
que la otra hélice para poder sintetizarla al mismo tiempo se necesita
polimerizarla a base de ir añadiendo pequeños fragmentos (fragmentos o
piezas de Okazaki). Como una hélice se sintetiza de forma continua y la otra
lo hace de forma discontinua, se dice que la Replicación es Semidiscontinua.
87
INICIACIÓN MEDIANTE ARN CEBADOR
88
1) PRIMASA
2) HOLOENZIMA
POL III
3) ADN POL I
4) LIGASA
Por último, los dos fragmentos de Okazaki tienen que unirse, es necesario
enlazar el extremo 3'OH de un fragmento con el 5'P del siguiente fragmento.
Dicha labor de sellado y unión de los sucesivos fragmentos la realiza la
Ligasa.
CÍRCULO RODADOR
89
En el modelo del círculo rodador una endonucleasa corta una de las hélices
(hélice externa en el esquema) y el extremo 5' se fija a la membrana. El
extremo 3'OH producido por el corte lo utiliza la ADN polimerasa como
cebador para ir añadiendo nucleótidos y copiando la otra hélice (hélice interna
en el esquema). Por el otro extremo de la hélice cortada (el extremo 5')
también se va sintetizando una nueva hebra. Lo que se supone que sucede es
que la hélice interna giraría de forma continua en el sentido indicado haciendo
que cada vez saliera más cantidad de la hélice inicialmente cortada por la
endonucleasa. La hélice interna seguiría dando vueltas de forma que sería
copiada varias veces al igual que la hélice que emerge por el lado derecho,
formándose una molécula ADN doble hélice muy larga que contienen varias
copias sucesivas del ADN del fago. Estas moléculas reciben el nombre de
multímeros o concatémeros. El el caso del fago l, posteriormente una
endonucleasa denominada ter reconoce la secuencia de doce pares de bases
de los extremos cohesivos del fago y produce un corte asimétrico para liberar
copias independientes del ADN doble hélice lineal del fago.
90
Circulo
Esquema Circulo rodador
rodador
91
Circulo rodador
Las moléculas ADN doble hélice lineal tienen problemas para replicar sus
extremos, ya que las ADN polimerasas necesitan un extremo 3' OH al que ir
añadiendo nucleótidos. Uno de los extremos de cada hélice (el extremo 5') se
puede copiar sin problemas debido a que viene cebado desde atrás, sin
embargo, el extremo contrario (extremo 3') no podría replicarse ya que no
puede ser cebado desde atrás. Como consecuencia quedaría un corto
segmento al final sin copiarse y se iría acortando el ADN por ese extremo en
cada ronda de replicación.
Algunos virus resuelven este problema de una manera sencilla. Por ejemplo,
el fago l cuyo material hereditario es ADN doble hélice lineal con extremos
cohesivos, lo primero que hace cuando infecta a E. coli y va a replicar su ADN
es convertirse en ADN doble hélice circular a través de los extremos
cohesivos. De este manera, ya han desaparecido los problemas de replicación
de los extremos lineales.
92
Otros virus, como los Adenovirus resuelven el problema gracias a la existencia
de una proteína que se une al extremo 5' y que contiene un residuo de serina
unido a un nucléotido CTP que suministra el extremo 3' necesario para que la
ADN polimerasa pueda cebarse y copiar el extremo. La proteína que forma un
complejo con la ADN polimerasa tiene 80 Kd, sin embargo, la proteína que
aparece en el interior de las partículas virales maduras tiene solamente 55 Kd.
Por tanto, durante la maduración del virus debe ser procesada y pasar de 80
Kd a 55 Kd. El virus f29 también tiene proteínas unidas al extremo 5'
implicadas en la replicación y algunos virus ARN como el virus de la polio
poseen proteínas de bajo peso molecular (Vpg) con solo 22 aminoácidos
están unidas al extremo 5' .
93
Un enzima denominado Telomerasa añade estas secuencias a los extremos
cromosómicos. La Telomerasa lleva una corta secuencia de ARN (por ejemplo
AACCCC) que sirve de molde para sintetiza la secuencia repetida de los
extremos (TTGGGG). La telomerasa, es una transcriptasa inversa, ya que
tomando como molde ARN sintetiza ADN. La adición de estas secuencias
cortas que lleva a cabo la Telomerasa contrarresta la tendencia al
acortamiento de los telómeros durante la replicación normal.
94
fosfodiéster entre el extremo 3' del nucleótido (dNTP) anteriormente
incorporado y el extremo 5'P del siguiente dNTP.
Estructura
900.000
PM (dalton) 109.000 90.000
Multímero
Constitución Monómero Monómero
asimétrico
Nº Polimerasas/célula 400 Desconocido
10-20
Actividad/Función
Polimeras 5'-3' SI SI
SI
/Elongación
SI SI SI
Exonucleasa 3´-5´
/Correctora
Exonucleasa 5'-3'
SI NO NO
/Reparación
La ADN Pol III y la ADN Pol I son las enzimas que intervienen directamente en
la replicación del ADN de E. coli. La ADN Pol I tiene un papel reparador, retira
los cebadores con su actividad exonucleasa 5'- 3' y rellena el hueco con su
actividad polimerrasa 5'- 3'.
La ADN Pol III es la enzima que realiza la mayoría de la replicación del ADN,
el corazón catalítico del enzima lo constituyen las subunidades a (encargada
de la polimerización), e (realiza la función correctora de pruebas) y q
(¿ensamblaje de las subunidades?). Realmente, el complejo enzimático que
lleva a cabo la replicación es un multímero denominado Holoenzima de ADN
Pol III que posee muchas cadenas o subunidades polipeptídicas. Este
multímero es realmente un dímero asimétrico, una mitad del dímero se
encarga de sintetizar la hélice retardada y la otra mitad sintetiza la hélice
95
conductora. La subunidad t interviene en la unión del dímero, el complejo g-d
produce la unión al ADN molde y la subunidad b sujeta el enzima al ADN.
96
de pruebas que retira el último nucleótido que la polimerasa haya introducido
de forma incorrecta, dicha función, se denomina función exonucleasa 3' - 5' y
la lleva a cabo la subunidad e de la ADN Pol III.
Las ADN polimerasas eucarióticas tienen una diferencia interesante con las
ADN polimerasas de E. coli, ya que se utilizan dos polimerasas diferentes
una para sintetizar la hélice conductora y otra para producir la hélice
retardada. δa ADN polimerasa α sintetiza la hélice retardada mientras que la
ADN polimerasa sintetiza la hélice conductora. En la siguiente tabla se
resumen las polimerasas de mamíferos:
97
ENZIMA FUNCIÓN
Síntesis Hélice retardada. Síntesis del cebador: 10 bases de
ADN y 25 de ARN. También se conoce como primasa, ya
ADN Pol α que sintetiza el primer y acopla las primeras bases. Luego
cede el control a Pol y Pol . Este cambio se denomina
polimerase switching o cambio de polimerasa.
98
Replicación ADN mitocondrial
99
Adn mitocondrial
100
Retorcimientos y enrollamientos del ADN circular
101
Superenrrolamiento en ADN doble hélice circular.
EL CROMOSOMA EUCARIOTICO
102
nucleosoma
La cromatina fue inicialmente definida por Fleming (1882) como "la sustancia
que constituye los núcleos interfásicos y que muestra determinadas
propiedades de tinción". Esta definición, al igual que la inicial de cromosoma
es puramente citológica. Sin embargo, desde el punto de vista genético, tanto
la cromatina como el cromosoma son el material genético organizado.
Principales componentes
Las Histonas
Las son proteínas básicas, ricas en residuos de lisina y arginina, que muestran
un elevado conservadurismo evolutivo y que interacción con el ADN formando
una subunidad que se repite a lo largo de la cromatina denominada
Nucleosoma.
103
Los principales tipos de histonas que se han aislado en los núcleos
interfásicos en diferentes especies eucariontes son: H1, H2A, H2B, H3 y H4.
Las características más sobresalientes de estas histonas aparecen en la
siguiente tabla:
Contenido en V.
Nº moles % de
Histona Pm Lys/Arg Modificación cambio
residuos
Lys Arg evolutivo
H1 213 21.000 27,7 1,4 19,78 Fosforilación 4
Fosforilación,
H2A 129 13.900 10,9 9,3 1,17 1
acetilación
Fosforilación,
H2B 125 13.774 15,2 6,1 2,49 1
acetilación
Acetilación,
H3 135 15.273 9,6 13,3 0,72 metilación 0,1
fosforilación
Acetilación,
H4 102 11.236 10,8 13,7 0,79 metilación 0,06
fosforilación
Además de estas histonas, también existen otras que son específicas de tejido
como es la histona H5 muy rica en lisina (25 moles%) específica de eritrocitos
nucleados de vertebrados no mamíferos, y de las histonas del esperma.
104
Agrupamientos ("cluster") de genes de histonas.
El nucleosoma
105
Un nucleosoma típico está asociado a 200 pares de bases (pb) y está formado
por una médula ("core") y un ligador (o "linker"). La médula está formada por
un octámero constituido por dos subunidades de las siguientes histonas: H2A,
H2B, H3 y H4. Se trata de un dímero de las histonas (H2A, H2B, H3 y H4)2.
Los trabajos de A. Klug y colaboradores (1980) sobre la disposición de las
histonas en la médula del nucleosoma le valieron el Premio Nobel de Química
en 1982.
Alrededor de la médula se enrolla el ADN (140 pb) dando casi dos vueltas
(una vuelta y tres cuartos). El resto del ADN (60 pb) forma parte del ligador
("linker") y está interaccionando con la histona H1. La cantidad de ADN
asociado con un nucleosoma varia de una especie a otra, de 154 pb a 241 pb,
esta variación se debe fundamentalmente a la cantidad de ADN asociada al
ligador ("linker").
106
linker. Cada octámero de histonas está rodeado por 1.7 vueltas de ADN
bicatenario y corresponde a 146-147 pares de bases. El linker está
constituido por 20 a 60 pares de bases. Otra histona (H1) se extiende
sobre la molécula de ADN fuera de la parte central de l nucleosoma.
107
Las observaciones de Kornberg lo llevaron a concluir que el
nucleosoma está formado por el octámero (H2A) 2(H2B)2(H3)2(H4)2,
además de aproximadamente 200 pares de bases de ADN. Postuló que
la quinta histona, H1, estaba asociada de alguna manera en el exte rior
del nucleosoma.
Médula ("core") del Nucleosoma Formación del Solenoide (papel de la histona H1)
108
Forma de unión de H1 al nucleosoma
109
Modelos de la fibra de cromatina
b) en zigzag
110
hasta el momento. Las proteínas HMG-1 y HMG-2 se encuentran sólo en el
núcleo, están implicadas en la replicación, se unen preferentemente a ADN de
hélice sencilla, desenrollan el ADN dúplex y se estima que existe una
molécula de HMG-1 ó HMG-2 por cada 15 nucleosomas. Las proteínas HMG-
14 y HMG-17 se encuentran en el núcleo y en el citoplasma, están
relacionadas con la regulación de la transcripción y se estima que existe una
molécula de HMG14 ó HMG-17 por cada 10 nucleosomas.
111
Armazón proteico no Ulrich K.
Armazón proteico no histónico
histónico Laemmli
Los dominios de ADN parecen estar unidos al armazón proteico por unas
regiones específicas denominadas abreviadamente SARs (regiones de
112
asociación específicas) que se detectan cuando los cromosomas metafásicos
desprovistos de histonas se tratan con endonucleasas de restricción. Después
de este tratamiento quedan regiones de ADN unidas al armazón que a su vez
resisten la digestión con exonucleasas gracias a que están protegidas por una
proteína. Cuando se digiere esta proteína, las regiones de ADN protegidas
contienen secuencias que se sabe que son especificas para la unión de
topoisomerasas. Estas regiones regiones de unión especificas de los dominios
al armazón proteico son las regiones SARs.
113
La chaperona CAF1 que interactúa con el tetrámero H3-H4 requiere para su
acción que el DNA se encuentre en proceso de replicación. Por lo tanto el
ADN replicante es marcado de alguna manera para el ensamble del
nucleosoma. Este marcado se pierde gradualmente luego que la replicación
se completa.
La acción del CAF1 se produce por interacción con la proteína PCNA que
forma un anillo alrededor del ADN y es responsable de mantener allí a la DNA
polimerasa durante la replicación. Luego que la polimerasa terminó su acción,
se libera, pero el PCNA sigue allí e interactúa con el ensamblado del
tetrámero H3-H4. De esta forma, por su asociación con la maquinaria
replicativa, CAF1 es diseccionado al ensamblaje de nucleosomas en los sitios
de reciente replicación.
El valor C se defina como la cantidad de ADN por genoma haploide (un solo
juego cromosómico) en estado de un cromatidio (en fase G1). En el caso de la
especie humana con 2n=46 cromosomas, especie diploide (2n), con dos
juegos de cromosomas, uno recibido del padre y otro de la madre, cada uno
formado por 23 cromosomas, el valor C sería la cantidad de ADN
correspondiente a un juego de 23 cromosomas en estado de un solo
cromatidio (en fase G1 antes del periodo S de síntesis). Una forma mucho
más sencilla de definir el valor C, en el caso de las especies diploides, con dos
juegos cromosómicos, sería el contenido de ADN de un gameto de la especie.
Un espermatozoide humano y un óvulo humano (gametos) contienen 23
cromosomas en estado de un cromatidio, el valor C sería la cantidad de ADN
de los 23 cromatidios de un gameto humano.
114
salamandras, peces no teleósteos y muchas plantas. Existe una gran
variación en la cantidad de ADN (valor C) entre especies pertenecientes a
familias o o grupos filogenéticos distintos, y además, dentro de una misma
familia de especies también se encuentra una enorme variación en la cantidad
de ADN. Por ejemplo, la cantidad de ADN en las plantas con flores varia entre
5 x 108 y 1011 pares de bases, o por ejemplo, en los anfibios varia entre 9 x
108 y 9 x 1010 pares de bases. En la siguiente tabla se indican los valores en
pares de bases de algunas especies utilizadas en la investigación (pb).
Grupo
Especie Valor C (pb)
Taxonómico
Algas Pyrenomas salina 6,6 x 105
Mycoplasma
Mycoplasma 1,0 x 106
pneumoniae
Bacterias Escherichia coli 4,2 x 106
Saccharonyces
Levaduras 1,3 x 107
cerevisiae
Hongos D. discoideum 5,4 x 107
Nematodos Caenorhabditis elegans 8,0 x 107
Drosophila
Insectos 1,4 x 108
melanogaster
Aves Gallus domesticus 1,2 x 109
Anfibios Xenopus laevis 3,1 x 109
Mamíferos Homo sapiens 3,3 x 109
115
Variación de la cantidad de ADN (pb) en diferentes grupos de
especies
Sin embargo, si dentro de cada familia de especies (por ejemplo los anfibios)
elegimos la que tiene menor cantidad de ADN y comparamos este contenido
con el de las especies de menor valor C dentro de cada familia o grupo
filogenético (por ejemplo, aves, mamíferos, peces, etc), encontramos que la
cantidad de ADN aumenta con la complejidad evolutiva. Podría pensarse que
para pertenecer a un determinado grupo taxonómico se necesita una cantidad
mínima de ADN.
116
Especie con menor contenido en ADN de cada grupo taxonómico
Hoy sabemos que los genes en eucariontes son mucho más largos que la
secuencia necesaria para codificar una proteína (existen intrones o zonas que
no se traducen a aminoácidos). Por tanto, disminuye la cantidad de ADN de
función desconocida. Sin embargo, sigue existiendo una enorme cantidad de
ADN cuya función no estaría identificada.
Por otro lado, existen especies con una complejidad evolutiva semejante que
presentan una enorme variación en la cantidad de ADN. Recuerde el ejemplo
de los anfibios, en los que la cantidad de ADN varia entre 9 x 10 8 y 9 x 1010
pb. Es difícil creer que esta variación pueda reflejar una diferencia de 100
veces en el número de genes necesarios para especificar dos especies de
anfibios. Por consiguiente necesitamos otro tipo de explicación. Una posible
explicación es como veremos la existencia de duplicaciones, genes que están
en más de una copia en el genoma de los individuos. Esto nos lleva a
considerar la existencia de distintos tipos de secuencias en el genoma de las
especies eucarióticas.
117
EUCROMATINA Y HETEROCROMATINA
118
organismos flanqueando las regiones céntromericas, algunas veces
tambien se encuentra en regiones teloméricas, e incluso se ha
observado en algunos casos la existencia de cromosomas completos
heterocromáticos, por ejemplo, el cromosoma Y de Drosophila
melanogater. La función de la heterocromatina no es aún conocida, se
han detectado muy pocos genes activos en la heterocromatina, en
Drodophila existen mutaciones letales en genes que se localizan en
regiones heterocromáticas, por tanto, estos genes deben poseer alguna
actividad. En cualquier caso, el porcentaje de genes activos localizados
en regiones heterocromaticas es muy bajo comparado con el de genes
activos situados en la eucromatina. La principal diferencia entre la
eucromatina y la heterocromatina radica por tanto en la actividad de
estos dos tipos de cromatina.
Diferencias citológicas: A nivel estructural, en los nucleos
interfásicos, existe una mayor grado de enrollamiento o
empaquetamiento en la heterocromatina que en la eucromatina. La
forma en la que se mantiene esta diferencia aun no es conocida.
119
- Heterocromatina facultativa: cromatina que aparece más
intensamente teñida que la eucromatina, o menos intensamente teñida
que la eucromatina dependiendo del estado fisiológico o del momento
de desarrollo. El cromosoma X, en algunas especies animales, como el
saltamontes Schistocerca gregaria, aparece más intensamente teñido
que el resto de los cromosomas durante la Diplotena de la Profase I de
meiosis.
120
pueden estudiar en distintos momentos según la especie y dependiendo de
los objetivos planteados. Algunas especies tienen cromosomas que se
pueden observar con gran detalle en interfase, tal es el caso de Drosophila
melanogaster, que posee cromosomas politénicos gigantes que se observan
en las glándulas salivales de dicho insecto y el de Chironomus tentans otro
diptero.
121
Submetacéntricos, con el centrómero desplazado hacia un lado que lo divide
al cromosoma en dos brazos, uno un poco más largo que el otro; hay
cromosomas Subtelocéntricos o Acrocéntricos que tienen el centrómero
situado hacia el extremo dividiendo al cromosoma en dos brazos muy
desiguales, uno bastante largo y el otro muy corto, y por último hay
cromosomas Telocéntricos que tienen el centrómero en un extremo y, por
consiguiente poseen un solo brazo. Un cromosoma metafásico típico está
constituido por dos cromatidios hermanos idénticos (en groso, longitud y con
igual información genética), dichos cromatidios contienen un centrómero y
telómeros en el extremo. Los extremos de los cromatidios poseen una
estructura característica denominada Telómero, un cromosoma metacéntricos
presenta telómeros al final de los dos brazos (en ambos extremos), mientras
que un cromosoma telocéntrico tiene telómeros al final de su único brazo (en
un extremo), por el otro extremo se encuentra en centrómero. Existen
especies que tienen cromosomas con el centrómero difuso, situado a todo lo
largo del cromosoma, sin localizar en un solo punto concreto.
122
En el caso de la especie humana, existen cinco pares de cromosomas que
poseen regiones NOR, los pares 13, 14, 15, 21 y 22. ç
123
Número: Las células somáticas de la mayoría de las especies
eucarióticas tienen dos juegos de cromosomas, se trata de especies
diploides, con un juego de cromosomas materno y otro paterno. El
número de cromosomas se denomina número diploide y se
representa como 2n. El número de cromosomas de un juego
cromosómico y que se corresponde con el número de cromosomas de
un gameto de la especie se le denomina número haploide y se
representa como n. Todos los cromosomas de las células somáticas
aparecen por parejas de cromosomas homólogos (uno procedente del
padre y otro de la madre) existiendo por tanto n parejas de homólogos.
Los dos cromosomas homólogos tienen información para los mismos
tipos de genes, aunque no poseen idéntica secuencia de bases
nitrogenadas, ya que en un posición determinada o locus puede
encontrase la información que determina el color azul de ojos mientras
que en el homólogo puede existir información para el color marrón. Sin
embargo, los dos cromatidios hermanos de un mismo cromosoma
poseen exactamente la misma información genética (la misma
secuencia de bases nitrogenadas). El número de cromosomas 2n varía
mucho de unas especies a otras y no existe relación entre el número de
cromosomas, existen especies vegetales con pocos cromosomas como
Haplopappus gracilis (2n=4), Crepis capillaris (2n=6) y Secale cereale
(2n=14) , especies vegetales con bastantes cromosomas como Triticum
aestivum (2n=42) y especies vegetales con muchos cromosomas como
Ophioglossum petiolatum (n >500). En animales sucede algo
semejante, hay especies con pocos cromosomas como la hormiga
australiana Myrmecia pilosula cuyos machos tienen un cromosoma
(2N01) y las hembras dos cromosomas (2n=2), especies con bastantes
cromosomas como la humana Homo sapiens (2n=46) y especies con
muchos cromosomas como el lepidoptero Lysandra atlantica (2n=434-
466). No existe ninguna relación entre el número de cromosomas 2n y
la complejidad evolutiva, ni entre el número de cromosomas y la
cantidad de ADN. Un ejemplo claro de esta situación es el de los
ciervos del género Muntiacus en el que hay especies muy similares
(denominadas especies gemelas) una con 2n=6 (M. muntjak) y otra con
2n=46 (M. reevesi).
124
Muntiacus reevesi Caritotipo 2n=46
125
melanogaster
Boca de dragón, Anthirrinum
Mosquito, Culex pipiens 6 16
majus
Levadura, Saccharomyces
Cucaracha, Blatta germanica 23, 24 18
cerevisiae
Cangrejo ermitaño, Eupagurus Alga verde, Acetabularia
254 20
ochotensis mediterranea
Tabla tomada del libro de Genética Moderna (F. J. Ayala y J. A. Kiger). Ed.
Omega. 1984.
EL CARIOTIPO
126
Metafase mitótica de un varón sinMetafase mitótica de un varón con
bandear bandas G
127
cromosomas. Las técnicas de bandeo más frecuentes suelen ser las bandas
G (Giemsa) bandas C, Bandas R, Bandas Q, etc. El desarrollo de estas
técnicas ha permitido identificar cromosomas que no era posible distinguir con
los métodos convencionales de tinción (no producen bandas transversales).
Inclusive permiten distinguir anomalías cromosómicas, como translocaiones
(intercambios de segmentos entre cromosomas), deleciones (pérdidas de
segmentos, etc). También es posible utilizar técnicas de hibridación "in situ"
mediante fluorescencia (FISH) para identificar cromosomas.
128
replicación de los extremos cromosómicos mediante la actuación de encimas
específicas como las telomerasas. Los telómeros poseen extremos 3'
monocatenarios (de una sola hélice) constituidos por una secuencia corta rica
en Guanina que está repetida en tándem cientos de veces. En la siguiente
tabla se indican algunas secuencias teloméricas encontradas en humanos,
protozoos, algas y vegetales:
Centrómero: Zona por la que el cromosoma interacciona con las fibras del
huso acromático en las anafases mitóticas y meióticas y que es responsable
de los movimientos cromosómicos que tienen lugar durante estas fases. Las
estructuras centroméricas que interaccionan con las fibras del huso se
denominan cinetocoros. En la estructura del centrómero también intervienen
proteínas centróméricas. Es la constricción primaria y aparece menos teñida
que el resto del cromosoma. Los análisis llevados a cabo en Saccharomyces
cerevisiae (levadura) han permitido aislar el ADN centromérico (ADN CEN) de
todos sus cromosomas, habiéndose encontrado que en todos los centrómeros
estudiados existen tres regiones muy conservadas, en la siguiente tabla se
indican dichas regiones:
Región I (8
Región II (76-86 pb) Región III (25 pb)
pb)
rica en pares AT (87- TGTTT(T/A)TGNTTTCCGAAANNNAAAA
PuTCACPuTG
95%) Palíndromo
129
El centrómero tiene un comportamiento diferentes durante la Anafase mitótica
y la Anafase-I de la meiosis, de manera que durante la Anafase mitótica los
cromatidios hermanos se separan a polos opuestos (Segregación Anfitélica)
mientras que en la Anafase-I de la meiosis lo que se separa a polos opuestos
son los cromosomas homólogos completos, cada uno constituido por dos
cromatidios (Segregación Sintélica).
130
Tipos de secuencias de los organismos eucarióticos
131
cadenas de globina, pueden diferir algo en su secuencia y también en
su función.
- ADN-r: los genes que llevan información para el ARN-r , que se encuentran
localizados en una zona concreta de los cromosomas que es el Organizador
nucleolar (NOR). Esta zona aparece menos teñida que el resto del
cromosoma (heteropicnosis negativa). En D. melanogaster existen unas 130
copias de estos genes, en Xenopus laevis alrededor de 400 a 500 copias por
genoma haploide. En algunos organismos como Neurospora crassa se
encuentran dispersos por el genoma en vez de en tándem.
- ADN-5S: los genes que codifican para el ARN-5S que forma parte de la
subunidad grande de los ribosomas. En D. melanogaster existen 200 copias,
en Xenopus laevis 25.000 y en la especie humana 2.000.
132
- ADN-a: genes para anticuerpos o inmunoglobulinas. La región variable de
los anticuerpos o inmunoglobulinas (500 secuencias no idénticas entre si).
133
ADN satélite de ratón localizado en regiones
centroméricas
134
VNTRs: Secuencias repetidas en tándem en número variable
135
ADN espaciador: la función de este tipo de secuencias no es
conocida, posiblemente sea simplemente separar a los genes. Se
encuentran por ejemplo entre los genes de histonas y son en este caso
secuencias ricas en pares A-T.
136
uno para la hélice H (pesada) y otro para la hélice L (ligera). La síntesis de
ambas hélices no se lleva a cabo al mismo tiempo, primero comienza
replicándose de forma unidireccional la hélice H y más adelante y con un
origen de replicación distinto se inicia la replica unidireccional de la hélice L en
sentido opuesto al de la hélice H. La replicación del ADNmt sigue lo que se
denomina mecanismo de replicación de lazo D o lazo de desplazamiento.
Cloroplasto
137
drásticamente el tamaño del genoma de los orgánulos citoplasmas en un
período relativamente breve a partir de su origen endosimbionte.
138
En las siguientes figuras se muestran el ciclo de vida de D. melanogaster y las
estructuras adultas que se originan a partir de los diferentes "discos
imaginales" de la larva.
139
Ephrussi y Beadle
G. Beadle
140
receptora vermilion no pueden suministrar al "disco imaginal" de ojo de
cinnabar una sustancia posterior a su punto de bloqueo, de forma que no
puede proseguir en la ruta y el ojo extra es cinnabar.
vermilion cinnabar
Precursor → → → Pigmento
Sust. Sust.
Interm. I Interm. II marrón
141
aminoácidos de difiere solamente en 10 residuos con la cadena .
Constituye el 2,5% de la hemoglobina adulta y se encuentra junto con
la hemoglobina HbA.
Hemoglobina fetal (HbF): α2 2 formada por dos cadenas de tipo α y dos
cadenas de tipo (146 aminoácidos). δa cadena difiere en γ9
aminoácidos con la cadena y en 41 aminoácidos con la cadena .
Constituye entre el 70 y el 80% de la hemoglobina total del recién
nacido y desaparece entre los 6 y 12 meses de vida extrauterina.
Hemoglobinas embriónicas (HbE): pueden tener cuatro cadenas ( 4),
dos cadenas α y dos (α2 2) o bien dos cadenas y dos ( 2 2). Se
encuentran en el desarrollo embrionario, aunque ocasionalmente
pueden aparecer en el período fetal.
142
Glóbulo rojoGlóbulos rojos Niño con
Úlcera en el pie de una
falciforme (forma denormales y esplenomega
persona afectada
hoz) falciformes lia
Neel (1949) y Beet (1949) demostraron que la anemia falciforme tenía una
herencia de tipo autosómico recesivo, de manera que los individuos enfermos
eran homocigóticos recesivos y los individuos sanos que presentaban glóbulos
rojos falciformes y normales eran heterocigóticos.
143
sanos homocigóticos (HbAHbA), sanos heterocigóticos (HbAHbS) y enfermos
homocigóticos (HbSHbS).
Los enfermos
poseen
hemoglobina S,
los sanos
homocigóticos
tienen
hemoglobina A, y
los sanos
heterocigóticos
tienen
hemoglobinas A
y S.
Lynus Pauling Separación de las hemoglobinas mediante electroforesis
144
Por último, en 1956 Ingram demostró mediante técnicas de secuenciación de
proteínas, que la diferencia entre la hemoglobina normal (HbA) y la
hemoglobina falciforme (HbS) se debía solamente al un aminoácido situado en
la posición sexta de la cadena de las hemoglobinas, dicho aminoácido es
ácido glutámico en la HbA mientras que en la HbS es valina. Por consiguiente,
se trata de un cambio de un aminoácido ácido por un aminoácido neutro, lo
que provoca un cambio en la estructura primaria de la cadena y en la carga
eléctrica neta de la hemoglobina. Este cambio es el responsable de la
diferente migración electroforética observada entre las hemoglobinas A y S.
Por consiguiente, Ingram (1956) demostró que una alteración en un gen con
herencia autosómica recesiva en la especie humana, producía una alteración
en la secuencia de aminoácidos de una proteína (hemoglobina), de forma que
la relación entre los genes y las enzimas era de tipo informacional, un gen
llevaba información o codificaba para una enzima.
145
Los mapas genéticos permiten ordenar las mutaciones en el ADN y averiguar
la distancia genética a la que se encuentran dos mutaciones. La distancia
genética no es una distancia física en pares de bases, pero está íntimamente
relacionada con la distancia física. La distancia genética se basa en la
frecuencia con la que aparecen recombinantes (individuos con nuevas
combinaciones) entre los descendientes de un cruzamiento, de manera que
cuanto más alejadas están entre sí dos mutaciones en el ADN mayor es la
frecuencia de entrecruzamiento entre ellas y mayor la frecuencia de
descendientes recombinantes (con ambas mutaciones o sin ninguna de ellas).
Cuanto mas cerca están dos mutaciones en el ADN menor es la probabilidad
de entrecruzamiento entre ambas y menor es la frecuencia de descendientes
recombinantes. De esta forma es posible construir un mapa de las mutaciones
en el ADN y compararlo con un mapa de los aminoácidos alterados en la
proteína correspondiente. Dado que las técnicas de secuenciación de
proteínas si estaban disponibles en la esa época, era posible averiguar el
aminoácido alterado por cada mutación.
146
EXPERIMENTO DE YANOSFKY Y COL. (1964)
147
es también muy pequeña (A446 cambia tyr por cys y A487 cambia leu por
arg).
148
¿Existe algún código o clave que permite pasar de la secuencia de
nucleótidos en el ADN a la secuencia de aminoácidos en las proteínas?
¿Cómo se convierte la información contenida en la secuencia de ADN
en una estructura química de proteína?
CÓDIGO GENÉTICO:
CARACTERÍSTICAS Y
DESCIFRAMIENTO
Una vez que Crick (1958) propuso la Hipótesis de la Secuencia ("existe una
relación entre la ordenación lineal de nucleótidos en el ADN y la ordenación
lineal de aminoácidos en los polipéptidos"), la comunidad científica la admitió y
se plantearon dos preguntas:
149
Francis Crick Sydney Brenner
150
(1962) induciendo sustituciones de bases por desaminación con nitritos,
realizó sustituciones de C por U y de A por G en el ARN del virus del mosaico
del tabaco (TMV), demostrando que la serina y la isoleucina estaban
determinadas por más de un triplete.
Los ARN-t suelen presentar bases nitrogenadas poco frecuentes como son la
pseudouridina (ψ), metilguanosina (mG), dimetilguanosina (m 2G), metilinosina
(mI) y dihidrouridina (DHU, UH2).
151
ARN-t híbrido para sintetizar proteínas se pudo comprobar que en el lugar en
el que debía aparecer cisteina en la secuencia del polipéptido aparecía
alanina. Por tanto, el que llevaba a cabo el reconocimiento del codón del ARN-
m era el anticodón del ARN-t y no el aminoácido.
152
En la siguiente tabla se indican tres ARN-t de serina que pueden leer cada
uno de ellos dos codones diferentes en el ARN-m. Estos tres ARN-t se
denominan isoaceptores porque se unen (aceptan) al mismo aminoácido pero
están codificados por genes distintos.
153
LA LECTURA DEL CÓDIGO GENÉTICO ES "SIN COMAS"
154
Marshall W. Har Gobind
Severo Ochoa
Nirenberg Khorana
UTILIZACIÓN DE HOMOPOLÍMEROS
155
fenilalanina (phe). También comprobaron que el ARN síntético Poli C (Poli -
citidílico: CCCCCCCCCC....) daba lugar a un polipéptido que contenía
solamente prolina (Poli-prolina: pro-pro-pro-pro-pro-...), por tanto, el codón
CCC significaba prolina (pro).
Triplete Aminoácido
CCC prolina
UUU fenilalanina
AAA lisina
USO DE COPOLÍMEROS
156
cisteína y valina. También se deducía que 1U y 2G (UGG, GUG y GGU)
codificaban para triptófano y glicina. Sin emabrgo, no era posible asignar un
triplete concreto para cisteína y valina, o para triptófano y glicina. Parece raro,
que en estos experimentos no detectaran el aminoácido leucina (leu) que esta
codificado por el triplete UUG, tampoco dedujeron que el aminoácido valina
estaba codificado por 1U y 2 G (GUG). Uno e los problemas, de estos
experimentos radica en asignar el valor 100 al aminoácido más frecuente y
comparar las proporciones de aminoácidos obtenidas de esta manera con las
de los distintos tripletes del mensajero, ya que el aminoácido más frecuente
puede estar codificado por más de un triplete. Oto inconveniente es que los
mensajeros sintéticos producidos no presenten la frecuencia de codones
esperada por azar.
Polipéptido
ARN sintético Codones Aminoáciods
sintetizado
Poli- AC treonina e
ACA y CAC thr-his-thr-his-thr-his
(ACACACAC..) histidina
Poli-AG arg-glu-glu-arg-glu- arginina y
AGA y GAG
(AGAGAGAG..) arg glutámico
Poli-UG cys-val-cys-val-cys-
UGU y GUG cisteína y valina
(UGUGUGUG..) val-
Poli-UC ser-leu-ser-leu-ser-
UCU y CUC serina y leucina
(UCUCUCUC..) leu-
157
lys-lys-...), Poli-arginina (arg-arg-arg-arg-..) y Poli-glutamato (glu-glu-glu-glu-..).
Estos resultados además de confirmar que el código genético se compone de
grupos de tres bases o codones, indican que en los sistemas acelulares de
traducción, la iniciación de la traducción del mensajero puede realizarse por
cualquier ribonucleótido. Si comienza por la primea A, se repite AAG-AAG-
AAG-.., si la tradución comienza por la segunda A, se repite AGA-AGA-AGA-
AGA-..., y si la traducción comienza por la G, se repite el triplete GAA-GAA-
GAA-GAA-GAA-....
El punto de iniciación de la
lectura de los mensajeros
sintéticos en su sistema
acelular de traducción "in
vitro", en ausencia de triplete
de iniciación (AUG), puede ser
cualquier ribonucleótido.
En el ejemplo de la figura,
dependiendo del punto de
iniciación aparece un
polipéptido distinto, cuando
comienza por la primera A se
sintetiza Poli-lys, en la segunda
A se produce Poli-arg y en
cuando se inicia en la G
aparece Poli-glu.
158
En todos los casos, en lugar de analizar los polipéptidos sintetizados, se
analiza la especificidad con que el ARN transferente (ARN-t) con o sin su
aminoácido correspondiente se incorpora al ribosoma. Dicha especificidad
viene determinada por la secuencia de ribonucleótidos del ARN-m sintético
empleado.
Con este sistema fue posible descifrar todos los tripletes que aún no habían
sido descifrados.
SEGUNDA BASE
U C A G
UUU Phe UCU Ser UAU Tyr UGU Cys U
P UUC Phe UCC Ser UAC Tyr UGC Cys C T
U
R UUA Leu UCA Ser UAA FIN UGA FIN A E
UUG Leu UCG Ser UAG FIN UGG Trp G
I CUU Leu CCU Pro CUA His CGU Arg U R
CUC Leu CCC Pro CAC His CGC Arg C
M C C
CUA Leu CCA Pro CAA Gln CGA Arg A
CUG Leu CCG Pro CAG Gln CGG Arg G
159
E AUU Ile ACU Thr AAU Asn AGU Ser U E
AUC Ile ACC Thr AAC Asn AGC Ser C
R A R
AUA Ile ACA Thr AAA Lys AGA Arg A
A AUG Met ACG Thr AAG Lys AGG Arg G A
GUU Val GCU Ala GAU Asp GGU Gly U
GUC Val GCC Ala GAC Asp GGC Gy C
GUA Val GCA Ala GAA Glu GGA Gly A
B B
G
A A
GUG Val GCG Ala GAG Glu GGG Gly G
S S
E E
160
bovino
Humano,
AUA Ile Met (iniciación)
bovino
Ratón AUU, AUC, AUA Ile Met (iniciación)
EL GEN y EL GENOMA
Simplified overview of gene structure and expression. A protein-coding gene is defined by the extent of the
primary transcript. The promoter and any other regulatory elements are outside the gene. The gene itself is
161
divided into three types of sequence. The coding region (light blue) is the information used to define the
sequence of amino acids in the protein. The untranslated regions (dark blue) are found in the mRNA but are
not used to define the protein sequence; they are often regulatory in nature. Finally introns (white) are
found in primary transcript but spliced out of the mRNA. They may interrupt the coding and untranslated
regions.
162
163
GENOMA
1) Conjunto de ADN de una célula (clase)
superpuestos.
estructura discreta.
ADN MITOCONDRIAL
164
Circular
37 genes
Hasta 10 copias por mitocondria
17.000 pb
Herencia materna
Segregación mitótica
GEN PROCARIOTA
GEN EUCARIOTA
165
Genoma humano
166
ADN. Por su parte, del total de ADN relacionado con genes se estima
que el 95% corresponde a ADN no codificante: pseudogenes,
fragmentos de genes, intrones o secuencias UTR, entre otros.
Cromosomas
167
El cariotipo humano normal contiene un total de 23 pares de
cromosomas distintos: 22 pares de autosomas más 1 par de
cromosomas sexuales que determinan el sexo del individuo. Los
cromosomas 1-22 fueron numerados en orden decreciente de tamaño
en base al cariotipo. Sin embargo, posteriormente pudo comprobarse
que el cromosoma 22 es en realidad mayor que el 21.
168
óvulos y espermatozoides- poseen una dotación haploide de 23
cromosomas.
ADN intragénico
Genes
169
estabilidad del ARNm, exones (codificantes) e intrones, que son
secuencias de ADN no traducidas situadas entre dos exones que se rán
eliminadas en el procesamiento del ARNm (ayuste).
170
Con base en los resultados iniciales arrojados por el proyecto
ENCODE[5] (acrónimo de ENCyclopedia Of DNA Elements), algunos
autores han propuesto redefinir el concepto actual de gen. Las
observaciones más recientes hacen difícilmente sostenible la visión
tradicional de un gen, como una secuencia formada por las regiones
UTRs, los exones y los intrones. Estudios detallados han hallado un
número de secuencias de inicio de transcripción por gen muy supe rior
a las estimaciones iniciales, y algunas de estas secuencias se sitúan e n
regiones muy alejadas de la traducida, por lo que los UTR 5' pueden
abarcar secuencias largas dificultando la delimitación del gen. Por otro
lado, un mismo transcripto puede dar lugar a ARN maduros totalmente
diferentes (ausencia total de solapamiento), debido a una gran
utilización del splicing alternativo. De este modo, un mismo transcripto
primario puede dar lugar a proteínas de secuencia y funcionalidad muy
dispar. En consecuencia, algunos autores han propuesto una nueva
definición de gen,:[6] [7] la unión de secuencias genómicas que codifican
un conjunto coherente de p roductos f uncionales, p otencialmente
solapantes. De este modo, se identifican como genes, los ge ne s ARN y
los conjuntos de secuencias traducidas parcialmente solapantes (se
excluyen, así, las secuencias UTR y los intrones, que pasan a ser
considerados como "regiones asociadas a genes", junto con los
promotores). De acuerdo con esta definición, un mismo transcri pto
primario que da lugar a dos transcriptos secundarios (y dos proteínas)
no solapantes debe considerarse en realidad dos ge nes diferentes,
independientemente de que estos presenten un solapamiento total o
parcial de sus transcriptos primarios.
Las nuevas evidencias aportadas por ENCODE, según las cuales las
regiones UTR no son fácilmente delimitables y se extienden largas
distancias, obligarían a reidentificar nuevamente los genes que en
realidad componen el genoma humano. De acuerdo con la definición
tradicional (actualmente vigente), sería necesario identificar como un
mismo gen a todos aquellos que muestren un solapamiento parcial
(incluyendo las regiones UTR y los intrones), con lo que a la luz de las
nuevas observaciones, los genes incluirían múltiples proteínas de
secuencia y funcionalidad muy diversa. Colateralmente se reduciría el
número de genes que componen el genoma humano. La definición
171
propuesta, en cambio, se fundamenta en el producto funcional del gen,
por lo que se mantiene una relación más coherente entre un ge n y una
función biológica. Como consecuencia, con la adopción de esta nueva
definición, el número de genes del genoma humano aumentará
significativamente.
Genes de ARN
Distribución de genes
172
Isocoros. Frecuencia y riqueza en G+C y genes, en el genoma humano.
Secuencias reguladoras
173
ambiente celular, está codificada en la secuencia de ADN al igual que lo
están los genes.
Elementos ultraconservados
174
Pseudogenes
ADN intergénico
175
síntesis te microARN (reguladores de la expresión génica y del
silenciamiento génico).
176
ADN repetido en tándem
Satélites
177
6. Satélite gamma: secuencia básica de 220 nucleótidos. Próximo al
centrómero de los cromosomas 8 y X.
Minisatélites
Microsatélites
178
Están compuestos por secuencias básicas de 2-4 nucleótidos, cuya
repetición en tándem origina frecuentemente secuencias de me nos de
150 nucleótidos. Algunos ejemplos importantes son el dinucleótido CA
y el trinucleótido CAG.
179
LTR/HERV 8,1% 1,5% 0% 4,8%
SINE
LINE
180
Esquema simplificado del mecanismo de retrotransposición de un
elemento LINE y un SINE. Un elemento LINE es transcrito produciendo
un ARNm que sale del núcleo celular. En el citoplasma se traduce en
sus dos marcos de lectura abiertos generando ambas proteínas (véase
el texto), que para simplificar se han representado como ORF1p y
ORF2p. Ambas permiten retrotranscribir el ARNm del LINE y de otros
retrotransposones no autónomos, como SINEs y pseudogenes
procesados. Durante la retrotranscripción la nueva secuencia de ADN
se integra en otro punto del genoma.
181
sólo 90 de las cuales son activas, [10] estando el resto inhibidas por
metilación de su promotor.
Su riqueza en G+C es del 42%, [10] próxima a la media del genoma (41%)
y se localizan preferentemente en las bandas G de los cromosomas.
Poseen además un promotor de la ARN polimerasa II.
HERV
182
retrovirus integrados en el genoma humano a lo largo de la evolución
de los vertebrados, vestigios de antiguas infecciones retrovirales que
afectaron a células de la línea germinal. Algunas estimaciones
establecen que hay unas 98.000 [12] secuencias HERV, mientras que
otras afirman que son más de 400.000. [10] En cualquier caso, se ace pta
que en torno al 5-8% del genoma humano está constituido por
genomas antiguamente virales. El tamaño de un genoma retroviral
completo es de en torno a 6-11 kb, pero la mayoría de los HERV son
copias incompletas.
Transposones de ADN
183
enlaces fosfodiéster, recuperando la continuidad de la secuencia de
ADN. Esto conlleva una duplicación de la secuencia diana en torno al
transposón, en su nueva localización.
Variabilidad
SNPs
184
presentar sólo dos alelos en la población. Se estima que la frecuencia
de SNPs en el genoma humano es de un SNP cada 500-100 pares de
bases,[10] de los que una parte relevante son polimorfismos
codificantes, que causan la sustitución de un aminoácido por otro en
una proteína.
Variación estructural
185
Enfermedades genéticas
Mutaciones
186
lectura (frameshift), de modo que la secuencia de nucleótidos del
ARNm se lee de manera incorrecta.
Alteraciones cromosómicas
Numéricas
Frecuencias de aneuploidías por cada 1000 nacidos vivos .[10]
Frecuencia
Aneuploidía Síndrome
(/1000)
187
siendo cada dotación cromosómica de un progenitor (diploidía). Si la
alteración afecta a un sólo par de cromosomas se habla de aneuploidía,
de manera que puede haber un sólo cromosoma (monosomía) o más de
dos (trisomía, tetrasomía...). Un ejemplo de gran prevalencia es la
trisomía 21, responsable del Síndrome de Down. Si por el contrario la
alteración afecta a todos los cromosomas se habla de euploidías, de
manera que en teoría el individuo tiene una sola dotación cromosómica
(haploidía, 23 cromosomas en total) o más de dos dotaciones
(triploidía: 69 cromosomas; tetraploidía: 92 cromosomas...). En la
práctica las euploidías causan letalidad embronaria (abortos) siendo
muy pocos los nacidos vivos, y fallecen muy tempranamente. Las
aneuploidías son mayoritariamente letales, salvo las trisomías de los
cromosomas 13, 18, 21, X e Y (XXY, XYY), y la monosomía del
cromosoma X. En la tabla se muestran las frecuencias de nacidos vivos
con estas alteraciones.
Estructurales
188
translocación Robertsoniana, en la que dos cromosomas
acrocéntricos (13, 14, 15, 21, 22) se fusionan por sus
centrómeros (fusión céntrica).
Evolución
189
Genómica comparada entre distintas especies
Genoma mitocondrial
190
están codificadas por el genoma nuclear (al que hacen referencia todos
los apartados anteriores), de modo que muchos de estos genes fue ron
transferidos de la mitocondria al núcleo celular durante la coe volución
de la célula eucariota. En la mayoría de mamíferos, sólo la hembra
transmite al zigoto sus mitocondrias, por lo que presentan, como ya se
ha dicho, un patrón hereditario matrilineal. En general una célula
humana media contiene 100-10.000 copias del genoma mitocondrial
por cada célula, a razón de unas 2-10 moléculas de ADN por
mitocondria.
191
2 genes ARNr, que codifican las dos subunidades del ARN
ribosómico de la matriz mitocondrial.
22 genes ARNt, que codifican los 22 ARN transferentes
necesarios para la síntesis proteica en la matriz mitocondrial.
192
UTR
Generalidades
193
genes. Se han identificado 2772 secuencias cortas de nucleótidos en 3´
UTR, donde se unen los elementos reguladores del RNAm.
El RNAm esta regulado por tres procesos que se llevan a cabo a través
de las regiones 3´ UTR, gracias a la unión en ellas de factores
reguladores y a la estructura que pueden formar. :
+ Transporte / localización
+ Degradación / estabilidad
+ Traducción.
1.- La localización en la célula del RNAm se produce por una señal que
se produce gracias a la unión de ciertos factores a secuencias
específicas que se encuentran dentro de las regiones 3´ UTR del RNAm
(estudios realizados con zinc). Se ha comprobado mediante la
realización de estudios de delección y mutagénesis que la región e ntre
los nucleótidos 45 y 86 es la región específica dentro de las regiones
3´ UTR para la localización del RNAm, sin la cual no se puede localizar
el RNAm en la célula.
En las regiones 3´ UTR se unen dos tipos de elementos dando así dos
tipos de regulación del RNAm: elementos cis y factores trans (Figura1),
implicados en el cáncer (dan células tumorales, ya que regulan RNAm
que codifican para componentes del ciclo celular). En células normale s
sin alterar, los RNAm en sus regiones 3´ UTR no presentan unión
194
alguna de estos factores trans, mientras que en las células que si se
encuentran alteradas se unen multitud de esos factores que alteran la
estabilidad del RNAm y la eficiencia de su traducción.
Importancia en el cáncer
195
Ejemplo: un gen que se ve afectado por una alteración en 3´ UTR e s la
ciclina D1 que actúa como regulador de CDK4 y CDK6, requeridas para
el paso en el ciclo celular de G1 a S. La alteración causa que el RNAm
sea más estable y se traduzca siempre contribuyendo al desarrollo de l
tumor.
196
197
Interacción con nutrientes
198
seleniocisteinas las regiones 3´ UTR del RNAm tienen que formar una
estructura en lazo específica llamada SECIS (Selenocystein Insertion
Sequence Element).
Para que cualquier nutriente, como el selenio por ejemplo, tenga una
interacción con un gen especifico debe existir una regulación del RNA
correspondiente en la que se ven involucradas las regiones 5´ y 3´
UTR.
199