same ara ‘lec rd sett baos of dain oa changing onvrnent hn mcoognens|Secadhge he Rol oxy 8: lg ences PROCEEDINGS OF THE DAVAI CNCIFTV R Articulo de revisi6n Bases moleculares y celulares de |a adaptaci6n a un ambiente cambiante en microorganismos Clara AzulyChristian R. Landry Publicado: 26 de octubre de 2016 https://dol.org/101098/rspb.20161458 Resumen La heterogeneidad ambiental constituye un desaffo evolutive para los organismos. Si bien la dindmica evolutiva en condiciones variables se ha explorado durante décadas, todavia sabemos relativamente poco sobre los mecanismos celulares y moleculares Involucrados. Es de suma importancia examinar estas bases moleculares porque pueden desempefiar un papel importante en la configuracién del curso de la evolucién. En esta revisién, examinamos Ia diversidad de mecanismos de adaptacién frente a los cambios ambientales. Aprovechames la literatura reciente sobre sistemas microbianos porque son los que mas se han beneficiado de la reciente aparicién de la ingenieria genética y la evolucién experimental seguida de la secuenciacién del genoma. Identifiamos cuatro tendencias emergentes: () un cambio molecular adaptativo en una via a menudo da como resultado un compromiso de eptituc en tentornes alternatives, pero los efectos dependen de los antecedentes genéticos de una mutacién; (i) los cambios adaptativos a menudo modifican las vias tanscripcionales y de sefaizacién; (i) pueden ocurrr varlos cambios adeptativos dentro de I8\yc yer arriba ipstoykosetpubenng ori. 1068-a 206.1658 snsame ara eter arctan fap chang cera meteranin | receadng fe Roya Solty 8 Bp Scenes molecular pero estar asociados con plelotropla de diferentes signos en los entornos; (i) debido a sus grandes costes asociados, los cambios macromoleculates, como la ampliicacién de genes y la aneuploidia, pueden ser un mecanismo rapido de adaptacién solo a corto plazo. El curso de la adaptacién en un ambiente variable, por lo tanto, depende de la complelidad del ambiente pero también de las telaciones moleculares entre los genes Involucrados y entre los genes y los fenotipos bajo seleccién. (I) los cambios adaptativos a ‘menudo modifican las vias transcripcionales y de sefializacién; i) pueden ocurrr varlos cambios adaptativos dentro de la misma ruta molecular pero estar asociados con plelotropia de diferentes signos en los entornos: (W) debido a sus grandes costos asociados, los cambios macromoleculares, como la amplificacién de genes y la aneuploidia, pueden ser un mecanismo rapido de adaptacién solo @ corto plazo. El curso de la adaptacin en un ambiente variable, por'lo tanto, depende de la complelidad del ambiente pero también de las relaciones moleculares entre los genes involucrados y entre los genes y los fenotipos bajo seleccién. (i) los camblos adaptativos a ‘menudo modifican las vias transcripcionales y de sefializacién; (i) pueden ocurtr varios cambios adaptativos dentro de la misma rute molecular pero estar asociacios con pleiotropia de diferentes signos en los entornos; (i) debido a sus grandes costos asociados, los, cambios macromoleculares, como la amplificacién de genes y la aneuploidia, pueden ser un mecanismo rapido de adaptacién solo a corto plazo. El curso de la adaptacién en un ambiente variable, por lo tanto, depende de la complejidad del ambiente pore también de las relaciones moleculares entre los genes Involucrados y entre los genes y los fenotipos bajo seleccién.(\v) debido a sus grandes costos asociados, los cambios macromoleculares, como la ampliicacién de genes y la aneuploidis, pueden ser un mecanismo rapido de adaptacién solo a corto plazo. El curso de la adaptacién en un ambiente variable, por lo tanto, depende de la complejidad del ambiente pero también de las relaciones moleculares entre los genes Involucrados y entre los genes y los fenotipos bale seleccién. (i) debide a sus grandes costos asociados, los cambios macromoleculares, como la ampliicacién de genes y la aneuploidla, pueden ser un mecanismo répido de adaptacién solo @ corto plazo. El curso de la adaptacién en un ambiente variable, por lo tanto, depende de la complejidad del ambiente pero también de las relaciones moleculares entre los genes involucrados y entre los genes y los fenctipos bajo seleccién, : 1. Introduccién ‘Cémo los organismos se adaptan a su entorne es una cuestién fundamental en Ia biologia evolutiva. Si bien nuestra comprensiby i, ‘adaptacién en un entorno simple y constante ha progresade considerablemente tanto teérica como empiricamente durante las titimas décadas (1,2, la cuestién de cémo procede la adaptacién en entornos heterogéneos sigue siendo un desaffo (3 , 4), Un desafio Importante que queda es determinar cuales son las consecuencias moleculares y celulares de las mutaciones adaptativas en respuesta a un entorno cambiante y cémo estos cambios moleculares se traducen en fenotipos condicionalmente adaptativos o perjudiciales. La Importancia de esta pregunta va mas allé de nuestra necesidad de una comprensién fundamental de le evolucién porque predecir la evolucién beneficiarla a todos los campos de las ciencias de la vida, incluida le medicina, a Volver arriba ipstoykosetpublehng ori. 1068eab 206.1858 anesame ara eter arctan fap chang vcrer a mcargansn | receang te Roya Soc 8 Bp Scenes Las especies microblanas ofrecen modelos exquisitos para el estudio de las bases moleculares de la adaptacién a entornas fluctuantes. Su breve tempo de generacién y, en general, el pequefio tamafio de su genoma permite seguir a evolucién durante periodos de tiempo relativamente cortos en la naturaleza y en el laboratorio, por ejemplo, mediante el uso de la Ingenieria genétice 0 la evolucién experimental. La combinacién de la evolucién experimental ya resecuenciacién del genoma completo ha acelerado en dgran medida nuestra comprensién de cémo los organismos responden a la seleccién [5 -8].Lo que es mas importante, estos ‘experimentos han permitido la identifcacién de los cambios moleculares que pueden aumentar la aptitud del organismo cuando el entomno esté cambiando. Aqui exploramos las estrategias de adaptacién utllzadas por los microorganismos y sus bases moleculares, bajo varios tipos de cambios ambientales en relacién con su arquitectura genética, 2. Las estrategias de adaptacién dependen de la velocidad y la previsibilidad de los cambios Debido @ que el medio ambiente es altamente heterogéneo a microescala, los microorganismos se ven desafiados por factores bidticos y abiéticos fluctuantes. Los diversos pardmetros involucrados pueden incluir cambios en el pH [9], en la competencia Interespecifia e intraespecifica [10 ly en la disponibllidad de nuvientes y recursos [11]. Una ilustracién pertinente es Escherichia coll tn el tracto digestive de los mamiferos. Las células pasan por una sucesién de fuentes de carbono, come la lactosa y la mattosa, y una sucesién de tensiones, como el aumento de la temperatura y la cisminucién de los niveles de oxigeno [12 |. Los cambios ocurren en el tiempo y el espacio y varian en frecuencia, por ejemplo, dentro del marco de tiempo de una sola generacién [3 } La heterogeneidad ambiental abarca dos tipos no exclusivos: la heterogeneiddad espacial, donde las conciciones cambian en el espacio yy la heterogeneidad temporal, en la que los organismos se ven desafiados en el tiempo dentro de una generacién, Debido a que se desempefian bien en su habitat especifico, los genotipos especialistas tlenden a verse favorecidas en amblentes cor cespaciaimente heterogéneos con dlspersién limtada. Por otro lado, los generalistas tiendlen a tener un desempefio s bueno en una amplia gama de condiciones, de modo que se ven favorecidos en entornos temporalmente heterogéneds [11 137°" La distineién entre las dos estrategias se explica por las compensaciones que caracterizan a los genotipos especializados: un af beneficioso 0 neutral en un entorno puede provocar efectos nocivos en otto [ 11, 13. 16 | Un factor ambiental importante que determina qué mecanismos de adaptacién se verdn favorecides en un entorne cambiante es su previsiblidad. La adaptacién en el caso de condiciones camblantes predecibles puede favorecer la evolucién de sistemas moleculares, {que pueden anticiparlos cambios que se avecinan, como la regulacién génica anticipatoria o el mantenimiento de eventos pasados en la memoria, Por ejemplo, la variacién estacional se puede predecir porque hay sefiales periédicas en el medio ambiente antes de que se produzcan los cambios [17,18 ] En el caso de cambios aleatorios e impredecibles, la seleccién puede fevorecer una estrategia de cobertura de apuestas, donde un genotipe visita aleatoriamente diferentes fenotipos y, por tanto, aumenta la probabilidad de adaptacién a la concicién venidera [6 }), Estos civersos procesos de anticipacin, memoria y cobertura de apuestas est8l Vaiver strive ipstoykosetpubenng ori. 1068-a 206.1658 ansame ara eter arctan fap chang cera meteranin | receadng fe Roya Solty 8 Bp Scenes la capacicad de los microorganismos para crecer en entomes fluctuantes mientras clsminuyen las compensaciones y, por lo tanto, podrian considerarse como mecanismos de una estrategia generalista o plastica, Estas estrategias adeptativas y las condiciones que favorecen su evolucién han sido bien estudiadas y permiten extraer conclusiones sgenerales sobre cual se espera que se vea favorecida en un conjunto de condiciones frente a otro. Sin embargo, el medio ambiente es solo una parte de la ecuactén en juego. El genotivo del organismo también podria desempefiar un papel importante al determinar qué rmutaciones estan disponibles y cémo pueden cambiar las funciones celulares de modo que se puedan detectar e interpretar los cambios predecibles, o que las compensaciones estén presentes o no en un nuevo entorno, Por lo tanto, una comprensién completa de la evolucin en un entorno cambiante requiere el estudio de las bases moleculares de estas estrategias. 3. Bases moleculares de especialistas y generalistas (@) Pleiotropia negativa y especialistas Los estudios experimentales han demostrado que generalistas y especialistas pueden evolucionar en el laboratorio en condiciones controladas, lo que permite identiicarlos mecanismos moleculares que subyacen a estas dos estrategias diferentes. Para investigar {qué mutaciones pueden conducir a compensaciones de apttud, la levacura en clemes Saccharomyces cerevisiae se desarrollé bajo limitacién de carbono durante mas de 250 generaciones (19 ].La limitaci6n de las fuentes de carbone condujo, entre otras mutaciones, ‘un mayor nlimero de copias del gen HXT6/7,, que codiica proteinas transportadoras de hexoses que realizan el transporte de azticares a través dle las membranas [ 19 ].Las cepas de levadura con la ampliicacién de este gen muestran una mayor aptitud en. comparacién con el estado ancestral en glucose limitada y otros medios de fuente limitada de carbono, en consonan modificacién adaptativa. La amplficacin, sin embargo, conduce a una menor aptitud en condiciones ricas en glucose suglere que el aumento de la afluencia de azticar tiene efectos especificos de la condicién sobre la aptitud. Un mecanisni6 pote para esta compensacién es que una alta concentracién de glucosa es t6xica | 20]y perturba la homeostasis celular. Otra fuente potencial de compensacién es el costo de expresar altos niveles de HXT6/7 Por lo tanto, la estrategia especializada de sobrees, (genes va acompafiada de una pérdida de respuesta plastica, que es perludicial en condiciones en las que estos genes deberian regularse a la bala. Debido a las fuertes consecuencias negativas de esta amplificaci6n de genes, podrla ser una solucién transitoria para permitr una répida adaptacién a la poblacién con glucosa limiteda antes del desarrollo de una adaptacién genética més estable a largo plazo, La transicién de un cambio molecular costoso come la amplificaci6n de genes a un mecanismo mas sostenible se observa ten las bacterias durante el erecimiento en fuentes limitadas de carbone o vatamientos farmacolégicos [21]. Sin embargo, la amplificacién de genes no siempre es un callején sin salida a largo plazo. Por ejemplo, en el caso de mutaciones de resistencia a los, antibi6ticos, el costo de aptitud en ausencia del férmaco a veces puede ser compensado por ampificaciones de genes 22 | Volver arriba ipstoykosetpublehng ori. 1068eab 206.1858 ansame ara eter arctan fap chang rman nmr ccnp! ea Say 8 Bebe Senet Otro estudio que utiz6 un enfoque experimental similar mosté que la pérdida de la capacidad de las eéluas para regular adecuadamente las vias de transduccin de seftales también estd Implicada en las compensaciones de aptitu fsica. Kvitek etal. 23] Evolucionaron cepas cle levadura en un quimiostatolimitado en nutrentes y iguieron el curso de la evolucién adaptativa [ 23} La pérdlida de la deteccién ambiental, por ejemplo, a través de mutaciones disruptvas en las principales vias, como la sefalizacion y el transporte de la glucosa, y la via cAMP/PKA, fue clave pera una mayor eptitud isca [23 }] pero se demostré que no se adapta bien durante Ia inaniei6n, donde la disponiblidad de nultientes no es constante. Los autores propusieron que en ombientes constantes con escasez de nutrientes, el compromise constitutive de la divisién celular es beneficloso y se lagra mediante mutaciones que desacoplan tas pares de deteccién y respuesta de las vis, lo que serla importante en otrs condiciones. La compensacién que evolucioné en e especilista est, por lo tanto, inherentemente integrada en la maquinatia reguledora cellar que necesita equllbrr estrictamente dos procesos celulares importantes, sin dejer opciones para solucionesalterativs. Estos experimentos son ejemplos de como una estrategia especialista evoluciona por la pérdida de los mecanismos moleculares que avorecerian una generalista, Une vez més, una pérdida de plasticldad puede ser clave para la evolucién de los especialistas, pero con compensaciones asociadas a nivel molecular, Lo que es mas importante, estos efectos plelotrépicos dependen en gran medida del contexte y, parle tanto, no son universales. Por ejemplo, se demost6 que las mutaciones en rpo8, que cocifica una subunidad dela [ARN polimerasa (RNAP), confleren resistencia al antibiético rfampicina con un costo de adecuacién que depence de la especie estudiada [ 24 ]] Mas generalmente, el signo de la pleiotropia varia dependiendo del gen mutado, de la mutacién particular (9... diferentes sustituciones) y de las interacciones epistéticas con el trasfondo genético en el que se produce, Otro ejemplo proviene de la resistencia antiftingica en la levadura. Gerstein et al [25 ]estudié las bases moleculares dele resistencia antifingica e identiicd el primer objetivo mutacional de seleccién en 64 lineas de levadura, El disefo replicado ullizado permité la observacién de un fuerte paralelismo en las miikiples mutaciones en cuatro genes de las vias de biosintesis del ergosterol, lo que sugiere que acciOn es muy especifice @ involucra solo unos pocos loci [25 ]]. La tolerancia de las lIneas mutantes resistentes ser diferentes estreses, incluyendo etanol, cobre y sal, que en principio no tlenen relacién con el antifngico utlizado. Este experi revel6 importantes efectos pleiotrépicos especificos ce genes, con signos opuestos: las mutaciones en un gen podtian conduci dlisminucion de Is tolerancia al cobre, mientras que las mutaciones en otro gen podrian aumentar la tolerancia, Si bien las mutac... ten diferentes genes pueden ser equivalentes con respecto a la adaptacién a una primera condicin, tienen cistias consecuencias en lun entorno cambiante. Siempre que haya miltiples mecanismos que puedan conducir a las mismos fenotipos adaptatives, incluso festos mecanismos se concentran en la misma via molecular, la naturaleza de los genes y las mutaciones involucradas determina si estas adaptaciones conducen a compensaciones de aplitud en otras condiciones. (b) Pleiotropia positiva y generalistas Volver arriba ipstoykosetpubehg orl. 1068-ab 206.1658 snsame ara eter arctan fap chang vcrera mceargansn | receadng te Roya Soc 8 Bp Scenes Las compensaciones no son universales y las mutaciones también pueden tener efectos plelotrdpicos positives. Un mecanismo es la proteccién cruzada, que corresponde @ la supervivencia mejorada a un segundo factor de estrés ambiental causado por una respuesta {2 uno primero [ 26 - 28 ].La proteccién cruzada se reflere a los efectos positivs en dos contextos. Primero, se refiere a una respuesta ue no involucra cambios genéticos sino una proteccién fisiolégica @ estreses secundaros. La primera concicién estresante parece preparar alas células para suffr otras tensiones que requieren respuestas fsioldgicamente similares. Por ejemplo, se demostré que las Célula de E. coll sometidas a un cheque térmico son mas tlerantes al estrés Acido [29 |], Esta tolerancla puede deberse a la sintesis de enzimas protectoras inducidas por el choque térmico que ya estén presentes y protegen a las célules cuando se enftentan a condiciones de pH bajo { 29 EI segundo contexto es a través de la fjacién de mutaciones beneficiosas que luego serdn beneficiosas len condiciones atin no vistas Una explicacién simple para estas protecciones cruzadas es que reclutan la funcién de conjuntos de genes muy similares. Desde el punto de vista de la respuesta celular, la exposicién al Acido, el estrés osmético o el choque por trio podlan ser mas o menos similares, ya que desencadenan vias moleculares al menos parcialmente idénticas. Esto suglere que podria haber una respuesta general a todos los estreses y, por lo tanto, la exposicion a cualquier estrés podrfa brindar proteccién cruzada contra otros, La investigacién experimental de esta hipétesis mostrd que este no siempre es el caso y que podria ser mas complejo [30 J lo que sugiere que los, pretensados protectores pueden actuat de formas ligeramente diferentes para proporcionar proteccién eruzada, Usllzando un sistema experimental de levaciura en el que se podia examinar el papel de casi todos los genes implicados en la proteccién cruzada, Berty et a! [31] mostré que cada pretratamiento puede reciutar [a expresién de conjuntos de genes muy diferentes, con solo unos pocos genes superpuestos entre condiciones. Estos pocos genes estan involucrados en la regulacién de Ia sefalizacién de Ras y el complejo TORC', asf como em la reparacién del dario del ADN, lo que sugieve que los principales reguladores celulares pueden reclutarse sisteméticamente, pero sin tener la misma importancla en relacién con los pretratamientos [31 La simiitud de la expresién génica y los programas fisiolégicos que se observan a menudo en respuesta al estrés suglere que le proteccién cruzaca por mutaciones adaptativas podria evolucionar facilmente a través de mutaciones que afectan estos mecan) compartides (plelotropla positive). Un ejemplo de proteccién cruzada adaptativa es la adquisicién de resistencia a les antibidtice bacterias en ausencia de seleccién de antibiéticos, donde la resistencia se produce por la adquisicién de muiples resistencias al cestiés [32 - 34 ] Por ejemplo, las mutaciones on spoB on E. coli que aumentan la aptitud en condiciones de inanicién o a altes ‘temperaturas confieren resistencia a los antibi 0 a larfampicina { 32, 33 , 35]. En este caso, al modificar los reguladores tvanscripcionales, las mutaciones adaptativas conducen @ una mayor aplitud en el entorno selective y confieren resistencia a los antibiéticos como efecto secundario. Sin embargo, se demostré que estos cambios son desventajosos en otros medios y condiciones dle temperatura de una manera dependiente del fondo genético [35 J, lo que demuestra que, en cuanto @ la pleiotropia negativa, la proteccién cruzada no es universal “ Volver arriba ipstoykosetpubenng ori. 1068-a 206.1658 ensame ara eter arctan fap chang 4. Mecanismos de anticipacién y memoria reer metsranin | Precsadng ne Roya Solty 8 Bp Scenes (2) Anticipacién y aprendizaje asociative Los cambios ambientales pueden ocurrir a intervalos regulares 0 seguir un curso predecible. Las estrategias de adaptacion en este case podrian Implicar la anticipacién mediante la cual las célules usan una sefial para anticipar y obtener proteccién contra un factor estresante por venir La capacidad de antic/pacién se ha observade en varios microorganismes, Incluldes E. coll, . cerevisiae , Candida albicans y Vibrio cholerae en sucesiones predecibles y repetibles de condiciones { 12, 36 ~38 } Por ejemplo, la sucesién de choque térmico y estrés oxidativo, correlacionada con el orden nalural de los factores estresantes durante la fermentacién de la cerveza y el Vino, conduce a una proteccién cruzada unidireccional en S. cerevisiae{ 12], Durante ol choque térmico, una fraccién de las eélulas expresa genes esenciales para la proteccién contra el estrés oxidativo, lo que permite que estas células se "preaclimaten’ a la nueva ondicién estresante que se avecina [12]. En el tracto digestivo de los mamiferos, las célules de E colfestén expuestas a una sucesién de lactosa y luego de maltosa. Mitchell ef al. [12 ]mostré que las cepas de tipo salvaje tienen la capacidad de antle/par la sucesi6n de fuentes de carbono mediante la induccién de genes de maltosa en respuesta a la exposicién a la lactosa (figura 1). Ademés, después de Ia ingestién por mamiferos, E collas células inmediatamente experimentaron un aumento de la temperatura y el nivel de oxigeno cae a condiciones anaerdbicas cuando ingresan al intestino. Tagkopoulos et al. (36 ] utlizaron condiciones de laboratorio para imitar la sucesién de condiciones dentra del tracto digestivo de los mamiferos para determinar la capacidad de anticipacién de las células de E coll. La respuesta transcripcional al aumento de la temperatura también reprimié la respiractén aerébica para anticipar las préximas condiciones anaerébicas, incluso sl el nivel de oxigeno atin era alto [36 }.. Las estrategias de adaptacién en un entorne cambiante pueden implicar, por tanto, la evolucién de sistemas de deteccién que "aprendan’ a preparar las células para las tensiones futuras. Se espera que tales mecanismos adaptatives evolucionen como una estrategia a largo plazo, pero quede por medi la ta : de la regulacién génica anticipatoria. En un intento por hacer esto, Dhar et al.[ 26 ] poblaciones de levadura evolucionouc ways Condiciones fluctuantes de estrés oxidativo y salino durante 300 generaciones [ 26]. Se desarroll6 una proteccién cnuzada 0 . anticipacion asimétrica donde el estrés oxidative protege contra el estrés saline pero no al contrario, Los autores no pudieron s¢ Claramente los dos posibles mecanismos, pero mastraron la posible apariclén de antieipacién dentro de 300 generaciones, lo que” sugiere que esto podrfa evolucionar répidamente. Volver arriba peuroyahostpubnng eri O86rep 2006. 1458 mr‘lec rede baos of dain oa chagng nvr h mcrorgnens|Srecadhge he Repl oxy 8: Bg ences Larepulcioneseipatria puede ser costes y desnaapatva en condones situs 4 Descargar figura | Abi en une peste nueva | Descargar PowerPoint (b) Memoria Volver arriba ipstoykosetpubehg orl. 1068-ab 206.1658same ara eter arctan fap chang vcrera mcargansns | receang te Roya Soc 8 Bop Scenes Los microorganismos @ menudo cambian entre fuentes de carbon por represién catabélica: primero se consume el nutriente preferido, lo que permite una alte tasa de crecimiento hasta el agotamiento, seguido de una reprogramacién transcripcional que permite el uso de otros nutrientes menos prefericos [ 39 - 42]. En este contexto, el recuerdo de una activacién pasada puede acelerar la reactivacién frente @ una nueva fuente de carbono. En S. cerevisiae , una induccién anticipatoria de las vias metabélicas permite que ciertas células se adapten mas répidamente y conduzcan a una mejora de la condicién fisica en entornos con nuevas fuentes de carbone [40 , 41]. Se han utlizado cepas evolucionadas y naturales para demostrar resultados consistentes: slempre que haya glucosa disponible, la expresién de una segunda via metabélica de azticar es costosa en un entorne constante, pero permite un crecimiento mas répido y tna aclimatacién mas eficiente cuando el entorno cambia de glucosa al otro carbono. fuente | 39 - 41]. La evolucién experimental de ccepas bajo fuentes variables de carbone mostré que las mutaciones en HXK2, un gen que codifica un sensor de glucose, y SDI, un {gen que interactéa con los sensores de glucosa para regular a utllzacién de la fuente de carbono, proporcionaron una mejor recuperacién después del cambio de glucosa a mattosa { 39], Muchos de los mutantes mostraron una represion catabélica reducida de los genes de maltosa, lo que muy probablemente explica el tempo de recuperacién reducico después del cambio abrupto a la rmaltosa [39 ] En aislados naturales de S. cerevisiae , una mejor recuperacién después de un cambio de glucosa a galactosa esta Influenciade por la induccién temprana de genes de utlizacién de galactose ( GAL), que prepara la transicién al metabol'smo de galactosa en algunas cepas [41], En la situacién inversa, cuando se agrega glucosa al sistema que contione galactosa, la regulacién postranscripcional esta involucrada a través de la degradacin de las transcripciones de la red de galactosa [ 43]. Estos resultados muestran que la capacidad de mostrar memoria y anticipacién varia en las poblaciones naturales y que podtia responder ala seleccién en la evolucién experimental. Para probar esta hipdtesis, Segré et al.[ 44 ]Evolucionaron cepas de S. cerevisiae bajo vansiciones repetidas de glicosa-galactosa e identiicaron mutaciones que aumentaron la aptitud bajo este régimen selective, Los autores encontraron que las mutaciones adaptativas compartian uno de los mismos genes diana, GALE GALB0codiica un regulador transcripcional que reprime los genes involucrados en el metabolismo de la galactosa ct cesta ausente y la glucosa esta presente, Esta mutacién adaptativa reduce la represién de la ruta metabélica de la galactosa y, tanto, mejora la capacidad de las células para hacer frente répidamente a los cambios en las fuentes de carbono. Estos resultad ruestran que le represi6n podrfa ajustarse para anticipar mejor el cambio de condiciones cuando la variacién es frecuente, En goneoral, estas observaciones sugieren que los microbios tienen maquinarias colulares complejas que les permiten hacer frente a los cambios ambientales al aprender" la transicién entre eventos, por ejemplo, a través de la transmisiOn de informacién de las células madre a la hija, lo que podria lograrse mediante remodeladores de cromatina y el acoplamiento, de las vias de sefiaizacién de retroalimentacién [45 -48 ] En S. cerevisiae , a catalasa citosélica Cittp parece estar involucrada en la tolerancia al H 2 0 2 después del estrés salino leve [31 El mecanismo en este caso parece ser la transmisién cle CttIp de células madre a hija, que nunca enfrentaron un tratamiento previo con sal 49}, Dicha transmisién de protelna de larga duracién también se informa en leémemoria de la exposieién a la galactose en la levadura, con la herencla del factor de sefallzacion Galtp [45 , 47 Volver arriba ipstoykosetpubenng ori. 1068-a 206.1658 ansame ara eter arctan fap chang 5, Estocasticidad de eventos y decisiones de destino celular. reer metas | Preceadng ne Roya Solty 8 Bp Scenes La estocasticidad ambiental puede provenir de factores bidticos y abléticos y su combinacién [ $0. Una estrategia que ha surgio bajo cambios impredecibles en los microorganismos es el camblo fenotipico estocdstico, también llamado cobertura de apuestas. Los studios teéricos y empiticos han demostrado que este rulde fenotipico permite que un solo genotipo produzca aleatoriamente diferentes fenotipes, lo que facilta la supervivencia en condiciones inciertas [ 51 - 53 ] porque aumenta la probabilidad de que se exprese un fenotipo adaptative (50,51, 54 Se han deserto varios factores que influyen en esta estrategia de cambio e incluyen la capacidad de detectar directamente el entorno, las sefiales ambientales involucradas y el equilirio coste-beneficio [55 ]. Ademas, la tasa de cambio entre diferentes estados ‘enotipicos es un pardmetro importante y debe ajustarse al ritmo de los cambios en las condiciones ambientales [ 55 , 56 ]. Para demostrar la importancia de este parémetro, Acar et al.[ 52 ] cepas modificadas genéticamente de S. cerevisiaepara medir la ventala de ajustar la tasa de cambio estocastico en la ruta de utllzacién de galactosa, Los autores diseflaron un sistema utilizando la via biestable de la galactosa que expresa dos estado fenotipicos, ON y OFF, al que acoplaron un gen que permite la seleccién positva y rregativa, La velocidad a la que la expresién del gen cambia de un estado a otra se ajusté extenamente, lo que permite medi la aptitud de cada estrategia. Al monitorear el crecimiento de les cBlulas en entomos cambiantes de diferentes frecuencias de conmutacién, los, autores demostraron que las eélulas que cambian répidamente se recuperan mas rapido después del cambio ambiental, pero muestran tuna tasa de crecimiento mas baja durante ol estado estacionario que las que cambian poco [$2 ]]. Ademas de cemostrar predicciones hechas a partir de modelos teéricos, este estudio es un ejemplo espectacular de la utllzaci6n de la Ingenieria celular como una poderosa herramienta para dilucidar cuestiones ecol6gicas y evolutivas. ‘Aunque la expresién génica estocéstica es el principal impulsor designado para el cambio fenotipico, varios estudios sefialan mecanismos subyacentes mas complejos, como se revisa en Norman ef al, [57 ]. Las vias reguladoras complejas puéd Permit un fenotipo estocdstico de vida mas prolongada que la expresién génica ruldosa sola[ 57]. A menudo se informa que bk F aparicién de estrategias de cobertura de apuestas esté regulada por circutos de retroalimentacién. Por ejemplo, Lactococcus lt coliparecen utlizar estrategias de cobertura de apuestas similares: tras un cambio de glucosa a, respectivamente, celulosa 0 sustrato gluconeogénico, la poblacién inical se separa en dos fenotipos, células en crecimiento y e6lulas que no crecen { 58 -60 ).En E. coll, el sensor de flujo Cra-FBP mide el flujo de absorcién de carbono y esta involucrado en la diversificacién fenotipica. Si las células aleanzan Un cierto nivel de flujo de absorcién de sustrato, creceran en el sustrato gluconeogénico; de lo contrario,alcanzardn un estado latente Sin crecimiento [60 ], Ademds del estado metabélic, algunos estudios mencionan el posible papel de la epigenstica en el destino celular [ 58, 61] Volver arriba ipstoykosetpubehg orl. 1068-ab 206.1658 seisame ara eter arctan fap chang vcrera mceargansn | receadng te Roya Soc 8 Bop Scenes Ora estrategia que puede permitit la supervivencia durante cambios amblentales repentinos son las células persistentes, que estd bien documentada en numerosas especies bacterianas, incluidas especies patégenas como E coll[ 62 ], Myobacterium tuberculosis[ 63 ]y Pseudomonas acruginosa[ 64 La persistencia bacteriana consiste en células que no crecen en un estade latente dentro de una poblacién isogénica y que son particularmerte tolerantes al tratamiento farmacol6gico [ 60 , 65 - 67 }, Las células persistentes se caracterizan por el cese de la mayorla de los procesos celulares con un bajo nivel de traduceién 62]. Su tolerancia a los antibiéticos podria ser a consecuencla de las vias Inactivas de los objetives del farmaco [62 ] porque las eélulas siguen siendo sensibles alos antibi6ticos al volver a crecer. Las bases moleculares de la persistencia se han dllucidado en algunos casos: la accién de los médulos ‘toxina-antitoxina (TA) parece desempefiar un papel, por ejemplo, a toxina HipAy las endonucleasas de ARNm cosificadas por los loc TA inhiben la sintesis de proteinas [68 , 69 }. Se ha Identiicado que varios otros genes de persistencia desempefian un papel en la formacién de estas células latentes y estén involucradlos en varios procesos, como el metabolismo del carbono, los aminoacidos 0 los, lipidos [ 63 }). Sin embargo, comprender su aparicién y evolucion sigue siendo un desafio, especialmente en el contexto de las especies patégenas. Juntas, las estrategias de cambio de fenotipo alestorio, cobertura de apuestas y persistencia bacteriana permiten tapas duraderas en las respuestas a entornos cambiantes y, por lo tanto, podtlan considerarse una estrategie generalsta ya que una subpoblacién puede sobrevivir en diversas condiciones, 6. La carrera contra la extincién Los sistemas de estudlo deserites anterlormente consideran los cambios ambientales que reducen la aptitud, pero ne conducen a la cextinci6n de Ia poblacién si las mutaciones adaptativas no ocurren y se corrigen répidamente, Los cambios ambientales pueden ser abruptos y severos, en cuyo caso es probable que las poblaciones se reduzcan drdsticamente en tamaflo y enfrenten la extinci6n [70 71]. La evoluctén adaptativa que conduce a la recuperacién de la poblacién se denomina rescate evolutiv [ 72 - 74 ] contra la extincién implica que los genotipos adaptativos aumentan rdpidamente en frecuencia a partir dela variaciér _ permanente disponible antes del cambio ambiental o de mutaciones de novo [75 78 }. La influencia respectiva de la adquisicié ‘mutaciones.de nove o de la varlacién genéties permanente en la evolucién adaplativa rdpida y sus efectos a largo plazo alin de Investigarse con modelos y estudios experimentales [79 , 80]. Otto factor clave que puede influr en la probabllidad de rescate wei tasa de cambio ambiental Lindsey et af.[ 81] mostré que para E, colfbajo tratamiento con antibiéticos de rfampicina, las rutas, rmutacionales seguidas son diferentes entre cambios estresantes abruptos y graduales [81], lo que sugiere que la respuesta ala seleccién puede variar a nivel molecular. Los conocimientes sobre las bases moleculares del rescate evolutive ayudarian a comprender sl implica tipos especiiicos de cambios moleculares adaptatvos y cémo la arquitectura genémica de los rasgos involucrados puede interactuar con cada uno de los factores descritos anteriormente. Sin embargo, las bases genéticas del rescate evolutivo no se han estudiado de forma exhaustivaraparte de algunos contextos especificos, como la resistencia alos antibisticos, Por ejemplo, se sabe que ocurren mutaciones de rp. Volver arriba ipstoykosetpubenng ori. 1068-a 206.1658 wnsame ara eter arctan fap chang cera meteranin | receadng fe Roya Solty 8 Bp Scenes en respuesta a la exposiciin leve a rifampicina y al rescate evolutivo bajo estrés antibistico (81, lo que sugiere la posibilidad de que estén involucrads los mismos mecanismos porque dependen de cambios en los mismos genes. Un mecanismo general de rescate evolutive que demostré ser importante durante la Ultima década es la aneuploicia, particularmente len hongos [ 82 - 84]. Los cambios en el nimero de copias cromosémicas parecen ser un mecanismo répido de adaptacién en el contexto de un estrés abrupto, pero también parecen imponer un costo tal que se pierce rapidamente cuando se elimina el estrés 0 se reemplaza por otras mutaciones bajo una seleccién continua [ 84 ]. En la levadura, las células mantenias en medio minimo y estrés por calor desarrollan trisomla del cromosoma Illy este cromosoma adicional se pierde cuando se elimina el estrés. Sin embargo, bajo una seleccién continua, las células desarrollan un cambio de expresién génica en el cromosoma Il, lo que permite una mayor aptitud sin el costo de la ancuploidia | 83 }). Esta observacién ilustra que el rescate evolutive podria proceder a través de cambios cromosémicos, permitiende la supervivencia de la poblacién a corto plazo pero requiriendo cambios adicionales a largo plazo. La aneuploidia podla llystrar las diferencias entre as bases moleculares del rescate y la adaptacién evolutiva, donde el rescate requlere una respuesta répida para enfrentar la extincién; cuando la supervivencia de la poblacién no esté amenazads, las mutaciones mas ventajosas on general pueden verse favorecidas por la seleccién de acuerdo con su beneffco neto, Un desarrollo fundamental con respecto al rescate evolutivo es la demostracién de que los genotipos iniclales determinan la probabilidad de rescate ylos efectos asociados con las mutaciones adaptativas. Diferentes especies de levadura con experiencias anteriores similares de estrés salino, por ejemplo, S. cerevisiae y S. paradoxus , muestran diferentes probabilidades de rescate evolutive bajo concentraclones letales de sal 85 |. Por lo tanto, los antecedentes genéticos podrian desempefiat un papel importante en Ia determinacién de qué genes estan mutaclos en el proceso de rescate, Filteau et al. [86 ] realizé un experimento pata prabar esta hipétesis. Uttzaron dos cepas distintas de S. cerevislaeque portan la misma mutacin que los hace sensibles a las al-~*~ Evolucionaron por reseate de poblaciones independientes de los dos genotipos a alta temperatura, midieron le probe € Identificaron las mutaciones causales. Su resultado muestra que diferentes antecedentes genétices muestran en gran medida diferentes probabilidades de rescate y también son rescatados en gran medida por ciferentes cambios moleculares [86]. Algur rmutaciones de ganancia de funcién son especificas de un antecedente genético, mientras que las pérdidas de funcién de vias ¢ sefialzacin especificas son espeeificas de otro, Una vez mas, los cambios adaptatives ineluyen aneuploidias, que también parecen evolucionar de una manera especifice del trasfonde genético. En general, los poces estudios que Investigaron los cambios moleculares asociados con el rescate evolutive revelaron que estos cambios a menudo tienen grandes efectos pleiotrépicos y, por lo tanto, pueden representar soluciones a corte plaze para un desaffo evolutive, come lo muestran los cambios de ploidia, Otra observacién importante es que el rescate puede tener lugar siguiendo diferentes caminos evolutivos dependiendo de los genotipos de partida de las poblaciones. La fuerte contibucién del genotip inicial sobre la probabllidad de rescate y sobre los camblos moleculates involucrados suglere que la varlacién genética en el po, Volver arriba ipstoykosetpublehng ori. 1068eab 206.1858 saesame ara eter arctan fap chang reer metsranin | Precsadng ne Roya Solty 8 Bp Scenes rescatado puede existr en las poblaciones naturales, La consecuencia més importante de este hallazgo es que la extrapolacién de lo observade para una poblacién genatipo en particular a otras poblaciones es riesgosa, por ejemplo, 7. Conclusién y perspectivas de futuro ‘Aunque los estudlos que han dilucidado las bases moleculares por las cuales las mutaciones adaptativas proporcionan una ventaja 0 desventaja de aptitud fisica son limitados en ndmero, permiten identificar tondencias potenciales para futuras Investigaciones. En primer lugar, los reguladores de la transcripcl6n y las proteinas de seflalizacién a menudo estan involucrados en las adaptaciones y [a pérdida de plasticidad causada por las mutaciones en estos reguladores susle ser la causa de las compensaciones de aptitud. Las ‘mutaciones en estas reguladores también pueden generar proteccién cruzada al afectar el mismo conjunto de genes y procesos fisiolégicos en diferentes condiciones. Dado que la adaptacién a una condicién podria proceder a través de mutaciones en diferentes genes dentro de una funcién @ via molecular dada, otra observacién clave es que diferentes genes y ciferentes mutaciones dentro de Un gen a menude conducen a varios efectos plelotrOpicos. Ademas, estos efectos plelotiépicos a menudo ocurren de una manera dependiente del fondo genético. Finalmente, el estudio de la adaptacién répida a través del rescate evolutiv suglere que la capacidad de adaptacién de una poblacién y sus mecanismos de adaptacién pueden depender de su genotipe inicla Otro desaffo serd determinar sila adaptacién a corto y largo plazo se basan en los mismos mecanismos. Como se menciond anteriormente, es més probable que los camibios mas répidos muestren cambios plelottépicos negativos en otras condiciones, por lo que es poco probable que contribuyan a la adaptacién a largo plazo. La pérdica de genes 0 la pérdida cle mecanismos reguladores es tun buen ejemplo. La amplificacién de genes o regiones cromosémicas y la aneuploidia también son mecanismos moleculares que se han deserito como soluciones adaptatvas répidas y fécles a corto plazo. Pueden permit que una poblacién sobrevi respuesta a un cambio repentino y abrupto, pero pueden ser demasiado costosos para prevalecer a largo plazo[ 5 1 d puede imaginar que estos simples cambios adaptatlvos seran reemplazados por mecanismos regulatorios mas re‘inadds & la7GE Una de las principales investigaciones por venir sera comprender mejor las bases molecuiares de los efectos de segundo order (pletctropia dependiente del fondo, signos de pleictropia dependientes del entorno) que han salido a a luz através de los experimentos informades anteriormente. Por ejemplo, {por qué las mutaciones que Inactivan la misma via molecular son neuttales en algunos casos y perjudiciales en otros? 2Cémo y por qué las mutaciones que conducen al rescate en una condiclén afectan el curso del rescate evolutivo en otras condiciones? A better understanding of the complex effects of environmental fluctuation will enable better prediction and manipulation of the course of evolution in applied contexts, for instance, to predict the outcomes of cancer drug and antiblotics treatments (88-90), Fgr example, it was shown that spatial heterogeneity in drug concentration in the tumour microenvironment is associated with metastatic ==" ~~" along the gradient, which facilitates the emergence of acquired resistance to cancer therapy [91]. Knowing that a given an.YONEr arrbe ipstoyakosetpublenng ori. 1068eab 206.1858 saesame ara eter arctan fap chang vcrer a mceorgansns | receang te Roa Soc 8 Bp Scenes resistance leads to trade-offs in resistance to other antibiotics has led to the use of drug combinations to slow the evolution of resistance [70,71,92]. The same principles apply to any other situation where humans impose a selective pressure on other organisms ‘that will eventually adapt, for instance in agriculture and pest control [93]. Knowing how adaptation to a fst condition could lead to ‘molecular changes that become labilties in other conditions would allow the exploitation of these weaknesses for treatments or Intervention. Understanding evolution at the molecular level i, therefore, crucial in many fields outside of evolutionary biology. Competing interests We declare we have no competing interests. Funding This work was supported by a NSERC discovery grant to CL, and a PROTEO Scholarship to C.B. CRLL holds the Canada Research Chair in Evolutionary Cell Biology. Acknowledgements Agraclecemos a los miembros de! laboratorio Landry y Nala Aubin-Horth por sus ities comentarios sobre borradores anteriores Agradecemos a os dos revsores anénimos cuyos comentarios ayudaron a mejorary aclarar este manuscito, Agracecemos al Dr. Per Luncberg por la invitacion a escribit este revisién. notas al pie a © 2016 Ellos) autores) Publicado por la Royal Society. Reservacios todos los derechos. Volver arriba ipstoykosetpubehg orl. 1068-ab 206.1658 saesame ara eter arctan fap chang reer metas | Preceadng ne Roya Solty 8 Bp Scenes PROCEDIMIENTO B Anathor benefits Purchasing information Submit pen access membership Recommend to your trary Contact information Hele Ourjourats Historical contexe Open access Puolising policies POF Permissions Conferences viceos Bog Manage your account Terms & eonalitons cookies Volver arriba ipstoykosetpubenng ori. 1068-a 206.1658 tsesame ara naar taste LASOCIEDAD REAL About us Contact us Fellows Everts Grants, schemes & awards Toples & palcy Collections Venue hire Ver PDI THE ROYAL SOCIETY fo 9 @ Brg Volver arriba ipstoykosetpubenng ori. 1068-a 206.1658 seesame ara eter arctan fap chang reer metas | Preceadng ne Roya Solty 8 Bp Scenes Volver arriba ipstoykosetpubenng ori. 1068-a 206.1658 nse