Módulo Ecología Microbiana - Microbiología II

Escuela de Microbiología - Universidad de Antioquia

Práctica virtual

GENÓMICA COMPARATIVA APLICADA A

COLUMNA WINOGRADSKY

Elaboraron:
Julián Morales, M.Sc.
Profesor Escuela Microbiología

David Borrego, M.Sc, Ph.D (c).

Profesor Escuela de Microbiología.

Introducción:

La columna de Winogradsky es un ecosistema en miniatura que permite hacer observaciones

relacionadas con procesos de sucesión y la participación de los microorganismos en la
transformación de la materia en los ciclos biogeoquímicos. Este sistema en miniatura permite
vincular los procesos microbianos, los conceptos de ecología y evolución, química inorgánica
y ciclos biogeoquímicos, los cuales dan a entender la importancia de las interacciones que se
dan en ella. A diferencia de los métodos clásicos de cultivo de microorganismos, la columna
de Winogradsky es un cultivo mixto (no axénico), que permite estudiar relaciones complejas
entre poblaciones y las condiciones medio ambientales.

La columna consiste básicamente en lodo enriquecido cubierto por una capa de agua que al
pasar del tiempo empieza a sufrir un conjunto de cambios físicos y químicos observables en el
desarrollo de una zona inferior anaeróbica y una zona superior aeróbica, donde se da el
crecimiento de microorganismos en condiciones similares a las que se encuentran en los
sedimentos y en aguas ricas en nutrientes. Esto favorece el desarrollo de diferentes
comunidades que dependen totalmente de otras. Algunos de los factores que intervienen en el
desarrollo de diferentes características en la columna son: la fuente de carbono, el origen del
lodo, la exposición de la columna a la fuente de luz, concentración de oxígeno y azufre, entre
otros.

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La figura 1, muestra dos de los gradientes (oxígeno y azufre) que se dan como resultado de los
procesos biológicos que se llevan a cabo dentro de la columna. La consecuencia del gradiente
de oxígeno es que hay una distribución vertical de las diferentes comunidades microbianas.
Estas comunidades se establecen en la columna en diferentes momentos a causa de las
transformaciones bioquímicas que sufren los nutrientes dentro del microecosistema y pueden
ser fácilmente identificadas por la presencia de zonas con diferente pigmentación.

Figura 1. Gradientes de oxígeno en la columna de Winogradsky.

En los últimos años, los métodos de estudios de microbiomas han avanzado con la
implementación de técnicas de secuenciación de última generación (NGS). Con el uso de estas
herramientas se pueden llevar a cabo estudios de las interacciones en ecosistemas complejos,
como es la columna de Winogradsky.

La secuenciación es ahora un procedimiento estándar, y la información de miles de genomas

está a disposición de la comunidad científica. Son diversas las ventajas de trabajar con
genomas, van desde la clasificación e identificación de nuevos genes, predecir modelos
metabólicos y la generación de hipótesis en el estudio de la relación genotipo-fenotipo. Para

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lograr esto, es necesario conocer los métodos computacionales, ya que son herramientas que
permiten la exploración y el análisis de los genomas.

Objetivo:

Introducir a los estudiantes en el análisis de genomas bacterianos a partir de métodos de minería

genómica aplicados al estudio de la columna de Winogradsky.

Procedimiento:

Minería genómica (RAST):

Cree una cuenta en la plataforma RAST, link: https://rast.nmpdr.org/rast.cgi?page=Jobs e
ingrese con su usuario y contraseña.

Minería de genomas anotados:

1. En el menú principal de click a “Home” y después “Seedviewer”.
2. Seleccione un organismo.
3. Explorar los parámetros generales: Neighbors, Size, GC content, N50, L50, entre
otros.
4. Explorar los subsistemas en el diagrama de torta
“Subsystem Category
Distribution”.
5. En “Subsystem Feature Counts” seleccionar un subsistema y explorarlo.

Exploración de genes:
1. En la pestaña “Features in Subsystems” se puede buscar de acuerdo a la función
metabólica del genoma seleccionado.
2. Explore las categorías, las subcategorías, los subsistemas, el “Role” y “Features”.
3. Seleccione un “Role” y de click a ese link. En la siguiente ventana aparecerán los
genomas que lo poseen.
4. Para ese mismo “Role”, seleccione el “Feature”. Encontrará detalles del gen, además
de su vecindad con otros genes y las opciones de descarga para otros análisis.
5. Volver a la ventana donde aparece el diagrama de tortas con los subsistemas.
6. Dar click a la pestaña “Browse” y dar click al link con el nombre y cod. del genoma.
7. Explorar la “Region” de un gen determinado. Acá también se puede observar la
vecindad genómica y el marco de lectura en donde se encuentra ubicada la secuencia.

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Comparación de entre genomas:
1. Volver a la ventana donde aparece el diagrama de tortas con los subsistemas.
2. Seleccionar la pestaña “Compare” y dar click a “Function based”.
3. Selecciones un genoma que quiera comparar.
4. Explore la tabla interactiva que muestra los genes presentes en el organismo A (genoma
de trabajo) y organismo B (genoma seleccionado para comparación).
Actividad:

1. De acuerdo al microorganismo problema otorgado (ID), asociado a cada mesa (Tabla 1

y 2), defina como éste toma su fuente de energía, realiza la donación de electrones,
adquisición de carbono y cuál es el aceptor de electrones (metabolismo ej. quimi-
órgano-heterótrofa-aerobia) y en qué zona de la columna se encuentra (grupo
metabólico ej. oxidadoras del azufre).
2. En relación al microorganismo problema y las comparaciones genómicas indicadas en
la tabla 1 (IDs para comparación), indique el número de genes asociados a los subsistemas
relacionados con respiración y metabolismo del azufre.
3. Teniendo en cuenta los resultados obtenidos en el punto anterior, discuta la ventaja
ecológica y evolutiva que podría tener su microorganismo, de acuerdo a su zona de
crecimiento, respecto a los demás genomas comparados.

Tabla 1. Lista de comparaciones de genomas entre microorganismos de acuerdo a la mesa de

trabajo en el laboratorio.
Grupo Mesa ID IDs para comparación
1 Ia II y III
2 II VI y VII
1
3 VII Ib y IV
4 VI IV y VIII
1 VII Ib y IV
2 VIII Ia y V
2
3 II VI y VII
4 III II y VII

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Tabla 2. Lista de microorganismos asociados a su ubicación en los diferentes niveles de la
columna de Winogradsky.

ID Genoma
a
Bacillus subtilis 168
I b
Anabaena variabilis ATCC 29413
II Acidiphilum cryptum JF-5

III Leptothrix cholodni SP-6

IV Rhodospirillum centenum SW

V Nitrococcus mobilis Bb-231

VI Chlorobium limicola DSM 245

VII Desulforomonas acetoxidans DMS 684

VIII Clostridium acetobutylicum ATCC 824

Evaluación:

● Cada grupo deberá subir un video explicativo de los resultados obtenidos, de máximo
15 min en el siguiente link:
Grupo1: Grupo 1 - (2022-2)
Grupo2: Grupo 2 - (2022-2)

● La marcación del video deberá ser por grupo y mesa (ejemplo: Para el grupo 1 mesa
1, el código sería: G1M1).

● En el video, adicionar una diapositiva con los nombres de los integrantes de la mesa y
el grupo al que pertenecen.

Bibliografía:

Columna interactiva:
https://www.biointeractive.org/classroom-resources/winogradsky-column-microbial-
ecol ogy-bottle

Guía virtual para el montaje de la columna: https://www.jove.com/science-

education/10506/creating-winogradsky-column-method-to
-enrich-microbial-species