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Las secciones con que se inició el CID fueron: Aerodinámica, Estructuras, Materiales
Compuestos, Propulsión, Adquisición de Datos, Telemática, Dispositivos Electrónicos,
Control, Guiado y Navegación, entre otros.
Con fecha 1 de enero del 2009, la FAE aprueba el nuevo orgánico del CIDFAE,
dotándole de una nueva estructura organizacional y misión que sea específicamente para
realizar proyectos de tipo aeronáutico y aeroespacial, que además esté orientado al
apoyo al desarrollo del país.