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Y la ingeniería
Aquí, sugiero que uno podría ser capaz de añadir significado al concepto de
sistemas biología recordando las concepciones anteriores de sistemas
experimentales. En biología, el original palabra usada para el estudio de la
función del sistema es fisiología. Puede ser posible en el corto plazo para
estudiar la fisiología cuantitativa de ciertos sistemas intracelulares.
Entonces intento para determinar los atributos de identidad de Biología
sintética.
Sistemas productivos
Una forma de ir más allá de las deficiencias actuales del concepto de la biología de
sistemas puede ser la de 'Renombrar' que recordando una concepción más antigua y
más precisa del sistema. Considere esta definición del científico de la computación
Ben Kuipers en 1994 (ref. 11): "Por un sistema, simplemente significa un subconjunto
de todo el mundo, cuyo comportamiento, y cuya interacción con el resto del mundo,
creemos que puede ser descrito con sensatez. El conjunto de todos los péndulos de
reloj en Nueva Inglaterra es sin lugar a dudas un subconjunto del mundo.... pero no es
un buen ejemplo de un sistema. "En las manos de un experimentador como Galileo, el
conjunto de componentes (peso, el brazo de bisagra) que comprende un solo péndulo
de reloj se convierte en un sistema, de hecho, un buen sistema.
Ciertos atributos que lo sea. En primer lugar, el experimentador puede trazar un límite
alrededor de ella de modo que, en una primera aproximación, las influencias variables
de fuera de ese límite pueden ser ignoradas.
El límite se dibuja de forma heurística; el experimentador puede volver a dibujar a
voluntad.
En segundo lugar, el experimentador puede llevar a cabo las perturbaciones dentro de
los límites definidos (por ejemplo, alargando el brazo del péndulo) que conducen a
cambios en el comportamiento del sistema.
En tercer lugar, el experimentador puede, mediante el razonamiento, generar
explicaciones razonables para el cambio de comportamiento.
En cuarto lugar, la "bondad" del sistema se define después de los hechos, mediante la
evaluación de hasta qué punto el investigador aprendió de él.
En quinto lugar, en muchos casos un medio operativo de evaluar cuánto aprendió el
investigador es evaluar qué tan bien el entendido permite la predicción del
comportamiento del sistema cambiada en respuesta a las perturbaciones definidas.
En biología, la práctica de la función de la investigación por delinear un subconjunto
del mundo y perturbar los componentes dentro de la frontera es viejo de hecho. Se
remonta al menos a William Harvey y la idea de un sistema circulatorio, y en la
genética y la biología molecular se extiende en una línea ininterrumpida de T. H.
Morgan a través de la obra de Jacob y Monod (que se define y se hace un buen uso
del metabolismo de la lactosa y lysogeny λ como sistemas experimentales) hasta la
actualidad Día 12. En biología, algunos subconjuntos del mundo que nos gustaría
entender ahora están más allá de nuestro enfoque, pero no será así en el futuro.
Para ilustrar este punto, supongamos que hay una cierta combinación de
teoría y los datos experimentales para un sistema biológico que permita la
predicción de su futuro comportamiento cuantitativo descrito conocimiento
de su estado actual. Esta posición admite que no se determinan algunos
aspectos del comportamiento biológico, pero reconoce que muchos aspectos
son muy determinados.
Es nada claro en este punto que los intentos por parte de los biólogos
sintéticos para caracterizar el comportamiento de sus sistemas ha dado
lugar a puntos de vista más allá de los obtenidos por los biólogos clásicos
que estudiaron los sistemas que construyen, aunque también puede ocurrir
en el futuro. En cualquier caso, tendrá que ser establecida en términos de
ingeniería al desarrollo de nuevas funcionalidades que ven un amplio uso de
la pena de estos esfuerzos de ingeniería de los últimos días.
Del mismo modo, los criterios que distinguen a la biología sintética canon de
la segunda canon de ADN recombinante y la ingeniería genética son en este
punto no bien definido. Una diferencia aparente es que los biólogos
sintéticos manifiestan su deseo de montar sistemas vivos complejos de
partes bien definidas, en lugar de al hacer intervenciones más simples que
Suborn sistemas existentes. Por ejemplo, el esfuerzo de usar combinaciones
de proteínas reguladoras y sitios para diseñar una célula que puede añadir
dos números podrían ser considerados biología sintética, mientras que el
esfuerzo de modificar la maquinaria de Glucosilación de maíz para permitir
la producción de un anticuerpo humano puede que no. Una segunda
distinción es que las personas que realizan el trabajo de ingeniería
ingenieros llaman a sí mismos.
Para que los trabajadores la construcción de la celda que suma dos números
podrían llamar a sí mismos ingenieros que practican la biología sintética, los
trabajadores haciendo que el maíz que hace que un anticuerpo
adecuadamente glucosada podría llamarse a sí mismos científicos y los
agentes modificadores de un vector de terapia génica para su uso en un
ensayo clínico, podrán llamarse médicos. Una tercera distinción es que los
biólogos sintéticos destacan positivamente una serie de puntos doctrinales
de otras ramas de la ingeniería, incluyendo el uso de piezas intercambiables
de buen comportamiento, la separación de diseño de fabricación, la
domesticación de la complejidad y la mitigación de las consecuencias
inesperadas por disciplinar a la ingeniería para requerir niveles rígidamente
definidos de abstracción (parte, dispositivo, sistema) con protocolos para la
comunicación entre esos niveles, y por supuesto la voluntad de utilizar
piezas y sistemas, tales como aminoácidos ARNt que trabajan con
aminoácidos no estándar, que no se encuentran en la tierra natural. A los
efectos de este artículo, uno de estos puntos doctrinales es de suma
importancia.
Asociación y consecuencias
Una de las razones es que en este punto, por lo general los biólogos saben
mucho más acerca de cómo trabajar con los sistemas biológicos. Si un
ingeniero quiere llevar a cabo un objetivo de diseño, su capacidad de
ejecución es probable que se beneficien de asesoramiento de un científico.
Otra razón es que la ingeniería ha producido ruedas y ejes conceptos-,
gobernadores sobre los motores de vapor, la impedancia de circuitos
eléctricos, paneles de control en centrales telefónicas, operaciones
síncronas en procesadores digitales de todos los que fueron diseñados por
los seres sensibles en lugar de ser arrojado por la evolución. Ingenieros,
naturalmente, ahora tratan de probar la relevancia de estos conceptos a la
biología. En cualquier caso dado, una analogía podría ser fructífero o no
podría. Por lo general, los biólogos que ahora tratan de evaluar la utilidad
de las analogías de ingeniería, y su regeneración es al menos de algún valor
para los ingenieros. Lo anterior es ejemplos de los beneficios Posible de la
fertilización cruzada entre la ciencia y la ingeniería.
Ahora no hay biología de sistemas que los ingenieros pueden utilizar para predecir el
comportamiento de los sistemas que diseñan. En la actualidad hay un conjunto de
aplicación universal de los conceptos del comportamiento de los sistemas mecánicos o
eléctricos que los biólogos pueden aplicar de inmediato para obtener una comprensión
más profunda de las células y los organismos que estudian. Las células y los
organismos tendrán que ser entendido en su propio termino .Muchos de esos términos
vendrá de la ciencia.
Sin embargo, algunos vendrán, puesto que ya tienen, a partir de conceptos de futuro
en la ingeniería. El largo plazo razón para prestar atención a esta intersección es que
la principal forma en que aumenta la comprensión biológica afectar a los asuntos
humanos es al permitir que los aumentos en la capacidad humana. Un número de
personas han señalado que la capacidad biológica, la capacidad de manipular y
construir los seres vivos, es probable que llegar a ser tan importante para la economía
de este siglo como la capacidad de manipular el flujo de electrones y los bits y
construir circuitos fue del último.
Una comprensión biológica predictivo-o, si todavía estamos utilizando el término, una
biología de sistemas que es más que un conjunto de consignas es el socio de la unión
natural para una capacidad biológica sintética. Esta asociación permitirá a las terapias
mucho más sofisticados, y la ingeniería más precisa de las plantas de cultivo. Sin
embargo, su impacto no se limita a la asistencia sanitaria existente y las industrias
agrícolas. Los dispositivos que cuentan divisiones celulares o diferentes que
metaphyte con código de barras y linajes durante metazoos diferenciación podrían
pasar de herramientas de descubrimiento de herramientas para supervisar la
condición de tiempo real de plantas y animales de importancia económica.
Circuitos genéticos instalados como tatuajes transitorios por transformación balística
de ADN de la piel podrían monitorear la exposición a la radiación y las toxinas
ambientales. Ingeniería biológica
Bases designadas podría dar lugar a la capacidad de programar y ejecutar las síntesis
de varios pasos que puedan poner sobre la evolución química de Nunca generado, y
luego podría dar lugar a la posibilidad de diseñar colecciones de células y organismos,
ecologías a medida, que se ejecutan combinaciones de pasos químicos (síntesis) y
pasos mecánicos (de fabricación). Estas capacidades podrían afectar, obviamente, la
generación de energía, material, caminos, vivienda y vestido, y la fabricación de
artefactos más complejos, tales como vehículos y equipos. Es igualmente importante
que esta asociación con el tiempo que el basado en el diseño, modificación predictivo
mayor de organismos importantes para nosotros, incluyendo, si así lo deseamos,
nuestra propia especie.
EXPRESIONES DE GRATITUD
Estoy agradecido con Drew Endy, Tom Knight, Gerald Sussman, Rob
Carlson, Larry Lok y Harvey Eisen útil para los debates durante muchos
años, y Paul Rabinow, Orna Resnekov, Myron Williams y los revisores
anónimos por las críticas que mejoraron enormemente este manuscrito.
Trabajo es apoyado por el Proyecto Alfa en el Centro de Genómica
Experimentación y Computación, un Centro de NIH de la excelencia en la
ciencia genómica, apoyada por HG02370 P50 subvención a RB del Instituto
Nacional de Investigación del Genoma humano